252LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINAVFQAGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 252lA00
214LA 4EPIA 1L66A 1OVJA 3HDFA 3C82A 2F32A 1CV3A 2B6ZA 2RBNA 2OE7X 227LA 1I6SA 1L96A 4I7OA 3DN2A 200LA 182LA 1K28A 1LLHA 1CV5A 3CDOA 1L43A 255LA 111LA 3DN1A 1L41A 3GUKA 158LA 4W54A 1PQIA 2HUMA 1OYUA 189LA 243LA 168LA 1L51A 1QTHA 3FA0A 3DKEX 236LA 1TLAA 140LA 1L20A 1L87A 2RB1X 1L92A 1L69A 1L60A 2HUKA 3HUAA 1LI3A 3OE0A 1SX2A 3SB7A 1C6AA 3OE8A 107LA 3F8VA 1T8GA 2ANXA 4S0WA 187LA 1L08A 5I14A 171LA 1D9WA 3SB8A 4LDEA 199LA 1L46A 3G3XA 242LA 3F9LA 1L29A 1L24A 129LA 1NHBA 4YX7C 1LWGA 2O4WA 198LA 1L33A 4EPFA 1L14A 1CVKA 1G1WA 3DN8A 1C68A 1L85A 1L38A 1L48A 2B72A 1KY0A 3SB5A 1L58A 180LA 1CV0A 1LGWA 1CV4A 2B6YA 2QB0B 1L28A 184LA 1L55A 4ARQB 1G0QA 126LA 210LA 3V2YA 3FI5A 1T6HA 3HTFA 109LA 2RBOA 2B6XA 2O79A 1P3NA 1SSWA 1L35A 1QUOA 3VW7A 186LA 4LDOA 1G0KA 1T8FA 1C6MA 1L56A 248LA 145LA 2IGCA 167LA 170LA 1L59A 258LA 1P36A 237LA 3NY9A 1T8AA 209LA 1G0MA 1C6KA 3ODUA 190LA 246LA 191LA 3CDVA 1DYEA 3PBLA 123LA 3C81A 1SX7A 259LA 1QT6A 239LA 2RBQA 4I7PA 2NTGA 1L26A 1C6TA 240LA 2OU9A 245LA 4ZPUA 1L88A 2B6WA 3C8QA 1LYHA 1L84A 230LA 2RAZX 3DN4A 4I7LA 4OO9A 249LA 1QTBA 3EMLA 1C6QA 166LA 1L09A 2O7AA 1G1VA 130LA 3DMXA 217LA 2LCBA 231LA 228LA 188LA 1CU6A 1L68A 260LA 3CDRA 4GBRB 4W59A 2Q9EA 3C7WA 4ARMB 1G07A 252LA 3G3WA 4ARJA 1D3NA 3DN0A 1QTVA 2OE4X 1P64A 178LA 1P46A 4IAPA 3SBBC 1LYGA 3GUOA 4E97A 3SBAA 3DMVA 1C6FA 1OV5A 3DNAA 141LA 1PQKA 3HT8A 160LA 1L19A 3V2WA 247LA 1C6LA 3HUKA 1JTNA 150LA 3DN6A 1LW9A 1QTZA 4W51A 1L27A 1L21A 2F47A 1C6EA 4I7JA 1L83A 250LA 1L34A 3NY8A 1DYGA 1CU5A 234LA 225LA 4AQNA 3SN6R 162LA 1SWZA 2B70A 1C6NA 1ZURA 1QT5A 4I7MA 1OVHA 2F2QA 1L11A 1C62A 1CV6A 3HT7A 1QT3A 185LA 1L93A 1L18A 4K5YA 1L52A 1L89A 2CUUA 2RBSA 3HT6A 1P37A 2RBPA 1L40A 1CU0A 1CU2A 3HTGA 4W57A 103LA 3OE6A 1QS5A 181LA 1C6HA 1KW5A 1L91A 244LA 1L73A 1L15A 131LA 110LA 1CUPA 4I7KA 3HDEA 1LGUA 161LA 1L90A 1WTHA 219LA 1L77A 165LA 3HH5A 1L98A 2OEAX 212LA 2OE9X 104LA 6LZMA 1L25A 1QSBA 222LA 1OVKA 1LYDA 3OE9A 195LA 1L80A 1L07A 2RAYX 144LA 1L05A 1C6GA 1SWYA 2L78A 102LA 4I7QA 4ARQA 3GUJA 235LA 4DJHA 1LGXA 4PJZA 1CU3A 218LA 4I7RA 1C65A 1C64A 4DAJA 1L95A 3C8RA 143LA 3QAKA 3GUIA 196LA 1L32A 125LA 1L42A 4EKQA 4EJ4A 3HU9A 1L13A 1L04A 159LA 1L70A 1D2WA 3D4SA 4I7NA 1QUGA 119LA 1G0JA 1L79A 2Q9DA 3CDQA 1P5CA 148LE 1L63A 1QT4A 2B7XA 262LA 4PK0A 3G3VA 3CDTA 1L94A 176LA 2OU8A 1LYJA 127LA 1B6IA 4W58A 1D3JA 1CV1A 4YXAC 1XJTA 1L0JA 1DYCA 4LDLA 1KW7A 2RBRA 1CUQA 4W53A 1JQUA 120LA 1L39A 1CTWA 175LA 1C6BA 4I7SA 254LA 1L65A 1D3FA 1L45A 3NYAA 156LA 3K2RA 2A4TA 177LA 172LA 1P6YA 1SSYA 2RB0X 1KY1A 2B75A 1L16A 1L53A 1L30A 142LA 216LA 4LZMA 4W52A 1C66A 183LA 1OV7A 2OTYX 1L62A 3SB9A 206LA 1XJUA 3GULA 108LA 157LA 1DYDA 1G06A 1C6PA 223LA 3C7ZA 1L31A 1PQJA 1QUDA 1L02A 3UONA 1P7SA 3C7YA 3DN3A 4YXCA 1QUHA 112LA 174LA 4ARMA 1C6DA 3RZEA 1D2YA 2LC9A 226LA 169LA 1LWKA 1L74A 2Z6BA 152LA 3HTBA 256LA 113LA 3JR6A 1C67A 1LYFA 1L71A 1LPYA 3HH4A 4DKLA 4EKPA 115LA 1KS3A 1L03A 3HH3A 1T97A 1L99A 3L64A 4EKSA 1L86A 3GUPA 2OU0X 1L37A 251LA 1C69A 4GRVA 1C6CA 220LA 1LYEA 122LA 253LA 7LZMA 1PQMA 1QTDA 5LZMA 3GUMA 192LA 213LA 238LA 3C8SA 1JTMA 2RB2X 1C60A 1QS9A 1C63A 4W56A 1OWYA 3SB6A 1QSQA 2B73A 1L23A 1ZWNA 1L57A 1L64A 201LA 1L67A 2ANVA 4EXMA 1PQOA 1L00A 2B6TA 1DYFA 1L82A 4ARPA 4W55A 1L49A 1L01A 261LA 3HT9A 1QTCA 1C61A 1D3MA 1G0GA 1PQDA 229LA 138LA 205LA 2OTZX 232LA 1L06A 1L75A 1QT8A 1L22A 1DYAA 1C6IA 1L36A 4EKRA 1L50A 257LA 233LA 1C6JA 1L97A 3GUNA 3HUQA 164LA 173LA 1XEPA 114LA 118LA 1ZYTA 2NTHA 3HH6A 3L2XA 151LA 1L17A 1KNIA 1L10A 3PDSA 147LA 163LA 1LYIA 1L12A 1EPYA 3FADA 1L0KA 139LA 211LA 1L47A 221LA 146LA 1CX6A 3C80A 224LA 3RUNA 241LA 215LA 1DYBA 2LZMA 2QARC 2RH1A 1QT7A 197LA 1P2RA 1LI2A 3HU8A 128LA 3HTDA 155LA 137LA 2B74A 1G0PA 2HULA 4I7TA 3HWLA 1OWZA 1LI6A 1G0LA 1L54A 1L81A 4ARLA 1P56A 3LZMA 3C83A 1L44A 1L72A 149LA 3DMZA 1P2LA 1CX7A 1L61A 1L76A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M18B 8LYZA 3HDFA 5KXTA 1REXA 2F32A 2B6ZA 1L96A 4I7OA 2DQDY 2BQOA 1UIBA 3A3QA 1FDLY 4N1EI 1L43A 1YKYX 3TXEA 4E3UA 4DDBA 1LSDA 4W54A 2BQCA 4HTQA 4PGJB 3N9CA 3A94A 4C5FA 3DKEX 140LA 3QNGA 1L87A 1B5XA 2HUKA 1GE4A 5KXYA 3OE0A 2Z18A 3SB7A 1C6AA 107LA 5F81A 4S0WA 1ZVHL 2BQDA 187LA 171LA 4UWUA 1D9WA 5HMVA 4XJDA 3G3XA 1NDMC 3F9LA 4J7VA 4RDSA 5C6IA 1UCOA 4G4CA 2O4WA 3B0OA 5KXPA 4EPFA 7LYZA 5KKIA 4M4OA 1L85A 4NGWA 1CKGA 1L58A 1PZYA 5LIOA 1GEVA 1EL1A 1CV0A 1OUFA 1UIGA 1LHHA 1HSWA 4ARQB 4PRQA 4H90A 3V2YA 1NMMA 2YBMA 4ETBA 1L35A 1QUOA 4YOPA 1JWRA 4HTKA 5ILFA 1B7OA 1BWIA 248LA 1F6SA 167LA 170LA 1L59A 2YDGA 1IWWA 1LJFA 2BQEA 1JKDA 1UIEA 190LA 1XFPL 5FDJA 4NHPA 259LA 1LOZA 5B05A 3LYMA 5F16A 4GN3A 2NTGA 1LYHA 230LA 4OO9A 1DPWA 1LPIA 1JPOA 1GB2A 4LYOA 1C6QA 1INUA 3J4GA 2O7AA 1OUEA 130LA 3AGIA 2LCBA 3TXHA 4WMGA 188LA 4LZTA 3BKHA 1IWTA 1QSAA 4ARJA 4Z98A 3DN0A 2OE4X 4P2EA 1P64A 178LA 2HEEA 5I5QA 2YBHA 3SBBC 1C6FA 1OV5A 3HT8A 160LA 2EPEA 5I4XA 1L19A 2ZILA 3V2WA 1C6LA 3WULA 3HUKA 1NDGC 4W51A 2F47A 4Z41A 1L83A 1GFHA 1UC0A 3TMVA 5KXMA 1IP5A 3SN6R 1HFYA 2EIZC 2F30A 2Q0MX 1GFUA 1QT3A 3CSZA 1HMKA 1LZAA 4ZFPA 2D4KA 1HF4A 103LA 1QS5A 3EXDA 4TSCA 2ZQ4A 1L91A 1WVVA 3KAMA 1CUPA 4I7KA 5LINA 1L90A 2ZNWY 4W96A 3RW8A 165LA 2OEAX 212LA 2CGIA 6LZMA 1FLUA 1GBZA 1QSBA 1VDTA 1CKCA 195LA 1GAYA 4H1PA 2RAYX 144LA 1CJ9A 5L3IA 3RNXA 2D4IA 3HBEX 1QSWA 1HELA 1JHLA 3TXIA 3GUJA 218LA 1YAPA 3AJNA 4MR1A 3QAKA 1GFTA 3GUIA 125LA 1LSAA 4CGEA 3WUAA 3TMXA 1L04A 159LA 4I7NA 2XJWA 4B1AA 1G0JA 4PK0A 1L94A 176LA 1B5VA 2OU8A 1LSFA 127LA 4LT1A 1NBYC 1D3JA 4NHSA 2BQAA 4YXAC 1XJTA 1ZV5L 2W1LA 1DKKA 1CUQA 1CTWA 175LA 2DQCY 1D3FA 1RE2A 2A4TA 1JTTL 3A6BY 4HJZA 2RB0X 1YKZX 142LA 4DD2A 1L62A 2ZIJA 206LA 1YROA 4WL7A 3WL2A 1VAUA 1G06A 1I56A 3WUMA 223LA 1LYZA 1QUDA 5LA5A 4TX7A 3C7YA 3WVXA 4YXCA 1REYA 174LA 1IWUA 1C6DA 2LC9A 3D3DA 1KIQC 4NIJA 226LA 1LWKA 2HEFA 4I0CA 152LA 1C08C 5APDA 2IFFY 3CT1A 2BQIA 1BGIA 1G7LC 1C67A 4LT2A 1B7PA 1T97A 5IHGA 4UWVA 1HHLA 5APFA 4HPIA 2LYOA 133LA 7LZMA 1HC0A 1HMLA 1AKIA 1OUIA 213LA 1JTMA 1C63A 2A7DA 4WG7A 1OWYA 1QSQA 1BHZA 1ZWNA 1L57A 1L64A 4GLVA 201LA 1TEWA 2Z39A 2ANVA 4LYTA 1DYFA 1BB7A 2HECA 2F4AA 1L01A 3HT9A 2HEBA 1XGTC 1GXXA 1FBIX 2DQJY 3CT0A 205LA 2OTZX 1FN5A 1B7NA 1FLYA 1BWJA 1L06A 1QT8A 2ZWBA 4XJHA 4DDCA 1DYAA 1C6IA 4DD0A 1C6JA 1L97A 4ML7A 1OUJA 4H91A 118LA 5IELA 1ZYTA 1EQ4A 5KXRA 147LA 1HEMA 5AMYA 211LA 1L47A 1LZ5A 3C80A 1GE2A 6LYZA 241LA 4ZIXA 4OWAA 4DWXA 1KXXA 2LZMA 4NGYA 3WXUA 2RH1A 1XGRC 197LA 1P2RA 3AB6A 137LA 1PS5A 1QUSA 4IATA 2MEDA 1WVUA 3AGHA 1DQJC 2I6ZA 3C83A 4MSTA 1GB7A 2DKVA 4M6DA 1L72A 3DMZA 1L61A 4CHXA 5FSTA 1L66A 227LA 1WQMA 1WQOA 200LA 1K28A 1LLHA 1CV5A 4QEQA 1AT6A 3TMUA 1QUTA 3WW6A 3SP3A 255LA 1C7PA 3A96A 3WYHA 1L41A 1G7IC 1GE1A 1JKAA 1GF7A 1L51A 4GCFA 4KL7A 5HLLA 1TLAA 1GFEA 1L92A 1IWYA 4G49A 4DD3A 5F14A 2ZQ3A 3OE8A 132LA 1JJ1A 2ANXA 2W1YA 4HP0A 1L08A 4YM8A 199LA 1L46A 2FYCA 1L29A 4W94A 1HFZA 2XBRA 1L33A 4DDAA 1C68A 5L3HA 4NHTA 1L38A 2B72A 1LJHA 1KY0A 4XN6A 1LJNA 4WO6A 2B6YA 2QB0B 4HJVA 1LZDA 1GF9A 1H6MA 1B0DA 1CJ8A 3AYQA 3FI5A 3EMSA 1T6HA 1P3NA 1LJIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3M18 B;  8LYZ A;  3HDF A;  5KXT A;  1REX A;  2F32 A;  2B6Z A;  1L96 A;  4I7O A;  2DQD Y;  2BQO A;  1UIB A;  3A3Q A;  1FDL Y;  4N1E I;  1L43 A;  1YKY X;  3TXE A;  4E3U A;  4DDB A;  1LSD A;  4W54 A;  2BQC A;  4HTQ A;  4PGJ B;  3N9C A;  3A94 A;  4C5F A;  3DKE X;  140L A;  3QNG A;  1L87 A;  1B5X A;  2HUK A;  1GE4 A;  5KXY A;  3OE0 A;  2Z18 A;  3SB7 A;  1C6A A;  107L A;  5F81 A;  4S0W A;  1ZVH L;  2BQD A;  187L A;  171L A;  4UWU A;  1D9W A;  5HMV A;  4XJD A;  3G3X A;  1NDM C;  3F9L A;  4J7V A;  4RDS A;  5C6I A;  1UCO A;  4G4C A;  2O4W A;  3B0O A;  5KXP A;  4EPF A;  7LYZ A;  5KKI A;  4M4O A;  1L85 A;  4NGW A;  1CKG A;  1L58 A;  1PZY A;  5LIO A;  1GEV A;  1EL1 A;  1CV0 A;  1OUF A;  1UIG A;  1LHH A;  1HSW A;  4ARQ B;  4PRQ A;  4H90 A;  3V2Y A;  1NMM A;  2YBM A;  4ETB A;  1L35 A;  1QUO A;  4YOP A;  1JWR A;  4HTK A;  5ILF A;  1B7O A;  1BWI A;  248L A;  1F6S A;  167L A;  170L A;  1L59 A;  2YDG A;  1IWW A;  1LJF A;  2BQE A;  1JKD A;  1UIE A;  190L A;  1XFP L;  5FDJ A;  4NHP A;  259L A;  1LOZ A;  5B05 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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