243LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVATKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 243lA00
3K2RA 4W55A 1L02A 4ARQB 2O4WA 249LA 173LA 1L94A 151LA 3C8SA 1C6DA 1L29A 1LGWA 1C62A 1L97A 1OV7A 102LA 1QTVA 3HUKA 3OE0A 3UONA 122LA 1QUDA 1C61A 157LA 1T8AA 1C6JA 2HUKA 1QSBA 1SSYA 3PBLA 2NTGA 125LA 3G3XA 1L54A 4I7RA 1CUPA 1L61A 170LA 187LA 215LA 3CDOA 1C68A 161LA 1CU2A 2F32A 4ARMA 1OV5A 1L99A 2B6WA 108LA 123LA 1L14A 1LPYA 3C82A 1C65A 1C6KA 148LE 244LA 1L39A 1L79A 128LA 182LA 2CUUA 104LA 260LA 1C6MA 107LA 1DYGA 1L57A 2Q9EA 216LA 2RBOA 3HUQA 1QT6A 3DMVA 1CTWA 1QTZA 1L48A 1QUHA 262LA 3OE6A 1L37A 1L23A 1L96A 1EPYA 1DYFA 3PDSA 192LA 3SBBC 166LA 1JTMA 1C67A 1C6CA 4OO9A 2RBSA 1PQOA 1KNIA 1L20A 1L71A 1CV0A 1C6IA 1L33A 1L82A 112LA 2A4TA 3F8VA 4W57A 1C6HA 3HT9A 131LA 3L2XA 1G0GA 243LA 2NTHA 3C7ZA 191LA 1L40A 236LA 1C6TA 1L10A 1L75A 239LA 3G3VA 247LA 185LA 1B6IA 3CDQA 201LA 1G07A 197LA 2O7AA 234LA 2OE7X 1L55A 1C6GA 1G0LA 1L76A 3GUNA 1OWYA 3HDEA 242LA 1QUOA 3V2WA 1SX7A 1L85A 1G0QA 1L43A 1SX2A 2B73A 119LA 1CV4A 149LA 1C66A 4ARQA 1C6BA 1QTDA 3HDFA 1L32A 126LA 3DMXA 2B6YA 4DAJA 1L38A 1L44A 1LYFA 1L0KA 4GBRB 3OE9A 186LA 1L09A 169LA 4GRVA 2B72A 1L88A 2RB1X 1D9WA 233LA 251LA 150LA 2OU8A 152LA 1ZYTA 237LA 109LA 3GUKA 1L56A 2OTYX 1T8FA 2QARC 1L87A 3HH4A 4W59A 253LA 1WTHA 1JQUA 2O79A 259LA 1LYIA 4I7TA 158LA 195LA 4I7NA 205LA 155LA 176LA 1D2WA 1L45A 3C80A 1P5CA 159LA 1QTHA 1QT7A 1CX7A 160LA 1LYEA 1P46A 4YX7C 214LA 199LA 3L64A 3HTGA 2OU0X 2L78A 2OEAX 3EMLA 1DYEA 254LA 1C69A 1NHBA 4YXCA 1CV6A 3HWLA 4EPFA 1L15A 156LA 3SN6R 4I7PA 1G0PA 1P64A 1ZWNA 1OVJA 1G0MA 1CX6A 4YXAC 3DN3A 2OE9X 140LA 129LA 1L91A 3C8RA 3DN0A 1L19A 1L59A 1L01A 1L06A 1C6PA 181LA 180LA 1KS3A 3SB7A 1C6NA 145LA 1LYDA 1L00A 3CDRA 1G06A 118LA 1D3JA 3FA0A 4ZPUA 223LA 1PQKA 235LA 4EJ4A 1PQMA 177LA 258LA 3FI5A 3G3WA 1KY0A 1L12A 1DYCA 1DYAA 2LC9A 1L68A 1L42A 1P36A 168LA 3HH3A 1CU0A 1G0KA 1LWGA 4PJZA 220LA 1QTBA 213LA 3HH5A 4IAPA 4EKQA 1L92A 3DKEX 1L07A 2F47A 1L69A 4LZMA 200LA 1LYJA 2OE4X 1L26A 1L18A 3GUMA 4ARMB 4S0WA 1L41A 1D3MA 4I7QA 4K5YA 3GUJA 1T6HA 217LA 230LA 4PK0A 2HULA 1C64A 1D2YA 1L95A 1L77A 1L53A 226LA 2IGCA 188LA 1DYDA 1CU3A 222LA 3ODUA 246LA 4I7OA 175LA 229LA 3SB9A 1L58A 141LA 120LA 184LA 1T8GA 1P2RA 2RBPA 257LA 110LA 1C60A 3GUIA 4I7SA 255LA 111LA 3C7YA 147LA 1L22A 1L50A 164LA 3SB5A 1D3NA 1OVKA 171LA 1LI3A 1G1WA 211LA 1L89A 1QS5A 1L66A 3OE8A 1KW7A 4LDOA 162LA 167LA 144LA 3HT6A 3JR6A 3HT7A 256LA 1QTCA 1CVKA 1QUGA 1L72A 1CV3A 1L04A 1L25A 1C6FA 1P37A 1L0JA 1XEPA 2OU9A 4ARLA 2ANVA 1QT3A 231LA 165LA 1L05A 1L49A 210LA 2LCBA 2RBRA 3HU9A 103LA 1L16A 1T97A 190LA 1L90A 3SB6A 245LA 2B6XA 1XJTA 4AQNA 4W54A 2B6ZA 227LA 3C7WA 1L74A 1L13A 4I7MA 1L67A 142LA 3F9LA 1L03A 1L51A 1ZURA 1LI2A 209LA 3C8QA 1L93A 1P3NA 1L17A 4W56A 130LA 2RBNA 225LA 1OYUA 1L21A 1L11A 1L35A 1LI6A 4ARPA 2RBQA 1L64A 3HU8A 4EKSA 1L84A 3QAKA 3HUAA 3C81A 3CDTA 4E97A 1C6LA 3HTDA 4W53A 196LA 1JTNA 1SWYA 1CV5A 139LA 2B70A 218LA 1P6YA 5LZMA 1L73A 3SB8A 1L62A 1L80A 1CV1A 1L28A 3NY9A 1L46A 3GUPA 221LA 4LDLA 1LW9A 1L60A 2RH1A 238LA 1L63A 115LA 1PQDA 4DKLA 2RB2X 3NYAA 198LA 1L81A 6LZMA 250LA 2Q9DA 1L83A 1DYBA 3DMZA 127LA 163LA 1QT4A 1C63A 1P56A 1C6EA 1PQJA 1PQIA 2B75A 3CDVA 3HH6A 1CU6A 1OVHA 3DN6A 232LA 1QSQA 113LA 3SBAA 1I6SA 4W52A 1SWZA 4I7JA 2ANXA 1LGUA 174LA 1L31A 1C6AA 206LA 1KW5A 4EKPA 224LA 146LA 3VW7A 1CU5A 4LDEA 3RUNA 7LZMA 1SSWA 2OTZX 3LZMA 1L86A 137LA 228LA 1LYHA 1L34A 252LA 2HUMA 1TLAA 1LLHA 2RB0X 178LA 1D3FA 1LYGA 114LA 4W58A 1L65A 2B6TA 2LZMA 138LA 1L70A 183LA 1KY1A 1L36A 1LGXA 4ARJA 248LA 3DN1A 2B74A 2RAZX 3D4SA 3GULA 1QT8A 1OWZA 1QS9A 1QT5A 1L08A 189LA 2B7XA 3HTFA 3V2YA 1L24A 3DNAA 4I7KA 1L52A 241LA 1L27A 4I7LA 1L30A 1L47A 3HT8A 4EXMA 212LA 2Z6BA 2QB0B 2RAYX 3HTBA 4W51A 1LWKA 1P7SA 1L98A 1CUQA 1P2LA 3FADA 4EKRA 1G0JA 1XJUA 1K28A 3GUOA 3RZEA 143LA 5I14A 2F2QA 219LA 172LA 3DN4A 3NY8A 3DN2A 1C6QA 3C83A 4EPIA 240LA 3DN8A 1G1VA 261LA 4DJHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TMUA 4KPMA 4PRQA 3G3BB 1GE1A 1L94A 3C8SA 4XJDA 2BQJA 4Z41A 5E9RA 2LYOA 1IVMA 1IWYA 1JTPL 3CSZA 1QUDA 3W6DA 1DPXA 1G7MC 2NTGA 1LHIA 1UCOA 1LHJA 170LA 2DQFC 1C45A 1JKDA 1OV5A 1L99A 1VFBC 2B6WA 194LA 123LA 1LPYA 4NGVA 1B5YA 1L79A 4NGZA 1TDYA 4WM2A 4ET9A 1HEWA 4WM5A 3ATOA 1CKGA 1GB8A 1INUA 1GF0A 4DDAA 1OUIA 1QTZA 1NWGA 1WQMA 1L37A 3N9EA 2YBMA 4HPIA 3WULA 4PPOA 3WPKA 2D6BA 1F6RA 1W08A 1LYYA 4FJRA 4LYCA 1CV0A 1C6IA 112LA 4CJ2A 5LYMA 1LSCA 1LMNA 1B7OA 5LIOA 1BWHA 1LSBA 2NWDX 5KXLA 5L3IA 4LFXA 2ZILA 247LA 185LA 1HFZA 1CKCA 197LA 2B5ZA 234LA 4AGAA 5KXMA 1L55A 1G0LA 1IP4A 1B5ZA 1REMA 3BKHA 1IP3A 1GPQC 1LYSA 1YKZX 1LZTA 1NQIA 4XJGA 207LA 4HTKA 5LAGA 3M18B 4DAJA 2W1XA 1L0KA 1UICA 4J0LA 2AUBA 2EQLA 1UIHA 1L88A 5HNCA 4HTQA 2D4JA 5DN5A 1SLYA 1LZ4A 4W59A 2CGIA 253LA 3IWRA 1N4FA 1WTHA 1LZ8A 2D4KA 5LINA 3WL2A 195LA 205LA 3P68A 4WO6A 155LA 5B59A 4WL7A 1B0DA 1L45A 1LJHA 159LA 6LYZA 4PRUA 4D9ZA 3M3UA 1P46A 214LA 1ZMYL 3L64A 3HTGA 2L78A 1OUEA 2OEAX 3EMLA 3AYQA 3HWLA 3W3EA 2BQIA 3SN6R 4I7PA 4WM3A 3A96A 1LZDA 3MGWA 1RCMA 1L06A 1C6PA 2DQEY 180LA 1KS3A 1C6NA 1LYDA 1FBIX 1L00A 2ZNWY 1XGUC 3CB7A 3FA0A 2FBDA 1BB7A 1PQKA 235LA 1LSEA 3G3WA 1KY0A 1DYCA 1GWDA 2LC9A 1L68A 1LSMA 1LWGA 3WUMA 3DKEX 1L07A 1L69A 4LZMA 1OUBA 1NHEA 1L41A 1D3MA 2XBRA 4NHQA 2HEEA 217LA 1JITA 1C64A 1UIFA 1GB6A 1DI4A 2IGCA 2N5ZA 1DYDA 3AGGG 1OUHA 6LYTA 3B72A 1JJ0A 246LA 4LT1A 4NWEA 2W1YA 175LA 229LA 1L58A 1GBXA 4L41A 5HMVA 3LYMA 3AGIA 3GUIA 4RLNA 1L50A 3TXGA 1B7MA 1D3NA 3TXJA 1BGIA 171LA 1QS5A 4NIJA 1PS5A 3OE8A 162LA 1LMOA 1TEWA 4UWVA 1GF4A 3WYHA 5ILFA 1CVKA 1L72A 1L04A 1LHKA 1XEPA 4NGLA 2MEAA 2ANVA 165LA 2BPUA 2LCBA 3IJVA 3P65A 103LA 1L16A 1T97A 2ZYPA 1XJTA 2B6ZA 5K7OA 4LT0A 4I7MA 1L67A 1LSDA 1XGPC 3F9LA 1TCYA 1L51A 1ZURA 1LJIA 1LI2A 5KXTA 209LA 4OOOA 2W1MA 4HJYA 3HBHA 1GFTA 1L93A 1B5VA 1B5WA 2DQCY 1L17A 4W56A 2LZ2A 4ARPA 4H9IA 1BWIA 1L64A 5HLLA 3C81A 1HMLA 4XJHA 3HTDA 4W53A 1SWYA 1CV5A 3FE0A 4H9HA 1WQQA 1L73A 3SB8A 1D6QA 1CV1A 3NY9A 4J1BA 4RLMA 1LMPA 5KKIA 2RH1A 5I54A 238LA 1PQDA 2RB2X 3NYAA 1L81A 3B6LA 6LZMA 1PZYA 1HFYA 163LA 1ZVYB 1JTOL 1P56A 1VDPA 2Q0MX 3N9AA 2F2NA 1LSGA 3HH6A 4WM1A 1LKSA 4WLTA 4H91A 1CU6A 232LA 4LT3A 1I6SA 2BQFA 4WL6A 1L31A 1KW5A 4EKPA 1BWJA 1LZAA 224LA 4PGJB 146LA 1B5UA 1MELL 3AZ4A 3RUNA 1LJFA 5LYTA 1HNLA 5APFA 3WXUA 1LSNA 1KIRC 3A94A 1GEVA 4W58A 3W6CA 4HPEA 2LZMA 3WW5A 138LA 4B4IA 1HEQA 1LHHA 2X0AA 4ETEA 2B74A 4DD0A 1IWVA 1QT8A 1OWZA 1QT5A 1L08A 2B7XA 1GBOA 1YILA 5B1FA 1LCNA 1L24A 1QTEA 3DNAA 1L52A 1L47A 2MEBA 3A67Y 1WVVA 1WVUA 1FLUA 4W51A 1BB5A 4ZEEA 2Z38A 1P2LA 2DBTA 4I8SA 5LYZA 1XEJA 4EKRA 1K28A 2IHLA 2HEBA 1LZEA 3C83A 1OP9B 2BQKA 240LA 1G1VA 3W6AA 3K2RA 4W55A 1L02A 4ARQB 132LA 3RNXA 173LA 151LA 1L29A 1LGWA 1C62A 2DQGY 1C61A 4NG1A 157LA 1IWTA 1C6JA 2HUKA 1QSBA 1SSYA 3P4ZA 3LZTA 1QSAA 4W94A 1L54A 5F81A 2YSSC 4NSHA 1C68A 161LA 5LXWA 1CU2A 1JPOA 1REZA 4BAPA 1FLQA 2BQGA 1C6KA 1WQOA 5LVHA 1L39A 4CFPA 1T3PA 1AM7A 1DYGA 5APEA 2Q9EA 1LSPA 1CTWA 262LA 5FSTA 1L96A 5KXSA 3WU8A 1B5XA 3PDSA 1GEZA 1GF9A 1KXWA 1JTMA 1C67A 3CSQA 1BQLY 4NSJA 1L71A 1L33A 4X3BA 3RU5A 4G49A 4W57A 1C6HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TMU A;  4KPM A;  4PRQ A;  3G3B B;  1GE1 A;  1L94 A;  3C8S A;  4XJD A;  2BQJ A;  4Z41 A;  5E9R A;  2LYO A;  1IVM A;  1IWY A;  1JTP L;  3CSZ A;  1QUD A;  3W6D A;  1DPX A;  1G7M C;  2NTG A;  1LHI A;  1UCO A;  1LHJ A;  170L A;  2DQF C;  1C45 A;  1JKD A;  1OV5 A;  1L99 A;  1VFB C;  2B6W A;  194L A;  123L A;  1LPY A;  4NGV A;  1B5Y A;  1L79 A;  4NGZ A;  1TDY A;  4WM2 A;  4ET9 A;  1HEW A;  4WM5 A;  3ATO A;  1CKG A;  1GB8 A;  1INU A;  1GF0 A;  4DDA A;  1OUI A;  1QTZ A;  1NWG A;  1WQM A;  1L37 A;  3N9E A;  2YBM A;  4HPI A;  3WUL A;  4PPO A;  3WPK A;  2D6B A;  1F6R A;  1W08 A;  1LYY A;  4FJR A;  4LYC A;  1CV0 A;  1C6I A;  112L A;  4CJ2 A;  5LYM A;  1LSC A;  1LMN A;  1B7O A;  5LIO A;  1BWH A;  1LSB A;  2NWD X;  5KXL A;  5L3I A;  4LFX A;  2ZIL A;  247L A;  185L A;  1HFZ A;  1CKC A;  197L A;  2B5Z A;  234L A;  4AGA A;  5KXM A;  1L55 A;  1G0L A;  1IP4 A;  1B5Z A;  1REM A;  3BKH A;  1IP3 A;  1GPQ C;  1LYS A;  1YKZ X;  1LZT A;  1NQI A;  4XJG A;  207L A;  4HTK A;  5LAG A;  3M18 B;  4DAJ A;  2W1X A;  1L0K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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