259LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 61
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-20)AH9 (137-141)TI1 (20-23)S2 (24-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)TI'1 (54-57)AH6 (108-113)AH4 (83-90)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)O1 (124-126)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 259lA00
162LA 1L92A 1WTHA 1L46A 183LA 1CTWA 1L15A 3DN1A 3HDEA 1L56A 1QTZA 227LA 4K5YA 1L67A 1QUOA 3OE8A 1G1WA 2RBQA 210LA 243LA 110LA 1LLHA 249LA 216LA 142LA 1XJTA 1DYBA 190LA 1L18A 1L49A 4ARPA 1C68A 1LI3A 1L55A 1KW5A 143LA 168LA 1L65A 4LZMA 237LA 1L63A 1C6KA 1KW7A 145LA 3SB5A 1DYEA 1C6CA 4I7LA 4W57A 115LA 2HUKA 1P37A 164LA 259LA 128LA 1SWZA 1CU2A 236LA 167LA 1L89A 1SX7A 1C6MA 1CVKA 4IAPA 1L33A 3NY8A 3PDSA 1DYFA 139LA 166LA 3HU9A 3C81A 1D2WA 1L17A 4DAJA 185LA 178LA 1P46A 1L88A 226LA 118LA 224LA 108LA 4ARMB 1CU3A 1G0LA 1D3JA 1L23A 262LA 165LA 1PQIA 211LA 1LGWA 2F47A 1L14A 1L36A 3HH4A 3DN4A 2B74A 3HT7A 4YXAC 1KY1A 6LZMA 3GUNA 1LW9A 3GUMA 1G06A 1QS9A 1L81A 1C61A 1LWGA 220LA 1L68A 4GRVA 1LPYA 1I6SA 2RBPA 3DMZA 1P2LA 189LA 1QTVA 1QSBA 120LA 1L05A 150LA 1L43A 1L09A 4EKRA 1JTMA 1LI2A 111LA 1L22A 1C6FA 240LA 182LA 228LA 253LA 3HUQA 245LA 186LA 2RAYX 1OVJA 1T8AA 1LYDA 3SBBC 1L71A 177LA 1G0MA 1CV5A 1L41A 1QTBA 1C69A 1D3FA 1OWYA 2RB1X 3ODUA 1L10A 4E97A 4EKPA 3SB9A 218LA 1L64A 2OU8A 1L76A 1LYHA 1L12A 2LZMA 2Z6BA 1L61A 252LA 1QS5A 230LA 1OVKA 3HUKA 200LA 2LC9A 3C7ZA 1CU6A 1C6PA 3GUIA 3C8RA 149LA 137LA 188LA 196LA 1P56A 233LA 1KY0A 1C6AA 1L70A 1ZWNA 2ANVA 3FADA 1L32A 161LA 1L99A 1CV6A 1G0PA 1L57A 156LA 1L95A 260LA 1QTHA 2OU0X 2B6YA 4ARMA 109LA 1C60A 2RB0X 1L19A 225LA 3HTBA 222LA 2Q9DA 4W51A 1SSYA 1L01A 1L74A 1L52A 1OV5A 4I7KA 238LA 163LA 122LA 1T97A 3DN2A 3L2XA 1L83A 174LA 4LDLA 1L77A 3CDRA 1C6HA 1QUGA 2F32A 1L82A 1L93A 1QT3A 1L00A 3DNAA 1C6DA 1CU5A 2RH1A 1OYUA 1L84A 3FI5A 1L54A 3HWLA 1L97A 1G0QA 1CV4A 1PQDA 2OE7X 2NTGA 3L64A 1CU0A 3GUKA 4OO9A 130LA 181LA 1LYJA 2RBRA 3K2RA 1P7SA 1D3MA 104LA 4I7NA 2B6ZA 2OTZX 4ARQA 4I7RA 1ZURA 2B75A 2RBSA 2Q9EA 1T6HA 1JTNA 4EPFA 248LA 3HT6A 146LA 3CDQA 2B6XA 1CX7A 1L35A 175LA 4W56A 152LA 4I7QA 4I7SA 1L20A 4EPIA 1DYCA 2OEAX 170LA 107LA 4DKLA 1G07A 250LA 4W53A 1DYAA 234LA 1OWZA 217LA 155LA 4W58A 2B73A 144LA 215LA 1LYEA 1L16A 1L60A 4W52A 3C8SA 3G3WA 1T8FA 3G3VA 4W55A 1C6JA 1SWYA 4ARJA 159LA 3C80A 3NY9A 1C6QA 1L28A 1L94A 3V2WA 1C6IA 4EJ4A 173LA 151LA 242LA 141LA 1D2YA 3DN0A 4ARQB 4AQNA 3HH3A 2L78A 171LA 2RBNA 213LA 157LA 3GULA 1P2RA 3SN6R 1L44A 2RAZX 1L40A 2B6TA 2QARC 2HUMA 3D4SA 3EMLA 2NTHA 3HTGA 4EKQA 1OV7A 1LGXA 1L27A 2O7AA 1QT6A 1NHBA 251LA 2B7XA 138LA 3DN6A 129LA 1L66A 3HU8A 3JR6A 4PJZA 3DMVA 3GUPA 3HT8A 3DKEX 1L37A 1L11A 254LA 206LA 4I7TA 1ZYTA 1C65A 1L62A 4ARLA 1L31A 1C6TA 1L91A 1C6GA 1QSQA 1L06A 209LA 1DYGA 3DN3A 3RZEA 2OE9X 1OVHA 2RBOA 7LZMA 1QTDA 1EPYA 1D9WA 195LA 1KS3A 3UONA 261LA 1P6YA 1C64A 1L75A 102LA 4LDEA 1QT7A 3HTFA 1D3NA 4I7MA 3HUAA 1L51A 4DJHA 1LYFA 1CUQA 1G0JA 3C7YA 1L96A 2O4WA 1LI6A 1L59A 1SSWA 3RUNA 235LA 4LDOA 1L02A 2OTYX 192LA 205LA 3C7WA 3SB7A 3V2YA 1L48A 1P3NA 1L53A 1L86A 1QT4A 246LA 1L08A 1P5CA 3QAKA 3C8QA 1L80A 3DN8A 1TLAA 5I14A 1L45A 3C82A 1L03A 1PQKA 2QB0B 191LA 258LA 3PBLA 2F2QA 2LCBA 1L50A 1L79A 2CUUA 1C6LA 126LA 1C6EA 2O79A 4YX7C 1L39A 1L26A 1L69A 2B70A 2ANXA 1C67A 123LA 1CUPA 1XEPA 1L25A 1L58A 1L21A 223LA 3OE6A 3F8VA 3F9LA 1L07A 1XJUA 1PQMA 241LA 198LA 112LA 3HH6A 1SX2A 4PK0A 3HT9A 1C6NA 4S0WA 4I7PA 3LZMA 257LA 1CV3A 3NYAA 131LA 2IGCA 1L73A 187LA 3SBAA 4ZPUA 212LA 221LA 3HDFA 2B72A 244LA 1QTCA 1C6BA 140LA 184LA 1L30A 4EKSA 1JQUA 1L29A 2OE4X 3CDVA 3OE0A 1C66A 3SB6A 3DMXA 3G3XA 1QT8A 1L85A 255LA 1G1VA 232LA 197LA 176LA 3CDOA 199LA 5LZMA 3C83A 4GBRB 201LA 2OU9A 3GUJA 4I7OA 1L0KA 229LA 4EXMA 114LA 1CV0A 1P64A 1QT5A 172LA 1PQOA 1C63A 1QUDA 158LA 1L42A 3HH5A 4W59A 1B6IA 2B6WA 256LA 1L04A 103LA 1L98A 247LA 1LYGA 1CV1A 239LA 214LA 1L87A 1L38A 2A4TA 147LA 231LA 1LWKA 3FA0A 1L13A 1T8GA 1L24A 4W54A 1L90A 3CDTA 1G0GA 1L72A 1P36A 1L34A 2HULA 2RB2X 219LA 160LA 1LYIA 1L0JA 1C62A 1L47A 3VW7A 1DYDA 3GUOA 119LA 148LE 1KNIA 1K28A 3HTDA 3OE9A 169LA 1LGUA 1CX6A 127LA 180LA 4I7JA 125LA 113LA 1G0KA 3SB8A 4YXCA 1QUHA 1PQJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBYA 183LA 4N1EI 1IP4A 1L56A 1QTZA 1QSAA 210LA 243LA 4GN3A 1LLHA 5KXWA 249LA 1AT5A 4NFVA 190LA 1L18A 1L65A 2YBMA 4ZEEA 1KW7A 145LA 1C6CA 1IX0A 259LA 128LA 1C45A 4MR1A 2HEEA 5FDJA 1L89A 1B5ZA 1CVKA 4HSFA 4IAPA 1L33A 5HMVA 4OWBA 4GCEA 1HENA 1FLQA 4L41A 2VB1A 1L88A 226LA 7LYZA 1C43A 224LA 1LSCA 108LA 1ZMYL 1CU3A 1G0LA 4OOTA 1PQIA 1KIRC 4ETEA 5I5QA 1L14A 1JKAA 2CDSA 3HT7A 5APCA 5KXOA 1LYOA 5HNCA 1B5VA 1KY1A 1VFBC 2XBRA 1DI3A 154LA 1LW9A 3W6FA 1UIEA 1I6SA 1HEPA 5A3ZA 2RBPA 4NSHA 2Z38A 189LA 4H9CA 1LSZA 1LAAA 4HTNA 4H9HA 1C6FA 253LA 1LYZA 1OVJA 3SBBC 1CV5A 4B1AA 1OWYA 4EKPA 3ODUA 4CGEA 2OU8A 2LZMA 1DQJC 1HSXA 2MEEA 5KXXA 2MEFA 1JKCA 2DQIY 2FBDA 4MSTA 4WOAA 188LA 1P56A 2HUBA 3CQLA 161LA 2MEBA 2OU0X 1LYSA 1NBZC 4ARMA 5II3A 225LA 4PPOA 4ETCA 1G7LC 2Q9DA 4W51A 1SSYA 1VAUA 1L74A 238LA 1T97A 4PRUA 1V7SA 3L2XA 1LJIA 3AZ6A 4NG8A 4DDAA 1L00A 1OYUA 3B0IA 5L3IA 3ZVQB 5KY1A 5LVIA 1NDMC 130LA 1W08A 2RBRA 2XQOA 1GFTA 2B6ZA 2OTZX 1ZURA 4YENA 1H87A 3TXDA 3CDQA 1NQIA 152LA 4I7QA 1UA6Y 3P4ZA 1JSEA 3QY4A 1XGTC 1DYAA 3RU5A 1OWZA 217LA 4RW1A 3MGWA 2ZIKA 1LYEA 1L16A 1L60A 4RDSA 3C8SA 1SWYA 1C6QA 1D0KA 1YILA 2BQFA 3TXJA 1LSEA 1P2CC 1RCMA 1HEOA 3A90A 1I1ZA 1OUAA 2B5ZA 1F6SA 5IDDA 2RBNA 213LA 157LA 4KPMA 3N9AA 2ZNXY 1P2RA 4M6DA 3AW7A 1FDLY 4HTQA 5L9JA 1WVVA 4WLTA 4C3WA 2DQFC 1LGXA 1QT6A 1GEZA 4UWUA 138LA 2BQGA 1REYA 2IHLA 3HT8A 1L11A 206LA 1JSFA 1HF4A 1L62A 1L31A 5KXSA 1L91A 1QSQA 4N8ZA 1IWVA 1C46A 4H8XA 4QY9A 2OE9X 3N9EA 1NF5A 5LVJA 1HSWA 4P2EA 1C64A 1QUTA 1L75A 5L3HA 1HEMA 4DYGA 1ZVYB 1D3NA 5C6LA 1OUEA 1B7MA 4FJRA 1L51A 4LT3A 2Z19A 1LYFA 1XFPL 4NGWA 3RUNA 1LI6A 1BHZA 1LMCA 1LSPA 1IVMA 5KXZA 2Z2EA 1L08A 1P5CA 1LZCA 4H9FA 1IP2A 1TLAA 1VDQA 5HQ1A 3C82A 4HJZA 4ANRA 1GF5A 1D0MA 1PQKA 191LA 3PBLA 2F2QA 4N0JA 4NGOA 1L79A 4H8YA 1C6LA 1IR8A 1WQPA 4DD0A 4NWHA 1BB3A 3B0KA 2ANXA 5KKJA 3CT5A 1L21A 3OE6A 4B4EA 3F9LA 2LYZA 5B59A 4NIJA 198LA 112LA 3HH6A 4PK0A 1IWUA 4TX7A 4B0DA 1CV3A 4LFXA 4PHIA 1L73A 1GE1A 1F10A 244LA 1JWRA 3WPJA 3ATNA 1C6BA 2G4NA 1BQLY 4HPIA 1L29A 2BQKA 3AZ5A 1G7HC 1JTOL 2BQMA 2D6BA 3G3XA 1QT8A 255LA 4DD2A 1IP6A 1YAPA 1LJKA 4HP0A 5DN4A 197LA 176LA 1UICA 1J1PY 2HTXA 4GBRB 3T6UA 3GUJA 3CSZA 3B6LA 4WM4A 3RZ4A 229LA 114LA 1CV0A 172LA 1PQOA 1GBZA 1QUDA 158LA 1L42A 4W59A 1XEJA 1IWYA 4H9IA 1L04A 4NGVA 1D9UA 247LA 3TXIA 3TXGA 4KXIA 147LA 2MECA 1WVUA 1L13A 4LGKA 1ZV5L 1HEWA 2W1YA 5I53A 1AZFA 2BLXA 3WPLA 1MLCE 1GB0A 1KXXA 4UWNA 3A6CY 5KXKA 4WO9A 1BWIA 1SQ2L 3OE9A 1K28A 5LAFA 1LGUA 4WG1A 1LZDA 180LA 2HU1A 1IC7Y 4CJ2A 2Y8PA 1G0KA 1GFGA 1PQJA 3LYTA 1EL1A 1UIGA 1L15A 1C7PA 1LHHA 4GCCA 1L67A 1GBOA 3OE8A 1LMOA 3TXFA 1LPIA 4N9RA 5FHWA 216LA 1DYBA 1VDTA 4XJFA 1LSYA 1C6KA 4J1BA 4I7LA 1UIBA 1IC4Y 1REXA 1UC0A 2IFFY 4DD3A 1LHIA 1OP9B 1SWZA 3LYOA 236LA 167LA 1JJ3A 3VWOA 2G4QA 3NY8A 207LA 4GCFA 2EPEA 3C81A 1L17A 4B4IA 3TXBA 118LA 4H9BA 262LA 1UIDA 1JHLA 5HNLA 4W96A 4PJ2C 3B0OA 1L36A 3HH4A 2A7FA 3WPKA 1DXJA 5F9UA 3J4GA 4YXAC 2XBSA 1G06A 4B4JA 3F6ZA 1C61A 1L68A 1P2LA 1IP1A 1LSGA 1EQEA 1L43A 1L09A 4EKRA 5LVKA 1CJ6A 1TDYA 4ML7A 4XJGA 1BB4A 2RAYX 186LA 1L41A 1C69A 1KIQC 2LYOA 3AGGG 2A7DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GBY A;  183L A;  4N1E I;  1IP4 A;  1L56 A;  1QTZ A;  1QSA A;  210L A;  243L A;  4GN3 A;  1LLH A;  5KXW A;  249L A;  1AT5 A;  4NFV A;  190L A;  1L18 A;  1L65 A;  2YBM A;  4ZEE A;  1KW7 A;  145L A;  1C6C A;  1IX0 A;  259L A;  128L A;  1C45 A;  4MR1 A;  2HEE A;  5FDJ A;  1L89 A;  1B5Z A;  1CVK A;  4HSF A;  4IAP A;  1L33 A;  5HMV A;  4OWB A;  4GCE A;  1HEN A;  1FLQ A;  4L41 A;  2VB1 A;  1L88 A;  226L A;  7LYZ A;  1C43 A;  224L A;  1LSC A;  108L A;  1ZMY L;  1CU3 A;  1G0L A;  4OOT A;  1PQI A;  1KIR C;  4ETE A;  5I5Q A;  1L14 A;  1JKA A;  2CDS A;  3HT7 A;  5APC A;  5KXO A;  1LYO A;  5HNC A;  1B5V A;  1KY1 A;  1VFB C;  2XBR A;  1DI3 A;  154L A;  1LW9 A;  3W6F A;  1UIE A;  1I6S A;  1HEP A;  5A3Z A;  2RBP A;  4NSH A;  2Z38 A;  189L A;  4H9C A;  1LSZ A;  1LAA A;  4HTN A;  4H9H A;  1C6F A;  253L A;  1LYZ A;  1OVJ A;  3SBB C;  1CV5 A;  4B1A A;  1OWY A;  4EKP A;  3ODU A;  4CGE A;  2OU8 A;  2LZM A;  1DQJ C;  1HSX A;  2MEE A;  5KXX A;  2MEF A;  1JKC A;  2DQI Y;  2FBD A;  4MST A;  4WOA A;  188L A;  1P56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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