224LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDSVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 224lA00
1C6CA 3SB7A 1L62A 1CU3A 1L88A 4I7JA 211LA 239LA 3HT8A 3C7YA 3DN6A 4LDOA 1LW9A 2NTHA 1P7SA 3HTFA 3CDTA 2B73A 1LI6A 3DN0A 107LA 212LA 1C68A 3NY9A 1QS9A 1L34A 1L55A 2B6WA 1L69A 1C6PA 1L93A 261LA 214LA 2F2QA 3ODUA 4W58A 1L04A 1LLHA 108LA 3SB8A 1G1VA 168LA 4I7OA 1CV5A 1CU5A 1L09A 1QTHA 4ARPA 4W51A 1L38A 4LZMA 155LA 1CU2A 2ANVA 3VW7A 2B7XA 1XJUA 4EPFA 4EPIA 1L85A 4W57A 1G1WA 1L31A 3L64A 3RUNA 4YX7C 250LA 185LA 1L68A 1KNIA 259LA 1LPYA 1L0KA 1L24A 2LCBA 138LA 1C6EA 1L44A 1CTWA 1L98A 237LA 1C6JA 255LA 2RH1A 4YXCA 3G3VA 3C83A 1D3MA 1L50A 3C8SA 220LA 4PK0A 4ARLA 119LA 3C81A 1XJTA 1C6IA 137LA 130LA 1L91A 2CUUA 1P5CA 2RAYX 3DKEX 175LA 164LA 1L63A 1L07A 1L86A 1QUHA 206LA 3OE6A 4W59A 1G0PA 1L25A 1QTBA 3C80A 1P6YA 2OU9A 1C65A 3QAKA 1L27A 1L95A 4LDLA 1C6NA 4ARMB 3DN3A 1L70A 1QUOA 1L18A 3C82A 1T8FA 4W56A 1L92A 4I7RA 2OTZX 244LA 1LYEA 1DYEA 120LA 213LA 2OE9X 2RBOA 3OE0A 215LA 4I7MA 1CUPA 2OTYX 147LA 3C8RA 1L41A 1L94A 2IGCA 3GUOA 1L66A 3CDVA 1L30A 2OU8A 1L56A 262LA 1L12A 3HWLA 1L71A 2OE7X 3HH6A 3FADA 3DNAA 1KS3A 1JTMA 1L03A 1L29A 3HTGA 165LA 2L78A 4EKSA 1L58A 125LA 1ZYTA 1C60A 4I7NA 3SBBC 2B70A 233LA 198LA 1C66A 1WTHA 2RB2X 158LA 1SSYA 1G07A 3GUKA 1L49A 3FA0A 1C6MA 3FI5A 236LA 1PQMA 1G0JA 241LA 162LA 200LA 4EKRA 1OVKA 1CX7A 4I7QA 1L64A 197LA 1L39A 2OU0X 1QTCA 143LA 1L54A 178LA 4ZPUA 1L26A 3HUQA 170LA 161LA 2ANXA 5I14A 131LA 1L45A 3F9LA 205LA 1QUGA 150LA 1KW7A 129LA 1L05A 196LA 145LA 3LZMA 257LA 1CX6A 160LA 201LA 2Q9EA 4PJZA 157LA 2O79A 2LZMA 228LA 3JR6A 172LA 4LDEA 1T8GA 1B6IA 1G0LA 1SX7A 163LA 195LA 188LA 1PQIA 246LA 3UONA 222LA 1L01A 1QT3A 4EKQA 1P46A 3RZEA 1D3JA 1C6HA 251LA 1C61A 2O7AA 4I7SA 1L35A 1OYUA 1T97A 3K2RA 1CV4A 4W54A 2OEAX 1QT5A 3CDOA 1L13A 3HDEA 3SB9A 1L61A 1L28A 174LA 1L32A 169LA 1CV0A 144LA 1L80A 4GBRB 4YXAC 1QUDA 1L37A 128LA 1L89A 1L43A 1SX2A 2RB0X 1LI3A 3HH3A 3HH5A 1DYBA 1L42A 4K5YA 1DYGA 4EKPA 2HUKA 1CU0A 4OO9A 1K28A 1L23A 152LA 2NTGA 2Q9DA 3CDRA 1DYAA 2B6YA 183LA 2RB1X 1CV3A 227LA 5LZMA 1TLAA 1L87A 1L82A 4EXMA 216LA 3DN2A 1C6FA 3NYAA 1G0KA 1G06A 1L36A 1LI2A 192LA 232LA 1QTZA 1L10A 140LA 177LA 3HU9A 1P3NA 1L53A 3GUJA 3CDQA 1C62A 1P64A 1L02A 4ARMA 3EMLA 4I7PA 253LA 114LA 3HH4A 1CUQA 1L84A 1PQJA 1L74A 3HTBA 4W55A 4I7LA 249LA 1D9WA 1LYJA 1LWGA 218LA 2B74A 1SWZA 1L75A 159LA 225LA 1L59A 1L20A 1JQUA 3PDSA 2F32A 1L08A 1QT6A 2O4WA 4GRVA 1P36A 3GUPA 3V2WA 115LA 1LYGA 1L52A 1KW5A 210LA 166LA 1EPYA 1L99A 3C7WA 189LA 3HTDA 1C6TA 1L96A 1LYHA 3SN6R 142LA 1ZURA 1C6KA 1CV1A 1L57A 1L00A 1L72A 217LA 260LA 3DMZA 3HT9A 1CU6A 167LA 2RBPA 1T6HA 3DN1A 3SB6A 2OE4X 1DYCA 1C6LA 1PQKA 3SBAA 1D3NA 118LA 1QSQA 231LA 1L33A 1C69A 1QS5A 2RBRA 191LA 1C6GA 1L51A 199LA 2B6ZA 1L97A 1QTVA 252LA 122LA 1C6DA 234LA 3DMXA 224LA 3SB5A 126LA 1L11A 173LA 2RBSA 1QT8A 1L40A 3DN8A 1LGWA 3NY8A 1C6AA 258LA 1C6BA 1QSBA 248LA 3C7ZA 4EJ4A 3HT6A 139LA 3HT7A 3HUAA 4DAJA 3HUKA 240LA 1P2RA 2B72A 3HU8A 112LA 230LA 1OVJA 111LA 3PBLA 1L22A 127LA 219LA 1L19A 151LA 1KY0A 1L46A 4I7TA 4ARQB 1L67A 1LGXA 104LA 4W52A 146LA 1L60A 1L76A 190LA 2B6TA 242LA 256LA 4E97A 1KY1A 221LA 247LA 1L73A 180LA 1CV6A 1L17A 181LA 1LWKA 1PQDA 2B6XA 1L81A 1OVHA 1L21A 1OV7A 4DKLA 4I7KA 209LA 4S0WA 1XEPA 1D2WA 1G0MA 3G3XA 3DN4A 3GULA 1LYFA 2F47A 1D3FA 1L48A 1T8AA 6LZMA 4W53A 7LZMA 1QTDA 3G3WA 4ARQA 113LA 1P56A 2RAZX 3GUIA 3HDFA 1JTNA 3DMVA 235LA 4DJHA 2B75A 2Z6BA 1L47A 1C67A 3V2YA 1C6QA 226LA 109LA 1L14A 2RBQA 123LA 141LA 1C64A 1CVKA 3OE8A 186LA 3GUNA 1L90A 1OV5A 2HUMA 184LA 1PQOA 1L15A 1QT7A 243LA 1QT4A 2HULA 1SWYA 1C63A 3OE9A 1L79A 1LYDA 1DYDA 1L83A 1G0QA 2RBNA 182LA 1OWZA 229LA 4ARJA 176LA 238LA 1DYFA 2QB0B 3L2XA 171LA 2LC9A 110LA 1G0GA 2QARC 156LA 1LYIA 223LA 1ZWNA 1I6SA 102LA 3F8VA 4IAPA 1L16A 1P37A 245LA 187LA 148LE 103LA 3C8QA 3D4SA 1D2YA 1SSWA 3GUMA 1L65A 1LGUA 149LA 1L0JA 1L06A 1NHBA 2A4TA 254LA 4AQNA 1OWYA 1L77A 1P2LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REMA 4UWUA 4I7JA 239LA 3N9EA 1GEZA 2NTHA 2B73A 1LI6A 107LA 3LYZA 1F10A 1C68A 2W1YA 4NHIA 4P2EA 1L55A 3W6CA 5KXPA 261LA 3ODUA 2PC2A 1LZ8A 4LYTA 108LA 1FLUA 168LA 4I7OA 1WQQA 1CU5A 1TEWA 1QSAA 4NSGA 4ARPA 1GFHA 155LA 1BB7A 1LZRA 1L85A 3A90A 3WXTA 2BQDA 1L31A 3RUNA 4YX7C 250LA 1KNIA 1LZYA 1L24A 1L98A 2DKVA 1HF4A 3C8SA 2DQFC 2ZQ4A 2HU3A 3C81A 1XJTA 1C6IA 1GEVA 3CSQA 1D0MA 1IP2A 1GWDA 3DKEX 164LA 2GV0A 1LTMA 1GB8A 1L25A 4H90A 4NFVA 2ZIJA 1P6YA 5FELA 1LSNA 1L27A 1AZFA 4ARMB 1IWZA 1LZ9A 3ULRA 3N9CA 1BQLY 5LA5A 1LMNA 5LYZA 1LYEA 4HV2A 5HMJA 120LA 1IX0A 2OTYX 4Z41A 5HQ1A 5A3EA 1L30A 2OU8A 1AT5A 4IASA 1L12A 4HP0A 3WUMA 4WM3A 3LHMA 5I53A 3WH1A 3EXDA 3HTGA 4EKSA 3QE8A 1L58A 2HEBA 3SBBC 2I26L 132LA 233LA 1Z55A 1F0WA 2BAAA 2RB2X 4H9AA 1H6MA 1SSYA 3GUKA 3WVYA 5C6LA 1XGTC 2BPUA 4N9RA 3TXBA 2YBIA 3FI5A 1TDYA 2Z18A 1G0JA 4W94A 3WPLA 1WQRA 4QGZA 1CX7A 3TXEA 4GLAA 1QTCA 143LA 2C8OA 3WXUA 178LA 3HUQA 2ANXA 3A3RX 4DYGA 1GDWA 3F9LA 1UCOA 1QUGA 1HC0A 2FYCA 196LA 4XJIA 1HEMA 257LA 3LZMA 1CX6A 2EQLA 4PJZA 157LA 1BGIA 2MEBA 1JKAA 1DI5A 1G0LA 2ZWBA 134LA 1PQIA 4ML7A 1BB3A 3TMWA 1L01A 1QUSA 1AT6A 4ETCA 3AW6A 1GE0A 2O7AA 4B4IA 4OW1A 5DM9A 3K2RA 4W54A 2OEAX 3CDOA 1L28A 3W6AA 2XJWA 2MEFA 2LHMA 169LA 1YKZX 1L80A 3A93A 1EQ4A 1L89A 2BQGA 1YROA 2RB0X 2BLYA 1I20A 1LZ5A 4K5YA 1BB4A 3WW6A 4NSIA 1L23A 2NTGA 4OO9A 4TTDA 3CDRA 1IORA 3TXGA 4RLNA 1L87A 1LZGA 1XFPL 3F6ZA 216LA 3DN2A 1C6FA 3NYAA 192LA 232LA 1N4FA 2DQHY 3HU9A 4LT1A 2D6BA 1LKSA 3CDQA 4DT3A 4ARMA 3TMXA 3EMLA 4I7PA 1PQJA 2DQEY 2ZILA 1LSAA 1B7QA 1BB5A 2HTXA 2WARA 3K3TA 1IWWA 1OUAA 1JHLA 1OUFA 1L59A 5DN5A 1L20A 4TSBA 4GRVA 4NGWA 1P36A 3GUPA 3V2WA 115LA 1GAZA 1G7LC 1GE3A 1OUGA 3B6LA 3C7WA 3EO5A 2F30A 1LJEA 5K7OA 4WO9A 1L96A 3QNGA 1QQYA 1LSZA 1L00A 217LA 5I4WA 5L3HA 1XGUC 2RBPA 5LYMA 4B4JA 3DN1A 1QTKA 4TUNA 1C6LA 4PRUA 5APCA 5LVIA 4O34A 2RBRA 1C6GA 199LA 1L97A 4Z3MA 252LA 122LA 1LCNA 2MEEA 2ZNXY 1B2KA 3SB5A 126LA 1L11A 1YL0X 1L40A 2MEDA 1GBWA 1C6AA 1HSWA 5LAFA 3C7ZA 4EJ4A 2HECA 4DAJA 2BQAA 1P2RA 2B72A 1OUEA 3PBLA 111LA 1L22A 1UIEA 219LA 1L46A 2Z2EA 5KXMA 2XTHA 5FDJA 1DZBX 4A7DA 256LA 1GFRA 1GFAA 4H91A 4OWCA 1CV6A 1B7LA 1IWVA 1L81A 1OVHA 4DKLA 1UIFA 4S0WA 4DD9A 3EBAB 1XEPA 1D2WA 1CKDA 1JWRA 1LJGA 3G3XA 1UUZC 1T8AA 1IC4Y 4W53A 3OK0A 4ARQA 1ZMYL 3GUIA 3DMVA 2Z6BA 3G3AB 4WL6A 7LYZA 1PS5A 1NQIA 123LA 141LA 207LA 1HFXA 4YF2A 5LYTA 184LA 1XEKA 243LA 4HPIA 3OJPA 3OE9A 1L79A 1IWXA 1L83A 1OWZA 4GCEA 176LA 2QB0B 171LA 1GB0A 1G0GA 1QDRA 2QARC 156LA 4IJ4A 1I6SA 102LA 3F8VA 4IAPA 1L16A 1XSFA 1P37A 2G4PA 187LA 3C8QA 1NWGA 1HFZA 1SSWA 3GUMA 1NDMC 1BWHA 3J6KA 4AQNA 2A4TA 5II3A 4WLTA 5HMVA 3A34A 4DDAA 1L62A 1B5WA 2F4AA 2I25L 211LA 3WUAA 1UBZA 1QDTA 3HTFA 3RT5X 1GE4A 1LSDA 3IJVA 2B6WA 2W1LA 4XYYA 1L69A 1C6PA 1L93A 1GB6A 214LA 2F2QA 4W58A 1VDSA 3A3QA 1YKXX 1CV5A 3CSRA 3A92A 1UIBA 5F9XA 1NKHA 1QTHA 2YBJA 4W51A 2MEGA 1WVVA 1B5XA 4DD0A 1CU2A 2ANVA 3WU9A 3VW7A 5B1FA 1GFKA 1G1WA 1OP9B 4XJFA 1L68A 1OUDA 5F14A 3M3UA 138LA 5L9JA 1L44A 1CTWA 5C6IA 1ALCA 1LZCA 1GB7A 1C6JA 255LA 4YXCA 1D3MA 4G4HA 1GB9A 3WPJA 4U3XB 2I6ZA 4ARLA 1B7SA 1GF7A 175LA 4YOPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1REM A;  4UWU A;  4I7J A;  239L A;  3N9E A;  1GEZ A;  2NTH A;  2B73 A;  1LI6 A;  107L A;  3LYZ A;  1F10 A;  1C68 A;  2W1Y A;  4NHI A;  4P2E A;  1L55 A;  3W6C A;  5KXP A;  261L A;  3ODU A;  2PC2 A;  1LZ8 A;  4LYT A;  108L A;  1FLU A;  168L A;  4I7O A;  1WQQ A;  1CU5 A;  1TEW A;  1QSA A;  4NSG A;  4ARP A;  1GFH A;  155L A;  1BB7 A;  1LZR A;  1L85 A;  3A90 A;  3WXT A;  2BQD A;  1L31 A;  3RUN A;  4YX7 C;  250L A;  1KNI A;  1LZY A;  1L24 A;  1L98 A;  2DKV A;  1HF4 A;  3C8S A;  2DQF C;  2ZQ4 A;  2HU3 A;  3C81 A;  1XJT A;  1C6I A;  1GEV A;  3CSQ A;  1D0M A;  1IP2 A;  1GWD A;  3DKE X;  164L A;  2GV0 A;  1LTM A;  1GB8 A;  1L25 A;  4H90 A;  4NFV A;  2ZIJ A;  1P6Y A;  5FEL A;  1LSN A;  1L27 A;  1AZF A;  4ARM B;  1IWZ A;  1LZ9 A;  3ULR A;  3N9C A;  1BQL Y;  5LA5 A;  1LMN A;  5LYZ A;  1LYE A;  4HV2 A;  5HMJ A;  120L A;  1IX0 A;  2OTY X;  4Z41 A;  5HQ1 A;  5A3E A;  1L30 A;  2OU8 A;  1AT5 A;  4IAS A;  1L12 A;  4HP0 A;  3WUM A;  4WM3 A;  3LHM A;  5I53 A;  3WH1 A;  3EXD A;  3HTG A;  4EKS A;  3QE8 A;  1L58 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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