227LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVAQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 227lA00
1JQUA 1L52A 1L97A 1L03A 177LA 1LPYA 1CUQA 244LA 1CV5A 2HUKA 2RBSA 2HULA 199LA 1CU3A 1C6NA 237LA 2OTZX 1WTHA 1CV6A 3QAKA 1L71A 3HU8A 4K5YA 247LA 1L90A 3SB5A 248LA 243LA 1L75A 2B6ZA 3DKEX 2B70A 1QTVA 1SWZA 3HH6A 3SBBC 4GBRB 222LA 3FI5A 1SX2A 3PDSA 3DNAA 1G0GA 1L98A 1T8FA 1P56A 176LA 1C6KA 1QS9A 3HUQA 201LA 3DN8A 3HWLA 1C6IA 3C7YA 1L00A 3GUPA 2LC9A 213LA 3HH3A 1L55A 157LA 254LA 3HDFA 109LA 1G0LA 200LA 2RB0X 1T8GA 186LA 1L86A 5I14A 4LDOA 1C6GA 3D4SA 1OV5A 146LA 185LA 129LA 1QT7A 4W55A 3G3VA 3FADA 236LA 1L39A 4W54A 3SB9A 1L19A 1L46A 1L33A 228LA 1KNIA 1L38A 1L77A 2RB2X 3C83A 3DMZA 1P6YA 223LA 3NY9A 4DAJA 1K28A 1C6LA 131LA 1L47A 2A4TA 3F8VA 1LYGA 1L43A 2OE4X 3DN1A 2OTYX 1L28A 1C61A 2QARC 126LA 1L21A 1L73A 3FA0A 233LA 219LA 180LA 3SB7A 1L66A 1CU5A 246LA 1LYJA 1L70A 1CV4A 250LA 1L05A 2Z6BA 1OYUA 4ARQB 2QB0B 1L25A 3OE0A 1L44A 1DYDA 2ANVA 1L13A 1L50A 3HTDA 2B6WA 1QTHA 1L08A 166LA 158LA 159LA 242LA 2Q9EA 1QT6A 107LA 1SSWA 1L80A 217LA 127LA 2RBNA 1QTCA 3DN0A 3GUKA 3GUNA 3HTBA 1L18A 2B75A 1QT5A 4YXAC 1P2LA 156LA 1P46A 3GULA 1G0PA 1JTMA 3OE6A 4W57A 1P36A 1L45A 229LA 261LA 2RAYX 3JR6A 4W52A 4W53A 1L96A 1ZURA 234LA 1PQMA 4EXMA 245LA 1OVJA 1QTDA 1L06A 1LYHA 1L09A 251LA 2O4WA 3HTGA 4YXCA 112LA 152LA 147LA 3C8QA 1L20A 104LA 1L62A 1QUGA 1D3JA 2B6XA 191LA 1C6PA 4W58A 4EKSA 224LA 1C65A 1C6DA 3HTFA 7LZMA 1G0KA 1LLHA 1QTBA 1L83A 1LYIA 1L81A 192LA 1L67A 1L82A 103LA 206LA 1LGUA 1C6HA 3ODUA 3C82A 227LA 232LA 1L01A 1L51A 1L53A 1QSBA 178LA 2IGCA 4ZPUA 240LA 4OO9A 2F2QA 1L30A 1LYFA 1L63A 175LA 4W51A 123LA 1C67A 2F47A 1C6TA 1LI3A 1LW9A 239LA 1L85A 2CUUA 3RZEA 4ARMA 162LA 1L76A 137LA 160LA 1ZWNA 3HDEA 3CDTA 2OU8A 195LA 3HH5A 182LA 3C81A 225LA 1G06A 1L57A 1L79A 3HU9A 113LA 1QUHA 1L88A 1L10A 1L17A 3NYAA 1D3NA 1LGWA 1C6CA 2Q9DA 165LA 190LA 3F9LA 144LA 139LA 141LA 1D2WA 1G0QA 4W56A 1P5CA 125LA 2OEAX 3HH4A 2RBQA 3GUMA 1QUOA 2O79A 1L56A 1C66A 1OVKA 2NTHA 183LA 172LA 2B7XA 1CV1A 3HUKA 130LA 3C7ZA 1CV0A 1PQDA 1L32A 1PQKA 4EKQA 1L60A 1QUDA 2RH1A 1SSYA 4W59A 1QT3A 2OU9A 1L69A 168LA 119LA 1NHBA 3CDOA 118LA 3C8SA 1L59A 3HUAA 1L64A 256LA 1L95A 3DN2A 142LA 1L15A 1KS3A 3EMLA 1PQJA 1D9WA 1L74A 1C6JA 4EPFA 1C6FA 4LZMA 1C63A 1DYCA 220LA 1T8AA 3V2YA 1L61A 122LA 253LA 3HT7A 1L36A 2OE7X 4I7LA 1P2RA 174LA 1L92A 3GUJA 4EJ4A 4GRVA 3HT6A 1OWZA 1ZYTA 2OU0X 1CU0A 1L84A 241LA 1L23A 1D2YA 3LZMA 1L34A 1XJUA 4ARJA 187LA 4E97A 230LA 2F32A 2LZMA 215LA 1PQOA 167LA 1G1VA 2B72A 212LA 3CDRA 3SB6A 1DYBA 252LA 164LA 1L42A 3PBLA 1QTZA 3K2RA 1C69A 1QT8A 128LA 3C8RA 1KY1A 1D3MA 1L0KA 205LA 1CTWA 3CDQA 1LI6A 1L48A 4EPIA 249LA 169LA 231LA 188LA 2OE9X 3HT8A 226LA 260LA 3VW7A 1DYAA 3DMVA 1LYEA 1L91A 138LA 2LCBA 1L41A 1L49A 3C80A 1L29A 259LA 1C62A 108LA 1KW7A 1CU6A 4S0WA 5LZMA 1C60A 1LI2A 1L87A 2RBOA 3UONA 155LA 2B6YA 3DN3A 1D3FA 1OVHA 170LA 6LZMA 1L04A 257LA 140LA 4I7MA 4EKPA 102LA 3DMXA 189LA 4ARLA 4DJHA 1L02A 1P64A 1L26A 2B74A 4I7JA 4IAPA 4AQNA 3V2WA 1L54A 4LDEA 161LA 1QS5A 4ARMB 3L64A 3GUOA 4LDLA 1DYFA 1L16A 1LGXA 1L11A 1LWGA 209LA 3NY8A 1L58A 1SWYA 258LA 4YX7C 1CUPA 1B6IA 216LA 1L93A 2RBRA 2NTGA 197LA 1QT4A 1L31A 1XEPA 171LA 1G0JA 218LA 145LA 184LA 214LA 238LA 3OE8A 1L27A 4I7NA 3G3XA 1LYDA 1CX7A 1L22A 1L37A 143LA 1I6SA 4DKLA 235LA 1OV7A 4EKRA 1DYEA 255LA 1L99A 4ARQA 3HT9A 198LA 2O7AA 4PK0A 181LA 151LA 1C64A 1C6AA 1XJTA 1OWYA 2RAZX 173LA 210LA 2B6TA 1L40A 115LA 1P3NA 1JTNA 1C68A 4I7QA 1T6HA 110LA 1LWKA 4PJZA 1G1WA 148LE 163LA 111LA 1QSQA 3SB8A 1P7SA 2RB1X 120LA 1CVKA 1CU2A 196LA 3SN6R 4ARPA 1C6EA 2HUMA 1DYGA 4I7OA 1L89A 3RUNA 1TLAA 2ANXA 3L2XA 2B73A 1L68A 2L78A 4I7TA 114LA 1G0MA 1CX6A 4I7RA 1L0JA 1L94A 1C6QA 1CV3A 1L14A 3DN6A 1L12A 1PQIA 1G07A 1L24A 3DN4A 1C6MA 3GUIA 149LA 1T97A 1L65A 3C7WA 1L07A 3G3WA 4I7KA 1KY0A 4I7SA 221LA 3CDVA 4I7PA 1KW5A 1EPYA 3SBAA 1L72A 211LA 3OE9A 1C6BA 1SX7A 150LA 1L35A 1P37A 262LA 2RBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TWSA 1GB9A 244LA 1O23A 2HUKA 3EO5A 1T6VL 3WMKA 4XJDA 1NBYC 3TXKA 2OTZX 3B0KA 3QAKA 2HECA 247LA 1L90A 4G9SA 243LA 194LA 1GFVA 2ZNWY 2B70A 3HH6A 5LA5A 222LA 2I26L 1SX2A 1IP5A 1QSWA 4ML7A 2EIZC 3DN8A 213LA 3ZVQA 3HH3A 1LMQA 109LA 1G0LA 5ILFA 2RB0X 5I14A 1C6GA 2AUBA 2HEDA 185LA 1E8LA 1QT7A 3G3VA 1UUZC 1IP2A 5LINA 1UIGA 5F16A 2MEFA 4WL6A 2DQJY 1L33A 1PS5A 228LA 1GE4A 1W08A 1L77A 3B0IA 5LAGA 2DQAA 1W6ZA 1CKDA 223LA 1K28A 1L47A 1ZV5L 4NFVA 2G4NA 2OE4X 2BAAA 3TXEA 2OTYX 1HMKA 2QARC 2ZQ3A 3FA0A 233LA 180LA 2CDSA 4DDBA 5I4YA 3TXBA 5L3HA 1UIEA 4N1EI 1LYJA 1L70A 2WARA 4E3UA 1L25A 1L50A 5IDDA 3HTDA 5KXYA 1OUDA 1L08A 3W3EA 4D9ZA 3ATNA 3DN0A 1MELL 1JISA 1P2LA 1VFBC 2HEEA 4YXAC 1G0PA 1JTMA 4W57A 1B5ZA 1ZURA 4WG1A 1PQMA 4EXMA 245LA 1QTDA 4CHXA 1GDWA 4QY9A 2D4KA 4YXCA 112LA 1WVVA 3C8QA 1C7PA 1GFTA 104LA 4W58A 1C6PA 2FYCA 2A7DA 1IR9A 7LZMA 4NHTA 1LYIA 2BQJA 4RW1A 1YROA 1L81A 192LA 1L67A 1L82A 1HC0A 206LA 1LJNA 1BHZA 3C82A 227LA 1GFKA 1L01A 3TMUA 5LVKA 175LA 1L85A 1D0MA 1GEVA 1QDRA 1IOTA 1IIZA 1QQYA 5II3A 3CQLA 1H6MA 3P68A 1C10A 2DQFC 113LA 4NG1A 3TXDA 1IOCA 1WTMA 165LA 1LSAA 3F9LA 3SP3A 5D5FA 141LA 1LSDA 2DKVA 6LYTA 2OEAX 1GBOA 2GV0A 3EMSA 1WQRA 1AT5A 2MECA 3TXIA 3GUMA 1L56A 1QIOA 1C66A 1I1ZA 2A7FA 5DM9A 5E4PA 3CT5A 3WUMA 3A3QA 2MEBA 3HUKA 2D4JA 4CFPA 1L69A 119LA 1C46A 3CDOA 1GE2A 3C8SA 1L59A 5HMJA 2Z2FA 3HBHA 3WPJA 1HSWA 4ZIXA 1HNLA 1HEMA 3N9EA 3A67Y 1C6FA 4LZMA 1C63A 1L61A 3HT7A 1LSZA 1HEQA 1LJFA 174LA 4EJ4A 1GFJA 3FE0A 5DN4A 2OU0X 4GN5C 5APEA 1LAAA 1UA6Y 4XYYA 5FELA 1L84A 3ULRA 1BWIA 4ETCA 1REYA 1YAOA 2HEFA 1VEDA 1HMLA 1LMAA 3OJPA 1YAPA 128LA 2EQLA 2DQEY 1L0KA 9LYZA 1REZA 3WU8A 1CTWA 3CDQA 4B0DA 1CKFA 4EPIA 4NHSA 4Z98A 3HT8A 1QDTA 4OWAA 1DZBX 1DXJA 4PJ2C 4I8SA 4LYOA 1LSBA 2BQNA 3C80A 3W6AA 108LA 3A92A 4S0WA 2Z37A 2HU3A 3KAMA 1RE2A 2RBOA 1GB7A 2ZYCA 5B1GA 1LJIA 4NGJA 4HTQA 5C6IA 134LA 1UACY 5APFA 140LA 3J4GA 102LA 1IWXA 4WG7A 1L26A 2B74A 4NGLA 5LAFA 1GE0A 4AQNA 1YQVY 4NHQA 3V2WA 1D6PA 1IP3A 1LSGA 4ARMB 3GUOA 4LDLA 1DYFA 5I53A 4XN6A 1LGXA 1YKXX 1L11A 1LWGA 209LA 1L58A 1SWYA 1REMA 1CUPA 4LYZA 1VATA 3RU5A 1L93A 2RBRA 4II8A 1CJ6A 1L31A 1XEPA 184LA 1IWWA 1DI3A 4PRUA 3G3XA 1CX7A 1L22A 3AZ7A 4DKLA 3CSZA 4EKRA 1GAZA 1SQ2L 1IY4A 1LSNA 2O7AA 4PK0A 4YEOA 3M18B 1C6AA 1L40A 1GBYA 1JTNA 4DD7A 1N4FA 110LA 132LA 1LWKA 3QE8A 148LE 4FJRA 1GE3A 1A4VA 2BQGA 3WPKA 4NSJA 4GN3A 196LA 4GLAA 5KY1A 1GB3A 2B73A 4DWXA 3WU7A 3A91A 2CWIA 4I7RA 1GFAA 1L0JA 1NWGA 1L94A 2YBIA 1L12A 4HJVA 1G07A 1IC5Y 3DN4A 1LOZA 2Z2EA 1JKCA 4I7SA 5KXWA 3CDVA 2W1MA 211LA 1C6BA 1CKHA 2ZIKA 3CB7A 2RBPA 1L52A 5LVGA 2XJWA 1CUQA 2HULA 3WH1A 199LA 4PGJB 2NWDX 2HEBA 3W6BA 2Z19A 1CKCA 237LA 1LZ8A 1WTHA 2BQDA 4B4JA 3HU8A 4BAPA 4NSGA 1DKJA 3SB5A 1D0KA 4GCDA 1JITA 3DKEX 4PPOA 1SWZA 2MEDA 5KXSA 1BVKC 1BB4A 4YF2A 4CFOA 1G0GA 4WM2A 1AM7A 5ILCA 4J7VA 2X0AA 2LZTA 1FN5A 3HUQA 1YAQA 3LZ2A 1C6IA 3GUPA 1PZYA 1L55A 1B0DA 4WLTA 4NSIA 1VDTA 1BWHA 1LMOA 3RZ4A 2CGIA 2HEAA 3D4SA 5J7CA 3FADA 3W6FA 236LA 5FEKA 1F6SA 3SB9A 1L19A 1ZVHL 1KNIA 2HTXA 1LZGA 5FCPA 2H9JA 2HU1A 4LYBA 3DMZA 2A4TA 1FKQA 1L43A 126LA 1L21A 4TTDA 246LA 1CV4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4TWS A;  1GB9 A;  244L A;  1O23 A;  2HUK A;  3EO5 A;  1T6V L;  3WMK A;  4XJD A;  1NBY C;  3TXK A;  2OTZ X;  3B0K A;  3QAK A;  2HEC A;  247L A;  1L90 A;  4G9S A;  243L A;  194L A;  1GFV A;  2ZNW Y;  2B70 A;  3HH6 A;  5LA5 A;  222L A;  2I26 L;  1SX2 A;  1IP5 A;  1QSW A;  4ML7 A;  2EIZ C;  3DN8 A;  213L A;  3ZVQ A;  3HH3 A;  1LMQ A;  109L A;  1G0L A;  5ILF A;  2RB0 X;  5I14 A;  1C6G A;  2AUB A;  2HED A;  185L A;  1E8L A;  1QT7 A;  3G3V A;  1UUZ C;  1IP2 A;  5LIN A;  1UIG A;  5F16 A;  2MEF A;  4WL6 A;  2DQJ Y;  1L33 A;  1PS5 A;  228L A;  1GE4 A;  1W08 A;  1L77 A;  3B0I A;  5LAG A;  2DQA A;  1W6Z A;  1CKD A;  223L A;  1K28 A;  1L47 A;  1ZV5 L;  4NFV A;  2G4N A;  2OE4 X;  2BAA A;  3TXE A;  2OTY X;  1HMK A;  2QAR C;  2ZQ3 A;  3FA0 A;  233L A;  180L A;  2CDS A;  4DDB A;  5I4Y A;  3TXB A;  5L3H A;  1UIE A;  4N1E I;  1LYJ A;  1L70 A;  2WAR A;  4E3U A;  1L25 A;  1L50 A;  5IDD A;  3HTD A;  5KXY A;  1OUD A;  1L08 A;  3W3E A;  4D9Z A;  3ATN A;  3DN0 A;  1MEL L;  1JIS A;  1P2L A;  1VFB C;  2HEE A;  4YXA C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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