214LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRAMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH3 (60-80)AH5 (93-106)S1 (14-19)EMPTYTI'1 (54-57)TI1 (20-23)S2 (25-28)S3 (31-34)AH8 (137-141)AH6 (108-121)AH7 (126-135)TIV3 (123-126)AH9 (143-155)TI2 (158-161)AH2 (39-50)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 214lA00
1SWZA 3SB9A 137LA 1L55A 1LYIA 1LGUA 145LA 3SB8A 3GULA 226LA 1CU2A 1G07A 3DN8A 1L97A 4W54A 2B7XA 108LA 1C6IA 169LA 1L44A 1L28A 3PDSA 2RB0X 4YX7C 3CDRA 1L10A 1C62A 243LA 1C6TA 3HDFA 1K28A 1L76A 1L45A 4W57A 4W51A 1KS3A 1PQKA 1T6HA 1T8AA 1CV0A 3HUKA 1QS9A 1XEPA 3NY8A 192LA 2HUMA 3K2RA 2RH1A 1L49A 1P37A 1QTDA 1CUQA 3OE0A 1CVKA 1L04A 1L39A 1L98A 1TLAA 1L71A 1L40A 1WTHA 4I7OA 3HUAA 128LA 2RBSA 1CU6A 131LA 4I7LA 1KNIA 1L52A 1L25A 174LA 140LA 187LA 1QTHA 2B6YA 214LA 2O4WA 2Q9EA 3C7WA 141LA 222LA 3JR6A 1L88A 118LA 1L41A 1PQJA 2OTZX 1C6DA 102LA 3DN1A 1L79A 1G0JA 230LA 262LA 181LA 1DYCA 1C6BA 4ARLA 199LA 1L84A 257LA 4E97A 155LA 1LI6A 6LZMA 1CV3A 4YXCA 125LA 1LI3A 1DYEA 1QTVA 1G0KA 1L72A 3CDQA 122LA 3UONA 4IAPA 1L26A 3OE6A 1L61A 2B6XA 3F8VA 1P64A 3G3WA 1QT5A 4W52A 3OE8A 159LA 1L09A 1L46A 1LGXA 157LA 1CU5A 1L73A 2ANXA 1L15A 1L91A 1LYFA 1OWZA 250LA 1QT8A 4W59A 197LA 3NYAA 1L82A 2RBRA 3C8QA 1CV1A 1L33A 1L80A 3HT6A 147LA 245LA 1QSBA 1OYUA 1D3FA 205LA 260LA 3DN4A 3FA0A 256LA 251LA 2B6WA 1LI2A 1L57A 2O79A 1C66A 166LA 1L59A 1L54A 1L27A 172LA 236LA 1G0QA 119LA 1C6HA 1EPYA 1L47A 1L48A 1C68A 2B75A 2QARC 160LA 1C6AA 209LA 1QSQA 1L19A 234LA 1P2RA 3HTBA 3ODUA 1KW7A 1L03A 3HT7A 115LA 2QB0B 1QUHA 151LA 1LWGA 1SSYA 1L96A 3LZMA 1C65A 1L00A 173LA 1I6SA 246LA 2B72A 3HTDA 4OO9A 1L89A 248LA 1LYEA 113LA 3RUNA 1C6CA 1QT4A 1QS5A 178LA 1C67A 1L06A 1L23A 232LA 1JQUA 4W55A 1PQMA 1ZWNA 167LA 1LPYA 111LA 1QT6A 1C6LA 1L29A 3CDOA 1L36A 238LA 3V2YA 1T8FA 1KY1A 1LYGA 259LA 1D2YA 1L60A 2OE9X 239LA 2RBPA 228LA 1CV6A 1L21A 1C6PA 3SBBC 1LLHA 1L75A 1T97A 130LA 4GBRB 148LE 1L05A 4I7JA 190LA 3HH6A 1JTMA 1QUGA 1PQIA 3HDEA 2B74A 1CTWA 1LWKA 4DKLA 3DNAA 1L11A 144LA 1L87A 252LA 1L56A 1L81A 3GUNA 1L18A 1L42A 1SSWA 1L35A 3GUPA 1CV5A 1ZYTA 2Q9DA 1L53A 1D3NA 1L77A 1JTNA 1LYHA 220LA 1L22A 3DN3A 142LA 3SB6A 3SBAA 1L67A 3HH3A 195LA 189LA 224LA 3HU9A 1QUOA 3DMXA 4W58A 1OVHA 4LDOA 4I7PA 225LA 163LA 1L16A 1SX2A 182LA 1L85A 1P36A 215LA 3C8SA 1C61A 211LA 3DN0A 1D9WA 1C6GA 223LA 1L0JA 4ZPUA 165LA 1C6NA 171LA 240LA 255LA 3G3XA 123LA 235LA 156LA 1LYDA 219LA 218LA 1P5CA 2HUKA 2LZMA 1SWYA 229LA 1L13A 1ZURA 3DMZA 1L63A 2NTHA 4DAJA 2OE4X 4LDEA 2LCBA 1L74A 3HH5A 1L93A 152LA 231LA 237LA 4W56A 2NTGA 1XJUA 4EKRA 4PJZA 150LA 3HTFA 253LA 4EJ4A 3RZEA 1L31A 3FADA 109LA 1L62A 1OV7A 1L12A 3DKEX 112LA 242LA 1L17A 3CDTA 221LA 5I14A 3GUKA 7LZMA 191LA 1G1WA 1NHBA 1PQDA 186LA 201LA 1C6FA 1G0MA 1L58A 180LA 4YXAC 103LA 1P3NA 1D3JA 1C64A 1G1VA 1L83A 3C82A 1L32A 3HTGA 3L64A 104LA 1L66A 1G0PA 4I7TA 139LA 1QTCA 1DYDA 3D4SA 3DMVA 146LA 176LA 1KW5A 4EPFA 1L07A 3HUQA 138LA 2Z6BA 1OVKA 3C80A 3FI5A 1G0LA 110LA 3HT8A 2RBQA 3EMLA 4ARPA 2F32A 2LC9A 175LA 254LA 3NY9A 2OU9A 3GUIA 1LW9A 1P56A 2HULA 1C60A 4S0WA 1L14A 129LA 1DYBA 3G3VA 3CDVA 2RB2X 143LA 2F2QA 1L37A 4AQNA 241LA 1LYJA 1C6KA 177LA 3DN2A 1L02A 3HH4A 233LA 1C63A 1L65A 196LA 188LA 2RAZX 4EXMA 1G06A 1L50A 3C83A 4DJHA 2A4TA 149LA 4EKPA 183LA 1LGWA 1DYGA 1L99A 2OTYX 158LA 3GUMA 2RB1X 1OVJA 2IGCA 3SB5A 1L94A 1DYAA 2O7AA 164LA 1D3MA 3L2XA 2RBNA 4ARMB 1OV5A 2CUUA 198LA 2OE7X 200LA 114LA 120LA 1B6IA 1L34A 244LA 1C6MA 3DN6A 2OEAX 247LA 1CU0A 4ARJA 1L95A 1L20A 4EPIA 213LA 2B73A 3HU8A 1G0GA 1D2WA 1L86A 1C6JA 1P2LA 217LA 3C7ZA 1CX7A 3V2WA 170LA 4PK0A 4ARMA 3C8RA 1P6YA 1KY0A 3HWLA 4I7NA 3VW7A 3C81A 1L70A 1C6QA 3F9LA 4I7SA 206LA 1QT3A 249LA 2OU8A 185LA 3OE9A 2B6ZA 216LA 1T8GA 3GUOA 1L69A 1QUDA 3SB7A 107LA 4GRVA 1OWYA 1CV4A 1L24A 4I7QA 4EKSA 212LA 4I7MA 261LA 4EKQA 3SN6R 127LA 3PBLA 2F47A 1L64A 1QTBA 2RAYX 5LZMA 4ARQB 2OU0X 258LA 184LA 1P46A 1L0KA 1C6EA 2L78A 4I7KA 1L30A 4I7RA 162LA 1L51A 2ANVA 3QAKA 1L68A 1CUPA 227LA 2B6TA 1PQOA 1CU3A 1XJTA 3GUJA 1L01A 1CX6A 1L90A 4LZMA 3C7YA 4LDLA 4ARQA 4W53A 1L38A 1QTZA 2RBOA 1P7SA 1L43A 1SX7A 1QT7A 168LA 126LA 1L92A 1C69A 4K5YA 210LA 2B70A 3HT9A 1DYFA 161LA 1L08A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BQEA 145LA 4CJ2A 4HV2A 2HU3A 1UIEA 2B7XA 1C6IA 3ATOA 1UA6Y 1L28A 1GFTA 1NBZC 2RB0X 1LJJA 1FLUA 1C62A 3HDFA 1K28A 5HLLA 1GB3A 1PQKA 1T8AA 1QUTA 1UBZA 3HUKA 1QS9A 4LYCA 192LA 1L49A 1CUQA 1IOSA 1GFAA 1L04A 1L98A 2F30A 1JPOA 3HUAA 3B0OA 1J1XY 1QUSA 3AB6A 1LZSA 4LYZA 4NY5A 1LZTA 5I54A 4Z46A 187LA 1QTKA 2B6YA 5HNLA 141LA 222LA 3JR6A 4EMNA 208LA 1PQJA 4UWNA 1IY4A 1JISA 4WM3A 1L79A 1DXJA 1JTPL 1DYCA 1L84A 2Z2FA 5APFA 4E97A 2EQLA 4YXCA 125LA 1L72A 2BQGA 1IOQA 1G7LC 4LYBA 1L26A 3OE6A 2B6XA 1NWGA 2WARA 1QT5A 3AW7A 159LA 3OE8A 3ZVQB 1LSPA 3KAMA 3ULRA 4I0CA 1L15A 1LYFA 1OWZA 5LAGA 4B4IA 2HTXA 1L33A 3HT6A 245LA 1LMCA 1BB6A 1LSFA 1PS5A 2MEGA 260LA 4ZEEA 4B4JA 1JSFA 256LA 5APDA 166LA 1L59A 1XGPC 1LSYA 1G0QA 119LA 3IWRA 1C6AA 4GN4A 4PGJB 5F9XA 1LZCA 3HTBA 1YILA 3ODUA 1QUHA 5LVHA 1DI5A 2HEAA 2BQNA 1W6ZA 3CSQA 4OO9A 1WTMA 4NSHA 3WXTA 1WQPA 1L89A 4NGOA 3B72A 1NF5A 5KXPA 1QS5A 2YBHA 6LYTA 4NGIA 1L06A 1L23A 232LA 1PQMA 4XJGA 1MLCE 4XJHA 1LPYA 1L36A 2FYDA 238LA 1T8FA 2DQEY 4XENA 1IC4Y 1L60A 2OE9X 1VDSA 1L21A 1C6PA 1FBIX 1LLHA 1L75A 4OWHA 4QY9A 1JTMA 1YQVY 1PQIA 1LYZA 5KXZA 4DQ5A 2YSSC 3EBAB 3W6BA 1B7QA 1L56A 1L81A 3GUNA 1L18A 5KXLA 1L53A 1AT6A 4WM5A 1GE1A 1GE4A 5FELA 4EOFA 4ETCA 1CKHA 1QDRA 1GF4A 4C3WA 5AMYA 142LA 3ATNA 2DQAA 1B5VA 5LYMA 195LA 224LA 4Z98A 1DKJA 4I7PA 1SX2A 1P36A 4DD7A 3DN0A 1GFRA 4IJ4A 3VWOA 5ILFA 4XADA 165LA 1C6NA 240LA 1GF9A 2YVBA 3F6ZA 4H8XA 2HEFA 219LA 1DI4A 207LA 1JKCA 5F81A 4G49A 4IATA 1GF6A 231LA 3CT1A 2NTGA 1V7TA 4R6CA 1HFZA 4PJZA 1IP7A 3RZEA 2LYMA 3FADA 1L62A 1OV7A 3DKEX 112LA 242LA 1L17A 3CDTA 1BB5A 4RLNA 186LA 4GCDA 1C6FA 1B7LA 1G0MA 180LA 1JEFA 2W1XA 1D3JA 1C08C 1G1VA 104LA 1CJ7A 1L66A 1IOTA 2LZTA 1DYDA 3DMVA 3RNXA 1LJHA 3TXBA 176LA 1KW5A 4NWEA 1VFBC 3HUQA 2XTHA 2Z6BA 3WXUA 1NDMC 1LOZA 1GB0A 1GEZA 4E3UA 1YIKA 2LC9A 1GAZA 1I20A 1Z55A 4NSJA 3TXEA 4LT2A 2HULA 1LSBA 4WM6A 5ILCA 2RB2X 1L37A 2CJLA 1F10A 1LCNA 3SP3A 1C63A 1L65A 196LA 4WL7A 3CSZA 1CKFA 1LZ6A 1WVUA 1DYGA 2OTYX 4NSGA 3GUMA 4G9SA 1LTMA 2Z18A 1WQMA 2YDGA 5APCA 3SB5A 2O7AA 2N5ZA 1D3MA 2CUUA 4BADA 1NMMA 2OEAX 247LA 1LSZA 1CU0A 1L20A 1EQEA 1B7PA 1HEPA 1LSEA 1UC0A 1TDYA 3OK0A 4H94A 4NHSA 4KL7A 1LYSA 170LA 4ARMA 2D91A 4HTKA 1LHHA 1KY0A 4UWUA 1IEEA 1HMLA 3C81A 3VW7A 4WG7A 1IP3A 3F9LA 1LZ9A 4XJIA 1WVVA 1QT3A 2H5ZA 2G4PA 1HFYA 1LSCA 2LYZA 107LA 2FBBA 3T6UA 2C8OA 4EKSA 1JUGA 5B1GA 4EKQA 1UIHA 4OWCA 3PBLA 1QTBA 1GBWA 1GE2A 4KXIA 1GB9A 184LA 1BVKC 1HEWA 5A3EA 4H9HA 2X0AA 2L78A 3WPKA 1A2YC 162LA 1UCOA 1B7OA 1PQOA 3GUJA 4DQJA 2EKSC 4GN3A 1IC5Y 3AW6A 1A4VA 1LZ1A 5APEA 1LZ8A 135LA 1L43A 126LA 3N9EA 210LA 3HT9A 1DYFA 2CGIA 5IELA 3SB9A 137LA 1LGUA 3SB8A 194LA 226LA 4NEBA 3DN8A 1LZDA 1L97A 169LA 1L44A 2YBLA 1IP1A 3IJVA 1D0LA 4DDAA 2I6ZA 2G4QA 1L76A 1L45A 4OWBA 4W51A 2GV0A 3LZTA 1REYA 1KIPC 1IR8A 1E8LA 2RH1A 1LJEA 4ZIXA 1CVKA 2YBIA 1QQYA 128LA 4HTNA 4DC4A 1L25A 174LA 5FHWA 4Z41A 5LA8A 5KXSA 4WO9A 4WMGA 214LA 2O4WA 2Q9EA 1G7IC 1LAAA 2VB1A 3TMXA 3HBEX 118LA 1IR9A 1I56A 102LA 230LA 262LA 5FSTA 4ARLA 1LMNA 257LA 1B7SA 1LI6A 3P68A 3LHMA 1CV3A 1GE3A 1DYEA 1LHLA 1G0KA 5B59A 1OP9B 2Z2EA 3T36A 3UONA 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1LJ4A 4DAJA 4DD1A 1GFEA 152LA 3A3QA 1MELL 1LHIA 153LA 5LAFA 109LA 221LA 5I14A 3GUKA 201LA 1L58A 103LA 1P3NA 2MEDA 3C82A 2DQIY 1ZMYL 4H90A 3L64A 4CFOA 1G0PA 1JIYA 139LA 1GF3A 4DWXA 2Z38A 1OUIA 3D4SA 2MEHA 1DI3A 2HEBA 4N0JA 4EPFA 1LZ5A 1BWJA 2IHLA 138LA 3C80A 1G0LA 4CFPA 110LA 3HT8A 1TAYA 3EMLA 4NHPA 2F32A 1D9UA 4RW2A 3NY9A 2D4IA 1P56A 1UIFA 1OUGA 1DYBA 4NHIA 4YENA 4AQNA 1LYJA 4WO6A 177LA 1OUHA 233LA 1LJGA 1WQNA 188LA 4EXMA 3RW8A 1L50A 3C83A 4DJHA 1D0KA 4EKPA 1BB7A 1XGTC 1LZNA 2RB1X 1BB4A 2Y8PA 3A94A 193LA 1OV5A 200LA 114LA 1B6IA 3TMVA 1GE0A 2DKVA 1IVMA 1NDGC 5DM9A 3HU8A 2B73A 4TSBA 3LN2A 1C6JA 2LYOA 3D9AC 1RI8B 1LMTA 217LA 2DQDY 1T6VL 4KT3A 1UIGA 1C7PA 1WTNA 3HWLA 4I7NA 1GBOA 4II8A 249LA 2OU8A 5DN4A 3N9AA 185LA 5B06A 4DDCA 4XJBA 1L69A 4UWVA 1IIZA 4GRVA 1CV4A 1L24A 4PPOA 1T3PA 1AZFA 4P2EA 4I7MA 1HSWA 127LA 1W08A 2F47A 3EMSA 4N5RA 5KXKA 1GDWA 1P46A 1TEWA 1L30A 2ANVA 1LKRA 5C6LA 4ARQA 5DLAA 4OWAA 2RBOA 1SX7A 1QT7A 2BQCA 1XEKA 1C69A 2G4NA 1OUJA 1D6PA 2B70A 161LA 4WM2A 1L55A 1GBZA 1LYIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BQE A;  145L A;  4CJ2 A;  4HV2 A;  2HU3 A;  1UIE A;  2B7X A;  1C6I A;  3ATO A;  1UA6 Y;  1L28 A;  1GFT A;  1NBZ C;  2RB0 X;  1LJJ A;  1FLU A;  1C62 A;  3HDF A;  1K28 A;  5HLL A;  1GB3 A;  1PQK A;  1T8A A;  1QUT A;  1UBZ A;  3HUK A;  1QS9 A;  4LYC A;  192L A;  1L49 A;  1CUQ A;  1IOS A;  1GFA A;  1L04 A;  1L98 A;  2F30 A;  1JPO A;  3HUA A;  3B0O A;  1J1X Y;  1QUS A;  3AB6 A;  1LZS A;  4LYZ A;  4NY5 A;  1LZT A;  5I54 A;  4Z46 A;  187L A;  1QTK A;  2B6Y A;  5HNL A;  141L A;  222L A;  3JR6 A;  4EMN A;  208L A;  1PQJ A;  4UWN A;  1IY4 A;  1JIS A;  4WM3 A;  1L79 A;  1DXJ A;  1JTP L;  1DYC A;  1L84 A;  2Z2F A;  5APF A;  4E97 A;  2EQL A;  4YXC A;  125L A;  1L72 A;  2BQG A;  1IOQ A;  1G7L C;  4LYB A;  1L26 A;  3OE6 A;  2B6X A;  1NWG A;  2WAR A;  1QT5 A;  3AW7 A;  159L A;  3OE8 A;  3ZVQ B;  1LSP A;  3KAM A;  3ULR A;  4I0C A;  1L15 A;  1LYF A;  1OWZ A;  5LAG A;  4B4I A;  2HTX A;  1L33 A;  3HT6 A;  245L A;  1LMC A;  1BB6 A;  1LSF A;  1PS5 A;  2MEG A;  260L A;  4ZEE A;  4B4J A;  1JSF A;  256L A;  5APD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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