223LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 223lA00
140LA 1LYDA 1QTHA 3GUNA 228LA 249LA 1PQIA 1L67A 1KY0A 2B72A 130LA 3HUAA 3QAKA 183LA 4I7SA 1G0KA 1QTDA 4W53A 103LA 1OVHA 1CV1A 1D2WA 3DMXA 7LZMA 1L08A 1L27A 1L15A 2OTYX 2B75A 1ZYTA 111LA 3SBAA 1L30A 123LA 1QT7A 3CDTA 4I7KA 1G0PA 3L64A 3OE9A 1C6KA 234LA 2QARC 252LA 1L45A 1C6QA 176LA 2F47A 1P2RA 3HDFA 3DMZA 1L83A 1QTVA 1C6JA 4EKPA 169LA 1QTBA 3HTFA 3OE0A 1L43A 3DN4A 2OE7X 1C60A 243LA 1PQMA 4ARQA 2OEAX 206LA 4K5YA 1KS3A 1OVKA 152LA 3G3XA 4EJ4A 255LA 186LA 1KY1A 3HH4A 3HU9A 1L18A 1ZURA 1L0JA 4I7PA 1L28A 1L41A 1CX7A 4W52A 2Q9DA 250LA 1PQJA 145LA 3K2RA 3HWLA 122LA 1L52A 1L39A 1QUHA 2ANXA 1DYFA 1C67A 1L19A 2B70A 4ARPA 1L53A 3FADA 2OE9X 1C61A 230LA 3C82A 2OU8A 167LA 2B73A 1L07A 1OWZA 1LYEA 196LA 254LA 185LA 1L73A 3SBBC 1LWGA 1L01A 120LA 2QB0B 3F9LA 1I6SA 1P46A 199LA 1G07A 214LA 1OV5A 3RUNA 1D3NA 2RBOA 173LA 3HTDA 3C7YA 1L69A 1L00A 1L46A 138LA 247LA 3HH5A 2O7AA 148LE 211LA 171LA 239LA 1SX7A 1KNIA 1QT5A 1OV7A 1QUDA 1T8FA 4YXCA 127LA 1L10A 4GRVA 1QUGA 1K28A 1QSBA 231LA 242LA 1L12A 188LA 4ARJA 3HT7A 4I7LA 1CV5A 3FA0A 3C7ZA 1C63A 2HULA 1CU6A 159LA 1LYHA 1L05A 1L24A 2Q9EA 4I7NA 4LDEA 1D2YA 1L71A 3FI5A 115LA 1XEPA 3ODUA 174LA 205LA 3C8RA 2B6WA 3C7WA 2ANVA 146LA 1L90A 2OU0X 1DYDA 1CU0A 3DN6A 4W51A 4EKSA 5LZMA 3HH6A 1LI6A 3SB5A 1T97A 1C6MA 1LWKA 3HUQA 1G0MA 1QT8A 238LA 244LA 1L40A 107LA 3CDRA 3DKEX 1QT4A 195LA 1L50A 137LA 1L36A 1L25A 256LA 248LA 131LA 142LA 1D9WA 1L76A 1L85A 162LA 1L94A 1G0GA 1LYIA 221LA 1P2LA 2A4TA 2RAZX 1L93A 178LA 1SSYA 1L26A 225LA 3L2XA 245LA 3OE6A 1SX2A 1QT3A 1L86A 4IAPA 1G1VA 1G0JA 113LA 3HT8A 1CUQA 201LA 1L88A 253LA 4W59A 2B6TA 168LA 3GULA 3LZMA 150LA 2RBNA 1L14A 1L22A 3UONA 1D3MA 1XJUA 109LA 200LA 139LA 3V2YA 2RH1A 3GUOA 3V2WA 1LI2A 233LA 3VW7A 229LA 1L72A 4GBRB 4I7MA 1OYUA 3C8QA 218LA 2RBSA 149LA 3DN8A 160LA 2F2QA 1L61A 3GUIA 3G3VA 1L09A 4ARMB 182LA 4EPFA 144LA 1PQDA 3DN0A 1P6YA 4YX7C 1QS9A 1L47A 1L55A 3OE8A 4DJHA 1CV3A 1LGXA 3GUKA 1DYEA 1P37A 189LA 1L70A 1L92A 2L78A 1L80A 1L56A 2LC9A 1L20A 4DKLA 1L58A 3GUPA 1D3JA 119LA 1KW7A 240LA 1LI3A 3PBLA 251LA 2LZMA 4I7RA 190LA 215LA 3GUMA 3C81A 1L48A 1QS5A 1QTZA 3DN2A 1DYAA 1C6PA 1LYGA 210LA 232LA 1L16A 1C65A 3DN1A 1L89A 3C8SA 4LDOA 1QSQA 1L81A 1L82A 226LA 1B6IA 1SWZA 3RZEA 2NTHA 2RBPA 4W54A 1L06A 4EKQA 3HU8A 3SB6A 1L44A 1C6TA 3GUJA 1L77A 3SB8A 1L59A 1L21A 3DNAA 2HUMA 1CUPA 158LA 192LA 1C6GA 1TLAA 4LZMA 1SWYA 2Z6BA 1L99A 259LA 1L02A 261LA 3SN6R 170LA 4ARLA 166LA 217LA 1L33A 2NTGA 4S0WA 198LA 110LA 1L37A 126LA 1EPYA 1L42A 260LA 172LA 1P64A 2LCBA 1CVKA 4I7QA 114LA 1P7SA 2OE4X 1P36A 1G06A 3D4SA 1XJTA 1L32A 1L35A 1C6BA 237LA 1ZWNA 1G0LA 1DYCA 220LA 1L57A 1QUOA 3HUKA 212LA 1L31A 1KW5A 1PQOA 1PQKA 1C6LA 3HTBA 1L34A 2IGCA 4ARMA 1L91A 1CV0A 1L96A 1L38A 2RBRA 4ZPUA 3SB9A 175LA 1L54A 3HT6A 1L87A 180LA 222LA 4W58A 4EXMA 1L66A 1P5CA 163LA 1CU5A 1WTHA 1C64A 187LA 2RAYX 4DAJA 1C6AA 1LW9A 1QT6A 1L49A 2RBQA 1G0QA 3DN3A 1C6IA 2RB0X 112LA 1LYJA 1L97A 235LA 4PK0A 5I14A 1L68A 4OO9A 3HTGA 223LA 1T8GA 104LA 129LA 3HDEA 125LA 224LA 227LA 1CV6A 1NHBA 1LPYA 1L29A 4W57A 2OTZX 1DYBA 2F32A 156LA 1L75A 147LA 1SSWA 1L79A 1C62A 1L13A 1C6HA 246LA 1L51A 236LA 1OWYA 1CU2A 1G1WA 3SB7A 2HUKA 3CDOA 4AQNA 1T6HA 4I7TA 3NY8A 102LA 2O4WA 4EKRA 184LA 6LZMA 241LA 155LA 1L65A 216LA 4E97A 1L84A 2RB2X 4EPIA 257LA 164LA 1LLHA 2B74A 165LA 1L03A 209LA 3DMVA 2B6XA 4W55A 1C6EA 3CDVA 1OVJA 2RB1X 3F8VA 181LA 1L17A 3PDSA 1C69A 197LA 1L63A 118LA 1JTMA 3C83A 1L64A 1CV4A 2B7XA 1L95A 161LA 1L04A 3EMLA 1DYGA 1LYFA 4I7JA 4I7OA 1L74A 4PJZA 1L0KA 1C6FA 3G3WA 157LA 1D3FA 128LA 1L11A 1QTCA 2CUUA 4LDLA 4ARQB 3CDQA 1L62A 3HH3A 1T8AA 1C6DA 108LA 1CX6A 2O79A 3NY9A 191LA 1P3NA 2OU9A 1JQUA 141LA 1CU3A 2B6ZA 151LA 1LGUA 3JR6A 1P56A 219LA 262LA 213LA 2B6YA 1L98A 1L23A 4W56A 3NYAA 1C6CA 1C6NA 1LGWA 3HT9A 4YXAC 1C66A 143LA 1JTNA 1L60A 1CTWA 177LA 3C80A 258LA 1C68A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYDA 1QTHA 3GUNA 1L67A 1EL1A 1DPXA 183LA 4YM8A 2DKVA 5KY1A 3RNXA 5LA5A 1LZYA 1CV1A 1L08A 1PZYA 1IIZA 3AYQA 1L30A 1GXV2 1QT7A 1G0PA 2YBNA 5LVGA 5B06A 3OE9A 234LA 1LTMA 3QY4A 1HERA 1VATA 3G3BB 1FLUA 1CNSA 3IJUA 5E4PA 1GDWA 2MEBA 206LA 7LYZA 5FDJA 1OVKA 1UCOA 4EJ4A 186LA 3HU9A 1ZURA 1BWJA 3P65A 3K2RA 3HWLA 2ANXA 1FBIX 2Z19A 2B70A 1XGTC 4RW1A 1FDLY 230LA 3C82A 3EXDA 2OU8A 2B73A 1UBZA 1IP3A 254LA 5I4YA 5LAGA 185LA 3SBBC 2HECA 1LWGA 3WU8A 2QB0B 3F9LA 3D9AC 1DKJA 2YBLA 3ATNA 199LA 1IWVA 1OV5A 1D3NA 173LA 1GFTA 4NWEA 3C7YA 4DQ5A 247LA 4NGVA 148LE 211LA 1GFGA 1QUDA 1L10A 1JKAA 1TDYA 2YVBA 4GRVA 3FI7A 1QSBA 4OWHA 1GE4A 231LA 4G49A 2MEIA 4MSTA 1NDGC 1HMLA 2HULA 1CU6A 159LA 1LYHA 4LDEA 1L71A 3FI5A 5APCA 4WLTA 3ODUA 205LA 3C8RA 1L90A 2OU0X 1DYDA 1YANA 1LZGA 1GB7A 3HH6A 1CJ6A 4XJBA 4ET9A 3HUQA 3W6EA 1FN5A 107LA 1IR9A 1BVKC 195LA 4NHIA 5KKJA 3LHMA 1L25A 256LA 1B5XA 3CT5A 1L85A 2YBHA 2RAZX 1L93A 178LA 4PPOA 3QNGA 225LA 1WQNA 3OE6A 1SX2A 1QT3A 4J1AA 1OUEA 4WM4A 4OOTA 1DI3A 5AMYA 4XN6A 1HELA 253LA 4WOAA 4W59A 2B6TA 2NWDX 168LA 2RBNA 5KXZA 1XEJA 4ZEEA 1GWDA 139LA 1AKIA 2RH1A 1IP2A 233LA 229LA 5F81A 2BLYA 4U3XB 1YROA 4DT3A 1OYUA 4DD3A 5KXPA 1L09A 4EPFA 1GF0A 2EQLA 1L55A 3AW7A 5L9JA 1L92A 1L56A 2LC9A 1DZBX 4HTKA 2LYOA 1NBZC 4N1CC 3N9CA 4DDAA 215LA 4L41A 3WYHA 1LAAA 1UA6Y 1OUJA 3WPJA 1L89A 1ALCA 1D0MA 1QSAA 1GB9A 226LA 3RZEA 3WVYA 5L3HA 4ZFPA 2RBPA 4OW1A 1C6TA 1B7LA 1GHLA 2HUMA 1CUPA 5ILCA 1SWYA 2Z6BA 1GFJA 1L02A 1FLQA 3SN6R 4S0WA 4C5FA 2G4PA 4R6CA 5D5CA 4ANRA 1JPOA 5HMJA 4NSGA 114LA 1P7SA 1IX0A 1P36A 1REZA 3D4SA 1L32A 1UACY 1L35A 4KL7A 1UIDA 3AJNA 1JKCA 1ZWNA 1L57A 1IOCA 1NHEA 3A34A 4XJIA 1LZBA 1KW5A 3HTBA 1GFKA 2ZQ4A 2MEEA 1CKFA 1L91A 3WUAA 1L38A 1L54A 3HT6A 4X3BA 2BLXA 1P5CA 163LA 1CU5A 3OK0A 1C6AA 1LW9A 4N1EI 4XJGA 4HTNA 4B1AA 1XEIA 1LMCA 3HTGA 2DQFC 4LYCA 227LA 1CV6A 1IEEA 1LPYA 156LA 1SSWA 3HBDA 4H9EA 4GCFA 4DD7A 3ZVQA 1C6HA 5B59A 1G1WA 5F9UA 5FSTA 5HLLA 4I7TA 5HNLA 2YBMA 6LZMA 155LA 1L65A 3TMUA 2ZWBA 1AT5A 1LKSA 257LA 1B7PA 1WVVA 1LLHA 2B74A 4UWUA 3W6AA 1P2CC 165LA 1UIHA 209LA 3TXJA 4TUNA 2B6XA 4KT3A 4WM1A 4M4OA 3A91A 4NIJA 1E8LA 1QTKA 4IATA 5EBHA 3W6FA 1GDXA 1QIOA 118LA 2B7XA 1CV4A 4H9BA 1LYFA 2IFFY 4GCEA 4P2EA 3WPLA 5T3FA 5DN5A 1HC0A 2Z39A 1LSEA 1L11A 1QTCA 4BS7A 4TTDA 1LHIA 2YDGA 1QDTA 1IWWA 1NMMA 2OU9A 3RW8A 1OUHA 4EMNA 4RDSA 1JQUA 4J0LA 1YAOA 4W94A 1EQ5A 4NHPA 1BWHA 1A2YC 219LA 262LA 1B5ZA 1DKKA 4ETCA 5LA8A 1C6CA 1LGWA 4YXAC 4O34A 1CKGA 258LA 1C68A 140LA 2F4GA 228LA 1PQIA 3RU5A 1XGUC 2H5ZA 1LZ5A 3QAKA 4I7SA 1GBWA 1G0KA 1QTDA 4ML7A 4W53A 103LA 1ZMYL 4HV2A 1IOQA 4GCDA 1VDTA 3A96A 1D2WA 1GFEA 1L27A 1IP7A 1LJEA 1IOTA 1L15A 2B75A 1NF5A 3SBAA 1B7MA 1O23A 1LZTA 2CJLA 1C10A 3HBEX 1L45A 4LZTA 4HJYA 1L83A 1D9UA 2YBJA 3FE0A 2BQJA 3TXDA 1GE3A 1W08A 2BQKA 4OWEA 3HTFA 1L43A 1HMKA 1GEZA 1C60A 4G4HA 1RI8B 1JHLA 4C3WA 4K5YA 2ZYCA 4CGEA 1LZ1A 255LA 1KY1A 3LYMA 1L0JA 4M6DA 3GXKA 3B6LA 1B7SA 1C67A 3BKVA 1YAPA 1LSYA 1C61A 1LZ9A 3EMSA 2YBIA 196LA 3RT5X 1OUAA 4GN3A 1QTEA 1NBYC 2BQDA 1B7RA 1L69A 1L46A 138LA 239LA 1GE0A 1OV7A 2I26L 1GB2A 5FEKA 4YXCA 2HEAA 2DQJY 2HEEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LYD A;  1QTH A;  3GUN A;  1L67 A;  1EL1 A;  1DPX A;  183L A;  4YM8 A;  2DKV A;  5KY1 A;  3RNX A;  5LA5 A;  1LZY A;  1CV1 A;  1L08 A;  1PZY A;  1IIZ A;  3AYQ A;  1L30 A;  1GXV 2;  1QT7 A;  1G0P A;  2YBN A;  5LVG A;  5B06 A;  3OE9 A;  234L A;  1LTM A;  3QY4 A;  1HER A;  1VAT A;  3G3B B;  1FLU A;  1CNS A;  3IJU A;  5E4P A;  1GDW A;  2MEB A;  206L A;  7LYZ A;  5FDJ A;  1OVK A;  1UCO A;  4EJ4 A;  186L A;  3HU9 A;  1ZUR A;  1BWJ A;  3P65 A;  3K2R A;  3HWL A;  2ANX A;  1FBI X;  2Z19 A;  2B70 A;  1XGT C;  4RW1 A;  1FDL Y;  230L A;  3C82 A;  3EXD A;  2OU8 A;  2B73 A;  1UBZ A;  1IP3 A;  254L A;  5I4Y A;  5LAG A;  185L A;  3SBB C;  2HEC A;  1LWG A;  3WU8 A;  2QB0 B;  3F9L A;  3D9A C;  1DKJ A;  2YBL A;  3ATN A;  199L A;  1IWV A;  1OV5 A;  1D3N A;  173L A;  1GFT A;  4NWE A;  3C7Y A;  4DQ5 A;  247L A;  4NGV A;  148L E;  211L A;  1GFG A;  1QUD A;  1L10 A;  1JKA A;  1TDY A;  2YVB A;  4GRV A;  3FI7 A;  1QSB A;  4OWH A;  1GE4 A;  231L A;  4G49 A;  2MEI A;  4MST A;  1NDG C;  1HML A;  2HUL A;  1CU6 A;  159L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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