221LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKSIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 221lA00
4ARMA 4LDOA 1L21A 1L02A 1D2WA 2B75A 185LA 230LA 257LA 1C6CA 3DN8A 1KS3A 1PQOA 1XJTA 144LA 1DYDA 131LA 259LA 2QARC 4YXCA 1CTWA 1L29A 3QAKA 4I7KA 200LA 1CU5A 1SSWA 1DYBA 111LA 1P36A 3HDEA 145LA 1L13A 4W56A 140LA 1L94A 2B6YA 2RBRA 3C7ZA 147LA 1C6IA 1L18A 3FI5A 1SX7A 3HUAA 123LA 1T8FA 1L08A 219LA 243LA 236LA 148LE 110LA 3V2WA 4ARLA 1L72A 226LA 3OE6A 1PQIA 1L95A 2F32A 1LYIA 1L09A 174LA 1CX6A 1KW5A 4I7SA 152LA 1CVKA 1L69A 3NY9A 1SSYA 1L26A 1CU2A 1L73A 1L80A 1L34A 1QSQA 1QUHA 4ZPUA 2RBSA 3NYAA 1P5CA 1QT8A 3C7WA 1L71A 5LZMA 1P46A 3CDRA 196LA 214LA 1C6HA 183LA 1G0LA 1QSBA 1L33A 1L64A 4I7PA 1G1VA 4I7QA 1LYEA 3OE9A 159LA 156LA 1L03A 1ZURA 4EXMA 1L92A 3SB7A 255LA 1L07A 1C68A 1T6HA 173LA 1L77A 2Z6BA 1KW7A 4OO9A 1PQJA 1C6JA 1L90A 5I14A 1L99A 4W51A 178LA 1QTDA 1OWYA 3GUNA 118LA 3G3XA 1QTHA 2RB2X 198LA 1LWKA 3HH4A 4LDLA 2B6XA 1C6AA 1C67A 4LZMA 1LYFA 199LA 1L42A 3SB6A 1EPYA 1LYJA 3CDVA 2RAZX 2OTZX 1C65A 4ARQB 107LA 260LA 3SBBC 3GUIA 3RUNA 3HU8A 224LA 2OU9A 114LA 3HTBA 1CV4A 1QTZA 3HH3A 1L28A 3DNAA 3SB8A 205LA 3PDSA 102LA 212LA 1P6YA 2OTYX 210LA 234LA 4YXAC 188LA 1D2YA 1L87A 1CV5A 221LA 3HT6A 1LYGA 3DN3A 175LA 1QS5A 2F2QA 2LC9A 164LA 149LA 1LI3A 2A4TA 1OVJA 1L0JA 3C83A 1QT5A 1L14A 1K28A 3F8VA 3DN4A 167LA 1G07A 1L24A 1L31A 2B6TA 216LA 1QTBA 1LI2A 1C62A 1L47A 1L48A 197LA 1L67A 1L38A 1L45A 215LA 1QUDA 1QTVA 3HH6A 4EPIA 139LA 187LA 3K2RA 1L53A 2Q9EA 1L22A 1QTCA 3PBLA 3GUKA 4DJHA 1CV3A 181LA 1L62A 1CU0A 223LA 1L23A 1DYCA 2O79A 3HH5A 1SWZA 1L76A 253LA 2Q9DA 1C6DA 1LLHA 1C6QA 172LA 1D3NA 1L0KA 3VW7A 1P64A 1LGXA 120LA 3HDFA 3HT7A 252LA 2RH1A 3HWLA 3JR6A 4GBRB 225LA 158LA 1L96A 1L68A 1DYAA 231LA 1JQUA 1OVKA 3C80A 1L32A 2RAYX 113LA 155LA 1JTMA 4W55A 2B6WA 3LZMA 1D3JA 1L81A 143LA 4PJZA 1L93A 1L86A 4W54A 1KY0A 3C82A 211LA 190LA 1L19A 3GUPA 1KNIA 229LA 1L89A 1L27A 1L65A 1NHBA 1C61A 4E97A 1L84A 1ZWNA 1L97A 3G3WA 115LA 1DYEA 1P37A 1QUGA 1LYHA 3FA0A 126LA 2ANXA 1L46A 4I7NA 1L88A 3G3VA 1G0KA 3SBAA 4K5YA 2NTHA 1T8GA 3HUKA 1SWYA 3DN0A 2B72A 157LA 129LA 3EMLA 246LA 237LA 1D3FA 245LA 1LWGA 1L16A 1ZYTA 250LA 165LA 6LZMA 2OE9X 1OV7A 3DMXA 1SX2A 3OE0A 3HTGA 3SB5A 1JTNA 4I7MA 1P7SA 1CX7A 1PQMA 1L70A 1C6KA 2B73A 1G0PA 1L40A 109LA 1C6NA 4W58A 1L63A 1P3NA 2LZMA 4DKLA 1L12A 2F47A 1QUOA 1C6EA 1B6IA 177LA 1OVHA 4GRVA 4W59A 1P56A 2O4WA 4ARQA 4ARMB 213LA 3L2XA 4EKPA 163LA 3CDTA 1L00A 191LA 1D9WA 1L39A 1C69A 1LI6A 195LA 1LGUA 182LA 4EJ4A 1D3MA 2QB0B 4W57A 4I7RA 3L64A 1OV5A 186LA 1C64A 4ARJA 2B7XA 1CV0A 1XJUA 2B74A 192LA 1L61A 3HT9A 142LA 227LA 1L11A 1P2RA 235LA 3RZEA 3DN1A 1L59A 2IGCA 3D4SA 3HU9A 3DN6A 2OE4X 233LA 4YX7C 2HULA 3C81A 137LA 1L15A 1L55A 1L98A 119LA 1G06A 2B6ZA 170LA 2RB1X 127LA 209LA 251LA 1L17A 239LA 3F9LA 2LCBA 2RBOA 1QT4A 180LA 3FADA 1C6PA 1L49A 3GUMA 1G0GA 141LA 2HUMA 7LZMA 2CUUA 248LA 1L54A 258LA 3NY8A 1QS9A 160LA 176LA 1L66A 3GUJA 2NTGA 1C63A 232LA 1L10A 244LA 3DKEX 1I6SA 4W52A 3UONA 240LA 1C6GA 261LA 1L50A 1C6TA 1XEPA 1L74A 1QT7A 1LPYA 256LA 3HT8A 1C6FA 108LA 3DMVA 1L06A 4EKQA 2HUKA 1PQKA 161LA 4LDEA 184LA 4AQNA 1L04A 249LA 4PK0A 3HTFA 4I7JA 1L57A 3OE8A 150LA 1CU6A 4ARPA 4EKSA 112LA 218LA 151LA 1G0QA 1LYDA 1C60A 1P2LA 222LA 1G0MA 3C8RA 130LA 217LA 2OE7X 1G0JA 2OEAX 1L52A 3C8QA 104LA 3ODUA 3HUQA 2RBPA 4EKRA 1L58A 3SB9A 4I7LA 122LA 206LA 1QT3A 1KY1A 1CUPA 4S0WA 2OU0X 2OU8A 3C7YA 1CUQA 1L37A 1DYFA 201LA 1L01A 1L35A 3GUOA 3V2YA 1WTHA 242LA 1L91A 1G1WA 1TLAA 2RBNA 162LA 1L56A 238LA 1OYUA 1L75A 4IAPA 3DN2A 2RBQA 4I7OA 1CV1A 168LA 1DYGA 1OWZA 103LA 220LA 254LA 3DMZA 2RB0X 146LA 2B70A 125LA 1QT6A 2ANVA 3SN6R 1L82A 4DAJA 262LA 1L41A 189LA 1L79A 1L51A 1C6LA 1L85A 1PQDA 3HTDA 1LW9A 3CDQA 1CU3A 1L30A 1L44A 4I7TA 3CDOA 1CV6A 4W53A 1L43A 2L78A 1L36A 171LA 1T97A 1LGWA 166LA 169LA 1L83A 4EPFA 1L25A 241LA 1T8AA 228LA 1C6MA 1C6BA 247LA 3GULA 1C66A 3C8SA 2O7AA 138LA 1L05A 1L60A 1L20A 128LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BWJA 3LZTA 1JJ1A 1L02A 5LVGA 1C6CA 2ZYPA 1KS3A 1HEPA 5LAGA 144LA 1DYDA 1CTWA 3QAKA 1LSNA 5DM9A 200LA 2CJLA 1CU5A 4OWAA 4DQ7A 1AT5A 5LVIA 3A3QA 1FKVA 1L13A 1LZNA 4RW1A 3TXIA 1CJ6A 1LKRA 2H5ZA 4HSFA 1F10A 1LJEA 1UC0A 1LMCA 219LA 4NGOA 236LA 4ETBA 1LMOA 3V2WA 4ARLA 1L72A 1GBXA 4WLXA 3OE6A 3AW7A 1KW5A 5KXNA 1XEKA 4I7SA 152LA 4LGKA 1CVKA 2YBIA 1QUHA 1YL0X 2RBSA 3AZ4A 3NYAA 1QT8A 1L71A 2DQFC 3WVXA 3WU7A 4LYZA 4D9ZA 3CDRA 196LA 2MEHA 2ZNXY 1G0LA 1L64A 4I7QA 1WQPA 1GB9A 1IC7Y 1LMTA 3SB7A 1L07A 3A91A 2Z6BA 3N9AA 1L90A 5I14A 4W51A 1QTDA 1FDLY 3A94A 3TMUA 1FLQA 1WTMA 1EL1A 3EBAB 1B7LA 4WM2A 198LA 1LWKA 1XGQC 4LDLA 1GEVA 1SLYA 1C67A 4LZMA 1HERA 2HEBA 2RAZX 1C65A 1LYYA 3F6ZA 4ARQB 4RW2A 1REYA 4NWHA 1D0KA 4WLTA 1HSWA 2C8OA 1GF6A 1CV5A 3HT6A 1LYGA 4DDCA 5IHGA 2YBMA 4MR1A 2ZYCA 2F2QA 2LC9A 1ZVHL 1DXJA 149LA 1LI3A 2HU1A 5J7CA 5B1GA 1RE2A 3C83A 1LZTA 1LSBA 3LYMA 1QT5A 5I53A 4EMNA 1KXXA 4FJRA 1G07A 2B6TA 4HTNA 4CHXA 4DYGA 1L48A 1C62A 1LI2A 3K2RA 5LVKA 3GUKA 1L62A 3W6CA 223LA 1JKCA 2HTXA 2EIZC 2O79A 5LVHA 4J7VA 1SWZA 1L76A 2Q9DA 1C6DA 1DKKA 1GFAA 1YIKA 1D3NA 1JPOA 1G7JC 1GBSA 1GF3A 3P64A 1LSPA 4ML7A 1GF7A 133LA 1ZMYL 1XGUC 225LA 1D0MA 1GBWA 1LZ9A 3ULRA 1JQUA 5APDA 1LZ5A 155LA 1JTMA 1D3JA 2DQHY 1L93A 1KY0A 1XFPL 1SQ2L 1JITA 1Z55A 1GBYA 4RLNA 4W94A 3J4GA 1EQ5A 4WM4A 1IP6A 132LA 1L27A 1NHBA 1HEMA 2DKVA 1OP9B 1IP4A 2LYZA 1LMPA 1LZSA 1ZWNA 1L97A 115LA 1LYHA 1IY3A 2ANXA 3N9EA 5F9UA 1LHHA 3AYQA 1LTMA 3SBAA 5E9RA 2NTHA 4OW1A 4B0DA 237LA 1LWGA 1L16A 2W1XA 3DMXA 1SX2A 4NHTA 1NBZC 1GF5A 1NHEA 1HEQA 1PQMA 1RFPA 1N4FA 1LYSA 1L12A 177LA 1LJIA 1IR9A 5FEKA 1P56A 4G4CA 3A3RX 1FKQA 5A3EA 1AT6A 4GCBA 1L39A 1DI3A 1REZA 4EJ4A 1QUSA 1VFBC 4ARJA 2B7XA 3B0KA 2D4KA 3BKVA 1B7QA 2B74A 192LA 4H9CA 1L11A 2HEAA 235LA 3RZEA 3WU8A 4ET8A 5C6IA 5C6JA 2DQCY 2IGCA 1GE1A 4G9SA 194LA 1LJKA 1OUAA 2HULA 3C81A 3SP3A 2Z38A 6LYTA 1LSEA 127LA 4OWBA 2LCBA 1B7PA 160LA 2NTGA 232LA 3DKEX 4GN3A 1BVXA 2HEFA 4WM5A 1P2CC 2LHMA 1C6GA 4I0CA 4Z3MA 1V7SA 4TSCA 1L74A 1QT7A 4L41A 154LA 3W6BA 3DMVA 4N1EI 2F2NA 1PQKA 3AZ5A 3EXDA 1L04A 249LA 4PK0A 4I7JA 1I1ZA 3W3EA 4ARPA 151LA 1G0QA 1CJ9A 1YAMA 1A2YC 222LA 4TWSA 1LJHA 2OEAX 1L52A 1HSXA 1WTNA 3SB9A 4I7LA 4XYYA 206LA 1QT3A 2OU8A 201LA 1IR7A 8LYZA 1D6PA 1WTHA 4LYOA 5KY1A 1L91A 3WU9A 1KIRC 162LA 4N5RA 1LHKA 3CQLA 1JJ0A 4XENA 2RBQA 1YL1X 1CV1A 2A7DA 5A3ZA 4DT3A 254LA 5B1FA 4B1AA 2B70A 2BQGA 2ANVA 2GV0A 4N8ZA 193LA 2HUBA 1L30A 1CV6A 4W53A 1LSCA 1LGWA 166LA 169LA 2C8PA 1TEWA 1B7SA 5KKIA 3IJVA 4IASA 128LA 4ARMA 134LA 4YM8A 1L21A 2MEDA 230LA 1LZ8A 3HBEX 4WLYA 1PQOA 2XQOA 4NHQA 4I7KA 111LA 3LN2A 3TXFA 4WG7A 1P36A 1YAQA 1AM7A 5LA5A 3C7ZA 1C6IA 3HUAA 3E3DA 123LA 4NFVA 1L08A 1LSZA 243LA 148LE 1LZAA 2YVBA 4GN4A 3RNXA 1PQIA 1L95A 1LYIA 1GE2A 1IWUA 1GAYA 1L69A 2BQLA 1SSYA 1L26A 4H1PA 1L80A 1QSQA 5EBHA 1JSEA 1LZRA 1D0LA 3C7WA 208LA 4BS7A 4A7DA 214LA 3TMXA 183LA 1IWVA 2N5ZA 5I4WA 5KXOA 4X3BA 156LA 1GB8A 1L03A 1L92A 1C68A 1T6HA 1NF5A 4YOPA 4OO9A 3P4ZA 1PQJA 5FELA 178LA 1OWYA 3GUNA 3G3XA 5LYTA 5IDDA 4O34A 1GF0A 4Z98A 1HMLA 1HFZA 1GB6A 2B6XA 1C6AA 2HECA 1IR8A 3LYOA 1L42A 3SB6A 4H9IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BWJ A;  3LZT A;  1JJ1 A;  1L02 A;  5LVG A;  1C6C A;  2ZYP A;  1KS3 A;  1HEP A;  5LAG A;  144L A;  1DYD A;  1CTW A;  3QAK A;  1LSN A;  5DM9 A;  200L A;  2CJL A;  1CU5 A;  4OWA A;  4DQ7 A;  1AT5 A;  5LVI A;  3A3Q A;  1FKV A;  1L13 A;  1LZN A;  4RW1 A;  3TXI A;  1CJ6 A;  1LKR A;  2H5Z A;  4HSF A;  1F10 A;  1LJE A;  1UC0 A;  1LMC A;  219L A;  4NGO A;  236L A;  4ETB A;  1LMO A;  3V2W A;  4ARL A;  1L72 A;  1GBX A;  4WLX A;  3OE6 A;  3AW7 A;  1KW5 A;  5KXN A;  1XEK A;  4I7S A;  152L A;  4LGK A;  1CVK A;  2YBI A;  1QUH A;  1YL0 X;  2RBS A;  3AZ4 A;  3NYA A;  1QT8 A;  1L71 A;  2DQF C;  3WVX A;  3WU7 A;  4LYZ A;  4D9Z A;  3CDR A;  196L A;  2MEH A;  2ZNX Y;  1G0L A;  1L64 A;  4I7Q A;  1WQP A;  1GB9 A;  1IC7 Y;  1LMT A;  3SB7 A;  1L07 A;  3A91 A;  2Z6B A;  3N9A A;  1L90 A;  5I14 A;  4W51 A;  1QTD A;  1FDL Y;  3A94 A;  3TMU A;  1FLQ A;  1WTM A;  1EL1 A;  3EBA B;  1B7L A;  4WM2 A;  198L A;  1LWK A;  1XGQ C;  4LDL A;  1GEV A;  1SLY A;  1C67 A;  4LZM A;  1HER A;  2HEB A;  2RAZ X;  1C65 A;  1LYY A;  3F6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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