222LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 222lA00
2RBQA 1LYFA 1QTVA 1L42A 206LA 1C6NA 1P2RA 1CU3A 4EJ4A 3HUAA 213LA 3L64A 4PK0A 3D4SA 2B7XA 1LYGA 232LA 4ARMB 1P37A 1L55A 189LA 1XJTA 1LYIA 1G07A 3CDOA 3FI5A 1LYHA 6LZMA 1L77A 4YX7C 3CDQA 115LA 248LA 4ARQB 4LDEA 1CV0A 119LA 1L94A 4E97A 4EPFA 1L00A 148LE 167LA 1QS9A 252LA 4I7LA 225LA 4S0WA 1L18A 197LA 1C6EA 3OE6A 1L51A 1L01A 1P64A 1D2YA 3DN3A 175LA 1C62A 2RB0X 255LA 1KS3A 1L29A 1LYEA 186LA 2LC9A 191LA 3C81A 4I7QA 1OVJA 1L41A 1XEPA 1L16A 4DKLA 128LA 2F2QA 107LA 214LA 2Q9DA 4EPIA 1C66A 209LA 4DAJA 4W58A 3C7YA 1L65A 2OTYX 1KNIA 1LPYA 1L61A 1PQJA 3NY8A 180LA 2IGCA 3V2YA 1L12A 1SX2A 1L20A 3FA0A 108LA 1C6HA 164LA 4W55A 4ARMA 3L2XA 240LA 1C6CA 1LGUA 1L09A 1L04A 3LZMA 1CX6A 1L85A 1QUDA 1JTNA 4I7JA 1T97A 4W56A 3SB6A 1SX7A 233LA 2B74A 3HH4A 3PDSA 3GUMA 4ARPA 4ARQA 200LA 2Z6BA 4W52A 1L0KA 1QSBA 2B70A 171LA 1L72A 1L08A 216LA 188LA 1L58A 1LGWA 1L27A 1T8FA 1CU5A 3HH5A 2OE7X 4W54A 2B6YA 1SWZA 4I7PA 1SSYA 3SB7A 1ZURA 1L90A 1JQUA 183LA 3NY9A 123LA 1DYBA 1L73A 1C6LA 3G3XA 1L81A 3HUQA 4W53A 1L89A 1P36A 1ZWNA 1L07A 2B6ZA 112LA 1L44A 2RAZX 1L52A 1L23A 234LA 3OE9A 1L76A 226LA 2NTHA 3RUNA 2QB0B 1C67A 228LA 1L36A 1L0JA 173LA 2OU0X 2B6WA 2O7AA 2RBRA 130LA 4YXAC 1L54A 227LA 3JR6A 2LCBA 4EXMA 1C6TA 3C7ZA 1DYDA 1L40A 3HT6A 185LA 3HT9A 169LA 1L46A 3HT7A 2B72A 3GUIA 1C65A 172LA 1L98A 4I7OA 3C83A 1WTHA 1CU6A 249LA 2RAYX 3CDVA 2HULA 3FADA 1LI3A 3C8SA 3HTBA 1L31A 1L88A 239LA 4I7NA 142LA 1CUQA 2O4WA 2LZMA 3DMZA 4W59A 250LA 177LA 1G1VA 1C6FA 1G1WA 1P56A 1L66A 178LA 1L62A 3HH6A 3DMVA 1L97A 3GUPA 221LA 1L24A 1D3FA 229LA 3GUJA 3GUNA 1QT3A 251LA 1OYUA 1QT8A 2HUMA 1DYEA 4EKRA 219LA 2B73A 170LA 1JTMA 4LDOA 1L71A 3HTGA 109LA 1D9WA 1T8AA 1SWYA 1L30A 1G0JA 241LA 168LA 1C6AA 1CTWA 1CV1A 1L06A 224LA 1PQMA 1QUGA 3HU8A 1L10A 3EMLA 3HUKA 192LA 198LA 1L64A 3DN1A 4ARLA 4I7RA 1L26A 1L93A 1G0QA 4EKPA 2F32A 4K5YA 156LA 1L60A 3C7WA 4I7MA 151LA 3SN6R 1CV4A 1C68A 1C69A 3DN6A 1LI2A 146LA 1C6MA 1QTBA 1L84A 2B6TA 1QUHA 145LA 201LA 1OVKA 212LA 2B6XA 1L21A 4W57A 1OV7A 3DKEX 1C6PA 149LA 1DYFA 157LA 3ODUA 195LA 1G0LA 1PQKA 3QAKA 246LA 259LA 3DN2A 220LA 3SBBC 1L86A 182LA 1C6QA 1L28A 245LA 1OV5A 2A4TA 236LA 150LA 131LA 1G0GA 2RB2X 1CV3A 1CUPA 1L43A 1P7SA 3HDEA 1C6JA 2OEAX 1L37A 262LA 3CDTA 210LA 2OE4X 1P3NA 1DYGA 147LA 161LA 1L05A 1L35A 1L68A 139LA 1QS5A 261LA 120LA 1QT7A 238LA 1CV5A 1L67A 1L80A 4LZMA 256LA 1L39A 3C82A 184LA 1L22A 165LA 1C6GA 2Q9EA 1QT4A 1C64A 3PBLA 190LA 242LA 1L48A 1QUOA 1QTZA 3DN8A 1L79A 1G0KA 3HTDA 1KY0A 181LA 1T8GA 1L11A 237LA 3DMXA 258LA 3C8QA 2OU9A 1LWKA 1KY1A 1CU0A 4IAPA 3OE0A 1D2WA 1XJUA 3GULA 3HT8A 1L59A 1L34A 2QARC 1QTDA 1OVHA 3F8VA 3OE8A 1C60A 103LA 1LYJA 118LA 3SB5A 3VW7A 1L75A 1PQIA 166LA 122LA 1L92A 1B6IA 1P6YA 196LA 1LI6A 3UONA 3SB8A 1C6BA 127LA 230LA 4AQNA 152LA 2RB1X 218LA 1ZYTA 247LA 1G0MA 174LA 1CV6A 1PQOA 2NTGA 1LLHA 2ANXA 2CUUA 1K28A 1C61A 1C6KA 4PJZA 1L83A 4EKQA 1OWZA 125LA 2B75A 102LA 160LA 3NYAA 1L15A 4GBRB 1L95A 1L99A 1L33A 2F47A 3C8RA 1QT5A 3HWLA 1C6DA 2RBSA 140LA 223LA 3HDFA 4YXCA 244LA 1L53A 243LA 1LYDA 1L02A 1D3JA 2L78A 1L19A 1P5CA 4EKSA 4ARJA 2O79A 215LA 138LA 4W51A 110LA 1L38A 3DN4A 1DYCA 222LA 3C80A 257LA 1G06A 253LA 5LZMA 1CVKA 137LA 4I7TA 2RBNA 4I7SA 1L49A 3F9LA 2ANVA 2OTZX 158LA 2HUKA 4GRVA 3SBAA 155LA 4ZPUA 3SB9A 1T6HA 126LA 1L96A 3K2RA 141LA 176LA 1CU2A 211LA 3HH3A 159LA 1L14A 1L56A 7LZMA 3DNAA 1L74A 3GUOA 1KW7A 1EPYA 1L17A 3G3VA 3DN0A 1P46A 199LA 5I14A 1SSWA 235LA 1L70A 1L63A 1CX7A 2OE9X 1D3NA 1L50A 1QTHA 2RH1A 113LA 1QTCA 1DYAA 3RZEA 1TLAA 114LA 1L91A 1G0PA 1L47A 1L69A 1L25A 162LA 104LA 1L82A 217LA 2RBOA 1QSQA 3CDRA 4OO9A 3G3WA 1L03A 143LA 1L32A 1LWGA 1NHBA 4DJHA 2OU8A 1OWYA 3GUKA 1LW9A 1C63A 1L57A 205LA 1P2LA 3HU9A 1L13A 4LDLA 1QT6A 260LA 1KW5A 1I6SA 4I7KA 163LA 1PQDA 144LA 1LGXA 3V2WA 1L87A 1L45A 3HTFA 1C6IA 111LA 129LA 1D3MA 187LA 231LA 2RBPA 254LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBQA 3RW8A 1A2YC 1P2RA 1BWJA 7LYZA 1CU3A 3HUAA 213LA 4DD0A 3L64A 4LYMA 3ULRA 1P37A 5LXWA 1GFJA 1LYIA 3TMVA 1BHZA 1UIGA 4G9SA 1FBIX 4YX7C 248LA 3A95A 148LE 167LA 1QQYA 4YEOA 225LA 1QUTA 197LA 1C6EA 1MELL 1JKDA 1L51A 1L01A 1D2YA 4PGJB 1LSYA 5I5QA 4RW2A 1KS3A 2BQAA 2LC9A 1JKCA 2LHMA 191LA 1NBYC 1TAYA 1OVJA 1LZGA 1IP6A 4WLTA 8LYZA 1CKHA 2Q9DA 5D5FA 209LA 1LOZA 1FKVA 4DD7A 1KNIA 1LPYA 1KIQC 1GF3A 2IGCA 3V2YA 1L12A 1SX2A 1L20A 1VDQA 108LA 1GBSA 1LSNA 1QUDA 3VWOA 2HTXA 2YBNA 1FKQA 233LA 1UACY 3GUMA 4ARPA 4DDAA 200LA 2Z6BA 2C8PA 1L0KA 1QSBA 1GF8A 171LA 1LHJA 1L08A 2YBHA 1G7JC 2XTHA 1L27A 4NHIA 3SB7A 1FLQA 1L90A 1DKKA 154LA 4H9CA 1DYBA 1LKSA 2MEFA 1ZWNA 1BB7A 1IR9A 2RAZX 1L44A 3GXKA 2DQHY 1RI8B 5LVJA 3CT0A 3G3AB 2QB0B 1ZVYB 2OU0X 1L0JA 173LA 1ZV5L 4ET9A 2B6WA 1IWWA 5KXNA 2D91A 3ZEKA 2LCBA 1C6TA 4Z3MA 1DYDA 169LA 1L46A 3B72A 3HT7A 1GBZA 4I7OA 3C83A 4WO9A 1LMAA 1QUSA 1F0WA 1IC5Y 1CU6A 1LZYA 2RAYX 3FADA 4H91A 1CUQA 4HTKA 1G1VA 1IR8A 5APEA 1REZA 1XGQC 4X3BA 3GUPA 221LA 1L24A 1G7IC 3AW6A 1XGUC 5DLAA 1UBZA 4NGWA 1LZ5A 1QT3A 5B1FA 1YAPA 251LA 1D0KA 1VDPA 2B73A 1JTMA 3B0KA 4HP0A 2BQDA 3HTGA 109LA 1D9WA 4WL6A 1BQLY 1G0JA 2BLYA 1C6AA 1CV1A 1XGPC 5J7CA 1QUGA 1JKBA 4XYYA 3F6ZA 4W94A 1HFYA 4LGKA 1BGIA 4PPOA 5I53A 1LMNA 3C7WA 2LYZA 5KXYA 1CV4A 4P2EA 4N1EI 193LA 3LZ2A 1QTBA 146LA 1C6MA 2MEIA 1L84A 1GB7A 1OVKA 4BS7A 1C46A 2YSSC 2B6XA 1XSFA 1IP7A 1GB9A 1JITA 1OV7A 3RT5X 1XGTC 1GFVA 1OUFA 1REYA 1LYOA 1G0LA 1LSDA 3QAKA 4E3UA 259LA 4TSCA 2MEAA 4OWAA 1LHHA 182LA 2A4TA 1HEMA 1L43A 1C6JA 3WVYA 1B7OA 1L37A 5F14A 4NSHA 1L80A 3B0OA 3TMWA 1C6GA 1JTTL 2HU3A 1KXWA 1DI3A 1OUEA 3W6BA 1L48A 1QTZA 3DN8A 3RZ4A 1G0KA 3A67Y 1VEDA 237LA 1WTMA 4ZFPA 1LSMA 1QTDA 1P2CC 4B4EA 5A3EA 1C60A 103LA 1L75A 4PHIA 1L92A 4NSGA 3OK0A 5FEKA 1LMPA 1C6BA 5F16A 4WLDA 2RB1X 1KXXA 1YQVY 1HNLA 4TTDA 3LYTA 5B05A 2ANXA 1WVVA 1K28A 1B5WA 4WLXA 2B75A 1L95A 1GB5A 3AZ6A 2F47A 4TWSA 1QT5A 3LYOA 5LA8A 3TXFA 1IWTA 1GE2A 5KXLA 2DQFC 1B7LA 1KIRC 243LA 3CQLA 3CSZA 3RU5A 1LCNA 1P5CA 3E3DA 4ARJA 4ZIXA 3AZ5A 215LA 1D0LA 3AJNA 3C80A 257LA 1GEVA 1W08A 1LZ8A 2RBNA 1GF9A 4KT3A 5KXPA 4PRQA 3FE0A 5L3IA 3AW7A 1UIAA 1T6HA 3K2RA 141LA 5LVKA 5C6IA 1CU2A 5LYMA 1L56A 1DKJA 3SP3A 1B7SA 1FDLY 1NWGA 1VFBC 1KW7A 2EKSC 2D6BA 3DN0A 1LSGA 1L63A 3W6FA 1CX7A 3LYZA 134LA 1D3NA 1L50A 1F6RA 1QTCA 1XEIA 4RLNA 114LA 5ILFA 1B7NA 1L25A 5KKJA 162LA 104LA 1QSQA 4OO9A 3G3WA 1HMKA 1L03A 1L32A 1LZ4A 1UIBA 1DI4A 1NHBA 1OWYA 1C63A 3WUMA 4N1CC 1FLYA 1LKRA 1C08C 163LA 1IWUA 1XEKA 4WG7A 3HBDA 1LZDA 1GFUA 1YAMA 1I56A 1D3MA 4HPEA 2RBPA 1GFTA 1L42A 2XJWA 1C6NA 3WU8A 4WL7A 4DDCA 1IOCA 3G3BB 2XBRA 3ZVQB 1LMTA 2F2NA 3A94A 4NSIA 1GB2A 4KXIA 4B4IA 3CDQA 4FDYA 1IY4A 1CV0A 119LA 2FYCA 1L94A 4E97A 1QS9A 252LA 1IOSA 2XQOA 1L18A 5DL9A 3TXIA 5FCPA 3WUAA 255LA 1L29A 1LYEA 1H87A 5APDA 2IFFY 2F30A 2H9JA 4WM4A 2ZYCA 1GAYA 2MEEA 3C81A 4GCEA 3CSRA 5LAFA 4DKLA 128LA 3BKHA 1LSAA 2N5ZA 4KL7A 4DAJA 1L65A 3ZVQA 1TEWA 2BQGA 1PQJA 3NY8A 3FA0A 1C6HA 164LA 1XEJA 1ZVHL 4Z46A 3L2XA 240LA 4NWEA 1CX6A 1L85A 2BQJA 4I7JA 1D6PA 4W56A 2B74A 1B5VA 3WYHA 4YENA 1LZBA 188LA 1T8FA 1CU5A 1YANA 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120LA 1CV5A 256LA 4GN4A 1HENA 4TX7A 1L39A 2EPEA 3C82A 2LYMA 2DQIY 3IWRA 4GLVA 4XADA 3B6LA 1J1PY 1IC4Y 1JPOA 3AZ7A 3HTDA 1KY0A 1JKAA 1GFEA 4CFOA 1IX0A 5KJ9A 1RFPA 1GB6A 1CU0A 1GF7A 1D2WA 5HQ1A 1C43A 3HT8A 2QARC 1L34A 1PZYA 2A7DA 4N8ZA 5II3A 1TBYA 2A7FA 118LA 3W6AA 4DD1A 1PQIA 122LA 4GCCA 3TXEA 1P6YA 4CHXA 1GF4A 4OWCA 3WU9A 2LYOA 152LA 218LA 2Z12A 4HV1A 3TXHA 1JWRA 3J4GA 1D6QA 1G0MA 1HSWA 1NKHA 2NTGA 2CUUA 1L83A 1OWZA 125LA 102LA 1IVMA 3NYAA 2DQDY 1L99A 1L33A 3HFMY 1F6SA 3HWLA 1WVUA 5DM9A 2RBSA 5KXMA 1LSBA 2DBTA 1L53A 1LYDA 2HEAA 1IR7A 1REXA 1L02A 1GF0A 4H94A 4XJHA 4EKSA 1GF5A 1YAOA 4W51A 1LYYA 4H8ZA 222LA 253LA 1HERA 1TDYA 3WW6A 3WU7A 1L49A 3F9LA 2BQIA 2I26L 155LA 3N9AA 4ZPUA 3SB9A 5C6LA 1UIFA 1MLCE 1BWHA 3KAMA 4NG1A 4WO6A 1LYSA 1NMMA 1IP1A 3G3VA 3LN2A 199LA 4H9FA 3IJUA 5T3FA 2RH1A 2Z2FA 2YBMA 2BQEA 2MEBA 113LA 4DYGA 4G4BA 3RZEA 4WLYA 1EQEA 1L47A 217LA 3CDRA 3A90A 207LA 4DT3A 2BQFA 205LA 1P2LA 3HU9A 1OUCA 4LDLA 260LA 1KW5A 4N0JA 1AZFA 1LSEA 144LA 5FDJA 2MEGA 4LT3A 1LSCA 187LA 3CDOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RBQ A;  3RW8 A;  1A2Y C;  1P2R A;  1BWJ A;  7LYZ A;  1CU3 A;  3HUA A;  213L A;  4DD0 A;  3L64 A;  4LYM A;  3ULR A;  1P37 A;  5LXW A;  1GFJ A;  1LYI A;  3TMV A;  1BHZ A;  1UIG A;  4G9S A;  1FBI X;  4YX7 C;  248L A;  3A95 A;  148L E;  167L A;  1QQY A;  4YEO A;  225L A;  1QUT A;  197L A;  1C6E A;  1MEL L;  1JKD A;  1L51 A;  1L01 A;  1D2Y A;  4PGJ B;  1LSY A;  5I5Q A;  4RW2 A;  1KS3 A;  2BQA A;  2LC9 A;  1JKC A;  2LHM A;  191L A;  1NBY C;  1TAY A;  1OVJ A;  1LZG A;  1IP6 A;  4WLT A;  8LYZ A;  1CKH A;  2Q9D A;  5D5F A;  209L A;  1LOZ A;  1FKV A;  4DD7 A;  1KNI A;  1LPY A;  1KIQ C;  1GF3 A;  2IGC A;  3V2Y A;  1L12 A;  1SX2 A;  1L20 A;  1VDQ A;  108L A;  1GBS A;  1LSN A;  1QUD A;  3VWO A;  2HTX A;  2YBN A;  1FKQ A;  233L A;  1UAC Y;  3GUM A;  4ARP A;  4DDA A;  200L A;  2Z6B A;  2C8P A;  1L0K A;  1QSB A;  1GF8 A;  171L A;  1LHJ A;  1L08 A;  2YBH A;  1G7J C;  2XTH A;  1L27 A;  4NHI A;  3SB7 A;  1FLQ A;  1L90 A;  1DKK A;  154L A;  4H9C A;  1DYB A;  1LKS A;  2MEF A;  1ZWN A;  1BB7 A;  1IR9 A;  2RAZ X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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