232LA

T4 lysozyme mutant m120k
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRKLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Context-dependent protein stabilization by methionine-to-leucine substitution shown in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 232lA00
3SB6A 1P3NA 2OTZX 237LA 1LI2A 244LA 1T97A 1SWYA 1D3NA 2LCBA 3V2YA 3PDSA 1L91A 2O4WA 3G3XA 2OEAX 1L30A 3CDTA 4ARMB 3OE9A 2RBQA 123LA 3CDOA 1SX7A 2B75A 141LA 1LWGA 3C7WA 4DJHA 209LA 4LZMA 3NYAA 3OE6A 1C6QA 1LPYA 4ARMA 1L80A 1CV1A 1L12A 125LA 188LA 1DYEA 2B6TA 109LA 196LA 3SB7A 1QT6A 1PQJA 1DYAA 1OV5A 253LA 130LA 156LA 1C63A 3G3WA 224LA 1L65A 2Z6BA 1L41A 157LA 3JR6A 2B6ZA 147LA 144LA 198LA 1G0PA 137LA 158LA 4PJZA 151LA 1LWKA 2B7XA 3DN1A 1CVKA 1CX7A 113LA 1G1WA 252LA 1L34A 3HT8A 2RB2X 220LA 1L83A 131LA 1L64A 1CTWA 1L86A 1L75A 4EXMA 4EPIA 2RBSA 2B6YA 230LA 4I7OA 262LA 2OU9A 239LA 1L52A 1T8AA 229LA 1P5CA 1C64A 1L40A 1L0JA 3DN2A 3HH3A 1LGWA 1QTCA 1G0MA 1L82A 172LA 3SB8A 1L96A 1QT3A 245LA 255LA 195LA 4I7JA 4E97A 1G06A 1C65A 1L24A 1P2LA 219LA 1KS3A 1D9WA 118LA 3CDQA 3L64A 163LA 1L97A 1L98A 190LA 3HT6A 1SSWA 1L26A 1I6SA 2HUKA 152LA 201LA 205LA 1C6FA 186LA 1KW7A 1L35A 1PQIA 119LA 1KY0A 231LA 165LA 1C6AA 1C6DA 3DN4A 4IAPA 1L38A 1L60A 1TLAA 232LA 3C81A 1L85A 3HU8A 4ARLA 1C60A 1D3JA 1L45A 1OWYA 1L50A 2B6WA 1L37A 1CV3A 1L01A 1LW9A 3DMZA 1JTMA 3HH5A 3HTGA 1QUGA 2IGCA 261LA 126LA 1L79A 3DMXA 1L31A 1CX6A 2LZMA 1QT5A 164LA 3SBAA 3HTDA 1SWZA 1CV0A 1QTDA 4LDLA 238LA 1C6NA 5LZMA 1L39A 3HT9A 4W51A 199LA 1XJTA 3HDEA 3FA0A 3GUIA 1EPYA 4I7RA 166LA 2RBRA 1XJUA 1P56A 1G07A 1LYJA 4ARQB 1P37A 2CUUA 3CDRA 1L66A 1CUPA 1LLHA 1JQUA 228LA 2OU0X 174LA 122LA 1QSQA 2RH1A 171LA 1L47A 4LDEA 1L76A 3C82A 257LA 1L88A 1OVKA 1LYGA 3SN6R 1L33A 191LA 4ZPUA 2OE9X 149LA 3HH4A 1L74A 1G1VA 1C6GA 3HUKA 2B72A 1L06A 1L71A 1WTHA 1L62A 108LA 142LA 1L69A 233LA 251LA 1JTNA 1P6YA 2NTGA 3FADA 4W56A 4W54A 3GUJA 4ARPA 2RBPA 4W59A 234LA 3HUQA 4W52A 127LA 3GUKA 1B6IA 3LZMA 3RUNA 1C6HA 1L42A 1LYFA 175LA 183LA 1CU2A 1OYUA 1C6BA 2ANVA 4W57A 1K28A 1ZYTA 107LA 212LA 1OWZA 120LA 138LA 1L92A 258LA 3HTFA 216LA 2L78A 4W58A 145LA 247LA 1OVHA 155LA 1L46A 1L21A 185LA 1C6PA 103LA 2A4TA 1CV6A 115LA 1D2YA 1L14A 4I7NA 246LA 3GUNA 2O7AA 102LA 1LI3A 1XEPA 1L29A 2Q9DA 1L57A 2Q9EA 3C7YA 1QTZA 159LA 1L20A 4W55A 3C8RA 3QAKA 1SSYA 2HUMA 1L15A 1P46A 1L00A 4EKQA 1L81A 4EKPA 1L03A 1C68A 213LA 1L87A 1QS9A 177LA 225LA 1L49A 256LA 1L63A 111LA 226LA 3C83A 143LA 1L18A 140LA 1L89A 259LA 3C7ZA 1LGXA 160LA 128LA 4DAJA 1C62A 1T6HA 254LA 1G0LA 1L09A 1T8FA 240LA 146LA 2B73A 4YX7C 1L72A 3RZEA 1L25A 5I14A 1KY1A 1QT4A 3SB9A 3GUOA 1L0KA 1L95A 1L16A 1D3FA 181LA 250LA 1P36A 241LA 4AQNA 1C67A 3HT7A 1L53A 110LA 1ZURA 114LA 7LZMA 1QS5A 2QB0B 227LA 1LGUA 2O79A 112LA 206LA 2QARC 1C6CA 1PQOA 1L08A 1C6KA 1L70A 4ARJA 1CU0A 3HDFA 4S0WA 235LA 3DN8A 2B6XA 170LA 1LYHA 4I7KA 162LA 4YXAC 3C80A 1L93A 2F32A 3C8SA 1L02A 1L48A 1C6MA 1LYIA 1C6JA 1LYDA 1QUOA 178LA 197LA 3HU9A 4I7PA 2OU8A 1L55A 4ARQA 1G0QA 1CU5A 4EKSA 169LA 3F8VA 168LA 192LA 3HTBA 1C66A 1OV7A 3NY9A 1PQKA 4PK0A 3DNAA 1QSBA 3FI5A 242LA 2RBOA 3CDVA 1L11A 129LA 1DYDA 1L23A 2RAYX 1G0KA 1L90A 4DKLA 2B70A 1C6LA 1CU6A 1L58A 1QUDA 3ODUA 3HWLA 4I7TA 1L99A 3OE8A 1L22A 249LA 260LA 1CUQA 2OTYX 3DN6A 4I7MA 3GUMA 3UONA 1L04A 1L17A 4I7LA 3SB5A 3VW7A 1C61A 210LA 1L19A 3HH6A 1QTBA 4I7QA 200LA 4GBRB 1G0JA 1L59A 243LA 3F9LA 4EJ4A 1L73A 221LA 1QT8A 214LA 3PBLA 4W53A 150LA 1L10A 167LA 3D4SA 1DYGA 1L61A 1L51A 139LA 3L2XA 4GRVA 187LA 215LA 2OE7X 1LI6A 4EKRA 3DMVA 4YXCA 1C69A 3C8QA 248LA 1ZWNA 2RBNA 3SBBC 1L77A 3NY8A 2B74A 3DN0A 1QUHA 189LA 236LA 222LA 1DYCA 2NTHA 1L13A 1CV4A 3GUPA 1D2WA 2RAZX 4K5YA 4LDOA 184LA 1L36A 1KNIA 1C6EA 173LA 1C6TA 1QTHA 182LA 1NHBA 2F47A 3HUAA 1D3MA 1QTVA 1P7SA 1L32A 180LA 3K2RA 1SX2A 104LA 1DYFA 161LA 1QT7A 3GULA 3OE0A 3G3VA 148LE 2ANXA 211LA 1LYEA 1L67A 1G0GA 2OE4X 1C6IA 1L05A 223LA 4EPFA 1DYBA 218LA 1L43A 4I7SA 1CU3A 2RB0X 2F2QA 1L94A 2HULA 217LA 1L27A 1PQMA 4OO9A 6LZMA 176LA 3V2WA 3DN3A 1L28A 1L54A 1T8GA 1L07A 1KW5A 1L56A 1P2RA 1L68A 1P64A 1PQDA 3EMLA 3DKEX 2RB1X 1CV5A 1OVJA 1L84A 1L44A 2LC9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KXXA 1N4FA 1CKFA 4J7VA 4RW1A 5DL9A 2BQKA 1LHIA 3PDSA 5KXMA 1B9OA 2YBNA 3G3AB 123LA 1O23A 3A95A 3CDOA 2A7FA 4LT0A 3WU8A 1IP6A 1SX7A 1NDMC 3M18B 3C7WA 1REYA 2I6ZA 4LZMA 3OE6A 1GFKA 1L80A 7LYZA 1L12A 3B0IA 4NIJA 1UIEA 1DYEA 109LA 5FCPA 3SB7A 4AGAA 4WO6A 1PQJA 253LA 1OV5A 1YAMA 3G3WA 1IP2A 1I1ZA 2EIZC 5E4PA 1LMOA 158LA 1YILA 4PJZA 4ET8A 1LWKA 1IOQA 2RB2X 131LA 1FDLY 1LSEA 1CTWA 4H9AA 4EXMA 2RBSA 2B6YA 230LA 262LA 3A6BY 1NBZC 1P5CA 1QTCA 1G0MA 3N9CA 3SB8A 1B0DA 5DLAA 1GAZA 3CB7A 1P2LA 1OUAA 1D6PA 1KS3A 118LA 4GCCA 1VAUA 1UIBA 5LA5A 1J1PY 5ILFA 1EL1A 3A94A 1XEIA 3A90A 2Y8PA 231LA 165LA 1JKAA 1LZGA 1LAAA 2G4PA 1TLAA 1GBSA 2MEBA 4H9BA 4BAPA 4GLAA 4WOAA 5KXPA 1L37A 1CV3A 4HPIA 4WLDA 1GAYA 2Z19A 5F16A 1LSBA 261LA 126LA 1L79A 154LA 2LZMA 1IIZA 238LA 2XTHA 3HBEX 3G3BB 199LA 1WTMA 4BADA 3P4ZA 2BQMA 4H9FA 1EPYA 5KXWA 1B7MA 1OUEA 1TCYA 3TMUA 2RBRA 1CUPA 228LA 5KXRA 2G4QA 2RH1A 171LA 3F6ZA 1L76A 3C82A 191LA 4ZPUA 3W6BA 3HH4A 1L74A 1LJ3A 4G4HA 2B72A 3HBDA 133LA 1L71A 1WTHA 1L62A 142LA 1J1OY 1JTNA 1RE2A 4ARPA 2LYMA 3HUQA 3P65A 4H92A 1B6IA 4P2EA 3AJNA 3RUNA 2A7DA 1L42A 1GEVA 1LYFA 1OYUA 1YIKA 1LZNA 2VB1A 120LA 2Z2EA 1L92A 3K3TA 3QNGA 1ZVHL 4WM1A 3WL2A 2Z38A 1L21A 1REMA 103LA 1D2YA 1L14A 4DQ7A 246LA 3GUNA 5LXWA 2YBIA 1HFYA 102LA 1LI3A 1XEPA 2Q9DA 3C7YA 1GF8A 1UIFA 1NBYC 4E3UA 1GFEA 1KIRC 4W55A 1YKYX 4EKQA 1HHLA 3WUAA 1LOZA 1L81A 1HFZA 3EBAB 1L87A 1QS9A 256LA 4DD1A 5B05A 1L18A 140LA 259LA 1C62A 1JJ1A 4H91A 1T8FA 4UWUA 146LA 2B73A 4YX7C 3WW5A 1YROA 1L25A 1VDSA 4HTQA 1GE3A 1KY1A 4PRUA 1TAYA 2WARA 1HENA 1HMLA 1LZCA 1LPIA 4AQNA 1C67A 2H5ZA 110LA 1BB6A 2DQIY 4KPMA 4WLTA 2O79A 1NMMA 112LA 1GF0A 206LA 5LVIA 3A92A 1PQOA 1JISA 1L70A 4ARJA 1CU0A 1IWUA 1LSNA 4S0WA 4CJ2A 170LA 1GB5A 1B5VA 4XENA 5IHGA 1LMNA 5LYMA 1D0KA 3W6CA 3M3UA 2FBBA 5KKJA 4HPEA 4BAFA 4ANRA 1L55A 1H87A 1GB2A 4EKSA 3F8VA 168LA 1C66A 4YEMA 4LZTA 3CT1A 5HMVA 1OUHA 3ZEKA 1QSBA 2RBOA 1AT6A 1DYDA 135LA 1G0KA 1C6LA 1L58A 1QIOA 4I7TA 1L22A 260LA 3BKVA 3DN6A 4I7MA 1IWVA 4H9HA 1UBZA 3B6LA 3GXRA 4NWHA 1QTBA 3WMKA 1FKQA 200LA 2Z2FA 4GBRB 1G0JA 243LA 4R0FA 1IWZA 4W53A 3L2XA 139LA 4M6DA 3W3EA 4NHQA 215LA 2RSCA 5I53A 1NQIA 4G49A 4B0DA 4NWEA 1ZWNA 1CJ9A 1DKKA 4ETEA 236LA 1WVVA 1DYCA 3QY4A 3TXBA 1CV4A 1B5WA 1GBYA 1D2WA 1OUFA 184LA 3B72A 4Z46A 3EO5A 1LZDA 2YDGA 2F47A 1QTVA 1SLYA 1KXWA 1B7NA 3WU9A 1L32A 180LA 1SX2A 104LA 1DYFA 2DQEY 3WVXA 2F2NA 1BB5A 1GBZA 1NWGA 2HUBA 1LJNA 4PPOA 1C6IA 4D9ZA 1L43A 1GDXA 2RB0X 4LYCA 1GEZA 3TXKA 217LA 2DKVA 2W1LA 2BQCA 3A91A 6LZMA 4Z98A 1QDTA 1SQ2L 3V2WA 3J4GA 1B7OA 1G7LC 1L28A 2ZQ3A 2W1XA 1PS5A 1KW5A 1L56A 2IFFY 4OWAA 1BB7A 1P64A 4RLMA 3WXTA 232LA 1LTMA 1B7LA 2B6WA 1L44A 3SB6A 2OTZX 5KXTA 1SWYA 2MEAA 3G3XA 1PZYA 1E8LA 1YANA 2HEDA 3RZ4A 141LA 1LWGA 1GFRA 3WU7A 4CFOA 4DJHA 4CHXA 1C6QA 1CV1A 5ILCA 3AGIA 3OK0A 188LA 4B49A 2B6TA 3TMXA 4H90A 1WTNA 1LJEA 156LA 1LZ1A 1L65A 2Z6BA 3JR6A 198LA 1RI8B 2I25L 2Z18A 1OUIA 4MSTA 4H1PA 4OWHA 1UACY 5B1FA 3HT8A 5APFA 1L86A 3A6CY 1LMQA 4I7OA 4NSIA 1LZ9A 4WM4A 1C64A 4QDNA 1L40A 1L0JA 1LSFA 4U3XB 1QT3A 245LA 255LA 1EQ4A 195LA 1LYYA 3TXJA 1QUTA 3CDQA 1D0MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KXX A;  1N4F A;  1CKF A;  4J7V A;  4RW1 A;  5DL9 A;  2BQK A;  1LHI A;  3PDS A;  5KXM A;  1B9O A;  2YBN A;  3G3A B;  123L A;  1O23 A;  3A95 A;  3CDO A;  2A7F A;  4LT0 A;  3WU8 A;  1IP6 A;  1SX7 A;  1NDM C;  3M18 B;  3C7W A;  1REY A;  2I6Z A;  4LZM A;  3OE6 A;  1GFK A;  1L80 A;  7LYZ A;  1L12 A;  3B0I A;  4NIJ A;  1UIE A;  1DYE A;  109L A;  5FCP A;  3SB7 A;  4AGA A;  4WO6 A;  1PQJ A;  253L A;  1OV5 A;  1YAM A;  3G3W A;  1IP2 A;  1I1Z A;  2EIZ C;  5E4P A;  1LMO A;  158L A;  1YIL A;  4PJZ A;  4ET8 A;  1LWK A;  1IOQ A;  2RB2 X;  131L A;  1FDL Y;  1LSE A;  1CTW A;  4H9A A;  4EXM A;  2RBS A;  2B6Y A;  230L A;  262L A;  3A6B Y;  1NBZ C;  1P5C A;  1QTC A;  1G0M A;  3N9C A;  3SB8 A;  1B0D A;  5DLA A;  1GAZ A;  3CB7 A;  1P2L A;  1OUA A;  1D6P A;  1KS3 A;  118L A;  4GCC A;  1VAU A;  1UIB A;  5LA5 A;  1J1P Y;  5ILF A;  1EL1 A;  3A94 A;  1XEI A;  3A90 A;  2Y8P A;  231L A;  165L A;  1JKA A;  1LZG A;  1LAA A;  2G4P A;  1TLA A;  1GBS A;  2MEB A;  4H9B A;  4BAP A;  4GLA A;  4WOA A;  5KXP A;  1L37 A;  1CV3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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