248LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTAGAGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 248lA00
107LA 4PJZA 1KY0A 252LA 5LZMA 1L31A 143LA 152LA 1L28A 1L69A 1P3NA 1L08A 1KNIA 144LA 4ARJA 182LA 162LA 2L78A 1L05A 3K2RA 3NYAA 1KS3A 1PQDA 1CV0A 127LA 3RUNA 4GRVA 3C83A 3HU9A 1DYFA 177LA 2OTYX 1QUGA 1L04A 3L64A 1L56A 1B6IA 239LA 1L00A 4I7KA 3GUPA 2RAZX 1L75A 2OE7X 1CV3A 1L83A 4W58A 1QT3A 190LA 1DYDA 1L40A 1DYEA 4W51A 3OE6A 1CU6A 1CV4A 223LA 3HTDA 1L17A 4EJ4A 4I7PA 4W59A 1L38A 180LA 1QTCA 3DN1A 4LDLA 3UONA 1L68A 2F32A 138LA 3HT8A 1L14A 1L61A 1L64A 1PQMA 1C60A 3F9LA 3GUMA 2B6XA 5I14A 1SSYA 1L15A 3C8SA 230LA 1C66A 3EMLA 3GUNA 166LA 1L95A 1CUQA 222LA 2B6WA 3HDEA 229LA 3DN4A 224LA 3DKEX 3HTGA 1L34A 1OWZA 3SN6R 3CDVA 1C63A 2OE4X 1G1WA 173LA 4LDEA 214LA 1NHBA 1L02A 2RBOA 4I7NA 1L0KA 1C6PA 3SBBC 1L45A 178LA 1OV7A 3HT6A 1C68A 1T8FA 1QTHA 4W52A 4W56A 3C8RA 1KW7A 201LA 1L22A 172LA 1L32A 1L21A 4W57A 3GUOA 155LA 2RBRA 4YX7C 1D3MA 1SWYA 238LA 1L07A 218LA 1P56A 232LA 4EKPA 1L62A 1L77A 3F8VA 1PQJA 167LA 1C6NA 1L36A 3CDOA 3FA0A 3NY9A 1PQKA 1L58A 4DKLA 3C82A 2RBQA 1C6IA 2IGCA 1L93A 2O4WA 148LE 1WTHA 1LYFA 2RBSA 175LA 3SB5A 200LA 104LA 1L03A 1LYDA 1C65A 1C69A 2B6ZA 1CTWA 1T8AA 1I6SA 3DN0A 1L51A 2RH1A 259LA 146LA 1LI6A 2ANVA 118LA 3CDQA 163LA 2OE9X 147LA 1QSBA 2Q9DA 1OV5A 2LZMA 1C67A 4ARLA 4PK0A 1D2YA 1PQIA 4GBRB 2CUUA 250LA 262LA 1P6YA 1G0MA 1L19A 1L44A 1LI3A 3DMZA 1QT6A 1L76A 2B74A 186LA 1TLAA 2HULA 3GUIA 4E97A 1QUOA 248LA 1L06A 1L94A 4AQNA 4EPFA 112LA 126LA 189LA 185LA 192LA 3DN2A 1OYUA 1QTZA 226LA 3HWLA 219LA 3C7WA 1L13A 1CV1A 1L87A 1L43A 1LGWA 1D3NA 4ARQB 1C6GA 3SB7A 184LA 1JTNA 1L09A 141LA 158LA 1P46A 1QT7A 1L50A 111LA 2RB0X 187LA 1L12A 2B75A 103LA 1L60A 109LA 1L85A 2B6YA 3HH4A 1G1VA 3GUJA 3HT7A 149LA 113LA 1LGUA 1QSQA 237LA 256LA 2OEAX 231LA 1XJTA 221LA 216LA 1P37A 1L84A 1L33A 1LI2A 1C6EA 176LA 4I7MA 3SB8A 240LA 4EKQA 2A4TA 1L35A 1C6CA 1C6TA 227LA 4I7OA 1L99A 191LA 1ZYTA 206LA 212LA 4I7LA 2HUMA 4ARMB 3SBAA 1L16A 1P2LA 2F47A 1L79A 1L49A 3HU8A 197LA 1L18A 2Q9EA 161LA 2QB0B 120LA 1JTMA 2OU8A 3C7ZA 125LA 1C64A 1L89A 1K28A 1PQOA 1LW9A 1LYEA 171LA 2NTHA 130LA 3V2YA 2F2QA 3VW7A 1L97A 1L48A 3C8QA 3JR6A 3RZEA 2B72A 1DYCA 3HH3A 1C61A 3HUQA 1CVKA 1P2RA 1L80A 6LZMA 181LA 3OE8A 261LA 1CX7A 241LA 2RB2X 159LA 2OTZX 3HDFA 1QS9A 4IAPA 4S0WA 1L98A 4I7RA 3G3XA 3PBLA 1G0JA 242LA 1L90A 1SX7A 1P5CA 1QUHA 4ZPUA 1SSWA 1L27A 2O7AA 3HTBA 3HTFA 1L37A 4ARPA 1QTBA 1L20A 4I7JA 1L54A 1L26A 2B6TA 213LA 1G07A 157LA 1L30A 1L46A 3HUKA 1C6FA 2O79A 3GULA 235LA 3FADA 1L55A 1KY1A 170LA 2ANXA 1XEPA 156LA 4YXAC 1L71A 1D3JA 1L01A 2LCBA 1L74A 164LA 233LA 1L92A 1DYGA 1OWYA 1G0QA 1QUDA 1CV6A 102LA 1C62A 1C6MA 1OVJA 246LA 3CDRA 1ZURA 1D2WA 1LWKA 1L52A 1LYIA 3HT9A 122LA 4I7QA 4ARQA 1CV5A 188LA 1D3FA 198LA 3HH6A 1L29A 220LA 1DYAA 3DN8A 4LDOA 128LA 1L88A 1CU2A 114LA 1L70A 1QS5A 210LA 3HH5A 225LA 3V2WA 195LA 1CUPA 183LA 1L67A 1C6DA 3DN6A 123LA 3SB6A 196LA 1L59A 244LA 243LA 2NTGA 2Z6BA 1C6JA 1OVKA 3D4SA 129LA 4YXCA 1T8GA 151LA 1LPYA 3HUAA 4I7SA 1T97A 1C6KA 2OU0X 1L86A 3CDTA 247LA 1SX2A 4LZMA 1L72A 3DMVA 2QARC 4EPIA 1L96A 211LA 4ARMA 3C81A 1P36A 3DMXA 236LA 1L57A 4DAJA 165LA 1LYGA 258LA 1G0PA 1L0JA 1LWGA 3LZMA 1OVHA 2B73A 1LGXA 1L39A 4W54A 2OU9A 217LA 1L41A 1C6LA 1L23A 4EKSA 1QT4A 3QAKA 2LC9A 2RBPA 1CU3A 1L53A 4OO9A 1L42A 1C6QA 257LA 3OE9A 3L2XA 1L10A 140LA 3G3VA 4EXMA 255LA 2B70A 3ODUA 1T6HA 139LA 160LA 1D9WA 7LZMA 3OE0A 3FI5A 3DN3A 1QTVA 260LA 3G3WA 1P64A 1L24A 1QT8A 119LA 209LA 4W55A 251LA 108LA 1SWZA 2HUKA 228LA 3C80A 1C6BA 1C6HA 1LLHA 2RBNA 4W53A 1L73A 150LA 174LA 1L82A 110LA 1XJUA 1ZWNA 245LA 1L65A 1CU0A 4K5YA 1G0GA 1L66A 4EKRA 3NY8A 1QTDA 234LA 254LA 1L11A 253LA 1JQUA 169LA 2RB1X 1L25A 1P7SA 1G0KA 205LA 1LYJA 1CU5A 199LA 1G06A 3C7YA 3DNAA 1L47A 4I7TA 131LA 2B7XA 3SB9A 1L91A 1L81A 1CX6A 3GUKA 3PDSA 249LA 1KW5A 1QT5A 142LA 1C6AA 2RAYX 145LA 115LA 1DYBA 1EPYA 4DJHA 215LA 137LA 1LYHA 168LA 1L63A 1G0LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ETAA 2Y8PA 1IP4A 132LA 2D91A 3WMKA 1H87A 1BVKC 5M1YA 5I4YA 5LZMA 3TXDA 1IY3A 1D0MA 2Z37A 1KIPC 152LA 4HJZA 1L69A 5KKIA 1GBWA 1KNIA 5F9XA 4NSIA 4ARJA 162LA 4TWSA 3TXBA 5HNLA 4DDBA 3C83A 1PZYA 1N4FA 1QUGA 1L04A 4ET9A 1DXJA 1VFBC 1L56A 7LYZA 1REYA 1T6VL 1L75A 5C6LA 1B5UA 223LA 3HTDA 1IVMA 4NG8A 1C43A 1JSEA 4I7PA 4OW1A 4GLVA 1IWTA 1VEDA 1BWIA 1W6ZA 4B4EA 1L68A 4UWVA 4TX7A 2F32A 4NFVA 1PQMA 4KXIA 1C60A 1NDMC 3GUMA 2B6XA 1L15A 3AYQA 230LA 1C66A 1GF8A 166LA 4NGZA 1JKCA 5DN5A 4CFPA 1GBOA 4GCEA 2HECA 1OWZA 1GAYA 3QNGA 1UIBA 1G1WA 5LAFA 1UBZA 2RBOA 5B59A 4I7NA 3A34A 3EMSA 2DQCY 3SBBC 4G4HA 8LYZA 1L45A 1LZYA 3T36A 1W08A 1LKRA 4Z41A 1QTHA 3C8RA 1L22A 5L3IA 3IWRA 4OWCA 155LA 2RBRA 194LA 3A95A 1YQVY 4AXTA 1JITA 4R6CA 1P56A 3A6CY 1L77A 3G3BB 1JISA 4XJGA 1IR7A 3LHMA 1JTOL 3NY9A 1PQKA 1SLYA 3C82A 1C6IA 2RBSA 104LA 1GD6A 2MEGA 1YAPA 1CTWA 2B6ZA 1T8AA 1LI6A 4PHIA 1GEVA 4G49A 1LAAA 4Z98A 5B07A 4PK0A 2XBRA 1WQMA 1TBYA 4GBRB 1QUSA 3ULRA 1GEZA 4HTNA 1P6YA 1L19A 1LHMA 1QT6A 2B74A 4E3UA 186LA 1QUOA 3TXKA 1AZFA 1L94A 112LA 3DN2A 185LA 4BAFA 4WLTA 1GFVA 1JUGA 4LYOA 1L87A 1GF9A 3CT0A 4ARQB 1BGIA 1CKHA 4WLDA 141LA 158LA 1IP3A 2RB0X 1C45A 187LA 1L12A 1GB2A 1G1VA 3GUJA 3LN2A 1GF3A 1UCOA 4Z3MA 4ANRA 2MEFA 4H8XA 1XJTA 4WG7A 216LA 1P37A 1L33A 4H9FA 1LI2A 2AUBA 240LA 4I7OA 1C6TA 1HNLA 1GF0A 1ZYTA 212LA 2HUMA 1JWRA 3SBAA 1GB9A 1INUA 2DQFC 2F47A 2Z19A 5DLAA 1OP9B 1BQLY 4IATA 2YBNA 5ILCA 1BB4A 1LZDA 125LA 1C64A 1L89A 2BQHA 5HLLA 134LA 1DPXA 3EO5A 3W6CA 1LZ5A 1LZGA 1LYOA 5KXYA 3A3QA 3V2YA 4WO6A 1B0DA 4NG1A 1L80A 6LZMA 261LA 2I26L 1QS9A 1CJ9A 2ZQ3A 1RI8B 1B2KA 3PBLA 3F6ZA 5LVIA 4GCCA 4PPOA 1QUHA 4ZPUA 3HTBA 1GXV2 4XJBA 1RJCB 3AGHA 3HTFA 1CKGA 1QTBA 1L20A 2B6TA 1EQ5A 4XJFA 5KXXA 3AZ7A 1LZ6A 3A92A 1LSEA 1NMMA 1QUTA 156LA 6LYZA 1BWJA 2LCBA 4MR1A 164LA 1IP5A 1OUIA 2LZTA 3LYMA 4H9CA 1LSMA 2ZNWY 3J4GA 1VDQA 1OUHA 5KXOA 1CV5A 1LHLA 3MGWA 1D3FA 1GE3A 2DKVA 128LA 1L88A 114LA 4CHXA 3HH5A 210LA 1V7SA 225LA 4GCFA 4ZIXA 1C6DA 3DN6A 123LA 3SB6A 1L59A 1OVKA 2BQFA 2CGIA 4YXCA 1C6KA 5HMJA 4XENA 3HBEX 4LYBA 4D9ZA 1IWXA 1WQRA 3DMVA 4ARMA 3DMXA 1B7LA 1IP1A 1FLWA 1GBYA 1GXXA 2EQLA 1GE1A 5LIOA 4W54A 2OU9A 5B1GA 1L23A 2C8OA 1QT4A 3QAKA 2LC9A 4NHPA 2W1YA 1CU3A 2ZILA 1L53A 4ETDA 1ALCA 4WLYA 4EXMA 1YKZX 255LA 2B70A 1T6HA 153LA 1JHLA 7LZMA 1RFPA 3DN3A 4O34A 1LZ8A 1CKCA 1L24A 1SWZA 2HUBA 1LJHA 1TCYA 1JEFA 2RBNA 4W53A 174LA 1BWHA 5LA8A 3HFMY 2H9JA 1L65A 1CU0A 4K5YA 2RB1X 2LYOA 3WVXA 1G06A 3A6BY 1UUZC 1XEIA 1L47A 1L91A 1LMOA 5B05A 5II3A 2BQDA 1HEQA 4FDYA 1EPYA 2YBJA 5L3HA 1LJGA 3CSRA 137LA 5J7CA 4N0JA 5APFA 1GAZA 1J1PY 5E4PA 5APEA 5LA5A 1P3NA 1IP7A 3TXJA 1E8LA 1B5ZA 2L78A 1L05A 3K2RA 3NYAA 4GRVA 1DYFA 177LA 5I4WA 3L64A 1GFRA 1L00A 3GUPA 4NHSA 4DQ7A 4DD7A 4W58A 1L40A 4W51A 1D0KA 4EJ4A 1L38A 180LA 3B0OA 3UONA 1GB8A 1D6QA 1YAOA 1C10A 1XGPC 3EMLA 1B7NA 4HSFA 5APCA 1UIDA 1LYZA 1LZ1A 1YIKA 1B7QA 3HTGA 3TMUA 2WARA 1C63A 4DD9A 4LDEA 1LTMA 173LA 1NHBA 2VB1A 3WVYA 3LZ2A 4M4OA 2F4GA 4LYZA 3HT6A 1LMNA 5LYMA 3WPLA 1T8FA 4W56A 4WL7A 1KW7A 201LA 172LA 1JJ1A 4WO9A 4B49A 1GB5A 3WU8A 3TMVA 1EQEA 4UWNA 1OQMA 1FKQA 4DDAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ETA A;  2Y8P A;  1IP4 A;  132L A;  2D91 A;  3WMK A;  1H87 A;  1BVK C;  5M1Y A;  5I4Y A;  5LZM A;  3TXD A;  1IY3 A;  1D0M A;  2Z37 A;  1KIP C;  152L A;  4HJZ A;  1L69 A;  5KKI A;  1GBW A;  1KNI A;  5F9X A;  4NSI A;  4ARJ A;  162L A;  4TWS A;  3TXB A;  5HNL A;  4DDB A;  3C83 A;  1PZY A;  1N4F A;  1QUG A;  1L04 A;  4ET9 A;  1DXJ A;  1VFB C;  1L56 A;  7LYZ A;  1REY A;  1T6V L;  1L75 A;  5C6L A;  1B5U A;  223L A;  3HTD A;  1IVM A;  4NG8 A;  1C43 A;  1JSE A;  4I7P A;  4OW1 A;  4GLV A;  1IWT A;  1VED A;  1BWI A;  1W6Z A;  4B4E A;  1L68 A;  4UWV A;  4TX7 A;  2F32 A;  4NFV A;  1PQM A;  4KXI A;  1C60 A;  1NDM C;  3GUM A;  2B6X A;  1L15 A;  3AYQ A;  230L A;  1C66 A;  1GF8 A;  166L A;  4NGZ A;  1JKC A;  5DN5 A;  4CFP A;  1GBO A;  4GCE A;  2HEC A;  1OWZ A;  1GAY A;  3QNG A;  1UIB A;  1G1W A;  5LAF A;  1UBZ A;  2RBO A;  5B59 A;  4I7N A;  3A34 A;  3EMS A;  2DQC Y;  3SBB C;  4G4H A;  8LYZ A;  1L45 A;  1LZY A;  3T36 A;  1W08 A;  1LKR A;  4Z41 A;  1QTH A;  3C8R A;  1L22 A;  5L3I A;  3IWR A;  4OWC A;  155L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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