259LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 259lA00
182LA 1P56A 6LZMA 1L94A 1L89A 1T8GA 1CU3A 1C6IA 3F8VA 191LA 2Q9DA 3SBBC 2OU8A 130LA 2OE7X 2HUMA 3DN3A 1D3FA 3HU9A 1L38A 1QTVA 1PQKA 1L51A 3DN4A 150LA 1C68A 1L84A 2RBOA 186LA 1D2WA 3DMXA 1QT4A 1LYGA 169LA 3GUNA 1L99A 1D3JA 1JTNA 257LA 3HH6A 7LZMA 3OE8A 4LDLA 1T8FA 4K5YA 3HH3A 188LA 2O79A 3GUMA 1L91A 1C6HA 1QT5A 1CX7A 1LI3A 1G07A 2RBRA 3EMLA 4I7PA 151LA 1C6JA 1P46A 197LA 3C7ZA 1L77A 1L92A 1B6IA 1LI6A 2RAYX 2Z6BA 3GUJA 2RBQA 3C8RA 1SX7A 1PQDA 4GRVA 2B7XA 2QARC 3C80A 3C8QA 4EKSA 1DYGA 2B6TA 159LA 1LW9A 1G0MA 1QT6A 167LA 3DN8A 1CUQA 178LA 249LA 3CDVA 1L86A 4W51A 2RH1A 1LWKA 1L59A 1QTDA 3SB9A 1SWZA 2HUKA 246LA 4I7KA 3HUQA 118LA 3L2XA 3DN1A 1L61A 3SB8A 1CV3A 3C82A 1L83A 234LA 1DYFA 1OV5A 1L41A 214LA 190LA 238LA 3HT9A 1L34A 3HDEA 156LA 223LA 4ARMB 2RB0X 1G0JA 2HULA 155LA 2RAZX 1OV7A 1L47A 2IGCA 1KW5A 1PQOA 1L40A 1LYIA 2L78A 3GULA 1PQMA 2B6YA 1L52A 1P3NA 212LA 1L82A 1QTZA 1KY0A 1L22A 1QSQA 1L15A 1XJUA 1L08A 3RUNA 4EKPA 3DNAA 1C6EA 3HUAA 2OU0X 1L48A 2Q9EA 245LA 1LGUA 1L85A 3SBAA 1WTHA 1SX2A 3HH4A 173LA 1T6HA 4LZMA 260LA 1NHBA 146LA 165LA 2RB2X 3G3XA 1LLHA 1L54A 3DN0A 3SB5A 145LA 1CV4A 4EJ4A 1QUDA 172LA 176LA 259LA 4LDOA 3G3VA 1L69A 261LA 2B6XA 3GUOA 4PJZA 1PQJA 1G06A 140LA 1P7SA 1QS9A 4YXAC 1C6CA 3D4SA 1CV1A 3HU8A 4IAPA 1L44A 2F32A 1L10A 4ARJA 1C6FA 171LA 2B74A 1D9WA 1OVJA 2ANVA 1CV5A 3C8SA 3CDRA 1DYAA 162LA 112LA 4ZPUA 129LA 1L21A 181LA 4I7SA 1L46A 206LA 199LA 1L42A 1QUGA 1DYCA 4W54A 3SB6A 233LA 1L66A 4ARPA 1XEPA 3DMVA 187LA 3CDTA 4DAJA 1P36A 4EKRA 4ARQA 4DKLA 1ZURA 157LA 221LA 4I7OA 255LA 174LA 2O4WA 3GUKA 170LA 1LYEA 1CV6A 1C61A 1L00A 4I7RA 1T8AA 2QB0B 1L19A 256LA 1DYEA 1L76A 3LZMA 1L64A 1L32A 2NTGA 131LA 1L33A 3RZEA 253LA 1C6KA 163LA 1C6LA 144LA 216LA 2B73A 226LA 1L27A 3CDOA 258LA 4YXCA 3C83A 1C65A 1QT8A 1CU5A 126LA 1L79A 1K28A 114LA 1LPYA 1OVKA 4W53A 1L11A 177LA 1L35A 3DN2A 1L18A 1L37A 1C66A 3UONA 2OEAX 4AQNA 1ZWNA 183LA 1LGXA 1EPYA 192LA 2B6ZA 3V2YA 2CUUA 3GUPA 232LA 1ZYTA 1L31A 141LA 1L14A 1L93A 3HDFA 1D3NA 4I7JA 1JTMA 1L95A 3G3WA 119LA 1C64A 1L87A 1G0KA 1L39A 1C6GA 1KY1A 1L63A 224LA 3CDQA 1SWYA 3DN6A 3F9LA 1L88A 149LA 1L17A 1G0LA 1L71A 2NTHA 1LYDA 3JR6A 1C6NA 1TLAA 1L01A 251LA 1L23A 1XJTA 1LI2A 1L0JA 247LA 1OVHA 219LA 1CU0A 1L25A 3K2RA 1QTBA 2B75A 2OTYX 3HTGA 127LA 250LA 4EKQA 1L68A 1KS3A 1L07A 4I7MA 3FA0A 109LA 1QT7A 2F47A 2RBPA 1D3MA 4PK0A 1LYFA 1L73A 158LA 161LA 102LA 1L09A 200LA 1L72A 1L98A 4I7TA 1P2LA 2OTZX 1L57A 3C7YA 1G0QA 137LA 237LA 1C69A 139LA 1SSWA 2B72A 4I7QA 229LA 1C6BA 201LA 3DMZA 2B70A 3HT6A 107LA 1JQUA 1OWZA 1L67A 3GUIA 3SB7A 4DJHA 3HTDA 4ARMA 1QTHA 3L64A 1L81A 3QAKA 1G1WA 225LA 3OE9A 3PBLA 4I7NA 4W57A 1L50A 228LA 123LA 189LA 3NY8A 1PQIA 1QT3A 1SSYA 2OE4X 1L06A 242LA 166LA 3NY9A 1L26A 1KNIA 1LYHA 147LA 103LA 1CTWA 3HTBA 3SN6R 3DKEX 5I14A 180LA 4W59A 110LA 128LA 262LA 1L56A 239LA 241LA 1LYJA 4W56A 4W55A 2A4TA 3FADA 3VW7A 115LA 3PDSA 1G1VA 164LA 1CVKA 1L30A 205LA 196LA 1I6SA 1CV0A 4OO9A 1L36A 1P64A 211LA 4W52A 1DYBA 3C81A 3OE0A 1L04A 1T97A 2OU9A 4E97A 185LA 1L62A 252LA 1L53A 227LA 217LA 1L05A 1C6DA 254LA 4EXMA 2LCBA 104LA 1C62A 1L28A 4I7LA 1C6PA 1P2RA 3HT7A 4ARLA 1L43A 1L90A 125LA 4GBRB 1OWYA 111LA 4S0WA 1L03A 1D2YA 4EPIA 1L75A 248LA 184LA 1C6AA 1G0GA 1C6MA 3HTFA 1L16A 222LA 1L55A 2LZMA 2RBSA 230LA 4W58A 1L0KA 1L29A 175LA 1QUOA 138LA 4LDEA 235LA 2OE9X 2B6WA 148LE 1L65A 4YX7C 122LA 5LZMA 160LA 1L97A 108LA 210LA 1LGWA 1P5CA 1L13A 1L24A 1CU6A 1L58A 1CUPA 209LA 152LA 113LA 231LA 218LA 3HUKA 1L49A 213LA 1L96A 1L60A 3C7WA 1C63A 3ODUA 1LWGA 1L02A 1L20A 1L80A 1OYUA 143LA 236LA 2F2QA 195LA 1L12A 168LA 1QUHA 1CU2A 2RBNA 2O7AA 198LA 1P6YA 142LA 4ARQB 1P37A 2RB1X 1L45A 1QSBA 1QTCA 3HH5A 1KW7A 2LC9A 215LA 120LA 1G0PA 1C6QA 4EPFA 1C67A 1L70A 3FI5A 1DYDA 3HT8A 3V2WA 220LA 1L74A 3NYAA 3OE6A 243LA 1C60A 1CX6A 1QS5A 2ANXA 3HWLA 244LA 240LA 1C6TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
182LA 4NWHA 5B07A 1KIPC 3CT0A 1CU3A 5LYTA 1LZEA 1YIKA 2HUMA 4IATA 3EXDA 1L38A 5LVJA 3J6KA 1C68A 1NDMC 2RBOA 1D2WA 2D4JA 257LA 1JTNA 2G4QA 4ET8A 4EOFA 2C8PA 2MEBA 4HP0A 4TUNA 2BQEA 2O79A 1IC4Y 1C6HA 1CJ7A 2BQJA 5T3FA 3N9EA 1GFVA 5FSTA 2F2NA 2ZYCA 4N8ZA 1JIYA 1QT6A 2EQLA 4NGWA 4DQ5A 4CJ2A 4PPOA 1JPOA 4LYBA 1SWZA 2FYCA 246LA 2YBHA 3HUQA 3DN1A 1NWGA 3C82A 1B5VA 1DYFA 1L41A 214LA 1QSAA 1OUCA 3G3BB 238LA 1L34A 4ARMB 1CJ9A 3WU7A 4GCFA 4WM2A 3BKVA 4H9FA 1GB0A 1PQOA 1LYIA 2L78A 3GULA 1PQMA 2B6YA 4QEQA 1P3NA 1W08A 3W6AA 3RZ4A 1KY0A 3RUNA 1L15A 1L08A 3DNAA 2G4NA 1LGUA 1L85A 3T36A 1SX2A 2BQGA 1CKDA 154LA 1L54A 4QGZA 1CV4A 1QUDA 1LZ4A 4LDOA 3G3VA 5I5QA 1UIAA 5KJ9A 4PJZA 5KXPA 1PQJA 1G06A 3D4SA 1UICA 4NGOA 2Z38A 3C8SA 1C45A 5B1FA 4B49A 4DD0A 2FBBA 2DQCY 4ZPUA 2Z18A 2BQHA 129LA 1L21A 1G7MC 181LA 4MR1A 1L42A 1JITA 3FI7A 1DYCA 4H93A 1GFUA 2CWIA 1J1PY 4UWVA 4ARPA 1D0KA 1XGTC 1GF3A 1NQIA 1ZURA 2MEFA 5F16A 2O4WA 3GUKA 4NY5A 1CV6A 1Z55A 5ILFA 5IELA 4DYGA 4NHIA 2DQAA 1INUA 3G3AB 1B7OA 1GAZA 1B7PA 1YKXX 2LYOA 3TXHA 1OUBA 1IP4A 3LYOA 1L33A 3RZEA 1OUJA 4AXTA 1UIGA 1JUGA 163LA 4U3XB 2HEAA 4H1PA 3BKHA 4YXCA 1GB9A 2LYZA 4WLXA 5KXNA 114LA 1OVKA 3LZTA 4J1BA 1O23A 3HBDA 4X3BA 1NKHA 3OJPA 1LGXA 2B6ZA 3GUPA 1WVUA 5DL9A 1D3NA 4I7JA 1GB6A 1JTMA 2F4AA 119LA 1UC0A 1C64A 3WMKA 4WM5A 1CJ8A 1IOSA 2Z2EA 1F0WA 1LYDA 3JR6A 1TLAA 251LA 1JTPL 2D91A 1LKRA 1XJTA 4N1CC 1BQLY 4DDCA 3A93A 5HLLA 219LA 1GEVA 135LA 1JKAA 4EKQA 194LA 1L68A 2BQNA 1L07A 1LJFA 1LZAA 2RBPA 3TMVA 1D3MA 4NIJA 4R0FA 102LA 1UIHA 3CT5A 1JISA 3D9AC 4N5RA 4I7TA 1L57A 4ZIXA 1C69A 1SSWA 1DI3A 3DMZA 4LT1A 1LSCA 1OWZA 1LHKA 3ZEKA 3SB7A 5APFA 2DKVA 1QTHA 4M4OA 3QAKA 1QT3A 1LJIA 1L26A 3WUAA 1LYHA 4B4JA 1LZ6A 4J7VA 103LA 1KXYA 1CTWA 1NBYC 1GFJA 3DKEX 4HJVA 4W59A 110LA 4WO9A 2YBLA 1L56A 4W56A 2YBJA 2B5ZA 1QTEA 3LN2A 1TEWA 3VW7A 1GF6A 1GF5A 1CVKA 4RW1A 1CV0A 1P64A 5FCPA 1GD6A 3OE0A 1GF7A 1L62A 2BQMA 252LA 1L05A 1LZDA 1UCOA 4GCDA 3QNGA 208LA 1HELA 1B5XA 1B7LA 1LZSA 3N9AA 3AZ5A 3A6BY 1YL1X 1DPWA 1C6AA 1C6MA 3IJVA 1OUDA 4EMNA 1GE2A 222LA 3W6DA 1WQNA 1LZ8A 175LA 1IIZA 1GFKA 2OE9X 5JENB 148LE 5AMYA 4YX7C 122LA 5LZMA 5APEA 108LA 1P5CA 1L13A 1LSEA 1L24A 2W1MA 3WPJA 1CUPA 3WPLA 1LJNA 5LA8A 5F14A 3P65A 2G4PA 5LIOA 3C7WA 3ODUA 1UUZC 1L80A 2W1YA 143LA 236LA 1IP5A 1GFTA 1HEOA 4E3UA 1GFRA 4WLDA 1QSBA 3CSZA 1OUIA 1QTCA 3HH5A 3RU5A 4NGLA 1D9UA 1G0PA 1W6ZA 2D6BA 4GCBA 2H9KA 2AUBA 3HT8A 3OE6A 4W94A 4OWBA 1C60A 2ANXA 4OWAA 4DD3A 240LA 1P56A 5A3ZA 1OUGA 1L94A 5KY1A 1DPXA 1T8GA 191LA 1IP2A 2GV0A 1VDSA 2Q0MX 1BWJA 3DN3A 5FHWA 5KXXA 4P2EA 4LYTA 1FDLY 1G7LC 1QTVA 4B4EA 1L84A 1HSXA 3DMXA 3GUNA 4TX7A 5I53A 1BVXA 4FJRA 1LHMA 4LDLA 2Z12A 2MEDA 1IWYA 1T8FA 4K5YA 1GB8A 4AGAA 3TMWA 1L91A 1NF5A 1GF0A 2LYMA 4I7PA 4WMGA 1LSPA 151LA 1LI6A 2Z6BA 5II3A 3AW7A 3GUJA 2RBQA 3C8RA 1JHLA 1PQDA 4GRVA 1LSGA 2QARC 3C80A 4EKSA 3LYTA 3TXKA 3B0KA 167LA 2W1XA 1CUQA 1UA6Y 1L86A 4W51A 1D0MA 1LJKA 3A96A 1QDTA 1GB3A 1C7PA 1L61A 4NGYA 5KKJA 3SB8A 234LA 1IC7Y 2HEBA 3A90A 3AGGG 3HDEA 223LA 4OWHA 3LZ2A 2RB0X 4GN3A 1GDXA 2RAZX 1YKYX 2BQAA 2XQOA 1DKKA 4OWCA 1G7IC 2ZILA 212LA 1L22A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 182L A;  4NWH A;  5B07 A;  1KIP C;  3CT0 A;  1CU3 A;  5LYT A;  1LZE A;  1YIK A;  2HUM A;  4IAT A;  3EXD A;  1L38 A;  5LVJ A;  3J6K A;  1C68 A;  1NDM C;  2RBO A;  1D2W A;  2D4J A;  257L A;  1JTN A;  2G4Q A;  4ET8 A;  4EOF A;  2C8P A;  2MEB A;  4HP0 A;  4TUN A;  2BQE A;  2O79 A;  1IC4 Y;  1C6H A;  1CJ7 A;  2BQJ A;  5T3F A;  3N9E A;  1GFV A;  5FST A;  2F2N A;  2ZYC A;  4N8Z A;  1JIY A;  1QT6 A;  2EQL A;  4NGW A;  4DQ5 A;  4CJ2 A;  4PPO A;  1JPO A;  4LYB A;  1SWZ A;  2FYC A;  246L A;  2YBH A;  3HUQ A;  3DN1 A;  1NWG A;  3C82 A;  1B5V A;  1DYF A;  1L41 A;  214L A;  1QSA A;  1OUC A;  3G3B B;  238L A;  1L34 A;  4ARM B;  1CJ9 A;  3WU7 A;  4GCF A;  4WM2 A;  3BKV A;  4H9F A;  1GB0 A;  1PQO A;  1LYI A;  2L78 A;  3GUL A;  1PQM A;  2B6Y A;  4QEQ A;  1P3N A;  1W08 A;  3W6A A;  3RZ4 A;  1KY0 A;  3RUN A;  1L15 A;  1L08 A;  3DNA A;  2G4N A;  1LGU A;  1L85 A;  3T36 A;  1SX2 A;  2BQG A;  1CKD A;  154L A;  1L54 A;  4QGZ A;  1CV4 A;  1QUD A;  1LZ4 A;  4LDO A;  3G3V A;  5I5Q A;  1UIA A;  5KJ9 A;  4PJZ A;  5KXP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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