220LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 220lA00
1LYGA 2ANVA 1L23A 3HH3A 4LDLA 233LA 1L74A 1ZWNA 1L73A 3DMVA 1L66A 1L86A 1L04A 1LI3A 3NYAA 1G0MA 1L07A 231LA 3HT8A 210LA 244LA 2B6ZA 225LA 1L88A 223LA 1L75A 2RBPA 3SB6A 211LA 1L53A 1KY1A 4LZMA 2NTGA 1D9WA 147LA 4YXCA 1L35A 1L55A 113LA 1QUDA 1CU0A 4ARMA 1L41A 188LA 1L36A 1C6NA 257LA 1L95A 4ARPA 240LA 260LA 1L68A 198LA 3QAKA 4W51A 2O79A 1L52A 1KNIA 3ODUA 4ARLA 181LA 1K28A 1C6IA 4W59A 1L60A 146LA 3C8SA 165LA 3EMLA 3OE8A 171LA 1L08A 3HH6A 2IGCA 3HH4A 4EPFA 1L87A 1CX7A 1QUOA 2RBSA 104LA 1L34A 4IAPA 126LA 1L19A 3OE6A 1C65A 2RH1A 4I7TA 168LA 1EPYA 3K2RA 4ARQA 1QTDA 1L0KA 4E97A 5I14A 161LA 130LA 222LA 256LA 262LA 1D3FA 1L11A 1P2LA 3V2WA 1OV5A 3F9LA 1P7SA 152LA 219LA 1G0KA 4DAJA 1C64A 1OVHA 1L83A 2ANXA 1PQDA 1KW7A 2B6XA 1L05A 3GUIA 1L81A 3FADA 3HUQA 185LA 184LA 3DN2A 1P5CA 1QTHA 3PDSA 1DYAA 4W58A 1C6KA 1L48A 1C69A 3GUNA 1L63A 1LI2A 242LA 1G0PA 3DN3A 1LWKA 1SX7A 1C6CA 1L39A 3G3WA 1C6EA 3SB8A 1QSQA 1XEPA 137LA 1G07A 1KW5A 1L22A 2OU9A 2NTHA 1L77A 112LA 2F2QA 3GULA 1L80A 1L26A 3GUJA 4EKRA 197LA 1L82A 4LDEA 1OV7A 258LA 1P6YA 1I6SA 2B6YA 251LA 1C63A 209LA 1L17A 1PQMA 1PQJA 3F8VA 1LW9A 1D3MA 172LA 1QT5A 169LA 3HDEA 3HTGA 4I7MA 178LA 2O7AA 1QS5A 3SN6R 1D3JA 1LI6A 3SB7A 1QTZA 3C83A 3NY8A 4OO9A 1L56A 182LA 1L90A 1L09A 2A4TA 1L16A 3FA0A 3CDRA 3HTDA 1KY0A 1L44A 1QUHA 1L79A 1ZYTA 1OYUA 195LA 4S0WA 2QB0B 3HT9A 1D2YA 1C6GA 2OE7X 245LA 2F32A 186LA 1PQIA 1LWGA 111LA 1L84A 1LGWA 3CDQA 1L43A 1LYJA 4I7LA 4DKLA 6LZMA 1L89A 1CX6A 1L20A 253LA 234LA 3PBLA 1C6PA 4W53A 1G06A 149LA 1G1VA 1L31A 2OTYX 1L57A 1CVKA 1DYGA 235LA 3DKEX 1L97A 254LA 1L58A 1JQUA 221LA 3CDTA 3HT7A 1CUPA 2RAYX 1L06A 1C66A 167LA 232LA 3C7ZA 3HUAA 4DJHA 1SWZA 3HU9A 1ZURA 1SX2A 2RB1X 4ARJA 3OE9A 239LA 1C6BA 1CV4A 1L45A 192LA 1L24A 2B72A 3DNAA 201LA 1P2RA 1CV6A 139LA 143LA 1CTWA 3RZEA 246LA 3DMXA 217LA 1QT3A 1OVJA 175LA 1PQKA 4GRVA 1L21A 1C6JA 1PQOA 205LA 3V2YA 1L0JA 238LA 1DYEA 4I7QA 1LYEA 3OE0A 1DYCA 2HUMA 1CU2A 3HT6A 2RB2X 1XJUA 1CU5A 145LA 174LA 4PK0A 4EXMA 1CU3A 1CU6A 3GUKA 3HUKA 1LPYA 3SB9A 1L54A 3HDFA 1CV3A 1L32A 1G1WA 1L72A 163LA 187LA 1C6QA 1L65A 1C6AA 160LA 1L10A 3L64A 252LA 1L18A 180LA 2LCBA 1L49A 1C6FA 2CUUA 7LZMA 247LA 1L70A 2OE4X 1T97A 3CDVA 1LYFA 2RBQA 1C60A 5LZMA 1QUGA 1L64A 114LA 1NHBA 1QT7A 2B70A 1LGXA 3G3XA 2OE9X 4W54A 102LA 1WTHA 2OU8A 1L15A 1L02A 1T8GA 4W55A 127LA 1CV1A 1QS9A 3C8RA 3DN1A 159LA 164LA 1L00A 1L69A 2F47A 4LDOA 1L40A 144LA 1L92A 3C7YA 3G3VA 261LA 4I7RA 1L42A 200LA 3C7WA 3GUPA 1L85A 213LA 1L33A 1LYDA 3SBBC 2L78A 230LA 1L29A 2RBNA 2B6WA 1SSWA 150LA 3GUMA 1LLHA 1OWYA 3DN8A 1P56A 224LA 4ARMB 2B73A 241LA 1L12A 249LA 4I7NA 2OTZX 128LA 206LA 4I7KA 1L14A 2OEAX 157LA 4ZPUA 3DN6A 1L13A 1C6HA 3HU8A 155LA 1G0GA 1L50A 1QT6A 176LA 1QTVA 1SWYA 1L47A 3VW7A 1DYFA 119LA 1G0LA 3HTBA 1LYIA 1C67A 2HULA 3SB5A 141LA 1G0QA 1JTNA 1TLAA 2QARC 170LA 2RBRA 1L46A 151LA 1CUQA 148LE 1L38A 3SBAA 1D3NA 2O4WA 1XJTA 183LA 1L62A 1OVKA 255LA 1L94A 1CV0A 4I7JA 2OU0X 1B6IA 2Q9DA 1C61A 115LA 1QTBA 4ARQB 108LA 228LA 243LA 1CV5A 3C81A 196LA 2LZMA 1L67A 237LA 1T6HA 2Z6BA 3JR6A 4GBRB 3C8QA 190LA 1L96A 2B7XA 1P46A 1L51A 3FI5A 173LA 1L03A 1C6DA 1T8AA 122LA 107LA 1L27A 103LA 1L99A 1C6MA 1LYHA 4EKPA 2RB0X 1DYBA 129LA 1OWZA 118LA 3RUNA 216LA 4W52A 3CDOA 4YXAC 4W57A 4W56A 3NY9A 1P36A 3HTFA 1L61A 1C6TA 1L28A 215LA 4EJ4A 140LA 3DN4A 3D4SA 1L93A 1P3NA 2Q9EA 4I7PA 3LZMA 3UONA 1P37A 2B75A 4K5YA 3HH5A 248LA 1QT4A 4I7SA 109LA 1L37A 158LA 1QT8A 212LA 1C62A 1G0JA 1P64A 229LA 189LA 4EPIA 1QSBA 1L59A 123LA 1L71A 4EKQA 226LA 2B74A 2B6TA 4PJZA 1L76A 236LA 3HWLA 1T8FA 3L2XA 1LGUA 3C82A 142LA 1C6LA 4EKSA 131LA 138LA 1L91A 1KS3A 1DYDA 259LA 2RBOA 250LA 1JTMA 1L01A 1L25A 218LA 156LA 4AQNA 214LA 1SSYA 4YX7C 1D2WA 3DMZA 2RAZX 199LA 3DN0A 110LA 1L98A 120LA 227LA 177LA 191LA 1L30A 162LA 220LA 4I7OA 2HUKA 1QTCA 3GUOA 3C80A 166LA 1C68A 125LA 2LC9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IR7A 3P68A 3W6EA 1YAOA 4IJ4A 3HH3A 233LA 1L73A 4WG7A 1B9OA 1L04A 4MR1A 5ILCA 4NHTA 1L53A 4YOPA 4LZMA 2BQKA 1D9WA 1LYYA 4LYTA 1TDYA 1GHLA 1L55A 1VFBC 1BB6A 1AZFA 1C6NA 1FN5A 1L95A 260LA 3WU8A 3QAKA 3EXDA 4W51A 4NHPA 4WO6A 1KNIA 2XQOA 3ODUA 1YAMA 4NSHA 5B1GA 146LA 4DDBA 3ZEKA 3VWOA 1QUOA 2RBSA 4GN4A 2A7DA 1QDRA 1LZTA 4EMNA 2RH1A 168LA 4DD3A 3K2RA 4ARQA 1HELA 3A93A 1GFRA 4WL6A 4XYYA 130LA 1NDMC 262LA 5KXWA 4XJGA 2HEDA 1B5UA 3QY4A 3BKVA 4UWVA 2BLYA 4GCCA 1KW7A 2DQIY 1L05A 1D0MA 3HUQA 184LA 1I56A 1LZ1A 1IOQA 1L48A 5DL9A 1RJCB 1SX7A 1GF6A 1UIGA 1GBSA 5KKIA 137LA 1YKZX 3EO5A 4GN3A 1WQRA 1G07A 1FDLY 1KW5A 1H87A 4ETBA 4CHXA 3GULA 1JIYA 1FLQA 5APFA 4GCDA 4LYBA 1D6QA 3IJUA 251LA 5KXRA 4Z41A 1JTPL 1L17A 4QEQA 4XJHA 4W94A 1SQ2L 1ZVHL 5KXTA 1NBYC 1JJ0A 1W6ZA 4ML7A 1L90A 1LSZA 2BAAA 2ZILA 3FA0A 1GDWA 4DWXA 2I25L 5HQ1A 1L44A 1L79A 2BQHA 1KIPC 1ZYTA 4S0WA 3HT9A 4YM8A 2OE7X 245LA 1LMCA 5JENB 1LGWA 3CDQA 1L43A 1VAUA 4WM6A 1GBWA 1L89A 1L20A 253LA 1LSEA 4NWEA 2MEEA 149LA 1L31A 1L57A 1JQUA 3CDTA 3HT7A 4J1BA 1QUTA 3OJPA 3GXRA 2RAYX 1C66A 1DI5A 5FHWA 2RB1X 1IC5Y 5LINA 4B49A 1CV6A 1RFPA 4MCKA 175LA 4GRVA 1LJJA 1NF5A 3WXTA 4CFOA 3N9CA 2W1XA 2YBLA 3A95A 3HT6A 2RB2X 1XJUA 145LA 1B0DA 4AXTA 134LA 1LSBA 4EXMA 3TMVA 1BHZA 5B1FA 3SB9A 2XJWA 4H9CA 1AT5A 2F4GA 1G1WA 1C6QA 2XTHA 3HBEX 1C43A 1L10A 3B0OA 1L18A 1L49A 2CUUA 2EKSC 3IJVA 1LHJA 3CDVA 1L64A 114LA 1QT7A 2B5ZA 102LA 2AUBA 1HEMA 1C7PA 1YL1X 1L15A 1T8GA 1CV1A 4DQ7A 3WL2A 1QS9A 1LSGA 2D91A 4UWNA 2BQFA 4GN5C 164LA 1L00A 4LDOA 1L40A 1L92A 1REYA 3C7YA 4WM4A 1WQMA 5I53A 1V7SA 1L85A 3F6ZA 4Z3MA 5LAFA 3SBBC 4GCEA 3WW5A 3CSZA 1IP6A 1L29A 4H1PA 150LA 1UBZA 1UIDA 4N0JA 3DN8A 1P56A 4WO9A 241LA 249LA 4I7NA 1JKDA 3WUAA 128LA 1DZBX 4I7KA 3LN2A 2IHLA 1B7OA 157LA 3DN6A 1C6HA 1IORA 4GLVA 1SWYA 1TEWA 1OUBA 1LMQA 3HTBA 1PZYA 1C67A 3A90A 4O34A 1TLAA 170LA 2RBRA 5I4XA 151LA 5KXNA 2Z2EA 1L94A 2OU0X 1A4VA 4ETAA 2LZMA 2FYDA 4GBRB 1T6HA 3JR6A 3C8QA 1L96A 1CKCA 1KXXA 1P46A 4YEMA 3FI5A 4WM2A 133LA 1GE0A 4NHQA 5DN4A 1QTEA 4Z46A 1UCOA 1C6MA 4NWHA 3AZ7A 3TXGA 5KXSA 1QTKA 1GDXA 1B7NA 216LA 4N9RA 3CDOA 1B7LA 1XGQC 4W57A 1B5VA 3TXJA 5F9XA 1V7TA 5LA8A 1UIAA 1G7JC 5LVKA 140LA 4H90A 3D4SA 4KL7A 1L93A 5I4YA 1IOTA 4I7PA 1P2CC 1LJIA 3TXHA 2ZYCA 4M4OA 2ZYPA 4I7SA 1QT8A 6LYTA 1BVXA 5D5FA 3N9AA 1XGRC 4OW1A 4LZTA 2BQAA 2B74A 1B7RA 2Z2FA 4LT1A 236LA 2YVBA 3L2XA 1C6LA 4NSIA 1JISA 131LA 4G49A 2RBOA 4TX7A 1L01A 2D4KA 1LHIA 4NG1A 1GB2A 218LA 4EOFA 4BS7A 1SSYA 3DN0A 2G4QA 1LZDA 4H91A 120LA 227LA 1XFPL 177LA 1HC0A 1L30A 162LA 220LA 2HUKA 166LA 1F10A 125LA 4I0CA 1LYGA 1L74A 1ZWNA 1L66A 3K3TA 1L07A 231LA 5FDJA 244LA 4HJVA 4HV2A 1BB5A 1L75A 5B06A 135LA 1YIKA 1KY1A 2ZNXY 1IWUA 1UUZC 2NTGA 1XGTC 2DKVA 2MEHA 1CU0A 4ARMA 257LA 1IP5A 1LJFA 1LHHA 3TXBA 1O23A 1IWZA 4LYZA 1LZNA 4LT0A 165LA 171LA 1JJ1A 3B6LA 4C5FA 1L87A 3WXUA 1IR9A 4U3XB 3TMUA 4RLNA 1GEVA 4IAPA 3TXEA 1L19A 4B1AA 1C65A 1GD6A 2Z39A 1W08A 4NGLA 1EPYA 1LZ8A 1AT6A 1JEFA 4IASA 4E97A 1BWJA 3A96A 3V2WA 1OV5A 5DN5A 152LA 1EQEA 2BQGA 3ULRA 1PQDA 2B6XA 1HMLA 1LYSA 1UC0A 4QDNA 5AMYA 1HEWA 1G7MC 2H9JA 1DYAA 2DQCY 2BQDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IR7 A;  3P68 A;  3W6E A;  1YAO A;  4IJ4 A;  3HH3 A;  233L A;  1L73 A;  4WG7 A;  1B9O A;  1L04 A;  4MR1 A;  5ILC A;  4NHT A;  1L53 A;  4YOP A;  4LZM A;  2BQK A;  1D9W A;  1LYY A;  4LYT A;  1TDY A;  1GHL A;  1L55 A;  1VFB C;  1BB6 A;  1AZF A;  1C6N A;  1FN5 A;  1L95 A;  260L A;  3WU8 A;  3QAK A;  3EXD A;  4W51 A;  4NHP A;  4WO6 A;  1KNI A;  2XQO A;  3ODU A;  1YAM A;  4NSH A;  5B1G A;  146L A;  4DDB A;  3ZEK A;  3VWO A;  1QUO A;  2RBS A;  4GN4 A;  2A7D A;  1QDR A;  1LZT A;  4EMN A;  2RH1 A;  168L A;  4DD3 A;  3K2R A;  4ARQ A;  1HEL A;  3A93 A;  1GFR A;  4WL6 A;  4XYY A;  130L A;  1NDM C;  262L A;  5KXW A;  4XJG A;  2HED A;  1B5U A;  3QY4 A;  3BKV A;  4UWV A;  2BLY A;  4GCC A;  1KW7 A;  2DQI Y;  1L05 A;  1D0M A;  3HUQ A;  184L A;  1I56 A;  1LZ1 A;  1IOQ A;  1L48 A;  5DL9 A;  1RJC B;  1SX7 A;  1GF6 A;  1UIG A;  1GBS A;  5KKI A;  137L A;  1YKZ X;  3EO5 A;  4GN3 A;  1WQR A;  1G07 A;  1FDL Y;  1KW5 A;  1H87 A;  4ETB A;  4CHX A;  3GUL A;  1JIY A;  1FLQ A;  5APF A;  4GCD A;  4LYB A;  1D6Q A;  3IJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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