239LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKAYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 239lA00
1C6EA 216LA 1CV4A 1P64A 3F8VA 4W59A 127LA 3SB8A 1C6LA 1C6AA 160LA 1C63A 2B73A 3DKEX 146LA 2LC9A 3GUKA 3C80A 256LA 3LZMA 1L33A 239LA 4W55A 1L22A 1CU5A 1L11A 1QTHA 1LGXA 3CDVA 108LA 1L53A 1XEPA 3FI5A 2F32A 222LA 1P2LA 1L23A 1L30A 1G0LA 2RB0X 2B7XA 4W52A 252LA 2B6YA 1L45A 1D2YA 1C61A 2OE9X 217LA 3OE9A 1T8AA 3K2RA 1L72A 1L57A 1P5CA 3HU9A 1LYHA 1KNIA 3SBBC 4LZMA 143LA 2B6TA 1L00A 1CTWA 1DYAA 3L64A 163LA 172LA 190LA 1L12A 1DYGA 1L15A 1QTBA 142LA 1CX6A 1G0JA 1JTNA 1CUQA 3HTBA 4I7JA 155LA 3HTGA 1LWGA 3JR6A 1P36A 1L56A 1LYDA 159LA 3PBLA 1OWYA 1OYUA 197LA 236LA 2HULA 3DN4A 1L83A 1LGUA 1L63A 1OV5A 1D3FA 1L37A 109LA 189LA 168LA 152LA 1D9WA 1G0PA 230LA 1G0MA 145LA 1L39A 1TLAA 1L06A 223LA 187LA 247LA 192LA 1LW9A 1T8FA 4S0WA 226LA 1SWYA 3HWLA 1L40A 4AQNA 3HH6A 2RBRA 1LI3A 1ZWNA 3SB7A 3DN2A 1L08A 1L14A 2B6ZA 4I7TA 219LA 1L24A 1L0JA 3C7YA 180LA 244LA 137LA 237LA 253LA 1L65A 5LZMA 196LA 235LA 4ARJA 2ANXA 3DMXA 1L94A 1L52A 1QUHA 4W56A 3OE8A 175LA 2RB1X 1CX7A 1L64A 1L34A 1L35A 1L80A 1C6DA 1QTDA 205LA 4LDOA 3C8RA 1L27A 245LA 2B70A 4I7NA 1P2RA 191LA 162LA 1P46A 1L85A 1QT7A 1QS9A 1L31A 2F47A 2RBSA 1L89A 2QB0B 1L05A 1ZURA 2RBOA 242LA 1P3NA 4LDEA 1L10A 3GUIA 1L0KA 3C8SA 1CU0A 177LA 221LA 3HDFA 1C6MA 1G0KA 2O4WA 1P6YA 1L09A 148LE 1L90A 3OE6A 1L92A 1LPYA 4I7LA 257LA 1L76A 3DNAA 4I7QA 1L67A 1LWKA 1CU2A 1PQDA 1OVJA 3CDOA 1C6BA 169LA 2OEAX 4EXMA 3G3XA 1QTCA 3SB9A 1D3NA 3NY9A 1L55A 1KS3A 1C6FA 3FADA 183LA 2RBNA 3DMVA 107LA 110LA 164LA 138LA 1G1WA 119LA 1L29A 112LA 170LA 1L47A 1QTZA 262LA 3C7WA 6LZMA 3SN6R 1L87A 1L79A 1CUPA 103LA 181LA 3GUMA 1QT5A 2Q9DA 1OVKA 1C6KA 131LA 165LA 3D4SA 2RAZX 174LA 3NYAA 1KW7A 3C82A 200LA 1P7SA 1C65A 1L16A 3GUOA 139LA 178LA 3GUJA 231LA 130LA 210LA 4W58A 1G0QA 1PQOA 1L73A 1C6TA 1EPYA 2LZMA 1L01A 198LA 1C6NA 1L86A 171LA 1KY1A 1LYJA 240LA 1L60A 1XJUA 2CUUA 3PDSA 261LA 1LYEA 1QT3A 1L54A 1L93A 1ZYTA 4ARPA 1L04A 149LA 1L59A 2HUKA 209LA 4OO9A 182LA 2OTZX 4DAJA 104LA 2OU9A 150LA 1LYIA 2Q9EA 1P37A 249LA 211LA 120LA 3RZEA 2O7AA 1C66A 2QARC 1QS5A 4DJHA 1SX2A 2OU0X 1LI2A 151LA 233LA 4I7SA 1L36A 4YX7C 4ARQA 2RAYX 4YXAC 3HH4A 4GBRB 1L51A 2B6XA 4I7OA 206LA 1KY0A 1G06A 1L19A 1PQJA 2NTGA 3DN3A 4EPIA 1NHBA 1L20A 2RBPA 4ARMA 126LA 238LA 3HUQA 167LA 1L98A 1L61A 1L26A 1QT6A 4W53A 1LYFA 4YXCA 114LA 259LA 4EJ4A 1PQMA 3C8QA 3OE0A 4EKRA 3HH5A 1DYBA 4ARMB 2B72A 3DN6A 1DYEA 125LA 113LA 4I7RA 3G3VA 1B6IA 1L70A 2B74A 4PK0A 4EPFA 2OE4X 4ZPUA 224LA 1QUDA 1QUGA 4IAPA 173LA 102LA 1DYDA 156LA 1G0GA 2HUMA 4LDLA 3HUKA 1L66A 1CU3A 1DYCA 1L41A 3FA0A 195LA 1L99A 1L91A 251LA 215LA 1L25A 3HTFA 141LA 1L81A 140LA 3SBAA 184LA 3SB5A 1L74A 4ARLA 1L42A 1LYGA 4W54A 1L17A 199LA 115LA 1L97A 3DMZA 118LA 3HUAA 1L28A 1L18A 1DYFA 1L96A 1LI6A 1CV0A 1C68A 3C83A 1L44A 2IGCA 1L69A 1L50A 4I7MA 3GUNA 3C7ZA 1CV1A 3RUNA 2O79A 1JTMA 2RB2X 1I6SA 3GULA 3C81A 1OVHA 214LA 1C6GA 1L07A 157LA 212LA 1L46A 1WTHA 3CDTA 250LA 1PQIA 166LA 1D3MA 229LA 254LA 3G3WA 3QAKA 1C6CA 1L21A 1XJTA 3GUPA 147LA 4PJZA 144LA 3CDRA 4EKPA 2OE7X 1D2WA 1CVKA 1L77A 186LA 3HH3A 2B6WA 1SSYA 1QSBA 7LZMA 1T97A 1PQKA 1L48A 234LA 161LA 3L2XA 158LA 2Z6BA 1QUOA 188LA 1P56A 1C60A 4I7KA 3DN8A 220LA 1OV7A 3EMLA 4W57A 1QSQA 2OU8A 3UONA 1CV6A 4GRVA 3HT7A 248LA 2NTHA 201LA 1C6IA 1L95A 1LLHA 4I7PA 3F9LA 1L38A 1CV3A 227LA 1C67A 3DN0A 3CDQA 1T8GA 1L62A 1L43A 129LA 3HT6A 3HT9A 1L71A 1D3JA 1T6HA 1C64A 1SSWA 2RH1A 123LA 2B75A 3VW7A 1QTVA 1L68A 2F2QA 4ARQB 218LA 3V2YA 1G07A 241LA 4W51A 3HU8A 1C6QA 1OWZA 3SB6A 128LA 3NY8A 4E97A 213LA 2ANVA 2OTYX 225LA 2LCBA 258LA 1C62A 1QT4A 3HT8A 2RBQA 3HTDA 176LA 1L32A 1QT8A 1SX7A 111LA 260LA 1C6HA 1JQUA 3HDEA 1C6JA 1SWZA 1L75A 1C6PA 1KW5A 1K28A 228LA 1LGWA 246LA 122LA 3ODUA 3V2WA 4DKLA 1CU6A 4EKQA 1L03A 5I14A 1L84A 243LA 2A4TA 1C69A 3DN1A 1L58A 1G1VA 1L02A 255LA 185LA 1L88A 232LA 2L78A 1CV5A 4EKSA 1L13A 1L49A 1L82A 4K5YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6EA 3AGHA 216LA 3A34A 2ZILA 1J1OY 127LA 5APDA 2AUBA 2BQAA 1LHKA 3DKEX 146LA 2LC9A 4DD9A 135LA 1L33A 2Z2FA 1CU5A 1QTHA 1LGXA 3VWOA 1IX0A 3TXDA 5KXWA 5LAFA 2F32A 1UACY 1B7LA 222LA 2N5ZA 1P2LA 3J6KA 3AJNA 1D0MA 1LOZA 1SLYA 1XGTC 252LA 1L45A 1JWRA 1LKRA 3RT5X 1XFPL 207LA 4LZMA 3IWRA 1LHLA 4QY9A 1LHMA 1KIRC 4HJZA 1JEFA 2YDGA 1HENA 190LA 3P66A 1HFZA 1L15A 1GFRA 1JTNA 1GFHA 1CUQA 3HTGA 6LYTA 1XSFA 4ML7A 159LA 1OYUA 2DKVA 4WM6A 1G0PA 4ETAA 2MEBA 223LA 1L40A 3ZVQB 4AQNA 2RBRA 4HSFA 1L14A 4I7TA 219LA 1AM7A 1OUFA 4LYZA 253LA 4ARJA 3DMXA 1L94A 1L52A 1G7LC 4NSJA 1CX7A 3TXHA 1QUTA 2HEFA 1L35A 3AYQA 3HFMY 1JPOA 2LZ2A 4LDOA 1OUJA 1L27A 245LA 1JHLA 4I7NA 1P2RA 191LA 162LA 1P46A 5DM9A 2CDSA 3QNGA 3WVXA 1LZ1A 1L89A 3WPKA 1ZURA 3AB6A 1XGRC 2CJLA 242LA 1P3NA 1L10A 3LZTA 1FKQA 1G0KA 1WQRA 148LE 1L90A 1QIOA 4DDAA 5D5CA 2G4PA 3RNXA 4NGWA 4I7QA 1LWKA 1OVJA 6LYZA 3SB9A 2BQBA 1KXYA 1IP3A 110LA 2BQCA 262LA 4CJ2A 1GWDA 1VDSA 2BPUA 181LA 3A95A 3GUMA 1OUAA 4NSIA 1OVKA 1JUGA 2XBSA 1FLYA 4XJFA 1IOQA 1HNLA 200LA 4J1BA 1C65A 1JJ3A 4H9AA 5KJ9A 1DI4A 3TXGA 3TXJA 1L73A 2LZMA 4M6DA 4PGJB 1C6NA 1GFVA 4RDSA 1L86A 1KY1A 240LA 4DD3A 261LA 1B7SA 3QY4A 2BQHA 2HEAA 3WYHA 2DQEY 4NGYA 3B0KA 3A91A 1DXJA 2OU9A 1LYIA 249LA 2W1MA 1GFUA 4WLXA 5KXKA 4I7SA 2I6ZA 1B5ZA 5I4XA 1CKDA 3LYTA 5LAGA 1L51A 5I4WA 206LA 4H90A 4WG1A 1NHBA 2PC2A 4YOPA 5KY1A 126LA 1L61A 1L26A 2BLYA 5LIOA 1DI3A 1GFAA 5I53A 4NGKA 1DYBA 1GEVA 3DN6A 1JTTL 3G3VA 2B74A 2YBLA 1NWGA 1IOTA 173LA 1LSNA 2ZIKA 1DYDA 1IR7A 5KXNA 1L66A 1LZ6A 1CU3A 4GCFA 4NHSA 5B05A 1C7PA 1L41A 1TEWA 4ET8A 9LYZA 1YKZX 4B4IA 5T3FA 1L25A 3LYOA 141LA 140LA 1FKVA 2A7FA 2LHMA 2F2NA 1L17A 4DD0A 3W6BA 1L97A 2ZNWY 4J0LA 3HBEX 4KXIA 5KXLA 1CV0A 2LYMA 3D9AC 4XN6A 4I7MA 4ETBA 3C7ZA 4H8YA 1JTMA 2RB2X 3GULA 4X3BA 2W1LA 5HQ1A 1F6RA 214LA 4AXTA 212LA 4NFVA 4WG7A 2BAAA 2NWDX 4GLVA 1IO5A 4H91A 1D3MA 3G3WA 2ZIJA 1C6CA 1UIFA 144LA 4UWUA 3OK0A 4NSGA 3G3BB 4Z41A 1FLUA 1CVKA 4BAPA 2ZYCA 1L77A 1SSYA 4ETCA 1GF7A 1HEOA 4QDNA 4DD2A 3A8ZA 5HLLA 158LA 1MELL 1T6VL 2LYZA 2ZYPA 1QUOA 2ZWBA 4I7KA 2OU8A 4KL7A 1IWWA 248LA 201LA 1GB5A 3TXBA 1LSDA 5FEKA 3MGWA 1VAUA 1BWJA 1WQOA 1DKKA 3AW6A 1L38A 4H1PA 4XYYA 4BADA 2D4JA 1GB6A 1LMQA 1L62A 1LMNA 4G49A 1T6HA 1SSWA 1DI5A 2DQGY 3V2YA 1C46A 3HU8A 4E97A 2HEEA 3B0IA 3ATNA 1C62A 1QT4A 3W6FA 3CQLA 4XENA 1NF5A 5I4YA 1L32A 111LA 1A4VA 1LSZA 1YANA 4H9BA 4DQ5A 1C6JA 1SWZA 1B7QA 1Z55A 4GN3A 5KKJA 1KW5A 246LA 122LA 3ODUA 1CU6A 1TAYA 2BQOA 1L84A 2A4TA 1C69A 5KXMA 5F81A 1B5UA 1G1VA 1L02A 1DPWA 1UA6Y 1L88A 2Z18A 4W96A 5DN5A 4II8A 1LZRA 3CB7A 5IHGA 1H87A 1P64A 1WVVA 4OWCA 1HEWA 4KPMA 4PHIA 1C6LA 5LXWA 1LSFA 2B73A 2YBJA 1RI8B 3C80A 256LA 3LZMA 239LA 4W55A 1L22A 1IWVA 4O34A 2BQEA 1LHIA 2RB0X 4W52A 2B6YA 1BWIA 2OE9X 3OE9A 5LVKA 1L72A 1P5CA 4MSTA 4NG8A 3WXUA 143LA 1D0KA 3WH1A 1GPQC 1CTWA 2D6BA 1DYAA 3L64A 3P4ZA 5LVHA 4YENA 163LA 172LA 1LJ4A 2MEDA 1QTBA 3JR6A 4CFPA 4N1CC 1B5YA 1LZCA 5KXTA 4XJBA 3AW7A 1FN5A 2YSSC 2HULA 1OV5A 1LGUA 5APCA 3TMXA 1D3FA 1LZ4A 1L37A 1JKAA 109LA 189LA 168LA 152LA 3ZVQA 1GF3A 1L39A 1JSEA 1GFGA 247LA 192LA 1T8FA 1RCMA 3BKHA 5DL9A 1LSMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6E A;  3AGH A;  216L A;  3A34 A;  2ZIL A;  1J1O Y;  127L A;  5APD A;  2AUB A;  2BQA A;  1LHK A;  3DKE X;  146L A;  2LC9 A;  4DD9 A;  135L A;  1L33 A;  2Z2F A;  1CU5 A;  1QTH A;  1LGX A;  3VWO A;  1IX0 A;  3TXD A;  5KXW A;  5LAF A;  2F32 A;  1UAC Y;  1B7L A;  222L A;  2N5Z A;  1P2L A;  3J6K A;  3AJN A;  1D0M A;  1LOZ A;  1SLY A;  1XGT C;  252L A;  1L45 A;  1JWR A;  1LKR A;  3RT5 X;  1XFP L;  207L A;  4LZM A;  3IWR A;  1LHL A;  4QY9 A;  1LHM A;  1KIR C;  4HJZ A;  1JEF A;  2YDG A;  1HEN A;  190L A;  3P66 A;  1HFZ A;  1L15 A;  1GFR A;  1JTN A;  1GFH A;  1CUQ A;  3HTG A;  6LYT A;  1XSF A;  4ML7 A;  159L A;  1OYU A;  2DKV A;  4WM6 A;  1G0P A;  4ETA A;  2MEB A;  223L A;  1L40 A;  3ZVQ B;  4AQN A;  2RBR A;  4HSF A;  1L14 A;  4I7T A;  219L A;  1AM7 A;  1OUF A;  4LYZ A;  253L A;  4ARJ A;  3DMX A;  1L94 A;  1L52 A;  1G7L C;  4NSJ A;  1CX7 A;  3TXH A;  1QUT A;  2HEF A;  1L35 A;  3AYQ A;  3HFM Y;  1JPO A;  2LZ2 A;  4LDO A;  1OUJ A;  1L27 A;  245L A;  1JHL A;  4I7N A;  1P2R A;  191L A;  162L A;  1P46 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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