215LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTANSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 215lA00
1L43A 1QTDA 1L47A 168LA 2B72A 1L24A 2RBQA 4ARMA 3GUJA 1C6TA 1DYBA 1L13A 3C7YA 1XJTA 228LA 1C6HA 1L90A 1KS3A 3DN1A 235LA 2OU9A 139LA 2RAYX 4PJZA 3HU8A 1T8GA 1L00A 1L03A 2B6WA 3C8QA 1I6SA 2O4WA 177LA 1L66A 1DYFA 4W56A 1CU6A 2B6XA 1L62A 3NY8A 1CU0A 257LA 1CV5A 1QT7A 4W58A 3DMVA 1EPYA 1L64A 205LA 2RBOA 216LA 191LA 164LA 1QT8A 156LA 195LA 1L84A 3FI5A 4YXAC 184LA 3DMZA 2OU0X 1LYIA 1L07A 1L04A 1L42A 1L25A 1C6IA 1P56A 1QTBA 3CDQA 1L83A 2OE4X 2NTGA 4I7TA 4LDOA 1C6PA 1L33A 1NHBA 3L2XA 1SSWA 1L36A 4I7NA 1L29A 1L95A 1C6MA 1OV7A 5I14A 1L81A 3GUPA 3CDRA 2B6TA 1C6AA 232LA 1L71A 3HTBA 3K2RA 4I7KA 3CDVA 3SN6R 187LA 1C6QA 1QSQA 1L61A 1L01A 1L16A 1LI2A 186LA 1C63A 1K28A 4ARLA 1DYDA 144LA 1LI3A 3EMLA 4LZMA 1G1VA 1LW9A 120LA 1L70A 6LZMA 1CTWA 1L09A 241LA 1P2RA 1L12A 2ANXA 1QTCA 1G0PA 1L91A 3HH4A 146LA 1C69A 1L77A 2RB1X 190LA 1L82A 1C66A 1KW5A 3RUNA 3CDOA 2F47A 4ARPA 140LA 261LA 1L80A 1L93A 1T8AA 4I7JA 3GUNA 4YXCA 242LA 225LA 149LA 1KY1A 1PQJA 3NYAA 1TLAA 250LA 1C62A 1T6HA 1G1WA 170LA 175LA 1LWGA 3DN6A 1CUPA 3GUMA 1KY0A 3C8RA 163LA 167LA 4PK0A 234LA 4W54A 1L40A 3HTFA 1L46A 1QTZA 2OE9X 1L08A 212LA 4W59A 3DKEX 1L94A 1G0KA 1QT5A 3HH3A 200LA 1QT6A 1L52A 3G3WA 142LA 2Z6BA 1LYGA 3GUOA 3GUIA 1L99A 1L65A 4W57A 189LA 3OE9A 1C65A 129LA 1L17A 141LA 1T97A 1LYFA 2Q9DA 2RBNA 1CX6A 1L60A 251LA 1WTHA 1L11A 1L23A 1KNIA 111LA 1G0GA 1L86A 1SX2A 173LA 1L38A 2CUUA 4E97A 1OWYA 1L14A 1L35A 145LA 3SB8A 4EXMA 2B7XA 2B73A 1L50A 3G3VA 1CUQA 162LA 1L21A 231LA 3VW7A 3RZEA 3DN8A 1L54A 2IGCA 1QUGA 3HTDA 1L51A 1CV4A 3HH6A 2L78A 127LA 1L55A 2RBSA 3GULA 2B6ZA 188LA 1L34A 3SB9A 3DN3A 1OVJA 1L63A 3G3XA 1SWYA 214LA 176LA 1LPYA 1C6NA 2HULA 160LA 4EJ4A 236LA 1LGUA 1L19A 2Q9EA 102LA 1ZYTA 4ARJA 3C82A 183LA 226LA 211LA 1LGXA 119LA 1C6EA 3JR6A 227LA 4EKRA 150LA 2OEAX 2OTZX 3CDTA 1C64A 252LA 180LA 3V2YA 1L87A 1DYCA 161LA 2B70A 1L85A 4LDLA 1L73A 4GRVA 1L02A 217LA 253LA 1B6IA 3HT7A 256LA 1L68A 258LA 4DAJA 1QTHA 218LA 1QT4A 197LA 1L22A 2OE7X 104LA 1LGWA 3HWLA 3PDSA 222LA 3HUAA 247LA 1P36A 1P5CA 1L92A 246LA 3PBLA 1L26A 248LA 192LA 4I7LA 1OV5A 199LA 1L75A 3SBBC 238LA 110LA 1CU3A 1L76A 2F32A 148LE 165LA 3HH5A 262LA 3NY9A 3OE0A 3ODUA 1LYEA 1LYDA 1DYEA 1C68A 2RBRA 240LA 2OTYX 1DYAA 1XJUA 1P2LA 103LA 1CVKA 1D3MA 1LWKA 1T8FA 123LA 1QTVA 259LA 233LA 118LA 4W52A 1L79A 1SSYA 1L72A 3D4SA 3HT8A 1L10A 1L44A 1QUDA 1L0KA 122LA 4YX7C 4I7SA 1L88A 3HUQA 1G0QA 3F9LA 109LA 1L15A 3OE8A 2ANVA 138LA 2LCBA 1G07A 1P3NA 143LA 2OU8A 3DMXA 3HU9A 7LZMA 1D3FA 3OE6A 4W55A 1LYJA 1L41A 1L58A 4K5YA 1PQIA 3DN2A 3HDEA 155LA 4ARMB 1L20A 1L39A 1C6BA 1C6CA 1L69A 1CV3A 3DN4A 1L27A 1QUHA 3C7WA 152LA 1JTMA 1L98A 1L74A 1L89A 3HTGA 130LA 4I7QA 1L57A 1JTNA 2LC9A 219LA 1L67A 2RAZX 3SB5A 209LA 1SWZA 159LA 2HUKA 260LA 4OO9A 1D2WA 255LA 1L59A 1ZWNA 125LA 4IAPA 3QAKA 3F8VA 4DKLA 3HUKA 128LA 4I7MA 2B6YA 4EKQA 1L18A 1PQOA 1PQDA 1CV0A 3HDFA 4I7OA 1OWZA 114LA 245LA 4I7PA 113LA 3C81A 3FA0A 1G0LA 107LA 1QSBA 4LDEA 1QT3A 1PQMA 1L53A 1G0MA 126LA 169LA 3SB6A 181LA 1DYGA 1P46A 1CX7A 1P64A 1CU2A 1L30A 3C8SA 1L45A 237LA 2LZMA 1L97A 1P37A 158LA 1C61A 4I7RA 1KW7A 206LA 3DN0A 147LA 1L37A 1P6YA 201LA 1L0JA 2QB0B 4EPIA 1QS9A 108LA 151LA 1QS5A 220LA 1CU5A 2B75A 1C6FA 182LA 1C6GA 229LA 239LA 249LA 2O7AA 4W53A 4EKPA 1ZURA 1C6JA 5LZMA 1C60A 1PQKA 4W51A 1OVHA 112LA 3C7ZA 2A4TA 4AQNA 3GUKA 1D3NA 1C6LA 224LA 1L05A 1L32A 198LA 4EPFA 221LA 1G06A 196LA 1XEPA 131LA 2HUMA 3UONA 172LA 3FADA 4S0WA 3SBAA 3HT6A 243LA 244LA 1CV1A 254LA 137LA 3LZMA 1OVKA 1L48A 178LA 1D3JA 1CV6A 1LLHA 1L31A 213LA 3HT9A 166LA 1C6KA 2RBPA 1L96A 3V2WA 3L64A 4DJHA 1LYHA 4ARQA 2F2QA 2NTHA 2QARC 1LI6A 4GBRB 2O79A 4ARQB 185LA 1SX7A 1G0JA 1L49A 174LA 4ZPUA 1L28A 1C6DA 3C83A 4EKSA 1QUOA 157LA 1D2YA 1L56A 1JQUA 1OYUA 2RB2X 1D9WA 230LA 1L06A 171LA 223LA 1C67A 2RB0X 1P7SA 2RH1A 3C80A 115LA 210LA 215LA 2B74A 3SB7A 3DNAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WMGA 1L43A 3CT1A 2NWDX 2RBQA 3GUJA 1C6TA 3WL2A 1XJTA 4J1AA 2BQBA 1IY4A 3HU8A 1L00A 1L03A 1HEWA 2B6WA 1EQ4A 3ZEKA 2D4KA 1L66A 4PPOA 4AGAA 1CV5A 3DMVA 5E4PA 2MEEA 1BB6A 1IO5A 191LA 5LIOA 156LA 5L3HA 5I4WA 5FSTA 184LA 5DL9A 1HC0A 153LA 3GXRA 3T36A 1GF6A 1C6IA 1QTBA 3CDQA 4NGYA 4KPMA 1JSEA 1CKFA 1LSNA 4YM8A 1SSWA 5KXSA 1L95A 1QSWA 1C6AA 4DD3A 232LA 1LZDA 3CDVA 4NGKA 1B7MA 187LA 1C6QA 3SN6R 1FDLY 1YL0X 2BQHA 1BWIA 1G7HC 4LT0A 3W6FA 1LI2A 4H90A 3A6BY 1LZBA 3J4GA 1DYDA 1HERA 2HECA 5F9UA 3F6ZA 3AW7A 1JKCA 1LW9A 120LA 1UIGA 5AMYA 241LA 2FBDA 5KXRA 1L91A 4TSCA 2I6ZA 190LA 1IORA 1C45A 1C66A 1KW5A 3A34A 3RUNA 3ULRA 3QE8A 2H9JA 5KXXA 1GFRA 3GUNA 4YXCA 242LA 3NYAA 1PQJA 1HEQA 3TXBA 1C62A 4NGVA 1A2YC 2ZQ3A 4G4BA 1CUPA 1UA6Y 4NGOA 1UACY 2EPEA 3G3AB 4PK0A 1XGRC 2I25L 4ZIXA 1L40A 3B6LA 4W59A 3DKEX 3HH3A 3KAMA 1LZ8A 1HHLA 2DQHY 1LHHA 1L52A 2Z6BA 4LZTA 1L65A 4DD9A 1C7PA 4PGJB 5LVKA 1KXXA 5L9JA 1CX6A 3HBHA 1L23A 1KNIA 111LA 1GB6A 1L35A 2DQJY 1FBIX 2B73A 5LVGA 1L21A 3VW7A 2H9KA 5C6JA 3DN8A 1NDMC 1EQ5A 1HEPA 2YBIA 3WVXA 1L51A 1Z55A 1GB7A 127LA 1B0DA 2A7DA 1IC5Y 1GBSA 3DN3A 1OVJA 1L63A 1TEWA 4HTKA 1GFEA 1KIQC 214LA 3CQLA 4B4JA 1LPYA 1LCNA 4EJ4A 2Z39A 2Q9EA 4H93A 1LSEA 119LA 1C6EA 1D0LA 134LA 3D9AC 193LA 4EKRA 3CDTA 180LA 1GFJA 1L87A 1LJ3A 1DYCA 2MEIA 1L85A 1L73A 1L02A 1B6IA 258LA 1LYZA 2XBSA 1JTPL 4B1AA 2LHMA 1G7JC 104LA 5HMVA 3CSQA 3PDSA 3W6CA 1L92A 246LA 3PBLA 3B72A 1GXV2 192LA 2DKVA 4I7LA 5K7OA 1LSFA 199LA 3SBBC 1L76A 2F32A 4CFOA 2XQOA 5FELA 1DYEA 1FLQA 2F4GA 240LA 2RBRA 1T3PA 1XJUA 2CDSA 1D3MA 1T8FA 259LA 2ZILA 132LA 5F16A 3WMKA 1I1ZA 2D6BA 1G7LC 4C3WA 1L72A 1WVUA 4WLYA 5KXWA 1OUFA 1LSPA 1L88A 1G0QA 3WU9A 3OE8A 2ANVA 138LA 4H9IA 1JISA 1P3NA 3HU9A 3DMXA 2YDGA 1CKHA 5C6LA 4IASA 1HF4A 3OE6A 4LGKA 1TBYA 2FYCA 2BPUA 1L69A 1C6CA 1CV3A 4ET8A 1QUHA 1LYYA 152LA 5HLLA 1EQEA 2BQCA 4I7QA 1JTNA 2LC9A 2N5ZA 3SB5A 4ZFPA 1DI3A 5LA8A 1IP3A 1HSXA 3LN2A 260LA 4ZEEA 1VDPA 3AB6A 255LA 1L59A 125LA 4NWEA 1JJ1A 1XEIA 4B49A 3RW8A 4I7MA 1L18A 3RZ4A 1LKRA 5KKJA 1GB3A 1LZ1A 1B2KA 1QTEA 1G0LA 1VATA 1TCYA 1PQMA 126LA 1DYGA 1P46A 1CX7A 2BQAA 1CU2A 2F4AA 4I8SA 1L97A 4WOAA 158LA 4I7RA 206LA 3DN0A 2DQFC 4Z3MA 1LHLA 1UIFA 1L0JA 4GCEA 4YENA 1BB4A 1IOCA 1QS5A 2B75A 182LA 229LA 249LA 2O7AA 5LZMA 1DKJA 1PQKA 1GAYA 1OVHA 1LZSA 3C7ZA 1LJHA 4ETEA 1H6MA 224LA 1GF7A 1LAAA 1XSFA 1L05A 1L32A 4LYCA 221LA 4W96A 1BVKC 1G06A 1GE3A 1JUGA 3UONA 3FADA 4S0WA 5F9XA 1CV1A 254LA 5LXWA 5HNCA 3HT9A 1KIPC 4W94A 1B7QA 2LZTA 5LAGA 3V2WA 3TMVA 4DJHA 1GFTA 1GE2A 1IX0A 1OUBA 1G0JA 174LA 1B5WA 1C6DA 1YROA 1INUA 157LA 1ZV5L 1TDYA 4E3UA 1D9WA 2X0AA 3C80A 171LA 223LA 1F6SA 3FI7A 115LA 2C8PA 4H9EA 210LA 4NWHA 3DN6A 4DC4A 4U3XB 4DD1A 4QGZA 4QEQA 168LA 1GWDA 3LZTA 1AT5A 3CB7A 1C6HA 1L90A 1KS3A 3AZ6A 1J1XY 235LA 4FJRA 4GCFA 4PJZA 1LZYA 1T8GA 2ZYCA 3C8QA 4TX7A 5I54A 4IATA 1CU6A 2B6XA 1L62A 3WXUA 1IR9A 4W58A 1GFGA 1YKZX 2DQDY 1JJ3A 1I56A 5APCA 1JKAA 195LA 3FI5A 3A93A 5APDA 2DQCY 5KXMA 1XFPL 1JTTL 4WLXA 3HBEX 1LYIA 1WQMA 1L42A 3SP3A 4P2EA 1L83A 2FYDA 3TXJA 3L2XA 2Q0MX 1V7SA 4I7NA 4GCCA 1YQVY 1L81A 3GUPA 4XJDA 3CDRA 2B6TA 1LZ4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WMG A;  1L43 A;  3CT1 A;  2NWD X;  2RBQ A;  3GUJ A;  1C6T A;  3WL2 A;  1XJT A;  4J1A A;  2BQB A;  1IY4 A;  3HU8 A;  1L00 A;  1L03 A;  1HEW A;  2B6W A;  1EQ4 A;  3ZEK A;  2D4K A;  1L66 A;  4PPO A;  4AGA A;  1CV5 A;  3DMV A;  5E4P A;  2MEE A;  1BB6 A;  1IO5 A;  191L A;  5LIO A;  156L A;  5L3H A;  5I4W A;  5FST A;  184L A;  5DL9 A;  1HC0 A;  153L A;  3GXR A;  3T36 A;  1GF6 A;  1C6I A;  1QTB A;  3CDQ A;  4NGY A;  4KPM A;  1JSE A;  1CKF A;  1LSN A;  4YM8 A;  1SSW A;  5KXS A;  1L95 A;  1QSW A;  1C6A A;  4DD3 A;  232L A;  1LZD A;  3CDV A;  4NGK A;  1B7M A;  187L A;  1C6Q A;  3SN6 R;  1FDL Y;  1YL0 X;  2BQH A;  1BWI A;  1G7H C;  4LT0 A;  3W6F A;  1LI2 A;  4H90 A;  3A6B Y;  1LZB A;  3J4G A;  1DYD A;  1HER A;  2HEC A;  5F9U A;  3F6Z A;  3AW7 A;  1JKC A;  1LW9 A;  120L A;  1UIG A;  5AMY A;  241L A;  2FBD A;  5KXR A;  1L91 A;  4TSC A;  2I6Z A;  190L A;  1IOR A;  1C45 A;  1C66 A;  1KW5 A;  3A34 A;  3RUN A;  3ULR A;  3QE8 A;  2H9J A;  5KXX A;  1GFR A;  3GUN A;  4YXC A;  242L A;  3NYA A;  1PQJ A;  1HEQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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