241LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGAGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 241lA00
1L99A 1ZYTA 216LA 1LGUA 1C66A 139LA 1KY1A 1L25A 1G0GA 1G0PA 2B7XA 1DYCA 1L23A 4LDEA 165LA 1D9WA 255LA 177LA 239LA 2B6WA 131LA 233LA 2A4TA 1L81A 2OE9X 1L65A 1LI2A 221LA 3UONA 1L37A 4K5YA 245LA 3OE6A 3GUIA 2B6TA 3QAKA 1OV7A 4EPFA 1D3FA 224LA 127LA 113LA 1PQJA 1L09A 3GUPA 225LA 1L90A 147LA 222LA 258LA 1CTWA 1QSBA 2F32A 1L33A 4S0WA 176LA 3LZMA 201LA 155LA 1L38A 1L85A 1QUOA 187LA 4LDLA 3PDSA 240LA 2QARC 1L61A 1OYUA 175LA 1L93A 2OE7X 1JTMA 1C64A 150LA 1C6MA 183LA 3HDFA 1L84A 1C6HA 3HTGA 3NY8A 4W56A 130LA 2HUKA 4ARQB 1L71A 2Z6BA 1C6IA 2ANXA 1JQUA 256LA 4I7OA 1L88A 1LW9A 1L20A 1L66A 214LA 4W55A 3C8RA 191LA 1L75A 1L53A 151LA 1D2YA 2NTHA 2RB2X 3D4SA 3DN1A 169LA 1T8AA 129LA 162LA 1CV6A 1QTDA 1LYFA 2B6XA 3F9LA 189LA 114LA 1PQMA 1SWYA 1G1VA 1LYEA 3SBAA 3DN3A 1L70A 3C82A 2F2QA 1QT6A 1L45A 1CU0A 143LA 1C68A 234LA 3HH4A 4ARMA 241LA 2RBNA 1L17A 1L97A 1QTCA 232LA 1L54A 1P6YA 1C61A 3ODUA 1G07A 158LA 4ARLA 253LA 3HUKA 3OE8A 2NTGA 1L13A 2OU0X 4I7MA 1L19A 1LWKA 1SX2A 1L94A 4I7RA 4DAJA 1G0MA 2O79A 1LPYA 1L77A 1C6PA 4ZPUA 4ARPA 1L47A 3HH3A 1C6GA 3GUOA 2B6YA 1DYAA 1T6HA 1I6SA 185LA 1L24A 2RAYX 252LA 3HU9A 196LA 1L86A 230LA 3DMZA 166LA 3HDEA 1ZWNA 1L0KA 1L80A 2ANVA 254LA 1P7SA 2RB0X 1C6NA 1L46A 2RAZX 1CU3A 3GUJA 3DNAA 1XEPA 1C65A 1C62A 2RH1A 3FADA 1L55A 1L91A 1L16A 111LA 1CUPA 4W53A 3DMVA 1KW7A 168LA 3HH5A 1L35A 112LA 1LYGA 102LA 219LA 4I7JA 2OE4X 1QSQA 236LA 2B74A 126LA 171LA 4W57A 4DKLA 1G0QA 1LGWA 119LA 3SN6R 4IAPA 259LA 1C6TA 157LA 3NYAA 3CDRA 7LZMA 1KW5A 1P36A 197LA 1JTNA 3G3VA 1P56A 3C7WA 3C8QA 1K28A 1L00A 2RBOA 3GUMA 1L82A 1L02A 1P3NA 4PJZA 5LZMA 4I7PA 1L43A 163LA 1PQKA 3CDOA 3HTFA 4OO9A 215LA 1LWGA 3DN8A 4EKSA 1OWYA 210LA 2HULA 2HUMA 1WTHA 167LA 1L63A 4LZMA 104LA 107LA 1QTBA 118LA 5I14A 1P2RA 1L30A 1L15A 1C6QA 3GUNA 3L2XA 2F47A 1QS5A 1C6AA 1LYDA 4YXCA 3HTBA 249LA 1XJUA 1CU5A 173LA 4YXAC 218LA 146LA 1CV0A 3FI5A 110LA 190LA 1L29A 170LA 1QUGA 4PK0A 1TLAA 1L08A 235LA 1P2LA 1L62A 1CUQA 2LCBA 3DN4A 1L57A 1QT8A 174LA 4EKRA 4W54A 1L12A 1PQIA 2OU8A 1QUDA 2LZMA 3OE9A 3V2WA 1OWZA 3RUNA 242LA 2LC9A 1DYEA 2RBRA 257LA 3G3WA 1L18A 1L41A 3HT6A 211LA 3SB9A 3G3XA 3HT7A 2Q9DA 247LA 2B73A 159LA 1L42A 1L58A 1L31A 3DN2A 4EKQA 4EXMA 1OVHA 1P64A 244LA 3NY9A 217LA 3GULA 3F8VA 4DJHA 138LA 1OVJA 243LA 142LA 3C80A 3DKEX 4ARMB 1C69A 3DMXA 231LA 1C6JA 1L40A 227LA 262LA 1D3JA 164LA 209LA 3CDVA 1L60A 3HUAA 1B6IA 1L0JA 2QB0B 4W59A 2OTZX 1CU2A 261LA 1SSWA 2RBQA 3OE0A 198LA 1L72A 1C6KA 4I7NA 1L89A 1L73A 1QT5A 2Q9EA 3C83A 122LA 125LA 1LYIA 1QT4A 156LA 1D2WA 1L27A 4ARJA 1CX6A 1CV1A 213LA 3C7ZA 1L96A 1KS3A 237LA 1L50A 1C6EA 3C8SA 4ARQA 238LA 172LA 4GBRB 1L22A 128LA 3K2RA 1G1WA 260LA 1XJTA 229LA 1D3NA 1DYGA 1KY0A 1L26A 1C6LA 1SX7A 192LA 140LA 3HWLA 228LA 145LA 161LA 2IGCA 2O7AA 1C6DA 2B72A 3GUKA 1DYBA 1L79A 1L03A 182LA 1L76A 1L10A 1L28A 3FA0A 3SB6A 4E97A 4EPIA 199LA 137LA 3L64A 3CDTA 2CUUA 148LE 1L34A 1L87A 1P37A 2OU9A 3HUQA 3SBBC 1L04A 141LA 3EMLA 1QTHA 1L36A 3DN0A 1QS9A 4I7QA 2L78A 1L49A 1T8GA 1L69A 152LA 1CV3A 1DYFA 1CU6A 1P46A 1D3MA 1G0LA 1OVKA 1LGXA 4W51A 103LA 205LA 212LA 6LZMA 1L39A 188LA 4LDOA 108LA 1C60A 226LA 1OV5A 1QTVA 206LA 1CV5A 1L67A 1P5CA 250LA 1LLHA 160LA 1PQOA 180LA 1NHBA 1G0KA 1L11A 1LYHA 1C63A 223LA 2OTYX 2B75A 1ZURA 3VW7A 109LA 1L56A 220LA 3HH6A 4I7LA 1L92A 1L44A 4GRVA 4I7KA 3RZEA 3SB8A 181LA 1LYJA 1L06A 1L48A 3PBLA 1L95A 3DN6A 184LA 1L83A 115LA 1L05A 1PQDA 200LA 1T97A 1L98A 1T8FA 2RBPA 2O4WA 248LA 1CX7A 246LA 1QT3A 3HU8A 1L07A 195LA 120LA 3JR6A 4YX7C 4W52A 1QUHA 2B6ZA 1L59A 1C6FA 251LA 4AQNA 1CVKA 186LA 1DYDA 1LI6A 1QT7A 3C81A 3C7YA 1L01A 178LA 2B70A 4EJ4A 1L51A 3CDQA 1L64A 1EPYA 1SSYA 1C6CA 1L52A 1L14A 1L74A 1C67A 3HT8A 4I7SA 1L32A 3SB5A 1QTZA 1L21A 123LA 1G0JA 4I7TA 3HTDA 4EKPA 2RB1X 1KNIA 1LI3A 1L68A 4W58A 2RBSA 3HT9A 144LA 3SB7A 149LA 1C6BA 3V2YA 1G06A 1SWZA 2OEAX 1CV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N1CC 1DZBX 1C66A 3AYQA 4PGJB 4DDCA 5LXWA 4FJRA 5IDDA 3EBAB 2BQGA 165LA 1IC4Y 5JENB 1LI2A 1LJNA 4N5RA 1GE4A 4K5YA 3CT0A 2G4PA 2VB1A 3OE6A 2B6TA 1GB0A 1GE2A 1JKAA 2YBNA 4EPFA 127LA 1W08A 3WUMA 4PJ2C 4PRUA 222LA 4NSJA 1CTWA 1QSBA 3A6CY 4GCDA 1BQLY 1YROA 4LDLA 1HEQA 2QARC 1L61A 150LA 183LA 3HDFA 2LYMA 1HMKA 130LA 4G4CA 4HV1A 1HEPA 2ANXA 1HSWA 4I7OA 4WLTA 2BQOA 214LA 5HMVA 4W55A 1DQJC 4D9ZA 2RB2X 1GE1A 162LA 207LA 2B6XA 3F9LA 189LA 1EQ4A 3AJNA 1B7PA 1LSDA 1QT6A 3M18B 1LZEA 5M1YA 2HECA 1CU0A 1LJIA 1GBXA 4ETAA 5LA8A 1B7SA 5DN5A 1LSMA 5F81A 5APDA 4G9SA 1IO5A 1P6YA 1C61A 1JSFA 1G07A 253LA 1IIZA 4BS7A 2NTGA 3FE0A 2OU0X 4I7MA 1L19A 4I7RA 1RJCB 208LA 1JITA 1C6PA 4NGIA 5IELA 1L47A 1C6GA 1HFZA 2FBDA 2B6YA 3A96A 3WW5A 1I6SA 185LA 1LZ4A 2RAYX 1L86A 230LA 5HNCA 1HSXA 3WH1A 1ZV5L 4NWEA 2Z19A 4DD0A 5KXYA 5I4WA 1C65A 3EO5A 3FADA 1L55A 1UIEA 4RLNA 1L16A 1CUPA 1REXA 1JTTL 1NKHA 1XFPL 1E8LA 1IWWA 112LA 102LA 4AXTA 4C3WA 3B0KA 1QSQA 2B74A 4H9BA 1AZFA 1KIPC 1MLCE 1G0QA 1IOCA 1LZDA 1JJ1A 3CT1A 5DN4A 1LYZA 1HFXA 4OOTA 4IAPA 1LMQA 1C6TA 4WL7A 3B0IA 3WVYA 3A67Y 1F0WA 1LHLA 1P56A 3C8QA 1K28A 1GF3A 5E4PA 1P3NA 2DQFC 3CDOA 4OWBA 1LWGA 1OWYA 2HULA 2HUMA 1WTHA 2DQDY 1WQMA 1B9OA 4LT0A 1HEWA 3GUNA 3TXDA 1QS5A 1C6AA 3TXIA 4YXCA 4DT3A 1XJUA 2MECA 173LA 5F14A 218LA 3AGGG 146LA 3FI5A 4RLMA 4HJYA 1OUDA 170LA 5KXLA 1TLAA 1L08A 2W1LA 1UBZA 2RSCA 2D6BA 3HBHA 1L57A 1JKCA 4W96A 2EIZC 2MEBA 1G7LC 1PQIA 1LJFA 4G4HA 2OU8A 2Z12A 3V2WA 1LHIA 242LA 1QSAA 1AT6A 1O23A 1FLUA 1LSZA 3AZ7A 211LA 1GF6A 4NGOA 2Q9DA 3LYTA 1NF5A 1L58A 1L31A 3DN2A 4EKQA 1ALCA 1YKZX 3NY9A 217LA 3F8VA 3TXGA 3AGIA 4ARMB 1C69A 3DMXA 1LZRA 2MEFA 262LA 1VEDA 1L60A 1L0JA 4W59A 261LA 2RBQA 1IC5Y 3OE0A 5FSTA 1C6KA 1W6ZA 1L89A 2Q9EA 122LA 125LA 1LAAA 1LYIA 1BWJA 1QT4A 3TMWA 5LYZA 3C8SA 4WL6A 1LYYA 4LYCA 2X0AA 1G1WA 4OWEA 4ZFPA 1GEVA 1LSYA 4TTDA 1C6LA 5I4XA 192LA 4MCKA 3AZ5A 228LA 1OUHA 2DQHY 2O7AA 5LVKA 2B72A 1L79A 4ETDA 182LA 1JSEA 1XGRC 199LA 148LE 1L34A 1P37A 1UCOA 3HUQA 1IWTA 4O34A 2YBIA 1OQMA 1QTHA 1T3PA 1B5UA 2Z39A 1NMMA 4NY5A 5F9UA 1J1PY 1L69A 1DYFA 1CU6A 1GDXA 1GB6A 1GDWA 1D3MA 1G0LA 1OVKA 4OOOA 4W51A 4HV2A 1L39A 1IP7A 1C60A 4MR1A 1LMTA 1QTVA 1CV5A 3QE8A 4LT2A 2DQCY 3IJVA 1G0KA 1LYHA 1C63A 1EQ5A 2B75A 5APCA 4WM6A 1WQPA 3VW7A 4P2EA 3TMUA 1G7MC 1IX0A 3HH6A 4I7LA 4XENA 1QUTA 4GRVA 3B0OA 4ETCA 4NGLA 1GFUA 1LZYA 1V7TA 3N9AA 4XN6A 246LA 2ZYCA 3AB6A 1GFHA 1IR8A 3EXDA 4W52A 3ATOA 3P68A 251LA 1B7RA 4L41A 2MEIA 1CVKA 3RNXA 1DYDA 1LI6A 178LA 2B70A 1UC0A 4EJ4A 5C6LA 2D4IA 1L51A 3CDQA 3N9EA 1EPYA 5L3IA 1C6CA 5T3FA 1CKHA 3HT8A 4NWHA 1GXXA 1AM7A 4NGJA 4DD3A 1G0JA 1LOZA 1FN5A 1LI3A 1L68A 4ZEEA 2HEAA 2RBSA 3SB7A 3V2YA 1GB8A 5KKIA 1GWDA 1ZYTA 216LA 1LGUA 1G0PA 4NHQA 1FDLY 2PC2A 255LA 3LYOA 131LA 3LHMA 233LA 1YILA 1L65A 1L37A 245LA 3GUIA 3AGHA 1VATA 1VDSA 4IATA 1OV7A 5C6JA 113LA 1B5YA 4PHIA 1AKIA 1L90A 3WXTA 258LA 1L85A 1LZ9A 1QUOA 4M6DA 240LA 2ZWBA 1OYUA 2OE7X 5HQ1A 1L84A 1DPXA 3HTGA 3TXJA 3NY8A 4YF2A 2BQCA 4ARQB 2HUKA 1L71A 3A95A 4BAFA 1YIKA 4HTQA 4EOFA 1GB3A 1L75A 1L53A 4HTNA 1IOSA 1D2YA 1LZGA 3D4SA 4WOAA 129LA 1QTDA 4DD9A 1BGIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4N1C C;  1DZB X;  1C66 A;  3AYQ A;  4PGJ B;  4DDC A;  5LXW A;  4FJR A;  5IDD A;  3EBA B;  2BQG A;  165L A;  1IC4 Y;  5JEN B;  1LI2 A;  1LJN A;  4N5R A;  1GE4 A;  4K5Y A;  3CT0 A;  2G4P A;  2VB1 A;  3OE6 A;  2B6T A;  1GB0 A;  1GE2 A;  1JKA A;  2YBN A;  4EPF A;  127L A;  1W08 A;  3WUM A;  4PJ2 C;  4PRU A;  222L A;  4NSJ A;  1CTW A;  1QSB A;  3A6C Y;  4GCD A;  1BQL Y;  1YRO A;  4LDL A;  1HEQ A;  2QAR C;  1L61 A;  150L A;  183L A;  3HDF A;  2LYM A;  1HMK A;  130L A;  4G4C A;  4HV1 A;  1HEP A;  2ANX A;  1HSW A;  4I7O A;  4WLT A;  2BQO A;  214L A;  5HMV A;  4W55 A;  1DQJ C;  4D9Z A;  2RB2 X;  1GE1 A;  162L A;  207L A;  2B6X A;  3F9L A;  189L A;  1EQ4 A;  3AJN A;  1B7P A;  1LSD A;  1QT6 A;  3M18 B;  1LZE A;  5M1Y A;  2HEC A;  1CU0 A;  1LJI A;  1GBX A;  4ETA A;  5LA8 A;  1B7S A;  5DN5 A;  1LSM A;  5F81 A;  5APD A;  4G9S A;  1IO5 A;  1P6Y A;  1C61 A;  1JSF A;  1G07 A;  253L A;  1IIZ A;  4BS7 A;  2NTG A;  3FE0 A;  2OU0 X;  4I7M A;  1L19 A;  4I7R A;  1RJC B;  208L A;  1JIT A;  1C6P A;  4NGI A;  5IEL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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