221LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKSIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 221lA00
178LA 1OVHA 2ANXA 1C6TA 1LYHA 1JQUA 1CV0A 1L41A 197LA 1L67A 238LA 171LA 2LC9A 1L70A 3NY8A 1L03A 1B6IA 1PQJA 2RB2X 1L35A 1CV5A 1PQDA 1CUQA 119LA 3C8QA 127LA 1PQOA 1L49A 1LGXA 4W55A 1L31A 3UONA 1LYFA 170LA 234LA 3GUMA 1C65A 1P2LA 1L83A 114LA 201LA 196LA 1CU2A 1LI3A 112LA 3C80A 1D9WA 131LA 188LA 4YX7C 219LA 1L48A 1L09A 160LA 113LA 1LWKA 1XJTA 163LA 1L42A 1L30A 241LA 155LA 1P56A 3NY9A 3V2WA 1L90A 1L01A 3DN6A 205LA 3F9LA 4W57A 6LZMA 1L80A 1L44A 164LA 3DNAA 1DYDA 1T8FA 126LA 1OWYA 1KNIA 149LA 111LA 1C6DA 4EPIA 3C81A 2RH1A 1DYGA 1CTWA 211LA 3HTBA 248LA 137LA 2OTYX 187LA 1G0MA 1L68A 1C6MA 1P36A 2LCBA 2B70A 3HH6A 3L64A 1LYEA 1QT7A 3F8VA 2RAZX 4W51A 2B73A 243LA 3HUQA 1P6YA 159LA 1KW5A 4ARQB 1L28A 1C6BA 2B6TA 1L85A 2B6WA 3OE8A 4E97A 1L40A 2A4TA 3CDQA 166LA 1L72A 3HH5A 1C6EA 1L63A 4I7OA 138LA 195LA 1L04A 125LA 1G1WA 4LDLA 3HUAA 4W59A 1JTMA 1L43A 1QTZA 3GUNA 1G0KA 3V2YA 1C62A 2OE4X 1SWZA 1QS5A 1P37A 2Q9DA 1C6IA 1L87A 1G1VA 2CUUA 1L20A 226LA 2QB0B 3SB5A 1C6JA 3HT7A 1G0GA 1L73A 2RBOA 1QS9A 3D4SA 1KY0A 1PQKA 1SWYA 4W53A 3HH4A 108LA 1L56A 228LA 2OE9X 1L10A 1L07A 3SBAA 182LA 250LA 145LA 1LPYA 1L33A 215LA 3HU8A 142LA 4EKQA 3SB8A 2RB1X 1G0PA 1QTCA 1L84A 1P3NA 1L47A 1OVJA 3FA0A 229LA 3FI5A 245LA 2QARC 1L25A 255LA 1T97A 1LWGA 173LA 1L75A 1OV7A 3PBLA 4DKLA 1L58A 1XEPA 150LA 1L46A 1CV3A 2RB0X 1L06A 3G3VA 218LA 1D2WA 2L78A 1L64A 1L55A 2LZMA 156LA 3HWLA 1L99A 3HT8A 252LA 1L18A 260LA 1L32A 1T8AA 3C7ZA 1LYDA 4EXMA 1L39A 2B6XA 1C61A 1P7SA 3RZEA 1CU0A 2RBPA 128LA 1OV5A 3SN6R 1LI2A 262LA 172LA 1JTNA 1L94A 4W56A 1L0KA 3GUIA 3HTGA 1QUOA 237LA 1C67A 1L37A 209LA 140LA 1L21A 1L54A 1L77A 213LA 1KW7A 3C83A 3C8SA 1L0JA 1L14A 2Z6BA 1L97A 1QT5A 232LA 3GUKA 3K2RA 2F32A 3HU9A 199LA 1P5CA 4LDEA 4EPFA 4ARPA 122LA 2O4WA 1C64A 2OU0X 3HDFA 2IGCA 2HUKA 1L60A 3GULA 1OYUA 129LA 217LA 4GRVA 139LA 190LA 227LA 2HUMA 1ZYTA 1L15A 4ARJA 1L51A 259LA 1L53A 2Q9EA 1L69A 1CUPA 242LA 4YXAC 130LA 1L66A 1SX7A 174LA 4ARMA 1QT6A 1SSWA 144LA 1C6CA 184LA 2OU8A 4DJHA 1L08A 4I7QA 1L74A 1LLHA 5I14A 1L92A 3JR6A 118LA 2OE7X 4EJ4A 1XJUA 146LA 3SB9A 231LA 181LA 224LA 176LA 2B6YA 158LA 2RAYX 1L24A 1G0LA 3CDTA 4W54A 3EMLA 1LYJA 4DAJA 1G07A 3DN3A 1CV6A 3QAKA 168LA 2B6ZA 2RBNA 3C8RA 1L65A 1L02A 2HULA 4EKPA 4AQNA 152LA 1SX2A 3NYAA 1EPYA 1LYGA 1QT4A 120LA 157LA 1G0QA 214LA 3SB6A 1C6KA 1L34A 253LA 1LGWA 1C68A 251LA 2O7AA 3DKEX 123LA 175LA 1L50A 1L13A 236LA 2OU9A 4I7PA 4PK0A 3L2XA 2F47A 1P2RA 1QT8A 1T6HA 1C63A 1CU3A 1C60A 1L88A 1D3FA 2RBSA 1QTVA 1K28A 147LA 4I7TA 1L29A 1QTHA 3G3WA 3C7WA 162LA 3RUNA 143LA 216LA 3DN0A 4LDOA 210LA 2RBQA 1OVKA 2OTZX 1L52A 4GBRB 1CVKA 4W58A 2B74A 1C6PA 3GUPA 3CDOA 191LA 1C69A 1G0JA 1CX7A 5LZMA 161LA 1DYAA 1TLAA 4S0WA 1L17A 103LA 1L22A 1L16A 180LA 192LA 1L76A 1L91A 1QSQA 3DMZA 3DN1A 3OE0A 1G06A 1CU6A 230LA 2F2QA 1L93A 4I7NA 109LA 221LA 1LGUA 1SSYA 2NTGA 1D3JA 1LYIA 3HTDA 1C6HA 3SBBC 240LA 1L38A 3OE6A 1QUHA 1QT3A 212LA 1C6NA 1I6SA 183LA 1LI6A 1L12A 102LA 1L23A 4ARMB 200LA 4I7RA 1L00A 4ARLA 189LA 4I7KA 141LA 1D3NA 1L82A 3SB7A 1KY1A 2B72A 3CDRA 1DYEA 246LA 1KS3A 177LA 104LA 3HDEA 3VW7A 233LA 1L71A 1LW9A 198LA 3PDSA 1C6AA 3ODUA 1QTBA 4K5YA 185LA 1L95A 4IAPA 1T8GA 3DN8A 2NTHA 1QUGA 220LA 1L61A 1L62A 1NHBA 3GUJA 1C6LA 3DMXA 186LA 1L59A 110LA 2OEAX 4EKRA 247LA 258LA 223LA 261LA 1P46A 107LA 3GUOA 1L98A 1DYCA 1ZWNA 4I7MA 4YXCA 4W52A 1L36A 1OWZA 3DN2A 3HT9A 1C6FA 167LA 1QUDA 1L05A 1C6QA 257LA 1D3MA 1L26A 1L86A 1CV1A 4I7LA 1L57A 1DYBA 235LA 4I7SA 256LA 3OE9A 1WTHA 3G3XA 1PQIA 1DYFA 1L27A 2ANVA 169LA 115LA 1CU5A 4OO9A 222LA 3DMVA 148LE 3C82A 4ARQA 151LA 3HH3A 2RBRA 1ZURA 225LA 244LA 1D2YA 1P64A 206LA 1QTDA 7LZMA 3C7YA 1C66A 1L81A 1PQMA 3CDVA 1L45A 1QSBA 2B7XA 239LA 1L11A 1CV4A 4PJZA 1C6GA 1CX6A 249LA 3HTFA 1L89A 4LZMA 165LA 1L96A 1L19A 3HT6A 4I7JA 2O79A 2B75A 254LA 3HUKA 4EKSA 3FADA 4ZPUA 3LZMA 1L79A 3DN4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LINA 1RE2A 1LYHA 1DKJA 1JQUA 4QGZA 1L67A 1UIBA 2LC9A 1D0MA 1B6IA 4LFXA 2RB2X 194LA 3IJVA 1PQDA 4H90A 1JUGA 1B5YA 2MEFA 1GF6A 4TUNA 1LYFA 2Z12A 201LA 196LA 2N5ZA 1LI3A 2Z2FA 5DL9A 3C80A 1HELA 4I8SA 2HEDA 131LA 2C8PA 4B4EA 1IY3A 1GEVA 1LSEA 1AM7A 160LA 5IDDA 163LA 3NY9A 3A91A 1L90A 1L01A 4W57A 1L80A 1L44A 3WU8A 126LA 2DQJY 1KIPC 1OWYA 149LA 1B5WA 1LSMA 211LA 248LA 3W6AA 1G0MA 4HTNA 4BAPA 3AB6A 1BWHA 4W51A 1WQNA 4H92A 4DDBA 2BQKA 3MGWA 4XJBA 4ARQB 1L28A 1JTPL 1LHIA 1L85A 3LZ2A 4E97A 1YKYX 1ALCA 1B5VA 2A4TA 1NQIA 166LA 3HH5A 1C6EA 1L63A 138LA 195LA 125LA 3HUAA 5LYZA 1JJ3A 4B0DA 1ZMYL 2W1YA 1G0KA 1C62A 5I4YA 1LJFA 3FI7A 4NG8A 1SWZA 1LZRA 4W94A 2HUBA 132LA 3LYOA 226LA 2BQBA 1YAOA 1C6JA 3SB5A 1G0GA 2BQEA 2RBOA 1QS9A 5FCPA 1I56A 1LKSA 3A96A 4G4BA 4W53A 1JHLA 4WO6A 3HH4A 2WARA 228LA 1HEOA 1NKHA 250LA 145LA 3CT0A 3HU8A 142LA 3AJNA 2MEEA 4LYZA 1OVJA 4BS7A 1XGPC 1JKBA 1BVXA 2HEBA 2BQAA 255LA 4B4JA 1IP1A 2W1MA 4GCFA 5B1FA 1L58A 1CJ8A 4DC4A 2HEAA 1L06A 218LA 1D2WA 156LA 1L99A 1LSBA 1GF4A 4B49A 1LSCA 1UIHA 4OWCA 3B6LA 1EQ4A 1P7SA 1GAZA 1LSNA 1CU0A 1BB4A 1CNSA 1EQ5A 2DQHY 3SN6R 1LI2A 262LA 133LA 1L94A 4W56A 1HSWA 5HNLA 1LJ4A 4HTKA 3C83A 1L0JA 4HJVA 3B0KA 1LHHA 1FKQA 3GUKA 3HU9A 199LA 1GB0A 4EPFA 4ZIXA 1XEKA 2OU0X 1C64A 4II8A 4LYMA 1V7SA 2G4NA 190LA 4WM5A 4Z41A 1DQJC 2Z38A 259LA 1L53A 4NGZA 1JKDA 2F30A 4R0FA 1EL1A 144LA 1JJ0A 4CHXA 4DJHA 2ZYPA 4I7QA 3EXDA 1GFUA 3LN2A 3JR6A 1IWYA 1JSEA 181LA 224LA 176LA 4XJDA 2B6YA 4ZEEA 158LA 2RAYX 3EMLA 1LYJA 4DAJA 1HFXA 3WW6A 4DD7A 4LT0A 2I6ZA 2BQNA 4WL6A 4PGJB 4EKPA 5LXWA 4DD1A 1B7LA 4WOAA 120LA 1BB3A 1QSAA 3DKEX 123LA 1L50A 5KXOA 2OU9A 2BQHA 3W3EA 1P2RA 1QT8A 1L88A 2RBSA 1QTVA 4I7TA 4DD9A 4C3WA 210LA 2RBQA 1GFAA 1LJKA 2Z39A 3A92A 4NSJA 1C6PA 3CDOA 191LA 1CX7A 5LZMA 4NGKA 4BADA 1L16A 180LA 1LZAA 3DMZA 4XADA 3DN1A 3OE0A 4PJ2C 1UA6Y 1IX0A 3WL2A 1L93A 109LA 221LA 4NSHA 1JSFA 1JTOL 1UACY 1C6HA 3SBBC 4G4HA 1L38A 3OE6A 1F6SA 5C6LA 1VATA 2G4PA 1I6SA 4LZTA 183LA 1LI6A 1GE1A 4TTDA 1L23A 3IJUA 4ARMB 5KXLA 141LA 1WQMA 3G3BB 1KY1A 2B72A 3CDRA 4OOTA 3W6FA 3CB7A 3TXJA 3QE8A 4K5YA 4C5FA 4IAPA 2H9JA 3AZ7A 1C08C 1INUA 1WVUA 1NHBA 1SQ2L 1TDYA 3GUJA 110LA 1ZV5L 5B06A 247LA 1LKRA 107LA 3GUOA 1L98A 3ATNA 1ZWNA 1DZBX 4YXCA 3TXIA 2YBLA 3HT9A 4IATA 3A95A 2ZNXY 4I7LA 5LVJA 1DYBA 1LMTA 1UIFA 1QSWA 1C45A 3G3XA 1P2CC 1PQIA 2NWDX 2HEFA 169LA 1J1XY 2ZYCA 3ATOA 1YKXX 3CSZA 4OO9A 5A3ZA 3A3QA 2Q0MX 5I4XA 3LYTA 2DBTA 1OP9B 1GB7A 1G7LC 1LZNA 1QTDA 4NHIA 3C7YA 1C66A 4B4IA 2YBMA 2FYDA 3AW7A 1RI8B 4PJZA 4WLDA 165LA 4I7JA 4KPMA 2I25L 1LSPA 2RSCA 4QY9A 1WVVA 178LA 1GFJA 2ANXA 5KKJA 1CV0A 1L41A 238LA 171LA 1WQRA 1IVMA 1XGQC 1LZEA 1QUTA 5DM9A 5F14A 4GCBA 1REXA 1SLYA 1L49A 3HBHA 4W55A 4LFPA 3RT5X 3UONA 5EBHA 3P4ZA 4PPOA 170LA 234LA 1BVKC 1H6MA 1LZ1A 1VDQA 4DD2A 1CU2A 1D9WA 188LA 4YX7C 4OWEA 1YILA 1REZA 2HECA 5B1GA 2ZQ4A 1ZVYB 1XJTA 113LA 1DPWA 3TMXA 4RLMA 3V2WA 4EMNA 4DYGA 3WVXA 4QDNA 4IASA 205LA 4Z3MA 6LZMA 1GFVA 1GPQC 1DYDA 3DNAA 2D4KA 1KNIA 3W6DA 2Z2EA 2YSSC 1HMLA 1I1ZA 1A2YC 4DDCA 1C6DA 1GE0A 2RH1A 1LHJA 1CTWA 3A93A 1REYA 4J1BA 1C6MA 1IWXA 4HV2A 3A8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5LIN A;  1RE2 A;  1LYH A;  1DKJ A;  1JQU A;  4QGZ A;  1L67 A;  1UIB A;  2LC9 A;  1D0M A;  1B6I A;  4LFX A;  2RB2 X;  194L A;  3IJV A;  1PQD A;  4H90 A;  1JUG A;  1B5Y A;  2MEF A;  1GF6 A;  4TUN A;  1LYF A;  2Z12 A;  201L A;  196L A;  2N5Z A;  1LI3 A;  2Z2F A;  5DL9 A;  3C80 A;  1HEL A;  4I8S A;  2HED A;  131L A;  2C8P A;  4B4E A;  1IY3 A;  1GEV A;  1LSE A;  1AM7 A;  160L A;  5IDD A;  163L A;  3NY9 A;  3A91 A;  1L90 A;  1L01 A;  4W57 A;  1L80 A;  1L44 A;  3WU8 A;  126L A;  2DQJ Y;  1KIP C;  1OWY A;  149L A;  1B5W A;  1LSM A;  211L A;  248L A;  3W6A A;  1G0M A;  4HTN A;  4BAP A;  3AB6 A;  1BWH A;  4W51 A;  1WQN A;  4H92 A;  4DDB A;  2BQK A;  3MGW A;  4XJB A;  4ARQ B;  1L28 A;  1JTP L;  1LHI A;  1L85 A;  3LZ2 A;  4E97 A;  1YKY X;  1ALC A;  1B5V A;  2A4T A;  1NQI A;  166L A;  3HH5 A;  1C6E A;  1L63 A;  138L A;  195L A;  125L A;  3HUA A;  5LYZ A;  1JJ3 A;  4B0D A;  1ZMY L;  2W1Y A;  1G0K A;  1C62 A;  5I4Y A;  1LJF A;  3FI7 A;  4NG8 A;  1SWZ A;  1LZR A;  4W94 A;  2HUB A;  132L A;  3LYO A;  226L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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