214LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRAMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 214lA00
1L60A 1QTHA 1L37A 1CU6A 2O79A 188LA 1LYDA 1L97A 1LI3A 3C7WA 4LDOA 215LA 4EKRA 3GUNA 1L31A 209LA 165LA 3C7YA 1QTVA 1QT4A 1QS9A 1L12A 1CX6A 3HT7A 1L56A 178LA 3F9LA 1CU0A 1T8GA 4DJHA 3HUKA 1LGXA 1L90A 243LA 177LA 211LA 3SB7A 240LA 1CV6A 1L88A 2B6YA 1L11A 3C8SA 1L20A 2OE7X 1G06A 226LA 1L98A 1C63A 1XJUA 3NY8A 1L25A 1C6DA 3CDVA 4PJZA 2B72A 255LA 1L43A 258LA 228LA 2B70A 4DAJA 1L03A 1L99A 3DN0A 3PDSA 4EKSA 1L66A 3OE8A 185LA 3C8QA 3DNAA 1L14A 1WTHA 3VW7A 231LA 2F47A 1L65A 184LA 122LA 1QT3A 1L96A 1L35A 2RH1A 1P3NA 205LA 1SSWA 1ZURA 166LA 3HDFA 4YXAC 2RB2X 4K5YA 4EJ4A 4IAPA 2LC9A 1CV0A 3NY9A 3QAKA 1QTBA 1L36A 224LA 148LE 173LA 1P37A 3SB6A 3HWLA 252LA 1L95A 1G0MA 2HUMA 1TLAA 140LA 3CDOA 1JQUA 2B6TA 220LA 1DYEA 191LA 1D9WA 242LA 174LA 1LWGA 129LA 3HH4A 3HT6A 4LDEA 2B75A 1LYJA 244LA 1C6AA 1C69A 1CU2A 3HTGA 1L69A 1L27A 4W54A 1QTDA 4W55A 1LWKA 216LA 247LA 1L68A 1L54A 5I14A 2OTZX 3FADA 1DYDA 3GUPA 1L17A 1L77A 1CUQA 1OVJA 103LA 4DKLA 2OE9X 2Q9DA 1LI2A 2RB1X 206LA 190LA 2OU0X 1C6NA 1L44A 4I7PA 1D3NA 1P5CA 2QB0B 1L51A 210LA 1L29A 1OWZA 3SB5A 1P46A 1L74A 1G0KA 1T8FA 3GUIA 118LA 112LA 1ZYTA 1DYFA 114LA 5LZMA 4EPIA 2NTHA 3NYAA 1C6QA 107LA 1L00A 2OTYX 2RB0X 4W59A 139LA 1L04A 1C6HA 253LA 4EKQA 1C6TA 245LA 4E97A 1PQIA 1DYCA 169LA 1PQMA 1L73A 1LLHA 1L55A 1L94A 3F8VA 1L16A 1QTZA 4I7SA 1XJTA 213LA 1P56A 1L59A 248LA 113LA 1L48A 3D4SA 2RBPA 182LA 1L10A 1L92A 2LCBA 2A4TA 175LA 1OWYA 3C7ZA 3FA0A 1P6YA 1L50A 3RZEA 1CVKA 1L19A 219LA 2RBOA 189LA 1L15A 1CV4A 144LA 3HTBA 4I7MA 1L47A 3C81A 1B6IA 126LA 1PQKA 3DMXA 1T8AA 1L62A 1C60A 1C67A 4I7OA 4EXMA 137LA 237LA 1L05A 1L18A 1QSBA 1L23A 1C61A 1P2LA 2B7XA 3OE0A 3GULA 3PBLA 3GUMA 2B6WA 1KW5A 187LA 1L13A 1EPYA 3HT8A 1L39A 4GRVA 1P2RA 1SWYA 235LA 108LA 1CTWA 176LA 1G0QA 2F32A 249LA 4I7QA 2OU8A 4YXCA 3OE9A 1LGUA 4I7RA 4OO9A 3DN6A 1LW9A 1L09A 1L67A 239LA 2O4WA 1C6PA 3HTDA 4W58A 183LA 4ARMB 1L76A 1L53A 1D3FA 2ANXA 159LA 3G3XA 155LA 1C6EA 3EMLA 1CV5A 1JTNA 1L86A 1LYIA 3C82A 3V2WA 1C62A 1L81A 1L0JA 115LA 2ANVA 1C6KA 199LA 4I7KA 1L70A 152LA 161LA 262LA 259LA 142LA 1C6CA 1D3MA 227LA 4ZPUA 1G0JA 109LA 1QUHA 1I6SA 1L34A 171LA 4I7LA 1L61A 3HDEA 2QARC 254LA 1NHBA 4LDLA 2OU9A 130LA 1C6MA 4EKPA 1JTMA 1QT8A 3CDTA 138LA 3L64A 147LA 1G0GA 222LA 3UONA 1L42A 1QT5A 3GUKA 1L08A 6LZMA 4ARMA 3CDRA 2OEAX 236LA 3HTFA 146LA 1QT7A 1L91A 3DKEX 2B73A 1LYFA 2B74A 4W56A 1OV7A 1PQOA 1T6HA 1C66A 1L93A 1CU5A 1L85A 119LA 1L82A 3JR6A 3DN8A 186LA 1KY0A 1XEPA 1SSYA 4W51A 1OYUA 2CUUA 192LA 1QSQA 1G07A 3HT9A 221LA 1P7SA 3RUNA 4S0WA 1D2WA 1T97A 1CV3A 157LA 1K28A 1CU3A 110LA 2HUKA 3SB9A 2RBQA 2HULA 1L71A 1KW7A 1G1VA 229LA 1D2YA 4ARLA 128LA 149LA 3SN6R 1DYBA 1CV1A 4PK0A 1OVKA 2Z6BA 1L07A 2LZMA 1QT6A 4YX7C 1L57A 1SX7A 218LA 2O7AA 196LA 201LA 150LA 1PQDA 104LA 4ARPA 2NTGA 1L84A 1LGWA 125LA 1L0KA 1LPYA 212LA 2F2QA 3K2RA 3SBBC 2RBRA 167LA 1ZWNA 257LA 160LA 3DMZA 3OE6A 1CUPA 3HH6A 3C8RA 234LA 1L80A 120LA 1DYGA 1SX2A 232LA 1L33A 1G1WA 1L72A 3GUOA 251LA 1LYGA 1G0PA 123LA 230LA 1L87A 1L75A 141LA 1LYEA 241LA 225LA 260LA 3HU9A 1SWZA 3DN2A 3HU8A 4ARJA 145LA 1L38A 1L58A 1C6JA 151LA 1KNIA 2B6ZA 127LA 1P64A 1C6GA 200LA 3DMVA 4I7NA 3V2YA 1OV5A 1L21A 1L24A 1OVHA 1D3JA 195LA 2L78A 1L06A 3LZMA 1G0LA 256LA 3C83A 1L41A 1L30A 7LZMA 3L2XA 4GBRB 4ARQB 4EPFA 1L40A 1C64A 233LA 1KY1A 3DN3A 158LA 1PQJA 111LA 4I7TA 4AQNA 180LA 3SBAA 1C6LA 1C6IA 1C6FA 2B6XA 170LA 1L01A 4LZMA 1KS3A 163LA 172LA 2RBNA 1QS5A 3DN1A 1LI6A 1L22A 3GUJA 1P36A 261LA 3SB8A 3G3WA 1C6BA 2RAYX 2RAZX 4W57A 164LA 4W52A 3HH5A 1L89A 3ODUA 1L49A 168LA 1L64A 198LA 3FI5A 181LA 3HUAA 131LA 223LA 1L63A 2IGCA 2RBSA 197LA 4W53A 217LA 1L52A 162LA 3HUQA 1DYAA 3C80A 4ARQA 246LA 1L28A 143LA 1QUGA 2Q9EA 1L46A 238LA 250LA 1L26A 3DN4A 1LYHA 156LA 1C68A 214LA 1QTCA 1L02A 2OE4X 1QUDA 1L83A 1CX7A 1L32A 3G3VA 1QUOA 3CDQA 3HH3A 1L45A 4I7JA 1C65A 1L79A 102LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB7A 3A3QA 1QTHA 1CU6A 4TX7A 5B1FA 3W6BA 1RJCB 1HEMA 1OUFA 1UIBA 2EIZC 3WW6A 1D0KA 4OWEA 3GUNA 1HHLA 1L31A 1LSMA 4XN6A 3D9AC 3C7YA 4GCEA 1QTVA 1LZ6A 4H9FA 4Z3MA 1G7IC 3HT7A 2B5ZA 1L56A 1REXA 3ZEKA 4DJHA 243LA 1L11A 1L20A 2OE7X 2CGIA 1D9UA 3CDVA 1OUCA 4I0CA 258LA 2B70A 4DAJA 4EKSA 2HEDA 4M4OA 1REZA 3J4GA 185LA 4NSIA 1L14A 5LA5A 3A95A 4PRUA 4H1PA 3WW5A 1L96A 1L35A 2RH1A 1P3NA 4N9RA 166LA 4YXAC 4XJHA 2RB2X 2W1MA 1CV0A 3NY9A 1Z55A 1XGRC 2HTXA 1L36A 1GBSA 4AXTA 148LE 1P37A 2BQHA 1L95A 2HUMA 3CDOA 1JQUA 220LA 2CWIA 1DYEA 4LDEA 5LVIA 2B75A 3N9EA 1C6AA 2XJWA 1LYZA 4W54A 3WPJA 4QEQA 1HEWA 2YBLA 1XGPC 1C46A 4J0LA 1LJ3A 5I14A 2OTZX 3A3RX 4NSHA 1EL1A 1L77A 4W96A 1GB2A 1OVJA 4XJBA 103LA 1C6NA 1L44A 1GXXA 3WL2A 1L51A 1NF5A 1L29A 3TXJA 2ZIJA 1T3PA 3GXKA 4DD1A 1ZYTA 107LA 2RB0X 4W59A 1C6HA 4YEOA 4M6DA 245LA 5KXSA 4G9SA 1HEQA 1PQMA 1RE2A 1L73A 1TCYA 1L55A 4OWBA 1QTZA 4I7SA 2MEEA 1QSAA 1OUDA 2DQAA 2BQCA 1L10A 3ZVQA 1L50A 3QNGA 1LSGA 2Z18A 4LFPA 219LA 4XJDA 1WQNA 1BGIA 1T8AA 1IR9A 2BQKA 4HV2A 2BQDA 4RW1A 137LA 1QSBA 1LJ4A 4W94A 4NHQA 5LAGA 208LA 4YM8A 1KW5A 3LN2A 4GRVA 1D6PA 1LSCA 1CTWA 176LA 1QIOA 4G49A 1LGUA 4LT1A 4RDSA 2I6ZA 3LZ2A 183LA 1B7LA 1G7MC 1QSWA 134LA 1IP7A 1JKCA 3M18B 4NHTA 1XEIA 4DD2A 2ANVA 3A67Y 1GF9A 1GBYA 4R6CA 1A2YC 5HNCA 1D3MA 1VEDA 4ZPUA 109LA 1UIDA 5C6IA 1L34A 171LA 1AT5A 2QARC 2OU9A 5F14A 4DDBA 1GBWA 4PRQA 3AB6A 1JTMA 1GBXA 1LJNA 138LA 1DQJC 4HTNA 1DI5A 147LA 4NWHA 5DLAA 2X0AA 222LA 3A90A 5LIOA 1WTNA 2LHMA 3BKHA 3CDRA 1EQ5A 1UIEA 4PGJB 1L91A 1UACY 4WM6A 4HPEA 4IATA 1LYFA 2B74A 4W56A 1LMPA 1KIPC 1LJEA 1C66A 4HTKA 1L93A 5FHWA 4NGJA 1L85A 2BQJA 3JR6A 1KY0A 1ZMYL 4YENA 2A7FA 1GFAA 2CUUA 4U3XB 2XTHA 1HEOA 1GE3A 4DDAA 2BLXA 1P2CC 3WU7A 4DC4A 5FDJA 2RBQA 2HULA 4H9CA 4H9HA 128LA 1NBZC 3SN6R 1CV1A 4PK0A 1QQYA 2LZMA 4YX7C 1L57A 3W6DA 218LA 2O7AA 2HU3A 135LA 1CJ6A 3TMXA 1IX0A 1LZ8A 1J1XY 5L9JA 1LPYA 2C8PA 4OWCA 3A34A 1QTEA 2CDSA 1IOTA 1VDPA 3OE6A 3HH6A 4WM1A 4CHXA 3C8RA 4GLVA 1L80A 1DYGA 2GV0A 1IWTA 241LA 1B5YA 123LA 141LA 225LA 2YBMA 3WU9A 4ARJA 1GEVA 4CFOA 1C6JA 193LA 127LA 4PJ2C 1P64A 5A3ZA 3N9CA 1C6GA 3AW7A 4I7NA 4EMNA 1O23A 3V2YA 1BB6A 1D3JA 195LA 4H8YA 4N1CC 3WXUA 256LA 1L30A 1GFEA 4GBRB 2BQMA 2BQAA 4ARQB 1L40A 1IC7Y 3P64A 3IJUA 4DD7A 5FSTA 1IWUA 2FBDA 4NGIA 4I7TA 1C6LA 1C6IA 1CKGA 3LZTA 3AZ7A 3W6EA 1L01A 4LZMA 3EBAB 3WPKA 172LA 3TXFA 1IP1A 3BKVA 3GUJA 5IHGA 2W1XA 164LA 1WQRA 3IWRA 3HH5A 4WO9A 4PPOA 2C8OA 223LA 4WM5A 5F9UA 1LHIA 3RNXA 5C6LA 3C80A 2HU1A 143LA 1QUGA 1L46A 4WMGA 2Y8PA 2Z38A 3WVYA 1L26A 1G7HC 1LYHA 156LA 4XENA 2OE4X 4HSFA 4HJYA 1XSFA 3G3VA 4GCCA 1DKKA 2DBTA 3AZ4A 1L79A 1LJHA 102LA 4B1AA 4LYBA 2O79A 3TMUA 2ZYPA 5HLLA 1L97A 4DQ5A 4LDOA 5JENB 4TWSA 2DQFC 165LA 1JJ3A 2YSSC 1QS9A 178LA 4IJ4A 3F9LA 1CU0A 1T8GA 3HUKA 1LGXA 1UC0A 211LA 3C8SA 2WARA 1LKSA 1G06A 2MEHA 226LA 1L25A 3A93A 1PS5A 1L99A 3PDSA 1E8LA 1GBZA 4ZEEA 4NGOA 2DQIY 4NSGA 3OE8A 4OWHA 4NGYA 1B5UA 1L65A 1RI8B 4G4CA 1SSWA 4B0DA 1HFYA 1GDWA 5LYZA 3QAKA 5KXZA 3TXKA 1IP4A 1GF6A 3SB6A 3HWLA 1G0MA 1GFJA 1TLAA 1CJ9A 1UIAA 2B6TA 174LA 2DQCY 1GB6A 1LYJA 3A96A 1IIZA 3VWOA 1GF7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GB7 A;  3A3Q A;  1QTH A;  1CU6 A;  4TX7 A;  5B1F A;  3W6B A;  1RJC B;  1HEM A;  1OUF A;  1UIB A;  2EIZ C;  3WW6 A;  1D0K A;  4OWE A;  3GUN A;  1HHL A;  1L31 A;  1LSM A;  4XN6 A;  3D9A C;  3C7Y A;  4GCE A;  1QTV A;  1LZ6 A;  4H9F A;  4Z3M A;  1G7I C;  3HT7 A;  2B5Z A;  1L56 A;  1REX A;  3ZEK A;  4DJH A;  243L A;  1L11 A;  1L20 A;  2OE7 X;  2CGI A;  1D9U A;  3CDV A;  1OUC A;  4I0C A;  258L A;  2B70 A;  4DAJ A;  4EKS A;  2HED A;  4M4O A;  1REZ A;  3J4G A;  185L A;  4NSI A;  1L14 A;  5LA5 A;  3A95 A;  4PRU A;  4H1P A;  3WW5 A;  1L96 A;  1L35 A;  2RH1 A;  1P3N A;  4N9R A;  166L A;  4YXA C;  4XJH A;  2RB2 X;  2W1M A;  1CV0 A;  3NY9 A;  1Z55 A;  1XGR C;  2HTX A;  1L36 A;  1GBS A;  4AXT A;  148L E;  1P37 A;  2BQH A;  1L95 A;  2HUM A;  3CDO A;  1JQU A;  220L A;  2CWI A;  1DYE A;  4LDE A;  5LVI A;  2B75 A;  3N9E A;  1C6A A;  2XJW A;  1LYZ A;  4W54 A;  3WPJ A;  4QEQ A;  1HEW A;  2YBL A;  1XGP C;  1C46 A;  4J0L A;  1LJ3 A;  5I14 A;  2OTZ X;  3A3R X;  4NSH A;  1EL1 A;  1L77 A;  4W96 A;  1GB2 A;  1OVJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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