2A7DA

On the routine use of soft x-rays in macromolecular crystallography, part iii- the optimal data collection wavelength
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part III. The optimal data-collection wavelength.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2a7dA00
4LT3A 2BAAA 5I54A 1GBYA 2W1LA 5F81A 3HBDA 2BQLA 1JJ1A 4CFPA 6LYZA 1AKIA 3HBHA 1LPIA 3WH1A 1D6QA 2A7DA 9LYZA 1GF6A 1QTKA 1XGTC 1HSXA 5FDJA 4NGKA 4NGJA 4XJFA 1JTTL 5KKIA 4ETBA 1GB2A 1WQNA 4N5RA 5HQ1A 1BGIA 4LT2A 1LZ5A 3AZ6A 3TXBA 3CT1A 1HSWA 1HFYA 3CSQA 1LJ4A 3N9EA 1GBWA 1F0WA 2GV0A 4HTKA 4OOOA 5KXNA 1G7IC 4H8YA 2MEGA 1AZFA 1INUA 3WXTA 1YIKA 4B4IA 4OWBA 5DN4A 1IP1A 3B72A 3T36A 1GFVA 1OUBA 2D91A 1XFPL 5KXMA 5I5QA 1G7MC 1D6PA 1YKZX 1B5YA 4PRQA 1YILA 3OK0A 2XTHA 3EMSA 5F9UA 6LYTA 5K7OA 1IP4A 2IHLA 1CKCA 3TXJA 3B6LA 2HUBA 4H9IA 1LJGA 4HJYA 1B7LA 1LJEA 1SLYA 5C6JA 153LA 1LZAA 5I4WA 1REXA 4N0JA 1CJ8A 1LMOA 3AW7A 1GBXA 3A90A 3W6CA 4G4CA 1HELA 1CKDA 1FN5A 4H9BA 4AXTA 3WVYA 1FLUA 4OOTA 1LZGA 3E3DA 1WTMA 1SQ2L 2G4QA 4WO9A 1AT6A 2BQCA 4LZTA 1IP3A 1C46A 1JTOL 1LSEA 3A34A 1NBYC 4NSGA 4LYCA 2HU1A 5B05A 4YF2A 2YBMA 193LA 4NHIA 1IC4Y 5HNCA 1QDRA 1LYSA 4J0LA 4G9SA 5APFA 3W6AA 1GB6A 1JTPL 1WQMA 5L3HA 4TSCA 4DDBA 2ZNWY 1DI4A 4ZIXA 1B7SA 1LZBA 1DKKA 1LSYA 194LA 1RFPA 5JENB 1NDGC 2Q0MX 4N1EI 4U3XB 1KIPC 2YBJA 1QSWA 4TX7A 4R0FA 1LYZA 2BQNA 4WM6A 7LYZA 3AZ7A 3M3UA 4NIJA 3D9AC 1GF7A 1JHLA 3ULRA 2H9KA 2MEAA 4UWNA 1IORA 4PRUA 3WU9A 4IATA 4NY5A 2D6BA 5LAFA 1I20A 2F4AA 1GE3A 1LMPA 4G4BA 1J1XY 3D3DA 4TSBA 5FEKA 3TXDA 4DWXA 3A6CY 1CKGA 1IWYA 1IR8A 1VDTA 1GB3A 1YKYX 1NMMA 1LHIA 1C7PA 1WQRA 5AMYA 5E4PA 1WQOA 3WL2A 3WU8A 4YEMA 1JKAA 4NGVA 3A67Y 1IWUA 1HEQA 1ZVYB 4NWEA 4ET9A 4WO6A 2F2NA 1UIFA 1CJ6A 3B0KA 4MCKA 133LA 1BWHA 1DZBX 2Z38A 4H93A 4NSIA 4YEOA 3RU5A 3WU7A 5L9JA 2BQDA 1GXXA 1FBIX 4B4EA 3G3BB 4LT1A 4QDNA 3P4ZA 2W1MA 3GXRA 1B7NA 2HTXA 2HEEA 1LYYA 1UACY 4B0DA 1UIAA 4DD2A 1GE4A 1NKHA 1LZ9A 2YBNA 1JPOA 4XENA 3ATNA 4LYZA 1OUEA 3WULA 1IOTA 4NSJA 132LA 1DPWA 1GFJA 1LHJA 1OUFA 1HFXA 1LSCA 2DQDY 1BHZA 3EBAB 3KAMA 3LZ2A 5LVKA 4HPIA 1LSZA 4RW1A 3TXIA 1GB7A 4Z41A 3N9AA 3CSZA 4H94A 3W6FA 1UIBA 1LMCA 1OP9B 1UIHA 1B7PA 3LYZA 5LA8A 1OUGA 5FSTA 1GAYA 1LTMA 2MEDA 1XGUC 1GFHA 1REYA 4H9EA 3BKHA 3WVXA 1LZDA 2DQGY 5B1GA 2CWIA 3W6BA 1D0KA 1J1OY 2BPUA 4HJVA 4KXIA 4OW1A 2DKVA 5L3IA 1FLWA 2Y8PA 5I4YA 1VFBC 1QQYA 1TEWA 1B9OA 5D5CA 2BQMA 1TDYA 1LSMA 4H91A 3A95A 3ATOA 3CQLA 1B5WA 2YBIA 1GB5A 4TWSA 4WL6A 1GE0A 4XJDA 5KXZA 1EL1A 1VAUA 1QUSA 4NGYA 2MEFA 4W96A 5B06A 1JEFA 4ML7A 3EXDA 4M6DA 1IR7A 1XGQC 3LN2A 4GN4A 5LIOA 5DN5A 4H8ZA 4ZEEA 1GHLA 1C45A 1BWJA 4PGJB 4CGEA 1ZVHL 1F6SA 1JITA 1FKQA 3AZ4A 4LYTA 1JUGA 2X0AA 5T3FA 1LZRA 4HV1A 2MECA 4WLTA 1D0MA 3P65A 4DYGA 4YM8A 4CHXA 1GF9A 4GCEA 4Z46A 1BVXA 2CJLA 4LYMA 1MELL 4QEQA 1B5VA 1LMQA 4OWEA 1RJCB 1WVUA 4NSHA 3AW6A 3LHMA 1I56A 1C10A 1LAAA 3W6DA 4GN5C 5I4XA 2H9JA 1GAZA 3WPLA 2I25L 4XJIA 1GEVA 4HSFA 5II3A 1GFTA 2W1YA 2ZNXY 3B0OA 3MGWA 1CJ9A 4OWAA 1REMA 2F30A 1QTEA 1JSFA 4NGIA 2H5ZA 4PJ2C 3A8ZA 1XEIA 1IY3A 1YL1X 2C8PA 2YVBA 4WM3A 1B7OA 3AGIA 3IJVA 1JIYA 2LZTA 1UIEA 1B7QA 4BAPA 3VWOA 1HMKA 4GCBA 1BQLY 4LYBA 1YKXX 1YQVY 2BQHA 1YAPA 135LA 1LJ3A 4NFVA 1WQPA 2Z2FA 4DD0A 4H9FA 1B5UA 1IP5A 1GBSA 2DQHY 4HPEA 2ZIJA 1QDTA 4EMNA 3B0IA 2DQCY 1MLCE 2ZQ3A 1JWRA 5B07A 5F14A 2AUBA 1B0DA 2Z39A 154LA 1VDPA 2DQEY 2DQIY 4FDYA 4CFOA 1IP2A 2DBTA 1LHKA 2ZILA 4J1BA 2FYCA 1IY4A 1ZV5L 3TMVA 4II8A 4J1AA 1LHHA 1OUHA 3WUAA 2ZWBA 3QY4A 1OUJA 2Z19A 2HEDA 1LZSA 3M18B 1F6RA 1NHEA 1UCOA 4TTDA 1JISA 4WMGA 3TXHA 1YAOA 1LZEA 1I1ZA 1BB5A 1IWTA 1LSFA 5LVHA 3ZVQB 1T6VL 1GF3A 1LJKA 4MSTA 4HTNA 1CKFA 1GFGA 3FE0A 1XGRC 1GF0A 5ILCA 1GFRA 1YANA 4WG7A 4WLDA 1GFAA 4RW2A 2XJWA 1GFEA 134LA 1LSPA 2BQKA 2CDSA 1G7HC 3A94A 1IWVA 1AT5A 4OWCA 2YSSC 5IHGA 5LVGA 4W94A 1CJ7A 3T6UA 2Z18A 3CT5A 3K3TA 1TAYA 1D0LA 5LYZA 1LJNA 5KY1A 1PZYA 5HNLA 4ETDA 5EBHA 1B7RA 2MEIA 1N4FA 2ZYPA 4H92A 2VB1A 4RLNA 3WPKA 4DT3A 1OUDA 4WL7A 5A3ZA 5KXYA 1E8LA 1A2YC 1LZTA 1KXXA 2ZYCA 4WM4A 1GDWA 4LFPA 2BQJA 4RLMA 1LCNA 3W3EA 5LXWA 1LKSA 1FLYA 1HEWA 1YL0X 1G7JC 1W6ZA 1GFUA 2Z2EA 2DQFC 5F9XA 1TCYA 4N1CC 4NG1A 1LZYA 2ZQ4A 1JJ0A 1HHLA 1UICA 4DD9A 1LZ1A 4Z3MA 3IWRA 4LGKA 3AYQA 4E3UA 4NHPA 5LINA 1HC0A 1IC5Y 1VDQA 4GCCA 1FLQA 2WARA 1C08C 1GF5A 1UUZC 1HMLA 5LAGA 2EKSC 1VEDA 3A96A 3QNGA 4M4OA 2HEFA 3BKVA 3CT0A 1LJHA 4N9RA 1P2CC 4IASA 4UWUA 4G4HA 1UA6Y 2FYDA 2BQIA 4NGLA 3A6BY 4P2EA 2D4JA 2Z37A 3TMWA 2BQGA 4J7VA 5KXWA 4ETCA 1GB9A 1GE2A 2CGIA 2NWDX 1TBYA 3P66A 2XBRA 1B2KA 5E9RA 3RW8A 4C5FA 1DPXA 1D9UA 1DI5A 3TXFA 3ZVQA 1B5XA 1IP6A 3A92A 4YENA 1IOSA 1ZMYL 4PHIA 1OUAA 2DQAA 4H9HA 1V7TA 5HMJA 1HNLA 4FJRA 3TMXA 4XJBA 3LYOA 1IWWA 1DQJC 1IC7Y 4NHTA 4GLAA 1H87A 4GCDA 3J4GA 4LT0A 1FKVA 1LSNA 1LZ8A 4ZFPA 1DKJA 1BB6A 4ETAA 3J6KA 4PPOA 4CJ2A 5APEA 5KXTA 1NBZC 1G7LC 3IJUA 3A91A 4H1PA 4QY9A 1HENA 1LZ6A 5FHWA 4NEBA 4B1AA 4WM2A 4GN3A 3W6EA 2HU3A 1XSFA 5A3EA 1REZA 3LZTA 1JKCA 2BLXA 1HEPA 1OUIA 1KXYA 1Z55A 2N5ZA 1AM7A 1JJ3A 1GF4A 4HJZA 1JSEA 5ILFA 4LFXA 1F10A 1LOZA 1GD6A 1YAMA 2BQFA 2MEBA 4NWHA 4G49A 4R6CA 5J7CA 5LVJA 1VDSA 1HERA 1JKBA 5KXPA 3HFMY 2FBDA 3WMKA 4H9AA 4ANRA 1LMNA 3TXKA 4DDCA 1A4VA 4DD3A 1JKDA 2HEBA 4WG1A 3G3AB 1KIRC 2RSCA 1PS5A 2A7FA 208LA 3WW6A 4NGWA 1W08A 1LZ4A 1QUTA 3HBEX 2B5ZA 1WTNA 2LZ2A 3RNXA 4WM5A 5KXKA 4B49A 4GCFA 4D9ZA 5DM9A 3QE8A 4L41A 3ZEKA 207LA 4UWVA 2MEEA 2YDGA 4DC4A 4NG8A 5C6LA 4O34A 1FDLY 1YAQA 2BLYA 5I53A 2LYZA 4QGZA 2FBBA 4I0CA 4WOAA 5LA5A 3A3RX 1LJIA 2BQOA 5FCPA 2EPEA 5KKJA 1IVMA 1EQ4A 1GBZA 1GPQC 2C8OA 5KXOA 2YBHA 2BQBA 1RI8B 2MEHA 2W1XA 4A7DA 4RDSA 1LHLA 4BAFA 4BS7A 4YOPA 1IR9A 1LZCA 3WUMA 4KPMA 3GXKA 4NHQA 1LZNA 1GF8A 4NHSA 5FELA 1ALCA 4LYOA 3WXUA 1GB0A 3AGHA 1BB7A 1LJJA 2HECA 4TUNA 4WLXA 5DL9A 1WQQA 1LHMA 1BB4A 1BB3A 1LKRA 1RCMA 4GLVA 3TXGA 1GWDA 5IELA 8LYZA 2BQEA 2BQAA 1KXWA 4HTQA 4MR1A 4XJHA 1BWIA 5APCA 4NGOA 3WW5A 1OQMA 5LYMA 5M1YA 3WYHA 1GEZA 1GB8A 4H9CA 1YROA 1LSAA 4XN6A 1UC0A 3SP3A 5LYTA 1WVVA 5KXLA 1NF5A 3AZ5A 1NWGA 5APDA 3LYMA 4DDAA 1GFKA 2D4IA 2DQJY 2LYMA 5KXSA 4KL7A 4IJ4A 1LYOA 3WPJA 5KXRA 1C43A 1EQEA 5KJ9A 1IOQA 2EIZC 4Z98A 1HFZA 1LSDA 2XBSA 1UBZA 1IWXA 1GDXA 1XEJA 1LJFA 2EQLA 3P64A 1B5ZA 1GBOA 1LMTA 1T3PA 3FI7A 1GE1A 2LYOA 4BADA 5KXXA 1NDMC 1DI3A 5B1FA 2F4GA 1BVKC 4N8ZA 5B59A 5IDDA 1CKHA 3OJPA 4WLYA 5F16A 4WM1A 1VATA 1IEEA 1V7SA 2Z12A 3P68A 3RT5X 4XJGA 1B7MA 5HLLA 1XEKA 4XYYA 1J1PY 4H90A 1LSGA 1H6MA 4HV2A 2D4KA 4H8XA 5DLAA 4KT3A 2HEAA 3WUNA 3AGGG 4I8SA 3AJNA 5C6IA 2I6ZA 2YBLA 4NGZA 1IO5A 1LSBA 3CB7A 4DD7A 1QSAA 4ET8A 1O23A 1UIDA 3TMUA 4EOFA 1IWZA 1RE2A 3LYTA 1IOCA 1HF4A 3RZ4A 1OUCA 4OWHA 4ETEA 1GXV2 2G4PA 3F6ZA 4B4JA 1IP7A 2LHMA 4DD1A 1IIZA 5HMVA 1LMAA 1XGPC 3A93A 1QIOA 2ZIKA 3CSRA 4C3WA 4X3BA 1EQ5A 1IX0A 3A3QA 3N9CA 5D5FA 1NQIA 3AB6A 3EO5A 3TXEA 1CNSA 4XADA 1DXJA 2PC2A 5LVIA 1UIGA 2IFFY 1HEMA 4HP0A 2G4NA 1KIQC 4AGAA 1HEOA 2I26L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C69A 183LA 1L29A 4W59A 6LYZA 1AKIA 3HBHA 3SBAA 1XGTC 1L05A 4NGJA 1JTTL 5KKIA 4N5RA 244LA 3K2RA 1BGIA 4LT2A 1LJ4A 5KXNA 1YIKA 170LA 1LGWA 1OVJA 1L08A 4DQ5A 2D91A 1L95A 1YKZX 1B5YA 1L20A 3OK0A 4DKLA 1IP4A 161LA 3TXJA 3B6LA 1LJEA 1NHBA 1SLYA 5I4WA 4G4CA 4DQJA 3E3DA 1WTMA 1KS3A 2G4QA 4WO9A 4LZTA 1C46A 3A34A 1QTHA 1L14A 5HNCA 1LYSA 5L3HA 1CV6A 1LZBA 1LSYA 1KNIA 1RFPA 2RH1A 2Q0MX 1CU5A 4N1EI 1C63A 1L11A 1LYZA 7LYZA 3M3UA 196LA 4UWNA 2MEAA 1IORA 4PRUA 1L01A 3D3DA 5FEKA 1NMMA 3WL2A 5E4PA 1LPYA 4YEMA 1WQOA 1JKAA 1C64A 4NWEA 1SX2A 174LA 4MCKA 133LA 5L9JA 2OU0X 3RU5A 1GXXA 3HT9A 3G3BB 3P4ZA 1LYYA 1L69A 1NKHA 4NSJA 1DPWA 1LHJA 154LA 5LVKA 3LZ2A 140LA 1L87A 221LA 3CSZA 234LA 1UIHA 3HTGA 1L58A 1OUGA 1XGUC 3CDVA 2CWIA 1D0KA 1J1OY 2BPUA 4HJVA 4OW1A 252LA 2Y8PA 5I4YA 2RAZX 1B9OA 2BQMA 3NY8A 4H91A 1B5WA 2YBIA 1GB5A 2XQOA 1EL1A 1QUSA 3EXDA 4M6DA 1QTVA 1XGQC 1OVKA 1L03A 1BWJA 1C6MA 1ZVHL 1CU0A 1L37A 5T3FA 210LA 3P65A 4YM8A 148LE 4QEQA 2IGCA 1P2RA 4NSHA 3AW6A 2HUKA 1L57A 3GUNA 4GN5C 1GAZA 1GEVA 1GFTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LT3 A;  2BAA A;  5I54 A;  1GBY A;  2W1L A;  5F81 A;  3HBD A;  2BQL A;  1JJ1 A;  4CFP A;  6LYZ A;  1AKI A;  3HBH A;  1LPI A;  3WH1 A;  1D6Q A;  2A7D A;  9LYZ A;  1GF6 A;  1QTK A;  1XGT C;  1HSX A;  5FDJ A;  4NGK A;  4NGJ A;  4XJF A;  1JTT L;  5KKI A;  4ETB A;  1GB2 A;  1WQN A;  4N5R A;  5HQ1 A;  1BGI A;  4LT2 A;  1LZ5 A;  3AZ6 A;  3TXB A;  3CT1 A;  1HSW A;  1HFY A;  3CSQ A;  1LJ4 A;  3N9E A;  1GBW A;  1F0W A;  2GV0 A;  4HTK A;  4OOO A;  5KXN A;  1G7I C;  4H8Y A;  2MEG A;  1AZF A;  1INU A;  3WXT A;  1YIK A;  4B4I A;  4OWB A;  5DN4 A;  1IP1 A;  3B72 A;  3T36 A;  1GFV A;  1OUB A;  2D91 A;  1XFP L;  5KXM A;  5I5Q A;  1G7M C;  1D6P A;  1YKZ X;  1B5Y A;  4PRQ A;  1YIL A;  3OK0 A;  2XTH A;  3EMS A;  5F9U A;  6LYT A;  5K7O A;  1IP4 A;  2IHL A;  1CKC A;  3TXJ A;  3B6L A;  2HUB A;  4H9I A;  1LJG A;  4HJY A;  1B7L A;  1LJE A;  1SLY A;  5C6J A;  153L A;  1LZA A;  5I4W A;  1REX A;  4N0J A;  1CJ8 A;  1LMO A;  3AW7 A;  1GBX A;  3A90 A;  3W6C A;  4G4C A;  1HEL A;  1CKD A;  1FN5 A;  4H9B A;  4AXT A;  3WVY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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