222LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 222lA00
162LA 4EPIA 1KW5A 155LA 1L21A 3SBBC 2Q9DA 3SBAA 2HULA 1G0LA 1PQDA 3HH4A 1L13A 4AQNA 242LA 1LWGA 3OE9A 1KY0A 1L01A 1L39A 1L88A 3PBLA 1SX7A 2OTZX 1C66A 1D3NA 1L98A 1L50A 4W51A 205LA 2RBRA 1LI6A 1CV4A 1LI3A 3CDQA 2LZMA 229LA 260LA 1T8AA 1C6JA 3L2XA 1LWKA 4PJZA 256LA 1L35A 2RAZX 209LA 118LA 1C6MA 1L42A 3FADA 1L75A 1C67A 1QSBA 1C6NA 115LA 192LA 1C6KA 198LA 3QAKA 1C69A 1OV7A 1CU3A 1LYIA 1OWYA 1L08A 1L72A 1L53A 1L41A 165LA 3GUOA 3HH3A 1QTBA 144LA 258LA 1L69A 1DYFA 3GUMA 3C7WA 3RUNA 2RBQA 1P7SA 4IAPA 2ANVA 1CV3A 4I7SA 4W54A 2B72A 1L70A 3DN8A 1KNIA 3DN2A 1D3JA 1L54A 146LA 1LW9A 1L37A 2RAYX 2OE7X 3HWLA 1LYJA 131LA 1L33A 1LYEA 1C6FA 1L68A 1QTDA 173LA 1L92A 160LA 195LA 191LA 257LA 3JR6A 236LA 210LA 1L38A 1CUPA 213LA 2RH1A 1L79A 1L85A 1OVJA 1C6CA 3DN4A 2O7AA 2LC9A 1LGWA 1L89A 151LA 1I6SA 1L18A 1C64A 253LA 4EKQA 1QSQA 129LA 1QTZA 225LA 1L82A 1C61A 1CU0A 1L0KA 1L84A 219LA 1T97A 2A4TA 3VW7A 244LA 2O4WA 188LA 1QTHA 3HU9A 4OO9A 3DN3A 163LA 120LA 2LCBA 130LA 1L71A 3HT7A 255LA 1P3NA 1WTHA 1L77A 1L87A 1L46A 3GUKA 3GUIA 3HU8A 184LA 252LA 174LA 1L17A 1SX2A 214LA 4DAJA 1XJTA 3C81A 1LYFA 4E97A 1C6BA 4W58A 196LA 182LA 1CUQA 4YXCA 1CV5A 137LA 1CTWA 1L73A 2OU9A 1G06A 2RB0X 4W59A 1DYBA 3HDEA 156LA 1L49A 177LA 140LA 200LA 248LA 3CDTA 2Q9EA 1L27A 145LA 2F2QA 4GBRB 1C6GA 2ANXA 3C80A 1D2WA 2Z6BA 2IGCA 1B6IA 152LA 1L12A 4I7KA 3K2RA 1L67A 1C6HA 1LGXA 1L93A 1L30A 1L99A 221LA 1G0QA 166LA 1QT7A 1L61A 4I7PA 1L51A 2OU8A 3CDRA 1JQUA 119LA 1ZWNA 230LA 1L04A 1OV5A 212LA 1D9WA 241LA 125LA 3V2YA 201LA 1QUGA 4LDOA 4YXAC 1L0JA 1L31A 1T6HA 175LA 4W52A 1C6LA 1QTCA 2HUKA 2RBOA 4ARMB 2OE4X 112LA 251LA 1PQJA 1G1VA 3CDOA 250LA 3DN1A 150LA 4ARMA 1T8GA 1C63A 185LA 1CU2A 3DN0A 1QS9A 2RBPA 4GRVA 3F8VA 3SB6A 2B74A 232LA 1CX6A 1ZURA 3C7YA 143LA 3OE8A 246LA 4S0WA 1C6EA 1C62A 1CX7A 3GUJA 4ARPA 259LA 1QUDA 1P36A 1CU6A 3FA0A 1L91A 1TLAA 1QT3A 1L97A 3V2WA 167LA 254LA 1L24A 1L76A 1PQMA 1PQKA 2F47A 4EKRA 127LA 243LA 3RZEA 6LZMA 226LA 3HUAA 189LA 3HTDA 1NHBA 1P2LA 1QS5A 1L16A 1L81A 211LA 141LA 1L56A 3DMXA 3G3XA 3GUPA 262LA 1DYDA 220LA 102LA 1K28A 3DMZA 139LA 1SSWA 2QARC 138LA 1SSYA 4W53A 2F32A 126LA 113LA 4I7QA 1L22A 1LPYA 104LA 1C6DA 4I7LA 3EMLA 111LA 3G3WA 4LZMA 1C65A 1G1WA 1XEPA 1D3MA 3HT8A 1C6AA 3ODUA 161LA 1L07A 4ARQB 4YX7C 109LA 147LA 108LA 1L05A 223LA 4LDLA 1L10A 1L34A 1G0GA 3GUNA 2B6XA 3HH5A 1P2RA 1PQOA 217LA 2B6ZA 1LYDA 1QT6A 1L74A 3SB5A 4ARQA 1L86A 178LA 4EPFA 1C6QA 4I7MA 1P5CA 186LA 1L29A 4ARJA 3NY8A 3DMVA 1L19A 4EKPA 1LGUA 245LA 123LA 1CV1A 3NY9A 1C60A 2OU0X 215LA 1L95A 2RB2X 238LA 3DKEX 4I7JA 227LA 1L40A 172LA 231LA 4LDEA 3HDFA 3C8QA 239LA 4DJHA 1D2YA 1L44A 2RBNA 1L23A 1G07A 1L96A 1QT4A 1C6PA 1C6IA 1KY1A 1L94A 2RBSA 4DKLA 1P37A 180LA 4PK0A 218LA 261LA 3HT6A 1L52A 142LA 3NYAA 1OWZA 2OE9X 1LYGA 1T8FA 148LE 2B7XA 181LA 1QUHA 3PDSA 3HUKA 1P56A 1C68A 1L32A 1L20A 4ARLA 1L14A 3C82A 1L25A 4I7OA 1L11A 168LA 1L28A 3HTGA 3SB7A 1L62A 216LA 4W57A 158LA 1L55A 1L60A 1P6YA 1L90A 237LA 2NTGA 206LA 4W56A 1DYAA 197LA 3OE0A 1L80A 1CV0A 5LZMA 1L65A 1L15A 171LA 2OEAX 1LYHA 3HTBA 1L02A 190LA 1DYGA 3SB9A 1SWZA 1G0KA 1KW7A 1LI2A 1L26A 1L47A 2RB1X 4I7NA 1L57A 233LA 2CUUA 1OVKA 3C83A 2B6TA 1G0MA 224LA 187LA 1L63A 1QT5A 1XJUA 176LA 1L66A 159LA 1L45A 3UONA 199LA 1G0JA 3C8RA 3SN6R 2HUMA 2B6WA 228LA 1QT8A 3D4SA 4K5YA 1JTMA 4ZPUA 1QUOA 7LZMA 1KS3A 2B73A 1L36A 2B6YA 1D3FA 1L43A 1L64A 3HUQA 3OE6A 4W55A 1L48A 170LA 3L64A 3HT9A 4EJ4A 4I7TA 3FI5A 5I14A 2QB0B 249LA 3F9LA 1G0PA 103LA 3LZMA 3CDVA 110LA 1L09A 1L83A 4I7RA 1LLHA 2L78A 3GULA 3SB8A 1CV6A 122LA 1L00A 1PQIA 1EPYA 183LA 1CU5A 3HH6A 4EKSA 1CVKA 1L59A 1OVHA 3DNAA 3HTFA 107LA 1P46A 1SWYA 1ZYTA 164LA 2OTYX 240LA 234LA 247LA 169LA 1P64A 2O79A 2B75A 114LA 1L06A 3DN6A 1JTNA 1L58A 1OYUA 1C6TA 235LA 1QTVA 2B70A 3C7ZA 2NTHA 157LA 3G3VA 1L03A 128LA 3C8SA 222LA 149LA 1DYEA 4EXMA 1DYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KW5A 1IY4A 1I20A 2C8PA 1LZ1A 3HH4A 1L13A 242LA 3OE9A 3TMXA 3HFMY 1B7SA 1UIHA 3PBLA 1LZRA 3AZ7A 2OTZX 1L98A 3P68A 4W51A 1LHIA 1LI3A 4GN3A 1J1OY 2HEAA 1W08A 2YBJA 118LA 1C6MA 1UIGA 1IOCA 1C6NA 1GBXA 1B0DA 3WPKA 5I4YA 1TBYA 2PC2A 1C69A 1OV7A 4DD9A 1CU3A 1GDWA 1LYIA 1OWYA 4DDAA 1L53A 1L41A 3GUOA 1LSYA 4NWEA 1L69A 1DYFA 3AGGG 3RUNA 3C7WA 1IEEA 1P7SA 2ANVA 4I7SA 4WG7A 1JIYA 3FE0A 4NSHA 1RCMA 1LW9A 1DQJC 5F14A 1LYJA 2H9JA 1CJ8A 1N4FA 2YBMA 1GF0A 1L68A 5B06A 4ZIXA 173LA 1LJ3A 1D0LA 1L38A 1CUPA 1L85A 3CSRA 1LZSA 5F9XA 4BADA 1HC0A 1OUCA 1DI5A 1B7LA 2O4WA 4NGZA 3HU9A 4DYGA 4YM8A 1LSFA 4OO9A 1IIZA 5F9UA 5LA5A 208LA 4J1BA 4HSFA 184LA 5C6IA 5LXWA 7LYZA 1LJ4A 1IP5A 4H9CA 3D3DA 3P4ZA 1LYFA 1UACY 1C6BA 1V7SA 4DQ5A 1CUQA 1CV5A 1L73A 5KXKA 4W59A 1DYBA 1NDGC 4NGIA 2ZNWY 140LA 177LA 3CDTA 4WL6A 1L27A 2Z37A 1LHLA 2F2QA 2A7FA 2MEEA 2Z6BA 4UWUA 1LZEA 1FDLY 2XBRA 1PZYA 4G9SA 2EKSC 3WH1A 1JKCA 193LA 4G4HA 4R0FA 4ANRA 1L93A 1L30A 1L99A 221LA 4GLVA 2H9KA 1OUJA 1LZBA 1IO5A 3N9EA 1IWUA 212LA 1IP6A 4MSTA 125LA 4B0DA 2W1XA 3V2YA 4LDOA 4R6CA 4RLMA 1C6LA 1LZ6A 1QTKA 250LA 3TMWA 150LA 2G4NA 1T8GA 1CKDA 1C63A 1GBSA 1WQQA 2RBPA 4GRVA 5FELA 134LA 2B74A 2D4KA 1LZAA 232LA 4I0CA 135LA 4LT2A 2Z2FA 246LA 1B5YA 1C6EA 2XJWA 1QUDA 3WULA 3W6DA 3FA0A 1L91A 1L97A 3D9AC 4DQJA 2LHMA 167LA 1IOTA 1VDPA 1OUEA 3G3AB 1IX0A 1GFGA 1XGRC 4WLXA 1WQOA 1PQMA 1PQKA 2F47A 4EKRA 1LYZA 3RZEA 4O34A 2HEDA 1QQYA 1QS5A 211LA 1GE1A 1L56A 5L3IA 1VDQA 4J1AA 102LA 1K28A 1LJJA 2QARC 138LA 1SSYA 1YL1X 2BQOA 4I7QA 4EOFA 1JSFA 2A7DA 3A6BY 1XEPA 3ODUA 161LA 1L07A 2I26L 3WVXA 1C46A 1FLQA 2B6XA 1P2RA 1LYDA 1QT6A 1C7PA 1L29A 3MGWA 2D4JA 1IWTA 2RB2X 227LA 1GB9A 4LDEA 3AZ5A 3C8QA 1B7MA 1GB3A 1LJGA 1BB6A 1L44A 1L96A 1GWDA 5KXTA 1AT6A 4PK0A 218LA 5B1GA 6LYTA 3WXUA 3LYMA 148LE 1QUHA 5IHGA 4G49A 1DKKA 1KIQC 3WW6A 1W6ZA 1XEKA 1LMOA 3CQLA 1LHKA 4II8A 4BS7A 1BHZA 5KKIA 2BQLA 3HTGA 1IY3A 4W57A 4W96A 1LMNA 1L90A 3ZVQB 206LA 1DYAA 1YILA 3OE0A 171LA 1GFVA 2OEAX 2YSSC 1XGUC 3ZVQA 1L02A 1LSGA 3WMKA 4UWNA 190LA 3SB9A 1SWZA 1L26A 2HEFA 4I7NA 2BQAA 187LA 3M18B 2LZTA 3LYZA 5KXLA 1GHLA 5APDA 1KIPC 1QT8A 1HMKA 1VDSA 1B7PA 1YL0X 1JTMA 4ZPUA 7LZMA 4HP0A 1G7MC 4LGKA 4LYZA 3OE6A 3TXBA 3WW5A 170LA 3L64A 4EJ4A 1UC0A 4H9BA 4ETDA 1G0PA 1JJ1A 1LHMA 1G7IC 110LA 1GF8A 1T6VL 1L83A 3CT0A 5DN5A 1G7HC 1LLHA 3SB8A 1FKQA 5I53A 2D4IA 1PQIA 4HV1A 1CU5A 4EKSA 4CJ2A 1GEVA 5B07A 1CVKA 1OVHA 4H93A 3HTFA 3AW6A 164LA 2HTXA 2OTYX 234LA 5FEKA 4J7VA 4RLNA 1HERA 2B75A 1NQIA 1L58A 1OYUA 1B5UA 2ZIKA 1QTVA 2C8OA 4DQ7A 1HSXA 2ZNXY 3CT5A 4GCDA 3LZTA 4UWVA 4N8ZA 1BWIA 4XJBA 5HQ1A 149LA 1LSZA 162LA 2BAAA 155LA 1FLWA 2HU3A 3GXKA 1LSAA 4AQNA 1KY0A 4DD7A 1L01A 1L39A 1L88A 1IWXA 4DDBA 1SX7A 3M3UA 1HF4A 2RBRA 229LA 3TXHA 260LA 1C6JA 1QSAA 1UIAA 1LWKA 1GF9A 2WARA 1B5WA 5LAGA 4H8YA 5KXOA 192LA 1C6KA 2LZ2A 1J1PY 1HEPA 3QAKA 198LA 1UCOA 1B5XA 2GV0A 4LYOA 4NHQA 2YBNA 5A3ZA 1JHLA 1MLCE 165LA 2YBIA 1B9OA 3HH3A 4WM1A 4IAPA 4W54A 5LINA 3DN8A 1KNIA 1TAYA 4H94A 5FHWA 1HMLA 1L54A 5KXWA 1LMQA 1TEWA 2D6BA 2RAYX 3HBEX 1D9UA 1OUBA 131LA 1AM7A 1L33A 3RNXA 1NF5A 1GF5A 1C6FA 1DPXA 5I4XA 236LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KW5 A;  1IY4 A;  1I20 A;  2C8P A;  1LZ1 A;  3HH4 A;  1L13 A;  242L A;  3OE9 A;  3TMX A;  3HFM Y;  1B7S A;  1UIH A;  3PBL A;  1LZR A;  3AZ7 A;  2OTZ X;  1L98 A;  3P68 A;  4W51 A;  1LHI A;  1LI3 A;  4GN3 A;  1J1O Y;  2HEA A;  1W08 A;  2YBJ A;  118L A;  1C6M A;  1UIG A;  1IOC A;  1C6N A;  1GBX A;  1B0D A;  3WPK A;  5I4Y A;  1TBY A;  2PC2 A;  1C69 A;  1OV7 A;  4DD9 A;  1CU3 A;  1GDW A;  1LYI A;  1OWY A;  4DDA A;  1L53 A;  1L41 A;  3GUO A;  1LSY A;  4NWE A;  1L69 A;  1DYF A;  3AGG G;  3RUN A;  3C7W A;  1IEE A;  1P7S A;  2ANV A;  4I7S A;  4WG7 A;  1JIY A;  3FE0 A;  4NSH A;  1RCM A;  1LW9 A;  1DQJ C;  5F14 A;  1LYJ A;  2H9J A;  1CJ8 A;  1N4F A;  2YBM A;  1GF0 A;  1L68 A;  5B06 A;  4ZIX A;  173L A;  1LJ3 A;  1D0L A;  1L38 A;  1CUP A;  1L85 A;  3CSR A;  1LZS A;  5F9X A;  4BAD A;  1HC0 A;  1OUC A;  1DI5 A;  1B7L A;  2O4W A;  4NGZ A;  3HU9 A;  4DYG A;  4YM8 A;  1LSF A;  4OO9 A;  1IIZ A;  5F9U A;  5LA5 A;  208L A;  4J1B A;  4HSF A;  184L A;  5C6I A;  5LXW A;  7LYZ A;  1LJ4 A;  1IP5 A;  4H9C A;  3D3D A; 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