217LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKEELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 217lA00
4YXCA 3RZEA 1L76A 1L22A 2RB1X 1C6DA 1LWKA 4I7PA 231LA 1XJTA 1C6MA 248LA 2Q9EA 1SWZA 2OEAX 218LA 3HTBA 1L97A 146LA 3C7YA 253LA 1C6EA 1L44A 2RAZX 4W53A 109LA 1QUDA 3GUNA 1L56A 168LA 232LA 161LA 1SX2A 1L00A 171LA 237LA 187LA 1P7SA 4W58A 213LA 112LA 1DYDA 1L09A 1P5CA 4ARJA 4LDOA 1C6HA 1P64A 1T8GA 1L77A 2B7XA 2RBQA 4AQNA 1LI3A 3OE0A 1G0QA 1JTNA 3HUAA 2B6TA 3G3XA 147LA 4LDLA 1TLAA 3CDOA 3GUMA 2RB0X 1C6AA 3NY9A 131LA 1G0MA 3UONA 1QT7A 246LA 1C60A 1CV6A 1P37A 2LCBA 1CV1A 1L0JA 2B6YA 1QTBA 223LA 1L28A 3HT9A 1L05A 1L19A 1ZWNA 1P2RA 108LA 1L65A 3NY8A 234LA 129LA 2HULA 1SSWA 3GUPA 4I7OA 1L24A 4I7SA 3SB9A 2ANXA 7LZMA 2RBPA 1QUOA 1C6TA 1QTHA 2ANVA 220LA 1L47A 104LA 1C61A 1JTMA 1L18A 244LA 3L2XA 1C67A 6LZMA 3DN4A 3VW7A 3GUOA 214LA 2CUUA 3PDSA 1QS9A 2IGCA 1P6YA 3LZMA 1DYGA 3OE8A 1L53A 1DYCA 1P46A 197LA 1L86A 3DN1A 4W51A 1LPYA 3C7ZA 1LGXA 4I7TA 169LA 1L82A 1L13A 3FI5A 4PJZA 2RBNA 2B73A 3EMLA 238LA 1G06A 1L69A 3C81A 233LA 1L39A 258LA 235LA 107LA 191LA 1ZYTA 1L88A 1L54A 2OTZX 1L43A 166LA 1L85A 4DJHA 1QT3A 2HUMA 3HDFA 229LA 1PQOA 181LA 243LA 3HH6A 3HTDA 247LA 251LA 4W56A 1C6NA 3JR6A 3DMVA 4EPIA 2LZMA 145LA 210LA 1L50A 102LA 172LA 178LA 3PBLA 1L95A 1CU6A 1L08A 1L01A 1L66A 3HUKA 1L32A 3SB8A 4W55A 1PQMA 1PQJA 1G1VA 1CV3A 217LA 130LA 1L57A 1B6IA 3C8RA 3SB5A 4ARMA 2Q9DA 201LA 3DNAA 1QTDA 120LA 1C6KA 1L38A 1C6GA 4W52A 257LA 1QSBA 1QUGA 4IAPA 1CU3A 1QTZA 1T97A 1L33A 3GULA 1LYJA 241LA 127LA 164LA 1C6CA 1DYBA 1CV0A 1C65A 1L03A 1L58A 2QB0B 1D2YA 3HU9A 4GRVA 148LE 240LA 1CU2A 192LA 1L31A 236LA 2B6WA 1L34A 119LA 1L60A 1L37A 118LA 4ARLA 177LA 3GUKA 1L80A 3HU8A 1DYEA 1XEPA 221LA 190LA 175LA 1L74A 2OU9A 155LA 3DMXA 206LA 1CX7A 1L26A 3CDVA 4ARMB 1L90A 216LA 1L10A 1NHBA 2O7AA 122LA 3RUNA 189LA 1KY0A 4DKLA 4I7NA 2O4WA 1L55A 1LGUA 1D9WA 1LYEA 1OVHA 1P36A 152LA 1L46A 249LA 196LA 227LA 1C62A 1C6QA 3HWLA 261LA 1CUPA 1L83A 1L49A 160LA 143LA 1OYUA 225LA 1C69A 126LA 5I14A 224LA 1OV5A 3NYAA 4I7RA 3DMZA 5LZMA 3ODUA 1QT6A 1T8AA 2A4TA 2B72A 1L98A 1C64A 1L91A 3G3WA 245LA 4ARQB 2QARC 1OWZA 4YX7C 1I6SA 3HTFA 1DYFA 209LA 2RH1A 259LA 1SSYA 3HH3A 2OTYX 3SBAA 1L06A 3CDRA 239LA 1K28A 226LA 1C66A 142LA 144LA 3SBBC 1DYAA 2Z6BA 3D4SA 1KS3A 1L81A 1LI2A 4K5YA 1L63A 3HT7A 1QSQA 1D3MA 3K2RA 1LYHA 2F47A 125LA 1KW5A 4GBRB 1D3JA 1CTWA 1LLHA 2OE9X 4I7JA 1P2LA 2B70A 2OE4X 4YXAC 3FA0A 3HT8A 4I7LA 1L27A 4EXMA 1ZURA 1C63A 1L14A 1L15A 1PQKA 110LA 3C82A 3HH5A 4LZMA 1KNIA 2LC9A 184LA 157LA 199LA 1L61A 1L67A 158LA 1G07A 4EKRA 149LA 2NTHA 3C83A 200LA 211LA 222LA 1L99A 2RBOA 1L23A 1LYIA 1C6JA 159LA 1G0LA 1L02A 3HDEA 1G0KA 205LA 4PK0A 1L70A 176LA 1EPYA 3DN3A 1L96A 2F32A 185LA 2L78A 3OE6A 1L79A 1JQUA 3F8VA 260LA 4LDEA 2OU8A 2O79A 1L30A 162LA 1L48A 3L64A 1C6IA 1L93A 4EPFA 182LA 262LA 3CDQA 1L68A 1CV4A 1QT4A 4I7QA 1PQIA 3DN0A 1L75A 2F2QA 4DAJA 1L89A 3G3VA 1L35A 3GUIA 256LA 1QTCA 1OVKA 4W59A 252LA 1CU0A 3SB7A 1KY1A 1L94A 1L64A 1L21A 1L62A 195LA 3SN6R 2RBSA 3V2WA 1L04A 4ARQA 1C6FA 4S0WA 1L12A 3GUJA 4OO9A 123LA 4I7MA 2RBRA 3F9LA 103LA 3DN2A 1G0GA 1L36A 188LA 4W54A 3QAKA 114LA 1L07A 170LA 198LA 1L59A 1OVJA 4I7KA 156LA 1T6HA 150LA 1L92A 1LWGA 167LA 1QTVA 1QS5A 4EKSA 173LA 137LA 1OV7A 4EKQA 1OWYA 1D3NA 4ZPUA 1D3FA 1L41A 230LA 2OE7X 183LA 1L51A 1P56A 3DN8A 1G0PA 1PQDA 1CV5A 1D2WA 3DN6A 215LA 3C8SA 138LA 1P3NA 212LA 2RB2X 174LA 4E97A 1CUQA 1L42A 1L73A 1L20A 3HTGA 1L29A 1L52A 3FADA 1LYGA 1KW7A 1L72A 151LA 1T8FA 1XJUA 242LA 1L0KA 3DKEX 163LA 1LI6A 1SWYA 140LA 1QT8A 4W57A 228LA 2HUKA 4EKPA 2B75A 180LA 1C6LA 1CU5A 1L25A 2RAYX 1SX7A 1LYDA 1L17A 1L71A 1L87A 250LA 219LA 3HUQA 1G1WA 2B6ZA 2NTGA 3C7WA 254LA 1L16A 2OU0X 165LA 2B6XA 1C6BA 1C6PA 115LA 1LYFA 113LA 1L45A 255LA 3HH4A 141LA 3OE9A 139LA 1WTHA 1L40A 4EJ4A 4ARPA 3HT6A 1L11A 1QUHA 1CX6A 2B74A 128LA 3V2YA 1CVKA 1L84A 3C8QA 111LA 1QT5A 3C80A 1C68A 3CDTA 186LA 1LGWA 1LW9A 3SB6A 1G0JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TMWA 4YXCA 3RZEA 1L22A 5F14A 4UWUA 4YF2A 1XJTA 1C6MA 248LA 1SWZA 1NQIA 1XEIA 1BGIA 1C6EA 4GN4A 168LA 2LYOA 5D5CA 171LA 237LA 1P7SA 1LHIA 213LA 1YAMA 5ILCA 1P5CA 1CKHA 1L77A 3HUAA 1IWZA 4B0DA 3AW6A 4NHQA 2RB0X 3NY9A 1G0MA 1QIOA 3UONA 1QT7A 1RJCB 1LSMA 2DQEY 4G4BA 5FDJA 4WMGA 1LZ5A 1JHLA 1CNSA 3HT9A 1L05A 1VFBC 4CFOA 3NY8A 5KXXA 1GFGA 2XBRA 1LSEA 1SSWA 1JTOL 4R6CA 4P2EA 1B5VA 2RBPA 1QUOA 5FEKA 1QTHA 1L47A 5FCPA 3CB7A 2MEFA 3L2XA 2MEIA 1YAOA 4MCKA 4DWXA 4IASA 4WL6A 3PDSA 3LZMA 1P6YA 2HTXA 1P46A 1DPXA 1DPWA 1LPYA 1LGXA 4I7TA 169LA 4XJIA 1L13A 4PJZA 3W6BA 3EMLA 4NHIA 1LZTA 5F9UA 3AZ5A 3B0IA 1G06A 1L69A 1YROA 1L39A 1IP6A 258LA 5LAFA 1GF3A 1TCYA 4WM6A 1IY3A 1VDTA 3AZ7A 1L88A 1IP7A 1L54A 3BKHA 1L85A 4B49A 2F4GA 2Y8PA 229LA 1PQOA 3WXTA 1V7TA 3WULA 4NSIA 2F2NA 4W56A 1C6NA 1LJFA 145LA 210LA 4DYGA 178LA 1N4FA 5LVGA 2BQNA 1L95A 1REMA 4H8ZA 2HEFA 5HQ1A 4OWCA 4W55A 1CV3A 1L57A 3SB5A 4ARMA 4BAPA 2EIZC 1JUGA 120LA 2MECA 1L38A 4W52A 257LA 2HU1A 1G7MC 4RW1A 1LMQA 4WLDA 4TUNA 1L33A 3GULA 4XJBA 4ET9A 1QUTA 1DYBA 5F81A 1A2YC 1C65A 1L03A 5D5FA 1B5ZA 3P4ZA 4IATA 5J7CA 240LA 1L60A 2FYDA 177LA 1L80A 4DD0A 5I4YA 1JPOA 175LA 155LA 2NWDX 4NGKA 1GWDA 4MR1A 1L90A 1QTKA 3RUNA 189LA 3K3TA 1L55A 1NHEA 2GV0A 3A90A 1OVHA 1CJ6A 1P36A 1GXV2 152LA 249LA 194LA 196LA 3G3AB 261LA 1L83A 1NMMA 2EPEA 1IC5Y 160LA 1LSYA 225LA 1G7JC 5I5QA 1OV5A 3AW7A 4NGJA 3CT1A 5KY1A 3ODUA 1T8AA 5DN5A 3G3WA 4LYMA 1LHMA 3RU5A 4TSCA 1IR8A 1DYFA 1LHJA 4D9ZA 3SBAA 1L06A 1K28A 1HSXA 1J1PY 1LHHA 6LYZA 144LA 4WM5A 3SBBC 3WVYA 2BQIA 1D0MA 1REXA 2W1YA 4HJZA 3HT7A 5DM9A 1QSQA 1AT5A 1LJEA 1D3MA 1ZVYB 1JTTL 1GEVA 125LA 4AXTA 4NWEA 1P2LA 2OE4X 3W6FA 1L14A 3C82A 4LZMA 2MEDA 184LA 4WM4A 6LYTA 158LA 3CSZA 4NY5A 3A67Y 5L3IA 211LA 1XFPL 2I6ZA 5B06A 1IC7Y 1L23A 2F4AA 1LYIA 4HV2A 1C6JA 1LZRA 3W6CA 5B05A 1B2KA 3B0KA 3WMKA 2IHLA 4NGZA 4PK0A 3WH1A 3DN3A 1L96A 1JQUA 3A94A 4ET8A 2OU8A 2O79A 1HFYA 1JKBA 3L64A 4YM8A 4HJYA 1L68A 4TSBA 5KXSA 4I7QA 1GB0A 2CJLA 1LTMA 3BKVA 1QSWA 4B4JA 2N5ZA 3DN0A 1GE3A 1L89A 2Z2EA 3G3VA 1L35A 4NIJA 252LA 1CJ8A 2BQCA 4PRQA 3SB7A 1LKRA 1L21A 195LA 3TMUA 1LJHA 4N1EI 3GUJA 1BWHA 3HBEX 1YKZX 1L07A 3TMXA 1VAUA 2FBBA 1L59A 2BQLA 1WTNA 3KAMA 1NWGA 1FLUA 1T6HA 1CKFA 173LA 1HF4A 1D3NA 4CFPA 1VDSA 1LMNA 1D3FA 2DQFC 5FELA 183LA 4EMNA 1G0PA 2Z12A 1CV5A 1D2WA 3DN6A 3RW8A 4WG1A 212LA 2RB2X 1L42A 1L73A 1GBYA 2Z2FA 1GF6A 1L52A 2F30A 151LA 1T8FA 1IC4Y 1BB7A 1LSCA 1QT8A 1QTEA 3A93A 1C6LA 2RAYX 5KXKA 1GAYA 4HP0A 2B6ZA 4Z98A 1GD6A 1LZAA 193LA 4DD3A 3TXGA 165LA 1VEDA 4J7VA 4CGEA 115LA 4KXIA 1LJJA 1KXYA 3OE9A 1L40A 1KXWA 1QUHA 5LYMA 3V2YA 1CVKA 1L84A 2HEEA 1NDGC 111LA 3CDTA 3A3RX 1C10A 1G0JA 2BPUA 4DQ7A 4C5FA 1LZ8A 2MEAA 2RB1X 3AJNA 1GF0A 1LMTA 3P64A 231LA 1GE1A 4KPMA 1BB5A 218LA 3CT0A 1L97A 4XJGA 2G4PA 2DQJY 4DD9A 4O34A 5KXTA 1WQRA 4U3XB 1L56A 3B72A 5B1FA 5KKJA 4E3UA 187LA 4ARJA 1C6HA 1LJNA 5LVJA 3OE0A 2B6TA 3GUMA 4H1PA 1C6AA 2BQDA 1GFVA 4ZEEA 3T36A 1CV1A 1PZYA 3WU8A 1BQLY 3AGIA 1UIAA 1QTBA 1L28A 1IO5A 1L19A 5I4XA 2X0AA 4ZFPA 1LCNA 2HULA 1AT6A 1B5UA 1IY4A 1VDQA 4I7OA 1IWUA 2AUBA 2ANXA 4DQJA 7LZMA 4YEOA 4B1AA 2ANVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TMW A;  4YXC A;  3RZE A;  1L22 A;  5F14 A;  4UWU A;  4YF2 A;  1XJT A;  1C6M A;  248L A;  1SWZ A;  1NQI A;  1XEI A;  1BGI A;  1C6E A;  4GN4 A;  168L A;  2LYO A;  5D5C A;  171L A;  237L A;  1P7S A;  1LHI A;  213L A;  1YAM A;  5ILC A;  1P5C A;  1CKH A;  1L77 A;  3HUA A;  1IWZ A;  4B0D A;  3AW6 A;  4NHQ A;  2RB0 X;  3NY9 A;  1G0M A;  1QIO A;  3UON A;  1QT7 A;  1RJC B;  1LSM A;  2DQE Y;  4G4B A;  5FDJ A;  4WMG A;  1LZ5 A;  1JHL A;  1CNS A;  3HT9 A;  1L05 A;  1VFB C;  4CFO A;  3NY8 A;  5KXX A;  1GFG A;  2XBR A;  1LSE A;  1SSW A;  1JTO L;  4R6C A;  4P2E A;  1B5V A;  2RBP A;  1QUO A;  5FEK A;  1QTH A;  1L47 A;  5FCP A;  3CB7 A;  2MEF A;  3L2X A;  2MEI A;  1YAO A;  4MCK A;  4DWX A;  4IAS A;  4WL6 A;  3PDS A;  3LZM A;  1P6Y A;  2HTX A;  1P46 A;  1DPX A;  1DPW A;  1LPY A;  1LGX A;  4I7T A;  169L A;  4XJI A;  1L13 A;  4PJZ A;  3W6B A;  3EML A;  4NHI A;  1LZT A;  5F9U A;  3AZ5 A;  3B0I A;  1G06 A;  1L69 A;  1YRO A;  1L39 A;  1IP6 A;  258L A;  5LAF A;  1GF3 A;  1TCY A;  4WM6 A;  1IY3 A;  1VDT A;  3AZ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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