217LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKEELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 217lA00
3SBAA 1LYDA 245LA 237LA 1QUOA 1G1WA 4DJHA 1KW7A 3HT8A 1L18A 259LA 2CUUA 252LA 4LDLA 157LA 1L01A 242LA 1JTNA 1L83A 3SB6A 1L60A 137LA 2OU0X 4ZPUA 3DMZA 1C6KA 1CU6A 1L26A 1P6YA 161LA 1CV5A 1QUHA 1QSBA 4EXMA 1KW5A 1G0MA 206LA 1L46A 1OV7A 3HUKA 4ARQA 1PQDA 3CDRA 129LA 1C6FA 2OEAX 1L36A 1SSYA 3HU9A 1L15A 1PQJA 1DYAA 222LA 4I7JA 167LA 1KS3A 256LA 1L19A 1L44A 139LA 115LA 1ZURA 2B70A 3C82A 2RBOA 185LA 1CV1A 1L13A 1L39A 223LA 1L42A 1PQMA 1QTVA 3HT7A 3HDFA 4EKPA 1QTZA 1C6NA 1LYGA 131LA 1L58A 145LA 1L11A 3C8QA 1SX7A 2B6ZA 1C68A 4GRVA 3HT9A 1L41A 1L40A 1D2WA 1L70A 1NHBA 2OTYX 251LA 1LGUA 1L14A 1CV3A 4I7OA 142LA 1L43A 2RB2X 3SB5A 120LA 1CTWA 6LZMA 1L03A 1L0JA 4W57A 1C64A 3HU8A 195LA 2O7AA 3CDOA 1L29A 260LA 4PK0A 1L49A 234LA 2LZMA 1CV0A 1L68A 1XEPA 235LA 1P7SA 1QT3A 1SWYA 118LA 3DN6A 4GBRB 150LA 3GUIA 3DMVA 1C6EA 1L33A 4YXAC 1QT8A 3NY8A 198LA 215LA 183LA 2ANXA 4EPFA 3HTGA 2F32A 1C69A 219LA 3NY9A 1L32A 1QTHA 200LA 1C6TA 1D9WA 3FADA 1T6HA 1QSQA 1L59A 1LPYA 1G1VA 3GULA 1L64A 162LA 1DYDA 1LI3A 1L04A 130LA 1L34A 2B7XA 1QT6A 254LA 1OWYA 240LA 2RBSA 1G0QA 140LA 1L88A 1LW9A 4AQNA 1T8AA 181LA 170LA 1LYHA 119LA 201LA 113LA 1LYEA 2Q9EA 1LYIA 3HUQA 4IAPA 1L80A 3D4SA 1L77A 1T8FA 1L50A 3NYAA 176LA 1P37A 2B6XA 180LA 1L23A 2RBNA 4LDOA 1L79A 1L96A 4LDEA 107LA 1C63A 2RH1A 1P2LA 3ODUA 205LA 1D3MA 1P46A 1DYEA 3HH6A 123LA 1G0LA 4W56A 3V2YA 3CDVA 1TLAA 3PDSA 4I7MA 1T97A 1L84A 241LA 1L08A 2OTZX 3PBLA 4YXCA 1L31A 1L25A 1L66A 209LA 1EPYA 1QS9A 159LA 109LA 102LA 4OO9A 155LA 126LA 1L95A 4W52A 1L94A 1QUGA 1L57A 227LA 1B6IA 1C60A 228LA 4DKLA 1QUDA 1L53A 138LA 233LA 3DNAA 4ARLA 1C6DA 2Z6BA 2B72A 1C6GA 1L09A 1L24A 1L63A 4K5YA 2B74A 1XJTA 1L21A 2RAYX 1C65A 2RB0X 3SN6R 1L73A 1KNIA 1P56A 3HH4A 169LA 2B6YA 4PJZA 221LA 2QARC 1P64A 1L20A 1G06A 3GUMA 1CU3A 1XJUA 1L89A 232LA 2F47A 218LA 2NTHA 1OVJA 3GUPA 1L22A 224LA 258LA 2B6TA 1L82A 3RUNA 4ARJA 197LA 171LA 1LGWA 3SB8A 3HTFA 3FA0A 4I7LA 1L35A 3DN0A 1L02A 3GUKA 211LA 173LA 2Q9DA 3JR6A 4S0WA 3EMLA 4EJ4A 1L17A 1SX2A 3HTBA 1QTDA 4ARQB 1CU0A 1WTHA 3G3WA 3HH3A 160LA 1L74A 4E97A 3C7YA 1L51A 1OWZA 3V2WA 2B73A 4DAJA 1L81A 147LA 1C6MA 2B75A 1C6HA 3SB9A 3DN1A 4W55A 1D3JA 144LA 4EKRA 1L98A 3OE0A 1C61A 4I7TA 3HT6A 1L61A 187LA 1L75A 2HUKA 1KY1A 1K28A 1L00A 262LA 1CX6A 1CV6A 2RAZX 2RB1X 152LA 1L0KA 4EPIA 1L05A 1L72A 3DN4A 1L86A 1L56A 1G07A 3G3VA 3F8VA 3GUJA 3VW7A 1D3NA 1L65A 196LA 1LYFA 3F9LA 3HDEA 1QT7A 210LA 3SBBC 1C6AA 2O4WA 3FI5A 3C8SA 1DYCA 229LA 1CU2A 2L78A 2OE9X 3C80A 163LA 1DYFA 1ZYTA 1L62A 1SWZA 186LA 1C6CA 1CUPA 128LA 1JTMA 231LA 255LA 1DYGA 3OE8A 2F2QA 127LA 3HTDA 190LA 246LA 1P36A 1LGXA 2HUMA 199LA 111LA 3DKEX 1LWKA 1QS5A 226LA 1L93A 1P5CA 1PQOA 3L2XA 4LZMA 3RZEA 2RBPA 168LA 4W53A 122LA 230LA 191LA 1L85A 1OVHA 188LA 1PQKA 2OU8A 1L71A 3C83A 1C67A 1L67A 2RBQA 2OE7X 1CV4A 3CDTA 3L64A 2IGCA 3GUOA 4EKSA 1KY0A 4I7QA 184LA 238LA 4I7NA 1OV5A 1L38A 3DMXA 1L91A 3C8RA 110LA 3OE9A 1LI6A 149LA 165LA 177LA 1C6PA 2OE4X 214LA 1QTCA 4EKQA 1L27A 3G3XA 114LA 3C7ZA 217LA 192LA 3C81A 216LA 1D3FA 3HWLA 1C66A 1CX7A 3DN3A 1L92A 2HULA 2OU9A 166LA 151LA 1OYUA 3HUAA 4W54A 3DN8A 1LWGA 1L28A 225LA 1QT5A 1L52A 1C62A 243LA 4I7RA 5I14A 2LCBA 2B6WA 4I7SA 1G0PA 3DN2A 261LA 1QTBA 244LA 3CDQA 1QT4A 1L16A 156LA 2NTGA 4ARMA 1L90A 4I7KA 158LA 1L87A 1L37A 141LA 1L12A 1L48A 2RBRA 236LA 3SB7A 249LA 247LA 1L45A 1G0JA 103LA 1LYJA 1C6BA 3HH5A 1L69A 174LA 1C6JA 1L99A 4W58A 1SSWA 1C6IA 1L76A 1L55A 4ARPA 253LA 212LA 4I7PA 2O79A 1DYBA 1G0GA 182LA 1CU5A 1CUQA 1L30A 112LA 213LA 257LA 3LZMA 1L10A 1G0KA 1ZWNA 1L54A 1OVKA 172LA 1L07A 1L97A 250LA 1I6SA 2A4TA 1L47A 1T8GA 3K2RA 2ANVA 3OE6A 164LA 2QB0B 1L06A 1JQUA 104LA 1D2YA 4YX7C 1CVKA 1LLHA 248LA 4W59A 146LA 178LA 3GUNA 239LA 1C6LA 175LA 189LA 143LA 148LE 1P2RA 4ARMB 1P3NA 1PQIA 3QAKA 125LA 3UONA 7LZMA 5LZMA 3C7WA 108LA 4W51A 1C6QA 1LI2A 2LC9A 220LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SBAA 1QUOA 5LVJA 4DJHA 5A3ZA 3EO5A 1G7HC 2G4NA 1L01A 5DLAA 4BS7A 242LA 4KPMA 4QY9A 3LZ2A 2OU0X 4ZPUA 1UICA 1GE2A 3T36A 1CU6A 161LA 1CV5A 2I26L 1KW5A 1AKIA 206LA 1OV7A 4YM8A 3WYHA 4ARQA 1C6FA 2OEAX 1SSYA 5KXNA 1B5XA 1PQJA 1LZRA 1DYAA 1UUZC 1GEZA 4I8SA 3TXIA 1L19A 1B7SA 1ZURA 2MEEA 5I53A 2DQJY 1L13A 1L42A 2D4JA 1GFJA 4EKPA 1C6NA 4R0FA 1WTNA 1L58A 208LA 2YBJA 1CKHA 2B6ZA 2H9JA 4MR1A 1L41A 1L40A 1BHZA 4LYZA 1D0LA 1L43A 5APCA 2ZWBA 3AW7A 1GFHA 1L0JA 2FBBA 2BQDA 3HU8A 4OWHA 1DPXA 3CDOA 1JTTL 1GFAA 4CFPA 1BB4A 1XGTC 4H9FA 5IHGA 4PGJB 2YBMA 2VB1A 150LA 1BVXA 1GFKA 3A3RX 4YXAC 2DQEY 1GBSA 198LA 2ANXA 4FDYA 1FBIX 3HTGA 5F81A 3NY9A 200LA 4IATA 5T3FA 1QSQA 1L64A 4N1CC 4OWAA 1L34A 3CT1A 1BWIA 3WXUA 4LT3A 1XGQC 3W6BA 4L41A 1LYHA 119LA 2Q9EA 2Z12A 4NHIA 5B06A 1DXJA 176LA 1YIKA 4DDBA 1PS5A 4H9IA 3RT5X 1BB5A 1G7IC 1L79A 1MLCE 3P65A 1FKQA 5LYTA 1IC7Y 1WVUA 1LJNA 3PDSA 1LSAA 4HSFA 3PBLA 1L31A 2YDGA 4X3BA 1L66A 2DQIY 109LA 155LA 4WM3A 1L95A 2BQKA 3ATNA 1IP1A 1IP7A 1OUDA 3DNAA 1WVVA 1C6DA 2Z6BA 4DD7A 4G9SA 1XJTA 1IOTA 3SN6R 1KIPC 1P56A 3RNXA 132LA 1JITA 2QARC 1LJGA 2BQMA 1G06A 4OWEA 3GUMA 1B5ZA 3WPKA 2DQGY 1L89A 1IWVA 2F47A 1OVJA 224LA 1YAPA 2CJLA 1L82A 3W3EA 3RUNA 4ARJA 197LA 1LMCA 1LZDA 3SB8A 4I7LA 2ZYCA 1RE2A 3W6AA 4EJ4A 1L17A 1SX2A 3HTBA 3A94A 4E97A 1Z55A 1OUEA 1YROA 1GAZA 3V2WA 2Z39A 4DAJA 2BLXA 3P66A 147LA 1GF3A 5B1GA 3SB9A 5LVGA 1OUFA 3AGHA 3W6FA 1KXYA 4J0LA 1EQ4A 5KXXA 1K28A 1L00A 1GB2A 4LYBA 1CV6A 2RAZX 2RB1X 152LA 3RU5A 1HSXA 1L05A 1DKKA 1L86A 4ETCA 196LA 5HLLA 4AXTA 5KJ9A 3A67Y 3CT5A 2MEBA 3C8SA 1CU2A 1ZYTA 1L62A 5F16A 4XJHA 3OE8A 4OOTA 2F2QA 1LSGA 190LA 1PZYA 1VDQA 2CGIA 111LA 1LWKA 4G4CA 4LZMA 1LSCA 4KL7A 4H9HA 4WLXA 4H92A 1LZ5A 1L67A 1WQNA 2LYOA 3CDTA 5I4XA 3OJPA 1GB6A 5B07A 3TMVA 1HELA 1L91A 4EMNA 4HPIA 1LHHA 4XJDA 1I1ZA 1QSWA 4HTKA 2OE4X 214LA 1QSAA 4UWVA 4EKQA 4LFPA 4XJIA 1F6SA 5L9JA 114LA 1C66A 4GCFA 2BQJA 2HULA 2OU9A 1OYUA 4GCEA 1LWGA 1P2CC 3BKHA 1QT4A 4Z3MA 156LA 3AYQA 1KIRC 4ARMA 1L90A 5LVKA 158LA 4NWEA 1L87A 141LA 1GF5A 236LA 249LA 1IR7A 2D6BA 1JTOL 1G0JA 4RW2A 4XYYA 1L69A 4NGVA 1GE0A 2ZYPA 2I6ZA 4N9RA 4B1AA 1A4VA 2ZQ3A 1LZ4A 1IIZA 1CU5A 2FBDA 213LA 2W1XA 1UIEA 1L10A 1IR9A 1LJFA 1LMAA 1I6SA 3K2RA 3OE6A 1HC0A 1LMPA 4ZFPA 1NDGC 3HBEX 1LLHA 4LYCA 5FEKA 1BQLY 1IC5Y 248LA 1JJ3A 1FLUA 3GXKA 178LA 4B4IA 4HP0A 5KXOA 4GCDA 3A91A 1INUA 1PQIA 3UONA 5LZMA 3C7WA 4WM2A 1T3PA 4DD0A 1XEKA 4C3WA 1G1WA 1KW7A 3HT8A 1L18A 259LA 4W96A 3WUMA 3W6DA 1HF4A 1UA6Y 1GB7A 1VDPA 2MEHA 1JKAA 1HERA 3TMXA 137LA 1T6VL 3DMZA 1P6YA 2PC2A 1QUHA 3TXGA 1JSFA 1IWXA 3CDRA 129LA 1B7OA 1RI8B 2BQOA 5FDJA 1CJ6A 3HU9A 1FKVA 222LA 167LA 1LJIA 2ZILA 1XGRC 256LA 139LA 115LA 3C82A 4G4BA 1LZTA 185LA 1CV1A 1L39A 3HDFA 1J1OY 1LYGA 1TDYA 4BAPA 1L11A 4NHPA 5LYZA 1HENA 5K7OA 5FCPA 1WQMA 1D2WA 142LA 1B5VA 4B0DA 6LZMA 1KXXA 2MEIA 1ZVYB 2O7AA 4CHXA 260LA 4PK0A 234LA 1XEPA 2BQGA 6LYTA 1LKRA 1SWYA 118LA 1B7MA 3DMVA 4DD1A 3A34A 3NY8A 4EPFA 4HPEA 1W6ZA 1C69A 3WW6A 5F14A 1CKFA 1V7TA 3LYZA 3EBAB 4DD2A 4G49A 4LYTA 3FADA 1HEWA 1L59A 1LPYA 3GULA 2FYDA 1LZ9A 162LA 1HEOA 1IORA 5APEA 1L04A 4PPOA 3ZVQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SBA A;  1QUO A;  5LVJ A;  4DJH A;  5A3Z A;  3EO5 A;  1G7H C;  2G4N A;  1L01 A;  5DLA A;  4BS7 A;  242L A;  4KPM A;  4QY9 A;  3LZ2 A;  2OU0 X;  4ZPU A;  1UIC A;  1GE2 A;  3T36 A;  1CU6 A;  161L A;  1CV5 A;  2I26 L;  1KW5 A;  1AKI A;  206L A;  1OV7 A;  4YM8 A;  3WYH A;  4ARQ A;  1C6F A;  2OEA X;  1SSY A;  5KXN A;  1B5X A;  1PQJ A;  1LZR A;  1DYA A;  1UUZ C;  1GEZ A;  4I8S A;  3TXI A;  1L19 A;  1B7S A;  1ZUR A;  2MEE A;  5I53 A;  2DQJ Y;  1L13 A;  1L42 A;  2D4J A;  1GFJ A;  4EKP A;  1C6N A;  4R0F A;  1WTN A;  1L58 A;  208L A;  2YBJ A;  1CKH A;  2B6Z A;  2H9J A;  4MR1 A;  1L41 A;  1L40 A;  1BHZ A;  4LYZ A;  1D0L A;  1L43 A;  5APC A;  2ZWB A;  3AW7 A;  1GFH A;  1L0J A;  2FBB A;  2BQD A;  3HU8 A;  4OWH A;  1DPX A;  3CDO A;  1JTT L;  1GFA A;  4CFP A;  1BB4 A;  1XGT C;  4H9F A;  5IHG A;  4PGJ B;  2YBM A;  2VB1 A;  150L A;  1BVX A;  1GFK A;  3A3R X;  4YXA C;  2DQE Y;  1GBS A;  198L A;  2ANX A;  4FDY A;  1FBI X;  3HTG A;  5F81 A;  3NY9 A;  200L A;  4IAT A;  5T3F A;  1QSQ A;  1L64 A;  4N1C C;  4OWA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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