245LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEALRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 245lA00
112LA 2RBPA 1CU0A 4I7MA 141LA 3GUIA 1DYGA 4ARLA 3HTDA 2L78A 1C6QA 118LA 259LA 103LA 1C65A 3OE0A 4I7LA 251LA 4E97A 159LA 123LA 1L51A 1C66A 3DMVA 1G1WA 1LI6A 161LA 7LZMA 3K2RA 1P3NA 3HUAA 167LA 1T8FA 1L12A 3C81A 262LA 2A4TA 1L18A 1L73A 1L06A 1PQIA 215LA 3RUNA 3DN0A 1QUDA 3GUMA 3DN6A 1C6NA 4S0WA 110LA 1L30A 2CUUA 2RBRA 1L65A 190LA 1QSQA 1L33A 1G1VA 1ZYTA 235LA 3OE9A 225LA 214LA 3HDFA 4W54A 3CDTA 2B6ZA 3SB5A 1CUPA 3UONA 1P5CA 255LA 1CUQA 4I7PA 1L77A 2B6XA 3CDOA 1CU6A 1QT3A 3HT6A 3C7YA 2B73A 4I7SA 162LA 3EMLA 2HULA 3C8QA 1C62A 1LYHA 2Q9DA 1G0GA 219LA 180LA 1LW9A 183LA 1KW5A 1L58A 2B6WA 2RBQA 212LA 234LA 1L96A 256LA 4EKSA 1LYDA 1L04A 2Q9EA 2F47A 1JQUA 1L17A 2QARC 4W58A 2IGCA 3C83A 3SB7A 1L84A 1L19A 1L85A 1T8GA 1L24A 4EXMA 168LA 1P2RA 3DN4A 187LA 1CX7A 131LA 155LA 1L36A 1XEPA 4LDLA 1L02A 1L0JA 1LGUA 4ARMB 150LA 4ARPA 1L49A 239LA 1KY0A 2RB1X 254LA 4I7KA 1CU2A 260LA 3C7ZA 109LA 4I7OA 1C6PA 1L21A 3GUNA 1L81A 3FA0A 102LA 1L45A 1L79A 1L68A 2RBNA 1LI2A 1L88A 165LA 1C69A 258LA 2OU0X 1L13A 1QTHA 1L0KA 3DN2A 3GUPA 1L35A 3SBAA 4DKLA 1D3MA 143LA 1LWGA 3VW7A 107LA 1L91A 1L31A 177LA 1L43A 3HUQA 1L62A 1L05A 3DNAA 1OVKA 4PJZA 1L48A 1L38A 115LA 1KY1A 1OWYA 2RAZX 1LYFA 1ZWNA 4GBRB 145LA 1SWYA 1C6LA 1L40A 3V2YA 4ARMA 2B75A 2RAYX 1C6KA 3CDQA 3DN3A 1L59A 3HTBA 114LA 1L64A 4K5YA 230LA 213LA 158LA 1L69A 149LA 218LA 1QUHA 146LA 4W52A 2LC9A 3C80A 2OU9A 2F2QA 1L27A 1L92A 1L08A 1L57A 1L72A 222LA 241LA 3G3XA 4I7TA 1PQKA 1OV5A 3GUOA 3HU8A 1L42A 220LA 1PQJA 4DAJA 1L26A 1OVHA 4YX7C 1CU3A 3HT7A 1L76A 3HDEA 1G0PA 1L44A 1OV7A 1L53A 148LE 1D2WA 1L34A 1L95A 200LA 1C6DA 1P64A 152LA 1C6AA 1C6CA 243LA 2O4WA 4EPIA 1L15A 2B74A 4ZPUA 1SWZA 173LA 4LDEA 2B6YA 142LA 3RZEA 3NY8A 1G06A 2RBSA 226LA 4YXCA 4PK0A 138LA 3F9LA 3C82A 2OTZX 1OWZA 1L54A 1L89A 3DN1A 1C67A 1L11A 247LA 3GULA 1L98A 1D2YA 1C6BA 166LA 2OEAX 3HH6A 3QAKA 4W55A 1I6SA 1DYAA 3G3VA 1L61A 2Z6BA 1L37A 1L00A 129LA 1ZURA 1L71A 3SN6R 1CV6A 1L90A 1SSWA 176LA 160LA 1CV4A 182LA 1D9WA 1C68A 2OE4X 4LZMA 1G0KA 1C63A 2RH1A 3ODUA 3JR6A 172LA 1PQOA 3PBLA 2B70A 2QB0B 3SB6A 4AQNA 139LA 217LA 1LLHA 206LA 1L55A 1QTBA 1L66A 1C6IA 1L28A 4EKPA 1L32A 238LA 1T97A 248LA 1DYFA 1SX7A 1LGWA 4ARQB 195LA 1QSBA 3HWLA 1LPYA 3NYAA 108LA 4W59A 1DYDA 205LA 1P7SA 170LA 211LA 4GRVA 252LA 1LYJA 1P46A 4EPFA 1CVKA 3C8RA 223LA 253LA 1C6EA 3L2XA 169LA 1KNIA 3SBBC 3L64A 1C6TA 192LA 1L60A 1L80A 1L29A 224LA 1CX6A 1L56A 151LA 197LA 119LA 156LA 5I14A 228LA 1D3FA 1KW7A 1L16A 2NTGA 1DYEA 1L09A 171LA 3HH3A 120LA 246LA 201LA 164LA 257LA 1LYEA 2OU8A 1JTMA 3HTGA 4LDOA 113LA 3SB9A 245LA 1L70A 111LA 1L94A 1QTCA 3DMXA 4IAPA 2RB0X 1L41A 3DN8A 2B7XA 157LA 1QT6A 1QS9A 127LA 191LA 1L23A 1OVJA 3SB8A 4I7RA 1SX2A 4W53A 1L20A 1L01A 1L10A 1L99A 163LA 2NTHA 3HH5A 147LA 3HUKA 1L52A 3HH4A 1T8AA 3HTFA 1CV1A 3D4SA 1D3JA 2RB2X 1LYGA 4YXAC 1QT7A 2O7AA 1P36A 2RBOA 1T6HA 3C7WA 1L74A 1C61A 3HT8A 1P37A 1LI3A 221LA 1CV5A 4W51A 178LA 1C6FA 249LA 1L25A 242LA 3NY9A 240LA 1QTVA 1G0JA 128LA 2ANVA 261LA 1KS3A 231LA 2ANXA 3CDRA 1L63A 227LA 1L86A 1G0QA 196LA 2LCBA 184LA 1G0MA 4ARJA 1C60A 122LA 216LA 1QUOA 209LA 4I7NA 1CV0A 1C6HA 126LA 1DYBA 4EKQA 5LZMA 1L07A 1DYCA 1C64A 232LA 250LA 1QTZA 198LA 3DMZA 4I7QA 174LA 2OE9X 3G3WA 1L87A 3GUJA 2OTYX 1QT5A 1L39A 188LA 1L67A 1P6YA 1L82A 3CDVA 3PDSA 1G07A 244LA 1L47A 3FADA 4EKRA 1WTHA 1QT4A 1CTWA 1K28A 1P2LA 1LWKA 1PQDA 1SSYA 1G0LA 1L46A 1XJTA 229LA 233LA 4DJHA 1L03A 3V2WA 1QS5A 1CV3A 181LA 1L22A 125LA 3GUKA 1QUGA 1L93A 236LA 4I7JA 237LA 1L97A 2LZMA 3LZMA 2OE7X 1EPYA 185LA 199LA 1L50A 1XJUA 1C6MA 1LYIA 2F32A 3HT9A 1L75A 3FI5A 3F8VA 144LA 2B6TA 140LA 3C8SA 1PQMA 1JTNA 2HUKA 4EJ4A 189LA 1QTDA 2HUMA 1L14A 1C6GA 3OE6A 1L83A 2B72A 3OE8A 3DKEX 130LA 3HU9A 4W56A 1NHBA 1C6JA 1D3NA 2O79A 1OYUA 1P56A 1CU5A 1TLAA 6LZMA 1B6IA 1LGXA 1QT8A 4ARQA 4OO9A 186LA 104LA 175LA 4W57A 137LA 210LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJ4A 3J4GA 1F0WA 3A8ZA 2RBPA 1CU0A 4I7MA 6LYZA 2MEHA 6LYTA 1LSGA 3GUIA 4BAFA 5J7CA 4PHIA 4I7LA 5DN4A 4E97A 1JJ3A 159LA 2ZWBA 1C66A 2I26L 4H8YA 4J1BA 5KKIA 1G1WA 4IASA 7LZMA 4GCDA 4B4EA 4R6CA 5L3HA 3A6BY 1IOSA 1JEFA 1IC5Y 3E3DA 1IOCA 3RUNA 4YF2A 1FLUA 1YILA 4S0WA 2C8PA 2RBRA 3MGWA 2Z12A 3OE9A 225LA 214LA 1BHZA 1IWUA 2W1MA 3RW8A 2Z19A 5FELA 1OUDA 3CDOA 1LZ1A 3C7YA 3AZ7A 3EMLA 3C8QA 4YM8A 1LYHA 4GCBA 1G0GA 1YANA 1XGQC 4Z98A 1L96A 1LYDA 1BB6A 4DQJA 3SB7A 1FLWA 1T8GA 4YEOA 1DPXA 4C3WA 131LA 1LZAA 4NGWA 4ARPA 239LA 5I4XA 2FYCA 1KY0A 4I7KA 254LA 2XBRA 4B0DA 4P2EA 1YAMA 1L81A 4GN5C 102LA 4NG8A 1GFAA 3RT5X 2BQJA 5KXLA 1OUJA 4BADA 1L13A 1QTHA 134LA 1SQ2L 5DN5A 1VDTA 3W6CA 1B5YA 1D3MA 2B5ZA 2LZTA 143LA 1L43A 3HUQA 1L62A 1LZNA 1L05A 1OVKA 1CKFA 1OUGA 1IP1A 9LYZA 4Z3MA 1KY1A 3CSRA 4KT3A 2RAZX 1G7IC 1SWYA 1C6LA 2XJWA 4N9RA 2MEEA 5LXWA 114LA 1N4FA 2X0AA 213LA 1AT5A 4DYGA 1TDYA 2A7DA 1DPWA 1QUHA 4W52A 1WTMA 1GFEA 1GE1A 2D4IA 2F2QA 2BQMA 5IELA 3G3XA 241LA 1WVVA 3HU8A 1B9OA 1PQJA 1L26A 1LZEA 1GB8A 1LKRA 3LZTA 5FHWA 148LE 1LSZA 1NWGA 1P64A 1C6CA 4HTKA 3ULRA 1NMMA 2B74A 5ILCA 1SLYA 226LA 3C82A 1NDMC 2OTZX 1TBYA 2HEAA 3ZVQA 1C67A 1KXWA 4DDCA 3GULA 1D2YA 2W1YA 1C6BA 3ZEKA 3QAKA 1OUEA 2Q0MX 5F81A 4OWCA 4W55A 3G3VA 5KY1A 1LJJA 1HNLA 1L90A 1SSWA 3W3EA 3A91A 2MEGA 2ZQ3A 4OOOA 1I20A 3ODUA 1GEVA 2Z18A 1PQOA 1HF4A 5HMJA 2B70A 193LA 4AQNA 139LA 3OJPA 1ZVHL 1L55A 5LVGA 1GF0A 1L28A 2CDSA 1IWYA 1RFPA 1GPQC 207LA 1YL1X 1T97A 1SX7A 1IP5A 2XQOA 108LA 211LA 170LA 2HU1A 4AXTA 4EPFA 1HENA 2F4GA 1KNIA 2ZNWY 1C6TA 1GFJA 5I4YA 1GE2A 4M6DA 1LHJA 1QTEA 2BQBA 1YAPA 2NTGA 1L09A 171LA 1UIGA 4U3XB 3AZ6A 2FYDA 111LA 1DZBX 2BLYA 4HV1A 1GB9A 4ZEEA 1QTCA 4NGIA 1DKJA 1L41A 1QS9A 4XENA 3WYHA 5LINA 1PS5A 3CSQA 1G7LC 1L20A 1L01A 4II8A 3CT5A 147LA 3B0OA 1GFUA 2CJLA 1T8AA 1CV1A 3D4SA 1JITA 1LMNA 1GF6A 1GF9A 1LHHA 3AJNA 4XADA 3IJUA 4H91A 4DDAA 4H93A 1C10A 5K7OA 1L74A 4ETAA 2ZNXY 1LJIA 1YAQA 3HT8A 4UWUA 1WQQA 4NSHA 7LYZA 1GDXA 1L25A 3NY9A 2F4AA 2LYMA 128LA 1JSFA 1F10A 3TXFA 1E8LA 5KXXA 4ARJA 1C60A 2EPEA 4W96A 1UA6Y 4BS7A 1DYCA 2BQOA 1GB2A 4WM2A 3BKHA 1GBZA 2VB1A 5FCPA 2I25L 2BQNA 1J1XY 4ZFPA 3A94A 4OOTA 4ET9A 1LZTA 1L47A 3FADA 4DWXA 3M18B 1CTWA 2IGCA 2LYZA 1PQDA 1XJTA 229LA 3EXDA 1L22A 1LMAA 1FN5A 1L97A 5KXTA 4CHXA 3HFMY 4LFXA 3HT9A 1LJKA 3FI5A 3A3QA 140LA 1EQEA 3TXIA 1OUBA 3W6BA 1HEQA 3G3BB 2HUKA 1C08C 2YBHA 189LA 1AZFA 1QTDA 5LVHA 2HUMA 1C6GA 3OE6A 1OUAA 3EO5A 1LKSA 4WLYA 3HU9A 4W56A 1NHBA 2HECA 1LHKA 3B0IA 4O34A 4OO9A 3WUNA 137LA 3HBHA 1OUCA 1TEWA 2EIZC 4NHQA 118LA 103LA 4HTNA 4RW2A 1FLYA 1LZ9A 4H94A 2C8OA 4DD3A 1HEMA 1XGRC 1LI6A 5APCA 4GCEA 1T8FA 1JTOL 1GE3A 1GB0A 1L12A 4I0CA 4HPEA 5APFA 1IOQA 215LA 1UIFA 1B7RA 2HEFA 1C6NA 1BB4A 1FKQA 1L65A 190LA 1WQRA 1QSQA 235LA 2ZIKA 1VEDA 3TXGA 2HEDA 3AGHA 3HDFA 1CJ7A 1GE4A 1CUPA 1CUQA 4I7PA 2B6XA 3LYMA 1QT3A 4NGLA 4M4OA 4D9ZA 1GD6A 2HULA 1CKHA 4B49A 5IHGA 2XTHA 1XGTC 1WQPA 1LW9A 4HV2A 1GB7A 212LA 1L04A 2Q9EA 3B0KA 2F47A 4NSIA 5B1GA 2QARC 1CKDA 3C83A 2Z37A 1W6ZA 3IWRA 135LA 168LA 4NGOA 5FDJA 3DN4A 3CT1A 155LA 1C45A 1L02A 2RB1X 2I6ZA 1B5XA 1C6PA 1G7HC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LJ4 A;  3J4G A;  1F0W A;  3A8Z A;  2RBP A;  1CU0 A;  4I7M A;  6LYZ A;  2MEH A;  6LYT A;  1LSG A;  3GUI A;  4BAF A;  5J7C A;  4PHI A;  4I7L A;  5DN4 A;  4E97 A;  1JJ3 A;  159L A;  2ZWB A;  1C66 A;  2I26 L;  4H8Y A;  4J1B A;  5KKI A;  1G1W A;  4IAS A;  7LZM A;  4GCD A;  4B4E A;  4R6C A;  5L3H A;  3A6B Y;  1IOS A;  1JEF A;  1IC5 Y;  3E3D A;  1IOC A;  3RUN A;  4YF2 A;  1FLU A;  1YIL A;  4S0W A;  2C8P A;  2RBR A;  3MGW A;  2Z12 A;  3OE9 A;  225L A;  214L A;  1BHZ A;  1IWU A;  2W1M A;  3RW8 A;  2Z19 A;  5FEL A;  1OUD A;  3CDO A;  1LZ1 A;  3C7Y A;  3AZ7 A;  3EML A;  3C8Q A;  4YM8 A;  1LYH A;  4GCB A;  1G0G A;  1YAN A;  1XGQ C;  4Z98 A;  1L96 A;  1LYD A;  1BB6 A;  4DQJ A;  3SB7 A;  1FLW A;  1T8G A;  4YEO A;  1DPX A;  4C3W A;  131L A;  1LZA A;  4NGW A;  4ARP A;  239L A;  5I4X A;  2FYC A;  1KY0 A;  4I7K A;  254L A;  2XBR A;  4B0D A;  4P2E A;  1YAM A;  1L81 A;  4GN5 C;  102L A;  4NG8 A;  1GFA A;  3RT5 X;  2BQJ A;  5KXL A;  1OUJ A;  4BAD A;  1L13 A;  1QTH A;  134L A;  1SQ2 L;  5DN5 A;  1VDT A;  3W6C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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