221LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKSIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 221lA00
1L68A 228LA 165LA 4EKPA 114LA 1L09A 4I7SA 1T8GA 225LA 1L67A 1L62A 1QS9A 1T8AA 1L29A 1OVJA 1PQJA 158LA 113LA 1L87A 128LA 122LA 2Z6BA 1G0JA 3HTGA 4W59A 1DYEA 1L32A 1KNIA 1P36A 138LA 1D3NA 1L19A 190LA 1L71A 1L40A 4I7NA 3GUMA 1L46A 1L24A 169LA 1KW7A 1LWGA 1P2RA 1L51A 1C64A 2O79A 3HH5A 1L66A 1QTVA 1L14A 3SB5A 1PQIA 4EKSA 211LA 115LA 4S0WA 220LA 1L86A 1PQDA 1L55A 1L35A 2QB0B 1L43A 1QSQA 1QT5A 1QUHA 2B6XA 1QT3A 1T6HA 1P5CA 234LA 1ZYTA 3C8RA 3G3XA 1SX2A 191LA 1QTHA 3C8SA 1LYHA 1LGUA 145LA 137LA 237LA 2RAYX 1QS5A 2A4TA 4ARLA 1CU6A 172LA 164LA 3DN3A 1L47A 1L77A 120LA 1TLAA 4LZMA 1G06A 4EXMA 1D3FA 112LA 3OE9A 1T8FA 1L31A 2B73A 1L28A 217LA 2Q9DA 175LA 4GBRB 1XEPA 104LA 1C6AA 2RBNA 184LA 1QT4A 1CUPA 1LYJA 1L60A 3F8VA 1P7SA 1L95A 3SB7A 1LYIA 4W57A 155LA 1L57A 1L23A 2RBPA 4DKLA 1KY0A 3FI5A 141LA 4EKRA 1L63A 1C6KA 2IGCA 231LA 2L78A 3GUJA 123LA 238LA 4I7JA 2F47A 1DYBA 1CV3A 1LYDA 2B75A 1L17A 1G0GA 3HT8A 219LA 2B6ZA 4W54A 240LA 1NHBA 119LA 3DMVA 1P56A 4I7OA 1C6TA 212LA 1C6GA 2B6TA 174LA 210LA 200LA 245LA 1G0MA 3HTBA 235LA 1CX7A 1L72A 4W56A 1P6YA 1OWYA 1CTWA 1K28A 3C83A 3HT9A 3HDFA 110LA 1C65A 2RBOA 4EKQA 1L52A 1L39A 3DN8A 226LA 1P37A 1C68A 1DYCA 1L75A 2LC9A 206LA 1QT8A 1I6SA 1L99A 1C60A 1L73A 1ZURA 1L53A 4EJ4A 3GUNA 3HT7A 1KW5A 1SWZA 3DN6A 1L61A 3C8QA 1OV5A 129LA 1L04A 1L92A 2NTHA 4W53A 4W55A 3DN4A 258LA 199LA 2RB1X 236LA 1LI2A 1C6NA 3PDSA 1CV5A 221LA 4OO9A 1L20A 1L11A 241LA 4PK0A 248LA 1L07A 142LA 4W58A 1CV1A 1D3JA 1L13A 216LA 2QARC 3HH3A 3SB6A 2NTGA 1CU2A 1L41A 1C61A 4I7MA 177LA 3CDOA 1CU3A 4DJHA 147LA 261LA 1LGWA 209LA 3QAKA 3HU9A 189LA 1C66A 140LA 148LE 1L00A 3FA0A 4I7PA 1L45A 3DKEX 3HH6A 1L58A 1QT7A 1CVKA 1ZWNA 3GUPA 1L22A 3V2WA 1LW9A 3HH4A 150LA 1WTHA 3HWLA 4I7QA 1QTDA 3ODUA 3JR6A 3HT6A 2OU8A 181LA 180LA 2OU0X 2Q9EA 3DN0A 1L76A 256LA 156LA 4I7TA 1L26A 1OV7A 2OE9X 4YXCA 2HULA 3DMZA 118LA 2OE7X 247LA 3GUIA 3SB9A 109LA 2HUMA 4LDLA 3SBBC 3HU8A 229LA 1DYDA 3HTFA 5LZMA 1C6CA 1OVKA 1LYFA 1XJUA 1L38A 1L37A 4LDOA 3FADA 218LA 103LA 257LA 1L27A 1PQKA 1QUOA 3C7WA 262LA 260LA 1L94A 2LZMA 1P3NA 1LI3A 3NYAA 1CU0A 1C6JA 3SN6R 2RB0X 5I14A 185LA 1C6DA 2LCBA 171LA 1L98A 4GRVA 3RZEA 162LA 187LA 1DYGA 3G3WA 2B6YA 1L89A 1LPYA 1L79A 1L48A 1G0PA 1L21A 3GUOA 4I7RA 1OYUA 160LA 4I7LA 107LA 1L06A 4I7KA 1L69A 197LA 3CDQA 1L50A 246LA 1JTNA 4PJZA 159LA 215LA 1C6QA 3SB8A 3OE0A 213LA 1C6IA 1QTZA 163LA 1DYFA 1L82A 1JQUA 1L81A 3UONA 1KS3A 1D3MA 139LA 3CDVA 2RBRA 111LA 1L65A 239LA 3C80A 2B70A 1L08A 1G1WA 127LA 188LA 1G0LA 170LA 1PQMA 244LA 1SWYA 1C6LA 2OEAX 1L16A 7LZMA 1L18A 1L59A 1L91A 1L0KA 3HTDA 3LZMA 4EPIA 2B7XA 1L74A 3NY9A 1SSWA 4E97A 1L88A 168LA 1C6MA 1L25A 4ARQA 176LA 1L80A 2RBQA 3HUKA 3CDTA 196LA 3GULA 1C67A 3EMLA 144LA 173LA 3DN1A 1P2LA 3C81A 1SX7A 1T97A 1LWKA 249LA 1L54A 3L2XA 1G07A 1LGXA 1C63A 178LA 149LA 2B72A 243LA 1KY1A 1LYEA 2RB2X 1L93A 143LA 1L83A 1LYGA 4ARQB 3HUAA 1CU5A 2O4WA 1SSYA 2HUKA 3OE8A 1C62A 1OWZA 3GUKA 4YXAC 1P46A 205LA 4YX7C 130LA 2ANXA 3D4SA 1L0JA 1QUGA 3C7ZA 2OE4X 1EPYA 251LA 1QTCA 125LA 3SBAA 4ARMA 1JTMA 1L12A 3C82A 1QTBA 2CUUA 4IAPA 1D2YA 1QUDA 222LA 1CX6A 1L44A 1QT6A 195LA 1L05A 1B6IA 2RBSA 4LDEA 1L49A 1C69A 255LA 157LA 1L85A 1XJTA 232LA 227LA 1D9WA 2ANVA 126LA 3K2RA 1L56A 242LA 166LA 4ARPA 102LA 2F2QA 4ARMB 3DNAA 3HUQA 1L03A 1CV4A 182LA 2B74A 4AQNA 3DMXA 2OTZX 4ZPUA 3CDRA 3NY8A 1L01A 192LA 4EPFA 1L33A 1L15A 2F32A 3G3VA 2RAZX 4K5YA 1L64A 1L84A 198LA 1C6BA 1L42A 1QSBA 223LA 254LA 1LI6A 1LLHA 3V2YA 201LA 1P64A 3HDEA 253LA 4DAJA 2B6WA 108LA 3C7YA 4W51A 2O7AA 186LA 3OE6A 1L96A 2OTYX 1C6EA 233LA 259LA 152LA 1L97A 3VW7A 214LA 1C6PA 1L30A 1L70A 1OVHA 151LA 1CV0A 1PQOA 1L36A 1G1VA 1D2WA 3L64A 250LA 1L10A 3F9LA 1G0KA 1C6FA 6LZMA 3DN2A 2RH1A 1L90A 167LA 1DYAA 3RUNA 1L34A 3PBLA 161LA 1L02A 146LA 224LA 183LA 2OU9A 230LA 1C6HA 1CV6A 131LA 4ARJA 4W52A 1G0QA 1CUQA 252LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L68A 3W6CA 114LA 5FEKA 1GB3A 1IO5A 2W1MA 1L29A 1PQJA 1GFGA 4DQ7A 4ZEEA 1GB2A 122LA 1G0JA 4W59A 1IVMA 1DYEA 1L32A 2C8PA 1CNSA 4NHQA 4U3XB 4BS7A 1QUTA 190LA 3N9EA 3E3DA 134LA 1AT5A 1EQ4A 4TX7A 1L24A 1KW7A 3EO5A 1L66A 1QTVA 1L14A 2W1XA 2X0AA 4ANRA 1IR7A 4TSCA 2XJWA 1L35A 1L43A 3WW5A 1QSQA 2B6XA 3LYMA 1FKVA 1IWWA 1GDXA 1SX2A 191LA 237LA 2A4TA 4D9ZA 1CKCA 2I25L 1BB5A 4DD1A 1UIHA 3OE9A 1HC0A 1L28A 217LA 1AZFA 1KIPC 1LHJA 104LA 2YBMA 2F4GA 4HSFA 3WXTA 1OUFA 1QT4A 1LYJA 1IIZA 1L95A 1LYIA 1XSFA 4XJGA 2RBPA 1IR9A 141LA 3B72A 1XGTC 5KXRA 123LA 1IOSA 1OUDA 1CV3A 1L17A 3HT8A 119LA 3DMVA 3IJUA 1QSWA 3K3TA 1C6GA 174LA 1REZA 4WLTA 4P2EA 1IWVA 1C46A 3TXBA 3D3DA 1TCYA 2HECA 1J1XY 1K28A 2N5ZA 3AW6A 110LA 1L39A 3DN8A 1O23A 1P37A 2DQJY 3B0KA 9LYZA 1I6SA 1NWGA 1JTTL 1LSBA 4G4BA 1JSEA 1QQYA 4ETAA 1I56A 1QDTA 1D9UA 3C8QA 4LYBA 3N9CA 129LA 1L04A 4W53A 4W55A 1WVVA 4W96A 1LZ8A 4E3UA 199LA 2FBDA 236LA 1LTMA 1HENA 1DI5A 2CJLA 4KT3A 3M18B 1GF6A 248LA 1L07A 142LA 4W58A 5HLLA 3SB6A 4NGZA 2NTGA 1YL0X 1C61A 3ATOA 4J0LA 4I7MA 1CU3A 1D0KA 147LA 4DJHA 261LA 1C66A 1G7JC 4R0FA 4N5RA 1F6RA 4NSJA 1L45A 3DKEX 1HNLA 4HTNA 5B06A 1L58A 1CVKA 1LMCA 3GUPA 1L22A 1LOZA 3P68A 1LZGA 4LZTA 2OU8A 5DN5A 1IORA 1OUBA 156LA 1D0LA 5C6LA 2CDSA 1LHLA 1V7TA 3GUIA 4QY9A 3D9AC 4G49A 4W94A 1B5YA 5KXPA 4YEMA 229LA 1DYDA 3TXKA 1B2KA 1HMLA 4ETEA 1XJUA 3P4ZA 257LA 3C7WA 4LT1A 4EOFA 4GLVA 3AZ6A 2HEAA 1LI3A 3NYAA 1C6JA 185LA 1GB8A 1C43A 4GRVA 3RZEA 4NFVA 3G3WA 3QE8A 2Z38A 2VB1A 1BWIA 1TAYA 1L48A 4XENA 1L21A 1IOCA 160LA 4I7LA 5LA5A 4DQJA 197LA 1L50A 4PJZA 135LA 4DC4A 1EQ5A 3N9AA 2MEFA 1L82A 1JQUA 2W1YA 3UONA 3A95A 5LA8A 3KAMA 4NHTA 1L65A 2MEGA 3A90A 3C80A 127LA 1LMOA 170LA 4GCBA 3A6BY 3AB6A 1BGIA 1IP6A 2DQEY 5C6JA 1L91A 1LMQA 1L74A 1SSWA 4E97A 1BWJA 1C6MA 2BQLA 1L80A 3HUKA 1DPWA 4WM5A 1LWKA 1L54A 4HJZA 4PJ2C 1KY1A 1HSWA 143LA 1WQOA 4ARQB 1LJIA 1ZVHL 2O4WA 1C62A 1LHKA 1LZ6A 1OWZA 3GUKA 4NGKA 1WQQA 130LA 2ANXA 4NIJA 1JTMA 2DQFC 2NWDX 3IJVA 2IHLA 4IAPA 1D2YA 1D0MA 1L44A 1L05A 2RBSA 1L85A 4H1PA 1XJTA 1D9WA 3K2RA 4ARPA 1DZBX 3HUQA 1L03A 2B74A 4LYMA 1DKJA 1FBIX 1VEDA 4EPFA 2F32A 198LA 1L84A 3VWOA 1QSBA 254LA 4NGWA 1RJCB 1GDWA 2BLYA 4XADA 2LYOA 4DT3A 4DAJA 1VDSA 108LA 4G4CA 2EQLA 2OTYX 1YAPA 3WUMA 233LA 259LA 1L97A 3VW7A 4TWSA 1TEWA 1REYA 3GXRA 4G4HA 4J1BA 5I5QA 1L30A 1L70A 5A3EA 5LINA 1CKFA 4B4EA 250LA 3BKVA 3LZ2A 2D4JA 3A96A 1JISA 1BB7A 1JTOL 1HEQA 1YKXX 224LA 1JTPL 1IY3A 1CV6A 4NY5A 4PGJB 4W52A 1JJ1A 1G0QA 4GCFA 4ARJA 1GWDA 252LA 228LA 1WQPA 2ZYPA 1BHZA 1HMKA 4NGYA 1T8GA 2ZNXY 5A3ZA 1L67A 1T8AA 5F9UA 1IP4A 4LFPA 158LA 2MEAA 4WL7A 4XJIA 1L87A 3TMXA 2Z6BA 3HTGA 1LYSA 2DQIY 1D3NA 4DD9A 1L71A 1J1PY 1UIAA 4I7NA 1NMMA 5LVHA 2HU3A 2BQEA 1LSPA 1C64A 2BQHA 3HH5A 3HBDA 4OWAA 1LZ5A 3SB5A 4G9SA 1GBSA 5C6IA 5IDDA 4KL7A 1L86A 4TSBA 1PQDA 1LZRA 1LSCA 4II8A 4LFXA 3WMKA 1XEIA 1LSDA 1QT5A 2Q0MX 2ZWBA 4DDBA 3BKHA 4B4IA 1P5CA 3G3XA 1GE1A 1GF3A 4B49A 1QTHA 1LGUA 1DXJA 5II3A 1QS5A 2H9JA 1CU6A 1GB0A 1GFKA 1L47A 1G06A 3TMWA 4EXMA 1D3FA 4ML7A 3EBAB 4HJVA 184LA 3RNXA 1UC0A 1XGPC 4Z3MA 1P7SA 2DKVA 1L57A 4DKLA 1LYOA 1LZYA 5B07A 2L78A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L68 A;  3W6C A;  114L A;  5FEK A;  1GB3 A;  1IO5 A;  2W1M A;  1L29 A;  1PQJ A;  1GFG A;  4DQ7 A;  4ZEE A;  1GB2 A;  122L A;  1G0J A;  4W59 A;  1IVM A;  1DYE A;  1L32 A;  2C8P A;  1CNS A;  4NHQ A;  4U3X B;  4BS7 A;  1QUT A;  190L A;  3N9E A;  3E3D A;  134L A;  1AT5 A;  1EQ4 A;  4TX7 A;  1L24 A;  1KW7 A;  3EO5 A;  1L66 A;  1QTV A;  1L14 A;  2W1X A;  2X0A A;  4ANR A;  1IR7 A;  4TSC A;  2XJW A;  1L35 A;  1L43 A;  3WW5 A;  1QSQ A;  2B6X A;  3LYM A;  1FKV A;  1IWW A;  1GDX A;  1SX2 A;  191L A;  237L A;  2A4T A;  4D9Z A;  1CKC A;  2I25 L;  1BB5 A;  4DD1 A;  1UIH A;  3OE9 A;  1HC0 A;  1L28 A;  217L A;  1AZF A;  1KIP C;  1LHJ A;  104L A;  2YBM A;  2F4G A;  4HSF A;  3WXT A;  1OUF A;  1QT4 A;  1LYJ A;  1IIZ A;  1L95 A;  1LYI A;  1XSF A;  4XJG A;  2RBP A;  1IR9 A;  141L A;  3B72 A;  1XGT C;  5KXR A;  123L A;  1IOS A;  1OUD A;  1CV3 A;  1L17 A;  3HT8 A;  119L A;  3DMV A;  3IJU A;  1QSW A;  3K3T A;  1C6G A;  174L A;  1REZ A;  4WLT A;  4P2E A;  1IWV A;  1C46 A;  3TXB A;  3D3D A;  1TCY A;  2HEC A;  1J1X Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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