225LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 57
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 225lA00
165LA 1L18A 4I7JA 159LA 3GUPA 4EPFA 1L57A 1L71A 1L17A 2RBNA 1L64A 4W56A 3RZEA 1WTHA 2O79A 1L74A 2CUUA 1QS5A 3DMVA 3SB6A 1L01A 1OV5A 130LA 1LI6A 2B75A 1L66A 151LA 205LA 2QARC 3CDTA 4E97A 1JTMA 214LA 3C7WA 166LA 1CVKA 150LA 1L73A 1C68A 3FA0A 3DN0A 4EJ4A 161LA 2QB0B 2OTZX 1LGXA 2NTHA 3SB9A 2B73A 1CX7A 1L99A 1L47A 1C66A 188LA 3LZMA 1D2WA 1LYHA 3FADA 7LZMA 3GUOA 3HT9A 1PQOA 4DAJA 186LA 1QTDA 1L89A 164LA 2OU9A 2RBPA 1L82A 4LDLA 1L29A 1PQJA 1QTBA 243LA 1L67A 3HWLA 4ARQA 1LYFA 1L52A 2A4TA 1G1VA 149LA 3C7YA 1P2LA 1KY1A 3C8SA 1L11A 2B6TA 1SX7A 1L85A 1L26A 2OU0X 1T8GA 1L40A 3FI5A 158LA 1L76A 1QTCA 143LA 1L83A 1OWZA 224LA 2NTGA 4LZMA 1QUOA 200LA 219LA 3PDSA 2B70A 3OE0A 228LA 1L79A 1LLHA 1C6NA 3GUJA 1C61A 1C64A 1SWZA 1L37A 218LA 197LA 3GULA 4S0WA 1I6SA 3F8VA 156LA 1LGWA 244LA 3GUKA 2HUMA 1KS3A 1CV3A 190LA 3F9LA 112LA 1LWGA 1LGUA 1L68A 1T8AA 1QSQA 1P3NA 3HU8A 226LA 2Q9EA 1LYDA 256LA 148LE 1L38A 2OE9X 1QUDA 4YXAC 1D3JA 141LA 1T97A 1L28A 3HH4A 3SBAA 1L13A 4EPIA 1L53A 3OE8A 147LA 3HUKA 1C6QA 1QT7A 4GRVA 1P64A 4YXCA 3DN6A 1G06A 1L46A 2F32A 1QT6A 1OVJA 3PBLA 1C6HA 6LZMA 174LA 3NYAA 3SB5A 236LA 175LA 1L35A 1CX6A 1CUQA 258LA 1L80A 3HT8A 4I7QA 189LA 4EKQA 1CTWA 1L69A 1L00A 1TLAA 3HH6A 162LA 1D2YA 1L77A 1KW7A 191LA 139LA 1L21A 2IGCA 2LCBA 184LA 1LW9A 169LA 1L58A 2RBQA 3NY8A 1DYEA 1P7SA 2B6ZA 4YX7C 1QTHA 3D4SA 1OWYA 1L22A 1C6JA 1L33A 1L90A 206LA 209LA 1L60A 131LA 245LA 2RBSA 1C6FA 107LA 3C7ZA 3HTFA 128LA 1KW5A 137LA 1CU2A 1QS9A 3DMZA 1L39A 1L62A 1C6PA 1D3MA 4I7MA 4K5YA 1CV6A 103LA 1PQKA 157LA 4W51A 3GUMA 262LA 1C6IA 1P46A 1L48A 260LA 1G0JA 115LA 1PQDA 2B6WA 108LA 1L96A 1QSBA 3K2RA 1XJTA 4W59A 4EXMA 1JTNA 2F2QA 1C6TA 4I7SA 4ARJA 217LA 1JQUA 196LA 110LA 1P5CA 2Z6BA 3HDFA 1PQIA 181LA 3HUAA 4I7TA 155LA 230LA 3L64A 1G0PA 1ZURA 235LA 3CDQA 4ARQB 239LA 142LA 3DN3A 2RB2X 3G3WA 1C63A 1L88A 1OVHA 1LYJA 4IAPA 1L27A 1C6GA 2F47A 1L55A 221LA 1NHBA 3RUNA 1L81A 4AQNA 1L45A 4EKSA 3DN4A 3ODUA 104LA 1CU3A 1L98A 152LA 4ARPA 1QT8A 1XJUA 1OVKA 118LA 1L15A 138LA 1L19A 1C6DA 3HUQA 232LA 1P36A 1L95A 237LA 3V2WA 1P2RA 1DYDA 1QTVA 1SSYA 240LA 233LA 2B74A 248LA 242LA 1L91A 1L94A 1DYBA 3SB8A 259LA 3HU9A 2O4WA 1K28A 231LA 3HH3A 125LA 1C6MA 3DNAA 4I7NA 178LA 1DYCA 1T6HA 1C65A 4DKLA 1QTZA 225LA 1L12A 1L16A 3HTGA 1CU6A 1CV4A 163LA 1D9WA 2O7AA 1DYFA 180LA 1LYGA 127LA 3HTBA 1L05A 4DJHA 2LZMA 241LA 1C62A 1L23A 1L34A 1D3NA 4I7OA 3SBBC 253LA 146LA 1C60A 3HTDA 199LA 4I7PA 4W58A 3HT6A 2RH1A 201LA 185LA 1L41A 2OU8A 4GBRB 3HT7A 2RAYX 1L70A 2B6YA 252LA 2RBRA 1KNIA 220LA 3C82A 238LA 4LDEA 1L04A 3CDRA 119LA 1PQMA 2OE4X 1C67A 2OEAX 222LA 1L32A 4W57A 1T8FA 4ZPUA 1L61A 1DYGA 1EPYA 4LDOA 1G1WA 3DN1A 3SN6R 1L06A 1OV7A 2B7XA 234LA 1CU0A 3G3XA 109LA 1C6AA 3GUNA 1L65A 3OE9A 1L44A 2HUKA 250LA 3OE6A 1L25A 3DN8A 1CUPA 1G07A 210LA 182LA 192LA 216LA 1D3FA 3C81A 251LA 1CV0A 1DYAA 176LA 211LA 1LPYA 3VW7A 3C8RA 1L31A 3SB7A 1L49A 1SWYA 1CU5A 1P56A 1L54A 3EMLA 1L02A 4OO9A 183LA 2B6XA 160LA 2ANVA 3NY9A 1L10A 1L36A 187LA 2RBOA 1L75A 1L63A 1LI3A 1C6KA 1L20A 1OYUA 5LZMA 2Q9DA 1LYEA 229LA 167LA 1L0KA 2OTYX 249LA 215LA 1L43A 102LA 3L2XA 144LA 1L08A 213LA 170LA 1QT5A 1C6BA 168LA 3GUIA 177LA 1L93A 227LA 4W54A 4ARMA 1XEPA 4ARLA 140LA 246LA 1L97A 3UONA 1L07A 1SX2A 1QT3A 1B6IA 114LA 3C83A 2L78A 3HDEA 1CV5A 254LA 1C6LA 3CDVA 4PK0A 1ZWNA 111LA 172LA 4ARMB 126LA 2OE7X 145LA 2RB1X 1L14A 1L09A 255LA 1P37A 1C6CA 4W55A 4PJZA 1L03A 257LA 3DKEX 261LA 1G0GA 1P6YA 1ZYTA 3DMXA 123LA 4I7RA 1L0JA 4W53A 1L51A 1C69A 3HH5A 1L84A 4I7LA 1L42A 1L50A 223LA 1G0QA 1SSWA 1L72A 1L87A 122LA 2ANXA 247LA 1QUGA 1LYIA 198LA 1LI2A 4I7KA 171LA 3DN2A 1KY0A 173LA 1L92A 1QUHA 1C6EA 129LA 5I14A 120LA 4W52A 4EKPA 1L56A 1QT4A 3JR6A 1G0KA 1L30A 2B72A 2LC9A 2RAZX 3C80A 1CV1A 1L59A 1G0MA 3G3VA 3QAKA 2HULA 1L86A 3V2YA 1L24A 3CDOA 113LA 4EKRA 3C8QA 1G0LA 212LA 2RB0X 195LA 1LWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
159LA 1L57A 1L71A 1L17A 4DD7A 4W56A 3WPLA 3RZEA 3B0OA 4DT3A 1L74A 1L01A 1OV5A 2DQJY 3ULRA 1LI6A 3WPJA 205LA 3CDTA 2QARC 1JTMA 150LA 1UC0A 2Z37A 3K3TA 5HLLA 1DKKA 2QB0B 1GXV2 2OTZX 5DLAA 3E3DA 2NWDX 1WQRA 1XGTC 4G4BA 4BAFA 3TXHA 4EMNA 1LJHA 4XN6A 1L47A 1C66A 4DD1A 3LZMA 1LHHA 4DAJA 186LA 1L89A 2RBPA 1L29A 3AGHA 4OOTA 1IC7Y 4NHSA 1LYFA 1G1VA 3C7YA 3ZEKA 1IR8A 1KY1A 1F6SA 1JKCA 1GDXA 1D0KA 1VAUA 4H8ZA 2F2NA 6LYTA 5L3IA 1VATA 154LA 1L76A 4GCEA 4NHIA 1L83A 1B7OA 4NSGA 228LA 3AW7A 1LLHA 4B0DA 1FKVA 1GFVA 4G4HA 1SWZA 2HUBA 3VWOA 218LA 4XADA 1HC0A 1I6SA 1BVKC 1GB0A 1QIOA 1LGWA 3A92A 3N9EA 3WU8A 1B2KA 1KS3A 2XJWA 1CV3A 1B0DA 5C6LA 1W08A 1LWGA 1QSQA 1UIGA 1P3NA 3AGIA 1JSFA 5LA5A 148LE 4YXAC 3A3QA 1L28A 1IP5A 3SBAA 1L53A 2CGIA 3OE8A 1F6RA 3DN6A 4H94A 1L46A 1NDGC 1OVJA 2A7FA 5F81A 4B1AA 6LZMA 3TXGA 3NYAA 4GN5C 1C46A 3SB5A 1L35A 1NDMC 194LA 2DQDY 3QY4A 1CTWA 1Z55A 1NQIA 1TLAA 3HH6A 1L77A 1L21A 2LCBA 184LA 1LW9A 5EBHA 2RBQA 3NY8A 2BQMA 1LZ8A 1L22A 134LA 3J6KA 5HNLA 2ZQ4A 3TXFA 1C6FA 1DI3A 3C7ZA 1KW5A 4MSTA 2MEEA 3DMZA 1L39A 1C6PA 3LZTA 3GXRA 4J0LA 1GB9A 1I1ZA 4DC4A 5APFA 1L48A 260LA 1G0JA 1GFAA 3TXJA 2DQGY 1SQ2L 1JITA 1XJTA 4G49A 2F2QA 4OOOA 1C6TA 1IP2A 2D91A 1BB7A 4I7SA 3ZVQB 1VDTA 5APDA 196LA 1DPWA 3A6BY 2DQEY 1HERA 3HUAA 1PZYA 1YL0X 3CDQA 1LZDA 4J1AA 1C08C 1B5UA 1GF4A 1OVHA 4H9BA 1LYJA 1NHBA 3RUNA 3DN4A 4GLAA 3RU5A 4UWVA 4M6DA 2B5ZA 1G7LC 4ARPA 1QT8A 1L15A 1QUTA 4TSCA 5ILFA 1DXJA 1GB7A 3B0KA 1OUCA 3OJPA 3A95A 4H1PA 5T3FA 1L94A 4TWSA 1J1XY 1K28A 4HJVA 231LA 3HH3A 2BQCA 3TXEA 2BPUA 178LA 1LJFA 2MEGA 4O34A 1HSXA 1LHMA 5B07A 2BQBA 1QSAA 2O7AA 1YAMA 1LJ3A 2LZ2A 2W1YA 127LA 3HTBA 1L05A 3A67Y 241LA 4U3XB 4I7OA 4LT3A 3SBBC 146LA 3WULA 4LYMA 4OWCA 1FKQA 185LA 4CHXA 1OUHA 3HT7A 4DDAA 5F9XA 3M3UA 1CKHA 3C82A 238LA 4LDEA 1PQMA 1LYZA 1REMA 222LA 3RW8A 3W3EA 5ILCA 1T8FA 4N5RA 1L61A 1DYGA 1G1WA 1L06A 1UIDA 2B7XA 234LA 1C43A 2ZYPA 1C6AA 1AM7A 1L65A 2DKVA 2CDSA 3OE9A 5FDJA 1YKZX 2FYCA 3A3RX 4GCBA 4WM6A 1YAPA 5I4WA 3C81A 1CV0A 3G3AB 4XJFA 3W6CA 2C8OA 1VEDA 1SWYA 4NWHA 1B9OA 1DQJC 4XENA 1LPIA 4IASA 4PJ2C 1FN5A 160LA 2ANVA 3NY9A 1L10A 1NKHA 3A34A 1KXWA 5M1YA 1TAYA 3WU9A 1CJ9A 187LA 5F9UA 2W1XA 1GBWA 1FBIX 1L20A 1IY3A 1OUBA 4LFPA 2Q9DA 229LA 4J1BA 1JJ1A 3P4ZA 4DD0A 4R6CA 3GUIA 177LA 1L93A 227LA 4ARLA 246LA 2XTHA 1BVXA 1V7SA 1B6IA 3C83A 3A90A 4H92A 1AT5A 1KXYA 1QTEA 3CDVA 4TSBA 4NGLA 5I5QA 4ARMB 2Z2FA 1GEVA 4WG1A 1QDRA 1LZTA 2BQLA 1LZSA 2MEHA 2ZQ3A 1GF6A 1P6YA 2BLYA 123LA 4I7RA 4WM1A 3LYMA 1L84A 4I7LA 2BQKA 4HTNA 1IP1A 1TDYA 2YBLA 4DYGA 1MELL 2Z19A 3P66A 3WU7A 2C8PA 1L72A 2ZNXY 1L87A 2D4KA 3LZ2A 1LZ1A 1C7PA 122LA 4H9AA 3EMSA 1LMPA 2YVBA 3HBHA 198LA 1GFJA 4WLXA 1IWZA 1KY0A 2CWIA 1L92A 1C6EA 4YF2A 4PGJB 4EKPA 1YIKA 2LC9A 3C80A 1G0MA 3IWRA 2HULA 1L24A 1CKCA 3TMVA 4EKRA 4ET9A 3A8ZA 212LA 3AB6A 1NHEA 1WQPA 1IOTA 1L64A 5LVHA 2O79A 4HV2A 2CUUA 1QS5A 3DMVA 5JENB 2B75A 151LA 2YBJA 4ZIXA 166LA 1B5ZA 2Z2EA 4H9CA 161LA 1B7QA 2LZTA 4WMGA 1LGXA 2NTHA 3SB9A 5J7CA 1BB3A 4ETCA 1IWXA 4QEQA 3FADA 7LZMA 4WG7A 1D6PA 2W1MA 1L82A 3RNXA 4D9ZA 1PQJA 1QTBA 5I53A 1GFKA 3HWLA 1RJCB 2A4TA 1NF5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 159L A;  1L57 A;  1L71 A;  1L17 A;  4DD7 A;  4W56 A;  3WPL A;  3RZE A;  3B0O A;  4DT3 A;  1L74 A;  1L01 A;  1OV5 A;  2DQJ Y;  3ULR A;  1LI6 A;  3WPJ A;  205L A;  3CDT A;  2QAR C;  1JTM A;  150L A;  1UC0 A;  2Z37 A;  3K3T A;  5HLL A;  1DKK A;  2QB0 B;  1GXV 2;  2OTZ X;  5DLA A;  3E3D A;  2NWD X;  1WQR A;  1XGT C;  4G4B A;  4BAF A;  3TXH A;  4EMN A;  1LJH A;  4XN6 A;  1L47 A;  1C66 A;  4DD1 A;  3LZM A;  1LHH A;  4DAJ A;  186L A;  1L89 A;  2RBP A;  1L29 A;  3AGH A;  4OOT A;  1IC7 Y;  4NHS A;  1LYF A;  1G1V A;  3C7Y A;  3ZEK A;  1IR8 A;  1KY1 A;  1F6S A;  1JKC A;  1GDX A;  1D0K A;  1VAU A;  4H8Z A;  2F2N A;  6LYT A;  5L3I A;  1VAT A;  154L A;  1L76 A;  4GCE A;  4NHI A;  1L83 A;  1B7O A;  4NSG A;  228L A;  3AW7 A;  1LLH A;  4B0D A;  1FKV A;  1GFV A;  4G4H A;  1SWZ A;  2HUB A;  3VWO A;  218L A;  4XAD A;  1HC0 A;  1I6S A;  1BVK C;  1GB0 A;  1QIO A;  1LGW A;  3A92 A;  3N9E A;  3WU8 A;  1B2K A;  1KS3 A;  2XJW A;  1CV3 A;  1B0D A;  5C6L A;  1W08 A;  1LWG A;  1QSQ A;  1UIG A;  1P3N A;  3AGI A;  1JSF A; 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