222LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 222lA00
1L69A 170LA 4K5YA 1LYIA 3GUIA 123LA 1L63A 1L56A 1CUQA 259LA 1D3JA 1G0PA 1L58A 103LA 225LA 1L51A 1G0KA 3C8SA 3HTBA 251LA 107LA 176LA 1DYBA 1P2RA 1L11A 1L89A 3GULA 248LA 183LA 2OU9A 1QUHA 1L80A 1T97A 1L05A 2B72A 1L83A 4YX7C 1L44A 1CU0A 1XJTA 1L09A 1OVKA 3G3VA 2Z6BA 4ZPUA 1L61A 4S0WA 1C66A 3CDTA 1QTZA 2B70A 3SN6R 4DKLA 185LA 1G07A 214LA 1SWZA 147LA 1L87A 4I7LA 2OTYX 1LWGA 3GUOA 4W51A 160LA 3DKEX 4I7JA 3HT6A 1P2LA 4I7QA 1D2YA 1L46A 3C80A 3DN3A 4EKPA 227LA 2B6ZA 3HWLA 142LA 1CX6A 4ARLA 3SB6A 4I7TA 4YXCA 1L23A 1L65A 2B6XA 196LA 1QT8A 3PBLA 148LE 1L86A 1L62A 1L37A 122LA 1D9WA 4EKRA 1L59A 4I7KA 3CDVA 3OE6A 1QSBA 2HUKA 3JR6A 3HTFA 155LA 1KNIA 1L85A 120LA 1C6HA 1L35A 3VW7A 1C6QA 1L40A 1LYHA 3L64A 1C6CA 2L78A 137LA 1WTHA 1C6DA 213LA 118LA 3C7WA 3DMVA 1CU2A 7LZMA 4I7MA 6LZMA 230LA 1L41A 1P37A 1LGWA 4ARQA 240LA 2OU8A 2F32A 1L55A 1C6FA 3C7ZA 4W52A 4DAJA 3CDQA 188LA 3FADA 1T8FA 172LA 1D2WA 1L72A 2LCBA 1L04A 141LA 218LA 199LA 2B74A 1C64A 1DYGA 3DN6A 1L47A 1DYDA 1L12A 143LA 151LA 3HUKA 1OV7A 140LA 4W54A 1P46A 215LA 128LA 1QSQA 187LA 3HH6A 168LA 1LW9A 1QT3A 1L74A 1L42A 2OU0X 127LA 2RH1A 237LA 2QARC 244LA 110LA 1C63A 3GUJA 2HULA 1L93A 114LA 186LA 1DYFA 238LA 1SWYA 3V2YA 3HDFA 1L18A 189LA 1KS3A 1QS9A 2OEAX 3QAKA 1L48A 1L90A 182LA 1L99A 245LA 201LA 228LA 1LI2A 115LA 1SX2A 1G1WA 1L91A 233LA 1JTNA 3DN8A 3G3XA 1L20A 1D3MA 2Q9DA 2ANVA 1L67A 175LA 1QT5A 4ARMA 2B75A 1CU5A 1QTDA 3DMXA 1LGXA 1OV5A 1L73A 1L16A 2LZMA 1CV5A 1QTVA 4I7RA 1T6HA 1L29A 1PQKA 1D3FA 2ANXA 4I7NA 234LA 3C83A 1L45A 1C6GA 166LA 1L94A 3NY9A 162LA 150LA 246LA 1L14A 1LYJA 1NHBA 1C69A 2RBNA 1QUGA 1CU6A 1L88A 2OE7X 174LA 3C7YA 4EPIA 1C6IA 1QT6A 2OTZX 152LA 3SB9A 139LA 3HH4A 2B6YA 4W56A 195LA 1C6NA 164LA 1L39A 3CDOA 247LA 3RZEA 3SB7A 3HU9A 1L32A 145LA 3HT8A 131LA 3LZMA 3DMZA 3ODUA 3RUNA 1LYEA 226LA 1L00A 205LA 200LA 2Q9EA 220LA 4E97A 1L01A 1C6KA 190LA 1L97A 1PQMA 2B6WA 4GBRB 4IAPA 1CTWA 3HT9A 1JTMA 3DN4A 109LA 3DNAA 221LA 1L17A 257LA 4OO9A 1KW7A 4GRVA 4PK0A 2B6TA 239LA 1L34A 222LA 1LI3A 1L0JA 1L07A 1DYAA 1P7SA 1C68A 3HUQA 1L50A 1LI6A 1PQIA 2RBRA 125LA 1LPYA 3SB8A 113LA 1L79A 2B7XA 1L92A 1P64A 3F8VA 108LA 1L0KA 1L82A 3HH3A 1K28A 1CV3A 3HTDA 241LA 1L53A 1PQJA 3GUNA 1ZURA 1I6SA 3GUPA 1CV4A 3SBAA 210LA 1C6BA 2RBQA 2RB0X 3L2XA 4EKSA 156LA 3DN2A 1ZWNA 1L43A 2O7AA 3V2WA 1C6MA 1B6IA 3NY8A 4ARMB 224LA 4I7PA 255LA 1L30A 1L95A 1CV0A 1P5CA 1QUDA 4PJZA 4W55A 2OE4X 3SBBC 1G0QA 1L21A 1L60A 2O4WA 1L22A 1L52A 232LA 3HDEA 2QB0B 3PDSA 181LA 219LA 1C6EA 3D4SA 159LA 138LA 1C67A 3GUMA 1EPYA 3DN1A 1OWYA 1T8AA 4W53A 112LA 167LA 4ARPA 235LA 3GUKA 1L70A 3F9LA 4AQNA 1L38A 1G0LA 1XEPA 149LA 1P6YA 3DN0A 1L76A 1CX7A 1L24A 3OE0A 3HTGA 2OE9X 254LA 3OE8A 1D3NA 1L19A 1L25A 1XJUA 1C60A 1P36A 1C62A 1L64A 1L15A 1SX7A 1L68A 2RAYX 3C81A 2F47A 1LGUA 1LWKA 1L75A 191LA 1LYFA 242LA 144LA 250LA 223LA 3HH5A 3C8RA 256LA 178LA 1C6JA 1P3NA 3G3WA 252LA 2HUMA 4EPFA 2F2QA 4LZMA 1CV1A 3FI5A 1L77A 169LA 2O79A 3UONA 216LA 3EMLA 1ZYTA 2RB2X 1G0JA 231LA 4EKQA 211LA 4ARQB 1DYEA 4EXMA 258LA 1L57A 3FA0A 104LA 4LDLA 3HU8A 1QTHA 1L31A 3OE9A 1L26A 1C6TA 1G06A 2RBOA 1TLAA 1L27A 119LA 126LA 1SSYA 253LA 146LA 177LA 1L98A 1KY0A 1G0GA 157LA 163LA 1C6AA 2RBSA 1CVKA 4LDOA 197LA 1G0MA 1CU3A 1KY1A 111LA 1L28A 3K2RA 1DYCA 161LA 1QUOA 1T8GA 1L08A 1JQUA 1L33A 209LA 3HUAA 2B73A 2RBPA 2LC9A 3SB5A 165LA 184LA 1CV6A 2IGCA 192LA 1SSWA 3CDRA 1C6PA 4I7OA 3C8QA 2RB1X 5LZMA 1C6LA 1OWZA 217LA 1QS5A 1L03A 1QT4A 102LA 2RAZX 1OVHA 1C61A 1LLHA 1L66A 229LA 236LA 1L10A 1OYUA 1LYDA 1CUPA 212LA 1L13A 173LA 261LA 1LYGA 3NYAA 4W58A 4W57A 1L84A 262LA 1P56A 260LA 180LA 171LA 2NTGA 1QTCA 2A4TA 4I7SA 206LA 1L71A 3C82A 1L02A 198LA 1L81A 1QTBA 4LDEA 4DJHA 1QT7A 5I14A 2NTHA 1L36A 4EJ4A 130LA 1L49A 1L06A 1L96A 1C65A 1G1VA 158LA 4W59A 4ARJA 129LA 1L54A 4YXAC 1KW5A 1PQOA 3HT7A 249LA 2CUUA 243LA 1OVJA 1PQDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1F0WA 4ZFPA 4LT2A 4KXIA 4N1EI 4WL6A 1L56A 4WM5A 1KXWA 1L51A 1GF3A 3HTBA 4MR1A 5DM9A 1GDXA 5B59A 1CKCA 183LA 2EIZC 1QUHA 1L80A 1T97A 5C6IA 1F6SA 1LZDA 2GV0A 4HJYA 2Z6BA 4HTQA 3W6CA 4GCFA 1C66A 1C46A 2B70A 1LMAA 4OWHA 1QTEA 1G07A 4G49A 1SWZA 147LA 2XBSA 3GUOA 4H9EA 1LMTA 3WPJA 1WVUA 1P2LA 4I7QA 3W6BA 1QSWA 5FHWA 1HMKA 3WULA 142LA 4KT3A 3J4GA 4I7TA 1LMCA 2B6XA 1JUGA 4N8ZA 1GB9A 1GE4A 1L85A 4GCBA 2L78A 4GLAA 213LA 4ANRA 118LA 4U3XB 2BPUA 4LFXA 4PPOA 1IR7A 1IOSA 3F6ZA 5LXWA 1XGQC 3FADA 2Z38A 4OWBA 4O34A 5LVHA 1YIKA 6LYZA 199LA 1C64A 1L47A 5KKIA 3BKHA 215LA 128LA 1TAYA 3A91A 3ATNA 1LMPA 5KXKA 1QT3A 1L74A 3LZ2A 3BKVA 2XJWA 1LSZA 5IELA 154LA 2MECA 1GEVA 4XJDA 237LA 244LA 1PS5A 2H5ZA 5DN5A 1C63A 1BB6A 1OUDA 3GUJA 4B4JA 1D6QA 1IX0A 5KKJA 1VEDA 1QDTA 1H6MA 4DQ5A 1SWYA 1WQPA 3T6UA 1B5UA 1KS3A 1H87A 1QSAA 3QAKA 1RFPA 1L90A 182LA 1LZSA 4H9AA 1LI2A 5DLAA 1G1WA 1L91A 5IDDA 1JTNA 1GF0A 1CNSA 1OV5A 1L16A 4NSHA 1QTVA 4BADA 1PQKA 4B4IA 2ANXA 1CJ9A 1Z55A 4LYZA 162LA 150LA 246LA 3B0OA 4CJ2A 2F30A 5LA8A 1JJ3A 3IJUA 3AB6A 1VATA 1SLYA 1YANA 2RBNA 4P2EA 4TSBA 5F9XA 1JKAA 1CU6A 2A7DA 2OE7X 1C6IA 1HC0A 152LA 4J1BA 1LZRA 2W1MA 2B6YA 4HTNA 3B6LA 1JWRA 3HT8A 3ODUA 1LYEA 1L00A 205LA 1EL1A 2Q9EA 1IY3A 4OWEA 1WQMA 4E97A 194LA 1HEWA 190LA 5ILCA 1L97A 2B6WA 4GBRB 1CTWA 4LYMA 3DN4A 1GBZA 221LA 4DDCA 1KW7A 3WUNA 1BQLY 1LI3A 4LGKA 4ZIXA 1C68A 1GXXA 3HFMY 4DD7A 1YAQA 5F14A 2HU1A 4DQJA 1P64A 3F8VA 3LYTA 1JKDA 1WQOA 2YDGA 1GE3A 1L0KA 1CV3A 3QE8A 1IY4A 1QQYA 2DQJY 241LA 1PQJA 1ZURA 4NHIA 3WMKA 4XJHA 3W6EA 2RB0X 4EKSA 156LA 4OOTA 2IHLA 1LJ3A 1V7TA 2BQJA 2O7AA 5I54A 1B6IA 4ARMB 224LA 1LTMA 4I7PA 1L30A 1ZVYB 1CV0A 4PJZA 5K7OA 3SBBC 4IASA 1OUHA 1IP2A 1L60A 2O4WA 3AZ4A 3ZVQB 1GF5A 1IWUA 2XQOA 1C6EA 1GFEA 3D4SA 5I4YA 1IORA 159LA 1B5WA 4G4BA 1EPYA 2MEFA 3TXBA 3TMUA 1L38A 1UUZC 3A3RX 3OE8A 1RCMA 1D3NA 4EMNA 5APCA 1C60A 4RW2A 1C62A 1SX7A 2VB1A 5I5QA 4H93A 1BWHA 1HELA 1LWKA 4RDSA 1WQNA 1L75A 1GFKA 1XGUC 223LA 4DYGA 2G4PA 1LJFA 5B07A 1JJ0A 1NQIA 2BQCA 252LA 1CV1A 3FI5A 1DI4A 1GF7A 1GFHA 2DQHY 3FE0A 4NGLA 231LA 1LZYA 4WG1A 1G7IC 2BLYA 1EQEA 4M4OA 4NHPA 4XN6A 4LDLA 3HU8A 2BQHA 1IWVA 3OE9A 1HSXA 1LHJA 5B1GA 1L27A 119LA 1OQMA 1BB3A 1G0GA 4HPEA 1LJIA 4PRQA 4B1AA 1ZV5L 1G0MA 1B7MA 1LSNA 1CU3A 1KY1A 4B49A 3CQLA 3P64A 4NSIA 1L33A 3HUAA 1IP4A 4I0CA 165LA 1SSWA 3AW6A 3C8QA 4HTKA 3TXDA 1VAUA 2RB1X 1QS5A 4WG7A 1QT4A 102LA 4UWVA 1GF8A 1LLHA 2NWDX 1GBWA 2MEBA 1OYUA 1DPXA 1VDSA 1L13A 2BQKA 1TBYA 4PGJB 4W57A 2DQGY 1P56A 171LA 1LZNA 206LA 2EKSC 4DWXA 5L3HA 198LA 2H9JA 3ATOA 2HEAA 4DD0A 5I14A 4X3BA 4H91A 5B05A 1L49A 1LZ5A 1WTMA 1G1VA 5J7CA 129LA 1PQOA 249LA 3A6CY 1OVJA 4DD9A 3QY4A 1IR8A 170LA 134LA 1LSDA 3WXTA 5A3EA 259LA 1L58A 103LA 225LA 1G0KA 1AT6A 1DYBA 1UIFA 1L11A 1IWTA 248LA 1CKHA 5FCPA 1L05A 2B72A 1L83A 1IWWA 1XJTA 5LINA 1OVKA 4AXTA 2YBMA 1JSFA 3G3VA 6LYTA 5KXLA 4B4EA 2G4NA 3A3QA 3ZVQA 4DD1A 1QTZA 3W6DA 4DT3A 2HEEA 1LSFA 214LA 1L87A 1LWGA 1CJ8A 1LHMA 3DKEX 4I7JA 4HJVA 3C80A 3DN3A 227LA 4QGZA 8LYZA 3AGHA 2ZYCA 3KAMA 4WM1A 2Z12A 1FN5A 3LYOA 1LZTA 1UIAA 1QT8A 5FSTA 1D9UA 2MEEA 2HUKA 1CJ7A 5L3IA 3JR6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1F0W A;  4ZFP A;  4LT2 A;  4KXI A;  4N1E I;  4WL6 A;  1L56 A;  4WM5 A;  1KXW A;  1L51 A;  1GF3 A;  3HTB A;  4MR1 A;  5DM9 A;  1GDX A;  5B59 A;  1CKC A;  183L A;  2EIZ C;  1QUH A;  1L80 A;  1T97 A;  5C6I A;  1F6S A;  1LZD A;  2GV0 A;  4HJY A;  2Z6B A;  4HTQ A;  3W6C A;  4GCF A;  1C66 A;  1C46 A;  2B70 A;  1LMA A;  4OWH A;  1QTE A;  1G07 A;  4G49 A;  1SWZ A;  147L A;  2XBS A;  3GUO A;  4H9E A;  1LMT A;  3WPJ A;  1WVU A;  1P2L A;  4I7Q A;  3W6B A;  1QSW A;  5FHW A;  1HMK A;  3WUL A;  142L A;  4KT3 A;  3J4G A;  4I7T A;  1LMC A;  2B6X A;  1JUG A;  4N8Z A;  1GB9 A;  1GE4 A;  1L85 A;  4GCB A;  2L78 A;  4GLA A;  213L A;  4ANR A;  118L A;  4U3X B;  2BPU A;  4LFX A;  4PPO A;  1IR7 A;  1IOS A;  3F6Z A;  5LXW A;  1XGQ C;  3FAD A;  2Z38 A;  4OWB A;  4O34 A;  5LVH A;  1YIK A;  6LYZ A;  199L A;  1C64 A;  1L47 A;  5KKI A;  3BKH A;  215L A;  128L A;  1TAY A;  3A91 A;  3ATN A;  1LMP A;  5KXK A;  1QT3 A;  1L74 A;  3LZ2 A;  3BKV A;  2XJW A;  1LSZ A;  5IEL A;  154L A;  2MEC A;  1GEV A;  4XJD A;  237L A;  244L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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