216LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKWELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 216lA00
183LA 1L66A 250LA 186LA 5I14A 1C6TA 2QB0B 1L16A 1L44A 3FADA 252LA 1ZYTA 1C6LA 3HTFA 3HT9A 1CV5A 3HH4A 1CTWA 1DYGA 159LA 1DYBA 216LA 224LA 242LA 1QTDA 4EKRA 123LA 1L69A 2B72A 4ARMA 1P46A 253LA 1OWZA 1PQDA 2HUMA 199LA 7LZMA 3DN2A 1P3NA 138LA 185LA 3L64A 4I7TA 4W55A 1LI3A 1C64A 1C66A 236LA 1P36A 1D2WA 261LA 1LLHA 1OVJA 3ODUA 217LA 230LA 4PJZA 1P2RA 239LA 3C8RA 4I7QA 1L52A 1JTMA 2RBPA 1TLAA 3NY9A 1L0JA 2RBSA 1C6DA 4GRVA 4W56A 1L95A 3QAKA 1QTVA 2RBRA 1L83A 4I7KA 4EJ4A 4LDLA 1SX2A 1L02A 1LYFA 225LA 3OE6A 1L26A 1L89A 3HTBA 113LA 3V2YA 2OE9X 1QT5A 4ARLA 3PDSA 1L49A 1LPYA 1OVHA 1QUDA 141LA 4EKQA 143LA 1P5CA 1SWYA 1T8FA 2QARC 3C7ZA 197LA 163LA 1L71A 127LA 1QTBA 1L14A 4YXCA 2F47A 3CDVA 2LCBA 1OVKA 2NTHA 4E97A 1L39A 220LA 3NY8A 4W53A 1L43A 2Q9EA 4ARMB 156LA 3OE0A 3DN6A 210LA 1L60A 1CUQA 221LA 2RB1X 2OTYX 3HDFA 1C63A 1B6IA 1DYDA 4GBRB 251LA 4EPFA 1C6BA 1G0QA 1G0JA 1P37A 1T6HA 3GUIA 1G0LA 3DNAA 1G1WA 1QTCA 4I7NA 1L54A 1P6YA 4OO9A 1L04A 1C6QA 139LA 1QSBA 1D3NA 1D3MA 1L92A 2HUKA 112LA 3C7YA 1PQKA 1G1VA 3SBBC 1G0KA 1L94A 209LA 1L82A 177LA 1CV6A 3C83A 1L01A 1G0GA 1QSQA 4DAJA 1I6SA 1L09A 232LA 200LA 1L46A 126LA 3CDTA 4EPIA 4W59A 1L75A 1CV1A 3DN4A 3DN1A 190LA 107LA 3GUNA 1L11A 4I7LA 2B6YA 2B6XA 1C61A 3HU9A 118LA 1L64A 214LA 4LZMA 5LZMA 102LA 1KS3A 229LA 130LA 180LA 3FI5A 189LA 1P2LA 4W54A 3C7WA 2L78A 3V2WA 1L57A 157LA 3HH5A 1C6EA 1L08A 2B74A 3F8VA 3RUNA 1L51A 240LA 1XJUA 241LA 1L38A 2B73A 1LYDA 4ZPUA 3PBLA 3CDOA 1LYJA 1G0MA 119LA 1EPYA 1CU2A 1SSWA 235LA 1L27A 1L86A 1C62A 1C6JA 176LA 1L93A 3D4SA 3HUKA 2RAYX 173LA 3C81A 3SBAA 187LA 1L13A 2Z6BA 3HH3A 3EMLA 3F9LA 1L65A 4W52A 115LA 147LA 4ARJA 3C8QA 3NYAA 1C6PA 131LA 2B6WA 3C80A 1L00A 3GUKA 1ZURA 1LI2A 245LA 238LA 2OE7X 1L33A 3K2RA 148LE 1L63A 1G0PA 2OEAX 1D3JA 1DYAA 1PQMA 1L24A 247LA 109LA 196LA 1L91A 1L30A 1OWYA 1OV5A 1L79A 1L56A 191LA 1QS9A 1QS5A 4LDEA 1C68A 162LA 165LA 1L55A 211LA 1L76A 228LA 3G3VA 2O4WA 1LWKA 1LW9A 1QT8A 1XEPA 1C6KA 1L07A 1L28A 128LA 4I7PA 1CVKA 2RH1A 3HT7A 3CDRA 146LA 3HDEA 2B6TA 1L80A 3DMZA 4I7JA 1L06A 3OE9A 3GUMA 1L53A 175LA 218LA 1L74A 4ARPA 3HUQA 1PQIA 3GUOA 1K28A 3L2XA 3DN8A 1CUPA 1LYIA 1L68A 3GUPA 4I7SA 2F32A 1L85A 1QTHA 254LA 4W51A 222LA 3SB9A 1CU0A 4EXMA 1QT7A 1C6NA 1L67A 2IGCA 3G3WA 1C6MA 6LZMA 174LA 3DN3A 259LA 166LA 4EKPA 3HH6A 170LA 4S0WA 1L18A 1L25A 2B75A 3HT6A 1C69A 1JTNA 1D3FA 1L40A 142LA 1L50A 1LYHA 1DYEA 2ANVA 4YXAC 1OYUA 122LA 1L87A 1P64A 258LA 243LA 1WTHA 1L72A 2RAZX 1L10A 1L61A 111LA 1C6GA 2OU9A 188LA 2LC9A 1T8GA 3SB6A 256LA 3DKEX 1L58A 1P56A 1C65A 140LA 182LA 1SSYA 149LA 1KY0A 3VW7A 3OE8A 3LZMA 237LA 198LA 1L19A 1L0KA 3GULA 215LA 184LA 1L12A 223LA 3RZEA 1CX7A 1C6FA 3HT8A 4YX7C 1L22A 1QT3A 2CUUA 1CV3A 4DKLA 1NHBA 1C60A 3SN6R 1C6IA 1CU3A 195LA 213LA 2HULA 1L98A 3GUJA 1L05A 152LA 227LA 3SB7A 257LA 1JQUA 1C6HA 151LA 2F2QA 4ARQB 1C67A 1D9WA 1L96A 150LA 205LA 1SWZA 181LA 169LA 137LA 1CX6A 1LWGA 192LA 1PQOA 167LA 1QUGA 171LA 168LA 4W58A 3DN0A 1ZWNA 114LA 161LA 2OU0X 1D2YA 1L90A 1L99A 103LA 1QT4A 2B6ZA 1KW5A 108LA 1L15A 164LA 1L45A 1L77A 1CV0A 129LA 1G07A 1L48A 1L36A 1L88A 1L03A 1CV4A 1L70A 3HUAA 2RB2X 1P7SA 1L32A 1L17A 1L41A 1LGUA 201LA 155LA 178LA 1G06A 1L62A 4I7MA 1L97A 3DMVA 1LI6A 4I7OA 1CU5A 1L81A 2RBQA 1L34A 1T97A 3C8SA 1C6AA 3FA0A 1OV7A 4DJHA 219LA 1L73A 1DYFA 4I7RA 1L21A 1LGWA 234LA 1QT6A 249LA 1C6CA 1T8AA 144LA 3CDQA 206LA 2B70A 2B7XA 3G3XA 1L37A 248LA 3DMXA 2RB0X 3HTGA 4IAPA 1KNIA 3C82A 3UONA 1L35A 4K5YA 1L47A 4AQNA 1LYEA 1KY1A 2A4TA 3SB5A 3HU8A 1QUOA 160LA 1LYGA 2RBNA 255LA 125LA 1L20A 2ANXA 2Q9DA 4ARQA 1L84A 104LA 1QUHA 1L31A 226LA 2O7AA 3HTDA 1CU6A 1QTZA 2O79A 4LDOA 260LA 231LA 145LA 1L23A 1LGXA 1L29A 4EKSA 2NTGA 4PK0A 1L42A 3SB8A 1DYCA 212LA 2OTZX 2RBOA 172LA 1SX7A 233LA 3HWLA 244LA 2OE4X 2OU8A 158LA 1L59A 1PQJA 262LA 1KW7A 3JR6A 246LA 120LA 4W57A 2LZMA 110LA 1XJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
183LA 4G9SA 1L66A 1F6RA 5KXNA 1C6TA 4G4HA 1XSFA 1L16A 2XJWA 1CTWA 1WQQA 224LA 5APFA 1IWXA 5KJ9A 3GXRA 4LGKA 3WULA 199LA 1IOSA 1IEEA 2HEAA 7LZMA 185LA 4KXIA 5IDDA 1BB4A 2BQEA 4I7TA 1C64A 4UWVA 1LHMA 4CFOA 1GBSA 1IWUA 1GB0A 2BQCA 3ODUA 217LA 4NWHA 3KAMA 4DD9A 1HMLA 3TXFA 3NY9A 1L0JA 2RBSA 2FBBA 1UC0A 3AZ7A 3ZVQB 4LDLA 1GB2A 1LZAA 3OE6A 1LMQA 2OE9X 2BQHA 1LSNA 3WUMA 5I4WA 2EIZC 3W6AA 197LA 1CKDA 1UIDA 1L14A 1GF6A 2NTHA 1LSAA 4RLNA 156LA 3DN6A 4A7DA 210LA 1C43A 1LZYA 3AZ4A 3HDFA 1DYDA 251LA 4NGVA 1F0WA 3GUIA 4W96A 1CJ8A 1G1WA 1QTCA 4I7NA 1TAYA 4XJGA 1D0MA 1FLQA 4H9IA 1P6YA 1D6PA 1HERA 1L92A 2HUKA 1LZGA 1G1VA 2W1XA 4LT1A 1VFBC 4Z98A 4HJZA 209LA 1IP5A 3C83A 4H9AA 1G0GA 4XENA 4NHPA 3RT5X 4DAJA 4NHSA 126LA 2D4IA 1L75A 3DN4A 1REMA 190LA 4H9BA 1OUDA 4I7LA 3WXTA 4E3UA 2Z18A 1QTEA 1C61A 2LYZA 1QSAA 102LA 130LA 1LHLA 1B5UA 4DT3A 1P2LA 4W54A 2L78A 1WQOA 4PJ2C 3F8VA 1XJUA 4QY9A 4I0CA 4OWAA 2Y8PA 3ULRA 2CJLA 3WU7A 1C6JA 3CT1A 4TTDA 1HNLA 4IASA 9LYZA 5EBHA 3HH3A 3EMLA 1L65A 1HEWA 4IJ4A 2BLYA 3A6BY 1C6PA 1LZSA 1LMNA 3GUKA 1FKQA 1LYYA 4O34A 4YOPA 238LA 1QQYA 1G0PA 247LA 4ETDA 5KXWA 3T6UA 4LFXA 1IVMA 1OWYA 1OV5A 1L79A 5B07A 191LA 1QS5A 1N4FA 1B0DA 4LDEA 162LA 165LA 1LJ4A 1L55A 211LA 3D9AC 1NF5A 3G3VA 5DL9A 4H1PA 3WYHA 1LW9A 1XEJA 2N5ZA 1GB6A 1DKKA 1DZBX 1LMPA 3J6KA 5B05A 1B7PA 1YANA 3M3UA 2LZTA 1FLWA 2F4GA 1L06A 1RCMA 5J7CA 1JIYA 1UBZA 4H8ZA 4QGZA 1PQIA 1LJGA 3GUOA 3L2XA 3WPJA 1CUPA 1LHJA 4H9HA 3GUPA 4TSCA 1GHLA 1QTHA 254LA 4W51A 1CU0A 1RJCB 1IC5Y 3W6EA 1L67A 2IGCA 3EXDA 1C6MA 1LSBA 5APCA 6LZMA 3DN3A 4NGOA 166LA 1GXV2 1GFVA 1L18A 2B75A 1JTNA 2G4PA 4MSTA 142LA 2DQEY 1XGUC 1OUAA 1JJ3A 1DYEA 2ANVA 4YXAC 4NSGA 1OYUA 2PC2A 1AT6A 258LA 4WM6A 1WTHA 1XGTC 1L10A 1L61A 4H90A 1G7LC 2LC9A 3A6CY 1D6QA 4KL7A 3LYOA 3SB6A 4HV2A 1L58A 4TWSA 4DD7A 1GB5A 1C65A 4N1CC 4PRUA 5KXKA 1G7IC 4WLTA 182LA 1W6ZA 1IY4A 1KY0A 1L19A 2CGIA 215LA 5APEA 1L12A 1GFHA 4HTNA 223LA 1JUGA 2ZIJA 1CX7A 3HT8A 4OW1A 4NHTA 1F10A 4YX7C 2HEEA 2CUUA 1CV3A 4NIJA 4WLDA 1BB5A 3SN6R 1CU3A 4GCFA 1QIOA 2HULA 1WQRA 1L05A 227LA 3SB7A 2Z12A 1GBYA 5KXSA 1D9WA 4G4CA 1QUTA 2MEGA 1ALCA 2I26L 1XEKA 3BKVA 1LWGA 1PQOA 167LA 1QUGA 1B7OA 1UIGA 2OU0X 1L99A 2B6ZA 1L48A 1L88A 1NDGC 1ZMYL 4WM2A 1L32A 1L17A 4HPEA 1LGUA 201LA 1L62A 1CJ9A 3P65A 2BQDA 1L97A 4I7OA 1CU5A 1IOTA 1JKCA 5F16A 1T97A 1GBOA 219LA 1DYFA 1GEZA 5II3A 234LA 249LA 1C6CA 1T8AA 1INUA 1B7QA 1P2CC 1YIKA 5K7OA 2CDSA 5HNCA 5A3ZA 2B70A 1UCOA 1WVUA 1GDWA 1KNIA 1FN5A 3C82A 4K5YA 1HHLA 1KY1A 1BWHA 3HU8A 1LZ4A 1LYGA 3LN2A 4G49A 5KXPA 1L84A 4PRQA 4LT3A 1FLYA 5KXLA 226LA 2O7AA 1JKBA 4ETAA 1LPIA 4LDOA 1LZDA 260LA 4G4BA 4Z41A 145LA 1L23A 1B7LA 3P64A 1LKSA 1CNSA 4XJIA 3TXBA 2OTZX 172LA 233LA 4UWUA 1LSCA 2OE4X 1T6VL 4QEQA 158LA 1PQJA 246LA 120LA 4W57A 1GFAA 4NWEA 186LA 4NGWA 2QB0B 1L44A 3FADA 4ET9A 3HH4A 4NY5A 1IP3A 1QTDA 4EKRA 123LA 1GF5A 2HU1A 3E3DA 5APDA 1QSWA 1OWZA 1B7MA 4NFVA 4II8A 3TMUA 1KXWA 4WO9A 138LA 1MELL 133LA 4W55A 5LVGA 1C66A 1P36A 1GFJA 1D2WA 1DPWA 3TXEA 3A90A 230LA 239LA 2EKSC 1IWWA 5KY1A 4UWNA 1C6DA 4WM1A 3QAKA 2RBRA 5E4PA 4EJ4A 2MEEA 1L02A 4NGLA 3WPLA 1UACY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 183L A;  4G9S A;  1L66 A;  1F6R A;  5KXN A;  1C6T A;  4G4H A;  1XSF A;  1L16 A;  2XJW A;  1CTW A;  1WQQ A;  224L A;  5APF A;  1IWX A;  5KJ9 A;  3GXR A;  4LGK A;  3WUL A;  199L A;  1IOS A;  1IEE A;  2HEA A;  7LZM A;  185L A;  4KXI A;  5IDD A;  1BB4 A;  2BQE A;  4I7T A;  1C64 A;  4UWV A;  1LHM A;  4CFO A;  1GBS A;  1IWU A;  1GB0 A;  2BQC A;  3ODU A;  217L A;  4NWH A;  3KAM A;  4DD9 A;  1HML A;  3TXF A;  3NY9 A;  1L0J A;  2RBS A;  2FBB A;  1UC0 A;  3AZ7 A;  3ZVQ B;  4LDL A;  1GB2 A;  1LZA A;  3OE6 A;  1LMQ A;  2OE9 X;  2BQH A;  1LSN A;  3WUM A;  5I4W A;  2EIZ C;  3W6A A;  197L A;  1CKD A;  1UID A;  1L14 A;  1GF6 A;  2NTH A;  1LSA A;  4RLN A;  156L A;  3DN6 A;  4A7D A;  210L A;  1C43 A;  1LZY A;  3AZ4 A;  3HDF A;  1DYD A;  251L A;  4NGV A;  1F0W A;  3GUI A;  4W96 A;  1CJ8 A;  1G1W A;  1QTC A;  4I7N A;  1TAY A;  4XJG A;  1D0M A;  1FLQ A;  4H9I A;  1P6Y A;  1D6P A;  1HER A;  1L92 A;  2HUK A;  1LZG A;  1G1V A;  2W1X A;  4LT1 A;  1VFB C;  4Z98 A;  4HJZ A;  209L A;  1IP5 A;  3C83 A;  4H9A A;  1G0G A; 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