235LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGAAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 235lA00
1L25A 3SB5A 1L42A 3CDTA 1C67A 4ARMB 2OE9X 1C6NA 190LA 4GBRB 226LA 3OE9A 1L71A 1ZURA 1C66A 107LA 4W58A 3GUOA 192LA 169LA 1CX6A 2F47A 4IAPA 1P5CA 4S0WA 242LA 1LGWA 177LA 2Q9DA 4ARQB 1C6QA 1C6AA 1T8FA 163LA 1L10A 236LA 259LA 1CUPA 1D9WA 4W53A 1PQDA 1C6LA 3HU9A 4AQNA 2RBQA 209LA 1L27A 3OE6A 1L03A 3C80A 1L40A 1L53A 3L2XA 1L35A 1L69A 2ANXA 2CUUA 252LA 1EPYA 230LA 2O4WA 2RBPA 145LA 1L94A 2Z6BA 3SB6A 243LA 1DYGA 2LZMA 1L22A 1L83A 2HUMA 1KY1A 1SX2A 1L77A 3OE8A 1CU6A 3HT8A 1L02A 1LYJA 1L82A 1L88A 3SBAA 103LA 1L46A 2OE4X 182LA 4LDLA 112LA 143LA 1QUOA 4GRVA 1L70A 1LGXA 1L61A 220LA 245LA 223LA 1L93A 4W56A 251LA 3PBLA 2B6XA 4LDEA 2F2QA 1L58A 1L50A 218LA 2OEAX 2QB0B 4I7OA 2B7XA 4YXAC 114LA 1DYBA 126LA 1CU2A 3GUJA 1SWZA 4EJ4A 2B73A 4EKSA 1C62A 3RZEA 257LA 1P36A 1OV5A 1QT3A 4OO9A 142LA 3GUNA 185LA 3DMXA 3DN3A 1CV4A 1PQMA 1L38A 3C7ZA 260LA 119LA 1T8GA 1L13A 1G0PA 1C6DA 1OVHA 2RB2X 3CDOA 1ZYTA 1L79A 199LA 1G0JA 1QT4A 255LA 1L86A 1L37A 2OE7X 2RBNA 1L0JA 125LA 3HH3A 155LA 2RAYX 1KW7A 3HUQA 4EKRA 3HT6A 4EPFA 216LA 1DYEA 3SBBC 1CX7A 3FADA 1L98A 1L18A 233LA 3SB8A 7LZMA 249LA 3G3XA 4PK0A 1SX7A 2OTZX 200LA 1L65A 1QT6A 1L57A 3C8RA 1D3NA 1L32A 148LE 138LA 1D3JA 2A4TA 1L14A 183LA 5LZMA 1XJUA 3SB7A 1L01A 1PQOA 3HDEA 4W54A 4ZPUA 3HUAA 2B6ZA 1L20A 4ARJA 1LPYA 4ARMA 1L89A 4LDOA 1C6KA 167LA 4EKQA 3C83A 210LA 1G0MA 3C82A 1I6SA 1SSYA 3VW7A 1G1WA 4I7RA 229LA 1T97A 2QARC 1L43A 1QT8A 2RB1X 1G07A 3C7WA 1C61A 3CDVA 4W59A 3JR6A 1L26A 4PJZA 3NY8A 4ARQA 1L34A 176LA 1L24A 161LA 1CV3A 1L67A 157LA 1L04A 1L21A 1L81A 1LI6A 118LA 4W52A 129LA 1L30A 4EKPA 2HUKA 2B6WA 1L44A 238LA 250LA 158LA 1L56A 1L23A 1L52A 256LA 2B70A 1P7SA 120LA 232LA 2B75A 3CDQA 1D3MA 1L64A 2RH1A 3GULA 198LA 3GUKA 1P37A 2NTHA 159LA 1L72A 113LA 2RBOA 1QS5A 1T8AA 1L31A 1P6YA 1L15A 1L68A 261LA 3HTDA 1L90A 1OWYA 2RAZX 1L45A 1PQJA 1L91A 3DKEX 1G0LA 1QTVA 3GUMA 1L00A 4YXCA 2RB0X 1L06A 240LA 3HTFA 2B6TA 3UONA 3HU8A 2OU8A 1L95A 102LA 1QSQA 258LA 168LA 4I7TA 1L76A 212LA 3DN6A 1OVKA 170LA 227LA 2OTYX 4ARLA 1JQUA 1SSWA 215LA 1C6GA 1XEPA 197LA 4YX7C 1QUHA 4W55A 1G06A 140LA 108LA 1C63A 174LA 228LA 3PDSA 1C6JA 1CTWA 2HULA 146LA 1L28A 225LA 262LA 4EXMA 1XJTA 4DAJA 1P3NA 1OYUA 1L87A 3V2WA 1P46A 3EMLA 195LA 1G0GA 3SN6R 184LA 1LI2A 1P2RA 1LYIA 178LA 2O79A 141LA 1L99A 1L74A 205LA 213LA 2B6YA 150LA 1QT5A 248LA 189LA 3L64A 4I7LA 246LA 1L48A 164LA 1L11A 4W57A 244LA 1LW9A 1L47A 160LA 217LA 137LA 1L09A 3DN2A 166LA 1LYDA 4DJHA 1SWYA 1JTMA 235LA 1CU0A 1QT7A 1C64A 1QUGA 3K2RA 2B72A 4I7MA 1P2LA 1LWGA 173LA 1L17A 1CU5A 1QTDA 130LA 1NHBA 1DYAA 1P56A 224LA 111LA 3HT7A 1L39A 3G3WA 1G0KA 1L62A 1L92A 3SB9A 1CU3A 1TLAA 1LYFA 131LA 1L75A 1L51A 2NTGA 156LA 1L29A 187LA 1L07A 2Q9EA 222LA 1PQKA 1G0QA 1OV7A 1WTHA 1OWZA 2LC9A 3C8QA 3G3VA 206LA 1LYGA 3HTGA 3HH6A 147LA 1C6TA 211LA 152LA 1C6FA 2OU9A 6LZMA 2B74A 3NYAA 1L84A 3F9LA 1K28A 4I7JA 1CV1A 1L55A 221LA 1T6HA 3CDRA 4ARPA 247LA 4I7QA 1C69A 1QUDA 1C6IA 1L66A 1P64A 253LA 219LA 1C6HA 162LA 1L41A 171LA 1L16A 2ANVA 4I7NA 2LCBA 3HH4A 1LWKA 1L80A 4EPIA 1LGUA 201LA 123LA 1CV6A 1L0KA 3DN0A 3HUKA 1L08A 188LA 3NY9A 1OVJA 139LA 3DN1A 1CVKA 1L60A 122LA 1C6BA 1KW5A 1LLHA 151LA 3GUPA 1CV0A 241LA 1C6EA 1QTHA 1KY0A 4W51A 3HWLA 3OE0A 1C60A 1L19A 3HH5A 4I7PA 1D2WA 127LA 191LA 3DNAA 3HT9A 3C81A 254LA 231LA 3GUIA 1KNIA 1QTBA 2OU0X 3ODUA 109LA 1L96A 4E97A 1G1VA 3DN4A 4I7KA 3C7YA 3QAKA 1L49A 3HTBA 1CUQA 1JTNA 1D2YA 1ZWNA 3HDFA 1KS3A 175LA 5I14A 1C6PA 104LA 1QS9A 149LA 1C68A 2F32A 180LA 1L36A 3DMVA 128LA 2RBSA 1L05A 3RUNA 4DKLA 1DYCA 1C65A 4I7SA 1C6MA 4K5YA 234LA 2IGCA 3DMZA 1C6CA 2RBRA 1B6IA 1L33A 1L54A 165LA 2L78A 1LYHA 1L97A 3FA0A 1L59A 4LZMA 3C8SA 237LA 1L63A 239LA 1DYFA 1QTCA 1QTZA 3FI5A 110LA 1L85A 2O7AA 1D3FA 186LA 214LA 181LA 1LI3A 1LYEA 1L73A 3V2YA 3LZMA 3D4SA 1CV5A 3F8VA 115LA 3DN8A 1DYDA 172LA 1QSBA 196LA 144LA 1PQIA 1L12A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GF4A 3CDTA 1C67A 2HEDA 4PRQA 4DDAA 4GBRB 226LA 1LYZA 5KXPA 1UBZA 1C66A 4KXIA 1LOZA 192LA 4I0CA 4IAPA 3T6UA 1D0LA 1LGWA 4ARQB 1WTMA 236LA 1LZEA 259LA 2ZILA 1HSWA 2Z38A 1WVUA 2F2NA 2XTHA 3W6DA 3OE6A 2Z37A 1L53A 1L69A 2BAAA 5LVJA 1DKKA 1JSFA 1A4VA 145LA 1L94A 3SB6A 1FN5A 2DQEY 1L22A 2HUMA 3OE8A 1SX2A 1CU6A 3HT8A 4HTKA 1LYJA 5KXWA 4EMNA 2DKVA 4IATA 3WPKA 2OE4X 4LDLA 2RSCA 1JKAA 4LYZA 1L61A 1WQMA 220LA 1P2CC 223LA 4NSGA 154LA 1FKQA 3PBLA 2BLYA 4LDEA 2OEAX 2HU3A 1YQVY 1QSAA 2B7XA 114LA 1DYBA 4KT3A 1F10A 1BHZA 3GUJA 2B73A 4EKSA 4H8XA 257LA 1P36A 4NHPA 4OO9A 1ZVYB 2DQCY 3GUNA 5HLLA 4C5FA 4DYGA 1L38A 1XGQC 3AZ7A 3C7ZA 260LA 2FYCA 1OUGA 119LA 1L13A 1B5YA 4G9SA 3CDOA 4W94A 1GEZA 1G0JA 2FBBA 2OE7X 1L0JA 1JJ0A 3WULA 1EQ5A 2RAYX 3AZ4A 1B5WA 4OWBA 3WL2A 3SBBC 1L98A 2EIZC 1HMKA 1D3NA 4QDNA 148LE 2NWDX 2ZYPA 2A4TA 1YAOA 2HTXA 3HDEA 1QDRA 4ARJA 4ARMA 3TXKA 3C82A 1G1WA 1GF6A 4I7RA 4HV1A 4NHSA 1IR7A 1L43A 4WLDA 5ILFA 2W1XA 3A67Y 5KXSA 1L26A 2F4AA 2H9JA 2MEEA 3NY8A 1JEFA 4WG1A 4NG8A 4XJIA 1UIFA 3GXKA 2BLXA 157LA 1L04A 4UWVA 1LZYA 5KXMA 1L30A 2HUKA 4Z46A 4H92A 1L23A 1YL1X 1L52A 1GF3A 3IWRA 120LA 1JIYA 2B75A 3CDQA 2RH1A 4N1CC 3CSZA 3LYTA 3GUKA 1JKDA 1L72A 2RBOA 1WQNA 2CWIA 1T8AA 1L31A 1B5VA 4GLVA 1L68A 4RW2A 1HMLA 1QTVA 1YKZX 3QY4A 4ET9A 4YXCA 5LAFA 5LXWA 2B6TA 1L95A 4DT3A 1QSQA 1CKFA 258LA 168LA 5KY1A 3DN6A 170LA 4YEMA 3WVYA 1SSWA 215LA 1C6GA 4YX7C 1AT6A 4NGZA 4C3WA 3WMKA 108LA 2DQIY 3RZ4A 1FLUA 1OUIA 225LA 1VAUA 4CGEA 1TDYA 3EMLA 1G0GA 1B7NA 1GF7A 1LI2A 1LYIA 4GN3A 1L99A 1GFAA 1HEPA 2B6YA 4NGJA 3LYMA 189LA 1L48A 1L11A 3A92A 4B0DA 3WXUA 4W57A 1IC7Y 4B4EA 5K7OA 4OWAA 1DI5A 217LA 4OWCA 3W3EA 4UWNA 1OUDA 1L09A 2MEHA 4DJHA 1B5UA 1HFYA 4GN5C 1LSEA 3TXBA 3WH1A 5IELA 3WYHA 1P2LA 3W6EA 1QTDA 4ETDA 1VFBC 4H1PA 5I4XA 1DYAA 2DQHY 1CNSA 1L39A 1W6ZA 3P4ZA 3G3WA 4WM5A 131LA 1L75A 2F4GA 1L29A 1LSAA 187LA 2Q9EA 1BB7A 1C45A 193LA 3OK0A 1GB2A 3G3VA 3HH6A 1C6TA 4CHXA 211LA 1C6FA 4M4OA 4H91A 6LZMA 4HJYA 1CKGA 3J6KA 4I7QA 1IX0A 4ZIXA 1C69A 4FJRA 1ZV5L 4N8ZA 1Z55A 1C6IA 219LA 1IWVA 4DWXA 5F9UA 2F30A 1L41A 171LA 1L16A 4DQJA 1H87A 1LWKA 4EPIA 2G4PA 1LGUA 1IP6A 1GE4A 1ZVHL 2ZWBA 2BQLA 2ZIKA 5FELA 3DN0A 1C43A 139LA 3DN1A 1WVVA 1GFEA 3HBDA 4ZFPA 1QTHA 3D9AC 4W51A 3OE0A 1C60A 1L19A 1GE2A 208LA 4I7PA 1D2WA 191LA 3HT9A 2MEDA 2D6BA 5L3HA 4WM6A 4ETAA 2OU0X 3ODUA 4CFPA 4RLNA 4L41A 3QAKA 3TXIA 1L49A 1D2YA 3WPLA 5APDA 149LA 1C68A 4XJBA 2RBSA 1L05A 3RUNA 4DKLA 2YVBA 4O34A 4K5YA 2IGCA 4NGVA 1B6IA 1L97A 1L59A 5DL9A 3C8SA 1L63A 1RE2A 3RNXA 3WUNA 5C6LA 1QTZA 1DPXA 3FI5A 4HPIA 110LA 5FHWA 1D3FA 4ANRA 3LZMA 5E9RA 2A7DA 3TXHA 1LZAA 3D3DA 4XJGA 2N5ZA 4H8ZA 1EQEA 3MGWA 172LA 1QSBA 1QDTA 3A3RX 1L12A 3CT1A 1L25A 4X3BA 1L42A 1MELL 4ARMB 1C6NA 4ETEA 1REYA 2XBRA 3WW6A 107LA 1LSYA 3GUOA 1P5CA 4S0WA 1IWZA 3AB6A 2BQEA 5I53A 4DD9A 2BQMA 3OJPA 1C6QA 2C8OA 1GBYA 1NQIA 1D9WA 3QE8A 2GV0A 3AJNA 4IJ4A 2D4JA 4NSIA 2RBQA 4AQNA 4G4HA 4LT2A 4WM4A 2ANXA 1KIQC 3AGHA 1JHLA 3M3UA 2RBPA 5C6IA 1IP1A 1KY1A 1L77A 3P68A 4ETBA 2BQHA 1L82A 103LA 1MLCE 3F6ZA 3WU8A 5LVIA 1GD6A 4HJVA 1L70A 1IOSA 3GXRA 5KXLA 4NGYA 2ZNWY 3G3BB 251LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GF4 A;  3CDT A;  1C67 A;  2HED A;  4PRQ A;  4DDA A;  4GBR B;  226L A;  1LYZ A;  5KXP A;  1UBZ A;  1C66 A;  4KXI A;  1LOZ A;  192L A;  4I0C A;  4IAP A;  3T6U A;  1D0L A;  1LGW A;  4ARQ B;  1WTM A;  236L A;  1LZE A;  259L A;  2ZIL A;  1HSW A;  2Z38 A;  1WVU A;  2F2N A;  2XTH A;  3W6D A;  3OE6 A;  2Z37 A;  1L53 A;  1L69 A;  2BAA A;  5LVJ A;  1DKK A;  1JSF A;  1A4V A;  145L A;  1L94 A;  3SB6 A;  1FN5 A;  2DQE Y;  1L22 A;  2HUM A;  3OE8 A;  1SX2 A;  1CU6 A;  3HT8 A;  4HTK A;  1LYJ A;  5KXW A;  4EMN A;  2DKV A;  4IAT A;  3WPK A;  2OE4 X;  4LDL A;  2RSC A;  1JKA A;  4LYZ A;  1L61 A;  1WQM A;  220L A;  1P2C C;  223L A;  4NSG A;  154L A;  1FKQ A;  3PBL A;  2BLY A;  4LDE A;  2OEA X;  2HU3 A;  1YQV Y;  1QSA A;  2B7X A;  114L A;  1DYB A;  4KT3 A;  1F10 A;  1BHZ A;  3GUJ A;  2B73 A;  4EKS A;  4H8X A;  257L A;  1P36 A;  4NHP A;  4OO9 A;  1ZVY B;  2DQC Y;  3GUN A;  5HLL A;  4C5F A;  4DYG A;  1L38 A;  1XGQ C;  3AZ7 A;  3C7Z A;  260L A;  2FYC A;  1OUG A;  119L A;  1L13 A;  1B5Y A;  4G9S A;  3CDO A;  4W94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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