213LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNAQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 213lA00
145LA 2HUKA 4EPFA 1LPYA 3PBLA 1L32A 1L45A 4ARQB 2A4TA 1C6GA 1OWYA 2RAYX 1KW5A 2OE9X 1G06A 1I6SA 4ARMA 4DKLA 178LA 1SX2A 3GUIA 218LA 3DMZA 1PQMA 2Q9DA 162LA 1C6EA 4W56A 2NTHA 248LA 3LZMA 1LYGA 1LYIA 1C6IA 1B6IA 4YXAC 1D2WA 1T8GA 1G1VA 262LA 260LA 1L10A 171LA 119LA 1CX7A 1L12A 3HTFA 4S0WA 1L64A 1SWYA 1CU6A 127LA 190LA 1L08A 242LA 1L48A 209LA 3HT8A 3V2WA 1C6AA 1L85A 4ARLA 2RBNA 3CDVA 206LA 1L03A 3RZEA 2RAZX 111LA 1G0JA 177LA 3HWLA 3DN6A 3OE8A 224LA 3HTDA 3K2RA 2O7AA 151LA 2ANXA 3HT7A 170LA 3GUOA 3GUPA 4I7TA 2F2QA 1L96A 3DN8A 1TLAA 1LWGA 1L55A 1L34A 3DN3A 1L31A 4I7NA 3SB8A 1G0MA 2IGCA 1C65A 1CV6A 1L91A 235LA 3SBAA 2LZMA 1L35A 215LA 3GUJA 4IAPA 1D9WA 3DNAA 3GUKA 205LA 3DKEX 1CV3A 211LA 258LA 114LA 1L74A 169LA 1L16A 1QTVA 1DYEA 1L72A 3L64A 1CTWA 4I7MA 3C7WA 4I7KA 1L89A 1C6FA 2Q9EA 1L22A 156LA 1P64A 1CUQA 4EKQA 160LA 1L92A 6LZMA 230LA 120LA 4EKSA 250LA 188LA 1L36A 3HH3A 180LA 1L93A 3C82A 1OVKA 1ZURA 3GUMA 102LA 1NHBA 195LA 2B72A 149LA 2B7XA 4W59A 139LA 1OWZA 227LA 3DMVA 125LA 2OEAX 1CV1A 1SSYA 1L83A 3GUNA 4ARQA 255LA 4I7QA 254LA 172LA 3OE0A 1L43A 1L97A 2OU9A 1CU0A 1P56A 1CUPA 1L67A 1C6PA 1G0QA 181LA 197LA 4I7RA 233LA 1L0JA 4AQNA 1G0KA 2B75A 168LA 244LA 1L09A 259LA 4I7JA 1SX7A 1P3NA 112LA 1C64A 1KY1A 1SWZA 4E97A 148LE 3DMXA 3CDTA 1QUDA 159LA 1C6MA 1P46A 3HDEA 1PQIA 4ARJA 249LA 1QT7A 221LA 4LZMA 3DN4A 1L06A 3VW7A 1QTHA 1PQOA 1LW9A 4LDEA 1LLHA 3RUNA 3SB5A 1L20A 1L44A 1P5CA 113LA 1D3FA 187LA 3FADA 186LA 1L70A 1G0GA 103LA 126LA 185LA 1L99A 4GRVA 1C62A 3CDOA 1EPYA 1P7SA 1L29A 1T97A 2NTGA 1L63A 3JR6A 2CUUA 1L26A 5I14A 3DN1A 1PQKA 1QTZA 1L62A 3HTBA 1LGWA 1L01A 1C68A 1L0KA 3SB7A 4W51A 1JQUA 2QB0B 4EKRA 1QT5A 118LA 1CX6A 1C6KA 3HH5A 3FI5A 4PJZA 1LI6A 184LA 238LA 4ZPUA 3SB9A 3F9LA 1L56A 3NYAA 4I7SA 237LA 253LA 130LA 140LA 176LA 1OV5A 3C8QA 1L23A 1L07A 107LA 4W55A 1L90A 1C6DA 1L24A 1L18A 1L33A 1ZYTA 217LA 1L71A 3QAKA 200LA 3GULA 212LA 192LA 1L57A 108LA 214LA 201LA 2B70A 1L05A 1L42A 1QUHA 3ODUA 1C66A 2RH1A 1QT3A 1ZWNA 1KY0A 1OVJA 1L17A 3HUKA 1OYUA 1L79A 2OU8A 4W57A 1G0PA 1DYFA 4I7LA 1JTMA 1L81A 3C81A 163LA 251LA 3PDSA 4DJHA 1L54A 216LA 3C83A 1PQDA 2RBQA 1QUGA 1QT8A 4LDLA 226LA 1LYDA 3CDQA 3OE6A 2OTYX 1L14A 4PK0A 175LA 1C6HA 1L21A 1C6LA 3HH4A 1C61A 1OV7A 2RBRA 2OTZX 1G1WA 4W52A 3OE9A 138LA 2B6WA 1P2LA 1CV5A 1LI3A 1PQJA 1L75A 131LA 166LA 1L04A 1QT6A 2ANVA 4EXMA 198LA 4W53A 2LCBA 219LA 4LDOA 1L88A 2B6XA 7LZMA 189LA 1C69A 1L51A 161LA 4W58A 4ARPA 1LGXA 1L66A 3FA0A 231LA 1L25A 142LA 245LA 129LA 1L00A 2F32A 1G0LA 110LA 1KS3A 1LYJA 234LA 141LA 147LA 1QS5A 2LC9A 137LA 2RB1X 1XJTA 2L78A 1L68A 223LA 1LYEA 239LA 3D4SA 4DAJA 1L82A 1L15A 4W54A 1L86A 1WTHA 2B6TA 3UONA 1DYDA 2RB2X 4YXCA 232LA 1L61A 164LA 173LA 1KW7A 1L84A 1C6CA 174LA 1L13A 158LA 146LA 2O79A 1L11A 165LA 1L76A 1L52A 4K5YA 4EPIA 144LA 1LYFA 1L94A 1QS9A 1K28A 199LA 3NY8A 1CVKA 1LWKA 157LA 4YX7C 152LA 2OU0X 2QARC 1DYGA 240LA 4ARMB 3SBBC 1QTDA 196LA 1L19A 1T6HA 246LA 241LA 1L41A 1XEPA 123LA 236LA 3C80A 3HU8A 1C6BA 1CU5A 1C67A 2B6ZA 104LA 257LA 1L02A 4EKPA 3L2XA 1L30A 1CU2A 1G07A 222LA 1D3NA 1P6YA 2HUMA 191LA 1L47A 1LYHA 1L69A 3G3WA 3V2YA 4EJ4A 210LA 2B6YA 3G3VA 1DYCA 1L60A 2RB0X 3EMLA 1C63A 3DN2A 143LA 1L73A 1QTBA 1C6NA 1CV4A 3SB6A 1L46A 1OVHA 3C8RA 1D2YA 2OE7X 2HULA 1P36A 3C7ZA 1CU3A 1D3MA 1JTNA 1LGUA 1C6JA 2B74A 128LA 1C60A 3HUAA 243LA 247LA 2RBOA 1T8FA 1CV0A 1SSWA 3F8VA 1L53A 1QUOA 3CDRA 4GBRB 1QSBA 1L87A 252LA 1L65A 3G3XA 5LZMA 1QTCA 1L77A 1L49A 1C6TA 1L98A 115LA 261LA 1KNIA 4OO9A 229LA 182LA 220LA 1P2RA 3NY9A 150LA 183LA 3C7YA 3DN0A 1L59A 3HT6A 228LA 1L28A 1L38A 1L37A 3HTGA 2F47A 1DYAA 122LA 1P37A 1L40A 1QT4A 3C8SA 256LA 3HDFA 155LA 4I7OA 1L58A 2OE4X 2RBPA 3HH6A 1L80A 1L27A 2RBSA 1L39A 2Z6BA 1QSQA 1C6QA 1XJUA 2O4WA 1DYBA 167LA 1D3JA 2B73A 225LA 1L95A 1T8AA 109LA 3HT9A 213LA 1LI2A 4I7PA 3SN6R 1L50A 3HU9A 3HUQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IJUA 1GBZA 2HUKA 3WPJA 1LPYA 3PBLA 1L32A 1L45A 1OWYA 2OE9X 4NG1A 1XSFA 178LA 1SX2A 218LA 1UIDA 4H9BA 1PQMA 2Q9DA 1NBZC 4FDYA 3TXFA 2Z37A 2W1LA 2H5ZA 1LYGA 3GXKA 1C6IA 1B6IA 4LFXA 1G1VA 262LA 1L10A 3TXBA 3WU8A 5KXZA 1UCOA 1CX7A 2B5ZA 3WXTA 4NSHA 1IY3A 2BQBA 2HECA 3GXRA 1L08A 4XN6A 3P4ZA 1C6AA 3CDVA 1OUEA 1RE2A 2W1MA 4KT3A 2D4JA 111LA 1G0JA 2ZYPA 2FYDA 1IP2A 1UACY 3HWLA 1LSYA 2DBTA 3OE8A 3K2RA 1F6SA 2O7AA 151LA 1GFAA 1IP1A 1L55A 3DN3A 3SB8A 1FBIX 1G0MA 2IGCA 4W96A 1C65A 5LVIA 235LA 1JTPL 3B6LA 3AW7A 3GUJA 1DQJC 4IAPA 2H9JA 5K7OA 4H91A 4GN5C 1L74A 1DI5A 3C7WA 1GBXA 1JISA 4EOFA 4A7DA 156LA 4PGJB 3WPKA 2Q0MX 4EKQA 1L92A 5J7CA 6LZMA 4EKSA 1EL1A 4II8A 1L93A 1E8LA 4B4JA 1W6ZA 1NHBA 1C7PA 2B72A 3IWRA 2HEEA 3DMVA 4H94A 125LA 4H8XA 3GUNA 3A6CY 254LA 1IVMA 1L43A 2Y8PA 4OWBA 4HV1A 1EQ4A 1CUPA 2C8OA 4GCBA 1C6PA 4I7RA 1AM7A 233LA 1L0JA 2B75A 168LA 1OQMA 1L09A 3WW5A 1LKSA 2VB1A 1C64A 1LZEA 2I26L 1SWZA 148LE 2FYCA 2ZWBA 3A90A 1DKJA 4KPMA 4HV2A 3VW7A 1HEWA 1RCMA 2YSSC 5KXLA 1BQLY 3SB5A 4H1PA 1GE1A 2BPUA 4ZFPA 186LA 3W6CA 1LOZA 1LSZA 2MEDA 1GFVA 1G0GA 126LA 5C6IA 1H87A 1C62A 2ZILA 4J1BA 1FDLY 3AB6A 3ATNA 3T6UA 1XEIA 1PS5A 5I14A 3AW6A 1IC4Y 1B7QA 1L62A 1LSNA 1VEDA 1C68A 1L0KA 1CKGA 132LA 1VDSA 1YAPA 2QB0B 4OOOA 1AKIA 4EKRA 1QT5A 1HEMA 118LA 5KKIA 1XGTC 3A6BY 184LA 238LA 1G7HC 3SB9A 2Z2EA 3NYAA 4I7SA 253LA 4ETEA 176LA 1VATA 3C8QA 1L23A 2AUBA 5APFA 1RJCB 4HJYA 4W94A 1L33A 2XBSA 5LINA 1L71A 1JKDA 192LA 201LA 1L05A 1L42A 4YEMA 1LSAA 1LZ4A 1C66A 3WPLA 1GE3A 4NHSA 2F2NA 1LYZA 4YM8A 1IOCA 2EKSC 3C81A 4LYMA 3HBHA 2YBHA 1KXYA 1HELA 5APCA 3C83A 1PQDA 3HFMY 2BLYA 5HNCA 4QGZA 3OE6A 2OTYX 3N9EA 1C6HA 1L21A 5KJ9A 2OTZX 5FSTA 4W52A 1GE0A 3WUAA 1P2LA 1JITA 131LA 1G7MC 1C10A 4WOAA 1N4FA 1LMCA 4IJ4A 1MELL 2LYMA 1L88A 2B6XA 4DD1A 1GXXA 4C3WA 1ALCA 5LXWA 5FEKA 1JTOL 1L00A 5DM9A 1REMA 1LPIA 2LC9A 1CJ7A 2RB1X 1XJTA 1GF5A 223LA 239LA 1NHEA 4DAJA 4NG8A 1L82A 2MEEA 1GB9A 4W54A 1GFKA 3UONA 1DYDA 1L61A 4H9FA 173LA 1KW7A 1L84A 3A92A 2O79A 3TMVA 2DQGY 1IWYA 1L52A 1CJ6A 144LA 4LYCA 3LHMA 199LA 3TXGA 152LA 2I6ZA 2OU0X 1DYGA 2Z2FA 5F9UA 1LMOA 5FCPA 5F9XA 1JJ0A 241LA 4DD3A 4N9RA 4QEQA 3CSZA 1C6BA 4LT1A 1C67A 4N1CC 1D3NA 1WQMA 191LA 1LYHA 1G7IC 1LJEA 4ZEEA 4HPIA 2CDSA 3KAMA 4EJ4A 3A91A 2RB0X 4DDAA 4XJFA 1GF0A 4XENA 1QTBA 3CB7A 3A3QA 1LJJA 1FN5A 3C7ZA 4NGLA 3ZVQA 1WQPA 1DZBX 1LGUA 2MEGA 1C6JA 4GLVA 1YKYX 1LJFA 128LA 1JEFA 4CGEA 4NSIA 4J7VA 4G49A 2BQIA 3P66A 1C45A 1BB7A 1IX0A 5ILFA 1L98A 5KXYA 261LA 220LA 3DN0A 3HT6A 1IEEA 3HTGA 4WLTA 1LYYA 1ZVYB 2F47A 2G4NA 122LA 1YL1X 3C8SA 1UIBA 155LA 1L58A 4WMGA 2OE4X 1DI3A 2RBPA 1GBOA 4WLXA 1QSQA 1XJUA 2B73A 2HTXA 1T8AA 2YBMA 4H8YA 5F16A 2W1YA 1BB3A 145LA 4WLDA 4EPFA 4LYZA 4RW1A 4YEOA 1G06A 3AZ7A 1B5YA 4DKLA 4DQ7A 4GCFA 1B7NA 3DMZA 4B49A 1BHZA 1GFRA 5IDDA 2W1XA 3WUNA 4DD9A 2NTHA 3LZMA 1EQEA 1GWDA 1HC0A 4NEBA 1GF4A 1QTKA 171LA 1GE2A 1LZ6A 2HUBA 2IHLA 1IP5A 4S0WA 2BQOA 3TXDA 127LA 5A3ZA 4WM6A 2MEAA 190LA 4DD7A 5C6LA 242LA 1LZGA 209LA 1HEPA 3TMUA 1LSMA 3V2WA 1L85A 1PZYA 2RBNA 1QQYA 1LJGA 2RAZX 1H6MA 4ETCA 177LA 4BADA 4BAPA 1LWGA 4Z41A 4C5FA 4G4BA 1L31A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3IJU A;  1GBZ A;  2HUK A;  3WPJ A;  1LPY A;  3PBL A;  1L32 A;  1L45 A;  1OWY A;  2OE9 X;  4NG1 A;  1XSF A;  178L A;  1SX2 A;  218L A;  1UID A;  4H9B A;  1PQM A;  2Q9D A;  1NBZ C;  4FDY A;  3TXF A;  2Z37 A;  2W1L A;  2H5Z A;  1LYG A;  3GXK A;  1C6I A;  1B6I A;  4LFX A;  1G1V A;  262L A;  1L10 A;  3TXB A;  3WU8 A;  5KXZ A;  1UCO A;  1CX7 A;  2B5Z A;  3WXT A;  4NSH A;  1IY3 A;  2BQB A;  2HEC A;  3GXR A;  1L08 A;  4XN6 A;  3P4Z A;  1C6A A;  3CDV A;  1OUE A;  1RE2 A;  2W1M A;  4KT3 A;  2D4J A;  111L A;  1G0J A;  2ZYP A;  2FYD A;  1IP2 A;  1UAC Y;  3HWL A;  1LSY A;  2DBT A;  3OE8 A;  3K2R A;  1F6S A;  2O7A A;  151L A;  1GFA A;  1IP1 A;  1L55 A;  3DN3 A;  3SB8 A;  1FBI X;  1G0M A;  2IGC A;  4W96 A;  1C65 A;  5LVI A;  235L A;  1JTP L;  3B6L A;  3AW7 A;  3GUJ A;  1DQJ C;  4IAP A;  2H9J A;  5K7O A;  4H91 A;  4GN5 C;  1L74 A;  1DI5 A;  3C7W A;  1GBX A;  1JIS A;  4EOF A;  4A7D A;  156L A;  4PGJ B;  3WPK A;  2Q0M X;  4EKQ A;  1L92 A;  5J7C A;  6LZM A;  4EKS A;  1EL1 A;  4II8 A;  1L93 A;  1E8L A;  4B4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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