253LA

Lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKATEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A relationship between protein stability and protein function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 253lA00
235LA 1L85A 3DNAA 2B6TA 1L57A 1DYGA 243LA 1OWYA 246LA 3OE9A 1QT7A 1L47A 1P2RA 131LA 2RAZX 2CUUA 1C69A 1L0KA 3RUNA 3SB7A 129LA 4DKLA 166LA 1L28A 1G06A 4ARPA 191LA 1OVKA 2O7AA 3C8RA 1QTVA 230LA 1C6MA 4I7PA 238LA 4EKPA 1G1VA 114LA 172LA 3SN6R 1DYDA 1PQDA 220LA 1L41A 111LA 199LA 1L23A 258LA 1LYGA 261LA 1C6CA 3C80A 4ARLA 2F2QA 223LA 4YXAC 2F47A 4DAJA 3HH3A 1XJTA 201LA 125LA 4EPFA 1CV6A 118LA 3HH5A 3HUKA 122LA 1QTBA 4I7OA 4E97A 4I7NA 1L50A 1PQKA 1DYAA 102LA 3G3WA 1L90A 1P46A 4I7SA 2OE4X 1G0MA 2B6WA 1L24A 1CU6A 1L98A 185LA 196LA 195LA 1L31A 4LDOA 1L29A 192LA 1DYFA 2IGCA 2OE9X 1L89A 3C7ZA 3PDSA 222LA 237LA 214LA 146LA 236LA 3DMXA 4EJ4A 1C6HA 1L33A 1P37A 4W51A 5LZMA 2RB1X 1C62A 4W59A 3C7WA 219LA 3OE0A 152LA 1SSWA 3DN6A 164LA 1L94A 1OWZA 113LA 1T8GA 1L05A 4YX7C 130LA 1P6YA 1L37A 2NTGA 3HU8A 1CU5A 4PK0A 4I7MA 1QSBA 4ARQB 3GUPA 1L71A 1L66A 1L18A 158LA 104LA 170LA 257LA 3HT9A 1D9WA 1L02A 1L65A 1L61A 1OV5A 143LA 190LA 3HWLA 138LA 1L70A 1L79A 1L60A 1G0JA 2OU0X 228LA 2Z6BA 4K5YA 3QAKA 3SB9A 1L59A 4LDLA 2HUKA 1L63A 165LA 3GUMA 126LA 1T8FA 1QUGA 2OEAX 1G0QA 2F32A 232LA 1L11A 3GUIA 1DYEA 1OVJA 1QT4A 1SSYA 163LA 3LZMA 1P64A 1L00A 1QT6A 1LYIA 162LA 1LYJA 3DN0A 1L93A 1WTHA 1L46A 1LWKA 1L51A 211LA 1L75A 197LA 2LZMA 1CU3A 1L86A 248LA 141LA 109LA 1CX6A 1C6PA 3NY8A 1CVKA 2B74A 156LA 1LPYA 3DN8A 1G0LA 1SWZA 4I7RA 1L27A 1L03A 3F8VA 1L39A 1QS5A 103LA 145LA 225LA 2L78A 4ZPUA 1L81A 6LZMA 1OYUA 3D4SA 234LA 1C6AA 1C6EA 139LA 3C83A 180LA 3SB8A 1C60A 3HDFA 4EKSA 1T97A 168LA 1L06A 1L17A 245LA 2B6YA 1NHBA 1LYDA 1LGWA 242LA 3GUKA 1QTHA 2RH1A 4W57A 3DMVA 249LA 253LA 1JTMA 1C6QA 3C7YA 157LA 4EXMA 1C61A 1PQMA 1P3NA 159LA 1B6IA 1L12A 3C82A 2ANXA 2O4WA 1CUQA 2QARC 1CV0A 2RBOA 3HTBA 155LA 227LA 4EKQA 1L99A 3DKEX 1QT3A 3HU9A 3CDVA 224LA 213LA 1L08A 1D2WA 1L82A 1L67A 4OO9A 210LA 1C67A 3DMZA 1L04A 3CDQA 1D2YA 3HT8A 1CV5A 1CU2A 1L96A 1DYCA 1L21A 1QUHA 1L32A 1TLAA 2RBSA 4W58A 1P2LA 1T6HA 3HTFA 150LA 176LA 3DN3A 2Q9EA 1L42A 212LA 1C6TA 1KNIA 1ZWNA 1DYBA 247LA 3SBBC 244LA 188LA 175LA 169LA 4W56A 1D3NA 2B7XA 1C66A 173LA 4ARJA 2LCBA 167LA 115LA 1C6JA 1C6DA 1LI6A 1L53A 2OTZX 2Q9DA 3V2WA 1L76A 4LZMA 4GBRB 1PQJA 4I7LA 4W54A 3C8QA 4ARMA 4YXCA 5I14A 1L38A 1L92A 239LA 140LA 1C6NA 1L45A 107LA 2B75A 2RBNA 3UONA 2OU8A 3SBAA 2B73A 1PQOA 218LA 1QTCA 1C6IA 2RB0X 260LA 2OTYX 1QUOA 4LDEA 1P5CA 108LA 110LA 1C64A 1KY1A 1L97A 3CDOA 3L64A 2QB0B 1L80A 1L36A 1LYEA 1LYFA 4W52A 1G0GA 251LA 1G0KA 3HT6A 1L72A 1D3JA 1LLHA 1L20A 4W53A 1CX7A 1L68A 1L69A 183LA 144LA 1JTNA 2B72A 3GUOA 1L14A 1QSQA 186LA 3CDTA 1KW5A 3F9LA 1L62A 3VW7A 3C8SA 1C6FA 1L55A 3NYAA 1LI3A 3HH6A 3HT7A 3GUNA 4I7JA 1QTDA 1CUPA 1D3FA 1L22A 1L54A 2RBRA 2O79A 3FA0A 259LA 1T8AA 250LA 1P7SA 7LZMA 3SB5A 2RBPA 1L09A 1SWYA 215LA 2RBQA 1C6GA 1KY0A 4PJZA 3G3XA 2ANVA 226LA 1ZYTA 1G07A 1CV1A 174LA 119LA 147LA 4I7TA 3HUQA 3OE6A 1OVHA 3V2YA 3HTGA 3DN1A 1L52A 240LA 2RAYX 221LA 2NTHA 160LA 1QT8A 127LA 1CV4A 1L95A 4GRVA 1PQIA 1L25A 1LGXA 241LA 2A4TA 184LA 4I7KA 216LA 3HUAA 3L2XA 4S0WA 2LC9A 209LA 3NY9A 1L01A 3HTDA 1C6LA 1L26A 256LA 4I7QA 3FADA 3RZEA 1L87A 3ODUA 1QT5A 189LA 2RB2X 1XEPA 3CDRA 3GULA 205LA 3HH4A 1L64A 4AQNA 2B70A 149LA 1L13A 1L34A 3JR6A 1P36A 2OE7X 182LA 178LA 1LWGA 2HUMA 1P56A 151LA 1LYHA 187LA 1OV7A 1LW9A 1K28A 206LA 1L35A 148LE 1G1WA 1KS3A 200LA 2OU9A 198LA 3FI5A 4IAPA 1CU0A 1L74A 1ZURA 1L84A 1C68A 1L73A 4EKRA 4ARQA 128LA 1L15A 1C6BA 1LI2A 1L0JA 1L19A 262LA 217LA 1C6KA 1C63A 1QTZA 1L16A 1CTWA 1SX7A 1G0PA 3GUJA 1L43A 1I6SA 1D3MA 4ARMB 120LA 171LA 1L30A 1L88A 1L91A 3DN4A 4DJHA 1L58A 233LA 1KW7A 3K2RA 123LA 252LA 1QS9A 1L07A 1L44A 1C65A 229LA 137LA 161LA 3PBLA 2B6XA 181LA 231LA 3EMLA 3HDEA 3OE8A 142LA 2B6ZA 3SB6A 255LA 1L77A 1L56A 112LA 1SX2A 1L83A 254LA 3DN2A 1XJUA 1L10A 1JQUA 3G3VA 2HULA 1EPYA 1L40A 1QUDA 3C81A 1LGUA 4EPIA 1L48A 1CV3A 4W55A 1L49A 177LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
235LA 1WQNA 246LA 1LJGA 1P2RA 1L0KA 4DKLA 1QSWA 3F6ZA 194LA 4ETDA 3WYHA 3RZ4A 2MEEA 1J1XY 4EKPA 1G1VA 9LYZA 1PQDA 4KL7A 1BB4A 111LA 4NHTA 4B0DA 4OOTA 4YXAC 4DAJA 4II8A 4DD2A 5I4XA 201LA 5HQ1A 1GAYA 3HH5A 4I7OA 5LVKA 3IWRA 1BGIA 1C45A 102LA 5B1FA 3RNXA 1CU6A 4HPIA 4DD1A 2GV0A 3TMVA 2ZWBA 222LA 1LSGA 1LZSA 3DMXA 1C6HA 4PPOA 3CQLA 1IWTA 2RB1X 3MGWA 4Z98A 1NF5A 3C7WA 3OE0A 1B7PA 1EQ4A 4H91A 1SSWA 1L94A 2Z38A 1LYOA 1JKCA 5B59A 1BWJA 1CJ7A 4OWBA 1LSNA 3HU8A 2XTHA 1LMTA 2LYMA 4ARQB 3GUPA 1O23A 170LA 4NG1A 4BADA 1GFEA 1UIEA 3HWLA 138LA 1HEWA 132LA 228LA 2Z6BA 4KT3A 5A3ZA 3QAKA 3TXDA 1L59A 4LDLA 5DN5A 4H92A 1RI8B 1OUIA 1B5YA 3GUMA 1G7IC 4L41A 4LYOA 2OEAX 2MEIA 1L11A 4XJBA 3LZMA 4Z41A 1AKIA 1P64A 1L00A 1QT6A 1UC0A 5F9XA 1LJ3A 2MEBA 1WTHA 1IVMA 1LWKA 1EL1A 1JTTL 3OK0A 3WXTA 1JEFA 1REYA 1CU3A 1L86A 3N9EA 109LA 3CT5A 4W94A 1C7PA 1TCYA 3DN8A 1JWRA 1L27A 3TXEA 1QS5A 225LA 3A90A 1B5XA 1OYUA 4OWEA 1GE0A 234LA 1IP7A 1C6EA 2BPUA 2ZYCA 1OUDA 1LTMA 1C60A 2F2NA 168LA 1L06A 1XGQC 245LA 4OWAA 1NHBA 1UIGA 2HEDA 1LGWA 3RU5A 1NHEA 1JTMA 3C7YA 3ATNA 159LA 1LSAA 2LZTA 1F6RA 4B49A 1YANA 2RBOA 3HTBA 1LMPA 2XQOA 1IOSA 3CDVA 1GFRA 1C67A 3WU7A 5FDJA 3CDQA 1D2YA 1H6MA 1CU2A 1DYCA 2BQNA 1GFAA 5DM9A 1TLAA 2RBSA 4I8SA 3HTFA 2ZNXY 4WLYA 212LA 4WM2A 1ZWNA 244LA 188LA 169LA 1HMKA 3M18B 1FDLY 1IWVA 2BLXA 5IHGA 1C6DA 1LI6A 2ZIJA 1L53A 4ETBA 3AJNA 3J4GA 4H9BA 4ARMA 4QDNA 3AB6A 1JITA 2DQHY 2VB1A 2HEAA 107LA 4ZFPA 2B73A 5LVIA 1LSEA 4LT3A 3QNGA 1F0WA 1D6QA 1P5CA 110LA 4XN6A 4ETEA 1LYEA 3IJVA 4HV1A 251LA 5L9JA 2D91A 1YL1X 1D0KA 5E9RA 1LMAA 1LSYA 2W1LA 1L69A 1JSFA 144LA 1JTNA 2B72A 1ALCA 3GUOA 1L14A 1LZDA 5T3FA 2ZQ4A 3F9LA 1L62A 3NYAA 5ILCA 1QTDA 4GN3A 1D3FA 4G4HA 3FA0A 1T8AA 3WXUA 1WQOA 1RE2A 2RBPA 1IOTA 5KJ9A 3WU9A 1SWYA 4NHIA 3G3XA 4XENA 4NHQA 1CV1A 1SQ2L 3CT0A 119LA 147LA 4UWUA 4DDAA 3V2YA 1L52A 2HECA 5LAFA 3A3QA 1GBXA 2XJWA 2W1YA 4RW1A 1LGXA 3G3BB 2YBLA 1LMCA 193LA 3CSQA 3HUAA 1ZVYB 2LC9A 1FBIX 1L26A 4I7QA 3A6CY 3WL2A 5F9UA 1QT5A 189LA 2RB2X 3CDRA 3WPJA 1XSFA 4TSCA 205LA 1LZ8A 4CHXA 1UIHA 1GE4A 4N1CC 3LZ2A 4P2EA 2F4AA 4G9SA 2OE7X 4GCDA 3TMWA 1OV7A 1IWYA 198LA 4IAPA 1XGTC 1BVXA 1JJ0A 1C68A 1L73A 2BQJA 5LA8A 4EKRA 4ARQA 128LA 1L15A 1GHLA 4WMGA 1LI2A 1L16A 1L43A 3K3TA 1OQMA 5I4YA 120LA 1L30A 4ET9A 3AW6A 5LVGA 1XFPL 4DDBA 2C8OA 2YBJA 2FYDA 1C65A 4NG8A 3PBLA 3AZ6A 3AGHA 5HLLA 3EMLA 142LA 2B6ZA 255LA 2D4JA 1LZGA 2H9KA 1GE1A 112LA 1SX2A 4H93A 1QUTA 4N9RA 1N4FA 5JENB 1UBZA 1LGUA 1LSFA 4TX7A 1I56A 4Z46A 1B7QA 1IO5A 2ZIKA 1L49A 1D0MA 1LSMA 1L85A 243LA 1OWYA 4HSFA 1LJKA 1LSDA 1QT7A 2ZNWY 4XYYA 1L28A 1NBYC 191LA 1GDXA 1OVKA 4OOOA 1VATA 3D9AC 3C8RA 1JPOA 1QTVA 238LA 3WH1A 3LYTA 114LA 1B5WA 172LA 3SN6R 2LYOA 1L41A 2MEFA 5DL9A 199LA 1LYSA 261LA 4QEQA 1C6CA 3C80A 2F2QA 223LA 1MLCE 3HBEX 4NSIA 4HV2A 125LA 1GF3A 4EPFA 5FCPA 1DPXA 1UUZC 2CWIA 5KXZA 1NBZC 122LA 1QTBA 5I5QA 4E97A 4WM6A 1L50A 2D4KA 1BWIA 208LA 2HEEA 1L98A 185LA 2BQFA 195LA 2DQJY 1DYFA 2IGCA 4WM4A 1LZRA 237LA 5KXWA 4GLAA 219LA 2I25L 4PHIA 4GCEA 1HF4A 2YDGA 152LA 4NGZA 4DD0A 4H9IA 1T8GA 1OUBA 4YX7C 1HHLA 1LZ9A 1QTKA 130LA 4W96A 2CDSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 235L A;  1WQN A;  246L A;  1LJG A;  1P2R A;  1L0K A;  4DKL A;  1QSW A;  3F6Z A;  194L A;  4ETD A;  3WYH A;  3RZ4 A;  2MEE A;  1J1X Y;  4EKP A;  1G1V A;  9LYZ A;  1PQD A;  4KL7 A;  1BB4 A;  111L A;  4NHT A;  4B0D A;  4OOT A;  4YXA C;  4DAJ A;  4II8 A;  4DD2 A;  5I4X A;  201L A;  5HQ1 A;  1GAY A;  3HH5 A;  4I7O A;  5LVK A;  3IWR A;  1BGI A;  1C45 A;  102L A;  5B1F A;  3RNX A;  1CU6 A;  4HPI A;  4DD1 A;  2GV0 A;  3TMV A;  2ZWB A;  222L A;  1LSG A;  1LZS A;  3DMX A;  1C6H A;  4PPO A;  3CQL A;  1IWT A;  2RB1 X;  3MGW A;  4Z98 A;  1NF5 A;  3C7W A;  3OE0 A;  1B7P A;  1EQ4 A;  4H91 A;  1SSW A;  1L94 A;  2Z38 A;  1LYO A;  1JKC A;  5B59 A;  1BWJ A;  1CJ7 A;  4OWB A;  1LSN A;  3HU8 A;  2XTH A;  1LMT A;  2LYM A;  4ARQ B;  3GUP A;  1O23 A;  170L A;  4NG1 A;  4BAD A;  1GFE A;  1UIE A;  3HWL A;  138L A;  1HEW A;  132L A;  228L A;  2Z6B A;  4KT3 A;  5A3Z A;  3QAK A;  3TXD A;  1L59 A;  4LDL A;  5DN5 A;  4H92 A;  1RI8 B;  1OUI A;  1B5Y A;  3GUM A;  1G7I C;  4L41 A;  4LYO A;  2OEA X;  2MEI A;  1L11 A;  4XJB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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