219LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TIV1 (27-30)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 219lA00
1L95A 3QAKA 220LA 3RUNA 235LA 236LA 2HUMA 1QUHA 223LA 3GUNA 172LA 171LA 212LA 3HT8A 1C6HA 1L29A 4I7SA 3SB7A 2ANXA 1L87A 3NY9A 2IGCA 1OVHA 4IAPA 1D2WA 2LZMA 142LA 250LA 1CV1A 1L64A 1L90A 1T8AA 3EMLA 3HT6A 3JR6A 120LA 3L2XA 1L50A 4PK0A 257LA 147LA 2B70A 3DN2A 1P2LA 1CV3A 163LA 1CX6A 158LA 1L46A 1C61A 122LA 3C7ZA 3HTDA 1QTCA 4EKPA 1L19A 1LYGA 4ARMA 4I7OA 1C6FA 1D3MA 1K28A 166LA 219LA 3GULA 1XJTA 1D9WA 3DN0A 1JTMA 1L51A 4LDLA 1L34A 1L68A 2OTZX 3SBAA 3V2YA 3ODUA 1L20A 197LA 1L05A 225LA 102LA 2QB0B 1LW9A 1L49A 209LA 1SX7A 1L71A 4DAJA 181LA 1C6NA 3HUKA 3C7WA 4I7RA 3F8VA 2RAYX 1L35A 3CDRA 2RB1X 199LA 1C6GA 1LYFA 4I7QA 1LYHA 1QT3A 1QTBA 129LA 2B6TA 249LA 1L24A 1C6TA 170LA 1CV5A 191LA 1DYBA 1DYAA 1LYIA 173LA 1L66A 1P46A 2O7AA 3HH5A 1C68A 1L81A 4W51A 2NTGA 3DKEX 1L48A 150LA 3DN6A 1L00A 1OVKA 1G0MA 1C65A 1L25A 3SB8A 3GUIA 2OEAX 227LA 1P64A 6LZMA 1LI2A 3PDSA 112LA 1L31A 137LA 1C6LA 1OVJA 248LA 3G3WA 1T97A 205LA 1QSBA 152LA 1L0JA 1L76A 226LA 1OV5A 1L08A 1L54A 119LA 4EKQA 1L99A 1L69A 1SSYA 241LA 221LA 2F32A 1G06A 1CX7A 165LA 233LA 3NY8A 2RBSA 4I7KA 4OO9A 177LA 4AQNA 1L04A 3CDQA 1ZWNA 4I7NA 218LA 123LA 1L07A 1QUOA 2O79A 1L88A 169LA 2RBNA 3HT9A 1L01A 1LYJA 1L13A 151LA 1L42A 108LA 1L14A 244LA 1LI3A 1KS3A 1L75A 1L45A 141LA 4YX7C 4GRVA 195LA 3G3XA 258LA 1CV4A 1PQDA 4LDOA 2OU9A 2O4WA 1LGUA 1L63A 1L16A 3HH4A 2NTHA 1P6YA 1QTDA 4EPIA 3C81A 160LA 198LA 1C60A 1P5CA 3NYAA 164LA 2B75A 3GUPA 224LA 1L15A 118LA 1G0KA 1C66A 4W52A 4ARQB 1SWZA 3DN4A 3UONA 1L02A 1L39A 2Z6BA 1CUQA 1L18A 168LA 1L27A 1L43A 1L37A 211LA 3C83A 3L64A 3DNAA 1KY0A 1CU2A 200LA 3RZEA 4W53A 3LZMA 1DYFA 3HTBA 1G0PA 1P7SA 111LA 3OE9A 4ARQA 2CUUA 217LA 144LA 2OU0X 3HUQA 1C6AA 1L28A 2LC9A 4EJ4A 183LA 1L96A 1L73A 245LA 103LA 3C8QA 174LA 1L52A 252LA 4E97A 3CDVA 3FI5A 1C63A 246LA 1C6KA 3CDOA 192LA 1CV6A 1C6JA 1P36A 109LA 247LA 2B6ZA 1PQMA 3HH6A 4EKRA 214LA 1EPYA 1NHBA 3CDTA 2F47A 1CU3A 187LA 125LA 232LA 3SB6A 1DYDA 4DJHA 2Q9EA 1CVKA 234LA 1QTHA 1LGXA 4W56A 1XJUA 180LA 3C7YA 262LA 1L47A 1C69A 182LA 253LA 1L23A 237LA 3C8RA 3D4SA 196LA 126LA 167LA 3DMZA 1L70A 3HU8A 1L94A 1SWYA 3HU9A 4DKLA 1QS9A 1G1WA 1L56A 1C6CA 1PQJA 1D3NA 229LA 1LYDA 243LA 1L11A 161LA 1LI6A 1SX2A 254LA 4YXCA 127LA 3DN3A 1P56A 2RBRA 1CU0A 1L10A 1JTNA 239LA 3HH3A 1L82A 1DYEA 175LA 1G0QA 159LA 1SSWA 2RBOA 3FADA 149LA 231LA 230LA 186LA 1C6EA 1L58A 2RH1A 3HTGA 1KNIA 1QT7A 1QUGA 1QT5A 1D3FA 1QUDA 1L06A 1QSQA 1C6PA 178LA 1QT6A 4K5YA 4W57A 222LA 1L91A 2OU8A 259LA 2RBQA 1L22A 1ZYTA 1C67A 114LA 2OE4X 213LA 3OE0A 4I7PA 1OWZA 5I14A 3HT7A 1G0GA 1L41A 4PJZA 104LA 110LA 210LA 2ANVA 146LA 1L59A 1L98A 3SBBC 1C64A 113LA 1LGWA 4I7LA 251LA 1G07A 139LA 2HULA 4EXMA 1B6IA 1QTVA 2LCBA 1L12A 2OE7X 3HDEA 2RB0X 1LPYA 3DN1A 185LA 1CU5A 260LA 4W54A 1LWGA 1KW5A 4ARMB 3OE8A 1L93A 215LA 157LA 4LZMA 1C6BA 1PQOA 1C62A 2B6WA 1L30A 1L38A 1QT8A 2RB2X 1DYCA 5LZMA 145LA 1ZURA 1L92A 4W55A 189LA 3C82A 3HUAA 1L33A 1DYGA 1G0JA 256LA 2B7XA 1QTZA 4LDEA 4EPFA 1L84A 1CU6A 1QT4A 1L86A 130LA 143LA 1L89A 3VW7A 4S0WA 1C6IA 3DMXA 1L61A 1L53A 138LA 2Q9DA 1LYEA 1P3NA 148LE 1L0KA 3HDFA 4W59A 156LA 1CTWA 1LWKA 1L83A 3V2WA 131LA 1KY1A 216LA 1L57A 261LA 3C80A 155LA 4I7TA 3K2RA 1TLAA 228LA 2HUKA 1L36A 238LA 3GUKA 115LA 240LA 3PBLA 1C6DA 1D3JA 1L79A 255LA 2B72A 1T8FA 206LA 3HTFA 2RAZX 3C8SA 128LA 4I7MA 1L65A 2OE9X 1XEPA 2RBPA 1C6QA 1C6MA 1T6HA 1L77A 2B6YA 1OYUA 4YXAC 1L85A 1L97A 3GUOA 201LA 4ARPA 1L09A 1L40A 107LA 3F9LA 2B73A 2F2QA 1PQIA 162LA 3GUJA 1P2RA 7LZMA 3HWLA 1LLHA 1L67A 1L17A 1L60A 2L78A 1WTHA 4ARJA 2B74A 242LA 1L44A 3SB5A 190LA 1CV0A 4ZPUA 1P37A 2B6XA 1L55A 1D2YA 1JQUA 1G1VA 3GUMA 1QS5A 1CUPA 188LA 3OE6A 184LA 4W58A 2QARC 2OTYX 3SB9A 1L32A 1KW7A 4I7JA 1T8GA 3DN8A 1L74A 1L62A 1OWYA 1L03A 3FA0A 1I6SA 176LA 1L80A 4ARLA 4GBRB 3SN6R 140LA 1L72A 1PQKA 3DMVA 1G0LA 1L26A 3G3VA 1L21A 2A4TA 1OV7A 4EKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q0MX 1VATA 3QAKA 4MSTA 3GUNA 1JITA 171LA 1LZ1A 4YEMA 4I7SA 1XGRC 4IAPA 1D2WA 2LZMA 1LZ8A 2HECA 3W3EA 5LXWA 1HMLA 1TAYA 1L90A 4B4EA 4PK0A 3DN2A 1CV3A 5I54A 1DXJA 2HEFA 3C7ZA 3HTDA 4EKPA 5JENB 4ARMA 1GFJA 4I7OA 1JJ1A 1D3MA 5LVIA 3DN0A 2NWDX 1GAYA 3SBAA 208LA 2QB0B 3LN2A 1SX7A 2MEIA 4DAJA 3ZEKA 181LA 1C6NA 1LZEA 3F8VA 199LA 1C6GA 1LYFA 1IWXA 1LSEA 1NDGC 1XEIA 1QT3A 1QTBA 4NSIA 249LA 2Z37A 170LA 1LYIA 1DYAA 1P46A 2ZNXY 4G4BA 1C68A 1LSYA 1GBZA 3A3RX 2G4PA 4NWEA 1L00A 4GLAA 1G0MA 1JKCA 5F9XA 1L25A 3SB8A 2I26L 5I4YA 4NGKA 112LA 4H9FA 2B5ZA 248LA 3G3WA 4H93A 205LA 1LZ5A 1HENA 1L76A 1AT6A 4R6CA 5IELA 1OV5A 1IR8A 1L54A 1BB6A 4ETBA 1SSYA 1UACY 3HFMY 1CKDA 4OO9A 4AQNA 5DN4A 1LMQA 1KXXA 123LA 4LGKA 4LYZA 2DQAA 1CKFA 2D91A 1NQIA 1L88A 1L01A 2A7DA 1HFXA 151LA 108LA 4DT3A 4YX7C 1UA6Y 2LZ2A 3G3XA 4O34A 1UIGA 4TTDA 134LA 4WLTA 2BQBA 1LMCA 1L63A 1QDRA 1L16A 3WPJA 2CGIA 1LHIA 1RCMA 3C81A 1P5CA 1FLUA 2B75A 3RU5A 4OWHA 1KIQC 118LA 4P2EA 1LTMA 1ZV5L 153LA 4W52A 1SWZA 1DZBX 1L02A 1DKKA 1A2YC 168LA 211LA 4NHTA 1CKHA 3LZMA 1VEDA 2F30A 4IJ4A 3WUMA 1LMPA 217LA 1L28A 1LJKA 1NDMC 2YDGA 1L73A 245LA 103LA 3C8QA 3AYQA 2DQGY 3CDVA 1NKHA 4MR1A 1Z55A 4DQ7A 1LHKA 4H9EA 1C63A 1C6KA 9LYZA 4HPEA 1JWRA 4HPIA 2D4KA 1BQLY 4KXIA 2F47A 4TWSA 1UIHA 3CQLA 3HBEX 1LZYA 2Q9EA 1F6RA 5APFA 3AB6A 1QTHA 1LGXA 1WQNA 3A8ZA 2HU1A 4W56A 4YOPA 4FDYA 3C7YA 1L47A 253LA 1KXWA 2BQFA 1IEEA 126LA 167LA 4NWHA 3WVXA 1GWDA 5F9UA 4PJ2C 3D3DA 1HFZA 3HU9A 4U3XB 3W6EA 1LMOA 5I5QA 5KXOA 1LI6A 1LKRA 127LA 2BQDA 3DN3A 4YF2A 1P56A 1BB5A 1QTKA 1CU0A 3HH3A 1JTNA 1L10A 239LA 1DYEA 149LA 2W1XA 1FKQA 4NGOA 1C6EA 1G7IC 2RH1A 1XGPC 4H91A 1KNIA 3WU7A 2DBTA 1D3FA 4ETCA 3LZ2A 1QT6A 1SLYA 2Z2FA 2OU8A 3GXRA 1GFVA 1GDXA 4QEQA 1WQRA 1NWGA 3ATNA 3HT7A 1REYA 4PJZA 5D5CA 4WLXA 146LA 2BPUA 1D0LA 1O23A 113LA 1IR7A 4N9RA 251LA 5B1GA 1IY4A 1G07A 2ZYCA 1GF4A 1BWHA 4W94A 1B6IA 2OE7X 3QE8A 4B49A 1LPYA 260LA 3N9EA 1KW5A 3OE8A 1C62A 1B5ZA 2B6WA 1L38A 1QT8A 1DYCA 1GBOA 1D0KA 5LZMA 1ZURA 4W55A 1LZ6A 4J0LA 1YAOA 1DYGA 5DM9A 2B7XA 2ZIJA 3CSZA 4NG8A 4PHIA 4NGIA 1QTZA 3A6CY 130LA 1GE4A 2WARA 1L89A 1IO5A 5E4PA 3CT0A 3TMWA 1LMTA 1L61A 138LA 2Q9DA 1GE0A 1GE1A 5I4XA 3HDFA 1D9UA 2XBRA 131LA 1L57A 3C80A 5LYTA 4WM3A 5ILFA 4XJBA 1GFGA 2HUKA 4I8SA 4NGWA 5DLAA 5LYZA 3PBLA 4NHQA 1L79A 3WW6A 5FSTA 206LA 1XGUC 3N9AA 3C8SA 1D6QA 1GF5A 1L65A 2BQLA 4Z3MA 4DDBA 1XEPA 2B6YA 1LZAA 1OYUA 1UC0A 1L97A 1YIKA 1OUAA 3WVYA 107LA 4XJGA 1AT5A 3AZ4A 1HFYA 132LA 3T6UA 1I1ZA 1L17A 1IP1A 4II8A 2L78A 1B5YA 1CJ8A 4ARJA 4WOAA 242LA 4DDCA 5I53A 4ZPUA 1P37A 1FLWA 3LYZA 1G1VA 1QS5A 1LZ9A 4PPOA 2QARC 2OTYX 3SB9A 4I7JA 4WG1A 3DN8A 1OWYA 3VWOA 2RSCA 176LA 2Z19A 3ZVQB 4GBRB 1PQKA 4LT3A 3G3VA 1L21A 4HTKA 3A92A 3SP3A 1UIEA 4WO6A 235LA 5HNLA 1GFKA 212LA 3SB7A 1DKJA 2ANXA 1L87A 1OVHA 4ETDA 1CV1A 1VFBC 3JR6A 3L2XA 194LA 3TMXA 257LA 147LA 3QNGA 1ALCA 1B7NA 5HQ1A 5L9JA 122LA 1QTCA 1L19A 1K28A 3A3QA 1G7LC 3A91A 1XJTA 1UIFA 1PZYA 1L51A 4W96A 1YANA 1KIPC 1L20A 1GB5A 4ETAA 197LA 1IOTA 5J7CA 1OUDA 1F6SA 1SQ2L 2F4AA 2D6BA 1L71A 1NBYC 3HUKA 3W6AA 1JIYA 4LYBA 1L35A 3CDRA 1LYHA 3G3AB 4GN4A 2B6TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2Q0M X;  1VAT A;  3QAK A;  4MST A;  3GUN A;  1JIT A;  171L A;  1LZ1 A;  4YEM A;  4I7S A;  1XGR C;  4IAP A;  1D2W A;  2LZM A;  1LZ8 A;  2HEC A;  3W3E A;  5LXW A;  1HML A;  1TAY A;  1L90 A;  4B4E A;  4PK0 A;  3DN2 A;  1CV3 A;  5I54 A;  1DXJ A;  2HEF A;  3C7Z A;  3HTD A;  4EKP A;  5JEN B;  4ARM A;  1GFJ A;  4I7O A;  1JJ1 A;  1D3M A;  5LVI A;  3DN0 A;  2NWD X;  1GAY A;  3SBA A;  208L A;  2QB0 B;  3LN2 A;  1SX7 A;  2MEI A;  4DAJ A;  3ZEK A;  181L A;  1C6N A;  1LZE A;  3F8V A;  199L A;  1C6G A;  1LYF A;  1IWX A;  1LSE A;  1NDG C;  1XEI A;  1QT3 A;  1QTB A;  4NSI A;  249L A;  2Z37 A;  170L A;  1LYI A;  1DYA A;  1P46 A;  2ZNX Y;  4G4B A;  1C68 A;  1LSY A;  1GBZ A;  3A3R X;  2G4P A;  4NWE A;  1L00 A;  4GLA A;  1G0M A;  1JKC A;  5F9X A;  1L25 A;  3SB8 A;  2I26 L;  5I4Y A;  4NGK A;  112L A;  4H9F A;  2B5Z A;  248L A;  3G3W A;  4H93 A;  205L A;  1LZ5 A;  1HEN A;  1L76 A;  1AT6 A;  4R6C A;  5IEL A;  1OV5 A;  1IR8 A;  1L54 A;  1BB6 A;  4ETB A;  1SSY A;  1UAC Y;  3HFM Y;  1CKD A;  4OO9 A;  4AQN A;  5DN4 A; 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