224LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDSVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 224lA00
4YX7C 1P56A 240LA 3SB9A 122LA 1G0GA 3SN6R 2B6ZA 1L10A 2RB0X 4W54A 239LA 2ANXA 2RH1A 2RBNA 152LA 213LA 259LA 2RBSA 1XJUA 1C68A 1P64A 1LYJA 1CU0A 2NTHA 1CX6A 168LA 1L85A 4YXAC 3GUIA 1DYBA 1CUQA 1QUGA 201LA 250LA 4W52A 1QUDA 1L60A 4ARMB 3SB7A 251LA 4PK0A 107LA 2O79A 226LA 1XEPA 1L75A 245LA 247LA 1L56A 129LA 3VW7A 1L41A 1QUOA 1SSWA 2B70A 262LA 2B6TA 1L73A 3HU8A 1D9WA 1TLAA 235LA 206LA 142LA 151LA 2B7XA 1CU3A 2B6WA 3LZMA 3HTBA 1PQMA 1L47A 1L74A 2LZMA 1L03A 243LA 2O4WA 1L40A 200LA 3C8SA 183LA 1NHBA 3C8QA 180LA 1L67A 3GUOA 3FI5A 111LA 1C6KA 1I6SA 1C61A 143LA 137LA 2HUKA 253LA 196LA 1CTWA 4W53A 260LA 2F2QA 120LA 4I7RA 3HT9A 1QT8A 3CDTA 1QTDA 2OTZX 3DN8A 3C83A 3OE9A 1L83A 1D3FA 163LA 1P37A 1LYDA 1P36A 1L90A 220LA 3V2WA 4I7LA 4ZPUA 2B74A 1T97A 256LA 4EJ4A 1L52A 198LA 4K5YA 156LA 3HDEA 188LA 1KS3A 1L21A 1KY0A 3GUNA 1ZWNA 1D3NA 1KNIA 212LA 1L28A 131LA 2B75A 1LPYA 1JQUA 1OVHA 1L68A 1PQOA 119LA 110LA 3HUAA 1QS9A 2LCBA 1P46A 1KY1A 4I7OA 145LA 3C8RA 233LA 182LA 175LA 1C6FA 1P3NA 1L88A 2OEAX 1C67A 1L16A 173LA 2RBRA 3G3VA 1L0KA 2O7AA 1L20A 1L95A 140LA 1L93A 4I7QA 1L08A 1L25A 4S0WA 4W57A 1DYAA 257LA 4GRVA 222LA 3ODUA 1L72A 1CV3A 4AQNA 191LA 3HH4A 1D2YA 2OE9X 1L18A 1WTHA 1ZYTA 1L23A 1L81A 2IGCA 1C6CA 1LYFA 1L82A 1L49A 1L71A 1G07A 4I7MA 3HUKA 1C6QA 1T8AA 4ARJA 1L36A 3GULA 3G3WA 1SWZA 3CDVA 3SB6A 1L17A 3PDSA 4ARQB 4W56A 3HU9A 166LA 1C66A 1B6IA 1G0QA 1L80A 1L07A 192LA 230LA 2OE4X 177LA 228LA 1CU2A 1CU6A 4ARQA 1P7SA 1QS5A 209LA 3UONA 3D4SA 1L19A 1L01A 1LWKA 4I7PA 1C6GA 1C6TA 158LA 1L55A 3GUKA 4PJZA 138LA 1QSQA 217LA 1QTBA 1T8FA 1L63A 1G0PA 1D2WA 1SX2A 199LA 210LA 4I7JA 3HTFA 1L35A 4EKSA 2RBOA 1L51A 1C60A 1JTMA 261LA 1DYDA 1L86A 2A4TA 3GUPA 1G0LA 3K2RA 1L09A 3C7YA 1G1WA 252LA 2OU0X 4W51A 197LA 4I7NA 123LA 1L59A 246LA 103LA 155LA 3V2YA 4EKRA 3HDFA 128LA 3HTGA 1L46A 227LA 1L99A 1L14A 2HULA 1PQIA 178LA 4ARPA 1L77A 4W58A 3C80A 4E97A 3C82A 4OO9A 1QTCA 1CV0A 3OE6A 3G3XA 3EMLA 1L13A 3SBAA 1SX7A 1PQKA 241LA 1L30A 1T6HA 1QT6A 2LC9A 1P6YA 3RZEA 150LA 2RAZX 1LYGA 4LDEA 1L69A 1OV7A 211LA 104LA 2L78A 1L11A 2ANVA 4I7KA 159LA 3DN4A 2RB2X 2B6YA 1XJTA 2HUMA 1CUPA 1L27A 1L92A 1OWYA 1CV6A 171LA 147LA 190LA 1QT3A 1C6BA 115LA 1L57A 1L05A 229LA 1P2LA 4I7SA 3DMXA 3OE8A 1L43A 3DN2A 2NTGA 3C81A 167LA 1PQDA 1L87A 108LA 1LI3A 1LYIA 234LA 1G1VA 1LYEA 2Z6BA 184LA 3DN3A 1C6EA 3DMVA 242LA 1CX7A 1L65A 1L12A 1ZURA 4DJHA 3HH3A 5LZMA 109LA 1L38A 1L42A 3HH6A 236LA 3DN1A 5I14A 1C6IA 2B6XA 4DAJA 1L94A 3HWLA 3SBBC 2OTYX 1DYCA 2B72A 3HT7A 4IAPA 170LA 1KW7A 216LA 231LA 2RBQA 1L96A 3QAKA 1L50A 164LA 3HT6A 118LA 1SSYA 1CU5A 1L76A 174LA 3C7WA 162LA 3JR6A 4EPIA 1L62A 254LA 1L06A 1L33A 1L00A 1QT7A 225LA 1L61A 157LA 1C69A 176LA 238LA 215LA 1L44A 4LDOA 2RAYX 172LA 161LA 181LA 1CV5A 3RUNA 1L32A 3NYAA 1L39A 146LA 3PBLA 4YXCA 3HT8A 244LA 102LA 2CUUA 1L31A 3GUJA 4LZMA 125LA 1L29A 2OU9A 3HUQA 1D3MA 1C64A 1C6JA 1L66A 2RB1X 1L22A 1L02A 1L04A 185LA 4I7TA 237LA 3C7ZA 1L45A 1LGXA 1L26A 255LA 1QSBA 1D3JA 4ARMA 224LA 1LW9A 1OWZA 1L48A 1L91A 165LA 4LDLA 221LA 7LZMA 3DN0A 1L98A 1C63A 126LA 1C6AA 1OV5A 3FA0A 214LA 3L2XA 1C6LA 141LA 169LA 4W55A 3DKEX 1PQJA 1G0KA 1DYFA 1OVJA 1L15A 187LA 1LYHA 232LA 1LI6A 1JTNA 4EPFA 1QTVA 2F47A 3HTDA 1C62A 127LA 248LA 2QARC 3NY8A 3NY9A 3DMZA 1L84A 1OYUA 1EPYA 1LLHA 3F8VA 6LZMA 1L89A 1LWGA 1L58A 1P2RA 1QTZA 4W59A 3CDRA 1P5CA 195LA 2QB0B 249LA 3GUMA 149LA 4EXMA 1G0MA 1L37A 2Q9EA 4ARLA 186LA 1LI2A 2OU8A 148LE 2B73A 3CDOA 1QTHA 1CV1A 258LA 1G06A 114LA 1QUHA 1C65A 3SB5A 1L24A 3F9LA 1K28A 1L97A 3CDQA 1C6DA 112LA 4EKPA 1CVKA 1G0JA 1L54A 1C6MA 2Q9DA 3OE0A 3FADA 1DYEA 144LA 1L64A 1LGUA 189LA 130LA 2RBPA 113LA 3HH5A 3DNAA 3L64A 1C6NA 1L0JA 218LA 4DKLA 3DN6A 1QT4A 205LA 1KW5A 1C6HA 1T8GA 4GBRB 4EKQA 1SWYA 1L70A 1L79A 3SB8A 2F32A 1L53A 1C6PA 1LGWA 2OE7X 223LA 160LA 1CV4A 1DYGA 1L34A 139LA 1QT5A 1OVKA 219LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HV1A 1P56A 240LA 4GLVA 1IY3A 3ZEKA 1GFGA 1YAOA 2B6ZA 1HC0A 2F4GA 1UIDA 2FYCA 2ANXA 5LVGA 213LA 4NY5A 1Z55A 1OUEA 1LYJA 1UIGA 4HPEA 3GUIA 1CUQA 1QUGA 2G4QA 1GF5A 201LA 1JTOL 1QUDA 2YDGA 1L60A 4PK0A 153LA 3LYTA 4OWAA 3WULA 1XEPA 2MEDA 2MEEA 1F10A 1LSEA 1SQ2L 4YEMA 1L41A 1WTMA 1BWHA 3WUNA 1XEIA 3WL2A 3HU8A 1D9WA 3LZ2A 1B7NA 1IP1A 1L74A 2LZMA 2O4WA 1GBWA 3A8ZA 4CGEA 180LA 1LZSA 2BQHA 4N9RA 3GXKA 3GUOA 4NSJA 1ALCA 1HEPA 196LA 2W1XA 4W53A 2I25L 2F2QA 120LA 1LZEA 3CDTA 1B5YA 1LHJA 4Z3MA 2Z12A 3TMUA 4GCDA 163LA 220LA 2YBIA 1T97A 198LA 2D4JA 3AB6A 1LJKA 3GUNA 5KKJA 1NWGA 1L28A 1BWJA 131LA 1IOCA 1UBZA 1CNSA 1XGUC 1PQOA 5KXKA 119LA 110LA 2LCBA 4NSHA 1LZRA 1UIBA 1GF3A 1OUHA 1L88A 1C67A 1L16A 173LA 2DBTA 1LSPA 2D4IA 1JISA 1IO5A 1L25A 4PRQA 3LYMA 4HPIA 1DYAA 4GRVA 4XJDA 1LZYA 3WW5A 1L72A 4N1CC 5II3A 1IOTA 1IWVA 3CT5A 4NHIA 1LKSA 5KXZA 4E3UA 1L82A 1L49A 1L36A 3GULA 3G3WA 1IWUA 1B7LA 2DQJY 2YBLA 3HU9A 166LA 1HMLA 1L80A 2MEBA 5APDA 4NGIA 1CU2A 1LSYA 1CU6A 2YBHA 5HQ1A 3D4SA 4PGJB 3CSZA 3HBEX 1L01A 4W96A 3AW7A 1C6TA 158LA 4WMGA 1TDYA 3GUKA 3TXFA 1GE0A 4W94A 5A3ZA 199LA 2FBDA 4EKSA 1L51A 2W1MA 1CKDA 4TSBA 261LA 2A4TA 4H9HA 1HEOA 1L09A 3C7YA 1JHLA 1G1WA 252LA 1XEJA 2RSCA 1KXXA 1DI4A 246LA 3HTGA 227LA 1L99A 4DDBA 2AUBA 1L14A 2HULA 4DD1A 3FI7A 1L77A 3C82A 1CV0A 1L13A 1REZA 3SBAA 1AT6A 1SX7A 1L30A 1QTEA 2LC9A 5K7OA 3RZEA 150LA 5LINA 1LYGA 1BVXA 211LA 4KPMA 1EQEA 159LA 3LN2A 4TSCA 1CUPA 1L27A 2EQLA 5D5FA 4XYYA 147LA 4WOAA 3J4GA 4WM2A 5FHWA 1W6ZA 1GEVA 1LYIA 1LPIA 1LYEA 184LA 3DN3A 1JSFA 4LT0A 4DJHA 3A96A 109LA 1UACY 5F81A 1UCOA 1LHKA 3B72A 4NWHA 4DD0A 194LA 5DM9A 1L94A 3HWLA 4DWXA 4MCKA 2FYDA 2OTYX 2B72A 4IAPA 1KW7A 2HEDA 3WVYA 1HSWA 3J6KA 2ZILA 1GEZA 2HEAA 1YILA 1MELL 3C7WA 3JR6A 1JIYA 5I53A 1HSXA 2YVBA 1L61A 4DDCA 3N9AA 4J1BA 176LA 4GN3A 1DKJA 4LDOA 2RAYX 4RLMA 181LA 1CV5A 1OUFA 1QSWA 1YKXX 1GAYA 4NGLA 3NYAA 1L39A 5B06A 3PBLA 244LA 4WLDA 1SLYA 3GXRA 1EQ5A 125LA 1L29A 2OU9A 2MEFA 1L66A 2RB1X 5KXOA 4I7TA 1L04A 185LA 1D0KA 4DQ7A 1LSBA 1LSCA 224LA 1JKAA 1LHHA 1OP9B 1C45A 1B0DA 4Z41A 1OV5A 1GDWA 2BQFA 3FA0A 1GF9A 4G4BA 141LA 169LA 1DPWA 1DI3A 3DKEX 1PQJA 1G0KA 4ZFPA 5LVHA 1A4VA 4OWHA 2D4KA 4H8XA 1D9UA 4EPFA 2F47A 1C62A 3WPKA 1GBSA 1L84A 1LLHA 3AZ4A 2HU3A 1LWGA 4WM4A 1L58A 1P2RA 1QTZA 3RU5A 1KXYA 4R0FA 2DQGY 1LZDA 4UWVA 4YOPA 2H9JA 4G9SA 1GFAA 4HP0A 3TMVA 1CV1A 258LA 1IP5A 1NKHA 4DQ5A 1G06A 3SB5A 2EIZC 3F9LA 1K28A 2HU1A 1L97A 5IHGA 4EKPA 1G0JA 3OE0A 2YBNA 4NHSA 2BPUA 5ILCA 1XGTC 1DYEA 1T3PA 4H91A 4OWCA 5HMJA 130LA 5B59A 4ANRA 4TWSA 1C6NA 1L0JA 1V7TA 4DKLA 1QT4A 1C6HA 4GBRB 1SWYA 1IWTA 1L79A 4TUNA 3SB8A 2F32A 4ETDA 4NGOA 3WPJA 5KKIA 223LA 160LA 3CT1A 1L34A 139LA 2ZNWY 1OVKA 219LA 1WVVA 1JJ0A 1B7OA 1WQOA 3B6LA 1G7MC 4YEOA 1G0GA 1ZVHL 3WUAA 2RB0X 3P4ZA 4HJYA 1YANA 152LA 2RBSA 1FBIX 1BQLY 5E4PA 2Z39A 4NHTA 4H92A 1L85A 4YXAC 1H87A 3A34A 1DYBA 3W6EA 1IP7A 250LA 4J1AA 1LMNA 5F9UA 4RLNA 4ARMB 251LA 1LZAA 2I26L 2DKVA 4WO9A 4BAFA 1L75A 5B05A 4HTKA 1QDTA 1B9OA 1W08A 5LIOA 3IJVA 4MSTA 4GCEA 1XSFA 5KXLA 1TLAA 1HFYA 151LA 3FE0A 1GHLA 3OK0A 2B6WA 5LYTA 3LZMA 3HTBA 2GV0A 1PQMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HV1 A;  1P56 A;  240L A;  4GLV A;  1IY3 A;  3ZEK A;  1GFG A;  1YAO A;  2B6Z A;  1HC0 A;  2F4G A;  1UID A;  2FYC A;  2ANX A;  5LVG A;  213L A;  4NY5 A;  1Z55 A;  1OUE A;  1LYJ A;  1UIG A;  4HPE A;  3GUI A;  1CUQ A;  1QUG A;  2G4Q A;  1GF5 A;  201L A;  1JTO L;  1QUD A;  2YDG A;  1L60 A;  4PK0 A;  153L A;  3LYT A;  4OWA A;  3WUL A;  1XEP A;  2MED A;  2MEE A;  1F10 A;  1LSE A;  1SQ2 L;  4YEM A;  1L41 A;  1WTM A;  1BWH A;  3WUN A;  1XEI A;  3WL2 A;  3HU8 A;  1D9W A;  3LZ2 A;  1B7N A;  1IP1 A;  1L74 A;  2LZM A;  2O4W A;  1GBW A;  3A8Z A;  4CGE A;  180L A;  1LZS A;  2BQH A;  4N9R A;  3GXK A;  3GUO A;  4NSJ A;  1ALC A;  1HEP A;  196L A;  2W1X A;  4W53 A;  2I25 L;  2F2Q A;  120L A;  1LZE A;  3CDT A;  1B5Y A;  1LHJ A;  4Z3M A;  2Z12 A;  3TMU A;  4GCD A;  163L A;  220L A;  2YBI A;  1T97 A;  198L A;  2D4J A;  3AB6 A;  1LJK A;  3GUN A;  5KKJ A;  1NWG A;  1L28 A;  1BWJ A;  131L A;  1IOC A;  1UBZ A;  1CNS A;  1XGU C;  1PQO A;  5KXK A;  119L A;  110L A;  2LCB A;  4NSH A;  1LZR A;  1UIB A;  1GF3 A;  1OUH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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