240LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTAGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 240lA00
4LZMA 3DN6A 4I7KA 2B72A 1L23A 1EPYA 1XJTA 3GUPA 3HTFA 7LZMA 183LA 1LYFA 1C6CA 1CVKA 4ARMA 1L39A 4PJZA 220LA 1I6SA 227LA 234LA 4I7TA 1L44A 1L72A 5LZMA 2B6WA 4K5YA 2RBSA 2OE7X 4W59A 1L02A 1LYEA 1C69A 3DKEX 245LA 1C6IA 131LA 123LA 1G1VA 110LA 144LA 3G3VA 1L87A 1OV5A 230LA 1L14A 1L37A 4I7QA 1C6NA 1P36A 262LA 2OTZX 1L67A 1SSYA 231LA 1L88A 253LA 1L54A 1L46A 2F47A 1D3FA 1CX6A 164LA 188LA 3C82A 1LYHA 244LA 3HH6A 1L89A 3RZEA 1OVHA 152LA 146LA 3C8RA 4I7LA 2RBNA 1LGXA 2IGCA 1DYAA 1L16A 173LA 1ZYTA 4GBRB 4W53A 1CU5A 1C6LA 1QT3A 1L20A 3DN3A 1C66A 1OWZA 191LA 3L2XA 3F8VA 199LA 1L69A 3HT9A 249LA 4EXMA 3C8SA 3CDQA 1LLHA 260LA 4W57A 1C6EA 176LA 261LA 4S0WA 109LA 1KY0A 4I7SA 113LA 1L43A 2RB0X 3PBLA 184LA 4I7JA 3HT7A 111LA 201LA 3C80A 3SB8A 2HUKA 1L27A 187LA 1C6KA 248LA 3GUKA 250LA 4W52A 1L13A 169LA 4ARQB 226LA 163LA 2F32A 3CDTA 6LZMA 1QT5A 143LA 1D3JA 1G0PA 1C62A 2RBOA 4W54A 1ZURA 1C6AA 1CV0A 1L71A 3HH5A 1XJUA 4I7MA 1P3NA 3K2RA 145LA 1D2YA 3V2WA 4ARJA 4ARPA 3DN1A 200LA 1L62A 125LA 3G3XA 3GUMA 160LA 1LYGA 4E97A 1P37A 1OVJA 190LA 1C6DA 2RBPA 157LA 2OE9X 1L98A 1L64A 4DKLA 1P2LA 1G0GA 4YXAC 1L56A 2OTYX 1CV3A 4YX7C 1CUQA 1L06A 1L04A 3NY9A 215LA 1T6HA 1PQOA 1LI2A 2NTHA 1L07A 178LA 1L84A 1C60A 2B6YA 3HU8A 241LA 140LA 3C81A 197LA 1L93A 2B70A 211LA 1L01A 3EMLA 1QT6A 1QTDA 166LA 1C65A 1C6QA 4AQNA 3GUOA 2ANVA 218LA 2B6ZA 3CDRA 3UONA 1L41A 1LYDA 1L63A 148LE 112LA 1LWKA 254LA 3HDFA 1L42A 172LA 1L26A 2CUUA 1SWZA 1CU0A 1P64A 3HU9A 205LA 1L25A 3HUAA 1L18A 196LA 3HUKA 1C6JA 119LA 1L61A 1KW5A 1ZWNA 2LC9A 225LA 259LA 1DYFA 2HULA 3HDEA 1L97A 247LA 1L60A 3F9LA 3DN4A 1CV4A 4OO9A 3C7YA 3CDVA 1P6YA 237LA 3HTBA 1KNIA 3OE6A 1QUHA 3HT8A 1L95A 4W55A 4EKQA 1L03A 2NTGA 2B7XA 1L91A 219LA 1L50A 2OE4X 1PQIA 1C68A 2LZMA 2RH1A 1D3NA 168LA 120LA 185LA 213LA 212LA 4EKRA 175LA 3SBBC 161LA 2B6TA 4I7RA 217LA 1L0KA 149LA 3HH3A 122LA 1JTMA 1L34A 151LA 1L82A 192LA 156LA 1QTBA 4EPIA 206LA 4W56A 1T97A 2O7AA 1WTHA 3DN0A 2B6XA 130LA 2RB1X 1CV1A 174LA 1OWYA 2O79A 229LA 3C7ZA 139LA 3SB7A 167LA 243LA 102LA 107LA 1C6BA 1CV5A 3HH4A 1JQUA 1PQMA 2B74A 1L55A 4ARQA 3DMVA 3HTGA 3NY8A 1L05A 1L17A 155LA 195LA 1C6HA 2RAYX 3GUJA 2RB2X 1XEPA 1SWYA 1QTVA 181LA 235LA 1L0JA 1L70A 1L30A 137LA 1P7SA 1PQJA 1D3MA 209LA 118LA 3NYAA 1L94A 104LA 1LGUA 3HWLA 236LA 1QUGA 1DYCA 4DAJA 4W58A 114LA 165LA 1L66A 3GUNA 3PDSA 258LA 1L79A 158LA 1C6GA 3SB6A 126LA 1L00A 1QUDA 1L21A 1QTZA 3JR6A 2RBQA 1QS9A 1L80A 1T8FA 4I7NA 1CU3A 3FA0A 2QARC 1L90A 129LA 1QSQA 1L59A 138LA 1L15A 4PK0A 1G0KA 4ARMB 4ZPUA 1L77A 1L65A 1SX2A 3DMXA 1PQKA 228LA 1QTCA 2RAZX 3SB5A 2OEAX 252LA 3OE8A 1CU6A 1L75A 1C6PA 4DJHA 1QTHA 1QT8A 4EKPA 2L78A 221LA 1LYJA 1P2RA 4EJ4A 170LA 1LPYA 1L19A 1DYDA 1L22A 2LCBA 1L09A 242LA 3DN2A 2ANXA 2QB0B 1C6MA 239LA 1T8GA 4EKSA 3SN6R 1L76A 1KS3A 1G0JA 3C83A 1LW9A 4I7OA 1C6TA 1CU2A 3FI5A 1QT4A 2OU0X 1G07A 1CTWA 1L31A 1L28A 3HT6A 257LA 1L58A 177LA 4I7PA 1G0LA 3CDOA 1KY1A 1L47A 223LA 1CV6A 2O4WA 2Q9EA 1C63A 159LA 3OE9A 3L64A 4EPFA 3D4SA 222LA 1L53A 1TLAA 5I14A 1L51A 4GRVA 182LA 1KW7A 1L40A 1P5CA 233LA 1QS5A 1L83A 142LA 232LA 1L85A 1L57A 4LDEA 2Q9DA 3ODUA 3G3WA 1OYUA 3DMZA 1SSWA 4ARLA 141LA 1LGWA 1NHBA 3HTDA 3VW7A 147LA 1JTNA 1G0MA 1LWGA 2RBRA 1L73A 1QUOA 3C7WA 3C8QA 1CUPA 251LA 2OU9A 1P46A 4IAPA 1L38A 1L96A 256LA 1L11A 1B6IA 3OE0A 1L86A 1L68A 240LA 2B73A 1DYBA 1L29A 1QSBA 210LA 2Z6BA 1L49A 115LA 3V2YA 1LI3A 1LYIA 1CX7A 4YXCA 180LA 1SX7A 2HUMA 3RUNA 1L33A 189LA 1C61A 3DNAA 1L32A 1D9WA 1L74A 238LA 1G1WA 1L08A 3DN8A 2B75A 3SBAA 1L48A 1QT7A 3GUIA 255LA 3FADA 128LA 1C6FA 3QAKA 216LA 3HUQA 1LI6A 4LDLA 1G06A 1L12A 162LA 1L36A 2OU8A 3LZMA 1C64A 1L81A 1L45A 224LA 186LA 1L99A 1T8AA 103LA 4W51A 214LA 1L24A 1L52A 1PQDA 1L10A 3SB9A 1C67A 171LA 2A4TA 1K28A 1P56A 108LA 127LA 2F2QA 1DYGA 1G0QA 246LA 1OVKA 3GULA 150LA 198LA 1DYEA 4LDOA 1D2WA 1L92A 1L35A 1OV7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FYDA 1G7IC 2B72A 3KAMA 1XJTA 3GUPA 7LZMA 3N9AA 1JISA 1LYFA 3OJPA 1CVKA 1L39A 3OK0A 4WM5A 5F9XA 1LZ6A 1L44A 5LZMA 4K5YA 3WU9A 5B1GA 5KKJA 3AJNA 1OUBA 144LA 4XJHA 1GE2A 1IOTA 230LA 3LN2A 1C6NA 3TXDA 4OWCA 5LAFA 1SSYA 253LA 1L54A 2F47A 2BQCA 1HHLA 4NG8A 4QY9A 3C8RA 3AGGG 1OUEA 1HMLA 4GBRB 3DN3A 5F14A 2ZNXY 3L2XA 1SQ2L 1GB6A 2W1LA 1GFHA 3C8SA 4W57A 1C6EA 2D6BA 4B49A 1CKFA 5B59A 1REXA 4QDNA 109LA 1AKIA 1LHMA 4PRQA 1F6SA 4MSTA 4J1BA 1L43A 4H92A 4I7JA 4WLTA 3WUMA 1G7JC 1GEZA 201LA 5LYMA 2EKSC 5APDA 5I4XA 1GBWA 2F32A 1DI3A 1XGPC 4W54A 1C6AA 1OUFA 1LJIA 1LHIA 3V2WA 145LA 3EBAB 4WM3A 5E4PA 200LA 1OVJA 1VDTA 1GB8A 1INUA 1P2LA 4OOTA 1HEWA 1LZTA 4II8A 3WMKA 3WW5A 4YX7C 3IJVA 1H87A 3LZTA 3NY9A 2ZYCA 215LA 1LSCA 1CKGA 3W6EA 4WLDA 1L84A 4Z46A 1WQPA 1REYA 140LA 197LA 3LYZA 2YDGA 1HC0A 166LA 1AM7A 1LSDA 148LE 112LA 5B07A 1LHJA 2A7DA 1DQJC 4OWHA 1RJCB 205LA 1L25A 1I56A 4DDAA 1I20A 1L18A 1BWIA 196LA 3A3RX 1HERA 1C6JA 119LA 4RLNA 3TMXA 1GB5A 1LTMA 4TWSA 4B4IA 5I5QA 2H9KA 5ILFA 3RT5X 3A96A 1GFJA 1KIPC 259LA 9LYZA 1DYFA 3LYOA 3TXKA 2ZIKA 1LSMA 5A3EA 1P6YA 3HTBA 4YENA 2MEDA 2DQFC 194LA 1D0LA 1L91A 1BVXA 1L50A 2LZMA 1C68A 2RH1A 2Z12A 120LA 1B7NA 1DKKA 5L9JA 1OUIA 1LSNA 185LA 4N9RA 2XTHA 4J0LA 2B6TA 4I7RA 149LA 3HH3A 5HQ1A 1L34A 4DQ7A 1YILA 5C6JA 4EPIA 206LA 1VDPA 3DN0A 2RB1X 130LA 1YKYX 2I25L 2XBSA 1W6ZA 1GBYA 4LYTA 3W6DA 1LYYA 229LA 4UWUA 4WM1A 3ZVQA 1WQRA 4DDCA 2B74A 1L55A 3DMVA 3SP3A 3A93A 4RDSA 235LA 1EQEA 1L70A 1L30A 4G4BA 1ALCA 236LA 1DYCA 4N1CC 4DAJA 1RFPA 4DD1A 4XADA 3N9EA 165LA 4YF2A 1L00A 1VFBC 2F30A 3CSRA 1GFRA 2RBQA 4I7NA 1BGIA 3FA0A 1LZ9A 129LA 1QSQA 4NSIA 1LCNA 4C3WA 138LA 1IORA 1G0KA 1B5XA 4ZPUA 4ARMB 1NBYC 3DMXA 1PQKA 1QTCA 252LA 1WQQA 2BAAA 1L75A 1GF9A 3OE8A 4XYYA 1QTHA 1TCYA 4EJ4A 1B7OA 1GF5A 4J1AA 2XBRA 4G4CA 242LA 1DZBX 4LGKA 1IP4A 3A91A 5I53A 2D4JA 3C83A 3A8ZA 3J6KA 4PHIA 1QT4A 1LOZA 1YL0X 1G07A 1LKSA 1LZDA 1B5UA 1GAZA 257LA 177LA 4CJ2A 1LMOA 1RI8B 1B2KA 1LMQA 1C63A 2YVBA 4NGKA 2HECA 4GRVA 5LVKA 142LA 1OUDA 4NHQA 1IC7Y 2Q9DA 5IDDA 3G3WA 1UA6Y 1B7MA 1IVMA 1NHBA 3VW7A 2MECA 5DN4A 4NHSA 1JKCA 251LA 2OU9A 1L96A 256LA 3QNGA 4NFVA 1L29A 1UIDA 2F4GA 2Z6BA 3V2YA 1GDWA 4OW1A 3WL2A 3RUNA 4MCKA 189LA 1UIEA 1IWUA 1L32A 238LA 1GE3A 1PZYA 1GFKA 3DN8A 2YSSC 1CJ7A 4I0CA 255LA 2HU3A 1C6FA 3QAKA 3M18B 1LI6A 4NGVA 3WPLA 162LA 4ETAA 1C64A 1IC4Y 2D4IA 4IATA 4LT1A 4DD3A 1L99A 1GB7A 1IWYA 2LYZA 1TAYA 4W51A 214LA 1L24A 1L52A 3SB9A 1LZRA 1J1XY 2A4TA 4DT3A 1K28A 5LA8A 1DYGA 1O23A 3AGHA 1OUJA 1JPOA 1L92A 1WTHA 1QTZA 3DN6A 3GXKA 3W6BA 5APFA 1A4VA 3HBEX 1EPYA 135LA 3FE0A 1JEFA 3BKVA 1HFYA 1NWGA 227LA 234LA 4I7TA 5KXPA 3WXUA 2HU1A 4DWXA 1WQMA 1L02A 1LYEA 4OWEA 4H90A 5KJ9A 4XJBA 3DKEX 3BKHA 2YBMA 131LA 123LA 1G1VA 1GWDA 110LA 4NG1A 3AZ4A 1GPQC 1L14A 4I8SA 4ETEA 2BQJA 1P36A 1ZMYL 2OTZX 1LSYA 1L46A 1D3FA 3WUAA 164LA 3C82A 1LYHA 1OVHA 3N9CA 152LA 1L16A 3CSQA 4TSBA 3CT5A 4H8YA 2HEAA 1L20A 3T6UA 1C66A 1T3PA 1JJ0A 191LA 3CDQA 1LLHA 260LA 4S0WA 5KXZA 1KY0A 5FSTA 113LA 184LA 4J7VA 3HT7A 4LYCA 111LA 4Z98A 2HUKA 1L27A 4GCFA 5KXMA 248LA 1LZGA 4W52A 1LMTA 169LA 1OUCA 4ARQB 1Z55A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FYD A;  1G7I C;  2B72 A;  3KAM A;  1XJT A;  3GUP A;  7LZM A;  3N9A A;  1JIS A;  1LYF A;  3OJP A;  1CVK A;  1L39 A;  3OK0 A;  4WM5 A;  5F9X A;  1LZ6 A;  1L44 A;  5LZM A;  4K5Y A;  3WU9 A;  5B1G A;  5KKJ A;  3AJN A;  1OUB A;  144L A;  4XJH A;  1GE2 A;  1IOT A;  230L A;  3LN2 A;  1C6N A;  3TXD A;  4OWC A;  5LAF A;  1SSY A;  253L A;  1L54 A;  2F47 A;  2BQC A;  1HHL A;  4NG8 A;  4QY9 A;  3C8R A;  3AGG G;  1OUE A;  1HML A;  4GBR B;  3DN3 A;  5F14 A;  2ZNX Y;  3L2X A;  1SQ2 L;  1GB6 A;  2W1L A;  1GFH A;  3C8S A;  4W57 A;  1C6E A;  2D6B A;  4B49 A;  1CKF A;  5B59 A;  1REX A;  4QDN A;  109L A;  1AKI A;  1LHM A;  4PRQ A;  1F6S A;  4MST A;  4J1B A;  1L43 A;  4H92 A;  4I7J A;  4WLT A;  3WUM A;  1G7J C;  1GEZ A;  201L A;  5LYM A;  2EKS C;  5APD A;  5I4X A;  1GBW A;  2F32 A;  1DI3 A;  1XGP C;  4W54 A;  1C6A A;  1OUF A;  1LJI A;  1LHI A;  3V2W A;  145L A;  3EBA B;  4WM3 A;  5E4P A;  200L A;  1OVJ A;  1VDT A;  1GB8 A;  1INU A;  1P2L A;  4OOT A;  1HEW A;  1LZT A;  4II8 A;  3WMK A;  3WW5 A;  4YX7 C;  3IJV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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