245LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEALRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 245lA00
2NTHA 1QTHA 1DYCA 152LA 1QT7A 1QSQA 3HUAA 174LA 120LA 1C6JA 1C61A 1L82A 1G0PA 6LZMA 3L64A 4I7OA 1XJTA 1CV5A 1L23A 222LA 210LA 1L09A 1KW5A 1ZWNA 1L01A 3OE6A 227LA 1SWZA 137LA 1CV6A 2A4TA 4ARQB 1L88A 1L42A 156LA 2F2QA 3HU9A 4I7PA 4EKQA 143LA 1L77A 1C6TA 221LA 1C62A 232LA 1KS3A 1C6IA 159LA 4DKLA 1L04A 3F8VA 1L92A 4AQNA 1P5CA 2B72A 1DYBA 1G06A 1L00A 1CX7A 4EJ4A 165LA 1CV1A 1L96A 180LA 1CX6A 115LA 1QS5A 236LA 126LA 1SX2A 2B6YA 1L12A 1LYDA 1G0LA 2RB1X 4EKSA 4ARLA 2CUUA 1DYFA 3CDOA 3HTBA 3GUNA 2O4WA 1LGWA 1C6NA 146LA 186LA 1LPYA 3JR6A 211LA 2RBOA 1L53A 1P56A 256LA 4ARPA 1L62A 2RAZX 1L15A 1DYEA 1LI2A 1QS9A 3ODUA 1L31A 3DN6A 2LCBA 192LA 219LA 3HTDA 3V2WA 247LA 2B6WA 1L20A 196LA 1T8FA 1L55A 1G1WA 1L48A 1L52A 2F32A 3CDTA 3GUIA 1KY0A 1CUQA 1QT8A 3PBLA 3HU8A 1L22A 3GULA 1L13A 1QT4A 2B74A 1T6HA 104LA 3GUPA 1QTBA 1CVKA 1D2YA 235LA 1PQJA 1L70A 1L45A 5I14A 1L66A 123LA 254LA 1D3JA 1PQIA 3SN6R 253LA 1L56A 3D4SA 2B7XA 1P2RA 1OV7A 1KW7A 4EKPA 128LA 1L99A 3L2XA 2F47A 1L49A 240LA 1L37A 3SBAA 259LA 1L24A 1L07A 1G0JA 112LA 4DAJA 4W54A 1L51A 4I7LA 3DN2A 4W53A 3EMLA 251LA 1L17A 1L36A 155LA 3HTFA 3C8SA 1L32A 3DN4A 2B6TA 103LA 1L38A 4I7KA 199LA 172LA 114LA 1L0JA 4EXMA 140LA 1L65A 2ANXA 1L26A 3DN3A 184LA 160LA 4LDLA 190LA 1C6PA 1P7SA 255LA 176LA 224LA 2OE7X 1OVKA 2HULA 3SB5A 1L74A 1C64A 2B75A 241LA 1LYHA 1P37A 1DYGA 1CV4A 139LA 1LWKA 3G3XA 1L91A 1TLAA 1L72A 3OE9A 1C6CA 1C6DA 2OU9A 1P46A 250LA 1L11A 1B6IA 4EKRA 1DYAA 1P3NA 223LA 1OVJA 191LA 183LA 2B70A 234LA 157LA 239LA 4LDOA 3OE8A 1L61A 1L79A 1L80A 108LA 2Q9EA 4GBRB 4K5YA 1CTWA 1G0MA 5LZMA 2B6XA 3UONA 4I7QA 1CU3A 4W52A 1LYEA 1L29A 111LA 158LA 4ARJA 1QTVA 3RUNA 177LA 119LA 258LA 4YXAC 3FA0A 4W59A 1LYJA 2RAYX 127LA 1P36A 3C8QA 1K28A 1QTDA 1P64A 1L40A 1LYFA 1L08A 3G3WA 145LA 1L46A 151LA 1C6BA 138LA 2QB0B 2Q9DA 1JTNA 1L35A 3VW7A 2RBSA 150LA 1L58A 147LA 2NTGA 4YX7C 1L76A 1L87A 1L27A 1QTZA 1L73A 1XJUA 212LA 182LA 3QAKA 131LA 1PQDA 3HT6A 1C68A 181LA 3C80A 220LA 218LA 1L41A 3C7YA 4W57A 1LWGA 3C7WA 1SSYA 1G07A 233LA 3CDVA 3F9LA 189LA 3DN8A 161LA 1CU5A 1QT3A 4EPIA 1G0GA 3GUOA 1L0KA 4W55A 3HDEA 1L44A 1L59A 167LA 178LA 1L60A 4W58A 4PK0A 229LA 3DN0A 2LZMA 3SB8A 1LYIA 3SB7A 200LA 1L64A 3C83A 1L71A 2HUKA 1L43A 209LA 3HH5A 1CV0A 1L68A 1JTMA 3HT7A 3HWLA 2LC9A 3DMVA 3SBBC 1OV5A 1QT6A 1QT5A 262LA 249LA 225LA 1OVHA 1P6YA 1L83A 246LA 3DMZA 149LA 1L30A 243LA 3SB9A 1KY1A 1LW9A 1L75A 1C67A 3NY8A 3HH4A 1L25A 1LLHA 113LA 170LA 195LA 1NHBA 3FI5A 231LA 4ARQA 110LA 171LA 3HH3A 230LA 1C6KA 1L28A 1L16A 1I6SA 1JQUA 1D3NA 1L85A 1L97A 3DNAA 7LZMA 1C63A 4ARMB 3NYAA 1L67A 1WTHA 1L57A 118LA 1D3MA 214LA 3FADA 4ZPUA 4I7RA 2ANVA 3DKEX 1C60A 2B6ZA 1LGUA 169LA 1KNIA 1L63A 1CU2A 1G0KA 1C6MA 3C7ZA 4E97A 109LA 242LA 1L95A 245LA 2OTYX 4S0WA 3HUKA 3HT8A 1QUDA 1D2WA 166LA 1L05A 2RH1A 1L02A 3C81A 3C82A 3HTGA 3HT9A 2B73A 102LA 2L78A 1L84A 164LA 1D9WA 2OU8A 2RBRA 1T97A 1T8GA 144LA 4W56A 3V2YA 1OWZA 1PQKA 4GRVA 1T8AA 1L90A 3G3VA 1L54A 1LYGA 3GUMA 4I7JA 1QSBA 148LE 3CDQA 130LA 1L21A 168LA 1SWYA 1L93A 1P2LA 1L39A 1CU6A 3RZEA 2IGCA 4OO9A 215LA 2QARC 252LA 3OE0A 187LA 1PQMA 3HUQA 142LA 260LA 1CU0A 4PJZA 1LI6A 1XEPA 4EPFA 197LA 2RBQA 3GUJA 1D3FA 1ZURA 238LA 129LA 3HH6A 4DJHA 3CDRA 1CUPA 1L19A 1L03A 217LA 4LDEA 1PQOA 1L33A 261LA 226LA 1G0QA 2HUMA 1L06A 2O7AA 3DMXA 2OU0X 3SB6A 162LA 1LGXA 205LA 244LA 3GUKA 4I7NA 1QTCA 1LI3A 2O79A 125LA 1ZYTA 213LA 237LA 1L89A 1CV3A 257LA 3DN1A 228LA 107LA 3HDFA 4LZMA 1OYUA 1C6FA 1L50A 1G1VA 2OTZX 1L10A 248LA 1L94A 173LA 4W51A 1QUHA 4I7SA 1L14A 1L34A 4IAPA 3K2RA 3C8RA 122LA 206LA 1L47A 1C6EA 4YXCA 1SX7A 1C69A 1SSWA 185LA 1C6HA 1L81A 3LZMA 175LA 1C6LA 198LA 1C6QA 1QUOA 201LA 3PDSA 1L18A 4I7TA 1L69A 1C66A 1L86A 2RB2X 1EPYA 2RBPA 1C6AA 2OEAX 2Z6BA 4ARMA 216LA 1C6GA 2OE4X 1C65A 188LA 2RB0X 2RBNA 1OWYA 141LA 2OE9X 1L98A 3NY9A 163LA 1DYDA 1QUGA 4I7MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CNSA 2MEFA 1LSPA 3A95A 1C61A 1FLWA 1L82A 2BQGA 4NGWA 4I7OA 4RDSA 1L23A 222LA 1GXXA 3CT0A 3OK0A 1WQPA 2BQDA 5KXXA 1REXA 143LA 1L77A 1C62A 1B2KA 1KS3A 1C6IA 1F0WA 1Z55A 159LA 4DKLA 1WQNA 3LYOA 1UIFA 4AQNA 1P5CA 1G06A 1L00A 1CX7A 4D9ZA 4HJYA 180LA 1CX6A 115LA 1QS5A 2MEAA 1L12A 1LYDA 5KKJA 1ZMYL 3HTBA 2D4IA 4NGZA 1C6NA 1QDTA 4HTKA 186LA 5C6JA 211LA 1L53A 1GFGA 3J6KA 1GBYA 1UIEA 2RAZX 5DN5A 4UWNA 1B5WA 1LI2A 1QS9A 4O34A 4WL7A 2BQCA 1UBZA 1LKSA 4KT3A 5C6LA 2F30A 5DM9A 3HTDA 1LAAA 5J7CA 2B6WA 1I1ZA 1L55A 3TMXA 2F32A 5AMYA 4HJZA 5LYMA 1L22A 4DD9A 2Y8PA 4Z3MA 104LA 3GUPA 1LZGA 3WMKA 1PQJA 3TXKA 1A2YC 5LA8A 1YKZX 254LA 123LA 1C46A 3SN6R 1FKVA 1TAYA 3F6ZA 4EKPA 5F81A 1IWTA 4H8ZA 2LYMA 1IWVA 5HMJA 1TCYA 4XJDA 3CSZA 4WM4A 1JTOL 1KIQC 1UACY 1OP9B 4I7LA 4B4EA 251LA 2CWIA 1L36A 4CGEA 1DI5A 1XEJA 4TTDA 1LYSA 5LVGA 4NSIA 140LA 1TDYA 1DI4A 2ANXA 184LA 1W6ZA 4LDLA 1NDGC 1LSEA 3TXIA 4ET8A 2B75A 1NHEA 1GFUA 2I6ZA 1C6CA 2OU9A 1P46A 250LA 3AZ4A 1L11A 1JIYA 4HTQA 4EKRA 223LA 191LA 2MEHA 157LA 4LDOA 3OE8A 3CQLA 1NBYC 1LJJA 1GBXA 4HPIA 4EOFA 1JWRA 5LVJA 1IOCA 1BGIA 1HFXA 5KY1A 5HMVA 1GB0A 2B6XA 1CU3A 2EIZC 1BWHA 3FE0A 1L29A 111LA 1QTVA 2XTHA 3HBDA 4G49A 4W59A 3WXTA 2DQCY 3C8QA 1NQIA 1L08A 145LA 4B4IA 1JTNA 150LA 4B49A 5KXKA 1IWYA 1QTZA 4DQ7A 212LA 3QAKA 1PZYA 1O23A 3HT6A 181LA 220LA 4OOOA 4Z41A 3WXUA 1KXYA 1IWZA 3C7YA 1LWGA 4QDNA 1CU5A 5APFA 3B0IA 4WLXA 1JJ0A 6LYZA 1JKDA 4XN6A 4WLYA 1OUFA 3J4GA 1L44A 4IJ4A 4B1AA 4HTNA 1L60A 229LA 1GEVA 2LZMA 3DN0A 2DBTA 200LA 1L64A 3C83A 1YAQA 1CJ8A 1WVVA 3ZVQA 5I4WA 1RJCB 2DKVA 4IASA 3SBBC 1BWJA 1OV5A 3AYQA 249LA 2W1YA 1JTPL 1CJ9A 1HEQA 1P6YA 1L83A 4WM2A 1LW9A 1EQ4A 1L75A 3TXFA 1DPXA 5IDDA 1HSXA 4ETDA 4ARQA 1LZ9A 5HQ1A 1CJ6A 1I6SA 1DI3A 7LZMA 1HELA 3NYAA 4Z98A 1L67A 1WTHA 1G7HC 4H94A 1D3MA 3N9AA 3RT5X 1G0KA 3MGWA 1F10A 242LA 4I8SA 3HUKA 1WTNA 2HTXA 1L05A 1IY3A 1L02A 3HTGA 4H90A 102LA 2L78A 1L84A 4R0FA 4LYCA 5LYZA 4PPOA 3B6LA 1HSWA 1XEKA 1L90A 5I5QA 148LE 1T6VL 130LA 4PGJB 5L3IA 1J1XY 1L93A 1L39A 3RZEA 4KPMA 2QARC 5I4XA 1LSCA 252LA 142LA 3A34A 1RI8B 3GUJA 4DJHA 1EQEA 1LJ3A 3CDRA 4H9CA 4HV1A 3RZ4A 5FHWA 5LINA 2HUMA 3P66A 162LA 1LGXA 244LA 2ZQ3A 3GUKA 4I7NA 1QTCA 125LA 1LJNA 213LA 5L3HA 4B0DA 1D0MA 3CT1A 3RW8A 1IC4Y 107LA 2LZ2A 1LJ4A 4XJFA 4WLTA 1OYUA 1L50A 3IJVA 1LZ8A 4I7SA 1L34A 2VB1A 4IAPA 2ZYCA 2Z39A 1LMAA 4TX7A 3GXKA 1C6EA 1LSGA 4NSGA 1SX7A 3GXRA 4DC4A 1BB3A 3D3DA 4E3UA 4R6CA 1C6QA 4OOTA 1J1PY 3LYMA 4I7TA 3T6UA 2OEAX 4ARMA 4G4CA 3ZVQB 2RB0X 2RBNA 2D91A 5B1GA 1L98A 2DQAA 163LA 3AZ5A 4I7MA 5KXLA 2Z37A 2NTHA 3SP3A 1LMOA 1QT7A 1QSQA 2CGIA 4YEOA 5FELA 3WU9A 4FDYA 210LA 3TMWA 1B7PA 1L09A 2BLYA 1KW5A 1L01A 1LZDA 2A4TA 4ARQB 1L88A 1VFBC 4NGVA 3AB6A 2GV0A 3HU9A 5F14A 1B5XA 1ZVYB 4YM8A 4ZEEA 5I54A 232LA 4J1BA 4XJIA 4LYBA 3BKVA 1JJ3A 5L9JA 2BQFA 1L92A 2W1LA 1GF8A 4NFVA 3A67Y 2NWDX 3AGIA 4EMNA 3ATNA 1YL1X 165LA 2HU3A 236LA 4YOPA 4GN3A 1LZRA 4HV2A 4I0CA 3WW5A 3RNXA 4ARLA 3CDOA 2N5ZA 4UWUA 1YQVY 2ZNXY 1NWGA 1KXXA 3QY4A 1P56A 4DD3A 1L62A 4PRQA 1G7IC 3WVYA 1LZAA 4OWCA 5B07A 5IELA 1B7SA 5ILCA 2LCBA 5B59A 2MEIA 1QSAA 1LZ4A 247LA 1L20A 196LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CNS A;  2MEF A;  1LSP A;  3A95 A;  1C61 A;  1FLW A;  1L82 A;  2BQG A;  4NGW A;  4I7O A;  4RDS A;  1L23 A;  222L A;  1GXX A;  3CT0 A;  3OK0 A;  1WQP A;  2BQD A;  5KXX A;  1REX A;  143L A;  1L77 A;  1C62 A;  1B2K A;  1KS3 A;  1C6I A;  1F0W A;  1Z55 A;  159L A;  4DKL A;  1WQN A;  3LYO A;  1UIF A;  4AQN A;  1P5C A;  1G06 A;  1L00 A;  1CX7 A;  4D9Z A;  4HJY A;  180L A;  1CX6 A;  115L A;  1QS5 A;  2MEA A;  1L12 A;  1LYD A;  5KKJ A;  1ZMY L;  3HTB A;  2D4I A;  4NGZ A;  1C6N A;  1QDT A;  4HTK A;  186L A;  5C6J A;  211L A;  1L53 A;  1GFG A;  3J6K A;  1GBY A;  1UIE A;  2RAZ X;  5DN5 A;  4UWN A;  1B5W A;  1LI2 A;  1QS9 A;  4O34 A;  4WL7 A;  2BQC A;  1UBZ A;  1LKS A;  4KT3 A;  5C6L A;  2F30 A;  5DM9 A;  3HTD A;  1LAA A;  5J7C A;  2B6W A;  1I1Z A;  1L55 A;  3TMX A;  2F32 A;  5AMY A;  4HJZ A;  5LYM A;  1L22 A;  4DD9 A;  2Y8P A;  4Z3M A;  104L A;  3GUP A;  1LZG A;  3WMK A;  1PQJ A;  3TXK A;  1A2Y C;  5LA8 A;  1YKZ X;  254L A;  123L A;  1C46 A;  3SN6 R;  1FKV A;  1TAY A;  3F6Z A;  4EKP A;  5F81 A;  1IWT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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