246LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLANQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 246lA00
209LA 1L40A 2RH1A 228LA 4DKLA 3CDRA 215LA 4I7QA 1C6BA 1C68A 3SB9A 1G1WA 1PQMA 3SBBC 4W56A 3DMXA 1L05A 1CU6A 1LI6A 1QT4A 160LA 256LA 1L13A 1QTBA 1CX6A 3GUKA 1L12A 174LA 1L41A 1L08A 1QS5A 1C6CA 226LA 1PQKA 1G0PA 3C7WA 1G1VA 1P7SA 3HH6A 1C6IA 3L2XA 3C83A 251LA 144LA 1P37A 3F9LA 1L67A 3DKEX 1PQOA 252LA 3OE0A 3CDQA 1LLHA 210LA 4PK0A 128LA 3GULA 1L42A 2B6XA 1CV0A 1B6IA 222LA 1QUHA 178LA 168LA 3OE8A 2RBSA 4GBRB 248LA 1L83A 259LA 216LA 142LA 1L99A 2RBOA 118LA 3D4SA 1L18A 254LA 261LA 4E97A 4I7PA 3HH4A 1DYBA 163LA 1SX7A 143LA 1L0KA 1L69A 1L25A 1OVKA 1L32A 4I7LA 1XJUA 1XEPA 1OYUA 1QTCA 2RBNA 2HUMA 3UONA 1L28A 1L33A 230LA 3G3XA 1CU3A 1LYJA 243LA 181LA 3RUNA 131LA 190LA 1L01A 2ANXA 1LWGA 1P3NA 4EXMA 1P56A 1KW5A 3HT6A 4EJ4A 152LA 1L39A 1DYEA 1L44A 1CU5A 1L11A 177LA 171LA 3V2YA 2ANVA 1D3NA 1QUOA 1L64A 1D2YA 3CDTA 1D2WA 4W52A 1L81A 141LA 253LA 1LI2A 2CUUA 2IGCA 1D3JA 3C8RA 4YXAC 2O4WA 1OWZA 1PQJA 1L55A 1L22A 1G0GA 4ARQA 1L19A 1L36A 5I14A 2O7AA 2OE9X 2B70A 3SN6R 4I7NA 1KNIA 1WTHA 4EPIA 2B6WA 213LA 199LA 3L64A 1CTWA 3GUNA 6LZMA 1CUQA 246LA 2L78A 1L73A 4W51A 4AQNA 122LA 1L85A 1L56A 3CDVA 1OVHA 1L27A 1L00A 3G3VA 113LA 1L84A 1CU2A 244LA 1L49A 1OV7A 3HTDA 1P36A 1G0KA 3GUOA 114LA 184LA 1L37A 2B7XA 161LA 217LA 1T8AA 237LA 3GUIA 195LA 1QT6A 173LA 140LA 1QTHA 1C6KA 3HH5A 1C6AA 4DAJA 1QUGA 4LDLA 4W54A 4ZPUA 1OV5A 200LA 1DYFA 1ZWNA 1L92A 1L47A 147LA 4YX7C 185LA 233LA 3HWLA 120LA 1LYIA 1C69A 107LA 1DYGA 109LA 1CV6A 206LA 1L15A 1L88A 1L04A 2LCBA 149LA 1QT7A 3HT7A 104LA 3PDSA 3FI5A 4EKSA 110LA 1C6DA 4EPFA 1LYDA 164LA 1DYDA 1C6PA 2RAYX 1C6JA 1SWYA 1C6GA 1C63A 219LA 2OEAX 1PQIA 123LA 211LA 1OWYA 169LA 1D3MA 162LA 125LA 3DN4A 1LGXA 1JQUA 2QARC 112LA 1SSYA 3PBLA 3C7ZA 165LA 1CV1A 227LA 2B73A 3HT9A 4I7JA 242LA 1T97A 1L20A 2B6TA 3DMVA 1SSWA 3VW7A 196LA 201LA 1C6FA 126LA 2OU8A 157LA 1C61A 4I7MA 1QTZA 3HUAA 260LA 3HU9A 172LA 2F2QA 197LA 1L60A 258LA 3SB6A 2RBRA 1CVKA 4I7OA 4OO9A 3C82A 3DN6A 4EKQA 4IAPA 3C8SA 224LA 7LZMA 1QTDA 231LA 3HU8A 2OTZX 3ODUA 1L59A 3HH3A 1QT3A 1L38A 221LA 137LA 1L90A 4ARJA 1L58A 1DYCA 3HTFA 4EKPA 1L71A 2HUKA 108LA 159LA 180LA 2B75A 4ARLA 2NTGA 167LA 4ARMB 223LA 4PJZA 1L48A 130LA 1L24A 1L50A 239LA 145LA 1P64A 1L52A 1L54A 170LA 1C66A 1C67A 1L57A 150LA 1L30A 1LI3A 1JTNA 1LGUA 3FADA 4K5YA 1L46A 4EKRA 2HULA 175LA 1G0JA 1KY1A 2Z6BA 1L29A 3HUKA 1P2LA 3SBAA 1L72A 1P2RA 2F32A 4LZMA 5LZMA 220LA 229LA 232LA 1L16A 4S0WA 2RB1X 1L07A 1L17A 3LZMA 2LC9A 2F47A 3EMLA 3HTBA 198LA 4W59A 1LPYA 1LYEA 1QT5A 1L53A 1L76A 1L03A 4W53A 1C6NA 240LA 4W57A 2A4TA 1CX7A 1L80A 1NHBA 1G0LA 1L98A 1L62A 4I7SA 247LA 2B74A 212LA 205LA 1L23A 1QS9A 1L77A 1L96A 3HTGA 1L97A 1D9WA 1L79A 1L26A 3HUQA 241LA 2Q9DA 3CDOA 1L94A 2Q9EA 3SB8A 1C6QA 262LA 1L45A 119LA 1QUDA 3GUPA 2RB0X 155LA 102LA 3OE9A 1L70A 103LA 1G07A 249LA 3F8VA 182LA 1L65A 1CV4A 1L66A 2RBQA 3GUMA 1XJTA 115LA 1L06A 3G3WA 1C60A 4DJHA 1LW9A 1C6MA 1D3FA 3RZEA 111LA 1C62A 1L21A 1ZURA 245LA 1DYAA 1L02A 3C80A 1KY0A 1L10A 148LE 218LA 1JTMA 2OE4X 4I7RA 1QSBA 2OTYX 1L61A 3HDEA 4I7KA 1L89A 1L93A 1L86A 166LA 3GUJA 4W55A 146LA 1G06A 191LA 3C81A 186LA 2B72A 1L09A 3HT8A 1CV3A 4ARPA 187LA 1L95A 250LA 2QB0B 4ARQB 139LA 2OE7X 156LA 192LA 3NY9A 1CUPA 1C6TA 2O79A 4W58A 1C6EA 1K28A 3DN2A 235LA 3C8QA 1CV5A 3DMZA 1L0JA 129LA 1C6HA 4LDEA 4LDOA 1LYGA 1LGWA 3DN8A 1C65A 1P6YA 1L82A 1T8FA 1SX2A 1L14A 2RBPA 257LA 1I6SA 3K2RA 1T8GA 1L43A 1P5CA 1L75A 4YXCA 189LA 1G0MA 1SWZA 1G0QA 1ZYTA 214LA 1KS3A 1L51A 3V2WA 1L91A 1L68A 1QT8A 3DN3A 3HDFA 2NTHA 1L63A 2LZMA 151LA 188LA 1T6HA 2B6YA 3QAKA 3DNAA 4I7TA 1LYHA 1KW7A 3SB7A 3NYAA 1CU0A 4GRVA 176LA 1L34A 3OE6A 1L31A 1L87A 1C64A 3NY8A 3DN1A 255LA 127LA 1TLAA 2RB2X 225LA 2RAZX 1P46A 138LA 3FA0A 1L35A 236LA 1L74A 3JR6A 1LWKA 234LA 3SB5A 2B6ZA 1OVJA 1PQDA 3DN0A 2OU9A 1QSQA 1C6LA 1QTVA 4ARMA 238LA 158LA 183LA 1LYFA 3C7YA 2OU0X 1EPYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B4IA 1L40A 2RH1A 1AT6A 2LZTA 215LA 3SP3A 2Z2FA 1IWUA 3RU5A 1IC7Y 1I20A 3P68A 4DQJA 3SBBC 2ZYCA 1CU6A 1QT4A 1FBIX 1L13A 4NGIA 1LSGA 1HFYA 1L41A 4P2EA 1WQNA 4IATA 226LA 1G1VA 1FDLY 1B5UA 251LA 4H9CA 4TUNA 3DKEX 3OE0A 4H93A 3CDQA 2B6XA 1LSBA 1LJJA 178LA 1UACY 3OE8A 1TEWA 2GV0A 1NBZC 1L83A 4H91A 2RBOA 1LPIA 1BWIA 3D4SA 1L18A 1YAMA 254LA 261LA 4NHTA 4E97A 4I7PA 4RW2A 1YAPA 163LA 3ZVQB 1QTEA 3WXUA 1G7IC 1LSMA 1B7LA 1XJUA 1KXWA 1DI5A 1GD6A 230LA 2CJLA 181LA 1RJCB 190LA 2ANXA 1LWGA 3AW6A 3CT5A 1KW5A 3HT6A 152LA 1CU5A 1L11A 1GB7A 1LMOA 1W08A 5M1YA 4KT3A 1D2YA 3CDTA 1D2WA 1OP9B 1L81A 141LA 1LZDA 3LYMA 1D3JA 3C8RA 4YXAC 1LOZA 4ARQA 2DQJY 4NGZA 5KY1A 3AZ5A 3AGIA 3WU7A 3W6EA 4EPIA 1FLQA 2B6WA 4WG7A 1CTWA 3CSZA 1G7HC 5IHGA 1IP6A 4W51A 2RSCA 5APDA 4AQNA 4WG1A 1L85A 1L56A 3CDVA 1L27A 1L00A 1HF4A 3HBHA 244LA 4GCFA 2I26L 1LSFA 1G0KA 6LYTA 184LA 1LHIA 1PZYA 217LA 1T8AA 1QSWA 3CT0A 4E3UA 1YAQA 3GUIA 195LA 4AGAA 1BWJA 1AT5A 173LA 4LYCA 1WQOA 1C6KA 4WL6A 4OWBA 5I5QA 1IIZA 1ZWNA 1GB8A 3N9AA 4N8ZA 1LSPA 120LA 2G4PA 4I0CA 3A34A 1LJEA 4DDBA 3HT7A 1LZEA 4PJ2C 3P66A 5KXNA 5FSTA 4HSFA 2Q0MX 2Y8PA 3BKHA 5B06A 1GBXA 4NFVA 1D6PA 1DYDA 2HU1A 1C6PA 1C6JA 1C6GA 1E8LA 4B1AA 211LA 4XADA 1OWYA 1RFPA 1LGXA 112LA 3PBLA 3A96A 165LA 1CV1A 4KPMA 242LA 3N9EA 1L20A 3TXBA 4NHIA 4LYMA 1SSWA 1IC4Y 3WVYA 2YBMA 4YM8A 4I7MA 1QQYA 4UWUA 1LJGA 4CHXA 1L60A 5HNCA 3AZ7A 258LA 4EMNA 3SB6A 4ML7A 1BVKC 4OO9A 1LHKA 1KIPC 1JTTL 3RZ4A 3WPLA 3ODUA 2Z19A 4M4OA 1EQ5A 1VDTA 1L58A 1DYCA 4QDNA 1L71A 1KIRC 2B75A 2C8OA 2EIZC 1HNLA 3HBDA 4PJZA 3LZTA 5I54A 5A3ZA 3TMVA 4GCEA 3TXGA 150LA 1LI3A 2BQLA 3FADA 1G7MC 1L46A 2HULA 4XJDA 4DYGA 2DKVA 2Z6BA 1P2LA 3SBAA 1L72A 5LZMA 4B4JA 229LA 232LA 4O34A 4S0WA 2HEEA 3EMLA 4B0DA 5L3HA 2Z18A 4NHPA 3RNXA 5KXTA 2DQDY 2YBNA 4C5FA 3W6DA 1L76A 2MEIA 4W53A 240LA 4OWCA 2A4TA 4NG1A 1NHBA 1G0LA 1L98A 2MEHA 1JTPL 3WUAA 1LHJA 4LYOA 1LZ8A 1IR7A 2Z38A 3CDOA 194LA 2F4GA 2Q9DA 1DXJA 3SB8A 1UA6Y 1BB6A 2X0AA 2YBIA 4TTDA 4HJVA 1GE4A 2BQKA 5F14A 3CSRA 3F8VA 1IX0A 1L65A 3B0OA 1L06A 5LA8A 3TXKA 1RI8B 1C6MA 1D3FA 1GXV2 1GFRA 3RZEA 1QDTA 4ETEA 1ZURA 245LA 4DD1A 1DYAA 1L02A 1QUTA 4NSHA 5HNLA 1L61A 4RLMA 1MELL 4GLAA 5D5FA 3A95A 1GB9A 191LA 1VDSA 186LA 2B72A 4MR1A 1L09A 4ET8A 4ARPA 1GAZA 4ARQB 3A90A 192LA 3NY9A 2O79A 4HPIA 1XGPC 4W58A 2A7DA 3P65A 3DMZA 4LDEA 1UIFA 1LYGA 1LSEA 1GXXA 1LZYA 4NGWA 1VAUA 1L14A 4OW1A 1I6SA 1IWYA 4GN3A 1T8GA 1XGQC 1G0MA 1ZYTA 5C6IA 214LA 1KS3A 3AYQA 1IOSA 3V2WA 1NMMA 1YQVY 1IOQA 1Z55A 1LSYA 1KXXA 3M18B 1YIKA 1T6HA 1BWHA 3DNAA 3QNGA 4WOAA 5LAGA 4QEQA 1CU0A 1HEWA 4RDSA 2YSSC 3TXFA 3IJUA 1GFAA 2RAZX 4C3WA 1P2CC 5I53A 1B5YA 4HJYA 1L35A 1IC5Y 3A94A 1TCYA 1REYA 2I25L 4NGVA 4ARMA 1LYFA 1REXA 3QE8A 1EPYA 1GF3A 209LA 5KXZA 4DQ5A 1AM7A 4BADA 4PHIA 1C6BA 5ILFA 3SB9A 1ALCA 1OQMA 1UUZC 3LN2A 4PPOA 4ANRA 3DMXA 2BQMA 1LI6A 160LA 5LYTA 1OUCA 5FCPA 1QS5A 4OOOA 1C6CA 4IJ4A 1XEJA 1G0PA 4II8A 3C7WA 4QGZA 3HH6A 3C83A 1F6SA 144LA 1P37A 1PQOA 3GULA 2LYZA 1CV0A 1B6IA 1C43A 2BQOA 1HFXA 1OUAA 3AJNA 5K7OA 216LA 1L99A 118LA 1LSZA 1NQIA 3HH4A 1B2KA 1DYBA 2ZQ3A 143LA 1L0KA 154LA 1L69A 3LYOA 4XYYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4B4I A;  1L40 A;  2RH1 A;  1AT6 A;  2LZT A;  215L A;  3SP3 A;  2Z2F A;  1IWU A;  3RU5 A;  1IC7 Y;  1I20 A;  3P68 A;  4DQJ A;  3SBB C;  2ZYC A;  1CU6 A;  1QT4 A;  1FBI X;  1L13 A;  4NGI A;  1LSG A;  1HFY A;  1L41 A;  4P2E A;  1WQN A;  4IAT A;  226L A;  1G1V A;  1FDL Y;  1B5U A;  251L A;  4H9C A;  4TUN A;  3DKE X;  3OE0 A;  4H93 A;  3CDQ A;  2B6X A;  1LSB A;  1LJJ A;  178L A;  1UAC Y;  3OE8 A;  1TEW A;  2GV0 A;  1NBZ C;  1L83 A;  4H91 A;  2RBO A;  1LPI A;  1BWI A;  3D4S A;  1L18 A;  1YAM A;  254L A;  261L A;  4NHT A;  4E97 A;  4I7P A;  4RW2 A;  1YAP A;  163L A;  3ZVQ B;  1QTE A;  3WXU A;  1G7I C;  1LSM A;  1B7L A;  1XJU A;  1KXW A;  1DI5 A;  1GD6 A;  230L A;  2CJL A;  181L A;  1RJC B;  190L A;  2ANX A;  1LWG A;  3AW6 A;  3CT5 A;  1KW5 A;  3HT6 A;  152L A;  1CU5 A;  1L11 A;  1GB7 A;  1LMO A;  1W08 A;  5M1Y A;  4KT3 A;  1D2Y A;  3CDT A;  1D2W A;  1OP9 B;  1L81 A;  141L A;  1LZD A;  3LYM A;  1D3J A;  3C8R A;  4YXA C;  1LOZ A;  4ARQ A;  2DQJ Y;  4NGZ A;  5KY1 A;  3AZ5 A;  3AGI A;  3WU7 A;  3W6E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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