216LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKWELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 216lA00
1K28A 1G07A 5LZMA 3HWLA 2HULA 3SB8A 165LA 110LA 3UONA 1L50A 102LA 1JTMA 3DN0A 3DN4A 1C63A 2B7XA 174LA 1CU0A 131LA 1L15A 3GUJA 2HUMA 1DYDA 1DYGA 181LA 1SWYA 1G1WA 191LA 1L59A 1KNIA 1L89A 1JQUA 1QS5A 244LA 2OE9X 182LA 2Q9DA 129LA 3PBLA 1G1VA 1L05A 143LA 4ZPUA 1L94A 238LA 1C6MA 3GUPA 1T6HA 1L19A 142LA 128LA 1LGUA 3HTGA 108LA 210LA 224LA 3GUNA 1C6JA 119LA 2OE4X 1SSWA 1QSQA 1CVKA 1KS3A 1L52A 1L38A 2OU8A 178LA 1L0KA 1L92A 3C7ZA 1L25A 4W53A 4YXAC 1P37A 4EKPA 1L13A 249LA 218LA 3C8RA 221LA 1G0QA 4I7NA 2RB0X 199LA 3HT7A 1XJUA 1P7SA 1QTVA 196LA 109LA 4OO9A 2QARC 4ARJA 180LA 2OTYX 2NTGA 1L99A 1QT6A 3HT8A 1L35A 3SB6A 1PQMA 2RBNA 155LA 1OVKA 1L45A 171LA 149LA 1L81A 137LA 1PQDA 1LLHA 200LA 1CUQA 1G0GA 166LA 3CDVA 118LA 1CV0A 3DMXA 4LDOA 112LA 3DN6A 1D2YA 3C83A 3L2XA 1P6YA 227LA 4S0WA 1OWZA 114LA 1L42A 4I7LA 1L70A 2ANVA 4I7QA 239LA 3CDTA 1SX7A 1C6LA 176LA 3DMZA 192LA 1C6BA 3HU9A 3K2RA 4EPFA 1L53A 151LA 1L03A 252LA 211LA 1C65A 4E97A 4W55A 1L97A 4I7PA 251LA 3SBAA 4EJ4A 3HUQA 3SBBC 2O4WA 2F47A 1QT5A 4I7OA 2B70A 3OE9A 2B75A 4LDLA 2RBPA 237LA 1KY0A 3HH5A 2B6TA 152LA 1B6IA 233LA 1L66A 225LA 2RBSA 1OWYA 260LA 242LA 219LA 1NHBA 231LA 1L02A 113LA 1L00A 3SB7A 2ANXA 1L76A 1CV3A 4IAPA 1QUOA 254LA 3SB5A 175LA 1C6TA 4ARQB 122LA 1G0JA 1L58A 6LZMA 3VW7A 1T8AA 1QTBA 1EPYA 228LA 3C7WA 1CU3A 1P5CA 229LA 1L71A 1G0KA 1LYEA 2A4TA 2RBRA 157LA 4EKQA 1C6AA 1L10A 1L41A 2OE7X 3PDSA 1L08A 1P46A 3DNAA 1L77A 3OE6A 1L84A 1L63A 156LA 1D2WA 1PQKA 1CV5A 4W59A 212LA 1LI3A 234LA 145LA 4DAJA 140LA 1C6FA 3HT9A 158LA 3NY9A 1L32A 3F9LA 170LA 230LA 1LI6A 3GUMA 1L57A 1KW7A 1L44A 1L75A 1DYEA 3NYAA 3DN2A 1ZWNA 3SB9A 1OVHA 1C60A 4EKRA 169LA 1L72A 253LA 1C66A 4I7SA 1L85A 1L04A 3RUNA 1L68A 189LA 1C64A 104LA 1ZYTA 4DJHA 1LYIA 4GBRB 1ZURA 1L61A 3HTBA 3LZMA 1D3MA 3OE0A 198LA 226LA 2CUUA 3FADA 1L74A 3V2WA 3CDOA 1L95A 3HU8A 1P64A 4PJZA 3G3WA 150LA 3OE8A 1QSBA 1L27A 120LA 4GRVA 4DKLA 167LA 1XEPA 187LA 1L17A 1PQOA 1LYFA 1L56A 3HUKA 2F2QA 123LA 147LA 2LCBA 3CDRA 3SN6R 2HUKA 1L49A 4YX7C 107LA 1L07A 3HH4A 1C6NA 164LA 3GUKA 1CUPA 1D9WA 1G0MA 1L62A 1L22A 240LA 1L39A 1L29A 3HTDA 4ARMA 138LA 1OYUA 4W57A 172LA 1C61A 1C6QA 213LA 3V2YA 3EMLA 1LI2A 220LA 215LA 3HH6A 2B73A 1L91A 1DYCA 139LA 173LA 4YXCA 4ARPA 223LA 3FI5A 4W52A 1L36A 1G0LA 232LA 3CDQA 141LA 1C6CA 3C81A 256LA 1L43A 2B6XA 1LGWA 1L18A 195LA 7LZMA 1L26A 1P2RA 1LYHA 2LZMA 3C82A 2RBQA 1L69A 3C8SA 3HDFA 3GULA 3ODUA 4I7TA 1L40A 1L67A 1QUDA 2RAYX 4EKSA 148LE 3NY8A 3GUOA 188LA 1L09A 2RB2X 1OV7A 1C6DA 4K5YA 1LYGA 1L54A 214LA 1CU2A 130LA 1L23A 1L31A 1L73A 1LW9A 3G3VA 236LA 1OVJA 3C7YA 2RH1A 2O7AA 1CX7A 1QTHA 245LA 2QB0B 2RB1X 1T8FA 3HUAA 1L01A 126LA 1L86A 1SSYA 161LA 1L16A 186LA 183LA 1D3FA 205LA 1L37A 146LA 1JTNA 1QTDA 3DKEX 2F32A 3FA0A 1D3NA 1L93A 3DN3A 1L34A 1P3NA 2B72A 4I7JA 241LA 243LA 1P36A 3HH3A 3RZEA 184LA 1WTHA 4EPIA 185LA 1QT7A 1L90A 4W58A 3F8VA 1DYBA 1L06A 4AQNA 1DYFA 3HDEA 2L78A 1L24A 1C68A 163LA 1SWZA 1CTWA 4EXMA 160LA 1QTCA 4PK0A 206LA 4W56A 111LA 1L55A 3D4SA 1QS9A 177LA 103LA 1L0JA 127LA 2LC9A 2IGCA 1C6GA 144LA 2OEAX 159LA 3C80A 1LPYA 1QUGA 1L11A 4I7MA 1L64A 1P56A 1L79A 1C6EA 209LA 3DN1A 255LA 1L33A 1CU6A 258LA 1QUHA 246LA 1C67A 2B6WA 162LA 1QT4A 4W51A 1L30A 262LA 1QT8A 1L14A 1QTZA 1C62A 1P2LA 1PQJA 197LA 1LWKA 1C6KA 216LA 115LA 2Z6BA 1G0PA 4LDEA 1LWGA 3DN8A 1L47A 190LA 1L98A 3GUIA 1L65A 222LA 1T97A 3G3XA 2OU9A 1CU5A 4LZMA 1L96A 1L88A 3C8QA 2B6ZA 1L87A 1CV4A 1KY1A 1DYAA 5I14A 3JR6A 125LA 1C6PA 217LA 1SX2A 1L80A 1L46A 248LA 2B6YA 2OTZX 1L60A 257LA 4W54A 3DMVA 1I6SA 1OV5A 201LA 4ARQA 1C6IA 1G06A 2B74A 2NTHA 2Q9EA 168LA 1C6HA 1L28A 4I7KA 3L64A 247LA 4ARMB 1CV6A 1XJTA 1C69A 1T8GA 1LYDA 1L20A 3HT6A 2OU0X 259LA 1L48A 4I7RA 3QAKA 1KW5A 1QT3A 1L12A 1LYJA 2RAZX 1CV1A 1L51A 1L83A 1TLAA 261LA 2O79A 2RBOA 4ARLA 1PQIA 3HTFA 1L21A 250LA 1D3JA 1LGXA 1L82A 235LA 1CX6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K28A 1G07A 2ZNXY 3SB8A 1G7LC 1REZA 5KKIA 3UONA 1L50A 174LA 4G49A 1CU0A 131LA 2BQJA 1LYYA 1HEPA 1G1WA 1JQUA 2LZ2A 1G1VA 1L05A 2PC2A 4ETDA 1AT5A 1YILA 3TXKA 1GFKA 3BKVA 3CSRA 4G9SA 4GLAA 1C6MA 3B0IA 1TCYA 1LKSA 4EOFA 1SQ2L 1LGUA 2DQGY 4H9AA 108LA 1UIAA 4NHPA 2XTHA 3VWOA 1B7PA 4H91A 1GXXA 4ZEEA 1LZ6A 5APEA 3C7ZA 4W53A 3WXUA 4EKPA 2CDSA 5B1GA 1GB6A 4RDSA 2HEDA 1G0QA 1LPIA 3IWRA 5KKJA 1KIQC 1GB5A 199LA 2G4NA 3HT7A 1WQMA 4OO9A 4ARJA 1GXV2 2LYMA 4N0JA 2NTGA 1QT6A 1YROA 5HMVA 4TX7A 1OVKA 3WULA 4UWUA 149LA 4DT3A 1L81A 1VDPA 1HEWA 1LLHA 200LA 4NHQA 4DYGA 8LYZA 4LDOA 1JKCA 3D3DA 3DN6A 4DC4A 3C83A 1IWYA 3L2XA 5AMYA 1VFBC 2YBLA 4YEMA 4IATA 1D6QA 4OOTA 1L53A 3TMWA 2W1MA 4I7PA 3TMVA 1KIRC 4I7OA 4LDLA 2RBPA 4KPMA 1NHEA 3QY4A 2RBSA 1OWYA 4N1CC 219LA 1NHBA 4DD0A 4LT1A 3HBDA 3TXGA 1L00A 1L76A 4IAPA 5I4WA 2D4IA 4TSCA 3SB5A 4H9IA 1OUFA 1GEVA 1D0MA 4ANRA 6LZMA 3WUMA 1GB0A 1QTBA 228LA 2BQBA 3C7WA 4QDNA 1CU3A 1FN5A 229LA 2Y8PA 5T3FA 2A4TA 1VDSA 2RBRA 4LT0A 1L41A 4WM1A 2HUBA 3DNAA 1P46A 1L77A 1IIZA 4W59A 5HNLA 1LI3A 234LA 2MECA 140LA 3HT9A 1J1XY 3A96A 1LJFA 4UWNA 1VEDA 2ZYCA 230LA 4WL6A 1FBIX 1T6VL 1KW7A 2DBTA 3AZ6A 1ZWNA 1FDLY 1C60A 4G4CA 1DPXA 4I7SA 1L85A 1L04A 2F30A 3RUNA 1GF4A 189LA 4DJHA 194LA 4LFXA 3TXJA 3WW6A 3WU9A 3FADA 1L74A 1LMNA 1P64A 4PJZA 4KT3A 1H87A 1IWXA 5KXZA 167LA 187LA 1PQOA 3WUAA 5APCA 3G3AB 147LA 3CDRA 3SN6R 2HUKA 2XBSA 1L49A 4YX7C 4BS7A 5DN4A 5A3ZA 4DWXA 1GFHA 4OWCA 240LA 1L39A 4CJ2A 4HJVA 2HEFA 4W57A 4LGKA 3TXBA 1F0WA 4LYBA 1LI2A 220LA 3HH6A 1L91A 1DYCA 1IR8A 3A94A 1YKYX 2DQDY 4XJHA 3WUNA 1FKQA 2F4GA 3ZVQB 232LA 5I4YA 1DZBX 195LA 7LZMA 1IY4A 3CT0A 1L26A 5L9JA 1WTNA 5I5QA 1L67A 4ZIXA 1LMCA 1GDXA 1XGRC 4K5YA 1LSZA 130LA 2D6BA 1OVJA 3C7YA 1B5ZA 3CSZA 4NSIA 1T8FA 2BQEA 1LZCA 2BQOA 4E3UA 5LINA 4NHIA 5C6JA 3CQLA 3AW6A 3AZ5A 4GCCA 3FA0A 1L93A 1L34A 1JKDA 2B72A 1TEWA 4I7JA 2A7DA 4LZTA 1P36A 3WVXA 3RZEA 4KL7A 1D0LA 1PZYA 1GD6A 3F8VA 1W6ZA 3AJNA 4WM6A 1JKBA 1L24A 4FJRA 4XJIA 2HU1A 1C68A 163LA 1SWZA 1JJ0A 2FYDA 3A3RX 1JPOA 4NHSA 1LZTA 1LSBA 5LAGA 1B9OA 1QS9A 1YKZX 1L0JA 4IJ4A 1LMOA 1L64A 1FLQA 3DN1A 1G7MC 4LYMA 1LZGA 162LA 1IP4A 1L30A 4B1AA 1C62A 1PQJA 197LA 2BQKA 1GF8A 1C6KA 1UBZA 1ZVHL 216LA 1LZ8A 4N5RA 5HLLA 2H9KA 1L98A 1HSWA 1T97A 1LCNA 4NSGA 1NBZC 3RU5A 1CV4A 4BADA 1KY1A 1UC0A 1LZ9A 1E8LA 3JR6A 1CJ6A 125LA 1J1PY 2AUBA 2EIZC 2B6YA 2OTZX 2HEEA 1BB7A 1CKCA 1L60A 3LZTA 4B49A 2HU3A 5B07A 3L64A 247LA 4ARMB 4I0CA 1CKGA 4B0DA 1XJTA 4H1PA 1LTMA 153LA 1EQ5A 1GE4A 5KXSA 1LYDA 1L20A 4R6CA 3HT6A 4H9EA 4Z41A 1BVKC 4GCFA 3G3BB 1KW5A 4YF2A 1LAAA 2BQMA 1B7NA 1L12A 1LYJA 3RT5X 1JISA 261LA 4ARLA 1O23A 5IDDA 3M3UA 1GE0A 4NGIA 235LA 1KXXA 1ZV5L 110LA 1JTPL 2ZQ3A 1LMPA 3DN4A 3DN0A 4WM4A 1L15A 3LZ2A 2HUMA 4OWBA 1L59A 2Q9DA 4NGZA 4WLXA 182LA 1N4FA 129LA 3A92A 1IY3A 2DQHY 3TXHA 4H9FA 1WQPA 2ZILA 5E4PA 3GUPA 3LYMA 1WQQA 142LA 4NGJA 1LSDA 3AZ7A 1LJ4A 224LA 1C6JA 1HELA 2OE4X 3EBAB 3WW5A 4ETEA 1KS3A 4ET8A 2OU8A 1L0KA 1L92A 4YXAC 1L13A 249LA 4O34A 218LA 1HFXA 221LA 4I7NA 5IHGA 1LZBA 2MEEA 1XJUA 1P7SA 1IORA 109LA 4NFVA 5B06A 4HTQA 1DI4A 180LA 4RLMA 3B0KA 1XGUC 1KXWA 1PQMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1K28 A;  1G07 A;  2ZNX Y;  3SB8 A;  1G7L C;  1REZ A;  5KKI A;  3UON A;  1L50 A;  174L A;  4G49 A;  1CU0 A;  131L A;  2BQJ A;  1LYY A;  1HEP A;  1G1W A;  1JQU A;  2LZ2 A;  1G1V A;  1L05 A;  2PC2 A;  4ETD A;  1AT5 A;  1YIL A;  3TXK A;  1GFK A;  3BKV A;  3CSR A;  4G9S A;  4GLA A;  1C6M A;  3B0I A;  1TCY A;  1LKS A;  4EOF A;  1SQ2 L;  1LGU A;  2DQG Y;  4H9A A;  108L A;  1UIA A;  4NHP A;  2XTH A;  3VWO A;  1B7P A;  4H91 A;  1GXX A;  4ZEE A;  1LZ6 A;  5APE A;  3C7Z A;  4W53 A;  3WXU A;  4EKP A;  2CDS A;  5B1G A;  1GB6 A;  4RDS A;  2HED A;  1G0Q A;  1LPI A;  3IWR A;  5KKJ A;  1KIQ C;  1GB5 A;  199L A;  2G4N A;  3HT7 A;  1WQM A;  4OO9 A;  4ARJ A;  1GXV 2;  2LYM A;  4N0J A;  2NTG A;  1QT6 A;  1YRO A;  5HMV A;  4TX7 A;  1OVK A;  3WUL A;  4UWU A;  149L A;  4DT3 A;  1L81 A;  1VDP A;  1HEW A;  1LLH A;  200L A;  4NHQ A;  4DYG A;  8LYZ A;  4LDO A;  1JKC A;  3D3D A;  3DN6 A;  4DC4 A;  3C83 A;  1IWY A;  3L2X A;  5AMY A;  1VFB C;  2YBL A;  4YEM A;  4IAT A;  1D6Q A;  4OOT A;  1L53 A;  3TMW A;  2W1M A;  4I7P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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