219LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 219lA00
1L52A 1T8AA 1LGWA 1C6MA 2CUUA 3HT7A 1C6JA 1QTBA 3C83A 1L66A 4I7KA 4I7MA 1L30A 1LYJA 168LA 2F2QA 159LA 230LA 169LA 1CV1A 3GUMA 258LA 1DYFA 2RAYX 1C6BA 181LA 3C8SA 1L10A 174LA 1L08A 3G3WA 165LA 3HTDA 2RH1A 2LCBA 1L97A 1QS9A 215LA 3L64A 1CV6A 4I7LA 4IAPA 1L99A 3CDOA 1JTMA 3V2WA 1L91A 1QUOA 1CV0A 1L81A 3UONA 180LA 3OE9A 254LA 4YXCA 3VW7A 1D9WA 3CDVA 1L65A 1QUDA 3GUKA 1QT6A 1K28A 1CU5A 1P46A 3GUPA 3HT6A 186LA 1CU6A 1L25A 4EKQA 1L50A 1C6GA 4EPIA 2QB0B 146LA 1QSBA 4W55A 1PQIA 251LA 1LYIA 3HUAA 1L04A 1C6PA 1G1VA 1L03A 238LA 261LA 1C68A 252LA 130LA 3SB8A 6LZMA 1OWZA 248LA 212LA 1L98A 1KS3A 1SSWA 1G0GA 1QUGA 4ARMB 4W59A 3SB9A 216LA 1T8FA 1L42A 140LA 3DN1A 1ZURA 2Q9EA 1L86A 3GULA 1L37A 3HTFA 1C62A 1CU2A 3HWLA 1L23A 1L46A 1PQDA 3DKEX 1L70A 1L24A 1L28A 1QT8A 1P6YA 2B73A 2ANVA 3ODUA 1C64A 177LA 2LZMA 2Q9DA 3DMXA 2O7AA 4GRVA 1L01A 1C6TA 4ARQB 1LYEA 3GUIA 3HH4A 2NTHA 3CDRA 1G0JA 1CX7A 1L74A 1L09A 1L39A 1L14A 1OVKA 1L67A 1LYDA 1SSYA 1P3NA 176LA 4I7PA 1OWYA 3HTBA 4E97A 3DN3A 1CVKA 1L94A 1L48A 1L35A 1L79A 118LA 1L93A 4OO9A 1CX6A 1C6CA 2Z6BA 1L0JA 2RBNA 2ANXA 2O79A 1CV5A 4EKSA 4S0WA 4DJHA 1L53A 222LA 4EJ4A 5LZMA 1L80A 148LE 1P36A 1XJUA 1LW9A 3CDQA 3HH3A 4I7RA 7LZMA 114LA 171LA 1G0KA 241LA 1L85A 144LA 1L44A 1L49A 1LWKA 2F47A 260LA 125LA 1G07A 2B74A 3C82A 2IGCA 1DYDA 2RBPA 163LA 1QT4A 246LA 3G3VA 211LA 4ARPA 2RB2X 187LA 1QTHA 3HDEA 115LA 1L55A 141LA 1C66A 1C61A 3PDSA 1QTCA 2OEAX 183LA 160LA 1C6KA 1I6SA 3EMLA 189LA 1KY0A 3GUNA 205LA 1D3MA 1D3JA 245LA 188LA 157LA 1C6AA 1G0MA 1G0LA 3HU8A 1L51A 2NTGA 1L62A 3NYAA 1CV4A 2RBRA 1KNIA 3DN4A 1L68A 1P2RA 1L12A 228LA 253LA 2OE7X 219LA 3GUOA 209LA 1OV7A 1OYUA 1PQMA 239LA 1LI6A 3HT9A 1C6DA 3HH6A 201LA 3OE0A 1L82A 1L73A 3C80A 3HUQA 4DAJA 103LA 213LA 1QSQA 232LA 147LA 1P56A 234LA 1LWGA 4PK0A 164LA 1DYAA 1L29A 3SN6R 4ARQA 2RBSA 1L07A 1L20A 1L83A 1L18A 1LI3A 1C6HA 2B6TA 185LA 1L27A 2LC9A 1C6QA 1P7SA 4YXAC 1L71A 1NHBA 1SWZA 123LA 1CUQA 3RZEA 3SB5A 2B6ZA 3PBLA 1L36A 3FADA 214LA 198LA 2OE4X 3QAKA 240LA 138LA 131LA 3HDFA 1L58A 173LA 3K2RA 1QTVA 3DN2A 3L2XA 1L41A 1L96A 1L16A 1L15A 206LA 166LA 4LZMA 1L95A 3DMVA 162LA 170LA 167LA 1C60A 151LA 4ARJA 1DYBA 1L75A 2QARC 4YX7C 4ZPUA 1QT7A 255LA 119LA 1T6HA 1L90A 1L76A 110LA 3C8QA 1C69A 1DYGA 1G06A 1LGUA 197LA 217LA 1C67A 4PJZA 122LA 178LA 2F32A 1P37A 3RUNA 126LA 3G3XA 1L00A 113LA 4LDEA 1T97A 1JTNA 4DKLA 257LA 1L34A 3C7WA 1L57A 3C7ZA 1L89A 2OU9A 1L69A 2B72A 1LI2A 235LA 143LA 4W58A 4EPFA 1L26A 111LA 3SBBC 1C6EA 1L87A 2OE9X 4W53A 1WTHA 2RB1X 1D2YA 4I7OA 224LA 3DN6A 2RAZX 107LA 4I7TA 4W52A 2L78A 4W51A 172LA 1C6NA 1L61A 199LA 2HUMA 4ARLA 127LA 250LA 221LA 2OTZX 3C81A 1CUPA 2B75A 3DN0A 1XJTA 2O4WA 1SX7A 3DN8A 104LA 4EKRA 191LA 1L56A 112LA 1L60A 1L92A 1D2WA 4ARMA 262LA 229LA 1QT3A 4W57A 150LA 3D4SA 1XEPA 1LGXA 1L22A 1QTZA 139LA 1LPYA 1LYFA 1ZYTA 1SX2A 227LA 3DMZA 182LA 1KW5A 1KW7A 1C6LA 1L11A 1DYCA 1L02A 233LA 175LA 1L64A 220LA 1L31A 1QUHA 1L63A 4AQNA 2B6WA 190LA 1L33A 1QS5A 1DYEA 3FA0A 1L88A 210LA 3FI5A 129LA 1QTDA 1L17A 3HT8A 1B6IA 1TLAA 2HULA 149LA 3OE8A 1L84A 1T8GA 4W54A 1ZWNA 192LA 1P2LA 1G0QA 1OVJA 1PQOA 3JR6A 1JQUA 4LDOA 3NY9A 4I7SA 1D3FA 108LA 218LA 1CV3A 243LA 3SB6A 249LA 3F8VA 259LA 109LA 3V2YA 158LA 1L77A 2B6YA 3LZMA 4K5YA 2OU8A 2A4TA 4I7JA 1PQKA 155LA 1EPYA 1L21A 1L54A 1P5CA 1L19A 1G1WA 200LA 1CTWA 225LA 1L45A 4I7QA 195LA 1D3NA 3F9LA 226LA 5I14A 2RB0X 128LA 1C6IA 2HUKA 3HTGA 3CDTA 145LA 1L38A 3C8RA 1C63A 196LA 1LLHA 2RBOA 236LA 1L40A 102LA 1KY1A 1L05A 1L47A 3HH5A 1L06A 1OV5A 1QT5A 4EKPA 1P64A 1PQJA 1L72A 4EXMA 244LA 4GBRB 4LDLA 1G0PA 1L13A 1OVHA 2RBQA 3GUJA 1CU0A 3NY8A 156LA 3SBAA 256LA 247LA 237LA 161LA 3HUKA 231LA 2B70A 1LYHA 2B6XA 242LA 1CU3A 1SWYA 3OE6A 4W56A 184LA 152LA 142LA 223LA 1L32A 2OU0X 120LA 137LA 1L59A 1LYGA 1C65A 1L43A 3C7YA 4I7NA 1L0KA 2B7XA 2OTYX 3SB7A 3HU9A 3DNAA 1C6FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YEMA 1CJ7A 4HTNA 5C6LA 1FKQA 4TSCA 4I7MA 4J0LA 1L30A 1WQNA 159LA 4TUNA 4NSGA 4M4OA 1CV1A 3GUMA 4Z98A 5KXOA 1GHLA 5HNLA 174LA 1L08A 3HTDA 2LCBA 4DD3A 1HHLA 1GF4A 3CDOA 1JTMA 4NGZA 1L91A 1QUOA 1C46A 1FKVA 3QE8A 1D9WA 4HPEA 1L65A 1QUDA 3GUKA 1XEIA 1P46A 3HT6A 1EQEA 1AT6A 4ET9A 1L50A 5EBHA 4G4BA 2DQDY 1GB6A 146LA 2PC2A 4C5FA 2Q0MX 251LA 3W6DA 1L04A 3KAMA 130LA 6LZMA 1I56A 3M18B 1OWZA 1LSNA 248LA 5KXYA 5IDDA 1KS3A 1LZGA 4FJRA 5B1GA 5D5CA 1L42A 140LA 1ZURA 1GF8A 1L86A 3WU7A 3HTFA 1L23A 1L46A 1UA6Y 4CHXA 2LZMA 2EPEA 1L01A 1C6TA 4ZIXA 4RDSA 2XQOA 1D0KA 1JPOA 1SSYA 1LZTA 1HENA 4NGJA 5J7CA 1OWYA 4E97A 1B7QA 2C8PA 1L94A 1L35A 1L79A 4WM3A 5IELA 1C6CA 1RFPA 4WLDA 2MEHA 4EKSA 3BKHA 4GCFA 1LYSA 1L53A 1L80A 148LE 2FBBA 3G3AB 5FEKA 3CDQA 1WTNA 114LA 1G0KA 1L85A 4DQJA 1L44A 1W6ZA 4DC4A 2F47A 4XJBA 260LA 1UC0A 1HEPA 163LA 1LZBA 1FLQA 4XJFA 3EMSA 187LA 4DDAA 1L55A 1C66A 1C61A 4RW1A 2OEAX 1DI4A 1D3MA 188LA 157LA 1C6AA 3HU8A 1L51A 1TDYA 2H5ZA 2RBRA 3DN4A 1L12A 253LA 1CKCA 209LA 1OV7A 2BQNA 3AZ7A 2DQJY 3HT9A 5F9UA 3OE0A 1L82A 3C80A 2IFFY 2Z39A 4P2EA 4HTQA 103LA 2D4KA 232LA 1LWGA 3SN6R 1L18A 1D0MA 3TXHA 2LC9A 1C6QA 1NHBA 1SWZA 1VDTA 3SB5A 214LA 1BB4A 240LA 3LYZA 5I54A 4J1BA 3K2RA 1LYZA 4G4HA 3L2XA 4WLTA 1L16A 1L15A 3SP3A 166LA 4LZMA 3AGGG 4QY9A 167LA 1IP6A 151LA 4ARJA 5KXRA 5KY1A 4YX7C 4DYGA 1V7SA 3P64A 5LVIA 1T6HA 2W1YA 1QSWA 208LA 4LYCA 1C69A 1DYGA 1AT5A 1LGUA 4WM2A 178LA 3A95A 1IC5Y 3G3XA 3HBHA 4CFOA 3CSQA 3A3RX 4LYMA 5I4XA 2Z18A 1L34A 1O23A 1HMLA 1HMKA 1B5UA 1YKZX 143LA 1L26A 2EKSC 3W6FA 4G9SA 1L87A 4W53A 4RLMA 4H9BA 3TXFA 2FYDA 4I7TA 1L61A 1B7PA 199LA 4ARLA 4XJHA 1IWUA 2BQCA 5F16A 221LA 4LFXA 3CT0A 2B75A 1XGRC 1LHKA 4R0FA 3WUNA 4J1AA 2LYZA 5I5QA 1XJTA 1DI3A 1LJFA 2MEGA 191LA 1GF0A 1UIFA 1LMOA 3RW8A 150LA 4ET8A 3CSZA 1H6MA 4OWAA 2I26L 4XADA 3W3EA 3B6LA 1LZRA 3WW6A 4H93A 4HP0A 4AQNA 2B6WA 1L33A 1QS5A 1NMMA 2BQDA 1KIPC 1FLUA 1L88A 4NGYA 1L17A 4L41A 4HSFA 1GBSA 4NHSA 4WL7A 3WXUA 1ZWNA 1OUIA 2BQAA 1HFYA 1IWYA 1P2CC 4I7SA 1OP9B 1D3FA 108LA 218LA 3AJNA 3LYTA 1I1ZA 1J1PY 1L77A 2B6YA 3LZMA 3A6BY 1GFAA 3WVYA 1LMPA 4I7JA 155LA 3B0KA 1EPYA 1L19A 4EMNA 225LA 1DI5A 3F9LA 1IVMA 4DD0A 4Z3MA 2XBRA 3HTGA 145LA 1F10A 3C8RA 4HJYA 1F6RA 4WMGA 3BKVA 4O34A 3F6ZA 1L40A 1KXWA 3E3DA 4MR1A 4BS7A 3HH5A 5KXPA 1L06A 2ZYPA 1IY3A 1P64A 1VDPA 1L72A 5A3ZA 4D9ZA 1G0PA 1L13A 1CJ9A 1CU0A 156LA 1B7OA 237LA 4XJDA 5DN4A 5ILFA 1LJJA 3T6UA 3ZVQB 2B6XA 3WPLA 1SWYA 2BLYA 1BWIA 4QGZA 1LYGA 1REMA 1L59A 3TXGA 1DKJA 2H9KA 2Y8PA 2A7DA 1L52A 2HEAA 1XGTC 1LGWA 1C6MA 1LZ4A 2CUUA 3HT7A 4H90A 1QTBA 3C83A 153LA 1BB5A 1LYJA 4NGVA 1OUHA 230LA 5I4YA 1LZ9A 2DQAA 258LA 1BB3A 2RAYX 4PRQA 1IP1A 1L10A 2RH1A 3B0OA 1L97A 3A93A 1DPXA 4TWSA 1QS9A 4IAPA 2D91A 1GE2A 4N5RA 1L81A 4IJ4A 3UONA 3OE9A 2Z2FA 1CJ8A 3CDVA 4W94A 1N4FA 2LYOA 3AZ4A 1CU5A 2YVBA 2FBDA 1CU6A 4PGJB 5I4WA 1IR8A 4EKQA 1OUEA 1JJ1A 1C6GA 3WH1A 1B7NA 1H87A 3HUAA 1G1VA 1VAUA 1RI8B 252LA 3SB8A 1JUGA 1VDQA 1L98A 1SSWA 2MEIA 1G0GA 4UWUA 1T8FA 3DN1A 4DQ7A 5KXXA 1L37A 1JKCA 1CU2A 3FE0A 3HWLA 4XENA 5LA8A 3ZVQA 3DKEX 1QT8A 3ODUA 5DL9A 1IWXA 2Q9DA 1YQVY 1LYOA 2XBSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YEM A;  1CJ7 A;  4HTN A;  5C6L A;  1FKQ A;  4TSC A;  4I7M A;  4J0L A;  1L30 A;  1WQN A;  159L A;  4TUN A;  4NSG A;  4M4O A;  1CV1 A;  3GUM A;  4Z98 A;  5KXO A;  1GHL A;  5HNL A;  174L A;  1L08 A;  3HTD A;  2LCB A;  4DD3 A;  1HHL A;  1GF4 A;  3CDO A;  1JTM A;  4NGZ A;  1L91 A;  1QUO A;  1C46 A;  1FKV A;  3QE8 A;  1D9W A;  4HPE A;  1L65 A;  1QUD A;  3GUK A;  1XEI A;  1P46 A;  3HT6 A;  1EQE A;  1AT6 A;  4ET9 A;  1L50 A;  5EBH A;  4G4B A;  2DQD Y;  1GB6 A;  146L A;  2PC2 A;  4C5F A;  2Q0M X;  251L A;  3W6D A;  1L04 A;  3KAM A;  130L A;  6LZM A;  1I56 A;  3M18 B;  1OWZ A;  1LSN A;  248L A;  5KXY A;  5IDD A;  1KS3 A;  1LZG A;  4FJR A;  5B1G A;  5D5C A;  1L42 A;  140L A;  1ZUR A;  1GF8 A;  1L86 A;  3WU7 A;  3HTF A;  1L23 A;  1L46 A;  1UA6 Y;  4CHX A;  2LZM A;  2EPE A;  1L01 A;  1C6T A;  4ZIX A;  4RDS A;  2XQO A;  1D0K A;  1JPO A;  1SSY A;  1LZT A;  1HEN A;  4NGJ A;  5J7C A;  1OWY A;  4E97 A;  1B7Q A;  2C8P A;  1L94 A;  1L35 A;  1L79 A;  4WM3 A;  5IEL A;  1C6C A;  1RFP A;  4WLD A;  2MEH A;  4EKS A; 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