247LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKAKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 247lA00
1L41A 1L99A 157LA 3HWLA 1SWZA 1CV3A 1EPYA 1L93A 1QTHA 244LA 1KS3A 111LA 1C68A 1P5CA 1LWKA 3C7YA 1L62A 1C69A 1L69A 3HT9A 3GULA 231LA 3C8QA 225LA 176LA 1L72A 3C7WA 1D2WA 141LA 180LA 1C6MA 3D4SA 1C6LA 1L74A 3DMZA 1L14A 3HH4A 1LYHA 1P37A 219LA 1QUHA 1OVHA 2RAYX 4I7LA 2RBRA 3DN1A 3HDFA 4W55A 1P2LA 3V2YA 1C6NA 3V2WA 167LA 1L17A 3DMXA 4PK0A 185LA 191LA 2LCBA 1L67A 1L86A 239LA 1L40A 3DNAA 261LA 3C7ZA 138LA 1SX7A 236LA 4EPFA 2QARC 4EKSA 1LYJA 189LA 1L15A 1T8AA 1L12A 165LA 1CV6A 260LA 1L48A 1L46A 1L83A 144LA 1OVJA 1C6FA 259LA 4W54A 1L05A 177LA 1L28A 2OTYX 1C67A 1L03A 1QT8A 3GUOA 197LA 1L56A 1C6GA 1L76A 4I7TA 247LA 2OE4X 3HTGA 4YX7C 1DYEA 3GUJA 205LA 2QB0B 122LA 3DMVA 120LA 2OE7X 1L20A 4I7JA 1KY1A 240LA 158LA 3GUNA 3PBLA 4PJZA 159LA 3OE9A 1B6IA 1L75A 226LA 2CUUA 3HTBA 1DYDA 1D2YA 211LA 3PDSA 1CUPA 1P7SA 238LA 127LA 1CU5A 3G3WA 183LA 4W57A 3HTDA 1LLHA 1L64A 253LA 2Q9EA 169LA 2LZMA 4ZPUA 1LPYA 3UONA 4ARLA 1L21A 1CV5A 198LA 1L02A 4I7OA 216LA 1L07A 3HU9A 1CU6A 1KW5A 156LA 2HUKA 190LA 126LA 2LC9A 3G3VA 1L11A 4S0WA 130LA 107LA 4ARQB 4ARJA 2L78A 3K2RA 229LA 250LA 1L45A 1L60A 1KNIA 1T6HA 174LA 1L57A 2OEAX 4I7SA 1JTMA 4I7RA 1QUOA 7LZMA 3HTFA 137LA 181LA 256LA 2Z6BA 3DKEX 4ARQA 3LZMA 1L98A 1L54A 4ARMB 3HT6A 1L29A 227LA 4W56A 3NY9A 1QT7A 1L43A 1L50A 1SSYA 222LA 3C8RA 4E97A 1L87A 1OWZA 3HH6A 152LA 1LYGA 1QT5A 3OE8A 1L06A 2B73A 1L94A 3NYAA 3SB6A 241LA 1DYCA 129LA 4ARMA 3HH5A 149LA 1L35A 145LA 1CU2A 3RUNA 163LA 1L84A 1L36A 262LA 1L22A 246LA 3L64A 2RBNA 2F32A 2B7XA 1L81A 1C6KA 3HH3A 3SB8A 3CDOA 1CU3A 1DYGA 1QS9A 1LI6A 1LYIA 1XEPA 223LA 2NTHA 1CX7A 4YXCA 1L01A 1LI3A 1PQDA 1C61A 1JQUA 228LA 3QAKA 3EMLA 1L30A 1P36A 237LA 2OTZX 3DN8A 1K28A 1L13A 1L27A 128LA 1L25A 4GBRB 1C6QA 1C6PA 1C65A 4EXMA 4OO9A 1L49A 103LA 249LA 3F9LA 1L53A 1L66A 1CV1A 3CDRA 131LA 166LA 2IGCA 1LWGA 1WTHA 1L85A 2B74A 258LA 139LA 2RBSA 1L42A 1OWYA 1L77A 4W53A 3SB5A 1P3NA 3JR6A 1L37A 212LA 162LA 1QUDA 151LA 186LA 1L39A 2RB2X 4DAJA 1L73A 254LA 1G0MA 1L38A 1SX2A 1L79A 1ZWNA 235LA 1CU0A 1D3NA 2O79A 4LZMA 4W51A 206LA 118LA 109LA 4EJ4A 1L92A 220LA 3GUMA 221LA 1L44A 1L52A 1L10A 3VW7A 2RB1X 1OVKA 1P56A 1LYFA 5LZMA 4DJHA 1L04A 213LA 2F2QA 1L70A 1OYUA 4GRVA 3L2XA 3RZEA 2B70A 1C66A 1L61A 1G0LA 1C6IA 1L33A 1C6DA 104LA 3NY8A 1DYBA 1L24A 3SB9A 1QT6A 1QUGA 224LA 2B75A 1C6JA 3DN6A 6LZMA 232LA 2NTGA 1D9WA 1QTBA 1XJUA 125LA 201LA 3G3XA 1L0KA 1QS5A 1LW9A 1C6HA 200LA 1L88A 4IAPA 110LA 1L26A 148LE 155LA 192LA 1QTDA 164LA 3GUPA 1OV5A 3DN3A 196LA 218LA 178LA 1L09A 1G0GA 1G06A 2B6TA 1QT4A 252LA 113LA 1QTCA 3HT8A 3HDEA 1L89A 1OV7A 1L91A 123LA 3HT7A 119LA 1T8FA 2HULA 3ODUA 1C63A 3HUKA 2B72A 1CV4A 1QSQA 1C60A 1L65A 1CUQA 1ZYTA 146LA 1C6CA 1L97A 1XJTA 257LA 4EKQA 3DN0A 3C81A 2B6YA 4YXAC 171LA 1C62A 210LA 1D3MA 4I7NA 3OE0A 242LA 251LA 2Q9DA 1PQIA 1L16A 4K5YA 1P64A 3F8VA 4DKLA 2RAZX 3FADA 3GUIA 1G0JA 245LA 248LA 4AQNA 1LI2A 2ANVA 4I7KA 1L34A 1JTNA 233LA 2RBOA 1SWYA 1KW7A 3CDTA 4W52A 4W59A 2RBQA 3HUAA 1CTWA 1L08A 1LGXA 1L90A 1L96A 2OU0X 2F47A 1D3FA 1L80A 1P2RA 217LA 3C83A 3HU8A 5I14A 184LA 2O7AA 3FA0A 1L82A 230LA 1G1WA 1NHBA 4I7MA 1DYAA 1D3JA 3DN4A 4EKRA 2B6ZA 1C6TA 1C6BA 150LA 161LA 4EPIA 1QTZA 1C6AA 2ANXA 108LA 188LA 2OE9X 2OU8A 1KY0A 168LA 2OU9A 4I7QA 1L23A 4LDLA 115LA 199LA 2RBPA 243LA 3SBAA 1LYEA 4I7PA 3GUKA 1L0JA 234LA 1L47A 3FI5A 2A4TA 112LA 1QTVA 160LA 3C82A 1T8GA 182LA 1DYFA 1L59A 1LGUA 1PQJA 1PQMA 170LA 172LA 175LA 1CX6A 2B6WA 1QT3A 3CDVA 1L55A 147LA 1G0PA 195LA 1L32A 2O4WA 187LA 1LGWA 255LA 1L19A 1C64A 1L71A 1TLAA 3SBBC 4EKPA 1L31A 1T97A 215LA 1P6YA 1CV0A 4W58A 2B6XA 1QSBA 1C6EA 3SN6R 2RB0X 2RH1A 3CDQA 102LA 3C8SA 1L58A 209LA 1LYDA 1CVKA 1SSWA 3SB7A 3OE6A 1ZURA 1PQOA 3DN2A 3C80A 4ARPA 1L63A 1I6SA 3HUQA 114LA 1L95A 140LA 142LA 1L68A 4LDOA 1G0KA 2HUMA 1P46A 143LA 1G1VA 173LA 214LA 4LDEA 1L51A 1PQKA 1L00A 1G0QA 1G07A 1L18A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BHZA 1F10A 1GF5A 3HWLA 1SWZA 1CV3A 2LYZA 1L93A 1P5CA 5HMVA 1RJCB 1LWKA 3C7YA 1L62A 4OWEA 3C8QA 225LA 1WTMA 3BKVA 1I20A 1L74A 1LHJA 1IC7Y 1L14A 3WVXA 219LA 4I7LA 1B7QA 3HDFA 1C6NA 167LA 4EOFA 1B7NA 3DMXA 3AYQA 1L86A 239LA 3AB6A 4EPFA 4EKSA 1L12A 1HMKA 260LA 4H93A 4M4OA 1UIBA 1L46A 4B1AA 1C6FA 4W54A 1WTNA 1AM7A 1PZYA 1C6GA 3AZ5A 4I7TA 2OE4X 1GBWA 5B1FA 3GUJA 1B5WA 5ILCA 4GN4A 4I7JA 1SLYA 4I8SA 3PBLA 159LA 1BB7A 1GBXA 2CUUA 1B5VA 3HTBA 3W6AA 4G4HA 4RW2A 3PDSA 5APFA 1WQOA 1CU5A 2W1LA 1YAMA 1LZ4A 3G3WA 4Z46A 3FE0A 169LA 2DQDY 1JKCA 1MLCE 1YAOA 2LZ2A 1L02A 4NGOA 1BWJA 1L07A 1YAPA 4WL7A 1CU6A 2LC9A 130LA 4WO9A 107LA 229LA 2Z12A 1L60A 1T6HA 1IVMA 4WM1A 2OEAX 1IX0A 4OOOA 1QUOA 2HECA 3HFMY 3N9CA 2Z6BA 2ZIJA 3DKEX 1L98A 1WQNA 4H91A 1OUEA 3HT6A 4J1BA 1VDPA 1J1XY 4TTDA 1LHMA 3TXHA 3GXRA 1B5XA 2BQMA 4MSTA 5LVIA 1L87A 152LA 1LYGA 1NWGA 5APCA 1L94A 3NYAA 3SB6A 129LA 5L3HA 149LA 3D3DA 3WW6A 3B0OA 3EXDA 1CU2A 262LA 5L9JA 1L22A 3EBAB 4ANRA 1FLUA 2RBNA 5L3IA 3A94A 3HH3A 4RW1A 2A7DA 1CU3A 3LN2A 3A34A 7LYZA 1B5ZA 2XBSA 1BB5A 4BS7A 4KXIA 2FYCA 3WXUA 1P36A 2DQIY 3DN8A 3G3AB 1L25A 4GBRB 4RDSA 1C65A 2NWDX 4OO9A 103LA 3F9LA 1LSNA 1HC0A 1LZ6A 4Z41A 1HSXA 3OK0A 166LA 1LMCA 4GCBA 1VATA 1YQVY 2RBSA 1L77A 1GBOA 1P3NA 4J7VA 1NHEA 4WMGA 4CHXA 4PJ2C 4XJIA 186LA 1GF3A 3TXFA 4H9AA 1L73A 1L38A 4DD3A 1L79A 1UCOA 1UUZC 1D3NA 2Z2EA 118LA 5LAFA 1HFXA 1ZMYL 1OUHA 1L44A 1L10A 2RB1X 1OVKA 1T6VL 2YBIA 213LA 2F2QA 1OYUA 3HBDA 1DQJC 5A3EA 5KXSA 1YROA 3RZEA 1GB7A 1L61A 1G0LA 1C6IA 1C6DA 104LA 1OUFA 4ML7A 4ETAA 3SB9A 4N1EI 1ALCA 1QT6A 224LA 4NGVA 1DKJA 4H8XA 3DN6A 4NSIA 232LA 5KXOA 1D9WA 1L0KA 1C6HA 1LZ1A 4LYBA 1LZAA 3W6FA 148LE 1IOQA 1IC5Y 3GUPA 4DWXA 3DN3A 1UIDA 2MEGA 1G0GA 3AZ4A 4PPOA 1G06A 1HF4A 4H9BA 252LA 113LA 4OOTA 1LHIA 2AUBA 2MEBA 4LT1A 4WO6A 5DL9A 5IELA 1WQRA 5D5CA 1IP5A 1GB2A 2W1MA 2HTXA 3CT0A 1LJHA 4DDAA 4C5FA 1QSWA 1JJ0A 1J1PY 2DQJY 5AMYA 1D3MA 3OE0A 1IIZA 1PQIA 4DDBA 4DKLA 1LSYA 3GUIA 3ZEKA 2A7FA 2RBOA 1YL1X 3TXBA 4W52A 1GBYA 1B7SA 4NG1A 1HEMA 1GBSA 3ZVQA 4RLMA 1JIYA 4ET9A 1LGXA 4U3XB 1L96A 1D9UA 4II8A 1L80A 3C83A 1KIQC 184LA 1IY3A 2O7AA 1BB4A 2ZWBA 1NHBA 1GF7A 1C6TA 5I4WA 1QTZA 4H94A 5KKIA 1C6AA 108LA 188LA 1CJ6A 1KY0A 1FBIX 4NGZA 4TWSA 2W1XA 168LA 2OU9A 1GAYA 2EIZC 4NGLA 1LMPA 1L23A 2BQHA 1NBZC 2LHMA 4XJGA 4OWCA 1L0JA 2C8OA 3C82A 1JKBA 182LA 4NFVA 1LGUA 4N5RA 1PQMA 170LA 172LA 2B6WA 5DLAA 5HMJA 2O4WA 3AGIA 1B7RA 4BAPA 187LA 1LGWA 4WOAA 1L19A 1L31A 1YKXX 3LYTA 1REZA 1QSBA 3P65A 2HEDA 4WLTA 4ETBA 1UIHA 1G7IC 1CJ8A 1HENA 1LJ3A 3C8SA 1L58A 1RE2A 1LSMA 1EQ5A 1SSWA 1VDTA 3WYHA 3SB7A 3OE6A 1ZURA 3DN2A 4ARPA 114LA 1CJ7A 6LYTA 4LDEA 1L51A 4YXCA 1LJFA 1G07A 5I5QA 2H5ZA 1L41A 5LXWA 1C08C 2XTHA 1LZSA 1LJEA 4XADA 1JITA 1C69A 1L69A 5E9RA 2ZIKA 1HEPA 176LA 1L72A 3C7WA 141LA 3D4SA 1C6LA 1WQQA 1P37A 1QUHA 4XENA 2RAYX 3DN1A 1P2LA 5LA5A 1L67A 1FLWA 1C45A 1L40A 3DNAA 4H8YA 3C7ZA 1QUSA 1LYJA 4WL6A 2F2NA 2F4AA 2BLXA 165LA 1REMA 2LYMA 3B0IA 1L48A 2MEFA 1SQ2L 2G4NA 3OJPA 144LA 1CKHA 1CKFA 1L28A 1YILA 1C67A 2Z38A 3GUOA 5FHWA 5KXMA 5KXLA 1LZDA 4YEMA 2Z37A 3HTGA 4YX7C 3WW5A 205LA 3DMVA 120LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BHZ A;  1F10 A;  1GF5 A;  3HWL A;  1SWZ A;  1CV3 A;  2LYZ A;  1L93 A;  1P5C A;  5HMV A;  1RJC B;  1LWK A;  3C7Y A;  1L62 A;  4OWE A;  3C8Q A;  225L A;  1WTM A;  3BKV A;  1I20 A;  1L74 A;  1LHJ A;  1IC7 Y;  1L14 A;  3WVX A;  219L A;  4I7L A;  1B7Q A;  3HDF A;  1C6N A;  167L A;  4EOF A;  1B7N A;  3DMX A;  3AYQ A;  1L86 A;  239L A;  3AB6 A;  4EPF A;  4EKS A;  1L12 A;  1HMK A;  260L A;  4H93 A;  4M4O A;  1UIB A;  1L46 A;  4B1A A;  1C6F A;  4W54 A;  1WTN A;  1AM7 A;  1PZY A;  1C6G A;  3AZ5 A;  4I7T A;  2OE4 X;  1GBW A;  5B1F A;  3GUJ A;  1B5W A;  5ILC A;  4GN4 A;  4I7J A;  1SLY A;  4I8S A;  3PBL A;  159L A;  1BB7 A;  1GBX A;  2CUU A;  1B5V A;  3HTB A;  3W6A A;  4G4H A;  4RW2 A;  3PDS A;  5APF A;  1WQO A;  1CU5 A;  2W1L A;  1YAM A;  1LZ4 A;  3G3W A;  4Z46 A;  3FE0 A;  169L A;  2DQD Y;  1JKC A;  1MLC E;  1YAO A;  2LZ2 A;  1L02 A;  4NGO A;  1BWJ A;  1L07 A;  1YAP A;  4WL7 A;  1CU6 A;  2LC9 A;  130L A;  4WO9 A;  107L A;  229L A;  2Z12 A;  1L60 A;  1T6H A;  1IVM A;  4WM1 A;  2OEA X;  1IX0 A;  4OOO A; 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