227LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVAQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (108-112)AH7 (115-123)TIV3 (112-115)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)O1 (134-136)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 227lA00
1L50A 1L14A 1SWYA 243LA 2OU8A 118LA 1QSQA 3NY9A 158LA 192LA 1C6KA 4DKLA 4I7OA 1C6DA 3VW7A 3G3XA 2OE9X 114LA 4ARJA 4EPIA 1WTHA 1CU2A 3G3VA 1LYGA 145LA 3HDEA 1T8FA 3GUKA 7LZMA 1L19A 1L27A 166LA 235LA 1LYEA 2OEAX 1CU0A 2RBRA 128LA 1JTNA 1QT5A 226LA 2B6WA 4W55A 1ZURA 1PQKA 1OVKA 2QB0B 199LA 240LA 1L53A 1CUPA 1L86A 175LA 1L35A 261LA 157LA 185LA 4EPFA 3C8SA 3CDVA 3HTBA 3HU8A 254LA 233LA 1G0KA 4ARQA 1QTBA 3DMVA 1L88A 146LA 1DYDA 180LA 3UONA 1G0QA 1C6BA 1ZYTA 3FADA 3GUJA 1QT8A 234LA 4ZPUA 1CX7A 1L07A 155LA 1OWZA 1L25A 1L59A 1G06A 1LYHA 1L68A 1QSBA 1C6GA 1P5CA 3DMZA 1XEPA 4I7RA 1P2RA 244LA 1C63A 1G07A 1QUHA 2Z6BA 1CV5A 1LI6A 1LI3A 1OVJA 1KNIA 1L28A 1T97A 1K28A 4I7NA 4EKRA 151LA 189LA 1C68A 182LA 1L48A 1KY0A 1L93A 3G3WA 1L72A 4E97A 4LZMA 228LA 3JR6A 3C82A 3C80A 1CU5A 4S0WA 119LA 2OU0X 3DN1A 3HUAA 191LA 4LDEA 3HT7A 250LA 4I7QA 115LA 171LA 3EMLA 123LA 2RBNA 200LA 2LCBA 242LA 2RB1X 2RBOA 1KW7A 131LA 1CV6A 3SB5A 3HTDA 1C6QA 3CDQA 3DNAA 4I7MA 1LYJA 239LA 129LA 3DN3A 183LA 167LA 1L00A 2LC9A 1L20A 3QAKA 3SBBC 230LA 1QUOA 260LA 2F2QA 186LA 1L66A 3OE0A 232LA 1DYCA 177LA 1L45A 4DAJA 2ANVA 1L73A 3FA0A 107LA 4ARMB 1DYEA 1T8GA 1QT7A 221LA 4W59A 1L65A 1D3NA 103LA 216LA 3D4SA 1OV5A 143LA 3HT9A 4W58A 1EPYA 1L97A 3F9LA 125LA 258LA 1L69A 4AQNA 2L78A 4W57A 1CV4A 1L74A 1OVHA 1D9WA 249LA 1C6IA 4W52A 4GRVA 1L60A 3CDTA 3L2XA 1G0MA 3SB8A 3GUMA 1L0KA 1P36A 1C6FA 3HH5A 1P7SA 2RAZX 1L44A 1QS9A 163LA 127LA 1L89A 172LA 248LA 1L43A 1CU3A 2F47A 256LA 4EXMA 149LA 144LA 2OU9A 4EKQA 1P6YA 104LA 120LA 1SSWA 3C83A 4I7JA 1LGXA 1L32A 168LA 1QTHA 1PQDA 236LA 247LA 1SWZA 1C6NA 1L01A 2A4TA 3PBLA 1QTZA 1JQUA 1L11A 2IGCA 5LZMA 4OO9A 1DYFA 4EJ4A 148LE 1OV7A 1LGWA 3DN4A 1P3NA 1G0LA 1ZWNA 2B73A 4ARMA 2OE7X 1PQMA 139LA 3DKEX 1L47A 1CV1A 1D3MA 190LA 2B7XA 1C65A 1QTDA 3SB9A 1KY1A 3HH4A 2B70A 1L06A 4EKPA 3GUIA 209LA 1C6EA 1L04A 122LA 111LA 2B6XA 1C62A 152LA 2RBSA 3HU9A 176LA 1G1WA 126LA 218LA 188LA 1C64A 2B6TA 102LA 1L70A 1L40A 1TLAA 3HT6A 1P64A 212LA 3HTGA 169LA 1QUDA 2RBQA 257LA 4PJZA 219LA 1JTMA 229LA 2RH1A 1L41A 3DN8A 1L58A 1L96A 1LGUA 1DYAA 1D3JA 1DYGA 3NY8A 1L55A 1C6TA 4W54A 1SX7A 241LA 164LA 1P56A 2HULA 1LYDA 1OYUA 210LA 1B6IA 187LA 1L15A 2HUKA 1PQIA 1L76A 1DYBA 113LA 196LA 184LA 215LA 3HWLA 1G1VA 259LA 1L91A 112LA 3HUKA 3L64A 2CUUA 3F8VA 2LZMA 4EKSA 1C6HA 4ARLA 6LZMA 4I7KA 2B6YA 206LA 1CV3A 1L51A 1P2LA 1L0JA 2QARC 1L85A 4I7PA 3SN6R 1L82A 1L83A 1LYFA 213LA 178LA 147LA 1SX2A 1CVKA 1L81A 4K5YA 1QTVA 4LDOA 2F32A 214LA 2B74A 2ANXA 2O7AA 174LA 1QUGA 3V2YA 4I7TA 1D3FA 1L22A 1L54A 1SSYA 1XJUA 211LA 3OE9A 3GUPA 3K2RA 1G0GA 3C7ZA 173LA 1T8AA 2O79A 1KS3A 1L05A 1C60A 201LA 1L56A 156LA 237LA 3OE6A 4I7LA 246LA 1C6PA 159LA 1C6CA 1L13A 1L31A 1L26A 150LA 1G0PA 108LA 1L80A 1C67A 2HUMA 170LA 130LA 3C8QA 110LA 160LA 1C69A 3OE8A 1P46A 1D2WA 1C6LA 2RAYX 1I6SA 4W56A 4YX7C 1L75A 1LI2A 1QTCA 3DN0A 3RZEA 3GUOA 3HDFA 1L36A 138LA 1L24A 1LWGA 1G0JA 1L39A 1L64A 2Q9EA 3NYAA 1QT3A 3HH3A 1L57A 2NTHA 1L08A 3HUQA 3C8RA 1C6JA 141LA 1L84A 222LA 1L16A 2B6ZA 231LA 1L38A 1C6AA 4GBRB 251LA 162LA 4I7SA 3DN2A 3RUNA 1KW5A 1XJTA 4YXCA 224LA 4YXAC 161LA 253LA 195LA 1L03A 1L94A 4LDLA 3V2WA 262LA 4W51A 3ODUA 140LA 1L42A 3FI5A 3DN6A 217LA 1L77A 165LA 1C6MA 1L79A 2B72A 3SB7A 1L62A 198LA 238LA 3SBAA 4ARPA 1CV0A 2NTGA 1C61A 1OWYA 4IAPA 4W53A 2O4WA 1L95A 223LA 2RB0X 1L61A 1QT6A 1L17A 1L92A 3CDOA 2OTZX 1CU6A 1L90A 1L87A 1P37A 205LA 3CDRA 1L67A 1D2YA 1CUQA 1L49A 1L09A 1PQJA 1L12A 1L99A 197LA 3C7YA 245LA 1QS5A 1LLHA 1L33A 1L46A 1QT4A 109LA 1L98A 227LA 252LA 1L02A 1CX6A 3SB6A 4ARQB 2OTYX 3HTFA 137LA 1LPYA 220LA 1L63A 255LA 1NHBA 3GUNA 181LA 1L34A 1LYIA 1L29A 2OE4X 2Q9DA 3LZMA 1L23A 1LW9A 4PK0A 1C66A 2RB2X 5I14A 1L52A 1L71A 1PQOA 1LWKA 1L21A 1L18A 225LA 1L30A 1L37A 3DMXA 1L10A 2B75A 3HT8A 3C81A 3PDSA 1T6HA 1CTWA 142LA 3C7WA 3GULA 4DJHA 2RBPA 3HH6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WQRA 1SWYA 2OU8A 4LFXA 3NY9A 4I7OA 4WG1A 3VW7A 3BKVA 1C10A 4OOOA 1WTHA 2LYZA 4OWHA 145LA 1ZVHL 1BB3A 4DD7A 1L27A 1GWDA 4UWVA 1FKQA 5F9XA 1YKXX 2BQAA 1IWUA 4G9SA 4ETBA 1DI3A 1HSXA 4W55A 4TUNA 5D5CA 1OVKA 2FYDA 1L53A 5LVIA 4ETEA 1J1OY 1LZYA 157LA 4EPFA 3C8SA 5DL9A 3CDVA 1V7SA 233LA 1G0KA 1B5XA 4ARQA 1QTBA 1KXXA 153LA 4B4EA 1DPXA 1CKFA 1LZ1A 1IP1A 1C6BA 4WLDA 3RW8A 4WOAA 5KXPA 1IWVA 5KXKA 1GBYA 1LMQA 4CGEA 1GF0A 1YROA 1L59A 1G06A 2BQDA 1LYHA 1L68A 1GB8A 4ML7A 3DMZA 1XEPA 4I7RA 2Z6BA 1G07A 5IDDA 5L3IA 5B07A 1YIKA 1SQ2L 4B1AA 1RI8B 4I7NA 1C68A 4AXTA 1YKYX 4WLYA 228LA 4FDYA 3C82A 3AB6A 1HFXA 2LYOA 1LMOA 3DN1A 1FBIX 3HUAA 2FYCA 5F14A 5DM9A 4XJFA 2HEAA 1TEWA 1XGUC 3AGHA 171LA 242LA 131LA 3DNAA 4I7MA 2Z19A 4LT0A 3DN3A 183LA 1EL1A 3MGWA 3QAKA 1ALCA 1JPOA 260LA 186LA 1FLYA 232LA 2W1YA 4GCEA 4W94A 2HEBA 1TBYA 1WTMA 1L73A 1AKIA 1C43A 2BQIA 3CB7A 1GBSA 1IC4Y 1B5ZA 221LA 3WU8A 2Z2EA 216LA 4PRQA 1EPYA 1L97A 1LMCA 1XEIA 2YBJA 1OVHA 1D9WA 249LA 1LHMA 4GRVA 1YL0X 1LSGA 1KXYA 1GE4A 3GUMA 1P7SA 4PJ2C 127LA 248LA 1L43A 1ZVYB 3CQLA 3A34A 2F47A 4N9RA 1B7NA 120LA 1YAOA 2Z37A 4H92A 168LA 1B7MA 1IOQA 1WQNA 1L01A 5B06A 2A4TA 5E9RA 2LYMA 2F4GA 1LGWA 1LJNA 2B73A 1B5YA 1WTNA 190LA 2B7XA 5KXXA 2MEGA 1HMKA 3EBAB 3HH4A 2B70A 1INUA 1C6EA 2ZWBA 4NGLA 2B6XA 152LA 3F6ZA 1LJJA 1C64A 5I4XA 3WL2A 1TLAA 2ZYCA 212LA 1YKZX 1GE0A 3WH1A 4ETAA 4PJZA 2RH1A 1B7SA 1L58A 4HJVA 2PC2A 1HEWA 4ZFPA 1GAZA 3WPLA 2CWIA 1L15A 2HUKA 1IR7A 4MCKA 3HWLA 215LA 1GEVA 3WMKA 259LA 1L91A 3L64A 1LSDA 4B4IA 4J0LA 4ARLA 2B6YA 1CV3A 1P2LA 4M4OA 2QARC 2W1LA 1F6RA 1LYFA 1JHLA 213LA 5HMVA 4LDOA 1B7OA 2B74A 2ANXA 2W1MA 5I54A 174LA 2MEAA 3OE9A 1YILA 173LA 1FKVA 4XN6A 4NWHA 1L56A 1F6SA 1UA6Y 246LA 3LYZA 159LA 1C6CA 4B49A 193LA 1L31A 1HEPA 3A92A 4OOTA 1HEQA 130LA 1GB5A 1C69A 1V7TA 2BQBA 1LSMA 1JEFA 1LZGA 4WL6A 1LSFA 3CSRA 4Z98A 1I6SA 4W56A 1OUBA 3WU7A 3HDFA 3WPKA 138LA 1LWGA 4QEQA 2Q9EA 3NYAA 3HUQA 1C6JA 1L16A 1RFPA 3G3AB 4YM8A 3N9EA 1IX0A 2HTXA 4GBRB 2H9KA 1KW5A 4NSIA 5LYMA 4LT3A 224LA 4YXAC 161LA 5DN5A 3CT0A 3T6UA 1D9UA 1L77A 2XBRA 4KXIA 1E8LA 165LA 1C6MA 1L62A 198LA 3TMWA 3SBAA 4PGJB 2D4KA 1HMLA 4IAPA 4W53A 5B1GA 2O4WA 223LA 2RB0X 4D9ZA 3TMXA 1QT6A 3LHMA 1L92A 1G7JC 3CDOA 4H93A 1IP6A 1IWWA 1UIDA 2G4NA 2DQCY 5J7CA 1L12A 1UIFA 4Z3MA 245LA 1QT4A 4NSGA 2ZQ4A 1H6MA 1L02A 1CX6A 4LYMA 4ARQB 2VB1A 3HTFA 1LPYA 3GUNA 220LA 2BQCA 1UCOA 3N9AA 1LW9A 2AUBA 1GE3A 4XJBA 1BVKC 4WM2A 1C66A 2RB2X 1L52A 1L21A 225LA 2ZILA 2Z2FA 1JKCA 3HT8A 1LHKA 4KL7A 3PDSA 2B5ZA 142LA 1D0LA 1BB6A 2ZYPA 3GULA 4DQ7A 2RBPA 4H94A 2DQIY 1L14A 5LVKA 1IEEA 4H91A 243LA 1NWGA 3B0KA 1B5VA 1QSQA 1REMA 3A6BY 158LA 1C6KA 5JENB 4ARJA 4EPIA 1CU2A 5LIOA 3RNXA 3GUKA 7LZMA 235LA 3D9AC 1NBZC 1CU0A 1XEKA 1JTNA 1QT5A 1LZNA 1ZURA 5LVHA 199LA 1L86A 1OUAA 185LA 1W6ZA 1XFPL 1NBYC 4BAPA 3DMVA 1L88A 1OUGA 1G7HC 3D3DA 4CHXA 180LA 3UONA 2YSSC 1ZYTA 1IY4A 4NWEA 3W6CA 3GUJA 1GFGA 3WUNA 1LZ4A 1CNSA 1B7PA 3A90A 1WQMA 1YL1X 1QSBA 4NHQA 1B9OA 1VDQA 4GCFA 1C63A 1CV5A 1LI6A 2BPUA 4NSJA 4WM5A 1OVJA 1GFAA 1BB7A 1L28A 4EKRA 2D6BA 154LA 1HHLA 1L48A 1JISA 1KY0A 1I56A 5LYTA 4GCBA 3JR6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WQR A;  1SWY A;  2OU8 A;  4LFX A;  3NY9 A;  4I7O A;  4WG1 A;  3VW7 A;  3BKV A;  1C10 A;  4OOO A;  1WTH A;  2LYZ A;  4OWH A;  145L A;  1ZVH L;  1BB3 A;  4DD7 A;  1L27 A;  1GWD A;  4UWV A;  1FKQ A;  5F9X A;  1YKX X;  2BQA A;  1IWU A;  4G9S A;  4ETB A;  1DI3 A;  1HSX A;  4W55 A;  4TUN A;  5D5C A;  1OVK A;  2FYD A;  1L53 A;  5LVI A;  4ETE A;  1J1O Y;  1LZY A;  157L A;  4EPF A;  3C8S A;  5DL9 A;  3CDV A;  1V7S A;  233L A;  1G0K A;  1B5X A;  4ARQ A;  1QTB A;  1KXX A;  153L A;  4B4E A;  1DPX A;  1CKF A;  1LZ1 A;  1IP1 A;  1C6B A;  4WLD A;  3RW8 A;  4WOA A;  5KXP A;  1IWV A;  5KXK A;  1GBY A;  1LMQ A;  4CGE A;  1GF0 A;  1YRO A;  1L59 A;  1G06 A;  2BQD A;  1LYH A;  1L68 A;  1GB8 A;  4ML7 A;  3DMZ A;  1XEP A;  4I7R A;  2Z6B A;  1G07 A;  5IDD A;  5L3I A;  5B07 A;  1YIK A;  1SQ2 L;  4B1A A;  1RI8 B;  4I7N A;  1C68 A;  4AXT A;  1YKY X;  4WLY A;  228L A;  4FDY A;  3C82 A;  3AB6 A;  1HFX A;  2LYO A;  1LMO A;  3DN1 A;  1FBI X;  3HUA A;  2FYC A;  5F14 A;  5DM9 A;  4XJF A;  2HEA A;  1TEW A;  1XGU C;  3AGH A; 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