227LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVAQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 227lA00
1C6FA 219LA 145LA 2NTGA 1P5CA 1L49A 4I7PA 104LA 1L68A 1L80A 230LA 1XEPA 3DN0A 1C6EA 3CDVA 2RB0X 1OV7A 1JTMA 4LDOA 1P36A 1LLHA 2RBSA 1P3NA 3OE8A 1L92A 3UONA 114LA 198LA 1PQDA 1C68A 1C6CA 2B6TA 1C6HA 1C6PA 3V2WA 257LA 3C7YA 3L64A 1C6AA 1L03A 1LYFA 233LA 4YXAC 255LA 1KY1A 3DMXA 247LA 4I7QA 3GUNA 3ODUA 1T97A 4I7NA 1SX7A 3HU9A 181LA 2B72A 3HUQA 1G0GA 2ANVA 1L72A 3G3WA 3GUJA 1T8FA 1DYCA 1OVKA 251LA 1ZYTA 1L93A 2NTHA 3DN6A 2OU8A 1L62A 256LA 1SSWA 245LA 118LA 1T6HA 1L31A 1PQJA 3GUPA 1L29A 2L78A 1B6IA 1WTHA 3JR6A 1L08A 1QTBA 2A4TA 1JTNA 259LA 1G06A 3C83A 213LA 1L53A 1LWGA 1G1WA 221LA 1CV3A 1QS5A 1L81A 3HDFA 4W51A 1QTCA 1P2LA 103LA 3DN8A 120LA 1DYBA 2B74A 1C6IA 1D3FA 241LA 3NY8A 111LA 1L40A 1K28A 1L17A 1D3MA 3F8VA 4LDLA 1LYDA 4DKLA 1QUDA 235LA 178LA 1PQMA 4LZMA 1L35A 1L13A 1L26A 115LA 2OTYX 2B6XA 177LA 1L73A 4W56A 1CV5A 1L15A 2RAYX 159LA 1G0KA 2O7AA 237LA 4W52A 1LI2A 1LWKA 1L51A 3QAKA 4GRVA 2QARC 1CU6A 2RBNA 1L86A 1L01A 231LA 2B6YA 1L12A 1KS3A 164LA 188LA 3C82A 3EMLA 2OE7X 168LA 184LA 1L18A 1L27A 3CDQA 176LA 1KNIA 1CU0A 214LA 3DN3A 1C6GA 1LW9A 4W55A 1G0MA 171LA 2LZMA 3VW7A 254LA 158LA 1LPYA 4ARQA 4ARJA 1L79A 2RBOA 1LYIA 1QTZA 1SWZA 174LA 1L61A 4I7KA 1D2YA 122LA 4K5YA 1OWZA 1L47A 3HUKA 4EKPA 1L64A 1L52A 2RBPA 1QS9A 1C66A 228LA 2Z6BA 195LA 1CUPA 1L95A 1SX2A 1OVJA 4I7JA 4W59A 1L84A 224LA 260LA 242LA 1L48A 226LA 1L89A 3OE0A 139LA 1L0KA 1L20A 1QT5A 1G0QA 3NY9A 1PQOA 1CU5A 3C8QA 1C6DA 162LA 1D9WA 1L30A 2Q9EA 1P46A 4EPIA 2OE4X 3HT7A 149LA 1P37A 3HT9A 4EKRA 180LA 1L67A 225LA 232LA 4I7LA 167LA 1L69A 4DAJA 4EXMA 1L71A 144LA 3DN1A 1NHBA 1L58A 131LA 3SB9A 236LA 172LA 2O79A 199LA 1L60A 169LA 1L0JA 258LA 1L24A 1QT4A 215LA 3FADA 249LA 1C6BA 1CV6A 112LA 1L85A 4GBRB 262LA 1C6NA 1QUHA 1LYHA 3CDOA 3C7WA 1CUQA 1L97A 1XJTA 4PK0A 3DMVA 2ANXA 1ZURA 1L16A 246LA 3OE6A 253LA 123LA 3HU8A 1C6KA 189LA 1G0PA 1JQUA 3SBAA 3HT8A 166LA 2RB2X 1D3NA 1P6YA 1LGUA 3OE9A 3PDSA 1L65A 1L88A 130LA 3FA0A 238LA 151LA 3CDTA 3HTGA 1L14A 102LA 1CTWA 1L28A 1L41A 3SB7A 1L99A 1LYGA 1L77A 3C81A 1L42A 4W58A 211LA 1C6MA 3GUOA 5I14A 137LA 261LA 140LA 3F9LA 4ZPUA 3DMZA 1LYJA 3L2XA 1L76A 1G0JA 250LA 229LA 1L98A 4AQNA 1ZWNA 3PBLA 4W53A 163LA 1L46A 3HTDA 1QSQA 3HUAA 218LA 113LA 4ARMB 220LA 1CV4A 1PQIA 1L66A 183LA 1L19A 1OVHA 4YX7C 185LA 3CDRA 3HDEA 4ARLA 1QTVA 1L55A 1C6JA 152LA 190LA 3DKEX 1L59A 182LA 3SB8A 157LA 3GUKA 129LA 141LA 3HH5A 165LA 187LA 2RB1X 3HH4A 4I7SA 2RAZX 1L39A 1L70A 1CU2A 1SWYA 2OEAX 1L06A 1TLAA 248LA 2F32A 1G07A 2OU9A 1C63A 3HH6A 1DYEA 3SN6R 1KW5A 155LA 1L54A 1QT7A 3FI5A 109LA 1KW7A 5LZMA 3GUIA 107LA 156LA 1L22A 1L94A 170LA 223LA 1OWYA 3GULA 3RZEA 3DNAA 191LA 1T8GA 1L44A 1L34A 173LA 209LA 186LA 143LA 192LA 1CX7A 1D3JA 1G1VA 1L90A 1QTHA 2HUMA 1L96A 3HH3A 1QSBA 1EPYA 1CV1A 1L75A 1QT8A 216LA 1L11A 1LGXA 119LA 3SB5A 1L38A 150LA 1L82A 1DYAA 206LA 175LA 125LA 160LA 4EPFA 4I7MA 126LA 1P64A 3GUMA 4E97A 2OU0X 2B6WA 200LA 3SB6A 2HUKA 3C8SA 138LA 1C67A 1L43A 4EKQA 1D2WA 1P56A 110LA 3D4SA 2LC9A 1LI3A 205LA 239LA 244LA 1LI6A 1DYGA 1QUOA 2HULA 161LA 1L05A 4S0WA 1L25A 1L21A 1C6QA 4YXCA 1DYFA 3HTBA 2OE9X 1L09A 197LA 3HWLA 243LA 1L87A 1L23A 4OO9A 2B6ZA 2RBQA 240LA 7LZMA 1L32A 1LGWA 1P7SA 1C6TA 1L00A 2B73A 1L57A 4I7OA 3LZMA 1C60A 2LCBA 2B7XA 2Q9DA 1L83A 4I7TA 1C61A 2RH1A 1KY0A 1OV5A 1C65A 1CU3A 1L45A 3V2YA 4IAPA 3RUNA 196LA 4PJZA 4DJHA 1L50A 1L91A 1L36A 1I6SA 222LA 147LA 3DN2A 146LA 4I7RA 1LYEA 1DYDA 4ARMA 2RBRA 1C64A 210LA 1PQKA 3NYAA 4EJ4A 2F47A 4ARPA 2B70A 3K2RA 1CVKA 128LA 252LA 201LA 2CUUA 1G0LA 1C69A 1XJUA 3C7ZA 2IGCA 1SSYA 1QUGA 2O4WA 1L33A 4EKSA 3C80A 1L07A 1QTDA 3SBBC 127LA 3HTFA 6LZMA 1CX6A 1L10A 1CV0A 227LA 3G3VA 1T8AA 2F2QA 3HT6A 3DN4A 212LA 1QT3A 1L04A 2QB0B 234LA 1QT6A 2OTZX 1C6LA 1P2RA 3C8RA 1L56A 4W54A 4ARQB 3G3XA 4W57A 1L02A 142LA 1L63A 148LE 217LA 1L74A 1OYUA 2B75A 4LDEA 1C62A 1L37A 108LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NTGA 4I7PA 1GF9A 104LA 4UWVA 5HNCA 193LA 1IOSA 1L80A 1AT6A 2ZYPA 1VEDA 3LYZA 2RB0X 1G7LC 1JTMA 4LDOA 1IC7Y 4XJDA 1BWJA 1LYSA 1GXV2 1PQDA 1C6CA 4OOOA 4HPIA 1JKBA 4B0DA 1DPWA 1BVXA 1CKDA 247LA 2Z19A 1LZAA 5M1YA 2B72A 4B1AA 3HUQA 1GFJA 1IR8A 3GUJA 2LZ2A 4GN5C 4Z46A 245LA 1AZFA 5LVGA 1B5UA 2D4JA 3GUPA 3CT5A 3HBDA 2HUBA 5HMVA 1L08A 3FE0A 1LSPA 1L53A 1G1WA 3TXDA 3TXEA 3AZ7A 4WM5A 1GD6A 3WW6A 1DYBA 3NY8A 111LA 2CGIA 4DKLA 5DN5A 178LA 4GCCA 1LMQA 1UUZC 4EMNA 1L15A 1QTKA 1NWGA 1REYA 2BQHA 3F6ZA 1LI2A 3QAKA 1L51A 4GRVA 3A91A 1FLWA 2RBNA 1WTMA 1L86A 231LA 1BGIA 1KS3A 1LKRA 3C82A 168LA 184LA 4XENA 1L27A 1WQQA 1B5ZA 1LSNA 1J1OY 214LA 2BQGA 4GCEA 2WARA 1L79A 1UIEA 4HPEA 4DT3A 1QUTA 122LA 4BS7A 3A67Y 1OWZA 2D4IA 1L52A 1LYYA 228LA 1GBOA 1HEPA 1B7LA 4I7JA 1C43A 5LINA 1LSEA 1L48A 1FLQA 5FELA 4Z3MA 1UIFA 1L20A 1QT5A 3J6KA 4L41A 4DYGA 3C8QA 4NWEA 162LA 1D9WA 3B0KA 3ULRA 2XQOA 1OUDA 3P66A 4WOAA 2DQDY 180LA 1L67A 225LA 5DM9A 1IX0A 4DAJA 1L69A 6LYZA 5APFA 1KXXA 144LA 2BQAA 1AT5A 1IIZA 1L58A 236LA 1LJFA 2O79A 1L60A 5LAGA 1IO5A 112LA 1I1ZA 4GN4A 1L97A 5B06A 7LYZA 1ZMYL 5HLLA 1JQUA 2RB2X 3W6AA 2HEAA 1G7MC 1TEWA 1L88A 3TXFA 2HU1A 5B05A 1UBZA 1JSFA 3A94A 102LA 1L28A 2YBIA 1H87A 4H93A 3SB7A 5FCPA 1V7SA 1L77A 1JKDA 1L42A 2VB1A 3WL2A 1CNSA 137LA 4TWSA 4NG8A 4W96A 261LA 1HFYA 1W08A 1B9OA 140LA 5LA8A 1LYJA 4LZTA 2ZNWY 1L98A 3CT0A 3PBLA 163LA 1D6PA 1QSQA 3W6FA 1PQIA 3WVXA 2MEIA 4YX7C 1J1XY 3CDRA 1L55A 2ZYCA 1C6JA 152LA 190LA 1NHEA 182LA 3GUKA 5LVHA 4I7SA 3G3BB 1L70A 1SWYA 4DC4A 2OEAX 5I54A 4FDYA 4M4OA 1YILA 1LMOA 1OUCA 2D6BA 4WL6A 3SN6R 155LA 1A2YC 4NIJA 3GUIA 2BQNA 1UIHA 1LZEA 2DQJY 173LA 186LA 2EQLA 1CX7A 1L90A 1LMNA 3HH3A 1D0LA 3WPLA 4XJIA 5L3HA 3J4GA 4XJGA 1L75A 3CSQA 4DD7A 1OUFA 119LA 5FHWA 5B1FA 1MLCE 2YBLA 1UCOA 5E4PA 1HF4A 5E9RA 1YAOA 3CB7A 1IR9A 1KIQC 3SB6A 3A6BY 2HUKA 4XJHA 4H94A 1L43A 239LA 4HTNA 1YIKA 4C3WA 1DYGA 2IFFY 5I53A 2HULA 2HU3A 8LYZA 3A6CY 2DBTA 1JPOA 4O34A 197LA 4OWAA 1L87A 3WVYA 4EOFA 2RBQA 1LZCA 4R0FA 3TMVA 2Z38A 1GEVA 4ANRA 1BB3A 1GB7A 1LJEA 2ZILA 1DI4A 3A95A 3LZMA 2AUBA 2RH1A 1KY0A 1OV5A 4WG1A 4BAPA 1QSAA 1IC4Y 4LT0A 1L50A 1SLYA 1I6SA 3DN2A 1IR7A 3VWOA 2NWDX 5I4YA 4TSCA 4GN3A 1PQKA 3K2RA 4BAFA 1LSZA 5A3EA 2FYDA 252LA 3A93A 4G4BA 4B4IA 1G0LA 1KIPC 2IGCA 1SSYA 5DL9A 5EBHA 3KAMA 3QE8A 2MEBA 1JITA 4BADA 1DKJA 2HTXA 5FDJA 4H8YA 4MR1A 1CV0A 4NEBA 1RFPA 4A7DA 5I5QA 2QB0B 1L04A 1OUIA 4UWNA 3AYQA 4W54A 1JISA 132LA 2XTHA 1JJ0A 1L63A 1LTMA 148LE 3P65A 4R6CA 1B7SA 4LDEA 4B4EA 1DI5A 4OWBA 1LJJA 108LA 3LZTA 5APCA 4NGLA 1LJ4A 145LA 3A3QA 4DDAA 1P5CA 4LT2A 3ZVQB 4HJYA 3CDVA 154LA 1P36A 1LLHA 2RBSA 4DQ5A 1WQPA 1C68A 4WM3A 1C6PA 1LZ9A 2A7DA 1WQNA 257LA 1C6AA 5KJ9A 2Z37A 255LA 1GDWA 1LHIA 5APEA 4I7QA 3W6EA 1T97A 4I7NA 3T6UA 5T3FA 1SX7A 3HU9A 1EQEA 1HEQA 1T8FA 4DDCA 2ZQ4A 2OU8A 1LOZA 1NBYC 118LA 1HEMA 1LJNA 1GE1A 4XYYA 4NGKA 4YOPA 2L78A 1EQ4A 1A4VA 1B6IA 1WTHA 1QTBA 4TUNA 3TMUA 259LA 3A8ZA 1JIYA 221LA 1QS5A 3HDFA 4W51A 1IWTA 1QTCA 3WUNA 4ET9A 241LA 3B0IA 3P64A 1OUEA 1K28A 1L17A 3F8VA 1QUDA 4LZMA 1L13A 1L26A 4WG7A 5D5FA 3QNGA 2OTYX 1WQMA 3CQLA 2B6XA 4NG1A 4H1PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NTG A;  4I7P A;  1GF9 A;  104L A;  4UWV A;  5HNC A;  193L A;  1IOS A;  1L80 A;  1AT6 A;  2ZYP A;  1VED A;  3LYZ A;  2RB0 X;  1G7L C;  1JTM A;  4LDO A;  1IC7 Y;  4XJD A;  1BWJ A;  1LYS A;  1GXV 2;  1PQD A;  1C6C A;  4OOO A;  4HPI A;  1JKB A;  4B0D A;  1DPW A;  1BVX A;  1CKD A;  247L A;  2Z19 A;  1LZA A;  5M1Y A;  2B72 A;  4B1A A;  3HUQ A;  1GFJ A;  1IR8 A;  3GUJ A;  2LZ2 A;  4GN5 C;  4Z46 A;  245L A;  1AZF A;  5LVG A;  1B5U A;  2D4J A;  3GUP A;  3CT5 A;  3HBD A;  2HUB A;  5HMV A;  1L08 A;  3FE0 A;  1LSP A;  1L53 A;  1G1W A;  3TXD A;  3TXE A;  3AZ7 A;  4WM5 A;  1GD6 A;  3WW6 A;  1DYB A;  3NY8 A;  111L A;  2CGI A;  4DKL A;  5DN5 A;  178L A;  4GCC A;  1LMQ A;  1UUZ C;  4EMN A;  1L15 A;  1QTK A;  1NWG A;  1REY A;  2BQH A;  3F6Z A;  1LI2 A;  3QAK A;  1L51 A;  4GRV A;  3A91 A;  1FLW A;  2RBN A;  1WTM A;  1L86 A;  231L A;  1BGI A;  1KS3 A;  1LKR A;  3C82 A;  168L A;  184L A;  4XEN A;  1L27 A;  1WQQ A;  1B5Z A;  1LSN A;  1J1O Y;  214L A;  2BQG A;  4GCE A;  2WAR A;  1L79 A;  1UIE A;  4HPE A;  4DT3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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