242LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAAGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 242lA00
4W54A 1LYJA 2B7XA 1C6GA 2IGCA 1QS9A 3HDFA 251LA 3DN4A 158LA 3SN6R 1T8AA 1KNIA 114LA 2CUUA 1T97A 1NHBA 184LA 229LA 1L33A 2HUMA 3V2YA 4ARPA 1L13A 2F47A 1CU2A 1G07A 143LA 1L16A 4I7KA 3CDVA 1L25A 1KS3A 3DNAA 2B72A 1QT5A 1T8FA 112LA 1CUQA 1C6DA 1L07A 1CV5A 1L36A 130LA 255LA 1L15A 261LA 1L50A 238LA 1C69A 244LA 175LA 195LA 1C60A 4I7SA 152LA 1L10A 1LI6A 2Z6BA 4W53A 1P56A 3PDSA 2RAYX 3HTBA 2OU0X 164LA 1G0JA 1D2WA 1L64A 1L97A 3DKEX 128LA 1L22A 1L57A 1QUDA 1L37A 1L63A 220LA 3RUNA 1L96A 1L43A 4IAPA 1C6NA 1QUGA 2OE4X 1L34A 4ARMA 187LA 1LYFA 4LDEA 4I7PA 111LA 5LZMA 3HT9A 1L18A 1L26A 1P7SA 253LA 1G1WA 4EKSA 247LA 1P64A 3DMVA 1L70A 1L87A 3HDEA 2RBSA 1L31A 237LA 1C63A 1L49A 222LA 1C6BA 3C80A 178LA 1L95A 1L12A 214LA 3HWLA 258LA 3VW7A 4W57A 3HUAA 4EKRA 1C6IA 4EPIA 145LA 2LC9A 172LA 4I7MA 4I7JA 3DN8A 3C82A 1G0MA 1L00A 4GRVA 107LA 1D3FA 1C6CA 2OTYX 2RAZX 4ZPUA 1L32A 1C65A 1L88A 1L74A 1I6SA 3SB5A 3C7ZA 4W52A 3RZEA 2LCBA 4DAJA 3LZMA 2ANVA 2B75A 180LA 249LA 225LA 1L98A 1CU5A 250LA 2B6YA 1SWZA 3SBBC 1P2RA 212LA 1L0KA 4EJ4A 2RB0X 2Q9DA 1SX2A 4I7RA 3C8QA 161LA 1L85A 156LA 1L48A 1XEPA 118LA 1L42A 216LA 3DN1A 3DMZA 1SWYA 4ARQB 262LA 4AQNA 1KW5A 4E97A 227LA 120LA 1L47A 3SB8A 217LA 1L17A 2OE9X 1L02A 3DN6A 2ANXA 1PQOA 149LA 1C61A 1L51A 230LA 2RBNA 1JQUA 1L19A 140LA 1CV0A 241LA 1L04A 3C7YA 1PQJA 3GUMA 1L80A 1L79A 1L92A 1PQDA 1C6HA 141LA 2OE7X 2OU8A 2RBOA 1CV1A 1L46A 4LZMA 1QT7A 1C67A 1L11A 1L67A 1LYIA 1L77A 1L40A 2QB0B 1L27A 139LA 1OWYA 113LA 1LI3A 1C6LA 1D3MA 1L99A 1P5CA 1JTNA 1L41A 3L2XA 186LA 1C6AA 1CX7A 173LA 1QUHA 1TLAA 2RH1A 2O4WA 3EMLA 1C6PA 137LA 1L86A 3GUNA 3SB6A 1CTWA 110LA 239LA 123LA 1L93A 2F32A 2RB2X 146LA 1L71A 213LA 223LA 109LA 4K5YA 3V2WA 1PQIA 1LPYA 3HH5A 4EXMA 4W58A 1L68A 1PQMA 1G0KA 1L76A 4PJZA 219LA 1L61A 2B6TA 201LA 1L23A 119LA 3GUOA 2B70A 2RBQA 3NYAA 165LA 3C8SA 198LA 196LA 3HT6A 2F2QA 1L09A 1SX7A 232LA 7LZMA 1L45A 1G0LA 3DN2A 1LWKA 3OE8A 4EKPA 260LA 1LW9A 4I7LA 1C68A 1C64A 1L52A 163LA 3HTDA 170LA 1L66A 3SBAA 1LGWA 197LA 215LA 166LA 174LA 2B6WA 1L89A 1DYEA 1L60A 1C6EA 1KY0A 1G0PA 2B73A 2OU9A 206LA 211LA 1K28A 1L44A 256LA 3HTFA 1CU0A 1DYGA 3HUKA 1DYBA 4ARJA 1L82A 1OV5A 1QSQA 1C6KA 1L58A 1L83A 3HH3A 259LA 4I7NA 162LA 122LA 2RBPA 1L72A 1ZWNA 4W51A 4EPFA 1XJTA 1L69A 3OE9A 6LZMA 1QTBA 1L55A 3G3WA 1LGXA 129LA 1L54A 234LA 1L84A 3HTGA 1L35A 3SB9A 192LA 1L30A 1QS5A 4I7OA 3UONA 1P37A 1D9WA 4ARLA 4GBRB 3C81A 160LA 2RB1X 138LA 147LA 1OYUA 177LA 1CU3A 1L62A 182LA 169LA 1P2LA 1P3NA 1L91A 3GUPA 1L65A 3CDRA 1QTCA 125LA 252LA 3PBLA 3OE0A 3G3VA 1OVJA 1XJUA 1C6TA 167LA 231LA 1QSBA 4LDLA 3F9LA 1SSWA 3DN3A 3NY8A 3DN0A 4OO9A 1ZYTA 2L78A 3CDOA 2NTHA 1OWZA 243LA 190LA 4PK0A 1CV6A 1D3NA 1JTMA 1L24A 1L20A 236LA 1D3JA 248LA 1QT6A 3QAKA 1CV3A 1C66A 1CUPA 1L28A 2NTGA 3OE6A 3HU9A 151LA 4DKLA 3G3XA 5I14A 4LDOA 1C6FA 1LI2A 3FA0A 3HU8A 242LA 2OEAX 1WTHA 3JR6A 4I7QA 176LA 228LA 4I7TA 103LA 3GUIA 188LA 226LA 2HULA 1CV4A 1G06A 2O7AA 1B6IA 142LA 1QTVA 1L38A 1DYDA 3NY9A 155LA 1C6JA 3CDQA 3D4SA 1CX6A 3HT7A 3HH6A 4S0WA 3C83A 104LA 2OTZX 1P36A 1G1VA 1LYEA 157LA 3FADA 108LA 1OV7A 235LA 3F8VA 1L73A 3K2RA 2Q9EA 1SSYA 189LA 144LA 1KW7A 245LA 1T6HA 1L03A 3ODUA 1QUOA 115LA 102LA 1C6QA 1L21A 1OVKA 1ZURA 1L53A 3C7WA 3HH4A 1DYCA 246LA 126LA 1L05A 2B6XA 3SB7A 4ARMB 4DJHA 2O79A 1L81A 4YX7C 4YXCA 1L14A 257LA 1C6MA 221LA 3DMXA 210LA 1L06A 1QT3A 1QTZA 1CVKA 1LGUA 2HUKA 1P46A 127LA 148LE 168LA 1DYAA 1C62A 181LA 4W56A 3FI5A 131LA 209LA 1D2YA 1L90A 1QT8A 1QT4A 171LA 191LA 2RBRA 1T8GA 4EKQA 1LWGA 1CU6A 2A4TA 1G0QA 1L39A 1P6YA 199LA 1L75A 1L01A 1LYGA 1PQKA 3L64A 1DYFA 3CDTA 2QARC 1L56A 185LA 4ARQA 1LYDA 4YXAC 2LZMA 1OVHA 1QTHA 4W59A 2B6ZA 1EPYA 150LA 254LA 4W55A 3HT8A 3GUKA 240LA 3GUJA 200LA 2B74A 183LA 1L29A 1L59A 1L0JA 224LA 205LA 1LYHA 218LA 1L08A 3C8RA 1G0GA 1KY1A 3HUQA 1QTDA 1LLHA 159LA 233LA 1L94A 3GULA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B7XA 5KXNA 1C6GA 2DQEY 4C5FA 1QS9A 3J4GA 4LGKA 1LJNA 1DKJA 1YKXX 1QUSA 1KNIA 4GLAA 1LSFA 1YL0X 5APEA 4WM1A 3WULA 2W1MA 3IJVA 4ARPA 1GF0A 4NHTA 4DDBA 1DI5A 5J7CA 143LA 4RW1A 4LFXA 1KS3A 1D6PA 5I5QA 3CSQA 4WM5A 1L36A 1L15A 3SP3A 2G4PA 4YEOA 1PZYA 2EPEA 4WOAA 1IO5A 1YANA 4TUNA 1EL1A 195LA 2IFFY 4OWEA 152LA 2Z6BA 4W53A 1IIZA 1GB2A 1F10A 1LSEA 1D2WA 1L97A 4HJZA 1L37A 3ULRA 1XEKA 1B2KA 1ZVHL 4LDEA 1KXYA 2ZWBA 4RLMA 4B0DA 1GE0A 1LZ4A 1LCNA 1L70A 3B0KA 3DMVA 1L49A 5C6IA 1C6BA 4MCKA 2D4IA 1LSPA 3P65A 3CT0A 4DD9A 4W57A 4DQ7A 4NIJA 2LC9A 2LYZA 4N0JA 2BQAA 1AT6A 5LINA 1NDGC 1LMOA 1BWIA 3DN8A 3TMXA 3C82A 1JIYA 4OWAA 2C8OA 2H5ZA 4XJIA 5APDA 4WM2A 4GRVA 1D3FA 1L74A 208LA 1I6SA 1GB0A 3C7ZA 3LZMA 1LHIA 1QQYA 2B75A 3ZVQB 4GN4A 2B6YA 1HC0A 1DI3A 1MELL 2FYCA 1L48A 1XEPA 1YKYX 3DMZA 1SWYA 1LZNA 1LZSA 1HFXA 262LA 4AQNA 1VEDA 4HTQA 1BB3A 1IWTA 5FDJA 5D5FA 1LJ3A 1LOZA 2PC2A 4HJYA 2FYDA 1IWYA 4WM6A 1GD6A 4NEBA 3DN6A 1G7HC 3A67Y 1GHLA 1PQOA 5B06A 1L51A 4M6DA 1Z55A 3LZ2A 5KXZA 2LYMA 3RU5A 1B0DA 4OWCA 3GUMA 1C6HA 5K7OA 4H8XA 2BQDA 4J7VA 1GE1A 1VDTA 4GN3A 1B5YA 9LYZA 2QB0B 1L27A 3OJPA 1HSWA 2D4JA 1C6LA 1L99A 1GE3A 3W6EA 1LSMA 1C6AA 173LA 1QUHA 1C6PA 3GUNA 5KXMA 239LA 5II3A 1WQQA 1IX0A 109LA 4K5YA 3WW6A 3HH5A 1GE2A 1B5VA 1L68A 1G0KA 3A6CY 1G7LC 1LZ1A 3ATNA 1CKCA 2EQLA 3A94A 2F2QA 2H9JA 7LZMA 194LA 4RDSA 3OE8A 4EKPA 1B7SA 1C64A 1IC5Y 4LYMA 1GB3A 1YAMA 3HTDA 1V7TA 4LZTA 166LA 5M1YA 1FBIX 2B6WA 1L89A 1UUZC 1C6EA 5KXYA 1G0PA 2B73A 3HBEX 4QGZA 4DD2A 1GFVA 1OV5A 1GBSA 1L58A 1P2CC 2XQOA 2RBPA 1L72A 1XJTA 1QTBA 3TXFA 129LA 1L54A 1UIDA 1JISA 3SB9A 1NBYC 3CSZA 3VWOA 1NBZC 1D0LA 2C8PA 4ARLA 1B7MA 4GBRB 4ETAA 1OYUA 4N5RA 4I8SA 1C08C 1QIOA 169LA 2ZIKA 4TX7A 3GUPA 1D6QA 1HFZA 1QTCA 4NWHA 3PBLA 167LA 1JKBA 4PHIA 1LJHA 2FBDA 4UWNA 3DN0A 1YL1X 4YF2A 2NTHA 243LA 3AGHA 4PK0A 1XGQC 236LA 4PRQA 2HEEA 1QT6A 3WUMA 3M18B 4GLVA 4CGEA 3ZEKA 3EXDA 3LYZA 1NMMA 3HU9A 4LDOA 1C6FA 5DM9A 4NG8A 1XGTC 3P68A 2XTHA 4I7QA 1IP3A 4I7TA 188LA 4DD1A 1KIPC 1G06A 4Z3MA 4LT3A 142LA 1LAAA 2LHMA 2YBJA 3NY9A 4LYOA 155LA 3C83A 104LA 1GB6A 1OV7A 4DDAA 6LYTA 3F8VA 3K2RA 1B9OA 1YKZX 2Q9EA 189LA 1HSXA 1LZDA 4NGLA 1C6QA 4B4EA 4XENA 1UCOA 3SB7A 1RJCB 4R6CA 1FDLY 210LA 4WG7A 1LGUA 2FBBA 127LA 148LE 1DYAA 1BWJA 1D2YA 1G7MC 1QT4A 191LA 4G9SA 4EKQA 1CU6A 5I54A 1GDWA 4DQJA 1IC7Y 2BQNA 3A93A 1LYGA 2MEAA 1CKGA 1W08A 3TXBA 1DYFA 1LYDA 5B59A 1QTHA 3AZ7A 3LHMA 1VDSA 1IP1A 1B7OA 2B74A 3B6LA 205LA 3C8RA 1V7SA 2HEBA 1G0GA 2YBNA 2WARA 3HUQA 1CV0A 159LA 4XJHA 233LA 2XBRA 3GULA 4NHQA 5ILFA 3CT5A 3EMSA 1LZGA 2IGCA 1JJ0A 1WVVA 3DN4A 5LVGA 5E9RA 158LA 5FCPA 114LA 5T3FA 2HUMA 4H9BA 1GWDA 3V2YA 1L13A 3QY4A 2F47A 2MEIA 2LYOA 1CU2A 4I7KA 1YQVY 1FLQA 3DNAA 5KXWA 1QT5A 3A6BY 1OUCA 1T8FA 1C6DA 1L07A 1GBXA 255LA 1IEEA 261LA 1JKAA 1B7LA 1FLYA 238LA 244LA 1AT5A 1C60A 1CKHA 1LI6A 132LA 2F4GA 3IWRA 3RW8A 3PDSA 5KKIA 2D4KA 3HTBA 4XJGA 164LA 2I6ZA 5LXWA 3A90A 3DKEX 128LA 1QUDA 5HLLA 4KXIA 3W6AA 1F0WA 1LZTA 2OE4X 187LA 3TXGA 1L18A 3M3UA 1P7SA 253LA 1G1WA 4EKSA 5L9JA 247LA 1P64A 1L87A 1L31A 222LA 2MEFA 1JJ1A 2LZ2A 1KIQC 4NHIA 3AW7A 1LJFA 1AM7A 1C43A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B7X A;  5KXN A;  1C6G A;  2DQE Y;  4C5F A;  1QS9 A;  3J4G A;  4LGK A;  1LJN A;  1DKJ A;  1YKX X;  1QUS A;  1KNI A;  4GLA A;  1LSF A;  1YL0 X;  5APE A;  4WM1 A;  3WUL A;  2W1M A;  3IJV A;  4ARP A;  1GF0 A;  4NHT A;  4DDB A;  1DI5 A;  5J7C A;  143L A;  4RW1 A;  4LFX A;  1KS3 A;  1D6P A;  5I5Q A;  3CSQ A;  4WM5 A;  1L36 A;  1L15 A;  3SP3 A;  2G4P A;  4YEO A;  1PZY A;  2EPE A;  4WOA A;  1IO5 A;  1YAN A;  4TUN A;  1EL1 A;  195L A;  2IFF Y;  4OWE A;  152L A;  2Z6B A;  4W53 A;  1IIZ A;  1GB2 A;  1F10 A;  1LSE A;  1D2W A;  1L97 A;  4HJZ A;  1L37 A;  3ULR A;  1XEK A;  1B2K A;  1ZVH L;  4LDE A;  1KXY A;  2ZWB A;  4RLM A;  4B0D A;  1GE0 A;  1LZ4 A;  1LCN A;  1L70 A;  3B0K A;  3DMV A;  1L49 A;  5C6I A;  1C6B A;  4MCK A;  2D4I A;  1LSP A;  3P65 A;  3CT0 A;  4DD9 A;  4W57 A;  4DQ7 A;  4NIJ A;  2LC9 A;  2LYZ A;  4N0J A;  2BQA A;  1AT6 A;  5LIN A;  1NDG C;  1LMO A;  1BWI A;  3DN8 A;  3TMX A;  3C82 A;  1JIY A;  4OWA A;  2C8O A;  2H5Z A;  4XJI A;  5APD A;  4WM2 A;  4GRV A;  1D3F A;  1L74 A;  208L A;  1I6S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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