226LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 226lA00
107LA 1L70A 3SN6R 3GUKA 1XEPA 1SSYA 1QT5A 113LA 1L55A 3HT9A 3HH3A 1C6QA 3C7ZA 4I7JA 3F8VA 1C61A 2B6ZA 3OE0A 1L87A 1G0QA 1C6PA 1L64A 1CU5A 1C6IA 2OU9A 1L57A 1QTBA 4EPIA 1LI2A 175LA 156LA 1XJUA 1L23A 138LA 1C6AA 4DJHA 1L54A 1L67A 1L52A 147LA 1L32A 2Q9EA 1L33A 4I7RA 1T8FA 1P64A 1L53A 251LA 4W56A 1L31A 3DN3A 1QSQA 1KY1A 2OTYX 184LA 114LA 196LA 3DMVA 1L18A 1DYGA 1QT7A 3DN1A 111LA 2RH1A 185LA 166LA 1JQUA 1L36A 1XJTA 1LWGA 3C7YA 3DN0A 242LA 3CDQA 3RUNA 1QTCA 3L64A 1CU3A 1OVHA 173LA 2LCBA 1CV0A 255LA 229LA 3HU9A 4W58A 3UONA 1QUOA 4ARQB 3LZMA 4W53A 1L94A 3FA0A 1SX7A 227LA 163LA 1L28A 1LLHA 199LA 3HUAA 1LI6A 1L08A 1KS3A 239LA 2B70A 4W57A 159LA 2B6XA 1L61A 1D3NA 1L91A 1L13A 1QT8A 221LA 226LA 115LA 158LA 178LA 3D4SA 3F9LA 1LYGA 1L49A 104LA 1L65A 234LA 205LA 2ANXA 2Z6BA 1L40A 3CDTA 1LW9A 235LA 1QTDA 1L24A 4EJ4A 4ARPA 1D3FA 256LA 1L29A 1L72A 1CVKA 1OV5A 1T8GA 1P5CA 3SB8A 258LA 4ZPUA 4ARMB 1P56A 212LA 1L89A 250LA 2LZMA 1G1WA 2RB2X 1P37A 217LA 3NYAA 3OE9A 177LA 144LA 1C6LA 236LA 1L98A 183LA 4YXCA 1CU0A 127LA 1P2RA 4I7SA 1L09A 218LA 3HH6A 3SBBC 1SWZA 1L0KA 1C6GA 2IGCA 1L42A 3EMLA 129LA 3OE8A 1L80A 4EKSA 4I7PA 5LZMA 1QS9A 3V2YA 1C6CA 231LA 1L25A 102LA 249LA 169LA 1JTNA 1L37A 1C6FA 4I7QA 3G3WA 3DN2A 3GUJA 3SB9A 2B6YA 3HDFA 3CDOA 1L76A 2OU8A 2RBOA 1L51A 1L81A 180LA 3C83A 130LA 3HTFA 168LA 1OVKA 4I7OA 160LA 1B6IA 1LYJA 108LA 1G0GA 189LA 1L01A 1LYFA 4GBRB 3DMXA 1QTZA 1CV1A 259LA 162LA 1C6JA 3HTDA 1L10A 1L35A 4PK0A 2QARC 1C62A 1KW7A 4IAPA 1OWZA 224LA 260LA 1C6TA 3HT8A 4I7LA 1SX2A 3HH4A 1L60A 172LA 3C8QA 3DN4A 1CV5A 1P46A 1QT4A 230LA 240LA 1DYDA 1C6EA 3HU8A 1L38A 1L41A 2O79A 228LA 245LA 3PDSA 1L96A 4DAJA 1L99A 1DYAA 190LA 2OEAX 3GUOA 3FI5A 1OVJA 1L07A 1C63A 2F32A 5I14A 261LA 1C6KA 4W59A 188LA 3C8RA 1P2LA 103LA 4AQNA 3NY8A 118LA 4ARLA 125LA 1CX6A 1QS5A 1L27A 1L17A 174LA 206LA 112LA 2F2QA 216LA 1PQDA 3DMZA 1L86A 214LA 4I7TA 1L74A 4EKPA 225LA 1SWYA 1PQOA 3C8SA 1L04A 2HUKA 1L95A 1LGXA 4E97A 4ARQA 252LA 3DKEX 4LDEA 222LA 2B7XA 2Q9DA 3OE6A 1LPYA 3HTBA 2OTZX 165LA 1L66A 2RB1X 1L84A 7LZMA 1L85A 2A4TA 198LA 161LA 171LA 1P36A 2OU0X 4W55A 1P7SA 3DN6A 1C6HA 1KNIA 1QTVA 3GUMA 3HDEA 1L43A 1LYEA 1PQKA 1L59A 3K2RA 248LA 1CTWA 1LWKA 201LA 3C80A 1D2YA 142LA 1ZYTA 1CV3A 1L22A 3GULA 1CV4A 1L93A 131LA 3SB7A 4PJZA 2LC9A 1G0PA 4W54A 1OYUA 219LA 1G0KA 4S0WA 151LA 1C66A 1PQJA 3C7WA 157LA 1C6MA 1D9WA 3GUNA 3V2WA 1L79A 3ODUA 1C64A 4K5YA 4EKRA 1KW5A 120LA 1G06A 1L73A 1OV7A 1QSBA 3GUPA 150LA 3G3VA 1L19A 1L88A 223LA 1C60A 155LA 3FADA 2HUMA 1C6BA 3SBAA 128LA 1G1VA 262LA 1NHBA 1LGUA 1LYHA 109LA 1CUQA 2B74A 3HUQA 1L50A 1D3JA 3C81A 4LZMA 3C82A 213LA 2B6TA 1G07A 2RAYX 1ZURA 141LA 1L39A 1DYBA 210LA 253LA 1C6NA 1OWYA 2NTHA 3HT7A 1D3MA 1LGWA 1L03A 4W52A 3DN8A 220LA 232LA 148LE 3CDRA 4YX7C 1L68A 186LA 3G3XA 119LA 1JTMA 1ZWNA 2L78A 3CDVA 152LA 2RAZX 3NY9A 1CX7A 3PBLA 241LA 4LDLA 2NTGA 182LA 1QUGA 215LA 4ARJA 140LA 1PQMA 2O4WA 1G0LA 2F47A 1L62A 110LA 1TLAA 149LA 1L44A 2RBRA 3SB5A 2OE4X 3HUKA 164LA 2B72A 209LA 3VW7A 200LA 1L30A 211LA 4W51A 3HT6A 146LA 1L82A 1L02A 1L77A 1L45A 1C69A 197LA 238LA 2ANVA 1DYFA 123LA 2OE7X 1P6YA 1L71A 139LA 1P3NA 1SSWA 4LDOA 4EXMA 145LA 1C67A 1PQIA 4I7MA 167LA 237LA 1L15A 1L34A 1L58A 1L69A 1D2WA 1G0MA 254LA 4I7NA 2O7AA 233LA 1L75A 4YXAC 191LA 122LA 187LA 1L06A 2RBQA 1QTHA 1DYCA 3JR6A 1LYDA 1L14A 4EPFA 246LA 2RBPA 244LA 2RB0X 1C68A 2CUUA 2QB0B 1L12A 1LYIA 170LA 1L90A 4GRVA 1WTHA 2RBNA 2B73A 1CU2A 1QT3A 247LA 243LA 3HTGA 4DKLA 1CU6A 4OO9A 2B6WA 1QUHA 1L20A 1LI3A 1L48A 6LZMA 1CV6A 257LA 192LA 4I7KA 1QT6A 1DYEA 1G0JA 137LA 1L11A 126LA 1T8AA 1C65A 1L16A 4EKQA 2B75A 3HH5A 3L2XA 4ARMA 1QUDA 1KY0A 1L05A 1C6DA 3SB6A 1K28A 1T97A 1L46A 1L47A 1T6HA 2RBSA 1L83A 3GUIA 1L21A 181LA 3HWLA 1I6SA 3DNAA 1EPYA 2HULA 1L26A 1L92A 176LA 1CUPA 3RZEA 1L0JA 1L97A 2OE9X 3QAKA 1L56A 1L00A 195LA 143LA 1L63A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZVYB 2H9KA 3SN6R 4NSIA 3GUKA 1JPOA 4M4OA 1LHHA 2YBMA 4XJHA 3HT9A 1IY4A 4WLYA 4EMNA 1L64A 1LZEA 3A3RX 4DD3A 4G4BA 4YENA 4DJHA 1L54A 1L67A 1L52A 4I7RA 4DQ5A 1IC5Y 1L53A 1ALCA 1DI4A 2BAAA 4ZEEA 1KY1A 5LVIA 196LA 1L18A 1LZTA 1JTOL 4WM4A 5KJ9A 2CWIA 4WMGA 185LA 1GFVA 2YBNA 1YL1X 1IY3A 3C7YA 4P2EA 3AW6A 242LA 3CDQA 5B1FA 5DL9A 2DQDY 1B5WA 4N1EI 2LCBA 4HV2A 1GB3A 4HPEA 2D4KA 1OUGA 1GB9A 2DQFC 3IJVA 3AZ5A 1CKDA 1LSPA 3G3AB 4GN5C 4W58A 1GBXA 1QUOA 2CDSA 1UIDA 3WUMA 1SX7A 3GXKA 163LA 4XJIA 3HUAA 1PS5A 1KS3A 1L61A 3AB6A 3AGGG 1L13A 2IHLA 221LA 115LA 3D4SA 3F9LA 104LA 1L65A 1LSAA 234LA 4LYZA 1LW9A 1L24A 1RI8B 4EJ4A 2XQOA 1JUGA 4DYGA 2MEFA 2EPEA 1D3FA 1L72A 1HEOA 1P5CA 3SB8A 4WG7A 5KXWA 1HEWA 5KXRA 1IWTA 2LZMA 1I56A 2RB2X 177LA 144LA 4LYBA 183LA 4I8SA 3P66A 5K7OA 1BWHA 3WYHA 1HMKA 1LJGA 1UIAA 3HH6A 1C6GA 2IGCA 3EXDA 2MEHA 4WM6A 3W6CA 1L42A 1GF4A 5F9UA 2Q0MX 1FLWA 3WUAA 2BQIA 1IP1A 3AW7A 1H87A 3V2YA 1NBYC 3MGWA 194LA 3EMSA 4WL7A 3DN2A 4QY9A 4C5FA 4LYTA 5DLAA 2B6YA 3HDFA 3C83A 1QDRA 1B6IA 3W6EA 1LYFA 4ML7A 3DMXA 1XGUC 1CV1A 1CKFA 4NIJA 1VATA 1B7RA 1LSCA 4II8A 3HT8A 172LA 4DT3A 1DI3A 1HC0A 4N8ZA 1C6EA 4OWBA 5LAFA 228LA 1LAAA 5APEA 5HQ1A 1GDXA 2BPUA 1RE2A 4DAJA 4DD7A 190LA 1OVJA 2BQCA 5I14A 4W59A 3C8RA 1P2LA 1NDGC 4AQNA 4OOOA 1YANA 3NY8A 118LA 1KIPC 4KPMA 4ARLA 2YBIA 1LZAA 2FBBA 1GAYA 1GFJA 4XJGA 3TMWA 2W1MA 1LZ8A 4WO6A 3AGHA 5LIOA 3QNGA 5DN4A 1HEQA 1HF4A 1PQOA 1SWYA 4QDNA 3TXEA 1BVKC 1QIOA 4YM8A 1LGXA 3WULA 222LA 3HTBA 1INUA 1L66A 1D6QA 1L85A 2HEEA 2A4TA 4NHSA 1LZCA 3AJNA 1L43A 1L59A 248LA 1IWWA 1NDMC 1LHLA 1XGPC 1JSFA 2XJWA 1L22A 1L93A 131LA 4WM1A 219LA 1G0KA 4DC4A 1IR7A 4OWEA 3V2WA 4TUNA 1IOTA 1LYYA 1GEZA 4WG1A 1LKRA 3G3VA 1DZBX 1QQYA 1C60A 155LA 3N9AA 2HUMA 4HP0A 1YAMA 5L3IA 109LA 1IORA 2B74A 3HUQA 4XN6A 1GB0A 4UWUA 1GF6A 3CSRA 1DYBA 3CSZA 210LA 253LA 4NGJA 4BAPA 1GE2A 4YX7C 1L68A 4L41A 1CX7A 241LA 2N5ZA 1LSNA 1IWXA 182LA 1QUGA 215LA 3TXFA 2FBDA 2O4WA 5KXZA 4IASA 5FEKA 4WM3A 1B0DA 2F4AA 1GFTA 1AM7A 1NKHA 1UIEA 2B72A 3VW7A 1GAZA 211LA 4H1PA 1B5XA 4B49A 4YEMA 2FYDA 1L82A 1L77A 5FDJA 1L45A 1WQPA 4M6DA 1L71A 139LA 1SSWA 4LDOA 4NG1A 1WQRA 237LA 1C46A 1L34A 5JENB 2LYMA 5J7CA 4W94A 1GB6A 1IC7Y 187LA 1L06A 2RBQA 3CB7A 4H9BA 5LAGA 9LYZA 5LINA 5KKJA 3LYOA 2HEDA 4NGLA 170LA 5LYZA 2D6BA 5HNCA 1B5ZA 1LPIA 5T3FA 2B73A 3N9CA 243LA 1CU6A 4OO9A 4BADA 2B6WA 3KAMA 4H9AA 1VAUA 1LI3A 6LZMA 1QSAA 192LA 1CNSA 4ETAA 1DYEA 2Z2EA 3W6BA 1C65A 3HH5A 4ARMA 1KY0A 1GB2A 1YAOA 1CJ8A 1T6HA 2BQBA 3RNXA 5KY1A 2Z2FA 181LA 1LYZA 3HWLA 3LHMA 1I6SA 3DNAA 1L26A 3P68A 193LA 3TXKA 176LA 1IOQA 1CUPA 1L0JA 3RZEA 1P2CC 4TSBA 3B6LA 143LA 2H5ZA 1OUAA 1B7LA 4Z46A 5LVJA 6LYZA 4NFVA 1L55A 3B0OA 1OUEA 3HH3A 1C6QA 1HEMA 4NGYA 3OE0A 1C6IA 175LA 2BLXA 3A91A 1LSEA 3LN2A 5APFA 147LA 1L32A 2Q9EA 1GEVA 2BQDA 1L33A 133LA 3ZEKA 3DN3A 1BGIA 2OTYX 1JHLA 1AT5A 4GCBA 4N0JA 3DMVA 1RCMA 1CJ7A 4H9EA 1TAYA 1DYGA 5ILFA 1QT7A 111LA 4CGEA 4G4CA 1HEPA 3DN0A 1QTCA 2X0AA 1DI5A 1CU3A 173LA 1CV0A 1VFBC 255LA 1XEKA 4WLTA 3LZMA 4DD9A 3FA0A 227LA 1YKXX 2BQOA 1LLHA 2Y8PA 3A95A 1LI6A 3RW8A 159LA 2PC2A 1LJHA 5AMYA 1D3NA 226LA 5LXWA 5FELA 1B7QA 1GFAA 1LYGA 2YBJA 2BQGA 1ZMYL 235LA 1QTDA 5FCPA 256LA 1L29A 1OV5A 1DXJA 3W3EA 3A92A 1P56A 3AZ4A 4HTNA 1JKAA 2DQAA 4LT2A 1TEWA 1YL0X 1G1WA 5HNLA 1AZFA 217LA 3OE9A 1C6LA 4NWEA 3WVYA 4DDAA 127LA 1P2RA 4I7SA 4J1AA 2Z18A 218LA 3SBBC 3WPJA 1XGQC 2A7FA 129LA 1YAQA 3OE8A 1EQ4A 4G49A 1IWUA 1OUJA 4I7PA 4EKSA 1LSMA 1B9OA 2EKSC 102LA 1JTNA 3G3WA 3GUJA 1B2KA 3SB9A 4W96A 2RBOA 168LA 4I7OA 160LA 1BVXA 1EQEA 4GBRB 1OP9B 1QTZA 259LA 132LA 1KXYA 2ZYPA 1C6TA 4WL6A 2HEBA 4LT1A 1L60A 1GHLA 1O23A 1V7SA 3C8QA 3DN4A 4NGVA 3TXDA 1P46A 1QT4A 240LA 4DDCA 4NY5A 2BQKA 3TMUA 3PDSA 1L96A 2XTHA 1JIYA 2OEAX 2ZIJA 3GUOA 4FJRA 4Z98A 2F32A 1CKHA 1C6KA 5APDA 188LA 1C7PA 5E4PA 1LZRA 1GF5A 125LA 1F10A 2G4PA 1LMAA 2ZILA 1G7JC 1L17A 3TMVA 174LA 206LA 2W1YA 1JTTL 2F2QA 216LA 1PQDA 1OUFA 2I26L 4I7TA 4AXTA 1GF8A 4PPOA 1L04A 1I1ZA 3LYZA 2HUKA 2EIZC 2BQLA 1IOSA 3A96A 1NQIA 252LA 3DKEX 3P65A 4LDEA 4NGZA 2B7XA 1LPYA 4DDBA 1P36A 2OU0X 4HPIA 1GFRA 2G4NA 1QTVA 3GUMA 4DD1A 3HDEA 1LJIA 1VDSA 1LMOA 1B7SA 1D2YA 142LA 1IWYA 1GFUA 4KL7A 3SB7A 1OUCA 1LJJA 2LZTA 3WPLA 1G0PA 1FLYA 1OYUA 4HSFA 1C66A 1D9WA 1L79A 1JEFA 1XSFA 3TXBA 1HELA 1JITA 4K5YA 1KW5A 1L73A 2YDGA 1BWJA 1OQMA 3GUPA 2CGIA 2BLYA 223LA 1LMTA 4H93A 1FN5A 262LA 1LGUA 1HFXA 1LYHA 1GXV2 1BB6A 1CUQA 2Z19A 2DBTA 5E9RA 1L50A 1D3JA 1G7HC 3C82A 1D6PA 1F0WA 4WLDA 4GCDA 1LJ4A 1G07A 2WARA 4Z41A 3TXJA 1W6ZA 4NHTA 1ZURA 141LA 3OJPA 2NTHA 1W08A 1LGWA 4H8XA 1L03A 4W52A 3DN8A 5I4YA 1UCOA 3WMKA 1GBOA 1IEEA 1CJ9A 2BQAA 4J0LA 186LA 119LA 1JTMA 1GE1A 1ZWNA 3ATNA 3J6KA 152LA 2A7DA 4RLNA 4CHXA 3M18B 4ARJA 4RW1A 3A6BY 3K3TA 1MLCE 1N4FA 1QTEA 1GXXA 5HMJA 4DWXA 1DPXA 2LYOA 1G7IC 209LA 4ZIXA 1L30A 4W51A 1YROA 5B1GA 1B7MA 4ZFPA 5KXYA 4LGKA 4OWHA 1IP3A 3HT6A 146LA 3ZVQB 1C69A 2ANVA 3TXGA 1DYFA 123LA 2OE7X 1P6YA 1P3NA 3AGIA 5M1YA 4H91A 4I7MA 167LA 1LMNA 1REMA 3CT1A 1L15A 3HBDA 4HV1A 1LZDA 5KXTA 1G0MA 2YBHA 191LA 122LA 1VEDA 1HSWA 1J1XY 1L14A 1IIZA 246LA 1ZV5L 3W6FA 1E8LA 1L12A 1LYIA 1WVUA 1UICA 2RBNA 1OUIA 2ZYCA 4D9ZA 3OK0A 4TX7A 1LSYA 247LA 1TCYA 3HTGA 4LZTA 4B0DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZVY B;  2H9K A;  3SN6 R;  4NSI A;  3GUK A;  1JPO A;  4M4O A;  1LHH A;  2YBM A;  4XJH A;  3HT9 A;  1IY4 A;  4WLY A;  4EMN A;  1L64 A;  1LZE A;  3A3R X;  4DD3 A;  4G4B A;  4YEN A;  4DJH A;  1L54 A;  1L67 A;  1L52 A;  4I7R A;  4DQ5 A;  1IC5 Y;  1L53 A;  1ALC A;  1DI4 A;  2BAA A;  4ZEE A;  1KY1 A;  5LVI A;  196L A;  1L18 A;  1LZT A;  1JTO L;  4WM4 A;  5KJ9 A;  2CWI A;  4WMG A;  185L A;  1GFV A;  2YBN A;  1YL1 X;  1IY3 A;  3C7Y A;  4P2E A;  3AW6 A;  242L A;  3CDQ A;  5B1F A;  5DL9 A;  2DQD Y;  1B5W A;  4N1E I;  2LCB A;  4HV2 A;  1GB3 A;  4HPE A;  2D4K A;  1OUG A;  1GB9 A;  2DQF C;  3IJV A;  3AZ5 A;  1CKD A;  1LSP A;  3G3A B;  4GN5 C;  4W58 A;  1GBX A;  1QUO A;  2CDS A;  1UID A;  3WUM A;  1SX7 A;  3GXK A;  163L A;  4XJI A;  3HUA A;  1PS5 A;  1KS3 A;  1L61 A;  3AB6 A;  3AGG G;  1L13 A;  2IHL A;  221L A;  115L A;  3D4S A;  3F9L A;  104L A;  1L65 A;  1LSA A;  234L A;  4LYZ A;  1LW9 A;  1L24 A;  1RI8 B;  4EJ4 A;  2XQO A;  1JUG A;  4DYG A;  2MEF A;  2EPE A;  1D3F A;  1L72 A;  1HEO A;  1P5C A;  3SB8 A; 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