257LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 257lA00
4ARMA 1CU2A 2ANXA 1L04A 2B6WA 129LA 3HH5A 162LA 4W54A 2LCBA 1L33A 1C6MA 1L52A 1QT4A 1P56A 1L56A 4EKRA 1PQMA 1C6JA 1L66A 192LA 2HUMA 185LA 3SBAA 3C8SA 3CDRA 1SWYA 3V2YA 148LE 2B72A 259LA 1LI2A 138LA 3OE8A 118LA 1C60A 1C6DA 228LA 227LA 151LA 1LYHA 190LA 1P5CA 3FADA 1L26A 1G0MA 215LA 1L46A 2B6XA 1DYAA 1QS5A 181LA 2F2QA 249LA 1CVKA 2HULA 1JQUA 1L57A 1L81A 3C7ZA 1L19A 205LA 3K2RA 196LA 2RBOA 4DAJA 257LA 2B74A 4ARMB 241LA 1G06A 4YXCA 182LA 1C6IA 1C6QA 1C6CA 1L70A 195LA 2F47A 3CDTA 3QAKA 1L90A 1L05A 1L44A 250LA 4LDOA 4PK0A 137LA 199LA 1DYBA 1L93A 4S0WA 145LA 1C6PA 4K5YA 3HUQA 1L10A 1L45A 1JTMA 1QTVA 2F32A 2QB0B 1L13A 127LA 216LA 3DN2A 1P6YA 1DYGA 242LA 1L21A 157LA 1CX6A 173LA 234LA 4YXAC 4W53A 2IGCA 1DYFA 1DYDA 1L99A 220LA 232LA 2QARC 3HH4A 1G0GA 1L94A 1CU5A 3C83A 1K28A 2NTGA 1L17A 1L41A 4I7OA 201LA 1L00A 1OWYA 1DYEA 4DKLA 1L27A 1L51A 1ZWNA 4I7KA 4EKPA 3UONA 1G0KA 1D2YA 247LA 3HTBA 1C69A 3C7YA 3HTGA 177LA 1L80A 146LA 1SWZA 1T6HA 1L12A 3DN3A 1C64A 1CV3A 3DNAA 1CUPA 4EPIA 3G3XA 3SN6R 1L01A 1LGUA 256LA 1OYUA 4AQNA 3GUNA 119LA 123LA 1CV1A 2B6ZA 1CUQA 3EMLA 4I7MA 3SB9A 1D3FA 1L65A 2B73A 1C6FA 3NY8A 1L63A 1LYGA 4GRVA 4PJZA 110LA 168LA 3RUNA 3DMVA 209LA 1D3MA 4EJ4A 1L68A 3DN0A 1L14A 2O79A 6LZMA 1L25A 223LA 3GUIA 4EKSA 3HUAA 2B75A 1OWZA 150LA 2HUKA 156LA 1G0QA 1L98A 1LYJA 237LA 1L43A 160LA 1C6TA 1SSYA 3DMZA 1L30A 149LA 171LA 1QTCA 126LA 1QS9A 3NY9A 4I7JA 1C6GA 1OVHA 3DN1A 1G1VA 4W56A 3D4SA 3CDQA 109LA 1C68A 3HUKA 1T8FA 1CU0A 1LGXA 1B6IA 5LZMA 1T8GA 102LA 1QUOA 2RBSA 206LA 3PBLA 1PQKA 248LA 4W55A 164LA 2RB2X 230LA 3L2XA 1L0JA 3VW7A 1L47A 161LA 252LA 1XJUA 1CTWA 2RBNA 224LA 1CU6A 3HT7A 1QT7A 4I7NA 3C80A 1C6AA 233LA 1L73A 3OE0A 1L82A 3CDVA 260LA 226LA 3SB8A 4ARJA 1QTZA 2RBRA 2OEAX 1QT5A 4YX7C 1L48A 4I7TA 4GBRB 1DYCA 1L67A 2A4TA 1L88A 1L89A 1L79A 1L09A 1L54A 1SX2A 1QTHA 1ZYTA 3HDFA 3F8VA 175LA 1L35A 1QUGA 2B70A 183LA 2RBPA 3HT6A 2RB1X 1P7SA 2OTZX 142LA 1P37A 114LA 184LA 115LA 1JTNA 229LA 4W51A 5I14A 2RB0X 3PDSA 221LA 3GUKA 143LA 113LA 1P36A 212LA 1G0PA 245LA 231LA 4IAPA 2ANVA 1L28A 261LA 4ARPA 1CV0A 4LDLA 4ARQA 1C6LA 187LA 2OE9X 4I7LA 163LA 244LA 2RBQA 238LA 3GUOA 246LA 3CDOA 180LA 1L0KA 1L36A 3DN8A 4OO9A 236LA 1L07A 225LA 155LA 4I7PA 1L76A 2B6YA 1C6BA 1C6KA 1LLHA 1L40A 1L39A 166LA 1L91A 1LWGA 1P64A 1PQJA 1XEPA 1L08A 1L18A 1L31A 1L92A 1G1WA 1KY1A 2OTYX 214LA 1L03A 251LA 144LA 128LA 1L53A 1CU3A 140LA 2RAYX 4W58A 3HT8A 3GULA 3DN6A 2O7AA 3GUMA 3HU9A 1L75A 1ZURA 1L87A 2OU9A 178LA 3SB5A 4ARQB 1L24A 188LA 2O4WA 1G0LA 3HU8A 2Z6BA 1G0JA 253LA 239LA 198LA 2OE4X 1QTBA 1L61A 108LA 1QT3A 1NHBA 1QUHA 2LC9A 1PQOA 170LA 3FA0A 1L49A 169LA 1L62A 158LA 1C67A 1C6HA 1L84A 240LA 1L11A 3HH6A 1L29A 2NTHA 1L15A 1L64A 1PQDA 217LA 1L22A 4I7QA 107LA 1L42A 1EPYA 1P2LA 210LA 258LA 1LI3A 3DMXA 2L78A 3HT9A 112LA 1L96A 130LA 1C65A 152LA 2OU8A 1QTDA 1WTHA 2RAZX 4W59A 147LA 3L64A 1C61A 3HWLA 4LZMA 3SBBC 141LA 1L16A 1TLAA 222LA 213LA 3ODUA 4W52A 1L58A 1SSWA 3DN4A 131LA 2RH1A 3OE9A 2B6TA 189LA 1L50A 4EXMA 1C6NA 1LW9A 2OE7X 200LA 1XJTA 1I6SA 1L71A 1C62A 1LI6A 1T97A 3C7WA 165LA 1OVKA 3FI5A 1CV4A 1L95A 111LA 1QT6A 3C8RA 3SB6A 1L74A 104LA 2B7XA 1L72A 1KNIA 1L34A 3GUJA 235LA 1D3JA 1L06A 2Q9EA 122LA 125LA 167LA 218LA 103LA 1OVJA 1PQIA 3HH3A 1KY0A 3HTFA 1L86A 1L20A 1P46A 3C8QA 1P2RA 1L38A 3F9LA 1L85A 3RZEA 1D9WA 2OU0X 176LA 262LA 3C81A 3C82A 1QSQA 4EKQA 1G07A 3G3VA 1LYIA 197LA 1L32A 1L23A 1C66A 2Q9DA 139LA 3G3WA 1LYEA 120LA 4E97A 3OE6A 1D2WA 1QUDA 1QSBA 3HTDA 1LYDA 4I7RA 4EPFA 1L97A 1C63A 1L37A 1OV5A 1SX7A 211LA 254LA 3DKEX 219LA 1T8AA 1L02A 3HDEA 172LA 4ZPUA 2LZMA 2CUUA 4ARLA 3SB7A 3NYAA 1L60A 3JR6A 1KW5A 4LDEA 3GUPA 1CV5A 1LWKA 4I7SA 1CV6A 1KS3A 1L69A 1P3NA 1LGWA 7LZMA 1C6EA 255LA 1KW7A 4DJHA 159LA 1D3NA 1L59A 1L77A 1L55A 243LA 4W57A 1QT8A 191LA 3LZMA 1L83A 1LPYA 1LYFA 186LA 174LA 1CX7A 3V2WA 1OV7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2C8OA 129LA 3N9EA 1LZ9A 1LMAA 1BHZA 1L52A 4N9RA 4EKRA 1L56A 4U3XB 1PQMA 1IWYA 4GCEA 1C6JA 1L66A 2HUMA 185LA 4NG8A 1IORA 1GB0A 1XEKA 4XJFA 1BB7A 1HMLA 3W6BA 1LI2A 138LA 3OE8A 118LA 1YL1X 1C60A 227LA 151LA 1DPXA 190LA 3P66A 3FADA 1L26A 4W94A 1QS5A 181LA 4M6DA 1JQUA 1L57A 1F10A 4KL7A 4DT3A 2RBOA 257LA 1WTNA 1B7QA 182LA 5F81A 2F30A 1L90A 1L05A 5J7CA 4S0WA 4K5YA 1XGTC 5A3EA 1QTVA 2BQOA 1L13A 4DDBA 4NHSA 3TMUA 1LJHA 1DYGA 4FJRA 1L21A 2BQLA 234LA 1LSEA 4WO6A 1GHLA 1LZ4A 1UIGA 2QARC 4OWBA 3C83A 1K28A 1GF0A 3FE0A 4I7OA 5LYMA 4NIJA 2EQLA 1KXYA 1F6RA 194LA 4WO9A 3M3UA 4WM2A 1B5VA 4CFOA 1L51A 3A67Y 1ZWNA 3WXUA 4EKPA 1G0KA 5I4YA 3HTGA 1FLYA 1L80A 146LA 1RCMA 3A3RX 5M1YA 5APCA 153LA 1GE1A 1HEPA 1L01A 1LGUA 4GN3A 256LA 1D6QA 1OYUA 4AQNA 4I7MA 2MEHA 1LZ5A 2W1MA 3P64A 3NY8A 5KXOA 1J1OY 1HHLA 1TCYA 1OUAA 4PJZA 1GFVA 2Z39A 1G7JC 4EJ4A 1L68A 4HTKA 1JIYA 4LT1A 2O79A 4NEBA 1HFYA 5EBHA 1B7RA 5B59A 1BWJA 1LJFA 2CGIA 3B0KA 1LZRA 1G0QA 1LYJA 5T3FA 1L43A 160LA 1EL1A 2BQDA 1CJ7A 1GAZA 171LA 2IFFY 126LA 3A95A 1QTKA 4I7JA 1C6GA 4WLTA 1UA6Y 4YEMA 5I5QA 3CDQA 3HUKA 1C46A 1ZVYB 1B6IA 1LPIA 2ZQ4A 4XYYA 2ZWBA 1QUOA 3PBLA 4UWUA 164LA 4KXIA 3VW7A 1L47A 252LA 4HPEA 3HT7A 3WU8A 1C6AA 1L73A 1L82A 260LA 1NHEA 3SB8A 1QTZA 1PZYA 1QDRA 1O23A 4H9IA 4I7TA 1DYCA 4CGEA 1L67A 2MEFA 4WM3A 4RDSA 1SX2A 1A2YC 3F8VA 1GBOA 1QUGA 2YBJA 183LA 4YOPA 2FBDA 1GWDA 1XGRC 1HSXA 1P7SA 1I56A 2OTZX 142LA 1P37A 1LMOA 2X0AA 2HEBA 4HTQA 1SLYA 221LA 113LA 245LA 4ARPA 1OUFA 1REXA 5FCPA 163LA 1YILA 4LYOA 3TXHA 1OQMA 1MLCE 3DN8A 236LA 1LSCA 225LA 4QY9A 155LA 4I7PA 1C6BA 1IY4A 1LJKA 1GF4A 1LWGA 2MEDA 1GFKA 1XEPA 5I4WA 1L31A 1OUEA 2N5ZA 1DI3A 4XJDA 1L03A 251LA 2C8PA 3GULA 3WUMA 1DXJA 1L24A 4BS7A 2O4WA 1LHKA 4NGZA 1HEQA 2DQHY 1L61A 5LVKA 3T6UA 4ZIXA 170LA 1GE4A 1C67A 2HECA 1J1XY 1L84A 1L11A 1L29A 1LJGA 1IVMA 1GFHA 4GLAA 2MECA 258LA 1GXV2 1LI3A 3RNXA 1YKYX 4H93A 1IOQA 1JWRA 3HT9A 1L96A 1C65A 2BAAA 2NWDX 2RAZX 4W59A 1OUJA 1BB4A 3WYHA 4XADA 141LA 1KIRC 1REZA 3HBHA 3A90A 1GB6A 1IEEA 1I20A 1XFPL 3OE9A 189LA 1UC0A 2OE7X 5HMJA 1T97A 1BVXA 4J7VA 4GCCA 2DQCY 1VAUA 4NSGA 4O34A 1QQYA 1L95A 3BKVA 3CB7A 104LA 193LA 2B7XA 4NHIA 1L34A 4WM5A 4GCDA 2F4AA 4NGIA 3LZ2A 1D3JA 2Q9EA 122LA 1YAOA 167LA 103LA 1IWTA 3CT0A 5LVJA 3HTFA 4HP0A 5HNCA 3WW5A 3OK0A 2IHLA 4Z3MA 1HFXA 1RFPA 1L85A 262LA 4ETEA 1AKIA 4XJBA 5E4PA 197LA 2Z37A 5HQ1A 1LYEA 4ET9A 1D2WA 1FN5A 1IC7Y 4H9AA 1LYZA 4I7RA 1QTEA 1BWIA 1GB3A 1L37A 4AXTA 2BQAA 211LA 2BQHA 1CNSA 2LZMA 3WPKA 3JR6A 2CJLA 1KW5A 3B0OA 4LDEA 1NDMC 3TXKA 3GUPA 1B7LA 1LHIA 4H9HA 4TX7A 1CV6A 3WW6A 1L69A 1YIKA 4DJHA 5I53A 1L55A 3LZMA 1L83A 4UWNA 4DC4A 1ZMYL 1CU2A 5KXZA 2ANXA 1TEWA 1XGQC 2LYZA 162LA 2LCBA 1CJ9A 1L33A 1LTMA 4IASA 3F6ZA 2BPUA 1GFTA 148LE 5B1FA 259LA 1LZAA 3P65A 4NGJA 3J6KA 3AZ6A 1LYHA 4LT3A 215LA 1G0MA 4IJ4A 2B6XA 1DYAA 1GDWA 4GLVA 249LA 1CVKA 2LYMA 1FBIX 2BQFA 3EMSA 1GF5A 1LSZA 1YANA 3FI7A 1RI8B 4ARMB 1G06A 1C6CA 3LYTA 195LA 5I4XA 2Z12A 2XQOA 4NWEA 250LA 4PK0A 199LA 2XBSA 5L3HA 1L10A 1C08C 1L45A 1GB5A 127LA 3AGGG 1NMMA 3CQLA 4YF2A 2VB1A 1AT6A 2I6ZA 2HEEA 4A7DA 220LA 232LA 2I26L 1INUA 1GFAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2C8O A;  129L A;  3N9E A;  1LZ9 A;  1LMA A;  1BHZ A;  1L52 A;  4N9R A;  4EKR A;  1L56 A;  4U3X B;  1PQM A;  1IWY A;  4GCE A;  1C6J A;  1L66 A;  2HUM A;  185L A;  4NG8 A;  1IOR A;  1GB0 A;  1XEK A;  4XJF A;  1BB7 A;  1HML A;  3W6B A;  1LI2 A;  138L A;  3OE8 A;  118L A;  1YL1 X;  1C60 A;  227L A;  151L A;  1DPX A;  190L A;  3P66 A;  3FAD A;  1L26 A;  4W94 A;  1QS5 A;  181L A;  4M6D A;  1JQU A;  1L57 A;  1F10 A;  4KL7 A;  4DT3 A;  2RBO A;  257L A;  1WTN A;  1B7Q A;  182L A;  5F81 A;  2F30 A;  1L90 A;  1L05 A;  5J7C A;  4S0W A;  4K5Y A;  1XGT C;  5A3E A;  1QTV A;  2BQO A;  1L13 A;  4DDB A;  4NHS A;  3TMU A;  1LJH A;  1DYG A;  4FJR A;  1L21 A;  2BQL A;  234L A;  1LSE A;  4WO6 A;  1GHL A;  1LZ4 A;  1UIG A;  2QAR C;  4OWB A;  3C83 A;  1K28 A;  1GF0 A;  3FE0 A;  4I7O A;  5LYM A;  4NIJ A;  2EQL A;  1KXY A;  1F6R A;  194L A;  4WO9 A;  3M3U A;  4WM2 A;  1B5V A;  4CFO A;  1L51 A;  3A67 Y;  1ZWN A;  3WXU A;  4EKP A;  1G0K A;  5I4Y A;  3HTG A;  1FLY A;  1L80 A;  146L A;  1RCM A;  3A3R X;  5M1Y A;  5APC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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