223LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 223lA00
1LYDA 1QUHA 229LA 1OVKA 3G3XA 150LA 196LA 234LA 4I7MA 4EKPA 1L62A 1LI2A 1G0MA 125LA 1G1VA 1C63A 1DYGA 4LDOA 1KY0A 251LA 254LA 3GUJA 148LE 258LA 4EXMA 4ARQA 1L53A 2OTZX 1L02A 190LA 245LA 1L09A 1QT6A 3NYAA 1LWGA 3QAKA 212LA 187LA 3DN4A 1C6PA 4IAPA 1DYCA 3HH4A 239LA 1DYFA 1P37A 2RBOA 165LA 1PQDA 240LA 1L19A 155LA 3SBAA 2OU0X 159LA 1DYDA 4I7NA 230LA 4ARMA 3C8RA 1G0KA 4LDEA 3K2RA 3C80A 1L85A 1L80A 178LA 1L97A 3SBBC 222LA 2CUUA 1CV0A 4W54A 1L95A 4AQNA 4ZPUA 1L22A 1P46A 1G0JA 1PQKA 3DN6A 3GUOA 1C6GA 2RAYX 1L00A 2Z6BA 140LA 122LA 118LA 1L04A 1L81A 2HULA 1QTDA 176LA 1OWYA 1ZYTA 219LA 249LA 3C8QA 1G07A 1QS9A 1L73A 3FA0A 255LA 191LA 4S0WA 119LA 198LA 1L99A 1C6CA 1L20A 4I7SA 2RBSA 177LA 3DN0A 1L52A 4EPIA 3DN2A 3CDOA 1D3FA 1G0PA 109LA 4W58A 1ZWNA 4DAJA 224LA 2RBNA 3DMVA 1PQOA 1G1WA 1QS5A 1SSYA 2OU8A 1L41A 1P6YA 1C6FA 4W51A 1B6IA 1L06A 2B72A 1QSQA 2RB0X 1L14A 3HTBA 1L32A 235LA 1CV3A 141LA 1D3JA 2IGCA 1L86A 1L45A 189LA 1L92A 1L21A 223LA 161LA 1L05A 1P5CA 1L60A 1L63A 3CDRA 3DKEX 1L77A 1T8GA 1JQUA 1OVJA 1D3MA 233LA 1L55A 3SB6A 3SB8A 3V2WA 1C6EA 128LA 1C6DA 2ANVA 2B6YA 1P2LA 4I7KA 3C7ZA 1CU6A 138LA 180LA 1L91A 3GUNA 1CU5A 103LA 232LA 3C7WA 1QTVA 1CU3A 1LYEA 184LA 1JTMA 4GRVA 1L93A 1L27A 1LW9A 3CDQA 2QARC 1T97A 143LA 1KNIA 1L82A 1QTHA 248LA 3HH3A 1L35A 3HDFA 1D2YA 4I7QA 1C6JA 2OE7X 3OE9A 127LA 4OO9A 1K28A 4W56A 256LA 1L54A 1L87A 4W59A 4DJHA 1OV7A 1G0GA 1SWYA 2LC9A 108LA 260LA 1P56A 3FADA 3G3WA 192LA 1L89A 3HH5A 1TLAA 231LA 3GULA 3PBLA 1DYAA 3GUKA 252LA 2RBQA 1G0LA 1P36A 201LA 3HT9A 3JR6A 1C66A 1L75A 181LA 1L43A 1SX2A 1L24A 1DYBA 1L01A 1QT7A 1C69A 1KW7A 1C60A 4W53A 4YXCA 3OE6A 1L69A 199LA 4EKRA 1LI6A 243LA 1QUDA 3GUPA 1L10A 2HUKA 3CDTA 1C6MA 1C65A 1L74A 1I6SA 1L0KA 1C6LA 1L44A 259LA 1LYIA 1OYUA 262LA 205LA 226LA 1T8FA 114LA 1L28A 2O79A 1L13A 102LA 1XJTA 2B75A 253LA 2RB2X 1L59A 3C82A 3HDEA 227LA 3ODUA 2B6WA 3RUNA 209LA 156LA 2NTHA 2ANXA 3DMXA 1L23A 130LA 158LA 228LA 1CV6A 2RBRA 195LA 4YXAC 1CVKA 182LA 4I7LA 3VW7A 1QT4A 3HH6A 4ARLA 247LA 160LA 5LZMA 2RBPA 3HTGA 1L84A 139LA 1L58A 1CU0A 1C6NA 1C6TA 3GUIA 3C8SA 131LA 107LA 1L83A 3L2XA 1XJUA 4LZMA 171LA 1G06A 2OTYX 185LA 3F9LA 4I7RA 111LA 2F2QA 3OE8A 236LA 1L31A 1L25A 1QT5A 126LA 1LYFA 1LWKA 1CV5A 2O7AA 147LA 3DN1A 166LA 1CU2A 2Q9EA 3HT7A 3FI5A 1SWZA 115LA 2RB1X 1QTCA 2OE9X 1C6IA 110LA 1WTHA 1L70A 1P64A 4I7TA 1L56A 210LA 3D4SA 2OEAX 3SB7A 3CDVA 4PJZA 1KY1A 1P7SA 2HUMA 1L40A 1L18A 1C6BA 1NHBA 3DNAA 1L46A 2B73A 1QTZA 3C83A 1CX7A 162LA 1C68A 1L96A 2OE4X 1L50A 1G0QA 167LA 215LA 1C61A 142LA 1L17A 188LA 2B6XA 244LA 1L57A 2F32A 1L79A 2O4WA 1C6QA 3V2YA 4ARPA 197LA 4W52A 1PQIA 1OVHA 120LA 1OWZA 1KS3A 1L26A 1SSWA 4ARQB 1ZURA 163LA 2LZMA 6LZMA 3RZEA 1L33A 146LA 2RAZX 238LA 1L03A 2LCBA 164LA 1D9WA 4EPFA 220LA 225LA 3HU9A 151LA 1EPYA 1L64A 3L64A 1PQJA 1CX6A 1L65A 1L71A 1C6AA 4ARMB 237LA 175LA 157LA 1CV1A 186LA 1CTWA 1QTBA 1L76A 3OE0A 3EMLA 4LDLA 3HWLA 1L94A 1QUGA 3C81A 1L29A 1C6KA 1LYHA 1T6HA 1L66A 1L37A 1L16A 4EKSA 2B6ZA 4K5YA 2B7XA 1L42A 2RH1A 3SB5A 1L90A 217LA 250LA 3PDSA 1PQMA 1L72A 1P2RA 3HUQA 242LA 2OU9A 144LA 172LA 3HT6A 1L98A 104LA 4I7OA 1L88A 216LA 1L67A 1L12A 3SN6R 1L0JA 1JTNA 1P3NA 113LA 137LA 1CUQA 246LA 1LGXA 1QT3A 2B70A 2NTGA 214LA 200LA 2A4TA 3DMZA 3SB9A 2QB0B 1C6HA 3F8VA 174LA 1LYGA 1L48A 4GBRB 206LA 1LGUA 3NY9A 169LA 1QT8A 1CV4A 1D2WA 1KW5A 1D3NA 1L49A 1QUOA 3HT8A 3NY8A 1C62A 4I7PA 1DYEA 1L47A 1LGWA 5I14A 1QSBA 3HTFA 3HTDA 145LA 1CUPA 3LZMA 4EJ4A 2B6TA 123LA 221LA 3GUMA 257LA 1L15A 1L07A 3DN3A 1LYJA 3HU8A 1L34A 1XEPA 241LA 129LA 4ARJA 1LLHA 1LPYA 4EKQA 211LA 1C64A 261LA 112LA 3DN8A 1L36A 1L68A 4YX7C 183LA 3UONA 7LZMA 4DKLA 3C7YA 1L51A 1L08A 170LA 1OV5A 1L30A 152LA 1L11A 1L61A 4W57A 3G3VA 2L78A 3HUKA 1L39A 1SX7A 1C67A 4W55A 168LA 1T8AA 4PK0A 1LI3A 173LA 1L38A 2Q9DA 4E97A 2B74A 3HUAA 4I7JA 2F47A 218LA 149LA 213LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
229LA 1OVKA 1EL1A 4LYZA 4U3XB 4LYCA 4QDNA 1L62A 1UIDA 2AUBA 1G1VA 1C63A 4LDOA 2I26L 2YBNA 3CQLA 2YBLA 3RW8A 4ARQA 1OP9B 3EMSA 1IWTA 3P4ZA 1LPIA 2Z18A 4Z41A 1L09A 3NYAA 1ALCA 1JPOA 1LYZA 3M18B 3QAKA 4IAPA 3DN4A 3HH4A 2BPUA 1CKDA 2CJLA 2RBOA 165LA 1WQQA 2DQGY 3A94A 1DYDA 3GXRA 4ARMA 1G0KA 5DN5A 4H9HA 1L80A 4H1PA 4ZPUA 1L22A 3FE0A 3GUOA 2Z6BA 140LA 1L81A 249LA 1ZYTA 1EQ5A 1HEPA 1QS9A 1P2CC 1UICA 3A92A 191LA 4S0WA 1F0WA 119LA 1NBYC 2RBSA 1UIHA 4WLTA 1BB7A 1D3FA 4W58A 1ZWNA 1TBYA 2RBNA 1G1WA 5HMJA 2OU8A 1C6FA 1A4VA 1QSQA 2RB0X 4WM5A 1KIQC 4WL6A 1B7MA 1LZEA 3DKEX 1JWRA 2DQJY 4HJYA 1T8GA 233LA 1LZBA 3TXDA 1LHHA 1C6EA 1O23A 3WVXA 2B6YA 4I8SA 5KKJA 3C7ZA 1L91A 4GCFA 4IASA 1CU5A 232LA 3LYOA 1QTVA 4CGEA 1JTMA 1L93A 4KPMA 3HH3A 2ZQ4A 1LSCA 4NGYA 2OE7X 1DQJC 3LZ2A 4WLDA 1GFEA 2D4IA 1IR7A 1L87A 4W59A 4NHTA 1G0GA 260LA 1GBYA 1L89A 1TLAA 231LA 2Y8PA 1E8LA 3WUAA 3FI7A 1LHLA 3A8ZA 1G0LA 3HT9A 3JR6A 3WL2A 4DD9A 1C66A 5B05A 181LA 1QDTA 4Z46A 5FHWA 1NF5A 3WXTA 1SQ2L 4ZFPA 1LI6A 1IIZA 1WVVA 243LA 2FYCA 3P68A 3K3TA 1BWHA 2GV0A 1C65A 1L74A 1HEMA 3J4GA 4BADA 1T8FA 114LA 1L13A 1YROA 4DYGA 1XJTA 2B75A 253LA 1JTTL 3QY4A 5IELA 2BQIA 2NTHA 130LA 4E3UA 1G7JC 2MEDA 2RBRA 2A7FA 1W08A 1BVXA 8LYZA 1QT4A 4LT2A 1AZFA 1G7HC 5LZMA 1YL1X 2XBSA 2LYMA 1L58A 4NSGA 131LA 2OTYX 111LA 1C08C 1L25A 1LYFA 4R6CA 1ZV5L 1RFPA 147LA 3DN1A 1RI8B 1CU2A 4DDAA 3FI5A 1SWZA 2DKVA 4MR1A 3ZVQA 5L9JA 110LA 1BHZA 4I7TA 3D4SA 1OUHA 4H9CA 2DBTA 3OJPA 1MLCE 4M4OA 1KY1A 3CSZA 1TEWA 1C46A 1YKXX 1CJ8A 1HEOA 1L18A 3DNAA 1B7NA 2B73A 1LSGA 5F9UA 167LA 215LA 3EO5A 5JENB 1IWUA 1L17A 1JISA 1IOCA 3WYHA 4WMGA 2B6XA 2ZWBA 2YBJA 2O4WA 2BQNA 2YBIA 3ULRA 1QIOA 1GE3A 1HHLA 1HENA 4WO9A 1OWZA 1L26A 3IJVA 1SSWA 4GCCA 3ATOA 1XFPL 2ZYCA 146LA 4NIJA 2D6BA 1LSMA 1I56A 4PGJB 1CJ7A 3WPJA 1JJ0A 151LA 1DZBX 1CX6A 1L65A 237LA 175LA 2DQCY 4HTNA 157LA 5KXTA 3B0OA 1L76A 154LA 5L3IA 1GF6A 4H90A 1C6KA 4ANRA 1CKFA 1L37A 2WARA 4EKSA 2B7XA 2RH1A 3SB5A 5DM9A 1VDPA 1B7LA 3A96A 1VAUA 2OU9A 1UA6Y 1LJFA 3AZ4A 104LA 216LA 1L12A 1GWDA 113LA 1CUQA 1D0MA 4DQJA 4D9ZA 2NTGA 1DKJA 1LYGA 1L48A 4GBRB 206LA 5FELA 1LGUA 3ATNA 1QT8A 1D6PA 1D2WA 3HT8A 1L49A 2D91A 4R0FA 1L47A 4YOPA 5I14A 2B6TA 123LA 3DN3A 5LYMA 1RJCB 5KXSA 241LA 1LPYA 4EKQA 4HV2A 261LA 2BQDA 1GFAA 3A6CY 3DN8A 4H9EA 1Z55A 4YX7C 2XTHA 4B0DA 1L51A 1L08A 5F9XA 152LA 1L11A 1XEIA 5D5FA 3WULA 1L39A 1C67A 1GAYA 168LA 4PK0A 3E3DA 4E97A 1L38A 4HTKA 3G3BB 4I7JA 3AYQA 218LA 1LKSA 1NDMC 4XENA 5A3ZA 1MELL 1D0LA 3G3XA 3EXDA 4I7MA 1G0MA 3RZ4A 4H8YA 2RSCA 3QNGA 4EXMA 6LYTA 3B0IA 1L02A 190LA 1IO5A 1QT6A 1LWGA 187LA 4NHSA 239LA 1LHIA 1DYFA 1LZDA 4W96A 1UIFA 155LA 133LA 4NSJA 159LA 4J0LA 4B49A 2C8PA 5KXWA 1LZCA 4DQ5A 1GB6A 4LDEA 3K2RA 1L85A 2CUUA 1NQIA 4WM1A 4B4JA 3BKVA 1CV0A 1UUZC 4AQNA 1DKKA 4WO6A 4NSIA 1P46A 1FKVA 1CNSA 1GE0A 118LA 4RLMA 4KXIA 1YQVY 2HULA 3TMWA 176LA 219LA 4DDBA 4XJFA 1FN5A 4NG8A 2DQFC 198LA 4NSHA 2BQKA 177LA 3DN0A 3DN2A 3T6UA 109LA 224LA 5LVHA 1OUIA 4ETCA 2BLXA 5DLAA 2BQLA 1JHLA 4W51A 2B72A 4OWBA 1L14A 141LA 1IWYA 1D3JA 1L86A 1QUSA 2IGCA 1L45A 4HP0A 4OOOA 1L92A 4YEOA 223LA 1GB8A 161LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 229L A;  1OVK A;  1EL1 A;  4LYZ A;  4U3X B;  4LYC A;  4QDN A;  1L62 A;  1UID A;  2AUB A;  1G1V A;  1C63 A;  4LDO A;  2I26 L;  2YBN A;  3CQL A;  2YBL A;  3RW8 A;  4ARQ A;  1OP9 B;  3EMS A;  1IWT A;  3P4Z A;  1LPI A;  2Z18 A;  4Z41 A;  1L09 A;  3NYA A;  1ALC A;  1JPO A;  1LYZ A;  3M18 B;  3QAK A;  4IAP A;  3DN4 A;  3HH4 A;  2BPU A;  1CKD A;  2CJL A;  2RBO A;  165L A;  1WQQ A;  2DQG Y;  3A94 A;  1DYD A;  3GXR A;  4ARM A;  1G0K A;  5DN5 A;  4H9H A;  1L80 A;  4H1P A;  4ZPU A;  1L22 A;  3FE0 A;  3GUO A;  2Z6B A;  140L A;  1L81 A;  249L A;  1ZYT A;  1EQ5 A;  1HEP A;  1QS9 A;  1P2C C;  1UIC A;  3A92 A;  191L A;  4S0W A;  1F0W A;  119L A;  1NBY C;  2RBS A;  1UIH A;  4WLT A;  1BB7 A;  1D3F A;  4W58 A;  1ZWN A;  1TBY A;  2RBN A;  1G1W A;  5HMJ A;  2OU8 A;  1C6F A;  1A4V A;  1QSQ A;  2RB0 X;  4WM5 A;  1KIQ C;  4WL6 A;  1B7M A;  1LZE A;  3DKE X;  1JWR A;  2DQJ Y;  4HJY A;  1T8G A;  233L A;  1LZB A;  3TXD A;  1LHH A;  1C6E A;  1O23 A;  3WVX A;  2B6Y A;  4I8S A;  5KKJ A;  3C7Z A;  1L91 A;  4GCF A;  4IAS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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