218LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVANLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 218lA00
1L55A 2RB0X 1G06A 113LA 1L48A 4ARPA 4YXCA 3DMZA 4PK0A 4GBRB 219LA 166LA 3HT8A 4LDLA 4ARLA 2OU0X 1QTDA 1QT4A 1C66A 1L71A 1L79A 1L37A 1L18A 1L31A 1L01A 3CDOA 4LDEA 1C6HA 1L15A 2OEAX 2Q9EA 3OE0A 240LA 1C6LA 1L22A 1LI3A 2B6TA 1C6EA 3C81A 1OVHA 201LA 251LA 164LA 4ARMB 1L57A 189LA 1L64A 141LA 1C6TA 4K5YA 1CV5A 191LA 257LA 171LA 143LA 216LA 258LA 1CV6A 1QT8A 3DN0A 1C61A 1L02A 4EJ4A 148LE 1LI2A 161LA 1ZWNA 232LA 1L08A 1L25A 1DYDA 1LYHA 3HT9A 4I7QA 128LA 174LA 146LA 1QSQA 157LA 4W52A 3DN1A 2QB0B 2B73A 1CU2A 3FADA 162LA 3RUNA 1C6GA 1L34A 4I7RA 1LWKA 1CTWA 229LA 2B6YA 2Q9DA 1L42A 1L09A 3GUOA 215LA 1P3NA 214LA 1G0PA 137LA 1JQUA 1L28A 205LA 4I7MA 160LA 1CX6A 1L0JA 2IGCA 182LA 1C6JA 2F47A 1QTBA 200LA 3JR6A 178LA 2OE7X 1L33A 243LA 3HH3A 172LA 3CDVA 4W58A 1L68A 147LA 227LA 4OO9A 1L06A 4I7PA 211LA 1C6AA 2OTYX 1LI6A 126LA 129LA 2OTZX 1G1VA 1C67A 120LA 2LC9A 3HTDA 1SX2A 3SB8A 4EPIA 2OU9A 1P37A 2HUMA 2CUUA 3HTGA 3CDRA 127LA 1D3NA 1SX7A 1L59A 3FA0A 1L38A 1G0LA 1K28A 2RBPA 3DN6A 3OE9A 1L39A 1L00A 1LW9A 145LA 6LZMA 4I7SA 4DJHA 1L95A 3C80A 250LA 1C6DA 1L03A 4EKSA 1L91A 4YXAC 1PQDA 209LA 3HTFA 3SB7A 1D9WA 3C82A 3V2YA 234LA 2Z6BA 4EKRA 1L07A 1SWZA 1OWYA 3GULA 2RB1X 2ANVA 1L27A 1L10A 4I7KA 4I7TA 242LA 3GUJA 2RAZX 221LA 199LA 2B75A 1L29A 1QT7A 1QUDA 1L04A 1PQIA 1LPYA 3DNAA 228LA 142LA 1L74A 2RBSA 1P2LA 236LA 260LA 188LA 1C69A 1SSYA 2OE9X 1L88A 212LA 4I7LA 1DYEA 226LA 3C8SA 112LA 1L24A 4EXMA 3OE6A 173LA 230LA 3G3VA 107LA 1LLHA 2O79A 3L64A 3CDTA 1L83A 3K2RA 1WTHA 3DKEX 1P2RA 2NTHA 198LA 1CU0A 118LA 1L56A 1CUPA 2QARC 3C7ZA 3RZEA 3SB5A 4I7OA 139LA 4ARMA 181LA 2O7AA 1OVJA 2L78A 4E97A 4W53A 104LA 1KW7A 4PJZA 1CV3A 1DYCA 2RBRA 1I6SA 1L69A 1P64A 1LYJA 186LA 1P7SA 163LA 140LA 1C6QA 3EMLA 1L16A 3NY9A 1L17A 1L58A 1L97A 1L36A 3SB9A 1L93A 1SSWA 4W51A 1OVKA 4IAPA 3C7WA 3DMVA 4LDOA 1LGXA 1PQJA 4YX7C 123LA 1L65A 3QAKA 1C6NA 1L75A 2F32A 4EKPA 3SBAA 1PQKA 1CU6A 1OV5A 1C6PA 1D3FA 110LA 3NY8A 206LA 246LA 150LA 3DN8A 1L84A 1T6HA 259LA 3VW7A 1C6IA 3SN6R 1L53A 1L76A 1L49A 190LA 130LA 1T8FA 1L67A 1ZYTA 1L11A 4LZMA 1CX7A 238LA 1C64A 1L92A 1L20A 4ARQB 255LA 3C8RA 1JTMA 1L12A 1QS9A 3C8QA 244LA 165LA 1G0KA 1L98A 111LA 175LA 2B70A 1PQMA 1QUHA 3V2WA 3HUKA 1L77A 3HT7A 3GUMA 1CU3A 1L47A 1D3JA 1TLAA 1D2WA 2HUKA 3G3WA 210LA 1C6MA 1L13A 2NTGA 3C7YA 241LA 1DYAA 1LYIA 1C6BA 1L81A 1G1WA 253LA 3HDFA 185LA 1P56A 2O4WA 3DN2A 170LA 197LA 1LYDA 1CUQA 5LZMA 4EKQA 3F8VA 3HH4A 125LA 1L51A 184LA 1QS5A 1CVKA 1L32A 180LA 1L66A 247LA 3NYAA 4I7NA 1G07A 1PQOA 167LA 218LA 3SBBC 131LA 1LGWA 3ODUA 1T8AA 4W54A 1OV7A 1XJTA 4W57A 4DKLA 3L2XA 103LA 2B6WA 3FI5A 4I7JA 1EPYA 3LZMA 4AQNA 1G0MA 1CV1A 4S0WA 223LA 1L60A 1QSBA 192LA 3CDQA 1QUOA 114LA 1L46A 119LA 1L61A 3PBLA 144LA 1LGUA 138LA 2RB2X 1CU5A 3HTBA 1T97A 262LA 1P5CA 1KS3A 1C6KA 1KW5A 1L26A 1P46A 109LA 1L63A 1L87A 2B74A 1L30A 1CV0A 1QTCA 159LA 245LA 1DYGA 1G0QA 176LA 1L70A 151LA 3DN4A 187LA 2ANXA 2HULA 115LA 1L35A 252LA 2B6ZA 1QTHA 7LZMA 1XEPA 1L14A 3DN3A 1T8GA 152LA 231LA 1L72A 1L44A 2A4TA 256LA 1L89A 1JTNA 2B7XA 1DYBA 1CV4A 1L73A 1L86A 1QTVA 1L05A 1OWZA 2RBQA 1QT5A 225LA 1L23A 1C68A 4EPFA 3D4SA 3HDEA 3GUKA 1C62A 1L99A 1LYGA 261LA 3DMXA 2RBNA 1D3MA 1G0GA 1LYFA 217LA 254LA 3PDSA 2OE4X 1B6IA 1L82A 1L45A 1L50A 4DAJA 1KY0A 3HUQA 1G0JA 1DYFA 1QT6A 149LA 1L21A 1L41A 4ZPUA 5I14A 155LA 1L40A 196LA 3HU8A 3HH5A 3HUAA 1LYEA 3G3XA 1C63A 1L43A 1KNIA 2RBOA 1LWGA 3F9LA 1P36A 1L62A 1ZURA 1QUGA 3OE8A 239LA 4ARQA 1L94A 213LA 3HT6A 169LA 3HH6A 3UONA 3HWLA 122LA 249LA 4W55A 177LA 1D2YA 2LCBA 195LA 1SWYA 3GUPA 3C83A 1L90A 168LA 1OYUA 4GRVA 2RH1A 1L19A 3SB6A 3GUNA 2F2QA 1XJUA 2OU8A 3HU9A 1KY1A 1L96A 222LA 158LA 224LA 4W56A 1L0KA 1L80A 235LA 1QT3A 2RAYX 102LA 3GUIA 1C60A 1L54A 156LA 1L52A 1NHBA 237LA 1C6FA 2B6XA 1QTZA 1C6CA 183LA 220LA 1L85A 4ARJA 1P6YA 4W59A 233LA 248LA 2B72A 108LA 2LZMA 1C65A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IOSA 1G06A 3WU9A 1LZYA 4OOOA 4WL6A 1LSYA 166LA 1INUA 1FKQA 2OU0X 1YAQA 4H93A 2DQIY 1C43A 1L79A 4ET8A 5I54A 1L31A 4XADA 1L01A 1VDQA 2W1YA 1L15A 1IWXA 2MEHA 3A92A 3TMXA 1LI3A 1GF8A 1OVHA 4N8ZA 251LA 1UIAA 4GCEA 1LKSA 4ARMB 1BQLY 2AUBA 5DL9A 191LA 4LT2A 171LA 143LA 3DN0A 1WTNA 5FEKA 1LI2A 1IIZA 232LA 1L25A 5F9XA 128LA 146LA 3TMVA 4NHPA 1JKCA 1IWYA 1L34A 3MGWA 214LA 205LA 160LA 2ZYPA 1CX6A 2IGCA 4HJZA 5D5CA 2YBMA 4HP0A 4B0DA 4MSTA 178LA 2OE7X 1QIOA 5C6LA 172LA 3WMKA 4W58A 211LA 126LA 1QUSA 1CKHA 1HERA 1G1VA 1LHJA 1SX2A 2OU9A 1CJ8A 1GDWA 2CUUA 3CDRA 127LA 1LKRA 1UIDA 5E4PA 4CFOA 1K28A 3P65A 3DN6A 2XJWA 1FLYA 2A7DA 145LA 4DQJA 2HEFA 1HMKA 3W3EA 4DQ5A 1WQMA 4RW2A 3FE0A 3J4GA 3HTFA 3SB7A 1NHEA 3CSQA 3B0OA 1D6QA 2Z6BA 1IWTA 4WM5A 2ANVA 3T36A 1C08C 1IEEA 4QGZA 5A3ZA 2YBHA 3GUJA 221LA 199LA 4WLYA 1JKBA 1LHLA 5KXRA 1L04A 1PQIA 1XGUC 1LJEA 4WMGA 1IO5A 1GE1A 1LSGA 3WXUA 2RBSA 1YQVY 188LA 1C69A 5IHGA 212LA 4OWHA 4X3BA 1HEWA 4I7LA 1B7PA 2BQHA 3LZTA 112LA 173LA 4P2EA 1GB2A 194LA 3G3VA 2O79A 3AZ5A 2HEAA 4DQ7A 1EQ4A 4WLTA 198LA 1CU0A 5HMVA 1CUPA 1LCNA 4TUNA 181LA 2L78A 2LYOA 4E97A 1KW7A 1DYCA 2RBRA 4OOTA 1N4FA 2IFFY 3RT5X 1L69A 1LSAA 186LA 5EBHA 5K7OA 1GXXA 1LMAA 3AB6A 4TX7A 4BADA 2ZNXY 5LVKA 1OVKA 3DMVA 5I4WA 2W1LA 1L65A 2CGIA 2F32A 3SBAA 1LYSA 1SQ2L 1GF6A 1D3FA 3NY8A 4H9EA 2EIZC 259LA 1T6VL 3QNGA 5C6JA 1DPXA 1A2YC 1IR9A 193LA 1ZYTA 1L11A 4Z46A 5T3FA 2YBLA 1CX7A 1C64A 4Z98A 2ZILA 5LVGA 1W6ZA 1VDPA 244LA 5DLAA 1LZNA 1L98A 1DI3A 3WW6A 1GBSA 2A7FA 1GE0A 3HT7A 5AMYA 3GUMA 1D3JA 1T3PA 210LA 1FBIX 2DQDY 1DYAA 1GD6A 1L81A 4U3XB 2YBNA 253LA 3IWRA 3DN2A 197LA 1IWZA 1WVUA 4R6CA 125LA 184LA 3LYTA 180LA 2Z37A 4NWEA 4GN3A 3CT0A 3HBDA 1PQOA 1F6SA 218LA 3ODUA 4W54A 1G7MC 1OV7A 5M1YA 1LZBA 2MEIA 3FI5A 1GE4A 3LZMA 4IATA 1CV1A 3AGHA 1GWDA 1L60A 3WW5A 1GB9A 1GDXA 3EO5A 3IJVA 4LT1A 1GFKA 3TXJA 144LA 1LGUA 138LA 2RB2X 3OJPA 2ZIJA 133LA 1YKYX 3A34A 4XJIA 3HTBA 1T97A 4HTQA 1C6KA 1W08A 1GFRA 4KT3A 3TXBA 1AZFA 109LA 4PPOA 4DDCA 1L63A 1L87A 1CV0A 1QTCA 5APCA 159LA 1OUDA 1DYGA 176LA 1TEWA 1NDGC 1ZVYB 2ANXA 1L35A 1DKJA 4HPIA 2B6ZA 1QTHA 1RI8B 4G9SA 1L14A 3WVYA 231LA 6LYTA 1LJJA 1DYBA 1L73A 1XGRC 2C8OA 1LHHA 1LYYA 1NBZC 1QTVA 1OWZA 2DKVA 225LA 3A96A 4EPFA 1GFGA 4XYYA 2H5ZA 5KJ9A 3DMXA 1BVKC 1D3MA 2F4GA 1UIBA 1L45A 2HEDA 4OW1A 1HEPA 1KY0A 1G0JA 149LA 4GLAA 3LHMA 3W6BA 155LA 1L40A 2BQCA 4C3WA 4I8SA 3P68A 1P36A 1L62A 1ZURA 1GF3A 4Z3MA 1VDSA 1ALCA 3LZ2A 3UONA 5HNCA 5I5QA 1AT6A 2BQEA 3WULA 5KXXA 3M3UA 5KXYA 4WOAA 2D4IA 1LZSA 4DDBA 2RH1A 4ETBA 4N1CC 2F2QA 1XJUA 1KY1A 4TSBA 4W56A 2RAYX 5KXLA 1C60A 1IC4Y 3A6BY 156LA 1L52A 1D9UA 237LA 1UIGA 5E9RA 1L85A 1FKVA 1GF4A 233LA 248LA 4M6DA 5F16A 2LZMA 1C65A 1JPOA 4H8ZA 4WM3A 1GFEA 3HBHA 113LA 1GF9A 1B5YA 4J0LA 1B9OA 3HT8A 4ARLA 7LYZA 1QTDA 1QT4A 1C66A 2D4JA 1FLQA 4HSFA 1LZ4A 1L37A 3CDOA 2YBIA 4LDEA 1V7TA 2HU1A 1B2KA 3OE0A 3AGIA 3AZ4A 1BGIA 1L22A 2LZ2A 2ZYCA 164LA 3B6LA 189LA 1F6RA 2LZTA 141LA 1IORA 1B7SA 1C6TA 2YSSC 216LA 1VEDA 2YDGA 1L02A 4EJ4A 4MCKA 161LA 1L08A 2BAAA 1DYDA 1JTTL 1O23A 3ZVQB 4I7QA 1QSQA 1JJ3A 1PS5A 4DD7A 1P2CC 1JSFA 1B7OA 3RUNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IOS A;  1G06 A;  3WU9 A;  1LZY A;  4OOO A;  4WL6 A;  1LSY A;  166L A;  1INU A;  1FKQ A;  2OU0 X;  1YAQ A;  4H93 A;  2DQI Y;  1C43 A;  1L79 A;  4ET8 A;  5I54 A;  1L31 A;  4XAD A;  1L01 A;  1VDQ A;  2W1Y A;  1L15 A;  1IWX A;  2MEH A;  3A92 A;  3TMX A;  1LI3 A;  1GF8 A;  1OVH A;  4N8Z A;  251L A;  1UIA A;  4GCE A;  1LKS A;  4ARM B;  1BQL Y;  2AUB A;  5DL9 A;  191L A;  4LT2 A;  171L A;  143L A;  3DN0 A;  1WTN A;  5FEK A;  1LI2 A;  1IIZ A;  232L A;  1L25 A;  5F9X A;  128L A;  146L A;  3TMV A;  4NHP A;  1JKC A;  1IWY A;  1L34 A;  3MGW A;  214L A;  205L A;  160L A;  2ZYP A;  1CX6 A;  2IGC A;  4HJZ A;  5D5C A;  2YBM A;  4HP0 A;  4B0D A;  4MST A;  178L A;  2OE7 X;  1QIO A;  5C6L A;  172L A;  3WMK A;  4W58 A;  211L A;  126L A;  1QUS A;  1CKH A;  1HER A;  1G1V A;  1LHJ A;  1SX2 A;  2OU9 A;  1CJ8 A;  1GDW A;  2CUU A;  3CDR A;  127L A;  1LKR A;  1UID A;  5E4P A;  4CFO A;  1K28 A;  3P65 A;  3DN6 A;  2XJW A;  1FLY A;  2A7D A;  145L A;  4DQJ A;  2HEF A;  1HMK A;  3W3E A;  4DQ5 A;  1WQM A;  4RW2 A;  3FE0 A; 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