250LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGAGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVATKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 250lA00
1QTBA 1L94A 1CV4A 4W56A 3SB5A 1C69A 1C62A 3RUNA 4EKPA 1QTDA 1C64A 1L15A 215LA 252LA 251LA 1L32A 3G3VA 3HT6A 3HH6A 1L73A 1L65A 1C6HA 1DYBA 4I7OA 231LA 3QAKA 1L14A 2OE7X 1LYIA 3OE0A 1QSQA 3HDEA 1L03A 1L58A 1P36A 1QTCA 1SSWA 4I7SA 234LA 182LA 1L47A 114LA 1L80A 3GUIA 2RBSA 2RB2X 102LA 4ARMA 1L25A 3HU8A 5LZMA 3SB9A 2B7XA 1L86A 195LA 3HTBA 138LA 1LI6A 1LYDA 220LA 3C8QA 1DYDA 1P56A 2B6TA 6LZMA 1L29A 1QTVA 1G1WA 1XJUA 1L18A 1P7SA 3CDOA 4LDEA 1L50A 1PQKA 2Q9EA 3C7YA 1G0GA 1L20A 3CDQA 230LA 1C6BA 1D9WA 1C6AA 2RBRA 3GUPA 3HT9A 1L51A 1L44A 229LA 144LA 235LA 141LA 184LA 1D3MA 1L96A 174LA 1C6TA 3FI5A 166LA 1L52A 1JTMA 3JR6A 125LA 216LA 3GUNA 1L45A 1CU0A 1OVHA 1C67A 1L92A 1QT6A 190LA 1G0LA 1L01A 3C8RA 3OE8A 1L61A 1L81A 3F8VA 170LA 1CUQA 1L91A 1QUHA 162LA 1L31A 4PJZA 239LA 1QT5A 2OTZX 149LA 1SX7A 173LA 4GRVA 1KY1A 2Z6BA 3OE6A 3GUJA 1D2WA 3GUMA 1L49A 3HUQA 3D4SA 3C7ZA 175LA 4EJ4A 115LA 249LA 3DN6A 4I7JA 120LA 156LA 1G0PA 1LI3A 211LA 2B6ZA 1CV5A 1L57A 1DYFA 1L17A 3HDFA 257LA 3HH5A 1PQJA 1PQOA 4EKSA 103LA 246LA 4W58A 254LA 1G0KA 4AQNA 1L16A 4S0WA 4GBRB 1L60A 2B6YA 2RB0X 139LA 181LA 4ARPA 3C81A 165LA 3NY8A 259LA 4EXMA 168LA 1L42A 155LA 3HTFA 2LC9A 1C68A 177LA 1P2RA 1L33A 1CV1A 1CV0A 1L84A 4YX7C 178LA 3OE9A 2OU9A 240LA 1CUPA 1L0KA 3GUKA 238LA 1JTNA 1L48A 225LA 228LA 236LA 4I7TA 118LA 1DYGA 1T8FA 3DN0A 1L27A 3UONA 4PK0A 1ZWNA 3GULA 1LWKA 1T8AA 3HWLA 171LA 1LGXA 212LA 2B75A 4LDLA 1D2YA 1T97A 4DJHA 210LA 2LCBA 1QUGA 1T8GA 3SBAA 1L83A 1CX7A 2NTGA 4ARMB 137LA 1CU2A 1L06A 3FA0A 3PDSA 4ARQA 2RH1A 1L02A 1L87A 1XEPA 1CU5A 3SB7A 1CV6A 148LE 2RBPA 1L0JA 129LA 253LA 4DAJA 209LA 1L21A 1LYHA 1KW7A 221LA 1LPYA 1QTHA 2IGCA 199LA 160LA 1PQDA 4LZMA 1DYCA 4I7PA 1P46A 241LA 1C6QA 4EPFA 1QT7A 1C6CA 3HUKA 180LA 1TLAA 217LA 2RBOA 4W57A 187LA 1L53A 3DMXA 1PQMA 3F9LA 233LA 2OU8A 1CU6A 1L77A 1OVKA 247LA 130LA 2ANVA 214LA 4I7LA 108LA 4IAPA 150LA 1L09A 1QT4A 185LA 1L11A 172LA 4W53A 112LA 1OWYA 1L88A 2HUKA 4EKQA 191LA 1L99A 1LI2A 1OWZA 1L69A 1L22A 2B73A 1SSYA 198LA 218LA 3V2YA 4E97A 3L2XA 2RB1X 1L79A 1LYGA 1L00A 3DN1A 169LA 2HULA 1L41A 147LA 250LA 3LZMA 3HT7A 205LA 1C6JA 1NHBA 1L54A 1P5CA 2ANXA 1KY0A 1L98A 111LA 1C6DA 1L95A 1D3JA 152LA 2B74A 1L12A 140LA 1KW5A 1T6HA 4EPIA 1OYUA 3GUOA 1ZYTA 2B6WA 4W51A 1C66A 3C83A 1L59A 1L40A 1G0JA 258LA 3RZEA 2QARC 1B6IA 1C6LA 131LA 1QTZA 1P6YA 1CVKA 1L04A 227LA 158LA 2B72A 222LA 145LA 1C61A 183LA 1P37A 1L35A 3DMVA 4ZPUA 1L85A 3PBLA 1G06A 1WTHA 1P2LA 167LA 1L37A 164LA 1L75A 3CDVA 1ZURA 1LYEA 2HUMA 1LYJA 1L66A 1C6NA 2OE4X 1L63A 4ARQB 1L56A 1G1VA 2OEAX 5I14A 1C6FA 109LA 1LW9A 1L13A 1L67A 1L38A 128LA 1L10A 4OO9A 122LA 4YXAC 226LA 197LA 1L05A 3C7WA 163LA 3CDTA 1L82A 3HH4A 2RAYX 1L71A 1LLHA 2F32A 1L46A 3HH3A 1L43A 3V2WA 3SN6R 1SX2A 4W52A 1CU3A 1L08A 2B6XA 1C6KA 1L55A 1LGUA 3SBBC 1L23A 1OV5A 1G0QA 3G3WA 192LA 1L76A 4W59A 3DKEX 4W55A 3DN4A 3ODUA 1CV3A 201LA 2OU0X 3C8SA 4I7KA 232LA 3DN8A 1L36A 4ARJA 1QT3A 3SB6A 3HU9A 104LA 260LA 243LA 143LA 2QB0B 3C80A 3DNAA 107LA 3EMLA 1P64A 4I7RA 176LA 3NY9A 1L34A 1KNIA 4I7MA 1QUOA 1L64A 3DN2A 1L24A 189LA 3L64A 3HTGA 142LA 206LA 3NYAA 1C60A 146LA 1LYFA 1C6PA 4LDOA 127LA 1DYAA 2OE9X 110LA 1L97A 196LA 1C63A 2O79A 1CTWA 1L70A 1EPYA 2A4TA 3VW7A 1P3NA 119LA 3K2RA 1C65A 3G3XA 4DKLA 113LA 186LA 1KS3A 1LWGA 244LA 3DMZA 2RAZX 224LA 2CUUA 1QS9A 2F2QA 126LA 1OVJA 1SWZA 1QT8A 161LA 3SB8A 157LA 2B70A 3FADA 1CX6A 1L28A 213LA 4YXCA 1SWYA 3HUAA 1C6IA 223LA 3HT8A 151LA 188LA 2RBNA 1I6SA 2OTYX 4I7NA 7LZMA 4EKRA 123LA 1DYEA 2RBQA 248LA 245LA 1D3NA 1L90A 1OV7A 1XJTA 3DN3A 4I7QA 1L07A 255LA 1G07A 1G0MA 1L62A 2L78A 262LA 2NTHA 1L39A 159LA 1PQIA 256LA 4K5YA 219LA 1QUDA 1D3FA 1K28A 1L19A 1L68A 1L74A 1C6MA 237LA 1C6EA 2F47A 261LA 3C82A 3CDRA 1C6GA 2Q9DA 200LA 1L26A 4W54A 4ARLA 1L72A 242LA 1QS5A 1JQUA 2O4WA 1LGWA 3HTDA 1QSBA 1L93A 1L89A 2LZMA 1L30A 2O7AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G4BA 4ZIXA 4XJBA 1QTBA 1L94A 1CV4A 3RUNA 3RT5X 1QTDA 1L15A 1IY3A 1I1ZA 134LA 1EQ4A 1V7SA 4DDCA 252LA 251LA 1GB7A 3G3VA 3HT6A 4IATA 4BADA 4I7OA 1ZVYB 4KL7A 1HEPA 3OE0A 3HDEA 1L03A 1P36A 4H9BA 1GE4A 114LA 5DLAA 1WVUA 1GF9A 1OUGA 4I0CA 5LINA 4H91A 3HU8A 1REMA 5LZMA 2IHLA 1ZV5L 2B7XA 1L86A 4XJFA 1LZ1A 4LT3A 1GF5A 138LA 2MEFA 1LMNA 3C8QA 2B6TA 2BQLA 1G1WA 4Z41A 1L18A 3CDOA 4LDEA 4GCBA 1GBYA 2DBTA 1C6BA 1D9WA 2Z19A 1C6AA 3GUPA 3HT9A 3IJUA 3AGIA 4GLAA 2YBLA 1LMTA 2W1LA 174LA 4NIJA 3ATNA 1IWTA 1A4VA 5APCA 2MEEA 3JR6A 2LYOA 125LA 1JJ3A 216LA 3M3UA 1L45A 4NGYA 4MSTA 5B59A 1C67A 5C6IA 4CGEA 2ZNWY 3TXBA 3C8RA 5E9RA 3OE8A 3WU8A 2D4IA 3A94A 5KJ9A 1QUHA 1IR8A 1OUJA 3HBHA 4RW2A 1QT5A 3WPKA 1DQJC 173LA 1KY1A 3FI7A 1UIBA 5FSTA 1BB4A 5EBHA 3E3DA 132LA 2B6ZA 1CV5A 1ZVHL 1L57A 1L17A 3HBDA 1IC4Y 257LA 3TXGA 2MEIA 1PQOA 4EKSA 3AZ6A 2A7DA 3P66A 5KXWA 2ZWBA 254LA 1LZSA 1G0KA 4H9AA 1L16A 5KXTA 3AB6A 2RB0X 4B49A 1L42A 5LA5A 3HTFA 1C68A 208LA 1L33A 2D4JA 1CV1A 1CV0A 1L84A 1B7NA 4HTQA 1D0LA 5B05A 238LA 2RSCA 1JTNA 228LA 4WLDA 1WTMA 3GULA 1D6PA 3GXKA 4LYBA 1ZMYL 1B5VA 1LGXA 5HLLA 4LDLA 1B5XA 1JUGA 1UUZC 3TXFA 1O23A 1QUGA 2LCBA 3T36A 1L06A 2I26L 3BKHA 3OK0A 1CU5A 1L0JA 1F6RA 5JENB 1LYHA 1GB9A 4PJ2C 4WOAA 160LA 1DYCA 2ZILA 1C6QA 1QT7A 1GBSA 1XGPC 1GFGA 5II3A 1HELA 3A3RX 187LA 1WQRA 4DD0A 1ALCA 1UA6Y 4I7LA 1KIQC 3W6AA 1L09A 1IWXA 2BQJA 4W53A 2YVBA 1L88A 2HUKA 5F9XA 2VB1A 1L99A 1LI2A 2B73A 4G4HA 1SSYA 218LA 1YQVY 4YEOA 4YENA 2Z38A 1GFTA 1L00A 4NG8A 1HMLA 147LA 4DQJA 3LZMA 3HT7A 3AGHA 1BVKC 3N9EA 5DN4A 1C46A 3AW6A 2ANXA 5M1YA 1L98A 1B5YA 1C6DA 1L95A 1D3JA 1GE0A 3WUAA 3AGGG 1L12A 1QSAA 5B1FA 4EPIA 4G9SA 4X3BA 3WU7A 4XJHA 1GF3A 4NHQA 1G0JA 3AJNA 1B6IA 2MEAA 2CWIA 3N9AA 1CVKA 1L04A 1DKKA 158LA 4NGOA 2BQOA 1JPOA 3WVXA 1B0DA 2EQLA 3OJPA 1G06A 4OWBA 4WLYA 3AZ5A 1L75A 4WG7A 1PS5A 1LSZA 1IP5A 4ARQB 5B1GA 3WUNA 1LW9A 4J0LA 1TDYA 1HFYA 1L38A 4H9FA 4W96A 4YXAC 2G4NA 226LA 5DM9A 4DD2A 163LA 5D5FA 2RAYX 1REYA 4TSBA 5KXXA 5FHWA 1JTTL 1L43A 3V2WA 5I4WA 1G0QA 1IR7A 1CKCA 3G3WA 192LA 4LGKA 3LZTA 201LA 4I7KA 232LA 4NGJA 1L36A 4B1AA 104LA 176LA 1F10A 1B2KA 1IP1A 1L34A 4NSIA 4ZFPA 1QUOA 4LT0A 189LA 3HTGA 1OUHA 3NYAA 1DYAA 4OWAA 1UBZA 3P65A 1LZDA 1CTWA 2A4TA 3QNGA 4NHIA 3K2RA 1BQLY 3G3XA 4DKLA 1KS3A 3DMZA 1QS9A 1OVJA 2WARA 1QT8A 161LA 3W3EA 1XGRC 3FADA 4TUNA 5LIOA 4YXCA 1SWYA 1GWDA 3HFMY 3W6DA 1XEKA 3HT8A 1LSNA 4OOOA 188LA 5L3HA 5FELA 1DYEA 245LA 2Z2FA 2L78A 1TEWA 3LYMA 1L39A 256LA 2A7FA 1L68A 4H8YA 1NDGC 2F47A 3TMUA 261LA 1C6GA 3W6EA 4W54A 3TXJA 1LZYA 1L72A 1QSBA 2LZMA 1L30A 2O7AA 1KIRC 1C10A 4EKPA 1FLYA 4J7VA 2ZIKA 1GDXA 1VDPA 1L32A 1XFPL 1OUCA 1LZGA 2BQNA 1IP2A 1GB2A 1YKZX 1DYBA 1LHHA 3QAKA 4NGVA 2OE7X 1CJ9A 3CSRA 1LZRA 4LFPA 4I7SA 2DQHY 1JKDA 1RCMA 3GUIA 4J1BA 3T6UA 5C6JA 3HTBA 1P56A 4N1CC 2X0AA 4MCKA 1L29A 1QTVA 1YROA 1JKCA 1GE1A 1L50A 1G0GA 5F16A 1PZYA 1UC0A 4Z98A 3J4GA 229LA 235LA 1RE2A 1D3MA 1L96A 3EXDA 4A7DA 1DPXA 1JTMA 5I4YA 4LYMA 2ZQ3A 5B07A 3RZ4A 1OVHA 1L92A 1G0LA 2MEBA 3WL2A 3F8VA 170LA 1CUQA 4BAFA 3A8ZA 2FYCA 239LA 149LA 3B0KA 4GRVA 4DD1A 3GUJA 1D2WA 3GUMA 4DD9A 175LA 4EJ4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4G4B A;  4ZIX A;  4XJB A;  1QTB A;  1L94 A;  1CV4 A;  3RUN A;  3RT5 X;  1QTD A;  1L15 A;  1IY3 A;  1I1Z A;  134L A;  1EQ4 A;  1V7S A;  4DDC A;  252L A;  251L A;  1GB7 A;  3G3V A;  3HT6 A;  4IAT A;  4BAD A;  4I7O A;  1ZVY B;  4KL7 A;  1HEP A;  3OE0 A;  3HDE A;  1L03 A;  1P36 A;  4H9B A;  1GE4 A;  114L A;  5DLA A;  1WVU A;  1GF9 A;  1OUG A;  4I0C A;  5LIN A;  4H91 A;  3HU8 A;  1REM A;  5LZM A;  2IHL A;  1ZV5 L;  2B7X A;  1L86 A;  4XJF A;  1LZ1 A;  4LT3 A;  1GF5 A;  138L A;  2MEF A;  1LMN A;  3C8Q A;  2B6T A;  2BQL A;  1G1W A;  4Z41 A;  1L18 A;  3CDO A;  4LDE A;  4GCB A;  1GBY A;  2DBT A;  1C6B A;  1D9W A;  2Z19 A;  1C6A A;  3GUP A;  3HT9 A;  3IJU A;  3AGI A;  4GLA A;  2YBL A;  1LMT A;  2W1L A;  174L A;  4NIJ A;  3ATN A;  1IWT A;  1A4V A;  5APC A;  2MEE A;  3JR6 A;  2LYO A;  125L A;  1JJ3 A;  216L A;  3M3U A;  1L45 A;  4NGY A;  4MST A;  5B59 A;  1C67 A;  5C6I A;  4CGE A;  2ZNW Y;  3TXB A;  3C8R A;  5E9R A;  3OE8 A;  3WU8 A;  2D4I A;  3A94 A;  5KJ9 A;  1QUH A;  1IR8 A;  1OUJ A;  3HBH A;  4RW2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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