262LA

Structural characterisation of an engineered tandem repeat contrasts the importance of context and sequence in protein folding
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
173
structure length
173
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSINAAKSELDKAINAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural characterization of an engineered tandem repeat contrasts the importance of context and sequence in protein folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 173
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 262lA00
1L85A 1L01A 2RBRA 1D3JA 1L64A 3DKEX 1L0KA 3NY8A 1C6PA 223LA 112LA 178LA 2B7XA 148LE 1L52A 1C6HA 1LYGA 4EJ4A 1T6HA 1I6SA 3F9LA 1G1VA 1NHBA 2O4WA 127LA 2B75A 3G3VA 1ZURA 3C7YA 1L42A 2B6ZA 2RBSA 1OYUA 1C6BA 3HWLA 258LA 229LA 1L0JA 1L68A 1L74A 1C60A 1OVKA 3FA0A 2QB0B 1QT8A 165LA 4I7NA 1L67A 1L73A 1P36A 2O79A 125LA 1LYFA 1LYIA 145LA 131LA 1CX6A 1G06A 3CDQA 222LA 1C62A 1PQKA 232LA 1L93A 1L95A 3G3XA 3OE0A 3SN6R 144LA 201LA 1L98A 1L09A 1DYEA 1L07A 217LA 1LWKA 1L66A 248LA 1KY1A 3SBAA 219LA 4EPIA 206LA 3NYAA 4DJHA 249LA 139LA 123LA 3C7WA 2OU0X 2RBOA 181LA 1L80A 1L16A 1L88A 3HH4A 261LA 1CV6A 1L27A 151LA 1DYCA 160LA 1P64A 3SB8A 1C69A 1OWZA 3HT8A 159LA 1L24A 3JR6A 3DN4A 1L83A 2RAYX 104LA 1L91A 2RH1A 1QTCA 107LA 146LA 192LA 1LI2A 2OE9X 1C6FA 2RB2X 1L50A 3HTBA 4S0WA 1P46A 1QS5A 120LA 162LA 209LA 3C81A 4DKLA 1L03A 1QS9A 1G1WA 175LA 4YXAC 1QUGA 241LA 1G0LA 173LA 3LZMA 1L62A 1L10A 172LA 1L72A 1T8GA 3C82A 189LA 3DN2A 3GUNA 1L11A 3DMXA 4EKSA 1L97A 3GUJA 253LA 252LA 254LA 1LI6A 2HUMA 1QT7A 2ANXA 2OEAX 1C6LA 3DN1A 1L28A 1EPYA 4W52A 6LZMA 113LA 4I7PA 150LA 1L32A 2HUKA 1XJTA 1CU5A 2RBQA 1L76A 1L37A 1LW9A 1C6IA 2L78A 108LA 2LC9A 1D2WA 185LA 3GUIA 4LZMA 1SSYA 2OE7X 2OTZX 2F2QA 156LA 1C6JA 1T8AA 213LA 3C83A 1L25A 1L41A 244LA 2RB1X 251LA 1B6IA 247LA 4YX7C 1L96A 3C7ZA 1D9WA 1L60A 2CUUA 4I7LA 1P5CA 1C6AA 1L33A 3L64A 1L69A 4LDEA 1L13A 1D3MA 1L17A 1LYDA 152LA 170LA 1L92A 3C80A 2F47A 1TLAA 119LA 3GUOA 164LA 1CV5A 1CU2A 243LA 4I7MA 3RUNA 2B6WA 3DN0A 168LA 1D3FA 1PQOA 3HH3A 1LYEA 1DYBA 1C65A 1L26A 3GUPA 155LA 1L63A 1L30A 190LA 3QAKA 1CX7A 4W54A 3GULA 1L82A 239LA 1L12A 3VW7A 1L65A 205LA 3NY9A 3DN8A 1G0MA 1L39A 191LA 4I7RA 177LA 1OVJA 3RZEA 1CV0A 103LA 4ARLA 1P3NA 1T8FA 110LA 130LA 227LA 3UONA 1P2RA 1WTHA 183LA 3HUQA 220LA 1L46A 3HUKA 1QSBA 2OU9A 1L47A 1C6DA 1G0QA 3ODUA 163LA 1K28A 1LI3A 3FADA 1LGXA 3SB9A 182LA 2B6YA 5LZMA 4EKRA 3V2WA 211LA 138LA 3HH5A 4EPFA 4K5YA 4PJZA 115LA 1DYFA 4YXCA 128LA 1L14A 1L61A 3DMZA 240LA 4I7KA 122LA 2QARC 1L18A 1L99A 3HT6A 2LCBA 1XEPA 233LA 1CVKA 3EMLA 3G3WA 1L86A 1SSWA 245LA 1CTWA 1QUOA 214LA 141LA 3OE6A 1QTBA 2B70A 184LA 4PK0A 1QTHA 242LA 174LA 250LA 1L34A 1CU0A 4IAPA 4ARJA 4GRVA 1C67A 1PQIA 3C8SA 167LA 1KS3A 2O7AA 3GUMA 2OTYX 1CV4A 1QUHA 1ZYTA 3HUAA 3OE8A 4AQNA 4E97A 4LDLA 1DYDA 1PQDA 1L54A 3DMVA 228LA 3OE9A 140LA 1G07A 2NTGA 2RB0X 3SBBC 1L94A 1L55A 1QT4A 1CV1A 1SWZA 1L71A 1C61A 3CDRA 1P56A 187LA 1OWYA 1L19A 7LZMA 1L43A 224LA 2B73A 210LA 1L56A 1G0GA 3D4SA 1L90A 1L49A 1L75A 1QTZA 1SX7A 1DYAA 1LLHA 2LZMA 195LA 262LA 1JTMA 1LWGA 1ZWNA 1C6QA 3PDSA 1L87A 1QT6A 230LA 3HU9A 166LA 255LA 3HDFA 1DYGA 1L59A 1L45A 1KY0A 235LA 257LA 1KW7A 1C63A 1P37A 157LA 1L70A 225LA 3K2RA 147LA 1L22A 1P6YA 1L89A 126LA 1L04A 1L15A 1CUQA 1OVHA 3F8VA 3CDOA 2RAZX 1C66A 2B74A 1SX2A 3C8RA 118LA 1JTNA 2B6XA 1P2LA 176LA 5I14A 4I7JA 1C6EA 1L48A 4ZPUA 199LA 1QTVA 1L58A 1L31A 3DN3A 1L08A 1C6CA 259LA 1L21A 215LA 1CV3A 236LA 158LA 2NTHA 1L06A 3FI5A 149LA 3PBLA 1LYHA 1L44A 3HTGA 2Z6BA 2OU8A 142LA 3HTFA 3HH6A 1QSQA 1LGWA 1L77A 3HTDA 234LA 4OO9A 1QT5A 3CDTA 1C68A 1SWYA 2Q9DA 1C6KA 256LA 3HU8A 4I7QA 4W57A 111LA 1L81A 1L57A 221LA 200LA 3HT9A 1C6MA 2F32A 129LA 1QTDA 1KW5A 2RBPA 1L53A 1PQJA 3SB6A 1C6TA 1L40A 186LA 246LA 4LDOA 137LA 1XJUA 4W58A 1D2YA 4EKQA 231LA 4I7SA 143LA 188LA 2RBNA 1L00A 2IGCA 1LYJA 1QT3A 2ANVA 3SB7A 1KNIA 1C6NA 4I7TA 1OV7A 114LA 1L05A 3CDVA 1LGUA 4I7OA 1L23A 1L38A 4ARQB 1L51A 1QUDA 1G0KA 102LA 109LA 4EXMA 1CU3A 4W59A 161LA 218LA 2B6TA 4ARPA 1G0PA 260LA 1G0JA 1L29A 3GUKA 4ARQA 212LA 1C6GA 3HDEA 4ARMB 2Q9EA 2A4TA 237LA 1PQMA 169LA 1LPYA 2B72A 3C8QA 2HULA 226LA 4DAJA 1C64A 1CUPA 197LA 1D3NA 3DN6A 4W55A 1L20A 216LA 3HT7A 4ARMA 4GBRB 198LA 3V2YA 171LA 1L84A 2OE4X 1L35A 3DNAA 238LA 1JQUA 1T97A 196LA 4EKPA 1L02A 1L36A 4W53A 3SB5A 1L79A 4W56A 1P7SA 180LA 3L2XA 1CU6A 1OV5A 4W51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PJ2C 1F0WA 1IOQA 1DZBX 4HP0A 3DKEX 1LYZA 4N0JA 4I8SA 1L52A 1NHEA 1RI8B 4EJ4A 1I6SA 3WL2A 127LA 4LYCA 1LSPA 3C7YA 4TTDA 1L42A 5LAFA 2FYDA 4DDBA 258LA 1F6RA 1L0JA 4I7NA 3HBDA 125LA 1LYFA 1IP2A 2W1YA 4O34A 4WLYA 145LA 5LXWA 1LMNA 3CDQA 3BKVA 5ILCA 2DQDY 1C7PA 1L93A 5KKIA 4GCBA 1E8LA 4GCFA 1LPIA 2BQLA 1L09A 4AGAA 3A92A 4ETEA 1BVKC 4LYZA 248LA 1GB9A 1YKXX 1LHIA 4EPIA 1UIGA 206LA 3NYAA 4IJ4A 1IP4A 181LA 1GE1A 1L16A 3HH4A 3ZVQB 1P64A 2AUBA 3JR6A 2RAYX 2ZQ4A 1HSXA 146LA 1LJNA 2RB2X 4ZEEA 4OOTA 3AW6A 1LMQA 162LA 4YXAC 2Z37A 5LA8A 4GCEA 1G0LA 172LA 1L72A 1T8GA 1TBYA 1LJ3A 4H9CA 3DMXA 3GUJA 253LA 252LA 5HMJA 2D4KA 5I54A 1JITA 1GEVA 2FBDA 2YBLA 3DN1A 4W52A 5B1GA 6LZMA 1XEJA 4H9AA 3CQLA 1FLUA 1B5WA 1L76A 1C6IA 185LA 4LZMA 2OE7X 4OWAA 4H8XA 5APEA 2F2QA 2D4JA 1IC7Y 213LA 244LA 2XJWA 3P66A 4I7LA 5FELA 4HTQA 1L17A 4ANRA 1LYDA 170LA 1REXA 1L92A 3WXTA 1ALCA 2DBTA 164LA 3W3EA 5I4XA 4I7MA 1VATA 4NGWA 5M1YA 155LA 2Z12A 1XGUC 1L63A 1L30A 3QAKA 4NHIA 3B0IA 1L65A 1IC5Y 4MSTA 4EOFA 3W6AA 2YBMA 1B7RA 2NWDX 3RZEA 4ARLA 227LA 110LA 130LA 4DD3A 3D3DA 1P2RA 3HUQA 1NBZC 2BQFA 3HUKA 1GE3A 154LA 1QSBA 1GBWA 3TXGA 2HU3A 3ODUA 1GFTA 1LI3A 3FADA 4NWHA 1YL0X 1GFRA 2W1LA 1GHLA 2BQAA 1NKHA 1IP3A 2ZIKA 4PJZA 2VB1A 4YM8A 5KXZA 1IOCA 1IC4Y 1HEQA 4NG1A 122LA 2QARC 2MEEA 1LSCA 1XEPA 4H9EA 1XEIA 1QUOA 1GF6A 4XYYA 141LA 5KJ9A 1YAPA 3WU9A 2MEFA 174LA 2YBNA 4GRVA 1C67A 1LZDA 3C8SA 1KS3A 3WU7A 2I25L 1B5YA 3GUMA 2OTYX 4DDCA 4AQNA 4NHTA 2F2NA 1DYDA 3RT5X 2I6ZA 4NGOA 1G07A 1G7JC 2RB0X 4NG8A 1L94A 1L55A 4CFOA 1B7OA 2I26L 187LA 1QSWA 5KXSA 1L19A 1HEPA 1LCNA 4GLVA 4NFVA 5C6IA 3WPKA 1GBZA 5DM9A 1LZYA 2ZNWY 2BQIA 1QT6A 166LA 1IWUA 5I53A 1OUHA 2BQEA 1KW7A 1C63A 1FDLY 2DQIY 1JJ1A 4Z41A 3D9AC 3AZ4A 3TXJA 1D9UA 1GPQC 1L15A 1CUQA 1HMKA 1FLQA 1OUCA 1OP9B 3C8RA 4PHIA 118LA 1GB2A 1IR9A 1C43A 1P2LA 1WTNA 4I7JA 3AGGG 199LA 1L31A 3DN3A 259LA 2LZTA 1LZBA 1B5ZA 3PBLA 1LZ1A 142LA 4U3XB 3HTDA 4OO9A 1QT5A 5LINA 4XENA 1IWWA 6LYTA 2ZIJA 1C6KA 256LA 1L81A 4RDSA 4CHXA 4NSIA 3HT9A 1TDYA 5FSTA 5HQ1A 1LJKA 1CJ6A 129LA 2HEDA 2XBRA 1L40A 1LZSA 246LA 153LA 1SLYA 1LZ5A 4QEQA 5HLLA 4NWEA 1L00A 2IGCA 3EMSA 1LYJA 1QT3A 5C6JA 1DKJA 3A96A 4NSJA 4TWSA 4I7TA 2ZYCA 1L05A 2W1MA 4LZTA 4B4IA 4I7OA 1L51A 1GB3A 2BLXA 4EXMA 1CNSA 1J1XY 2Z18A 1EL1A 1G0PA 4GCDA 1G0JA 1KXWA 3FE0A 2DQGY 2Q9EA 237LA 3AGHA 1PQMA 1QQYA 1KIRC 2CWIA 1NF5A 2D4IA 226LA 5J7CA 5LYMA 4DAJA 1JKAA 4ARMA 5KXRA 1T3PA 4GBRB 198LA 1LSFA 4NEBA 1IR7A 1LHKA 4XJFA 2HTXA 3DNAA 2YVBA 1GFKA 1DPXA 4W56A 2ANVA 3IWRA 4KXIA 4WM3A 1L64A 3NY8A 223LA 112LA 3K3TA 1BB7A 3F9LA 1WVUA 4WLDA 1REYA 5F81A 2LYZA 4J1BA 1UBZA 4OWHA 1GXXA 1ZURA 3TXKA 2BPUA 1OYUA 3HWLA 1IOSA 3N9CA 1XGRC 4NHSA 4WG1A 1L68A 1OUEA 1C60A 1QT8A 2MEAA 1L67A 1L73A 5I4WA 2O79A 3LYZA 1LYIA 131LA 1G06A 5JENB 4H8ZA 1WQOA 4NGJA 1W6ZA 5FCPA 1JTPL 3G3XA 3SN6R 144LA 2A7DA 2DQJY 1UUZC 3WMKA 1HSWA 5LIOA 1DYEA 4LT2A 1LWKA 4C5FA 1UICA 1B5XA 2X0AA 1KY1A 2F30A 1LJJA 4XJGA 4NHQA 4FJRA 249LA 139LA 2RBOA 3A95A 1CV6A 3SB8A 2ZQ3A 1C69A 4YOPA 1YKYX 3HT8A 1D6QA 1JTOL 3WW6A 5K7OA 4DD2A 1QSAA 2ZILA 1YL1X 4WM6A 1C6FA 2DQEY 1L50A 3HTBA 1C45A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PJ2 C;  1F0W A;  1IOQ A;  1DZB X;  4HP0 A;  3DKE X;  1LYZ A;  4N0J A;  4I8S A;  1L52 A;  1NHE A;  1RI8 B;  4EJ4 A;  1I6S A;  3WL2 A;  127L A;  4LYC A;  1LSP A;  3C7Y A;  4TTD A;  1L42 A;  5LAF A;  2FYD A;  4DDB A;  258L A;  1F6R A;  1L0J A;  4I7N A;  3HBD A;  125L A;  1LYF A;  1IP2 A;  2W1Y A;  4O34 A;  4WLY A;  145L A;  5LXW A;  1LMN A;  3CDQ A;  3BKV A;  5ILC A;  2DQD Y;  1C7P A;  1L93 A;  5KKI A;  4GCB A;  1E8L A;  4GCF A;  1LPI A;  2BQL A;  1L09 A;  4AGA A;  3A92 A;  4ETE A;  1BVK C;  4LYZ A;  248L A;  1GB9 A;  1YKX X;  1LHI A;  4EPI A;  1UIG A;  206L A;  3NYA A;  4IJ4 A;  1IP4 A;  181L A;  1GE1 A;  1L16 A;  3HH4 A;  3ZVQ B;  1P64 A;  2AUB A;  3JR6 A;  2RAY X;  2ZQ4 A;  1HSX A;  146L A;  1LJN A;  2RB2 X;  4ZEE A;  4OOT A;  3AW6 A;  1LMQ A;  162L A;  4YXA C;  2Z37 A;  5LA8 A;  4GCE A;  1G0L A;  172L A;  1L72 A;  1T8G A;  1TBY A;  1LJ3 A;  4H9C A;  3DMX A;  3GUJ A;  253L A;  252L A;  5HMJ A;  2D4K A;  5I54 A;  1JIT A;  1GEV A;  2FBD A;  2YBL A;  3DN1 A;  4W52 A;  5B1G A;  6LZM A;  1XEJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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