238LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMAFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 238lA00
1C6GA 2OU8A 5I14A 1KW5A 1CU0A 1P2RA 1L42A 3SB9A 1L90A 212LA 3HTGA 251LA 111LA 1L08A 1KW7A 1L91A 2HUKA 1QT7A 1QUGA 1P7SA 1L73A 172LA 3HH5A 1G0LA 1L86A 176LA 1C60A 1I6SA 3C8QA 1G0QA 1P5CA 141LA 3SN6R 184LA 1L57A 3SB5A 4ARJA 108LA 249LA 1LWGA 1C69A 1L12A 241LA 1C6LA 1L88A 226LA 4I7NA 4K5YA 1SX2A 259LA 2B73A 3HUKA 2LCBA 1L81A 4LZMA 1KNIA 4EKSA 1SSYA 102LA 1T8AA 187LA 4EKRA 1L70A 1OVKA 1P56A 1QS9A 147LA 221LA 125LA 2B6YA 2CUUA 1CUQA 2OTYX 3C82A 1QTDA 4EJ4A 256LA 1LYFA 5LZMA 1C6IA 1L83A 195LA 3LZMA 1QT4A 1LGUA 3DN6A 1QT6A 3SB8A 1CX6A 4PJZA 3DMZA 1QSBA 3HUAA 1QTBA 1L01A 3CDQA 3DMXA 4ARQB 4I7SA 223LA 1L27A 196LA 150LA 253LA 1L60A 4YXCA 1L58A 1LYGA 1QSQA 3FA0A 1CU2A 1L32A 2HUMA 3DN3A 231LA 4DKLA 1KY0A 1L34A 3GUJA 1D3NA 2B72A 255LA 2OEAX 4I7OA 118LA 1L22A 1CU6A 1L33A 1L96A 243LA 1OYUA 3DKEX 1L26A 192LA 3HDEA 4AQNA 3SBBC 1QT8A 4LDOA 199LA 1G0GA 1L53A 4PK0A 2Z6BA 1L79A 1PQOA 3NYAA 3CDTA 3HH3A 1C6EA 139LA 3GUPA 110LA 170LA 6LZMA 4W57A 2Q9DA 3PDSA 254LA 224LA 1L14A 2F32A 3DNAA 1DYDA 4DAJA 3K2RA 1L66A 114LA 167LA 3C7YA 1PQDA 1DYEA 1ZWNA 1QUOA 2O4WA 1L16A 3GUMA 222LA 1QUDA 2O7AA 1L15A 213LA 1G1VA 122LA 2L78A 181LA 2B6XA 3CDOA 4W55A 1CV0A 2HULA 3DN4A 166LA 232LA 1CVKA 107LA 1QS5A 3DN1A 149LA 162LA 1XJTA 130LA 103LA 1C6KA 1T6HA 242LA 1L63A 1G0MA 211LA 2ANVA 3GUOA 161LA 1TLAA 3PBLA 1C6HA 113LA 1LGWA 3HTFA 1L19A 238LA 1DYGA 220LA 1L43A 1L67A 3D4SA 143LA 227LA 180LA 1L44A 2F2QA 2RBRA 1L30A 2B6TA 1L24A 160LA 3RUNA 4DJHA 159LA 3C83A 1L47A 4W59A 2ANXA 189LA 1T97A 3HDFA 4ZPUA 4I7TA 257LA 1NHBA 1L31A 206LA 201LA 4I7QA 1G07A 3OE8A 1D2YA 252LA 3V2YA 3OE0A 3HT7A 1L02A 1OVJA 1L49A 2RB1X 3G3VA 4EPFA 1C6JA 1L23A 4W52A 239LA 1L00A 4ARMA 1KY1A 2RAYX 1P64A 3HH6A 3OE9A 115LA 3GUKA 129LA 2RB2X 1DYFA 1L35A 1L45A 1C65A 245LA 1L52A 163LA 3DN2A 178LA 1L84A 3F8VA 7LZMA 1P6YA 2RBPA 1DYBA 3V2WA 1QTCA 1OWYA 1L56A 1L40A 2B7XA 1LI2A 1LW9A 2F47A 219LA 4W54A 1L80A 261LA 1L38A 1CV5A 200LA 1L20A 1L99A 2IGCA 1L61A 4YX7C 4I7RA 182LA 1C6DA 112LA 4ARPA 229LA 1L72A 1QT5A 1L05A 1LI6A 1L98A 3CDRA 1LWKA 209LA 1CU3A 2B6ZA 1L21A 1L59A 4E97A 1P3NA 185LA 1C64A 3QAKA 145LA 4EKQA 144LA 1JTNA 197LA 1D2WA 214LA 235LA 1D9WA 1L09A 1L28A 198LA 4I7JA 158LA 218LA 4S0WA 1C6TA 4OO9A 1PQMA 1L55A 171LA 210LA 2RB0X 4LDLA 3NY9A 1C6NA 175LA 1SX7A 3DN0A 177LA 3C7WA 1CV1A 246LA 156LA 3GUIA 1L03A 1G0KA 1LI3A 1LYEA 3HU8A 109LA 1JTMA 4I7PA 128LA 1KS3A 168LA 127LA 3HTDA 1P37A 1L06A 3EMLA 119LA 152LA 3CDVA 4W51A 1QTVA 3G3XA 1L77A 120LA 3SB7A 4W53A 4IAPA 2OE4X 1C6QA 1L92A 240LA 1L74A 1QT3A 3C80A 236LA 2B6WA 1LLHA 3HH4A 4GRVA 2B75A 3G3WA 1C68A 1ZYTA 1D3FA 3FADA 126LA 140LA 1CTWA 1LPYA 169LA 2O79A 3FI5A 3OE6A 1C63A 190LA 3RZEA 3SB6A 4I7KA 1L85A 1G06A 4GBRB 1K28A 1L93A 244LA 1DYCA 225LA 1C6CA 1XEPA 2Q9EA 1L36A 228LA 1C61A 1L04A 234LA 2RBSA 4ARMB 148LE 1L71A 1JQUA 174LA 1L17A 1G0PA 3UONA 1PQIA 1L0JA 1C6BA 1PQJA 155LA 2OTZX 1L69A 1L39A 2RBNA 2B70A 1L07A 1OV5A 1OVHA 2LC9A 1C6FA 3F9LA 3HUQA 3HT9A 3NY8A 1CV6A 1L13A 4YXAC 151LA 1WTHA 4EXMA 1L51A 2QARC 2OU0X 123LA 1L29A 1L46A 3VW7A 233LA 3C81A 1L37A 1P2LA 2OU9A 2RBOA 4ARLA 250LA 1EPYA 1LYJA 3L64A 1C6AA 1L41A 1L89A 1L95A 1C6MA 188LA 1QUHA 1SWYA 1QTHA 1L68A 4I7MA 1PQKA 1DYAA 1OWZA 146LA 1B6IA 3HT8A 215LA 3GULA 1C62A 4W58A 138LA 3DN8A 4LDEA 1L0KA 3GUNA 1L25A 104LA 165LA 2OE7X 3L2XA 1CU5A 4EPIA 1QTZA 142LA 1L10A 2A4TA 1L64A 164LA 183LA 1L87A 4I7LA 1XJUA 1CV4A 237LA 2RH1A 1ZURA 2OE9X 1P36A 4W56A 2B74A 262LA 1L11A 1L75A 230LA 173LA 3C7ZA 1G1WA 1T8FA 247LA 3JR6A 1L18A 1L50A 4ARQA 1D3JA 2RBQA 216LA 1P46A 1L94A 1SWZA 3HTBA 2QB0B 3C8RA 1C67A 4EKPA 1CX7A 1L62A 2NTHA 1CUPA 3ODUA 217LA 1L76A 258LA 1L48A 1LYHA 1T8GA 260LA 3HT6A 3SBAA 1L97A 3HWLA 3C8SA 3HU9A 157LA 205LA 1C66A 1D3MA 1LYIA 1SSWA 1C6PA 2LZMA 137LA 1L54A 1LGXA 248LA 186LA 1G0JA 191LA 1L65A 1OV7A 131LA 1L82A 1LYDA 2NTGA 1CV3A 3DMVA 2RAZX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DN4A 1C6GA 2OU8A 4WM6A 1LJ4A 4XJHA 1L90A 1JTTL 5KY1A 1KW7A 1QUGA 4GCEA 2LYZA 4ZIXA 4XJGA 5A3ZA 2DQEY 1L86A 1HFYA 5ILCA 3KAMA 141LA 2MEBA 4OWCA 3N9EA 249LA 2BQGA 1V7SA 1L12A 4XJDA 1SX2A 259LA 2BLYA 3HUKA 2LCBA 4LZMA 1KNIA 5DL9A 1LJGA 4EKSA 1GBOA 3J6KA 1GB9A 4LGKA 4ZFPA 1RE2A 6LYTA 1LCNA 1L70A 1LZCA 2MEIA 2EIZC 4NIJA 4J0LA 125LA 2G4NA 4BAPA 3C82A 1QTDA 2Y8PA 4MCKA 256LA 3TXJA 3WVXA 4H92A 1LJ3A 1CJ6A 1OUGA 3DMZA 1BGIA 5I4XA 4GCCA 3HUAA 1QTBA 3ZEKA 3DMXA 4ARQB 1B7RA 1JWRA 1GE0A 223LA 2LHMA 2IFFY 1KIPC 1L60A 4YXCA 1L58A 1LYGA 3WW6A 2HUMA 4DKLA 3GUJA 1GFHA 1LOZA 2BLXA 1KXWA 5AMYA 1HFXA 4J7VA 1OYUA 1WTMA 2CJLA 3DKEX 192LA 4WMGA 4AXTA 1DI4A 2MEGA 3GXRA 199LA 3RNXA 4UWVA 1YILA 1L79A 3ZVQB 2BPUA 4DQ5A 170LA 5II3A 6LZMA 4W57A 5KXWA 1LJNA 1JPOA 5APFA 1GF8A 1JJ1A 1DYDA 2F4AA 1CKHA 3K2RA 4R6CA 1DYEA 3D3DA 1L16A 4WO6A 3LZTA 222LA 1GFJA 1CJ7A 1WQOA 1IOTA 2BQDA 2L78A 1LZ9A 1LKRA 3DN4A 166LA 1A4VA 2Z12A 2GV0A 1JHLA 1EQ5A 149LA 162LA 130LA 5F9XA 2ANVA 161LA 4GN5C 2DQJY 2ZNWY 1OUFA 1LJHA 1JKAA 1MELL 2AUBA 5KXMA 2F2QA 1LSDA 1HNLA 2B6TA 3OK0A 4LYTA 2DQDY 3C83A 1W6ZA 4ETEA 4NGZA 4W59A 2MEFA 189LA 1NQIA 4I7TA 3CT0A 1GFAA 1LSMA 3LHMA 1FDLY 1GF5A 1RCMA 1QUTA 2G4QA 1L02A 1OVJA 2RB1X 5I53A 3TXIA 1D0KA 4YM8A 1L23A 4W52A 1LJEA 2PC2A 4ARMA 2RAYX 1LZDA 5EBHA 4TUNA 245LA 178LA 7LZMA 4HTQA 1LZGA 4NHIA 1P6YA 4DC4A 5KXOA 2RBPA 3P68A 1L40A 4OOOA 1UIGA 1GF7A 2HEEA 1CV5A 1OUBA 1L20A 1L99A 4I7RA 2IHLA 1L05A 3K3TA 4J1BA 1WVVA 1LWKA 4A7DA 2B6ZA 3WU7A 4E97A 1LZ8A 1P3NA 208LA 1C64A 3FI7A 145LA 1IX0A 4B4IA 3WU8A 214LA 4RDSA 1DQJC 5DLAA 198LA 1OUJA 158LA 1VAUA 218LA 4S0WA 4OO9A 2MECA 3ATOA 3NY9A 3DN0A 3C7WA 135LA 1UIHA 4WM2A 3WW5A 3GUIA 6LYZA 1LI3A 1LYEA 1VDPA 1LMQA 4WM3A 5LVHA 109LA 1AT6A 3HTDA 2FBBA 1IP1A 1SQ2L 2G4PA 3B6LA 4HV1A 1NBYC 4NGWA 1OQMA 1IIZA 1C68A 4FJRA 3FADA 4NHPA 2W1LA 126LA 1LHKA 1LPYA 169LA 2O79A 1YKZX 1C63A 4PPOA 1G06A 1GE2A 5FCPA 1VDTA 1GDXA 5B06A 234LA 2MEAA 1FKVA 3UONA 3WUMA 1PQJA 1GXV2 5APCA 2OTZX 1HC0A 1L69A 2RBNA 1L07A 1G7HC 1OV5A 1LSEA 2FYDA 4LYMA 4NSJA 3F9LA 4CFOA 2DKVA 3NY8A 1CV6A 1GAYA 4Z98A 4DDCA 4LYBA 4E3UA 1WTHA 4EXMA 1BB5A 3LYZA 2OU0X 233LA 3C81A 1E8LA 2RBOA 4OWHA 4ARLA 1I56A 250LA 1LYJA 3G3BB 1IY3A 3WL2A 1LJKA 1LZNA 188LA 5K7OA 3EO5A 5HMJA 3CB7A 4I7MA 1YAMA 3HT8A 4ML7A 215LA 3DN8A 1L0KA 3M3UA 2OE7X 1BQLY 1L64A 164LA 4RLMA 3LYOA 2F4GA 1JEFA 1UIAA 1LSYA 4PRQA 5KXYA 2RH1A 1BVKC 1P36A 4ZEEA 1L11A 1L75A 1CJ9A 1LZ4A 1LSGA 247LA 4ARQA 2RBQA 4LYZA 1DPWA 1AM7A 1G7MC 3LZ2A 1C67A 3CSRA 1AZFA 1LZ5A 2FYCA 4MR1A 4HJVA 1GB3A 4H8XA 2ZIJA 205LA 2OEAX 1C6PA 2EPEA 1HMLA 1LGXA 1LZSA 1P2CC 3DMVA 1G7IC 4XJIA 1NF5A 4LT1A 1QTEA 4CHXA 1CU0A 1GF9A 1P2RA 4U3XB 2DQAA 212LA 154LA 1L08A 1L91A 2HUKA 3ATNA 4WG7A 172LA 1JISA 4HJZA 4ET8A 4TWSA 176LA 4C3WA 2BQNA 1P5CA 1IWWA 4OOTA 1MLCE 1YL0X 5ILFA 2ZQ3A 3SB5A 1LMCA 108LA 4HPEA 1YROA 3B0OA 241LA 1L88A 226LA 4K5YA 1IR7A 1TAYA 5LVKA 2MEEA 4IATA 5IDDA 1T8AA 1JIYA 2RSCA 1GF4A 2CWIA 3T6UA 4ET9A 2DBTA 1QS9A 1YAPA 4N1EI 1CUQA 1KIQC 4PHIA 4EJ4A 5KXLA 4LFPA 5LAFA 1CX6A 4HSFA 1QSBA 1GE4A 4PGJB 1L01A 150LA 2WARA 3G3AB 4H93A 1GFVA 3FA0A 1CU2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5DN4 A;  1C6G A;  2OU8 A;  4WM6 A;  1LJ4 A;  4XJH A;  1L90 A;  1JTT L;  5KY1 A;  1KW7 A;  1QUG A;  4GCE A;  2LYZ A;  4ZIX A;  4XJG A;  5A3Z A;  2DQE Y;  1L86 A;  1HFY A;  5ILC A;  3KAM A;  141L A;  2MEB A;  4OWC A;  3N9E A;  249L A;  2BQG A;  1V7S A;  1L12 A;  4XJD A;  1SX2 A;  259L A;  2BLY A;  3HUK A;  2LCB A;  4LZM A;  1KNI A;  5DL9 A;  1LJG A;  4EKS A;  1GBO A;  3J6K A;  1GB9 A;  4LGK A;  4ZFP A;  1RE2 A;  6LYT A;  1LCN A;  1L70 A;  1LZC A;  2MEI A;  2EIZ C;  4NIJ A;  4J0L A;  125L A;  2G4N A;  4BAP A;  3C82 A;  1QTD A;  2Y8P A;  4MCK A;  256L A;  3TXJ A;  3WVX A;  4H92 A;  1LJ3 A;  1CJ6 A;  1OUG A;  3DMZ A;  1BGI A;  5I4X A;  4GCC A;  3HUA A;  1QTB A;  3ZEK A;  3DMX A;  4ARQ B;  1B7R A;  1JWR A;  1GE0 A;  223L A;  2LHM A;  2IFF Y;  1KIP C;  1L60 A;  4YXC A;  1L58 A;  1LYG A;  3WW6 A;  2HUM A;  4DKL A;  3GUJ A;  1GFH A;  1LOZ A;  2BLX A;  1KXW A;  5AMY A;  1HFX A;  4J7V A;  1OYU A;  1WTM A;  2CJL A;  3DKE X;  192L A;  4WMG A;  4AXT A;  1DI4 A;  2MEG A;  3GXR A;  199L A;  3RNX A;  4UWV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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