244LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALANMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 244lA00
218LA 1OV5A 3PDSA 1CV4A 1L81A 234LA 1C6LA 196LA 3VW7A 227LA 2B72A 1L39A 104LA 1L29A 1G0QA 4W54A 1C6TA 1NHBA 4I7NA 1LI2A 1I6SA 1C6EA 130LA 2OU8A 1L89A 4W57A 1L57A 212LA 177LA 1K28A 1C6HA 1KNIA 4GBRB 1L27A 1P2RA 148LE 3F9LA 2B70A 2ANXA 4YXCA 1L36A 1L68A 1L07A 122LA 1CVKA 1L82A 1L74A 4ARMB 4YX7C 183LA 1DYDA 242LA 4W58A 1L93A 223LA 221LA 1L02A 2B75A 3DN8A 195LA 1QTHA 240LA 1LYDA 256LA 1L60A 3CDQA 5LZMA 1L88A 1T8AA 2IGCA 1D2WA 1C6KA 2OE4X 1L75A 243LA 171LA 1QTVA 1L69A 146LA 2HUMA 3HTDA 4I7OA 3HUQA 2RBNA 1L97A 1L63A 2RB0X 1CU2A 1CV5A 2L78A 2LC9A 1OWZA 1CX6A 4I7KA 4ARPA 4I7LA 147LA 2B6YA 4W53A 216LA 2O7AA 2Q9EA 1L64A 210LA 1LGUA 1D3MA 1L54A 1LWKA 1L62A 175LA 114LA 4OO9A 1G0PA 3DN1A 1CX7A 3L64A 198LA 3EMLA 1D3NA 3LZMA 182LA 1L34A 3GUNA 4LDOA 1L46A 163LA 1L77A 1L45A 185LA 1L90A 3HWLA 1CUPA 1CU5A 3C7YA 1QS5A 1L38A 239LA 1XJUA 3FADA 1T97A 4PK0A 173LA 3C8QA 176LA 1L10A 2B73A 2LCBA 4I7RA 3HH6A 1C6FA 2OU0X 209LA 230LA 2HUKA 1QT3A 1C6GA 211LA 4I7SA 1C69A 1KW7A 3C81A 3FA0A 2O4WA 107LA 1WTHA 2NTHA 255LA 166LA 4I7TA 1C66A 1KY0A 158LA 237LA 1L84A 1C67A 3C80A 3G3XA 1QUGA 1L86A 1L37A 3NY8A 126LA 1D2YA 1L25A 233LA 6LZMA 232LA 229LA 1T8GA 3RZEA 3OE0A 1QS9A 214LA 150LA 1SSYA 1L01A 1C61A 1CUQA 3GULA 1G06A 1OVJA 1P36A 3HDEA 3HU9A 4ARLA 1L22A 3HH4A 1C6DA 1DYEA 4I7QA 1ZYTA 3SB9A 1LYIA 2B6WA 1L06A 1L73A 184LA 1G0MA 144LA 2RB1X 1C63A 1QSQA 4AQNA 3G3WA 1T6HA 1L91A 1L98A 205LA 3DN4A 1L44A 253LA 149LA 2OU9A 4LDEA 113LA 3HTBA 1D9WA 244LA 1JTNA 3NY9A 161LA 1L72A 226LA 2A4TA 151LA 2OEAX 162LA 1QT6A 4EKSA 217LA 1OWYA 1G1VA 2B6TA 1SWYA 3HUAA 4ARMA 4W59A 1P64A 137LA 206LA 3SBAA 249LA 111LA 3SN6R 1QT8A 3GUPA 165LA 1C68A 1CV1A 1OV7A 248LA 3HTGA 3DN0A 155LA 1PQMA 110LA 160LA 1P7SA 1L47A 3K2RA 1CV3A 3OE6A 3DN6A 1LYFA 1QSBA 1L50A 188LA 1L19A 1KY1A 1DYBA 7LZMA 190LA 3DKEX 3HT9A 1G0LA 3HH3A 1C6IA 1KS3A 2QARC 159LA 1LYGA 1C62A 4I7PA 1EPYA 4DAJA 2RBPA 2HULA 129LA 250LA 1C6CA 1LI3A 225LA 4ARQB 4DJHA 1G0JA 1L09A 1SX2A 2Q9DA 2RAZX 3DN3A 128LA 187LA 3JR6A 127LA 1L65A 3RUNA 236LA 3C83A 3C8RA 219LA 2F32A 1C6JA 199LA 257LA 118LA 1QTCA 1QTZA 1L58A 1QT5A 4ARQA 2Z6BA 4EXMA 213LA 3G3VA 2QB0B 103LA 157LA 3HUKA 215LA 1G0GA 1C6BA 108LA 1CTWA 2F47A 1SX7A 3FI5A 109LA 168LA 1L70A 3L2XA 138LA 4IAPA 3ODUA 3SB6A 1L41A 3CDVA 3DN2A 2RB2X 1QUHA 3HT8A 3SB5A 1T8FA 1L00A 4EJ4A 1P6YA 1LI6A 1L43A 1L87A 1PQOA 1QT4A 125LA 1QTDA 3SB8A 4K5YA 1QUOA 1CU3A 131LA 1PQDA 1L83A 1L05A 1L28A 1L16A 1ZURA 1CU0A 1PQIA 4DKLA 1L99A 238LA 145LA 1LPYA 178LA 1L53A 1D3FA 228LA 1L66A 1L96A 115LA 1P3NA 1L94A 1G1WA 3GUMA 119LA 1L71A 3UONA 1L14A 1LWGA 261LA 2O79A 3C7WA 1L55A 1LGWA 200LA 1L31A 1L23A 1L20A 2B6XA 235LA 3HU8A 4W55A 1L76A 1C64A 167LA 4EKQA 251LA 1LW9A 1G0KA 1OVHA 2NTGA 3CDRA 3OE9A 1L18A 1LLHA 231LA 2ANVA 3C8SA 1L35A 152LA 1L42A 3DNAA 1P46A 4ZPUA 1CU6A 172LA 259LA 169LA 246LA 2B74A 4W51A 1PQKA 4LDLA 2CUUA 2F2QA 1L40A 1P5CA 1JQUA 3GUKA 1L21A 2RBQA 5I14A 3GUOA 3HH5A 2RBRA 139LA 140LA 3DMVA 1L15A 1TLAA 3V2WA 4EPFA 1L11A 156LA 2B6ZA 4EPIA 1QTBA 1L32A 4YXAC 1L48A 260LA 2B7XA 4LZMA 1LYEA 1L13A 1ZWNA 1DYFA 3HT7A 2RBOA 252LA 2OTZX 4W52A 3C82A 197LA 1L67A 3CDTA 1L33A 1XEPA 174LA 1B6IA 3QAKA 222LA 1L03A 4I7MA 1C65A 3GUIA 3V2YA 3DMZA 3CDOA 1SWZA 262LA 180LA 143LA 142LA 191LA 1C6MA 2LZMA 4ARJA 1OYUA 1D3JA 186LA 1L17A 2OTYX 4W56A 4I7JA 1L52A 1LYHA 4EKPA 3HTFA 241LA 1L59A 1DYCA 3D4SA 1P37A 4PJZA 1P56A 1PQJA 123LA 1L79A 1C6NA 1P2LA 1L92A 192LA 4E97A 1G07A 1OVKA 3SB7A 102LA 4GRVA 3F8VA 1L26A 1JTMA 1CV6A 1L30A 1LYJA 2RBSA 1DYAA 1L08A 170LA 1SSWA 2OE7X 1L0KA 254LA 141LA 181LA 1C6PA 3C7ZA 3DMXA 1QT7A 247LA 1L49A 1L51A 1KW5A 1L80A 1QUDA 224LA 189LA 1C6QA 1C6AA 3OE8A 164LA 1XJTA 3SBBC 201LA 3NYAA 120LA 3HT6A 4EKRA 220LA 1L24A 1L04A 1DYGA 3HDFA 112LA 1L56A 2OE9X 2RAYX 4S0WA 1LGXA 1CV0A 1L95A 245LA 1L61A 2RH1A 1L0JA 3PBLA 1L85A 1L12A 258LA 3GUJA 1C60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJKA 1OUDA 3D9AC 1WTNA 1IP5A 1JJ3A 4LGKA 5I54A 5B06A 227LA 4O34A 1RFPA 4NSJA 3RZ4A 1G0QA 3B0IA 4J1AA 1GFHA 3LYZA 130LA 1XGUC 5F16A 4W57A 5LVKA 1CKDA 1K28A 3E3DA 4YENA 148LE 3F9LA 2B70A 1NF5A 2XBRA 1L36A 1L68A 1DPXA 5KXSA 5HNLA 1JKAA 1LKSA 1L93A 1UBZA 1F6SA 221LA 2Z19A 3HBDA 1OUFA 4HP0A 1W08A 1T8AA 2RSCA 1L75A 1VATA 1IWWA 4HTKA 4BAFA 5I5QA 2RB0X 4KT3A 2BQDA 1UC0A 1JUGA 1LSCA 4GCFA 1LSNA 2B6YA 4W53A 3A8ZA 1GBSA 210LA 4MSTA 5T3FA 1BWIA 1J1PY 4ANRA 5B05A 3WW6A 4B0DA 1D3NA 1BB4A 3GUNA 4LDOA 3A3RX 1L45A 1C08C 3WVXA 1IWVA 1LZGA 1CUPA 1ZMYL 239LA 1KIPC 1T97A 4PK0A 1HSWA 2LCBA 3HH6A 3TXBA 2LYOA 1IVMA 5LYMA 209LA 1HEWA 1QT3A 211LA 2XTHA 5A3EA 107LA 2A7DA 255LA 4MCKA 3WXUA 4DD1A 158LA 2DKVA 4HJVA 1IR9A 1L86A 1L37A 1YILA 233LA 232LA 4H1PA 4IJ4A 1DQJC 3SP3A 5F9XA 1F6RA 2LYZA 5F14A 1C61A 3GULA 3BKVA 1GFGA 2BAAA 3FI7A 1FN5A 2BPUA 4Z46A 1GDWA 4I7QA 1BVKC 1FKVA 1WTMA 4DT3A 1YL0X 1XSFA 1L73A 1N4FA 1IY4A 1GB8A 4AQNA 5I4WA 1T6HA 3TMVA 1IR7A 4GLAA 2MEAA 2BQMA 1L44A 3WH1A 5F81A 1WQMA 2OU9A 1JISA 1IP3A 1IC7Y 1B5XA 5APFA 2OEAX 162LA 1QT6A 4WO6A 217LA 1W6ZA 4W94A 2B6TA 4ARMA 1AZFA 1V7SA 1B7OA 2Z18A 2W1XA 1BGIA 110LA 1PQMA 4XYYA 1XEIA 1LMNA 1LYFA 1B2KA 2MEDA 1GFKA 3DKEX 1YAMA 4WL6A 1C6IA 1C62A 2RBPA 5LXWA 1LHIA 4HPEA 1G0JA 4W96A 2RAZX 1L65A 4TSBA 5FCPA 4G4BA 4YM8A 2ZNWY 4LT0A 1B7NA 3C8RA 2YBHA 1GF6A 4NSHA 257LA 3AYQA 1QTCA 1QTZA 5KXXA 2DQHY 3A96A 4OWEA 4NGLA 4B4EA 5HMVA 1LMTA 4EOFA 5I4XA 1LSAA 2F47A 168LA 1D0KA 4CJ2A 4NGIA 5KKJA 3CDVA 3DN2A 2BQKA 2ZNXY 3SB5A 4NSGA 4TUNA 4FJRA 3SB8A 1FKQA 1L83A 4DYGA 5DN4A 1L53A 1LYSA 4LYZA 1L66A 4H9HA 4UWNA 1RCMA 3GUMA 3UONA 5APEA 5LYZA 4Z41A 1L14A 4GCBA 2HEAA 1L23A 2B6XA 1D6QA 235LA 3HU8A 167LA 2YBIA 3AZ5A 4NHTA 4ETCA 3OE9A 1BWJA 231LA 1LZSA 3C8SA 1L35A 3A67Y 1B5ZA 5HQ1A 4HTQA 1LHHA 172LA 4XADA 4YOPA 2CUUA 1GDXA 1L40A 1F0WA 2W1LA 1P5CA 1GE1A 3HH5A 2BLXA 3LZ2A 4EPFA 4J7VA 1L11A 4X3BA 4HSFA 3M3UA 1L32A 4YXAC 2B7XA 1VAUA 1LSYA 3RT5X 1L13A 1DYFA 2RBOA 2OTZX 1UICA 1L67A 3LHMA 2YVBA 3QAKA 1C65A 3GUIA 3V2YA 3W6BA 3CDOA 1SWZA 262LA 180LA 2EIZC 3P68A 1REMA 1C6MA 4ARJA 4OWCA 1L17A 4RW2A 4W56A 1LZ9A 4I7JA 1A4VA 1AT6A 1LSZA 2HEDA 4LFPA 4EKPA 4OOOA 1L59A 4TWSA 3D4SA 3TXHA 193LA 1P2LA 2DQIY 4BS7A 1HFZA 3AJNA 4ML7A 4QGZA 1L26A 1YKZX 1LYJA 1VEDA 141LA 181LA 4H92A 1BVXA 1GB3A 1C6PA 3C7ZA 1JIYA 1L49A 1T6VL 1JSEA 1JKBA 3W6AA 1G7MC 4B49A 3LYMA 112LA 3N9EA 4RW1A 4S0WA 4H9EA 245LA 1CJ9A 2ZYPA 3AGHA 4J1BA 1B7QA 1L12A 4NEBA 2BQFA 1CV4A 2YBMA 234LA 3VW7A 1NKHA 1BHZA 104LA 5ILFA 3WU8A 2BQCA 1GE2A 4I7NA 1I6SA 153LA 1IP7A 3T36A 1OUCA 1JWRA 1GB7A 5JENB 1IWTA 1C6HA 1KNIA 2ZQ3A 4XJGA 4WOAA 3B6LA 1CJ7A 4YXCA 1YAOA 122LA 1L74A 4YX7C 183LA 1DYDA 3AGGG 4DDAA 2DQAA 3TXGA 2ZYCA 3W6DA 223LA 1L02A 2B75A 2ZQ4A 1LSEA 195LA 240LA 3EBAB 1B5WA 1LYDA 1L60A 4B4IA 4B4JA 2F4GA 1GHLA 1D2WA 1C6KA 4NHQA 171LA 1EQEA 1GB6A 3IJUA 2HUMA 4G4CA 3B72A 1ZV5L 1B7LA 4IASA 2N5ZA 4DQ7A 1CV5A 1C46A 4ETBA 3ZEKA 2LC9A 4PHIA 4I7KA 5I53A 4ARPA 2IHLA 2LHMA 1WQNA 4QDNA 5L3HA 1L64A 1LGUA 2D6BA 1D3MA 1L54A 1OUGA 1L62A 175LA 1LZBA 2F2NA 4OO9A 3DN1A 198LA 5DLAA 1GXXA 1L46A 4PRUA 3C7YA 4XJIA 1QS5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LJK A;  1OUD A;  3D9A C;  1WTN A;  1IP5 A;  1JJ3 A;  4LGK A;  5I54 A;  5B06 A;  227L A;  4O34 A;  1RFP A;  4NSJ A;  3RZ4 A;  1G0Q A;  3B0I A;  4J1A A;  1GFH A;  3LYZ A;  130L A;  1XGU C;  5F16 A;  4W57 A;  5LVK A;  1CKD A;  1K28 A;  3E3D A;  4YEN A;  148L E;  3F9L A;  2B70 A;  1NF5 A;  2XBR A;  1L36 A;  1L68 A;  1DPX A;  5KXS A;  5HNL A;  1JKA A;  1LKS A;  1L93 A;  1UBZ A;  1F6S A;  221L A;  2Z19 A;  3HBD A;  1OUF A;  4HP0 A;  1W08 A;  1T8A A;  2RSC A;  1L75 A;  1VAT A;  1IWW A;  4HTK A;  4BAF A;  5I5Q A;  2RB0 X;  4KT3 A;  2BQD A;  1UC0 A;  1JUG A;  1LSC A;  4GCF A;  1LSN A;  2B6Y A;  4W53 A;  3A8Z A;  1GBS A;  210L A;  4MST A;  5T3F A;  1BWI A;  1J1P Y;  4ANR A;  5B05 A;  3WW6 A;  4B0D A;  1D3N A;  1BB4 A;  3GUN A;  4LDO A;  3A3R X;  1L45 A;  1C08 C;  3WVX A;  1IWV A;  1LZG A;  1CUP A;  1ZMY L;  239L A;  1KIP C;  1T97 A;  4PK0 A;  1HSW A;  2LCB A;  3HH6 A;  3TXB A;  2LYO A;  1IVM A;  5LYM A;  209L A;  1HEW A;  1QT3 A;  211L A;  2XTH A;  5A3E A;  107L A;  2A7D A;  255L A;  4MCK A;  3WXU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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