251LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 251lA00
1C67A 189LA 176LA 2OTYX 4W59A 2F47A 1L24A 161LA 1C6MA 1T6HA 228LA 3C83A 1L35A 1L27A 1QTVA 1L23A 1L56A 221LA 234LA 1C6AA 1PQOA 3GUIA 3HTFA 233LA 1L22A 2OE9X 3C7ZA 2RBQA 198LA 1L48A 1KS3A 3CDQA 129LA 3CDRA 191LA 4W54A 1L58A 146LA 3C80A 3DN6A 150LA 1L70A 4I7RA 1L67A 1L34A 2B70A 145LA 1CVKA 177LA 1G0GA 1L13A 1CV4A 2B6TA 2OU8A 111LA 1P6YA 1C6BA 4GRVA 242LA 2RBRA 137LA 1CU5A 2Z6BA 255LA 168LA 1QS5A 1LPYA 1P3NA 1L88A 205LA 1L06A 4YXAC 4ARMA 119LA 1L04A 7LZMA 156LA 1G06A 1L20A 4ARQB 1LI6A 3GUMA 160LA 2B73A 3OE0A 3K2RA 126LA 1LI3A 1L82A 1L0KA 1LWGA 3PBLA 1L44A 1DYEA 103LA 118LA 209LA 1QSBA 2QB0B 167LA 1P36A 1JTMA 1CTWA 2RBNA 246LA 4I7PA 112LA 239LA 3HT7A 1L81A 2O4WA 254LA 251LA 1LW9A 1QT6A 165LA 2B7XA 3HUAA 1L25A 1C66A 211LA 215LA 1G0QA 241LA 1OVJA 2RB2X 3C82A 1WTHA 1L92A 183LA 1L01A 4W52A 238LA 123LA 104LA 4W53A 4E97A 3LZMA 3L64A 4IAPA 175LA 1P56A 223LA 232LA 4LDOA 114LA 1C61A 3OE8A 1L87A 2Q9EA 2QARC 196LA 2HUMA 1L09A 1T97A 3HTGA 4I7KA 1L65A 259LA 1SX2A 1L79A 4ARMB 1KNIA 4ARJA 1C6PA 3SB7A 1L43A 3G3VA 2B72A 1LYDA 2ANXA 1C6EA 1XEPA 2F32A 1C69A 1D3NA 1I6SA 1LGXA 217LA 131LA 3SB8A 1OWYA 182LA 166LA 2OU0X 1L93A 120LA 149LA 4W57A 4LDLA 237LA 226LA 4ARPA 1L37A 2OU9A 1P2LA 1QT5A 3C7YA 243LA 190LA 3DN2A 1OYUA 1L03A 3HWLA 1CU3A 1L15A 1NHBA 249LA 240LA 3DMXA 1D2WA 3G3WA 3RUNA 2NTHA 4EPFA 195LA 222LA 2B6XA 1L98A 3SN6R 1D2YA 1L31A 2IGCA 148LE 1SWYA 3DMVA 181LA 1QUOA 4EJ4A 1G0MA 3DN1A 1SWZA 2LZMA 2RH1A 1LGWA 4I7OA 1CUPA 2RAYX 1OV5A 2NTGA 4W51A 2RBOA 4YX7C 1LYIA 3SB6A 1L94A 192LA 159LA 1LYFA 1D3MA 3HDEA 3FADA 1L18A 1C62A 3FI5A 1C64A 3OE6A 2CUUA 3GUNA 1QS9A 1L46A 1ZWNA 1QTZA 1QUDA 1L91A 1L41A 1L77A 3DNAA 4W55A 4ZPUA 1LWKA 231LA 125LA 1DYGA 1P7SA 3SB9A 1L74A 1L64A 1C6CA 1L42A 3GUKA 1L32A 1C6DA 1QTHA 1L07A 253LA 1C63A 1XJTA 1L30A 218LA 219LA 4I7QA 1L83A 1L66A 3F8VA 3HUKA 1KW5A 3C81A 1L17A 1OV7A 185LA 151LA 2RAZX 4I7LA 1L02A 3HDFA 2ANVA 2O7AA 2Q9DA 107LA 174LA 3CDTA 1L45A 3HUQA 4AQNA 143LA 1P46A 220LA 4LZMA 1JQUA 2HULA 1L86A 1L19A 188LA 2OE7X 1QT4A 3C8RA 1T8GA 2RBSA 158LA 147LA 1CV0A 1PQDA 3OE9A 1CUQA 187LA 1L49A 1QSQA 1XJUA 1G0JA 1L39A 3UONA 4PJZA 1DYAA 4EKSA 1ZURA 1G0LA 164LA 1CX6A 2OE4X 224LA 3DN0A 206LA 214LA 3VW7A 1G1VA 4YXCA 1L90A 2B6YA 1T8FA 3CDOA 4DKLA 3SBBC 1G0PA 1L11A 3DKEX 3GUOA 171LA 1C6KA 3ODUA 258LA 1L85A 4EKRA 1DYCA 197LA 113LA 3C7WA 3NY9A 173LA 1EPYA 1L57A 1L29A 3HH5A 2L78A 4PK0A 2B6WA 1L99A 1L47A 1ZYTA 2B75A 262LA 1OWZA 3GULA 4ARLA 142LA 1L0JA 4EXMA 248LA 1QTBA 169LA 1LGUA 1L97A 3DN4A 1OVHA 1CV3A 1QTDA 184LA 1L00A 3FA0A 1LYEA 2A4TA 1C6LA 236LA 1C65A 3SBAA 1C6HA 1L61A 110LA 250LA 4EKPA 257LA 227LA 1DYDA 4I7SA 1KY1A 1L52A 1L38A 141LA 1L54A 4EKQA 108LA 2O79A 1SSWA 1D9WA 1CV6A 1CU2A 1L89A 4LDEA 1L71A 1L95A 261LA 3RZEA 1L63A 1P2RA 178LA 3HTBA 5LZMA 4I7MA 1L36A 260LA 245LA 3NYAA 1TLAA 1QTCA 1L68A 1C6GA 1KW7A 1QUGA 1QT7A 163LA 1T8AA 1P37A 1C68A 1C6IA 3CDVA 109LA 186LA 1L51A 2OEAX 3HH6A 1L28A 128LA 139LA 1L08A 4I7NA 1G0KA 1C60A 1C6FA 2B74A 2RB0X 3C8QA 1CU0A 4EPIA 1QT3A 3GUPA 1OVKA 1L84A 4DJHA 138LA 1L73A 1K28A 127LA 199LA 1LLHA 5I14A 1D3FA 230LA 1QUHA 1PQMA 252LA 4OO9A 1D3JA 3DMZA 3GUJA 1SSYA 170LA 3HH3A 200LA 102LA 1L75A 3V2YA 1C6TA 2RBPA 1L40A 201LA 1PQIA 1DYBA 1LYHA 3HT8A 1PQJA 1L69A 3HT9A 4W56A 1L62A 1L53A 1CV1A 4W58A 157LA 4K5YA 1CV5A 4DAJA 1L05A 1L55A 172LA 3HU8A 2LC9A 3C8SA 3QAKA 1L14A 3D4SA 1L96A 1DYFA 3DN8A 122LA 3V2WA 1B6IA 1L10A 1CU6A 1QT8A 1L16A 1PQKA 229LA 1L33A 155LA 1G1WA 1CX7A 2HUKA 1SX7A 256LA 1L80A 1LI2A 1P5CA 1P64A 2B6ZA 3EMLA 1L21A 2RB1X 3NY8A 140LA 1C6JA 210LA 3HT6A 1L12A 1C6QA 1KY0A 162LA 2F2QA 115LA 4I7TA 144LA 1G07A 130LA 1L59A 225LA 1L76A 3F9LA 1LYGA 216LA 4I7JA 3SB5A 213LA 180LA 1L26A 1L72A 152LA 3DN3A 247LA 244LA 3G3XA 3PDSA 3HU9A 4ARQA 3JR6A 4GBRB 3HTDA 3HH4A 1C6NA 2OTZX 1JTNA 2LCBA 235LA 1L60A 212LA 4S0WA 1LYJA 3L2XA 6LZMA 1L50A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HEQA 5I54A 5E9RA 161LA 1T6HA 4ET9A 4N5RA 1LKSA 4PRUA 1L35A 1L23A 3TXDA 1L56A 4J1AA 2EKSC 3AGGG 2F4GA 3GXKA 2OE9X 1L48A 4WM1A 129LA 1REMA 1LJEA 1BB6A 1YAMA 3C80A 150LA 1CNSA 2B70A 2B6TA 1CV4A 2OU8A 111LA 4GRVA 1VDTA 3RU5A 2LYOA 168LA 1LZ8A 9LYZA 4WM2A 1L06A 4ARMA 7LZMA 2DKVA 1G06A 1UICA 1IOQA 3GUMA 1C10A 4TUNA 4WL6A 4LZTA 2B73A 3OE0A 1JHLA 1JTOL 1L82A 4HTKA 1LSGA 3P68A 3TXGA 5B59A 2XBSA 1L44A 209LA 1QSBA 5A3ZA 1TAYA 1LHHA 3LYOA 1B2KA 2RBNA 4LYBA 112LA 2HEDA 2O4WA 4LFPA 1LZTA 251LA 5LVJA 1L25A 211LA 3M3UA 241LA 4GCCA 2RB2X 4OWEA 5K7OA 4NWEA 1L92A 1HMKA 134LA 1XEJA 4W53A 3W6EA 5LYMA 2DQJY 4Z41A 4IAPA 175LA 223LA 4LDOA 4DDBA 1IVMA 1HNLA 1LYSA 1C61A 4YF2A 2Q9EA 4XJHA 3CSRA 3QNGA 3HBHA 4NGYA 5LIOA 5E4PA 4DD7A 2ZILA 3TXHA 1LSBA 1NQIA 3A93A 4WG7A 4LT3A 4NGOA 5HQ1A 1LJHA 4D9ZA 3T36A 1C6PA 3SB7A 5KXTA 4NSGA 2B72A 2B5ZA 2Z38A 1LSDA 4H9HA 1XEPA 2F32A 4UWVA 1C69A 4HJYA 131LA 182LA 1JPOA 2OU0X 4YM8A 4TTDA 1FLYA 4ETAA 1CJ7A 1NHEA 1L37A 1AT6A 3A34A 1QT5A 4WO6A 1QSAA 3D9AC 3C7YA 3OK0A 4CGEA 3WUNA 4DD3A 1L03A 1CU3A 2DQCY 249LA 240LA 4TSBA 5LVGA 4N8ZA 1L31A 4G4CA 1SWYA 1RI8B 1JIYA 2IHLA 4N9RA 1SWZA 4QEQA 1LSZA 1LYIA 1KIPC 3SB6A 1LYFA 4H94A 207LA 3HDEA 3FI5A 1C64A 1YROA 3GUNA 1LHMA 1L91A 1GBOA 1L41A 1LWKA 5L9JA 1HFZA 125LA 1DYGA 1C7PA 1OUAA 2G4QA 1L32A 1IP7A 1QTHA 1L07A 1JJ3A 1FKVA 1C63A 1GBWA 1LZGA 1KW5A 1L17A 1HMLA 4LYZA 1HFYA 4I7LA 2ZYPA 3HDFA 2O7AA 2D4JA 1IP1A 2HTXA 4KXIA 1GFAA 1AKIA 1FLQA 1L19A 1GBYA 2OE7X 2YBHA 1SQ2L 2RBSA 3CSQA 3OE9A 1C08C 187LA 3A3RX 1OUBA 1MELL 1D6QA 4H9CA 1J1OY 4PJZA 1GXV2 1ZURA 3DN0A 4PRQA 5LVHA 1GF8A 3VW7A 1L90A 4PJ2C 1L11A 5KXZA 1C6KA 2BQJA 4HV1A 4MCKA 1LMNA 1XGPC 3NY9A 4G49A 2BLYA 1EPYA 1L57A 1GB8A 2L78A 4PK0A 2EQLA 1GE0A 1FLWA 1L47A 1ZYTA 2D6BA 262LA 5HNLA 4ARLA 142LA 248LA 4H8YA 3DN4A 1CV3A 1UC0A 4NSIA 2XJWA 4WM6A 1WQPA 1BHZA 1C65A 1C6HA 110LA 4EKPA 1D6PA 5FELA 1L54A 141LA 5F16A 4EKQA 1SSWA 1D9WA 1GE1A 1LMAA 2C8PA 4LDEA 2YVBA 1DXJA 1LYOA 4KL7A 1BB5A 2DQGY 5L3HA 1P2RA 1XEKA 4IASA 245LA 2H9KA 4C5FA 4ET8A 4NG1A 1KW7A 4ZFPA 1P37A 1WQMA 3P4ZA 4HJZA 2MEHA 4RW1A 2GV0A 1LMPA 1GF6A 3KAMA 3J6KA 2Q0MX 1C6FA 1W08A 2B74A 3T6UA 5KXRA 1QT3A 1L84A 3AYQA 1LKRA 4NGVA 5D5FA 127LA 1B5VA 1LLHA 1DKJA 1GFEA 1JUGA 1LYYA 2G4NA 2MEAA 4MR1A 252LA 4WOAA 1D3JA 1WTNA 1B7LA 3W6FA 3LN2A 1SSYA 200LA 4XADA 2RBPA 4QGZA 1PQIA 193LA 1I20A 3HT9A 1L53A 1FN5A 4W58A 2HEFA 4WG1A 1CV5A 4GN4A 2W1MA 3AGIA 1L55A 2FBBA 1L96A 4G9SA 122LA 3V2WA 1L10A 4B4JA 2BQDA 3RT5X 3TMUA 229LA 1L33A 1L80A 1IOTA 1P5CA 1P64A 2B6ZA 140LA 3HT6A 210LA 1L12A 1CKCA 1GF3A 1LSEA 162LA 1F6RA 2Z37A 1PZYA 1G07A 4NEBA 130LA 2MEGA 3HBEX 1GEVA 4WLXA 3SB5A 3N9AA 1L26A 5HMVA 1HF4A 1W6ZA 244LA 4B1AA 1HEOA 3HH4A 4HV2A 1L60A 212LA 4DD1A 2Q9DA 1L50A 1IR9A 3WPKA 189LA 4UWNA 4ETDA 4NFVA 1JSFA 1L24A 1C6MA 1AZFA 1CKFA 1GB6A 3A92A 1AT5A 1BQLY 1L27A 1QTVA 3B72A 1C6AA 1C43A 2ZNWY 3GUIA 3WU7A 3HTFA 233LA 2ZNXY 1YKYX 2RBQA 198LA 4R6CA 3WW6A 3OJPA 5C6JA 2ZWBA 4W54A 1L58A 146LA 3N9CA 3DN6A 1L70A 4TX7A 1I56A 145LA 1CVKA 1B5XA 177LA 1GFRA 1BWJA 1B0DA 4TSCA 137LA 1CU5A 255LA 1LPYA 205LA 2DQAA 1G7MC 1LI6A 1P2CC 1DI5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HEQ A;  5I54 A;  5E9R A;  161L A;  1T6H A;  4ET9 A;  4N5R A;  1LKS A;  4PRU A;  1L35 A;  1L23 A;  3TXD A;  1L56 A;  4J1A A;  2EKS C;  3AGG G;  2F4G A;  3GXK A;  2OE9 X;  1L48 A;  4WM1 A;  129L A;  1REM A;  1LJE A;  1BB6 A;  1YAM A;  3C80 A;  150L A;  1CNS A;  2B70 A;  2B6T A;  1CV4 A;  2OU8 A;  111L A;  4GRV A;  1VDT A;  3RU5 A;  2LYO A;  168L A;  1LZ8 A;  9LYZ A;  4WM2 A;  1L06 A;  4ARM A;  7LZM A;  2DKV A;  1G06 A;  1UIC A;  1IOQ A;  3GUM A;  1C10 A;  4TUN A;  4WL6 A;  4LZT A;  2B73 A;  3OE0 A;  1JHL A;  1JTO L;  1L82 A;  4HTK A;  1LSG A;  3P68 A;  3TXG A;  5B59 A;  2XBS A;  1L44 A;  209L A;  1QSB A;  5A3Z A;  1TAY A;  1LHH A;  3LYO A;  1B2K A;  2RBN A;  4LYB A;  112L A;  2HED A;  2O4W A;  4LFP A;  1LZT A;  251L A;  5LVJ A;  1L25 A;  211L A;  3M3U A;  241L A;  4GCC A;  2RB2 X;  4OWE A;  5K7O A;  4NWE A;  1L92 A;  1HMK A;  134L A;  1XEJ A;  4W53 A;  3W6E A;  5LYM A;  2DQJ Y;  4Z41 A;  4IAP A;  175L A;  223L A;  4LDO A;  4DDB A;  1IVM A;  1HNL A;  1LYS A;  1C61 A;  4YF2 A;  2Q9E A;  4XJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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