237LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRAITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 237lA00
164LA 125LA 1L76A 1CU3A 4EXMA 114LA 2B6YA 2LZMA 262LA 210LA 1L32A 2RB1X 162LA 1L19A 240LA 3SB6A 3HTFA 1SWYA 2B73A 4I7TA 1LGXA 156LA 3LZMA 1L67A 1OV5A 1L73A 129LA 1C6EA 1OV7A 1L63A 1C6PA 1G0JA 3SB7A 149LA 1L46A 1SWZA 233LA 3OE8A 2RBRA 2RBNA 4I7LA 120LA 1L12A 1C68A 186LA 1G1WA 3CDVA 1QTHA 1L16A 1DYAA 1C6LA 1C6IA 4E97A 2O79A 1CV1A 1L43A 6LZMA 4LDEA 141LA 1SSYA 142LA 1L44A 3GUOA 1D2YA 1L22A 249LA 3K2RA 2RAYX 1G0KA 1L27A 1G0MA 176LA 1L88A 1KY0A 2A4TA 3HUAA 1KNIA 1OYUA 243LA 1LYJA 1ZURA 3CDOA 4W52A 4ARQB 1L15A 4I7RA 112LA 4ARMA 1L14A 1L74A 1C6BA 1LGUA 118LA 1C6GA 1JTNA 2IGCA 3F8VA 3OE6A 158LA 1CUQA 1L37A 1C69A 147LA 231LA 1L24A 1QUOA 206LA 1L59A 1QUHA 2CUUA 1L56A 3G3VA 1L47A 3G3WA 1L10A 1CX7A 1KY1A 1L89A 1LYFA 1L90A 225LA 3C7WA 1L28A 1C62A 163LA 1CX6A 1QSBA 1XJUA 1L64A 1L18A 1XJTA 3HTDA 1LWGA 2OE4X 4YXAC 3SN6R 143LA 223LA 246LA 2ANVA 3DN4A 160LA 1KW7A 1OVHA 187LA 1P64A 2RBQA 1L0JA 1LI2A 1L51A 248LA 235LA 2OE7X 1C65A 3HTGA 3G3XA 103LA 177LA 4W58A 1L70A 4I7PA 1QTVA 2QARC 2OU9A 1L83A 138LA 2B6ZA 4DKLA 1D3FA 1KW5A 2F2QA 1G0LA 4LDOA 227LA 1C6KA 4GBRB 1CU2A 4AQNA 3DN6A 2B75A 3GUMA 4EKPA 115LA 3RZEA 1QSQA 3PBLA 3SB8A 2B7XA 1L96A 1L07A 242LA 1C6JA 151LA 3FI5A 4W59A 4YX7C 1L02A 3FA0A 183LA 1QT6A 180LA 1L99A 1L30A 3L64A 4EJ4A 161LA 4DJHA 1L98A 2RB2X 167LA 1C64A 1T97A 182LA 1DYCA 3DN1A 1L41A 4LZMA 1QS5A 230LA 1LYDA 1P36A 126LA 1QTZA 3CDQA 1L86A 1D2WA 1P37A 3F9LA 192LA 1NHBA 220LA 4ARMB 234LA 137LA 1KS3A 241LA 2OU0X 4W56A 3C8QA 1CTWA 1C6TA 4PK0A 196LA 232LA 2OU8A 4LDLA 1P7SA 1SSWA 1L48A 236LA 1LI3A 3HUKA 3HT7A 3SBAA 130LA 1L05A 214LA 110LA 3RUNA 1L45A 217LA 3CDTA 4I7QA 1LPYA 1T8FA 261LA 1L36A 1D9WA 168LA 1C6AA 1G07A 1JTMA 226LA 2F32A 1L58A 4W53A 175LA 181LA 3DMZA 1DYBA 216LA 188LA 1C63A 2RH1A 1P46A 1PQKA 213LA 1L97A 4I7NA 1DYEA 4K5YA 238LA 165LA 127LA 1EPYA 3FADA 4W55A 128LA 172LA 219LA 3VW7A 102LA 1L55A 146LA 1CV5A 1L38A 1B6IA 251LA 2HUMA 170LA 1P6YA 1PQIA 2NTHA 3GUKA 173LA 1L33A 2O7AA 1QT3A 152LA 3DN2A 1XEPA 1L42A 257LA 1L52A 1LGWA 4I7JA 256LA 123LA 148LE 2HUKA 1DYGA 1DYDA 1CV4A 1L29A 1LWKA 1L92A 3D4SA 1C6CA 1L66A 1QT4A 1L17A 1L04A 250LA 1D3NA 3NY8A 107LA 3HUQA 4I7OA 1CV6A 3OE0A 174LA 5LZMA 3V2WA 245LA 2ANXA 1QUDA 1L69A 113LA 1QUGA 244LA 1L35A 1QTDA 1QT7A 4ARLA 4ARQA 1G1VA 2OTZX 1CU5A 1CU0A 1L54A 1L00A 1QS9A 1L93A 150LA 1ZWNA 3UONA 1L71A 1QT5A 1L85A 3ODUA 1LYIA 1L77A 252LA 155LA 4W54A 212LA 3V2YA 1L84A 1LLHA 3HH4A 3GUPA 4IAPA 169LA 1CU6A 253LA 229LA 3DMXA 1L08A 2B6XA 3HU8A 3C7ZA 2LC9A 1PQDA 195LA 1L53A 1L65A 2NTGA 4I7KA 2QB0B 218LA 2B70A 4I7SA 221LA 178LA 3GULA 2RB0X 111LA 1L49A 205LA 159LA 4ZPUA 1P2RA 3HH5A 1L80A 1DYFA 201LA 1L62A 1C60A 1K28A 237LA 1LYEA 222LA 1SX7A 2L78A 1L11A 1G0PA 1T8AA 254LA 3QAKA 1QTBA 119LA 1OWYA 3SB5A 3EMLA 1CUPA 1L60A 1L81A 1L0KA 2B6TA 3HT6A 191LA 2B74A 2Z6BA 211LA 3SBBC 209LA 1L34A 2Q9DA 4ARJA 4ARPA 200LA 1LI6A 2RAZX 4I7MA 1G0QA 3GUNA 3C83A 3C82A 1C6DA 1L95A 3DMVA 239LA 247LA 1C6QA 3C7YA 3HWLA 108LA 1L91A 199LA 3GUJA 1L94A 1L61A 1P56A 1LYHA 139LA 215LA 1L72A 1C66A 1PQJA 1G06A 1P5CA 4YXCA 2RBSA 3HT8A 1CV3A 1L39A 1I6SA 3PDSA 140LA 3L2XA 1SX2A 1P3NA 1L50A 1QT8A 157LA 1LYGA 4EKQA 145LA 1L13A 1L82A 3HH3A 1L68A 166LA 3CDRA 3C8SA 1L21A 3HT9A 4EPFA 1LW9A 1L87A 3GUIA 198LA 224LA 4PJZA 4EKRA 3NY9A 1PQOA 4DAJA 104LA 122LA 260LA 1L79A 2Q9EA 1C61A 1L06A 1PQMA 131LA 3DKEX 189LA 3OE9A 1C6HA 4GRVA 2RBOA 185LA 1OVJA 1WTHA 1L20A 1L01A 1L25A 1C6NA 3HDFA 1L31A 1CVKA 228LA 1C6MA 2O4WA 2OEAX 3DNAA 1L26A 3C8RA 1ZYTA 2OTYX 3JR6A 4S0WA 1L75A 1L57A 1CV0A 1TLAA 1L40A 259LA 7LZMA 197LA 1L03A 144LA 3HH6A 3DN0A 1P2LA 1D3JA 3HU9A 1D3MA 1L09A 2RBPA 1T8GA 258LA 190LA 1T6HA 3HTBA 4EKSA 3DN3A 1C67A 4OO9A 1C6FA 5I14A 3HDEA 4W57A 3C80A 4W51A 3C81A 3NYAA 109LA 2F47A 3SB9A 1QTCA 2HULA 1OWZA 171LA 1JQUA 2B72A 255LA 1OVKA 1L23A 4EPIA 2B6WA 184LA 1G0GA 3DN8A 2LCBA 2OE9X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU3A 2LZTA 4LYMA 3IWRA 3SB6A 3HTFA 1GEZA 1BHZA 3LZMA 1C10A 4C3WA 1FLQA 3A92A 4DD7A 1C6PA 1GFVA 1GE1A 4QEQA 3A34A 2RBRA 1HNLA 4CFPA 1FDLY 2BQDA 1L12A 4U3XB 1GFUA 1GF7A 1IR9A 1CV1A 1MLCE 4LDEA 4WO9A 5F16A 4YM8A 3W3EA 4WM1A 2YVBA 5D5FA 3GUOA 4NHTA 1D2YA 1L22A 249LA 3K2RA 4NSGA 1YKZX 1HMLA 1G0KA 4PGJB 5I53A 243LA 2DQJY 3GXKA 4LT2A 4I7RA 3WH1A 1L14A 1L74A 5LXWA 1C6BA 1LGUA 1JTNA 3B0IA 2Z38A 5HMJA 3W6DA 2DBTA 2MECA 147LA 1B5VA 5HLLA 1L59A 2CUUA 2ZYPA 2MEHA 4BAFA 1L10A 4NGWA 1KY1A 1L89A 1BQLY 5B06A 4ETDA 3A67Y 4P2EA 1JKBA 1L18A 1YKYX 3IJUA 3HTDA 2DKVA 2OE4X 2ZQ3A 3SN6R 4YENA 5APDA 223LA 160LA 1P64A 3LZTA 2ZNXY 4KXIA 1IOSA 235LA 4HTQA 2OE7X 1C65A 3G3XA 4N1CC 4Z46A 1L70A 1IP4A 1JTPL 1QTVA 2QARC 3AGHA 2FYCA 3J4GA 1GFRA 2G4PA 4DKLA 5A3EA 1WQPA 227LA 4PRQA 2YDGA 4EKPA 4WG1A 3A93A 3RZEA 1QSQA 3SB8A 2B7XA 2HEFA 1L96A 1DZBX 1L07A 1IC7Y 1TDYA 1UIDA 1BWIA 1GB5A 1LZ6A 4NSIA 2BLXA 4W59A 3HFMY 1GWDA 4DD0A 2LYOA 183LA 3B0KA 4EJ4A 5KXKA 4BADA 4DJHA 1GEVA 1T97A 182LA 3DN1A 2DQIY 3A3QA 4WM3A 4RLMA 1BGIA 1C46A 1LYDA 3CDQA 1L86A 4NSHA 3A95A 1D2WA 2DQAA 1NHBA 4ARMB 1GHLA 234LA 137LA 4NGOA 1REMA 3C8QA 4PK0A 135LA 196LA 232LA 2OU8A 2VB1A 4LYCA 1LMAA 1SSWA 5FSTA 3W6BA 236LA 1DQJC 1LI3A 3SBAA 2BQMA 5KXOA 3RU5A 1L05A 1L45A 217LA 3CDTA 4I7QA 1LPYA 1NKHA 1T8FA 1JITA 2Z2FA 4B4IA 5LYMA 1G07A 3E3DA 4NGIA 1L58A 1DYBA 207LA 1PQKA 1DYEA 2BQLA 4K5YA 165LA 1D6QA 4GCBA 128LA 4GLAA 2HU1A 1T3PA 153LA 1TCYA 2Z19A 2YBMA 4H9EA 1PQIA 1QT3A 152LA 4UWUA 1L42A 4B0DA 4WOAA 1F6RA 4WL6A 148LE 2WARA 1IP5A 1DYGA 4FJRA 4FDYA 1LWKA 3G3BB 1IP3A 2A7DA 2DQGY 1CV6A 4WL7A 1F0WA 3FI7A 5HMVA 3A94A 2HEAA 4ARLA 1G1VA 2MEBA 2OTZX 1N4FA 1L54A 4YOPA 1QUTA 4QDNA 2MEEA 1L93A 150LA 3UONA 1J1OY 2F30A 5KXPA 3QNGA 4M4OA 1YAMA 5F9XA 1HSXA 5KXMA 3EO5A 4AXTA 5K7OA 212LA 1P2CC 1IEEA 4ML7A 2BQHA 1LYOA 3GUPA 169LA 5LVJA 5KXYA 2YBLA 1AT6A 3HU8A 1DI5A 1HENA 2N5ZA 1SLYA 1XGUC 3GULA 4B4JA 111LA 1NF5A 159LA 4GN3A 5APEA 1L80A 3CT0A 5ILFA 1DYFA 1B5ZA 4DQ7A 1K28A 237LA 1GPQC 1OUHA 3CT5A 1LHHA 1G0PA 4XJGA 1TBYA 119LA 1IR8A 3SB5A 4J1AA 4AGAA 3WPLA 1L81A 4YF2A 2B6TA 1YKXX 1LZ1A 2XTHA 211LA 209LA 1LI6A 1GFEA 1G0QA 3C83A 3WVYA 3DMVA 1JKDA 247LA 1ALCA 1L91A 2F2NA 1GF8A 1P56A 5B59A 3WUNA 4GCEA 139LA 1C66A 1PQJA 4UWVA 1REXA 1LSNA 4TTDA 1IC5Y 1L39A 1SX2A 1O23A 2W1MA 1LJ4A 1CKFA 1EQ4A 5L3HA 1LSEA 4WM6A 2ZILA 1L82A 3HH3A 2HEBA 1L68A 2BQOA 3LN2A 4LYOA 1JISA 1GB3A 3GUIA 1LCNA 198LA 4IASA 224LA 4PJZA 5APFA 1OUBA 1HFYA 1FBIX 122LA 1L79A 2Q9EA 1L06A 4H9HA 1LMNA 1HFZA 2RBOA 1JJ1A 4LFPA 1GF5A 1L20A 1L01A 9LYZA 1FKQA 1GFGA 1LSAA 3WULA 1GBXA 4DD1A 1CVKA 1LYZA 1C6MA 3DNAA 1IY4A 1GBOA 3C8RA 1ZYTA 1XFPL 4H92A 5ILCA 1L40A 7LZMA 5KXRA 4LFXA 1L03A 4HP0A 2RBPA 4DC4A 190LA 1DI4A 3BKHA 2XQOA 1F6SA 3ZVQB 2CDSA 2Z37A 3NYAA 1YAOA 4QGZA 4H93A 3SB9A 3A6BY 4NGVA 171LA 1OVKA 2OE9X 164LA 4B49A 114LA 5F14A 262LA 2RB1X 2HEEA 1SWYA 1REYA 1L67A 4N1EI 1L73A 1OV7A 1L63A 1C7PA 1WQQA 149LA 4N8ZA 1SWZA 2RBNA 2MEAA 4I7LA 1HEMA 5B07A 1LZRA 3TXFA 1DYAA 3CQLA 2BQBA 1L43A 1HEPA 141LA 5B1GA 1XGPC 5I54A 3WPJA 1SSYA 3AZ5A 1LSCA 2RAYX 4XENA 1L27A 1L88A 1LSDA 1WQOA 193LA 1DKKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CU3 A;  2LZT A;  4LYM A;  3IWR A;  3SB6 A;  3HTF A;  1GEZ A;  1BHZ A;  3LZM A;  1C10 A;  4C3W A;  1FLQ A;  3A92 A;  4DD7 A;  1C6P A;  1GFV A;  1GE1 A;  4QEQ A;  3A34 A;  2RBR A;  1HNL A;  4CFP A;  1FDL Y;  2BQD A;  1L12 A;  4U3X B;  1GFU A;  1GF7 A;  1IR9 A;  1CV1 A;  1MLC E;  4LDE A;  4WO9 A;  5F16 A;  4YM8 A;  3W3E A;  4WM1 A;  2YVB A;  5D5F A;  3GUO A;  4NHT A;  1D2Y A;  1L22 A;  249L A;  3K2R A;  4NSG A;  1YKZ X;  1HML A;  1G0K A;  4PGJ B;  5I53 A;  243L A;  2DQJ Y;  3GXK A;  4LT2 A;  4I7R A;  3WH1 A;  1L14 A;  1L74 A;  5LXW A;  1C6B A;  1LGU A;  1JTN A;  3B0I A;  2Z38 A;  5HMJ A;  3W6D A;  2DBT A;  2MEC A;  147L A;  1B5V A;  5HLL A;  1L59 A;  2CUU A;  2ZYP A;  2MEH A;  4BAF A;  1L10 A;  4NGW A;  1KY1 A;  1L89 A;  1BQL Y;  5B06 A;  4ETD A;  3A67 Y;  4P2E A;  1JKB A;  1L18 A;  1YKY X;  3IJU A;  3HTD A;  2DKV A;  2OE4 X;  2ZQ3 A;  3SN6 R;  4YEN A;  5APD A;  223L A;  160L A;  1P64 A;  3LZT A;  2ZNX Y;  4KXI A;  1IOS A;  235L A;  4HTQ A;  2OE7 X;  1C65 A;  3G3X A;  4N1C C;  4Z46 A;  1L70 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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