226LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 226lA00
210LA 1KW5A 140LA 219LA 2F2QA 1L13A 213LA 2RH1A 1L12A 104LA 201LA 1L92A 1C6MA 1QUHA 1L34A 1ZYTA 1QTZA 1L27A 254LA 1CX7A 1L33A 158LA 125LA 3K2RA 1L20A 3HT9A 190LA 1L47A 3FADA 249LA 2RBQA 1CU0A 168LA 1L61A 1L24A 1C6AA 212LA 1QT4A 1SSWA 4PK0A 3GUOA 1D2YA 4W54A 2QARC 259LA 1DYBA 1CV3A 167LA 3GUMA 112LA 1CU6A 4GRVA 215LA 1LWKA 4I7QA 4YXAC 1CV0A 188LA 1L09A 4W52A 4W57A 3SB7A 1KY1A 1L36A 4EKSA 1L67A 4I7PA 1SX2A 1C6CA 1C6FA 182LA 231LA 1C6BA 2ANVA 147LA 1T8GA 3HTFA 1C6HA 2RBNA 4LDEA 4W51A 4ARMB 4YXCA 1L46A 1L76A 3SB6A 3C7WA 3PBLA 1L60A 1OV5A 1QTDA 1XEPA 1LI2A 1L25A 1L69A 1QT8A 4I7NA 3SBBC 180LA 3DMVA 165LA 1CVKA 1L74A 1DYEA 4ARQA 1L37A 160LA 1KY0A 1L31A 1SSYA 242LA 252LA 149LA 257LA 2OE4X 1L30A 245LA 4YX7C 1L98A 1L87A 1XJTA 209LA 4I7TA 1QT5A 4I7KA 3HDFA 4IAPA 1P36A 3CDOA 159LA 3GULA 3C8RA 1L72A 169LA 2RBPA 3GUJA 1L68A 157LA 1B6IA 1OWZA 1DYAA 4W53A 3GUKA 1L40A 1L0KA 248LA 3CDQA 251LA 196LA 141LA 1L80A 2OEAX 228LA 3F8VA 1L05A 3HUKA 1L19A 1PQOA 186LA 3DN3A 1C6IA 1QSBA 184LA 1C62A 192LA 1ZWNA 2F47A 2L78A 4EPFA 1LLHA 4EKQA 1L54A 3OE0A 2B72A 2RAZX 139LA 1L03A 1L41A 1XJUA 1LYIA 244LA 1L73A 1L11A 3V2WA 129LA 1QTBA 1L38A 1LI6A 4EKRA 2RBRA 1C6NA 3C82A 1QUDA 1L29A 1LGWA 3HU9A 3HH4A 1G0GA 3DN6A 2OE9X 218LA 240LA 1C6EA 1CX6A 1JQUA 1LYGA 1L56A 137LA 4GBRB 170LA 1P46A 3C8SA 1SX7A 3L2XA 4EJ4A 2B75A 7LZMA 143LA 2IGCA 2RBOA 211LA 1P3NA 3G3XA 1G07A 261LA 1C6PA 3C80A 187LA 1LYEA 1TLAA 4DKLA 1D3NA 1L77A 3DNAA 2RBSA 3QAKA 1L48A 4EPIA 1OVHA 1L84A 3SN6R 1P5CA 3SB9A 3C83A 4ARJA 1L93A 1C69A 3ODUA 1G0LA 1L55A 2LZMA 3HTBA 3DKEX 3DMZA 1L95A 4ARQB 1LWGA 1L16A 3NY9A 1CV4A 1C66A 1QTVA 119LA 1P56A 1L53A 2B6TA 221LA 1T97A 232LA 2LCBA 1L94A 200LA 243LA 3L64A 123LA 4W59A 1PQDA 1G1VA 1OV7A 1D9WA 3EMLA 3HDEA 5I14A 1QS5A 126LA 2A4TA 1JTNA 3HTGA 3GUPA 1LYFA 162LA 1L71A 3VW7A 1L58A 1L32A 122LA 131LA 1L07A 1L42A 1LPYA 4LDLA 1L59A 1L06A 3SBAA 260LA 2RB1X 5LZMA 1L70A 222LA 4LZMA 2Q9DA 1P37A 3FI5A 1L88A 3CDRA 1SWYA 1PQIA 3HU8A 3PDSA 1P7SA 1C6GA 3DMXA 2HUKA 4EKPA 174LA 217LA 3V2YA 1C64A 1L26A 1QUGA 214LA 238LA 3HT7A 227LA 3GUIA 1CV1A 2NTGA 3JR6A 3SB5A 2B7XA 197LA 1L21A 2B6ZA 3C8QA 1L08A 2OTYX 1L23A 225LA 3D4SA 1CU3A 224LA 1C6QA 239LA 3LZMA 229LA 2O79A 1G1WA 1T6HA 1L90A 1PQMA 107LA 1L14A 3GUNA 1L43A 1DYFA 3DN1A 2HUMA 1L86A 247LA 2ANXA 150LA 146LA 1WTHA 120LA 164LA 235LA 1L39A 4EXMA 256LA 3HH3A 173LA 1L15A 1D3JA 1L66A 3DN2A 4I7MA 3SB8A 1T8FA 2F32A 4OO9A 183LA 1L96A 2QB0B 3G3VA 1KW7A 2LC9A 1L83A 2OU8A 138LA 2B70A 241LA 1D2WA 1G0QA 1C6LA 128LA 199LA 198LA 3CDVA 1C65A 4W58A 1L62A 4I7OA 3RUNA 1QT7A 250LA 216LA 234LA 2OU0X 1P2RA 175LA 163LA 4ZPUA 1LGXA 142LA 113LA 3OE9A 3C7ZA 144LA 1CTWA 110LA 3UONA 166LA 4LDOA 1I6SA 6LZMA 189LA 114LA 1L18A 1CUPA 178LA 3OE6A 1KNIA 2B6XA 2CUUA 1L0JA 262LA 1OYUA 1L04A 220LA 1L45A 2O7AA 2OE7X 1C68A 1PQJA 1T8AA 3F9LA 3HT8A 1K28A 1LYHA 102LA 226LA 4K5YA 3CDTA 1QSQA 185LA 233LA 1KS3A 1G0MA 1L91A 1OVJA 1P2LA 255LA 4DAJA 151LA 1QS9A 156LA 111LA 1L79A 1LI3A 1QT3A 176LA 1L97A 1P64A 161LA 1G0PA 2NTHA 4ARPA 1L99A 1QTCA 223LA 4I7JA 1L51A 4S0WA 1LYDA 1DYCA 1CUQA 1EPYA 1L57A 2B6WA 253LA 1L82A 2HULA 1L75A 2RAYX 1L00A 1L10A 1L17A 3DN8A 195LA 3OE8A 1L22A 1L44A 148LE 1L85A 1L02A 1QT6A 1QUOA 2B6YA 3FA0A 1L01A 1OWYA 1C67A 1CV6A 4ARMA 3HT6A 1L28A 1DYGA 4W56A 118LA 237LA 4I7LA 1LGUA 1CU2A 3HUAA 1D3FA 3NY8A 1C6JA 2RB0X 171LA 1L52A 3NYAA 1C60A 3HUQA 172LA 115LA 191LA 155LA 1L63A 4W55A 205LA 1L65A 2B74A 236LA 3HWLA 4AQNA 3RZEA 177LA 3G3WA 1DYDA 2OTZX 2Z6BA 127LA 1L35A 2RB2X 3HTDA 1P6YA 4PJZA 1L50A 1PQKA 1CV5A 152LA 3DN4A 108LA 1C6KA 4E97A 1NHBA 1C63A 1OVKA 4I7SA 1L64A 4ARLA 3HH5A 1C61A 3C81A 1JTMA 2B73A 1G06A 1C6TA 206LA 3C7YA 1SWZA 1ZURA 230LA 2Q9EA 1L89A 3HH6A 145LA 103LA 1L49A 1G0JA 2O4WA 130LA 1CU5A 1G0KA 1L81A 4I7RA 1D3MA 4DJHA 181LA 1QTHA 1C6DA 258LA 1LYJA 2OU9A 109LA 3DN0A 246LA 1LW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KY1A 1JUGA 4OOOA 219LA 1FLQA 1BWJA 104LA 4ETDA 1L33A 3TXKA 1LZ1A 3WPJA 3FADA 4CGEA 5C6JA 212LA 1QT4A 5IHGA 1CKFA 4LYOA 5LYZA 1UIDA 1CV3A 4GRVA 4I7QA 1JTOL 4A7DA 1QSWA 2YDGA 5LYMA 1VFBC 188LA 1REZA 2DQAA 3SB7A 3CSRA 4LT1A 1L67A 1HELA 5APEA 1GDWA 1LJIA 5DN4A 1LHIA 4LT2A 3HTFA 4ARMB 1LMCA 1L76A 3PBLA 1YIKA 1QTDA 1L69A 5DLAA 1TAYA 5B1GA 165LA 9LYZA 2F30A 1JSFA 3TXEA 1JITA 4RW1A 2GV0A 5HLLA 4ARQA 1L37A 1W08A 2BQDA 4OOTA 3AW7A 1GFJA 1B7PA 5KXXA 2EIZC 5HNCA 2OE4X 1L30A 1GF6A 3A90A 3HDFA 4IAPA 1L72A 2RBPA 2Q0MX 1IP2A 5HNLA 3LZTA 1GAZA 2Z19A 3CDQA 4TX7A 4L41A 4H8ZA 186LA 4YENA 1V7TA 1QSBA 184LA 1NMMA 1C62A 1ZVHL 1LZ8A 1L54A 4HPIA 1L03A 4LFPA 4N0JA 1L41A 1LYIA 3V2WA 1IVMA 1IWYA 2RBRA 2RSCA 1IWVA 1J1PY 1LGWA 3HH4A 3DN6A 1HSXA 1IY4A 2AUBA 1YANA 1JQUA 3E3DA 4ET8A 1P46A 3CQLA 3D9AC 1GFKA 2CJLA 1LSNA 4WLTA 2IGCA 5KXZA 2RBOA 4N8ZA 3A95A 3W6CA 3G3XA 1G07A 2YSSC 3ZVQB 1GFHA 1LYEA 6LYTA 4N5RA 1HFXA 2G4NA 3DNAA 1GXV2 1L48A 4EPIA 1OVHA 1WVVA 1LMTA 3SN6R 2F4AA 2I26L 1C69A 1BVKC 1AM7A 1LZ5A 2LZMA 2W1LA 3HTBA 1L16A 1CV4A 1B7OA 1F0WA 1NHEA 1GB7A 1P56A 1L53A 2B6TA 221LA 5FSTA 200LA 123LA 4W59A 3OK0A 1LSCA 1GB5A 1LMOA 3EMLA 1AT5A 1G7MC 1H87A 3TXGA 5DM9A 126LA 2A4TA 3HTGA 1GB9A 4J1BA 3RZ4A 1T3PA 2ZIJA 5KXNA 3WU8A 2LHMA 1L06A 2DBTA 260LA 2RB1X 2PC2A 1DI5A 1JHLA 1P37A 3WXUA 1PQIA 4NHIA 4RLMA 1C6GA 1HFZA 3DMXA 3LYOA 4NGZA 1L26A 1N4FA 214LA 2DQEY 227LA 1FLUA 153LA 1UBZA 3JR6A 3SB5A 2B7XA 1QUSA 2OTYX 1L23A 1LOZA 5LA8A 5F14A 2A7FA 1T6HA 3WXTA 1LPIA 1L14A 1L43A 2Z12A 3RNXA 5E4PA 3J6KA 134LA 1WTHA 120LA 4PRUA 1L39A 1C45A 2FYDA 4NGLA 4EXMA 4ETAA 1L66A 4WLDA 5F16A 3AZ4A 1YL1X 8LYZA 183LA 2LYOA 2LYZA 2QB0B 5LVJA 1MLCE 1WQQA 1FLYA 3WVXA 2OU8A 5D5FA 138LA 1D2WA 1WQNA 199LA 3CDVA 1L62A 1QT7A 250LA 1JKAA 175LA 1UIGA 4NGYA 3TXFA 1LGXA 113LA 4HJZA 2YBJA 1BVXA 1CTWA 110LA 166LA 2C8OA 6LZMA 4NSGA 3RU5A 1VDQA 3RT5X 4NIJA 5EBHA 3HBDA 4E3UA 3M3UA 4QDNA 4NG8A 2OE7X 1UACY 1GFAA 1PQJA 3HT8A 1K28A 4FDYA 4N1EI 1QSQA 2MEEA 185LA 4NWEA 233LA 4DD0A 1L91A 1GAYA 4NSIA 4G49A 4ZIXA 156LA 1IR9A 1REXA 1L99A 4UWUA 4I7JA 1DYCA 1BB6A 4KPMA 1C43A 3T6UA 195LA 3LHMA 1L02A 3WU7A 2B6YA 1CV6A 4OWHA 4ARMA 4HPEA 3D3DA 4W56A 118LA 4I7LA 4R0FA 5FELA 171LA 4B1AA 5KXWA 1C60A 3HUQA 1WTMA 191LA 3WVYA 236LA 4AQNA 2W1YA 3RZEA 177LA 1J1OY 3G3WA 1DYDA 4DD2A 133LA 1B5UA 1UIEA 2H9JA 3HTDA 4PJZA 4NG1A 4MR1A 1YAQA 1OVKA 3HH5A 4DDCA 2B73A 1G06A 1FBIX 2BQOA 1L89A 145LA 1VATA 1IP6A 1L49A 130LA 1G0KA 4WG1A 1F10A 4NGIA 1HMLA 3DN0A 2DQHY 1INUA 1OUJA 1UIHA 4GN4A 3LZ2A 1WQOA 1LJFA 1L34A 1ZYTA 1QTZA 254LA 5FEKA 1CX7A 4WO9A 1JISA 3K2RA 4B0DA 1OP9B 3AZ7A 3HT9A 249LA 2RBQA 1QSAA 3EBAB 2BLXA 2BQGA 1NWGA 3G3BB 1FLWA 3IWRA 4NGJA 4PRQA 2CWIA 1SSWA 4KT3A 4PK0A 1LSBA 4H9HA 259LA 1DYBA 4H92A 1QTKA 3GUMA 1I56A 3TMUA 215LA 2XTHA 4YXAC 1GF0A 2BQEA 4W57A 4W52A 1LZYA 2A7DA 2XBRA 4EKSA 1O23A 1SX2A 1C6CA 3ZVQA 1C6FA 1B7NA 231LA 2ANVA 147LA 4YXCA 4W51A 1NQIA 1B5XA 1XEPA 1LI2A 4YM8A 3WYHA 3DMVA 1CVKA 4ETEA 3A96A 4GN5C 3W6DA 160LA 1Z55A 1HC0A 4CFOA 3EO5A 5D5CA 149LA 257LA 3WH1A 4IJ4A 1CNSA 1XJTA 1AKIA 209LA 2G4PA 4GCDA 4ETBA 3GULA 3ATNA 4C5FA 1G7LC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KY1 A;  1JUG A;  4OOO A;  219L A;  1FLQ A;  1BWJ A;  104L A;  4ETD A;  1L33 A;  3TXK A;  1LZ1 A;  3WPJ A;  3FAD A;  4CGE A;  5C6J A;  212L A;  1QT4 A;  5IHG A;  1CKF A;  4LYO A;  5LYZ A;  1UID A;  1CV3 A;  4GRV A;  4I7Q A;  1JTO L;  4A7D A;  1QSW A;  2YDG A;  5LYM A;  1VFB C;  188L A;  1REZ A;  2DQA A;  3SB7 A;  3CSR A;  4LT1 A;  1L67 A;  1HEL A;  5APE A;  1GDW A;  1LJI A;  5DN4 A;  1LHI A;  4LT2 A;  3HTF A;  4ARM B;  1LMC A;  1L76 A;  3PBL A;  1YIK A;  1QTD A;  1L69 A;  5DLA A;  1TAY A;  5B1G A;  165L A;  9LYZ A;  2F30 A;  1JSF A;  3TXE A;  1JIT A;  4RW1 A;  2GV0 A;  5HLL A;  4ARQ A;  1L37 A;  1W08 A;  2BQD A;  4OOT A;  3AW7 A;  1GFJ A;  1B7P A;  5KXX A;  2EIZ C;  5HNC A;  2OE4 X;  1L30 A;  1GF6 A;  3A90 A;  3HDF A;  4IAP A;  1L72 A;  2RBP A;  2Q0M X;  1IP2 A;  5HNL A;  3LZT A;  1GAZ A;  2Z19 A;  3CDQ A;  4TX7 A;  4L41 A;  4H8Z A;  186L A;  4YEN A;  1V7T A;  1QSB A;  184L A;  1NMM A;  1C62 A;  1ZVH L;  1LZ8 A;  1L54 A;  4HPI A;  1L03 A;  4LFP A;  4N0J A;  1L41 A;  1LYI A;  3V2W A;  1IVM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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