254LA

Lysozyme
Total Genus 57
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKSTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title A relationship between protein stability and protein function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 254lA00
1LYJA 1L02A 1LGXA 168LA 230LA 1QTBA 1PQKA 4W52A 241LA 1L29A 152LA 195LA 159LA 1L42A 4S0WA 1C6LA 1L21A 1L71A 1QTZA 1CU5A 1D3FA 1L54A 1L66A 1T97A 3SB9A 1LYDA 2OE4X 223LA 110LA 2CUUA 3NY9A 237LA 1P3NA 115LA 1OYUA 4YXCA 1PQJA 257LA 1C6BA 1CUQA 3DN6A 3SB8A 160LA 3L2XA 3GUPA 1L60A 3DMVA 1CX6A 4LZMA 3GUJA 1C6DA 2OEAX 1L03A 233LA 1P46A 3K2RA 3FA0A 1CX7A 1L40A 2ANVA 1L38A 1L08A 1L90A 149LA 1CV0A 4W59A 1L43A 150LA 1KY0A 1L04A 259LA 3GUMA 137LA 1C60A 1TLAA 3DN2A 4EJ4A 215LA 128LA 261LA 107LA 184LA 120LA 1L63A 1T8GA 1L53A 1L95A 2OE7X 127LA 190LA 4YX7C 1L82A 3HTFA 3F9LA 4AQNA 4I7JA 1L33A 1ZYTA 3CDVA 1C67A 1L70A 1QTHA 2QARC 1L88A 201LA 226LA 1QT5A 211LA 2A4TA 1QS9A 1G07A 3UONA 1L44A 1JTMA 1L51A 1L83A 1P2LA 183LA 3SBBC 3JR6A 1L92A 1L56A 118LA 1L45A 2F32A 3C7ZA 1ZURA 250LA 1CV4A 1QT7A 1L13A 1L0JA 3OE9A 1L67A 1CV6A 249LA 1XJTA 3CDQA 228LA 2B6TA 1PQIA 1L22A 3OE6A 1D9WA 158LA 145LA 1C6JA 1LYEA 1LYIA 1KS3A 1CU0A 3PBLA 3HUKA 1L17A 1L73A 4ARQB 4LDEA 3DKEX 1SSYA 2HULA 2NTGA 161LA 1L12A 1L05A 246LA 3OE0A 2RBQA 6LZMA 1SWYA 3D4SA 3SN6R 1CU3A 3C81A 7LZMA 227LA 164LA 3HTGA 165LA 162LA 1LW9A 1LYHA 224LA 3VW7A 1C68A 231LA 4EKPA 3C7YA 3F8VA 3C8RA 1C6HA 1L36A 1DYDA 143LA 189LA 1C63A 1D2WA 3HUAA 4W55A 3PDSA 4I7OA 3CDOA 2RBNA 2OU9A 177LA 1G0MA 3G3XA 146LA 2OTZX 1PQOA 1L14A 1L81A 2RH1A 1L46A 4I7TA 1B6IA 187LA 163LA 2HUKA 1I6SA 148LE 229LA 119LA 1QT8A 4W58A 1D3MA 1L19A 1P6YA 1T8FA 4W53A 138LA 1L52A 240LA 1OV7A 1L61A 2L78A 1OVKA 3EMLA 3DN3A 5LZMA 1P7SA 3FI5A 210LA 4ARMA 1G0JA 1L72A 1CUPA 1L59A 3C80A 1L16A 2ANXA 2LZMA 1OV5A 1L79A 174LA 3V2YA 104LA 200LA 1L57A 251LA 2OE9X 173LA 1C6FA 1SWZA 181LA 3SBAA 3G3VA 196LA 1L11A 1L93A 1C6QA 2OTYX 4YXAC 1G1WA 1L74A 3HT6A 3LZMA 2OU0X 1T6HA 1L94A 236LA 147LA 222LA 1PQDA 1KY1A 1L89A 1LI3A 4I7SA 1CV5A 1LYFA 1L64A 2B6XA 3HUQA 1L06A 1D2YA 4I7QA 1K28A 4K5YA 1G0KA 126LA 1QSQA 1G0QA 2RBSA 3HDFA 167LA 1D3JA 4I7PA 3GUOA 1L50A 3DMZA 1L10A 141LA 2Z6BA 1L87A 2B72A 166LA 4IAPA 4ZPUA 1ZWNA 3DN8A 242LA 219LA 3L64A 2RB1X 3DN0A 214LA 4GBRB 1C64A 130LA 1QT3A 2HUMA 3C8SA 4ARJA 1LWGA 238LA 2B73A 4W57A 1QUHA 112LA 3DMXA 1L75A 1CV1A 4EKQA 252LA 1SSWA 206LA 1OVJA 1C6TA 3DN4A 2RAZX 2RB0X 1CU2A 3GUKA 1LGUA 4OO9A 4I7KA 5I14A 122LA 2B74A 3HT9A 186LA 1C6IA 2LC9A 1P36A 1DYAA 1QTDA 4EXMA 2O79A 4DJHA 2B6YA 129LA 2F47A 3HU9A 1L96A 2Q9DA 1QUGA 1C61A 3HH3A 4EKSA 1L68A 1L37A 1L77A 191LA 4I7NA 220LA 1CVKA 102LA 3QAKA 1G0PA 1L99A 192LA 1L69A 1L28A 260LA 2OU8A 1C6EA 1QSBA 1C6NA 217LA 3NYAA 1L20A 123LA 1T8AA 3OE8A 111LA 1EPYA 3RZEA 216LA 3ODUA 225LA 1L24A 4EPIA 4ARLA 1SX2A 103LA 1G0LA 1L23A 2B7XA 114LA 4PK0A 157LA 172LA 1JTNA 1LI2A 3CDRA 3NY8A 1L34A 1PQMA 1SX7A 212LA 131LA 1JQUA 1DYEA 3C7WA 205LA 256LA 2QB0B 245LA 244LA 3DNAA 1DYBA 3GUNA 2Q9EA 4DKLA 1DYFA 1L26A 4W51A 1L15A 254LA 4PJZA 1QS5A 1L18A 1LYGA 1C65A 3CDTA 1DYGA 248LA 176LA 3C83A 1L55A 1L62A 2F2QA 1L80A 232LA 255LA 1LWKA 1G0GA 2NTHA 4ARQA 239LA 2O4WA 198LA 4ARPA 1QTVA 4I7LA 1P37A 1CU6A 1L39A 1L32A 3HDEA 1L97A 142LA 1C6CA 4I7RA 139LA 2LCBA 3HH6A 1XEPA 1G06A 2RBOA 1OVHA 243LA 3FADA 151LA 1OWYA 180LA 262LA 1L47A 1L49A 3HTDA 4W54A 4EPFA 1L31A 234LA 3SB5A 1P56A 125LA 1L84A 1WTHA 199LA 3C82A 218LA 1LPYA 1QT4A 3HU8A 1L27A 188LA 2RAYX 1KW7A 247LA 1KW5A 1D3NA 4EKRA 4LDLA 1L01A 1C6AA 182LA 3GUIA 235LA 1QTCA 3RUNA 175LA 3HT8A 113LA 1L35A 1CV3A 2RB2X 4ARMB 253LA 3C8QA 1QUOA 1L09A 4GRVA 1L85A 1C6GA 213LA 1L07A 109LA 1L76A 1LLHA 209LA 1L58A 2RBPA 170LA 3SB7A 1L30A 1C6MA 1L00A 140LA 2B6WA 3GULA 2B6ZA 1XJUA 108LA 2IGCA 1L65A 3HH5A 1L91A 169LA 4I7MA 155LA 1C6KA 4W56A 3DN1A 1P2RA 1G1VA 1LGWA 144LA 2B75A 1L25A 2RBRA 1KNIA 1L0KA 1L86A 1L98A 178LA 3V2WA 1QUDA 1C69A 197LA 1CTWA 4DAJA 171LA 258LA 1P64A 1C6PA 1QT6A 3HWLA 4LDOA 3SB6A 1NHBA 3HTBA 3G3WA 1C66A 156LA 3HH4A 2O7AA 185LA 1DYCA 4E97A 221LA 3HT7A 1OWZA 1L48A 1P5CA 1C62A 1L41A 2B70A 1LI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LGXA 2B5ZA 1DI4A 4LYMA 230LA 1QTBA 5AMYA 4W52A 1L29A 195LA 1UUZC 159LA 4PRUA 3VWOA 1CJ6A 1IR7A 1C6LA 5KXZA 2W1MA 1IWVA 1D3FA 1GBSA 2LZTA 3TXIA 1IC4Y 3WU7A 1CJ9A 2CUUA 4GCFA 2DQJY 1P3NA 1AT5A 257LA 3DN6A 3AGHA 4G9SA 4WLTA 1UIFA 1HNLA 5KXNA 1OUHA 1CX6A 5B59A 1LZ1A 2D6BA 2FBDA 4LZMA 1KXYA 5APFA 1LKRA 1L03A 5KXKA 1LMQA 3FA0A 1BB4A 1LHHA 5DN5A 1L43A 1QTKA 4EJ4A 1LTMA 1IP4A 4YEMA 261LA 1L53A 127LA 1A2YC 4B4IA 3WXUA 3F9LA 2G4PA 4I7JA 1ZYTA 1GB0A 1L70A 1QTHA 1GXXA 1QS9A 1T3PA 2ZNWY 4ETAA 4LT3A 2BQIA 1GAYA 4NGVA 250LA 1JKDA 1LAAA 1QT7A 5FCPA 1GFEA 3B72A 1O23A 4M4OA 1GB7A 1LYEA 4TWSA 1WQPA 1WQOA 193LA 1J1XY 2BQHA 4GN5C 1WTNA 3HUKA 1VDSA 4RDSA 5FHWA 1D0MA 1L12A 1B7LA 3A6BY 2RBQA 1SWYA 1B5UA 4IJ4A 227LA 3HTGA 2A7FA 4WLXA 5D5FA 3WUNA 162LA 1V7TA 3VW7A 2EQLA 1HELA 3TXBA 4PGJB 1DYDA 1C63A 1CKGA 1JHLA 4H9EA 2RBNA 4LYTA 5ILFA 1YL1X 1L81A 2RH1A 2BQMA 1TDYA 1IWXA 1LSEA 3LYZA 1I6SA 2F2NA 1JKBA 4W58A 4H9CA 4N5RA 4MSTA 5EBHA 1L19A 1P6YA 4XJBA 1GB3A 4W53A 2YSSC 4G4HA 1G7IC 4G4CA 240LA 1XFPL 2Z18A 4Z3MA 3IWRA 4ARMA 1CUPA 1L59A 1YKXX 1L16A 174LA 200LA 1L57A 1SWZA 1IOCA 2XBRA 1LJJA 1TAYA 1BB3A 1ZVHL 2OTYX 1IWWA 2FYDA 1TEWA 4ZEEA 1L94A 2HEDA 1LI3A 1LYFA 1D2YA 4I7QA 4K5YA 1IP5A 2BQEA 126LA 1G0QA 1CKFA 3EBAB 167LA 1AM7A 3GUOA 5KXYA 1UICA 4WM5A 4DT3A 1L10A 1LZYA 1FLYA 1REMA 1L87A 1LHIA 2B72A 166LA 1LZGA 1OUGA 5M1YA 2HU3A 1CKDA 1LMPA 2MECA 1GB2A 1HEQA 219LA 3BKVA 4TSCA 4GN3A 3WPLA 1J1OY 1GB9A 5C6IA 3C8SA 4ARJA 1LWGA 1CKCA 1QUHA 3DMXA 1L75A 1QSAA 1KIPC 1LHLA 206LA 2RAZX 1ALCA 4BAFA 1CU2A 4ETCA 3GXKA 1LHMA 2BQCA 1HF4A 3J6KA 5I14A 2B74A 4TX7A 3WL2A 4L41A 4N1CC 1C61A 3HH3A 1RJCB 2DQDY 154LA 4I7NA 4N0JA 1CVKA 3QAKA 1OUFA 1EL1A 2BAAA 2W1LA 1C6EA 4NG8A 1LMOA 3NYAA 1T8AA 123LA 2I26L 1EPYA 1LJ3A 3RZEA 5I5QA 216LA 225LA 1LSNA 1LCNA 1SX2A 5E9RA 172LA 1NBYC 1JTNA 1LI2A 1F6SA 4H92A 3CSZA 1B7MA 2ZNXY 4NHPA 1SX7A 212LA 131LA 1JQUA 3AGGG 1XEIA 3DNAA 5F14A 1DYFA 1L26A 1BQLY 2HU1A 1GF8A 1L18A 1LYGA 1QTEA 2MEIA 1QDRA 1L55A 232LA 2F4AA 1RI8B 5KXPA 4ARPA 4QY9A 5B07A 1CU6A 1KXXA 4KT3A 4J1AA 1HSXA 142LA 1BWJA 1LSPA 1C6CA 1GE2A 1XEPA 1G06A 1REZA 1OVHA 3TXJA 151LA 1VEDA 5APCA 1HFXA 125LA 2IHLA 1LZTA 4Z41A 1UC0A 3LYTA 5ILCA 4DQ5A 4WM3A 3A96A 2RAYX 1IOTA 4GCCA 4CHXA 1WQRA 1D3NA 4C3WA 4LDLA 1IIZA 1NMMA 3GUIA 1QTCA 3AJNA 1OUIA 3FE0A 1VDQA 175LA 2D91A 1D6PA 7LYZA 4OOOA 2RB2X 4ARMB 4H9HA 253LA 1VFBC 1YIKA 5F9UA 1C6GA 1L07A 1LZEA 209LA 170LA 2BLXA 3LZTA 4KXIA 2IGCA 108LA 4HJZA 1DXJA 169LA 4H93A 4WLYA 2Z37A 1LGWA 144LA 2B75A 2RBRA 1L0KA 4II8A 4DC4A 1HEPA 197LA 1CNSA 5DLAA 1LZCA 4W96A 3A34A 5B1GA 1BB5A 4LDOA 3G3WA 3T6UA 1I1ZA 4H8YA 3ZVQA 1L02A 1ZV5L 1IC5Y 1IWZA 1JISA 1PQKA 2YBIA 3LYMA 1HHLA 1L71A 1CU5A 3K3TA 1L54A 3P64A 3SB9A 2OE4X 223LA 1GBWA 4CGEA 1OYUA 5C6JA 1B7RA 1YL0X 1IWYA 3SB8A 3AZ7A 3AW6A 1JJ3A 4NGKA 4WG1A 4H90A 3GUJA 1LOZA 1C6DA 1LJKA 1OQMA 3WVYA 1YAOA 1YAMA 5APDA 1LMTA 3K2RA 2G4QA 4DYGA 1LYZA 4MCKA 5I4XA 1L40A 2ANVA 1E8LA 5L3IA 1CV0A 1SQ2L 1KY0A 1L04A 1C60A 4XN6A 3WMKA 128LA 107LA 1LJ4A 2DQCY 1LZ4A 2OE7X 1LJGA 4YF2A 1L82A 1HMKA 1L33A 2H9JA 2X0AA 3CDVA 1GE1A 2QARC 5IHGA 201LA 4EMNA 2A4TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LGX A;  2B5Z A;  1DI4 A;  4LYM A;  230L A;  1QTB A;  5AMY A;  4W52 A;  1L29 A;  195L A;  1UUZ C;  159L A;  4PRU A;  3VWO A;  1CJ6 A;  1IR7 A;  1C6L A;  5KXZ A;  2W1M A;  1IWV A;  1D3F A;  1GBS A;  2LZT A;  3TXI A;  1IC4 Y;  3WU7 A;  1CJ9 A;  2CUU A;  4GCF A;  2DQJ Y;  1P3N A;  1AT5 A;  257L A;  3DN6 A;  3AGH A;  4G9S A;  4WLT A;  1UIF A;  1HNL A;  5KXN A;  1OUH A;  1CX6 A;  5B59 A;  1LZ1 A;  2D6B A;  2FBD A;  4LZM A;  1KXY A;  5APF A;  1LKR A;  1L03 A;  5KXK A;  1LMQ A;  3FA0 A;  1BB4 A;  1LHH A;  5DN5 A;  1L43 A;  1QTK A;  4EJ4 A;  1LTM A;  1IP4 A;  4YEM A;  261L A;  1L53 A;  127L A;  1A2Y C;  4B4I A;  3WXU A;  3F9L A;  2G4P A;  4I7J A;  1ZYT A;  1GB0 A;  1L70 A;  1QTH A;  1GXX A;  1QS9 A;  1T3P A;  2ZNW Y;  4ETA A;  4LT3 A;  2BQI A;  1GAY A;  4NGV A;  250L A;  1JKD A;  1LAA A;  1QT7 A;  5FCP A;  1GFE A;  3B72 A;  1O23 A;  4M4O A;  1GB7 A;  1LYE A;  4TWS A;  1WQP A;  1WQO A;  193L A;  1J1X Y;  2BQH A;  4GN5 C;  1WTN A;  3HUK A;  1VDS A;  4RDS A;  5FHW A;  1D0M A;  1L12 A;  1B7L A;  3A6B Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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