215LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 63
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTANSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-113)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH8 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH7 (126-134)AH9 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)TI2 (114-116)AH6 (117-123)3H1 (159-161)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 63
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 215lA00
1L66A 2CUUA 4I7KA 118LA 1I6SA 4I7SA 1SX7A 4ARPA 3DN3A 119LA 1CV3A 169LA 1LYIA 1QUGA 4EPFA 261LA 126LA 128LA 187LA 156LA 226LA 1L44A 1OV5A 4K5YA 2B6YA 1C6QA 163LA 196LA 1L35A 112LA 249LA 1L42A 3HT9A 1P5CA 1C6CA 3CDQA 1OWZA 2L78A 1L51A 1G06A 1LWGA 4ARMB 149LA 1OWYA 1OV7A 1L79A 5LZMA 1L32A 3OE6A 2QARC 235LA 1C6EA 1L52A 1QT4A 3HUQA 2F32A 1JQUA 1LGXA 1LLHA 248LA 140LA 3GUNA 210LA 3HUKA 199LA 1CV6A 180LA 1P6YA 3LZMA 3OE9A 197LA 259LA 1L02A 251LA 1QT8A 1L03A 1L28A 1QTVA 191LA 1P2RA 3C80A 158LA 1D3FA 1L08A 1L49A 4I7TA 3SB6A 1C60A 1L70A 230LA 224LA 184LA 1XEPA 1PQKA 1P37A 3D4SA 3GUKA 238LA 1KY1A 1KY0A 1QT7A 1L46A 240LA 4ARMA 1C64A 1L54A 1L13A 1L26A 144LA 1ZURA 1D2YA 2B70A 1C6HA 3FI5A 1L01A 1PQDA 1L69A 3JR6A 1C6IA 1SSWA 2HUMA 1T8FA 3DN6A 1L15A 1G1WA 2B6XA 182LA 2OE4X 2Q9EA 3F9LA 1C6MA 1OVJA 4LDEA 1C6TA 1SSYA 3C8RA 241LA 2O4WA 152LA 3HDEA 3CDTA 1C6FA 233LA 138LA 1ZYTA 3K2RA 186LA 159LA 2F2QA 223LA 1L07A 3NYAA 1C6KA 1L11A 4W58A 1CUQA 195LA 1CU2A 1OVHA 1T97A 1LWKA 3HTBA 1L0KA 1L48A 3DMVA 3HTDA 127LA 1L72A 1L85A 2RBOA 4W56A 3HWLA 1K28A 1PQOA 173LA 1CX7A 192LA 1L81A 1L58A 1L53A 1JTNA 1L88A 4W54A 4I7PA 4YXAC 2B6WA 3EMLA 3HH3A 1L0JA 1QSQA 113LA 165LA 4GRVA 1G0PA 1L25A 3HH4A 2NTHA 3CDRA 1JTMA 1G0LA 4DJHA 4ARJA 123LA 1C69A 1LYDA 120LA 2O79A 1CX6A 1G0KA 3FADA 1L10A 2O7AA 2OEAX 3G3XA 1L45A 3V2YA 1L16A 1CU5A 1LGUA 212LA 1L12A 1L61A 157LA 198LA 3C8SA 1C6PA 110LA 1L95A 4DKLA 148LE 4EKSA 2LZMA 4W57A 139LA 1QTCA 1CTWA 2ANXA 1CV1A 1LI6A 1L09A 150LA 1L19A 4EJ4A 1C6DA 1L39A 4IAPA 1T6HA 209LA 252LA 1L30A 1G0MA 1L27A 1L89A 1L60A 4YXCA 2RH1A 1CUPA 1DYFA 232LA 3SBAA 172LA 1DYDA 1L82A 1P56A 147LA 1KW7A 1QSBA 115LA 253LA 1L37A 1LYEA 244LA 2RB1X 3C83A 1C6AA 3C7YA 2RBQA 3GUMA 3GUPA 4AQNA 1L43A 2B7XA 1L90A 1PQIA 4S0WA 3DN8A 3DN4A 168LA 3NY9A 3V2WA 143LA 1KW5A 1KNIA 237LA 1L31A 228LA 1G1VA 1L14A 1L65A 1L33A 3DMXA 234LA 3F8VA 1CVKA 102LA 4I7OA 4LDOA 4I7QA 1L00A 108LA 1L06A 3RZEA 1B6IA 175LA 3PDSA 1L56A 260LA 129LA 107LA 2B73A 3DN2A 1LYFA 3DMZA 188LA 1C61A 1L57A 1QUHA 1CV5A 201LA 2OTZX 1C6BA 4I7JA 1QT6A 3SBBC 1L20A 245LA 1L83A 1L80A 7LZMA 229LA 1L41A 3NY8A 1PQMA 176LA 2HUKA 2LC9A 162LA 4W52A 104LA 3DN1A 4PK0A 1XJUA 1P3NA 4PJZA 3ODUA 1DYCA 217LA 236LA 1XJTA 1P2LA 239LA 250LA 2Q9DA 1NHBA 262LA 1C6GA 1L96A 2RBPA 1L34A 4I7RA 1D2WA 1L74A 3G3WA 3HT6A 174LA 257LA 254LA 131LA 1L29A 137LA 3C82A 221LA 3HU9A 1L67A 189LA 4W55A 1L76A 4OO9A 4E97A 2F47A 1G0JA 1QUOA 1QUDA 200LA 1LW9A 3OE0A 3DN0A 1L64A 1CU6A 1D9WA 2ANVA 247LA 1QS9A 3HT7A 1L47A 3CDOA 183LA 231LA 2OE9X 2RB0X 1L50A 1LYJA 1CV0A 2B6TA 161LA 216LA 1WTHA 3L64A 1QT5A 1L40A 255LA 122LA 2RAZX 220LA 1QTZA 1C6NA 151LA 214LA 218LA 4GBRB 1OYUA 2RB2X 1L71A 3C8QA 1LPYA 1L17A 1D3JA 1L93A 1L24A 181LA 1D3NA 3HH6A 1L77A 4W51A 171LA 6LZMA 1L99A 3DKEX 2OU9A 242LA 205LA 1L86A 2Z6BA 4ARQB 1T8AA 3GUOA 1C6LA 1QTBA 211LA 1L38A 1P36A 256LA 1L98A 1L36A 1CU0A 1L04A 1G07A 5I14A 4ARLA 1C68A 2LCBA 190LA 1DYAA 1L59A 2B74A 1DYBA 130LA 206LA 2B75A 1L91A 1L21A 225LA 1G0QA 3G3VA 4DAJA 4YX7C 1C65A 1G0GA 1L22A 3FA0A 1DYEA 3PBLA 1L68A 1C62A 170LA 160LA 1SWYA 3CDVA 109LA 1QTDA 3HTGA 3L2XA 1DYGA 227LA 1L55A 1KS3A 3VW7A 1T8GA 2RAYX 4EXMA 243LA 1D3MA 219LA 1L87A 3HU8A 4ARQA 125LA 185LA 258LA 1LYGA 167LA 3SN6R 164LA 177LA 4LDLA 3C7ZA 1L18A 1CV4A 1LI3A 3SB9A 1OVKA 4EKPA 1QTHA 146LA 3HT8A 3GUJA 1C63A 1LGWA 4W53A 2OU0X 1C66A 215LA 145LA 3SB7A 1LI2A 1SWZA 1EPYA 2QB0B 4LZMA 2OTYX 3GUIA 2B6ZA 178LA 3QAKA 141LA 1L84A 2NTGA 2A4TA 3HUAA 103LA 1L94A 111LA 1L62A 4EKQA 1PQJA 1ZWNA 155LA 1LYHA 3GULA 2RBNA 4I7LA 1CU3A 142LA 1L75A 1L92A 166LA 2OE7X 4EPIA 1L73A 1L63A 2RBSA 1QT3A 1P64A 3SB5A 1L05A 3C81A 1TLAA 4I7MA 1SX2A 2HULA 4ZPUA 1P46A 1L97A 246LA 3HDFA 2RBRA 1C6JA 213LA 1QS5A 2B72A 4I7NA 3HH5A 114LA 3UONA 222LA 3RUNA 3SB8A 3OE8A 2IGCA 2OU8A 4W59A 1P7SA 4EKRA 1L23A 3C7WA 3DNAA 3HTFA 1C67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7KA 2MEHA 2N5ZA 1AT6A 4LT0A 4NFVA 5KXSA 119LA 5IHGA 1LYIA 1XEIA 4BS7A 4H9EA 1LMAA 1OV5A 163LA 2CGIA 1C6CA 2L78A 1L51A 1VEDA 3AB6A 3P64A 2HTXA 1LMQA 1LYYA 3OE6A 2QARC 1NDMC 3LHMA 1C6EA 3K3TA 2F32A 4N1EI 140LA 3GUNA 210LA 3HUKA 180LA 3LZMA 5B1GA 1L28A 4OWAA 1B0DA 1FBIX 4J1AA 191LA 1N4FA 3WXUA 3SB6A 1L49A 4I7TA 1C60A 2I6ZA 1FKQA 184LA 2D4KA 1PQKA 4KT3A 4ETDA 1C64A 4DD1A 1L54A 1L13A 1D2YA 4WM3A 1C6HA 1GE3A 4PHIA 3P68A 2Y8PA 3TXIA 2W1XA 3WU8A 1F6RA 4C3WA 2HEAA 1V7TA 2FYDA 1JSEA 1C6MA 1B7PA 3WMKA 4NGWA 1C6TA 5KXKA 3C8RA 1GBYA 241LA 2O4WA 152LA 1QSAA 1C08C 1GFJA 138LA 1LJEA 1ZYTA 1GD6A 1CUQA 4HP0A 5LIOA 1L48A 1JJ1A 3A8ZA 5APFA 1IOTA 1L72A 4ZFPA 4W56A 1LZ6A 1LMCA 5LYMA 4H90A 173LA 4H9HA 1CX7A 192LA 1G7JC 1L53A 1JTNA 2ZYCA 3ZVQB 2BQCA 3HBEX 1XGQC 1BB7A 3HH3A 1LJ3A 1L0JA 113LA 1REZA 5E4PA 1B7RA 1L25A 3CDRA 5LVIA 4DJHA 1B7MA 4O34A 2H9JA 2O79A 1L10A 2O7AA 1JJ0A 5B1FA 1L16A 2Z2FA 2ZILA 1OUGA 212LA 1L12A 4ML7A 1C6PA 1LZEA 2LZMA 4W57A 139LA 5HQ1A 1B7OA 1LI6A 2D4IA 1L19A 5ILFA 5K7OA 5KXXA 1GBZA 1JKCA 3ZVQA 252LA 1L30A 1L27A 1DPXA 4YXCA 2RH1A 3A34A 3SBAA 4H93A 1DYDA 1LZSA 4CHXA 1C7PA 1UIAA 1YQVY 5APCA 4WOAA 1LJHA 1L37A 1WQMA 2RB1X 4QY9A 3LN2A 3C7YA 2YBNA 4LGKA 4M4OA 1RI8B 1JUGA 4ETCA 4ET8A 1IP1A 4NG1A 1LZ1A 3DMXA 234LA 1GF9A 4I7QA 4OOTA 1HSWA 1YAMA 3WUAA 1BWIA 1L56A 129LA 2B73A 1DZBX 4NY5A 2ZYPA 2BQOA 1EQ5A 1BVXA 1VATA 1XGRC 2OTZX 1JTPL 1C6BA 1L83A 1L80A 4NGJA 1GB9A 1PQMA 2LC9A 2DBTA 2Z38A 5C6IA 3DN1A 4XYYA 1KIPC 4NIJA 1NHBA 2LZTA 3AJNA 2RBPA 4I7RA 5E9RA 1PS5A 1D2WA 1L74A 3WXTA 137LA 221LA 1KXXA 2EPEA 1CKHA 1I20A 4OO9A 2FYCA 1LMNA 4H91A 4MSTA 1G7HC 1LW9A 1L64A 1D9WA 247LA 3RNXA 1GB0A 4WL7A 1HFZA 4HPEA 183LA 5LVJA 4TSBA 231LA 3A94A 2OE9X 1WTMA 2RB0X 216LA 1JKBA 3L64A 3B0OA 1O23A 4B1AA 1BGIA 2MEBA 1IORA 1C6NA 4GBRB 1OYUA 1L71A 1L17A 1D3JA 7LYZA 3WW6A 4W51A 1QTKA 1LZTA 1JEFA 4GCCA 1LSEA 3CT0A 1KXYA 4YEOA 1IP2A 1HC0A 1OQMA 1LSDA 2Z6BA 3WW5A 4ARQB 1VDQA 1L38A 1WTNA 1GF7A 256LA 1L98A 1BQLY 2ZWBA 1CU0A 4IJ4A 5L3HA 1GFVA 190LA 4NHPA 1L59A 1LHKA 4N9RA 3B0IA 4QDNA 3G3VA 1WQQA 4YX7C 4NGKA 4J7VA 1L68A 2CJLA 3CDVA 1FLQA 4L41A 4GCFA 1J1XY 2IFFY 1GF8A 3IJUA 1RE2A 2DQDY 1LZAA 1KS3A 5KXWA 1TCYA 2EQLA 4ARQA 1B7NA 258LA 3RW8A 2XBRA 1QUTA 5L9JA 5FELA 177LA 3G3AB 4EMNA 4H94A 3TMVA 2NWDX 1CV4A 1LI3A 4EKPA 1LKRA 3HT8A 1OUHA 2H5ZA 4TSCA 4LYBA 4GN5C 4N0JA 1GBOA 2NTGA 2H9KA 1L62A 4EKQA 1ZWNA 1IO5A 1MELL 5LAFA 1HEMA 1LAAA 1L75A 3C81A 1L97A 246LA 3QY4A 1LJJA 1HFXA 1LKSA 4NWHA 1C6JA 4X3BA 4FDYA 1REMA 3RUNA 3LYMA 1OUJA 1LZ5A 2F4GA 1GAZA 4W59A 4GCBA 3C7WA 2HEBA 1UA6Y 3T36A 5KXTA 1L66A 2CUUA 4XADA 5FSTA 1IP6A 1LHHA 4PPOA 3M3UA 5KKJA 1CV3A 4Z3MA 1GXV2 3BKVA 2W1LA 156LA 226LA 1OUCA 4OW1A 4N5RA 196LA 1CJ6A 1W6ZA 2XQOA 1GF0A 3D9AC 1ZVYB 3A95A 149LA 1CKCA 1OV7A 1L79A 2Z39A 1L32A 3CSRA 4NWEA 1AKIA 1IC4Y 1JQUA 1LGXA 197LA 3OE9A 4QEQA 259LA 1IP4A 1QT8A 1QTVA 2ZIJA 5M1YA 3WVXA 1INUA 1UACY 3B72A 224LA 1CKGA 1J1OY 4G9SA 1XEPA 238LA 1KY1A 4IATA 1KY0A 4DYGA 1AM7A 3T6UA 1UIBA 144LA 4KXIA 2WARA 5LAGA 3A93A 3FI5A 1PQDA 1A2YC 1UIHA 1SSWA 2F2NA 1IWZA 2B6XA 1LZ8A 182LA 3F9LA 5HNCA 1JITA 1HENA 1OVJA 4LYZA 9LYZA 1CKFA 1JWRA 1OUAA 159LA 5B06A 5I54A 1L07A 2DQGY 1LZDA 4BAPA 4W58A 4YEMA 1T97A 5D5CA 1SLYA 2A7FA 1LWKA 3QNGA 4W96A 3HTBA 3FE0A 4NHIA 3HTDA 127LA 2RBOA 1T3PA 5FDJA 1PQOA 3WPJA 4J0LA 4Z98A 4WM6A 194LA 1L88A 1NF5A 4YXAC 1YL0X 2B6WA 1GB8A 1QSQA 4TUNA 1LZBA 165LA 2HEDA 4GRVA 3HH4A 2LYOA 1JTMA 4NG8A 1GEVA 1C69A 5LYZA 3FADA 1G0KA 3EMSA 1L45A 3ULRA 1CU5A 4MR1A 1LHJA 110LA 4EKSA 1QTCA 2DQAA 1L09A 1LSGA 4UWUA 1L39A 4IAPA 209LA 4KPMA 3AZ5A 5LYTA 4AXTA 154LA 1CUPA 1VFBC 232LA 5LVHA 8LYZA 1L82A 1P56A 147LA 1VDPA 1QSBA 1UIEA 1G7MC 1LSPA 4WLDA 2YBHA 2A7DA 2RBQA 3GUPA 3AW7A 1L90A 1REYA 2ZQ3A 3W6BA 5JENB 3DN4A 4YENA 4DWXA 168LA 1LJFA 2I26L 237LA 2HEFA 1L33A 4XJDA 1LSAA 4I7OA 4ANRA 4LDOA 3A90A 1L00A 1L06A 2MEEA 175LA 3PDSA 3AGHA 260LA 1TAYA 5C6LA 1C61A 1UCOA 201LA 132LA 1QT6A 1B9OA 2ZNWY 245LA 3F6ZA 5APDA 4PGJB 1IR7A 3SP3A 1OUIA 1LJIA 4PK0A 4FJRA 1XJUA 1P3NA 4PJZA 3ODUA 5KXMA 4GLAA 217LA 3G3BB 1BWHA 1P2LA 239LA 250LA 262LA 2YSSC 4HJVA 4BADA 4ETEA 4RLMA 2W1YA 174LA 254LA 131LA 1LZCA 2BQFA 3VWOA 4NGOA 1L76A 4H9IA 1B5UA 5KXNA 2F47A 1CNSA 4HSFA 5FEKA 1C43A 2B5ZA 2G4QA 2ANVA 3CDOA 1VDTA 3GXRA 2BLXA 3MGWA 161LA 5KXOA 1WTHA 4WLYA 2F4AA 1QT5A 1HF4A 1OUEA 3WPKA 220LA 1GDWA 4H8YA 2BQNA 5KXPA 3C8QA 4J1BA 181LA 4WM5A 1L77A 4LYMA 171LA 1YROA 6LZMA 3A3RX 2HU1A 2MEIA 4II8A 2G4NA 242LA 5KXRA 208LA 5B07A 4HV2A 1T8AA 5DN4A 2XJWA 4LT2A 4H9CA 1FLYA 3ATNA 3B6LA 4GN3A 5A3EA 1P36A 1B7SA 3ATOA 1YKXX 1LJGA 5F9UA 1C68A 2LCBA 1DKJA 2FBBA 133LA 3LYZA 130LA 1L21A 1GF3A 225LA 1VDSA 1C65A 4W94A 1D0MA 2MEAA 1DYEA 3PBLA 3CB7A 170LA 160LA 1SWYA 4PRUA 3B0KA 3LZ2A 4H92A 5I4YA 1QTDA 1XGTC 3HTGA 3HBDA 5IELA 1DYGA 1OP9B 5AMYA 4ETBA 1L55A 4OWBA 1T8GA 2ZQ4A 1D3MA 4OWHA 3TXEA 1NBZC 3HU8A 4H9AA 1IR8A 1DKKA 4LDLA 1L18A 2MEFA 4W53A 215LA 145LA 1DPWA 1SWZA 1EPYA 4LZMA 2OTYX 5HMJA 2B6ZA 4IASA 1B5XA 3WH1A 1GFTA 3OK0A 4RLNA 1L84A 1YIKA 5T3FA 103LA 3A96A 1L94A 1HSXA 2RBNA 1DI4A 1L92A 1XFPL 1L63A 5LXWA 1GF6A 2RBSA 1QT3A 1P64A 2FBDA 3SB5A 5I4WA 1I1ZA 1LYZA 2I25L 2HULA 1P46A 1NWGA 213LA 1A4VA 1LSZA 3WU9A 4XENA 1LSNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I7K A;  2MEH A;  2N5Z A;  1AT6 A;  4LT0 A;  4NFV A;  5KXS A;  119L A;  5IHG A;  1LYI A;  1XEI A;  4BS7 A;  4H9E A;  1LMA A;  1OV5 A;  163L A;  2CGI A;  1C6C A;  2L78 A;  1L51 A;  1VED A;  3AB6 A;  3P64 A;  2HTX A;  1LMQ A;  1LYY A;  3OE6 A;  2QAR C;  1NDM C;  3LHM A;  1C6E A;  3K3T A;  2F32 A;  4N1E I;  140L A;  3GUN A;  210L A;  3HUK A;  180L A;  3LZM A;  5B1G A;  1L28 A;  4OWA A;  1B0D A;  1FBI X;  4J1A A;  191L A;  1N4F A;  3WXU A;  3SB6 A;  1L49 A;  4I7T A;  1C60 A;  2I6Z A;  1FKQ A;  184L A;  2D4K A;  1PQK A;  4KT3 A;  4ETD A;  1C64 A;  4DD1 A;  1L54 A;  1L13 A;  1D2Y A;  4WM3 A;  1C6H A;  1GE3 A;  4PHI A;  3P68 A;  2Y8P A;  3TXI A;  2W1X A;  3WU8 A;  1F6R A;  4C3W A;  2HEA A;  1V7T A;  2FYD A;  1JSE A;  1C6M A;  1B7P A;  3WMK A;  4NGW A;  1C6T A;  5KXK A;  3C8R A;  1GBY A;  241L A;  2O4W A;  152L A;  1QSA A;  1C08 C;  1GFJ A;  138L A;  1LJE A;  1ZYT A;  1GD6 A;  1CUQ A;  4HP0 A;  5LIO A;  1L48 A;  1JJ1 A;  3A8Z A;  5APF A;  1IOT A;  1L72 A;  4ZFP A;  4W56 A;  1LZ6 A;  1LMC A;  5LYM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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