221LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKSIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 221lA00
1L62A 197LA 3C8QA 1SSWA 2B6ZA 2OU0X 1L56A 1L52A 1C69A 1L29A 3VW7A 1C6MA 1L76A 256LA 1EPYA 3C8SA 230LA 1L33A 2RAYX 175LA 2O4WA 1KY1A 3GUMA 170LA 1G06A 147LA 1QT6A 227LA 2LC9A 165LA 1G1WA 1QUGA 2OU9A 3HTBA 3HDFA 3NY8A 150LA 1L85A 1L96A 1G07A 1ZYTA 1L31A 249LA 252LA 4GRVA 4I7MA 1L44A 140LA 4I7OA 1LYIA 3SN6R 1L69A 1C68A 1L35A 186LA 1L16A 239LA 2NTGA 1L95A 4I7QA 3DN6A 4EPIA 1L00A 168LA 211LA 3HT8A 4W55A 1CV6A 1LYJA 3DN3A 1L89A 4EKQA 1CU6A 222LA 1CX6A 1OWZA 240LA 159LA 225LA 184LA 3K2RA 1NHBA 1OV7A 1LGXA 1XJTA 3V2WA 1C6CA 248LA 164LA 1L70A 1LYDA 1P3NA 1PQDA 4YX7C 1PQOA 3HH4A 3HTGA 2RBNA 3PBLA 4ARJA 4DAJA 3C83A 1C6QA 1CU3A 2RBQA 4ZPUA 2OU8A 3HH5A 1DYAA 232LA 1PQIA 1DYDA 1L66A 122LA 1G0JA 130LA 174LA 1C6LA 259LA 1L46A 1C64A 4ARQB 1L63A 262LA 1L10A 1L94A 1L30A 1D2WA 1QTZA 1D9WA 3DKEX 166LA 3GULA 3DMVA 1CU2A 3CDTA 4I7KA 231LA 205LA 2OTYX 1CV1A 1SX2A 1LYFA 1P64A 3C7WA 1L41A 224LA 3G3XA 5LZMA 1C6IA 3C8RA 1LPYA 1L99A 144LA 3G3WA 3DN8A 1OVKA 1QSQA 1L47A 112LA 3NYAA 1ZWNA 113LA 1L88A 1QT3A 1QUOA 1LWKA 3G3VA 3CDOA 108LA 1L60A 1CUQA 167LA 257LA 1C6KA 1CU5A 109LA 2O7AA 2OE9X 195LA 1SSYA 104LA 210LA 220LA 180LA 2B6WA 2OE4X 1OV5A 3EMLA 5I14A 4I7RA 1L54A 181LA 1L13A 216LA 4EXMA 1C6AA 209LA 128LA 3HT9A 3JR6A 1L37A 157LA 2Q9EA 4E97A 2RB2X 1CTWA 1JQUA 244LA 2LCBA 3HUKA 1L84A 3PDSA 1LGWA 2CUUA 141LA 2B73A 3DMZA 1L0KA 1C62A 2B6XA 151LA 3SBAA 1PQMA 4ARPA 1L45A 3HUAA 137LA 4LDLA 199LA 3SBBC 3GUKA 4W53A 1B6IA 238LA 4W56A 1D3JA 2B72A 2OEAX 1P7SA 1D2YA 1L40A 182LA 1KW5A 3HTFA 1LW9A 1OVJA 1LLHA 255LA 1L02A 3DN0A 3SB5A 219LA 1QT5A 1DYEA 1L43A 1L18A 3GUIA 4I7JA 120LA 1QT8A 2RAZX 3DMXA 4W58A 4ARLA 1CV3A 3LZMA 241LA 1T8AA 245LA 229LA 3ODUA 1KNIA 4PK0A 1L27A 214LA 1CU0A 1L67A 4W52A 2HUMA 4YXAC 7LZMA 3HH6A 2B6TA 1L81A 171LA 3NY9A 1L14A 2B74A 1L79A 218LA 1G0MA 4ARMA 3C82A 200LA 1WTHA 3DN1A 1L55A 1DYGA 1KS3A 3CDRA 3F9LA 1L72A 201LA 1L39A 1L57A 1L01A 1CUPA 1L75A 1OYUA 145LA 1L50A 1L91A 4W59A 1C65A 143LA 1L06A 2QARC 177LA 4DKLA 3FADA 1L80A 1C6TA 2B6YA 1L38A 1LGUA 155LA 183LA 1C6NA 1P46A 2B7XA 2Z6BA 235LA 4ARMB 1LI2A 1P37A 1L42A 1JTNA 3DNAA 1L51A 253LA 1L03A 1L36A 3OE6A 4EKRA 4IAPA 2F32A 187LA 1CX7A 221LA 2F2QA 1L64A 3HWLA 1DYFA 1CV5A 1QUDA 1QTVA 247LA 3GUPA 3HT6A 223LA 1L98A 3QAKA 2RBRA 156LA 1L0JA 2RB1X 1L32A 1L23A 173LA 1QS9A 226LA 1SWYA 1CVKA 3HTDA 2OE7X 237LA 1DYBA 213LA 4EPFA 212LA 3C7ZA 228LA 1C6EA 2RBOA 3HU8A 139LA 1PQKA 3RUNA 1L34A 1L28A 4I7NA 1L82A 1L58A 1P2LA 3CDQA 4GBRB 131LA 1I6SA 3OE0A 2RB0X 1L83A 2ANXA 1LYEA 1LYHA 4I7SA 1XJUA 6LZMA 2QB0B 3GUOA 1L93A 1PQJA 1L77A 2NTHA 3HT7A 1C6BA 4LDOA 4AQNA 1L19A 4YXCA 2Q9DA 250LA 111LA 4PJZA 1TLAA 1K28A 3DN4A 1QTHA 3SB9A 1ZURA 2O79A 129LA 246LA 4EKSA 3SB7A 1L09A 1C60A 1C63A 123LA 1OWYA 1L07A 1L71A 2LZMA 1T97A 185LA 3D4SA 191LA 1L53A 1LI3A 142LA 242LA 2L78A 1G1VA 4I7LA 1G0KA 206LA 2OTZX 114LA 1OVHA 3HH3A 172LA 1L21A 1C6HA 1C6PA 1L20A 3UONA 243LA 190LA 4I7TA 1L73A 1SX7A 1G0LA 1L86A 3CDVA 161LA 118LA 1L65A 2F47A 1CV0A 1G0PA 152LA 160LA 1L74A 1LI6A 1QTCA 115LA 1L11A 2RBSA 2ANVA 4I7PA 1KW7A 1QTBA 3HDEA 119LA 260LA 233LA 1T8FA 110LA 196LA 251LA 2B70A 1L08A 2B75A 217LA 1JTMA 234LA 4LZMA 3C81A 1L05A 1P56A 3C7YA 188LA 3C80A 1L68A 3F8VA 4ARQA 1G0GA 169LA 1C66A 1C67A 1D3FA 2RBPA 4W54A 102LA 1C6GA 215LA 126LA 1C6DA 1L48A 138LA 1G0QA 3OE9A 1C6JA 1T6HA 3OE8A 4W51A 146LA 4W57A 1L22A 261LA 3FA0A 3HUQA 1C6FA 1L61A 2HUKA 258LA 1LYGA 1L92A 1D3MA 1QT4A 4S0WA 3SB8A 192LA 1L15A 2HULA 4OO9A 1C61A 2IGCA 125LA 1L87A 1L90A 2RH1A 1L26A 1DYCA 1LWGA 1QSBA 3DN2A 198LA 1QS5A 1L59A 1CV4A 3FI5A 107LA 1P5CA 1D3NA 1L04A 176LA 189LA 1P36A 158LA 149LA 1L25A 1T8GA 1L12A 1L17A 3SB6A 3L64A 1XEPA 1L49A 3L2XA 3V2YA 4EJ4A 103LA 148LE 1QUHA 4LDEA 3HU9A 3GUJA 1KY0A 2A4TA 1QT7A 163LA 1L97A 178LA 162LA 1QTDA 1SWZA 3GUNA 4EKPA 127LA 1P2RA 4DJHA 1L24A 1P6YA 4K5YA 3RZEA 236LA 254LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DD7A 3WVYA 4RDSA 1GAYA 2OU0X 4I8SA 1IP7A 1L56A 1IP6A 1LMPA 4BADA 1RE2A 4DD2A 4G4CA 175LA 2O4WA 1LSGA 1DI5A 1IX0A 1G06A 1QT6A 227LA 1B7RA 4NGOA 4ZIXA 4N8ZA 1NBZC 2OU9A 1B5WA 4PHIA 1QDTA 2MEHA 5J7CA 3HDFA 4GRVA 4I7MA 1GF6A 1L35A 186LA 1H87A 4WL6A 4BAPA 2CDSA 4GCBA 4EPIA 4LYZA 1HERA 211LA 1LYYA 4W55A 4XJIA 1LSCA 1A4VA 1L89A 2XQOA 4TWSA 5LAGA 4WLYA 1YROA 159LA 1LJNA 3V2WA 4J7VA 248LA 2CWIA 1L70A 1P3NA 1LZEA 1GWDA 3HH4A 4DDCA 4ARJA 4TSBA 1C6QA 4NGYA 2HU1A 2OU8A 1PQIA 4G9SA 4NG8A 2YVBA 3ULRA 1LZ4A 259LA 1L46A 1BWHA 4PPOA 4NSJA 3P68A 5APCA 5KXMA 3P64A 4LYOA 1UA6Y 1L94A 2WARA 1V7TA 3DKEX 1I20A 3CDTA 4I7KA 1LSFA 1IWYA 2A7FA 1JUGA 5APFA 4TUNA 4DYGA 5LYTA 4TSCA 4ETBA 1GDXA 113LA 1JJ3A 2XTHA 1LZBA 4NHPA 1UACY 3W6CA 2BQNA 1LZDA 2GV0A 2DKVA 195LA 1IP5A 3HBHA 2W1MA 3WUNA 3EMLA 5KXSA 3OJPA 5I14A 1L13A 4EXMA 3W3EA 4DT3A 5I4XA 5KXNA 2RB2X 2BQKA 2LCBA 141LA 1L0KA 2BQLA 1GFTA 3SBAA 4ARPA 1L45A 1YILA 4HP0A 4W53A 2D6BA 1OUIA 4DQ5A 2OEAX 1L40A 4PGJB 4D9ZA 255LA 1L02A 3A95A 3J6KA 1AM7A 1WQQA 4UWNA 3GUIA 120LA 2HEBA 2RAZX 1LZGA 3AZ7A 2FYDA 4B0DA 4H93A 4WMGA 1KNIA 1IIZA 214LA 1CU0A 1G7LC 3HH6A 2B6TA 1IOTA 3E3DA 171LA 3WULA 1GDWA 3WUAA 1OUAA 2XBRA 3MGWA 1CJ9A 3DN1A 1ALCA 4NGIA 4HJVA 1L55A 2FYCA 3F9LA 2FBBA 3W6BA 1L57A 1HMKA 4YOPA 4OWBA 4WL7A 2QARC 4J1BA 5I5QA 5FEKA 1GAZA 4H1PA 1HF4A 1C6NA 4LFXA 1P37A 1L42A 2W1YA 2DQIY 1F6SA 253LA 1GBYA 1HNLA 1FLYA 1CKFA 2W1XA 3HWLA 1JJ0A 1CV5A 1QUDA 247LA 4H8XA 3GUPA 3QY4A 1D6QA 5IELA 1EQEA 1YKZX 4OWCA 3G3AB 2MEFA 1SWYA 3A94A 1IORA 3HTDA 4WM3A 1QSWA 2D4IA 4B4JA 213LA 212LA 2XJWA 1MELL 1XGUC 1L82A 1VAUA 131LA 1RJCB 1L83A 1XJUA 3GUOA 2ZQ4A 1CJ8A 1L77A 3HT7A 1C08C 3LHMA 1UIAA 1ZMYL 4N1EI 1TLAA 5B07A 1K28A 3WVXA 1QTHA 2BQMA 129LA 3SB7A 1C63A 4M6DA 1L71A 1T97A 1W08A 142LA 4I7LA 6LYZA 206LA 4II8A 1L20A 134LA 1C6PA 193LA 4HPIA 4C5FA 4MR1A 1L73A 1XSFA 1GB2A 4TX7A 1I1ZA 1L86A 3CDVA 5M1YA 1OUFA 1LSBA 118LA 4GLVA 1WTMA 2F47A 3WPJA 152LA 1REXA 1XEIA 1L11A 2ZIKA 4I7PA 2BQDA 3LYOA 4XJGA 3HDEA 1LMTA 3CSQA 1IP2A 1F6RA 1HELA 1GF5A 110LA 154LA 2ZYPA 2B75A 1LJIA 2DQJY 217LA 1IOSA 4LT2A 1L05A 1P56A 1L68A 1G0GA 1C66A 1D3FA 2RBPA 4W54A 1C6GA 4DC4A 5B05A 1PS5A 215LA 5KXTA 138LA 5I54A 1C6JA 1LZYA 146LA 4W57A 261LA 5C6LA 4HV2A 4EMNA 1FN5A 2MEGA 4XN6A 4OO9A 3CQLA 1NMMA 3WYHA 2IGCA 1L90A 1IP1A 3M3UA 5FELA 1DYCA 1GD6A 1QS5A 4E3UA 1CV4A 1GB6A 1D3NA 176LA 3M18B 1JTPL 1QUSA 5DN4A 4HPEA 1L12A 2G4PA 1LMQA 3A96A 2HECA 1LYZA 4NGWA 3V2YA 1LSDA 103LA 4QDNA 1REYA 3GUJA 3G3BB 163LA 162LA 1BHZA 4H9AA 4EKPA 4K5YA 2Z12A 2YSSC 236LA 2RB0X 254LA 4YENA 3EXDA 197LA 1QQYA 1SSWA 4DD0A 1L52A 1C69A 1L29A 5LA5A 5JENB 3VW7A 1LJHA 1C6MA 4QY9A 1IEEA 1HEMA 1EPYA 1LHHA 5DM9A 5KJ9A 1GF8A 170LA 1D9UA 3N9EA 5EBHA 2LC9A 1LZ1A 1QUGA 1GFRA 4XYYA 4BS7A 3HTBA 1NWGA 1LZ9A 5F81A 1WTNA 4LYCA 3NY8A 4OWEA 150LA 1L85A 1ZYTA 2BQCA 3EMSA 3P66A 1LYIA 3SN6R 4DDAA 1C68A 1FKQA 1L16A 1NDGC 3P65A 4WO6A 3D9AC 2IFFY 168LA 5LYZA 3HT8A 4A7DA 1LYJA 3DN3A 4IASA 3LZ2A 4DWXA 1NHEA 4LYBA 4DQJA 5HMJA 2ZILA 3A67Y 240LA 1IWZA 1JPOA 184LA 3LN2A 1OV7A 1LSZA 1INUA 1LYDA 1PQDA 4YX7C 1PQOA 2RBNA 3PBLA 4PRQA 3RZ4A 3WMKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DD7 A;  3WVY A;  4RDS A;  1GAY A;  2OU0 X;  4I8S A;  1IP7 A;  1L56 A;  1IP6 A;  1LMP A;  4BAD A;  1RE2 A;  4DD2 A;  4G4C A;  175L A;  2O4W A;  1LSG A;  1DI5 A;  1IX0 A;  1G06 A;  1QT6 A;  227L A;  1B7R A;  4NGO A;  4ZIX A;  4N8Z A;  1NBZ C;  2OU9 A;  1B5W A;  4PHI A;  1QDT A;  2MEH A;  5J7C A;  3HDF A;  4GRV A;  4I7M A;  1GF6 A;  1L35 A;  186L A;  1H87 A;  4WL6 A;  4BAP A;  2CDS A;  4GCB A;  4EPI A;  4LYZ A;  1HER A;  211L A;  1LYY A;  4W55 A;  4XJI A;  1LSC A;  1A4V A;  1L89 A;  2XQO A;  4TWS A;  5LAG A;  4WLY A;  1YRO A;  159L A;  1LJN A;  3V2W A;  4J7V A;  248L A;  2CWI A;  1L70 A;  1P3N A;  1LZE A;  1GWD A;  3HH4 A;  4DDC A;  4ARJ A;  4TSB A;  1C6Q A;  4NGY A;  2HU1 A;  2OU8 A;  1PQI A;  4G9S A;  4NG8 A;  2YVB A;  3ULR A;  1LZ4 A;  259L A;  1L46 A;  1BWH A;  4PPO A;  4NSJ A;  3P68 A;  5APC A;  5KXM A;  3P64 A;  4LYO A;  1UA6 Y;  1L94 A;  2WAR A;  1V7T A;  3DKE X;  1I20 A;  3CDT A;  4I7K A;  1LSF A;  1IWY A;  2A7F A;  1JUG A;  5APF A;  4TUN A;  4DYG A;  5LYT A;  4TSC A;  4ETB A;  1GDX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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