228LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVAQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 228lA00
1T8GA 1QTBA 227LA 4W52A 1L76A 1C6FA 1OVKA 2Q9DA 1LYJA 3OE6A 150LA 3C7WA 3L64A 1L81A 1QTDA 1CV3A 1QT5A 1D3NA 1L42A 259LA 1L99A 1L25A 3HDEA 251LA 215LA 1L15A 4GBRB 160LA 192LA 231LA 108LA 1DYFA 1LGXA 217LA 250LA 1QUDA 4W58A 1C6GA 3HT9A 4ARJA 1P2LA 3FADA 2HUKA 1SWYA 112LA 3DN3A 3GULA 234LA 1I6SA 191LA 1L54A 2HUMA 1LWKA 1D3FA 4S0WA 1L95A 109LA 1L50A 1SSWA 221LA 3CDTA 2O79A 1LGWA 1C6MA 1L31A 131LA 5I14A 3F8VA 1C67A 1LYDA 1L10A 1C65A 1QSBA 1OVHA 1CUPA 1P6YA 2B75A 1C6CA 148LE 3HH3A 1C6AA 254LA 144LA 1L56A 1L0KA 199LA 3C8QA 3CDVA 4EJ4A 1T8FA 1G0LA 3HTDA 120LA 196LA 110LA 1CU5A 1T8AA 1L29A 260LA 1CTWA 4GRVA 4DKLA 2O7AA 2RAZX 3HH4A 3HUQA 223LA 1L73A 1L63A 3GUMA 1OV7A 140LA 1L88A 2QARC 4OO9A 1L82A 210LA 3C8SA 1LW9A 163LA 1L60A 1NHBA 4ARQA 3RZEA 1KW5A 1PQKA 228LA 1L04A 1C6JA 4I7OA 3VW7A 1C6LA 1P5CA 152LA 174LA 1QT4A 3HH6A 1B6IA 1L34A 1L47A 158LA 161LA 1PQMA 1C6NA 4I7PA 141LA 1L27A 1QUOA 3RUNA 2B70A 1C6KA 249LA 1L69A 3DN4A 3C83A 201LA 4ARMA 3DMZA 253LA 1L94A 164LA 2O4WA 3DN1A 229LA 239LA 2F2QA 3C81A 1ZYTA 190LA 246LA 1C6PA 173LA 1L52A 1QUGA 139LA 256LA 4ARLA 3GUIA 4PJZA 3FI5A 1CU0A 1L64A 1L36A 3CDOA 2RBRA 4LDEA 1L18A 7LZMA 1L74A 118LA 1LYIA 2B6YA 243LA 1C6EA 1ZURA 1L65A 1C6DA 1L40A 238LA 1L84A 3SB7A 159LA 4PK0A 104LA 4I7JA 1C64A 1CV1A 1L17A 1XEPA 167LA 1SX2A 4LDLA 169LA 4I7LA 1JTMA 3NYAA 3SBAA 1L0JA 1JTNA 1G07A 1D3MA 2CUUA 1L86A 1P64A 2RB0X 1QS5A 1L13A 138LA 4LDOA 1CV5A 1L71A 4DAJA 3HTBA 187LA 2B6TA 235LA 1G1VA 3G3VA 1G06A 1L43A 4W57A 175LA 3HUAA 1L53A 1L91A 3G3WA 127LA 3HT7A 3FA0A 3V2YA 113LA 2LC9A 102LA 1C6TA 3UONA 3DMXA 2B6ZA 107LA 2OE7X 1L11A 111LA 1XJUA 2B7XA 4I7NA 200LA 2NTGA 3OE9A 155LA 1C69A 3OE0A 1L09A 4LZMA 1LI6A 1C6BA 162LA 1QS9A 4W55A 176LA 3DN2A 4W56A 3PDSA 6LZMA 1L26A 1C62A 212LA 4DJHA 147LA 1D3JA 1G0JA 1OV5A 1LYEA 2ANVA 1CX6A 2OU0X 3QAKA 1L37A 1KY1A 119LA 1DYCA 125LA 1LI2A 1C61A 4ARMB 220LA 180LA 1L12A 1P56A 1CV6A 1L98A 1T6HA 1QT8A 3HT8A 3NY9A 1OWZA 103LA 171LA 1L16A 1QT6A 151LA 2OU9A 1L24A 2ANXA 1L35A 219LA 2NTHA 262LA 2L78A 1QT3A 225LA 1CV0A 4W59A 4W54A 1EPYA 3DKEX 1OYUA 4ZPUA 1P36A 157LA 3HH5A 3G3XA 3HTGA 1L61A 1LLHA 2LZMA 2F47A 2B73A 3GUKA 211LA 5LZMA 1C63A 1L92A 2LCBA 2OEAX 213LA 2RBSA 1L30A 3V2WA 1LPYA 3C8RA 1K28A 3HTFA 156LA 2RB2X 1CV4A 3PBLA 4YXCA 1L83A 142LA 115LA 4YX7C 172LA 1ZWNA 216LA 1L14A 2F32A 4W53A 1L33A 2Q9EA 1L89A 3NY8A 255LA 130LA 3SB8A 1KS3A 3DN6A 1WTHA 1LYHA 205LA 1L96A 1C68A 128LA 3GUOA 4I7QA 2HULA 1QTCA 4I7SA 1P37A 3HU8A 1L28A 1XJTA 3C80A 1L70A 195LA 1DYAA 1QSQA 1L57A 3SN6R 236LA 1L08A 4EKSA 3DMVA 3CDQA 198LA 2RBNA 3CDRA 3SB5A 2OTYX 1P46A 1D2WA 1DYBA 1L48A 4EKPA 129LA 4I7KA 4YXAC 1L62A 143LA 226LA 1L49A 3LZMA 1QTZA 1OWYA 1L00A 1LYGA 1L67A 1D9WA 1L79A 4I7RA 209LA 168LA 232LA 3L2XA 3C7ZA 2OE9X 184LA 261LA 248LA 1L05A 218LA 4IAPA 1DYEA 2OTZX 1G0PA 2A4TA 4K5YA 4EPIA 170LA 1L68A 178LA 3SB9A 4EKRA 1PQIA 4ARQB 2RB1X 182LA 1CU3A 1C6HA 3GUPA 2B74A 197LA 1G0GA 2OE4X 1G0KA 1KY0A 2RAYX 3HWLA 242LA 3ODUA 122LA 183LA 2IGCA 123LA 1SX7A 1KNIA 1CX7A 1L90A 1KW7A 1PQJA 1L97A 3DNAA 1C60A 1L77A 237LA 2RH1A 1L87A 1SWZA 1LGUA 2RBOA 3DN0A 1D2YA 1G1WA 1L66A 137LA 3C7YA 3GUNA 1L46A 1L85A 3D4SA 1CU6A 1QTHA 185LA 222LA 3EMLA 1L55A 1P7SA 233LA 1L22A 1L39A 2Z6BA 1P2RA 3GUJA 1C66A 1PQOA 1C6QA 114LA 1CU2A 1L23A 258LA 1LI3A 1L72A 1CVKA 1L32A 3HU9A 3HT6A 4EPFA 4EKQA 257LA 1JQUA 1T97A 1QUHA 2B72A 145LA 214LA 186LA 206LA 230LA 3DN8A 1SSYA 3HUKA 1P3NA 3SBBC 1L38A 1L51A 146LA 1L03A 1DYDA 1TLAA 1C6IA 1G0MA 1G0QA 4ARPA 126LA 189LA 2QB0B 3SB6A 4AQNA 1L80A 1DYGA 1QTVA 177LA 1L75A 3JR6A 240LA 1PQDA 1L45A 3F9LA 1L07A 1L01A 2B6WA 224LA 3OE8A 241LA 2RBQA 1L21A 1L93A 252LA 1L19A 4I7MA 1QT7A 1LWGA 181LA 3C82A 2B6XA 1OVJA 247LA 1L44A 1CUQA 3K2RA 166LA 1L58A 149LA 245LA 4I7TA 1LYFA 4E97A 1L06A 188LA 3HDFA 165LA 1L20A 1L02A 244LA 4EXMA 2RBPA 1L59A 4W51A 1L41A 2OU8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W52A 1LZ4A 1QQYA 3W6DA 2Q9DA 1GB2A 1HEWA 133LA 3AZ5A 1WQQA 2DQDY 3HFMY 1E8LA 4DQ7A 5FEKA 3QE8A 5HNLA 1INUA 215LA 4B0DA 1L15A 2BQMA 4R0FA 4HTNA 3WH1A 1LPIA 217LA 2A7DA 5A3ZA 1W08A 5M1YA 1P2LA 1DZBX 1HFZA 3GULA 4NSIA 4H92A 5D5FA 191LA 2DQHY 1JEFA 1LWKA 3A94A 1L95A 4J1AA 1L50A 1SSWA 2CGIA 1RCMA 2YBMA 3CT5A 5KXMA 131LA 5J7CA 1AT5A 1HEMA 5KKJA 4GCEA 4W94A 1C6AA 144LA 1L56A 1BB4A 5LYMA 1T8FA 4RDSA 1LZ8A 4DWXA 2H9JA 196LA 2DQEY 110LA 4I0CA 1T8AA 4DKLA 1GF3A 4YOPA 2O7AA 2RAZX 4YEMA 5F16A 4NHSA 1IP3A 4J0LA 1OV7A 1L88A 9LYZA 2BQIA 5KJ9A 2Q0MX 1KW5A 1L04A 2DQCY 5LVIA 4DC4A 1UCOA 2VB1A 1GEVA 1C6LA 2BQBA 1QT4A 1REMA 3VWOA 4LFPA 3CSQA 2W1YA 141LA 1L27A 1GFUA 2MEDA 249LA 1L69A 3DN4A 4ARMA 4PJ2C 253LA 164LA 3DN1A 2YBIA 239LA 2HU3A 2N5ZA 1QUGA 1LSCA 1KIQC 139LA 1NKHA 4PJZA 3FI5A 1L36A 5KXTA 1P2CC 2RBRA 1D6PA 5E9RA 1J1PY 1C6EA 2HEFA 1C6DA 1L40A 4H8ZA 1WQMA 5I4WA 4PK0A 104LA 4I7JA 1IY4A 1C64A 1GE4A 4ET9A 5I5QA 3LHMA 3D9AC 1L13A 1B7RA 1LYSA 5LAGA 3HTBA 3G3VA 1G1VA 1B5YA 3HUAA 1L91A 127LA 1C6TA 1UACY 5LIOA 1XJUA 1ZVYB 155LA 1LJJA 4G4BA 1LI6A 1J1XY 5KXKA 176LA 2HTXA 1JISA 6LZMA 4M6DA 1L26A 1C62A 4N1CC 1LZSA 147LA 1D3JA 1UC0A 1IWXA 3QAKA 2YBLA 1DYCA 1HMKA 1LI2A 3RW8A 2BQGA 3WUAA 1P56A 1L98A 1T6HA 4GN3A 4H9IA 1QT8A 5HLLA 2H9KA 3NY9A 1TCYA 1L16A 1GAYA 5KXOA 1L24A 2ZNWY 1L35A 3GXKA 2Z19A 4DD1A 2HECA 2PC2A 4W59A 1CV0A 1KXXA 1EPYA 3TXKA 4ZPUA 2I25L 4HV2A 157LA 1LLHA 1SLYA 3E3DA 1TBYA 1CJ9A 1BB5A 3OJPA 1L30A 3FE0A 1K28A 3IWRA 156LA 5LYZA 4QDNA 3ULRA 2DKVA 5HMVA 172LA 216LA 1EQ5A 4LT1A 2YVBA 3T6UA 1LJIA 1HEPA 4GN5C 4NSGA 1G7JC 4TSBA 1KS3A 1WTHA 1JPOA 128LA 3GUOA 3TMUA 4I7QA 4I7SA 3HU8A 1JIYA 1XJTA 1LSNA 1HHLA 1L70A 1UIGA 2LZTA 1OUDA 3SP3A 1YIKA 3A90A 3A92A 4WMGA 1LZBA 1L08A 2LYMA 1GFVA 2RBNA 2OTYX 4C3WA 2BLYA 1YKZX 5C6IA 2ZNXY 4QEQA 2D6BA 129LA 4I7KA 1GB5A 2IHLA 1WQRA 2MEAA 1L49A 3TXJA 4DYGA 1OQMA 3LZMA 2HU1A 1B5UA 1IY3A 1LJ3A 1L00A 1L67A 1HEQA 1LHLA 3L2XA 2OE9X 184LA 1DI5A 3WW5A 4ML7A 4GCBA 1JJ0A 3SB9A 4LYTA 1XEIA 4B4EA 5II3A 1C6HA 2B74A 3A95A 2ZILA 2OE4X 1GBXA 8LYZA 4ZEEA 2RAYX 3HWLA 3ODUA 122LA 1C10A 1SX7A 1CX7A 1KW7A 1F6RA 1LSPA 1L97A 4B4IA 3DNAA 5I4YA 2RH1A 3WU8A 1LGUA 1B5WA 3LN2A 1L46A 2MECA 1LJFA 1C66A 3N9EA 4OWAA 1C6QA 3HU9A 4EKQA 1OUGA 1T97A 1LSMA 5DLAA 4XYYA 145LA 206LA 4ZIXA 230LA 3RZ4A 3HUKA 5D5CA 1L38A 4NGIA 1L51A 2MEGA 1TLAA 4Z41A 1QTEA 1RFPA 4WM5A 1LSZA 189LA 5B06A 1IWVA 4LGKA 1GB8A 1LMOA 1QTVA 1LHKA 2W1LA 1L75A 1C45A 4CGEA 1PQDA 1L07A 2FBBA 2C8PA 4YM8A 2B6WA 3BKVA 1LHMA 2BQHA 1CNSA 194LA 1L19A 181LA 1PZYA 247LA 3LYZA 1C46A 2EIZC 4EMNA 1IP2A 4H94A 4A7DA 245LA 5FCPA 4U3XB 1LYFA 4E97A 4DT3A 165LA 1GFEA 1CJ7A 2RBPA 1L59A 4ETEA 2WARA 4Z46A 1LMPA 227LA 1WTMA 1L76A 2DBTA 5HQ1A 1JKDA 4WM2A 1OVKA 1LYJA 1CKHA 6LYZA 1T3PA 3L64A 3LYTA 3AGHA 1QTDA 1BWJA 1QT5A 1D3NA 1L42A 1YILA 2CDSA 3M3UA 1L99A 4GLAA 1IWUA 2DQFC 4WOAA 135LA 4GBRB 1NDMC 1BWIA 1DYFA 1LGXA 1QUDA 1GBOA 4GN4A 3HT9A 4CJ2A 3DN3A 1GXV2 234LA 1I6SA 1JKAA 1TEWA 2A7FA 5E4PA 1L54A 1GHLA 1IC5Y 1KIPC 1T6VL 3WVXA 1LGWA 1C6MA 5LA8A 4ETCA 3BKHA 1JTTL 1JITA 1MELL 1HERA 4BADA 1C65A 3TXBA 4PHIA 1D0MA 1OVHA 5FHWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W52 A;  1LZ4 A;  1QQY A;  3W6D A;  2Q9D A;  1GB2 A;  1HEW A;  133L A;  3AZ5 A;  1WQQ A;  2DQD Y;  3HFM Y;  1E8L A;  4DQ7 A;  5FEK A;  3QE8 A;  5HNL A;  1INU A;  215L A;  4B0D A;  1L15 A;  2BQM A;  4R0F A;  4HTN A;  3WH1 A;  1LPI A;  217L A;  2A7D A;  5A3Z A;  1W08 A;  5M1Y A;  1P2L A;  1DZB X;  1HFZ A;  3GUL A;  4NSI A;  4H92 A;  5D5F A;  191L A;  2DQH Y;  1JEF A;  1LWK A;  3A94 A;  1L95 A;  4J1A A;  1L50 A;  1SSW A;  2CGI A;  1RCM A;  2YBM A;  3CT5 A;  5KXM A;  131L A;  5J7C A;  1AT5 A;  1HEM A;  5KKJ A;  4GCE A;  4W94 A;  1C6A A;  144L A;  1L56 A;  1BB4 A;  5LYM A;  1T8F A;  4RDS A;  1LZ8 A;  4DWX A;  2H9J A;  196L A;  2DQE Y;  110L A;  4I0C A;  1T8A A;  4DKL A;  1GF3 A;  4YOP A;  2O7A A;  2RAZ X;  4YEM A;  5F16 A;  4NHS A;  1IP3 A;  4J0L A;  1OV7 A;  1L88 A;  9LYZ A;  2BQI A;  5KJ9 A;  2Q0M X;  1KW5 A;  1L04 A;  2DQC Y;  5LVI A;  4DC4 A;  1UCO A;  2VB1 A;  1GEV A;  1C6L A;  2BQB A;  1QT4 A;  1REM A;  3VWO A;  4LFP A;  3CSQ A;  2W1Y A;  141L A;  1L27 A;  1GFU A;  2MED A;  249L A;  1L69 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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