218LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVANLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 218lA00
3F9LA 1KW7A 1D2YA 1LYFA 230LA 4LZMA 220LA 1LI2A 1L92A 1L90A 2RAZX 1CUPA 3HH5A 214LA 3SB8A 1L11A 1CVKA 1L42A 1L79A 1C64A 1L55A 1C6EA 1L24A 1L01A 2OE7X 1L37A 1L72A 256LA 1G0LA 3K2RA 1L83A 1G0GA 3C8RA 1C68A 163LA 1L56A 1L17A 186LA 246LA 3SBAA 234LA 1LYIA 4YXAC 190LA 1C60A 1G0PA 139LA 113LA 3HH4A 261LA 1G1WA 2B74A 4W58A 2B73A 143LA 4W57A 1L62A 233LA 4EJ4A 1L85A 1G0KA 1L04A 1L48A 1C6TA 1L06A 1G0JA 2A4TA 2RBRA 1LPYA 1C6NA 4I7PA 213LA 140LA 1LYJA 178LA 111LA 1T6HA 183LA 1L05A 4ARLA 110LA 1D3MA 1C62A 1PQJA 259LA 196LA 216LA 3OE0A 4W51A 1DYEA 1L32A 1C6JA 4AQNA 3LZMA 1L94A 1L25A 1C63A 2B6YA 3GUOA 1JTMA 4I7MA 1P36A 172LA 4K5YA 1C6LA 1T8FA 1L68A 126LA 188LA 1G0QA 1QT5A 1L73A 2ANXA 1KY1A 3DN6A 129LA 1L28A 1L81A 2L78A 1CU6A 107LA 3C7ZA 4I7LA 1P46A 1QTZA 3HT9A 3ODUA 1L77A 4OO9A 2NTHA 205LA 1L70A 4GRVA 1L69A 3C82A 1L51A 1QTBA 3DN3A 1D3JA 2B6WA 1DYFA 1SWZA 1L84A 2CUUA 2RBQA 3DMVA 1DYAA 1L75A 5I14A 211LA 1L99A 1L19A 1L86A 3DN8A 1QUOA 1QT7A 1L20A 1KW5A 144LA 206LA 4EKSA 3C8SA 2B75A 198LA 176LA 1C67A 1JQUA 2QB0B 1C69A 2F2QA 2OE4X 1OYUA 1C6CA 1L71A 2O79A 3HUQA 1L12A 3HWLA 1L50A 4ARMB 1C6KA 226LA 1D3FA 104LA 1L18A 1LWGA 1L58A 1L96A 1P37A 180LA 3GUPA 3HT6A 1L65A 2NTGA 2B6TA 1QS5A 3D4SA 4I7NA 164LA 244LA 1P2LA 1CV4A 1LI6A 1QSBA 145LA 1QT3A 3HDEA 1L0JA 3OE8A 4ARPA 1QT8A 3NY8A 4I7KA 4LDLA 189LA 1OV5A 2RB1X 3SB5A 2HUMA 209LA 1L45A 1L16A 1C6HA 1L60A 1L46A 1L0KA 1L97A 3SB9A 112LA 150LA 225LA 1L07A 1L52A 1L00A 146LA 3C7YA 1L13A 1CX6A 3G3VA 167LA 119LA 1KY0A 1L31A 4W54A 157LA 1C65A 191LA 120LA 1TLAA 3CDRA 1LI3A 3HDFA 251LA 166LA 1QUDA 2Q9EA 4W56A 4YX7C 185LA 2LC9A 4W59A 1L59A 169LA 1G1VA 2LCBA 3GUMA 128LA 3HTDA 187LA 1C6IA 1ZURA 1L76A 1L29A 1LYEA 1G07A 4I7SA 2B6XA 240LA 1L14A 1OVJA 4IAPA 1LGXA 3DN4A 4DJHA 123LA 2RB2X 1KNIA 2B72A 173LA 1L21A 1PQOA 3HUKA 7LZMA 156LA 3PBLA 1C6MA 3GUNA 1L44A 3CDOA 1L30A 5LZMA 1L35A 1C6PA 147LA 3DN2A 168LA 1D2WA 1G06A 1L36A 224LA 1T8AA 115LA 3NYAA 1G0MA 103LA 2RBOA 1QSQA 1CUQA 1OVHA 155LA 165LA 250LA 2F47A 3DMZA 1P64A 161LA 1L09A 1P7SA 1I6SA 4ARJA 228LA 1L54A 3G3XA 1P3NA 210LA 1DYDA 254LA 3SB6A 102LA 1DYBA 4EPIA 3L64A 4EXMA 1CV5A 1QTVA 108LA 1OVKA 2OTYX 1L40A 3HH3A 1SX7A 252LA 200LA 3GUIA 236LA 174LA 1LLHA 2Q9DA 171LA 1T8GA 3CDTA 1C66A 217LA 4I7TA 3EMLA 2B7XA 4LDEA 1L08A 1T97A 4GBRB 221LA 3HU8A 3V2WA 1QT6A 4W55A 1LYDA 1L93A 1SSWA 3DN0A 2ANVA 2B70A 131LA 4PJZA 175LA 2F32A 3DMXA 1XEPA 3UONA 1L98A 4EKRA 127LA 1QTCA 239LA 1P2RA 4I7JA 4S0WA 1LGUA 1L38A 4DAJA 1L88A 109LA 1L43A 223LA 3HTFA 3QAKA 1B6IA 1L27A 4W53A 1QTHA 1WTHA 199LA 1LYGA 1D9WA 227LA 1CU3A 218LA 162LA 1LYHA 1P5CA 1QUGA 1L74A 222LA 1XJTA 3OE6A 258LA 2RBPA 4YXCA 245LA 3HH6A 122LA 1CTWA 1JTNA 1L34A 249LA 243LA 2OTZX 3VW7A 2Z6BA 1NHBA 253LA 3SBBC 3SB7A 2RH1A 4I7RA 1C6AA 1CU2A 3RZEA 1SSYA 2RBNA 238LA 6LZMA 1L91A 1L47A 1L49A 3DKEX 3DNAA 3FADA 160LA 215LA 4ARQA 197LA 1QTDA 1CV0A 3C80A 3HTBA 4ARQB 4I7OA 2RBSA 1ZWNA 2B6ZA 151LA 3C83A 142LA 1OWZA 1C6BA 1LWKA 1L41A 2RB0X 114LA 1L10A 1P56A 170LA 219LA 1DYGA 2OU9A 1L26A 3C7WA 1EPYA 3HUAA 1L61A 1L87A 195LA 1SWYA 255LA 231LA 1OWYA 177LA 4EPFA 3RUNA 3L2XA 3HTGA 1C61A 1L22A 1L53A 1PQKA 1D3NA 2RAYX 3F8VA 3CDVA 1L66A 1QS9A 2HUKA 1LGWA 1L33A 3FI5A 1L63A 1L80A 1P6YA 1C6GA 229LA 118LA 3GULA 1L02A 1L89A 1QUHA 3SN6R 201LA 192LA 1PQDA 1L64A 4I7QA 159LA 1L57A 212LA 4DKLA 2O4WA 2OU0X 3C8QA 1OV7A 181LA 1L03A 1L67A 4LDOA 4PK0A 1DYCA 241LA 125LA 3NY9A 1ZYTA 3CDQA 1LW9A 2OEAX 237LA 2HULA 141LA 1L23A 149LA 242LA 3JR6A 1QT4A 138LA 2OU8A 158LA 3FA0A 1K28A 1PQIA 2QARC 1C6QA 1L39A 130LA 257LA 248LA 152LA 1CU0A 235LA 3GUJA 3DN1A 1L15A 1PQMA 3G3WA 2IGCA 1L82A 2OE9X 1CV6A 182LA 3HU9A 2O7AA 184LA 262LA 4ARMA 260LA 4W52A 1SX2A 247LA 1CV3A 3HT7A 2LZMA 148LE 1CX7A 4EKQA 1KS3A 3C81A 1C6DA 1L95A 232LA 137LA 4EKPA 3PDSA 3GUKA 1CV1A 3OE9A 1CU5A 3V2YA 3HT8A 4E97A 1XJUA 4ZPUA 1C6FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W6EA 4LYMA 1XEIA 4OWHA 1I20A 4LZMA 2C8OA 4DQ5A 1L90A 2ZNXY 5FELA 1CUPA 3WPKA 4E3UA 1L42A 4RW1A 2BPUA 1L55A 4G4HA 1L72A 2BLXA 1B7SA 4AXTA 3C8RA 1C68A 1L17A 1W6ZA 3SBAA 4DYGA 154LA 1C60A 4TX7A 1OUCA 1OUIA 1HERA 1OUAA 5HMJA 1HEQA 1REZA 4EJ4A 1G0KA 1QSWA 4ETDA 4QDNA 1JWRA 2A4TA 2F4GA 1BB3A 1C6NA 4EMNA 1PZYA 4I7PA 1NMMA 1G7LC 4DQJA 5B06A 1L05A 1GB2A 110LA 3CT5A 1CKHA 2DQAA 5LYZA 216LA 3IWRA 4N0JA 3CB7A 5DM9A 4I7MA 172LA 2MEAA 1L68A 1QT5A 4XJHA 4NGJA 1CJ9A 4R0FA 1LSEA 2W1MA 3C7ZA 2BQLA 1QTZA 1L77A 1BVXA 1DZBX 1INUA 205LA 1IEEA 1L51A 1IWXA 1LSFA 3AZ6A 4ETBA 1SWZA 1D0MA 2RBQA 5HQ1A 1GB5A 4GLVA 2DQEY 3M18B 5EBHA 1GB9A 3A3RX 3HBHA 1T3PA 4AGAA 2F2QA 2OE4X 2CGIA 3A95A 1OYUA 1C6CA 5KXYA 2O79A 3HWLA 4ARMB 226LA 1TAYA 1Z55A 4HJZA 1L18A 2BQAA 1P37A 1GHLA 4FJRA 1HNLA 1L65A 1B0DA 4I7NA 1GEVA 164LA 1AM7A 4H8YA 1B7RA 4LT3A 1CV4A 1IWUA 4CHXA 3TXGA 1QSBA 3BKVA 1IO5A 1IP5A 1L0JA 4DDBA 1LMQA 1LMCA 3OE8A 1LJ4A 3NY8A 1LMPA 1XGTC 1L16A 1C6HA 1L60A 2ZNWY 4B0DA 150LA 1GF5A 4QGZA 5APEA 1VDQA 146LA 2IFFY 1VAUA 1L13A 3AB6A 167LA 5ILCA 4GCCA 1JJ3A 3W6FA 191LA 4TSCA 251LA 1G7MC 1TEWA 185LA 4W59A 1LMNA 1L59A 1WQNA 4IASA 2MECA 1IY4A 4KXIA 1TDYA 2LCBA 5HNCA 3HTDA 4PGJB 1C6IA 2H5ZA 2LYMA 3MGWA 1MELL 1XGUC 1LZRA 4IAPA 1J1PY 1LJNA 1IC4Y 2ZIJA 2DQHY 1VEDA 1L30A 1F6SA 1C6PA 4J1AA 3DN2A 168LA 1UIAA 1HF4A 2BLYA 1I1ZA 3D9AC 1LMTA 103LA 3QY4A 4LFXA 2D4JA 4RDSA 1CUQA 1CJ7A 1OVHA 155LA 1LSDA 161LA 4OOOA 3ZVQA 3LHMA 1P7SA 4OOTA 5J7CA 4P2EA 1EQ5A 210LA 4BAPA 153LA 1CV5A 1QTVA 1LJIA 2OTYX 3HH3A 4BADA 200LA 3GUIA 1CKCA 194LA 1DI3A 2CWIA 4YM8A 1YKZX 1T8GA 4G9SA 1C66A 4QEQA 3EMSA 217LA 4I7TA 3KAMA 2G4PA 1WQQA 221LA 1FBIX 4N1CC 3HBDA 3TXDA 1GF7A 4EKRA 1QTCA 4I7JA 4S0WA 1LZDA 1LGUA 4NSHA 1L38A 1LSMA 4DAJA 1DPXA 109LA 1AT6A 4I0CA 3A67Y 1LPIA 5HNLA 4W53A 1LYGA 1CU3A 1A4VA 2DQDY 1YANA 1B7NA 2HEFA 1IP4A 1L74A 1JSFA 5KXKA 1VFBC 3TXEA 1IP2A 1KXXA 1L34A 3VW7A 4ETEA 1NHBA 2F4AA 1IR9A 1C6AA 4WM4A 4GN5C 4NHSA 3AW6A 1LHLA 4WM6A 4XJGA 4H9EA 4WM5A 4X3BA 2Z19A 4LYBA 4B1AA 1XEJA 3T6UA 1ZWNA 2B6ZA 3N9EA 1GFTA 3A91A 1YAPA 5KKIA 4YEMA 1GE4A 1LYZA 4HTQA 2MEFA 4ANRA 4C5FA 3C7WA 2BQDA 1GF3A 4NGZA 2WARA 1D3NA 1B5UA 5I5QA 1GE2A 1VDPA 1C08C 3F8VA 2B5ZA 5KXNA 2I25L 1GBZA 1L33A 2AUBA 1O23A 1GFEA 1L80A 1P6YA 118LA 1LOZA 1LZSA 1L02A 4CFPA 4PRQA 1IOSA 192LA 3TMXA 4DKLA 4LT1A 4DT3A 135LA 5FHWA 1QTKA 5I4WA 4LDOA 4RLMA 1LW9A 237LA 2HULA 2XTHA 1IWVA 3TXBA 4WG1A 2MEHA 2N5ZA 1OUEA 1PQIA 4HJVA 1C6QA 2XBSA 4WO6A 248LA 152LA 1IOQA 235LA 3W6CA 3WPLA 3DN1A 2Z2FA 4A7DA 3WH1A 5KKJA 3W6AA 1CJ8A 4HV2A 182LA 4N5RA 262LA 1LHIA 4H9FA 2LZMA 8LYZA 3AJNA 148LE 1KS3A 3B0KA 1AZFA 4EKPA 3V2YA 3WU9A 4E97A 4NIJA 1BVKC 1C7PA 1TBYA 3EO5A 3HBEX 4NHIA 1IOTA 2LYZA 2HEBA 3WXTA 2HEEA 1L11A 1CVKA 1GE1A 1C64A 1L24A 1G0LA 4HTNA 1L83A 5E9RA 1RCMA 5APFA 3LYMA 246LA 1LYIA 190LA 1G0PA 1BWIA 1G1WA 2B74A 2DQFC 1L62A 1GFVA 1L85A 4DD7A 1L06A 2Z37A 1LPYA 1UIHA 3N9CA 213LA 1GBSA 1GF4A 111LA 1T6HA 1UC0A 1YL1X 4ARLA 3LYTA 4H91A 5DLAA 3ZEKA 1PQJA 1UBZA 1WQMA 1GFAA 1DYEA 4MCKA 2Y8PA 1GFUA 1C63A 1JTMA 1P36A 3AZ5A 5B59A 1T8FA 2EPEA 3B0OA 1L73A 3W3EA 5LVGA 2ANXA 1KY1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3W6E A;  4LYM A;  1XEI A;  4OWH A;  1I20 A;  4LZM A;  2C8O A;  4DQ5 A;  1L90 A;  2ZNX Y;  5FEL A;  1CUP A;  3WPK A;  4E3U A;  1L42 A;  4RW1 A;  2BPU A;  1L55 A;  4G4H A;  1L72 A;  2BLX A;  1B7S A;  4AXT A;  3C8R A;  1C68 A;  1L17 A;  1W6Z A;  3SBA A;  4DYG A;  154L A;  1C60 A;  4TX7 A;  1OUC A;  1OUI A;  1HER A;  1OUA A;  5HMJ A;  1HEQ A;  1REZ A;  4EJ4 A;  1G0K A;  1QSW A;  4ETD A;  4QDN A;  1JWR A;  2A4T A;  2F4G A;  1BB3 A;  1C6N A;  4EMN A;  1PZY A;  4I7P A;  1NMM A;  1G7L C;  4DQJ A;  5B06 A;  1L05 A;  1GB2 A;  110L A;  3CT5 A;  1CKH A;  2DQA A;  5LYZ A;  216L A;  3IWR A;  4N0J A;  3CB7 A;  5DM9 A;  4I7M A;  172L A;  2MEA A;  1L68 A;  1QT5 A;  4XJH A;  4NGJ A;  1CJ9 A;  4R0F A;  1LSE A;  2W1M A;  3C7Z A;  2BQL A;  1QTZ A;  1L77 A;  1BVX A;  1DZB X;  1INU A;  205L A;  1IEE A;  1L51 A;  1IWX A;  1LSF A;  3AZ6 A;  4ETB A;  1SWZ A;  1D0M A;  2RBQ A;  5HQ1 A;  1GB5 A;  4GLV A;  2DQE Y;  3M18 B;  5EBH A;  1GB9 A;  3A3R X;  3HBH A;  1T3P A;  4AGA A;  2F2Q A;  2OE4 X;  2CGI A;  3A95 A;  1OYU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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