2A7FA

On the routine use of soft x-rays in macromolecular crystallography, part iii- the optimal data collection wavelength
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part III. The optimal data-collection wavelength.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2a7fA00
2BQBA 3CSQA 4NWHA 2LHMA 4CGEA 1LJNA 3LYMA 4G4BA 1FN5A 1HFZA 1BB7A 2BQJA 1GE0A 4EOFA 5B1GA 3WW6A 1ZV5L 3BKHA 4II8A 4H8XA 3J4GA 2F4AA 1HEPA 3TMUA 4DT3A 1GF4A 4H93A 5ILFA 1GFHA 4QY9A 1Z55A 4NGJA 5I4YA 2AUBA 3KAMA 1JIYA 3LHMA 3RNXA 1V7SA 2X0AA 5E4PA 4LYTA 2G4QA 4W96A 2CDSA 4DD9A 1C08C 1JWRA 1XGUC 2Z2FA 1LMQA 1GAYA 1WQOA 4LGKA 4GN4A 1XFPL 2ZQ4A 1LZEA 2ZIJA 2BQHA 5KXYA 4I0CA 4AXTA 3A92A 2PC2A 4H91A 4ETDA 1LZ1A 1IP6A 4NIJA 2BAAA 1F6SA 1DQJC 2VB1A 1NF5A 1JKBA 1LZRA 4HJZA 4NHQA 1I1ZA 4H9IA 1JPOA 5AMYA 3IJUA 1V7TA 4XYYA 1OUAA 2YBMA 4B0DA 1OUHA 1WVUA 3EMSA 1EL1A 3B0KA 153LA 2F4GA 1OP9B 5I53A 5II3A 1MLCE 1OUJA 1LSPA 2DQIY 1QUSA 2FBDA 1SQ2L 4NG8A 4NHIA 1LOZA 3G3BB 1XEKA 3WU7A 1IP3A 1J1PY 2DBTA 2DQGY 2BQFA 1LZTA 4H8YA 5F9UA 3TXGA 132LA 1FLUA 1GB8A 4G4HA 4J0LA 1B5YA 2I6ZA 4UWNA 4NEBA 2YSSC 1TAYA 1QSAA 4CHXA 4XENA 1HEOA 1UACY 2EQLA 1GBWA 1OQMA 1CKFA 4GCFA 4OW1A 1KXYA 4ANRA 5B05A 4CFOA 4XJBA 1LZCA 1GXXA 1RI8B 3A3RX 4NHSA 1JTPL 4N0JA 4RLNA 1CNSA 4W94A 4PPOA 4DC4A 1QUTA 1EQ5A 2HEBA 5IELA 1JSFA 3FE0A 1NDGC 4PRUA 3WW5A 1JKCA 2D91A 5DLAA 1LMAA 1WQPA 4Z98A 5KXWA 3N9CA 4ML7A 1NWGA 2DQEY 1JJ1A 2HECA 1UIAA 3W6DA 2BLXA 4O34A 1LSMA 4WLYA 3ULRA 1IWXA 1LSGA 4C3WA 1YAPA 1FDLY 4I8SA 4UWVA 1JITA 2N5ZA 1DXJA 1UIEA 3D3DA 1ZVHL 4H9EA 1YROA 194LA 4GN3A 1LJHA 2H5ZA 1AM7A 3ATNA 1CJ7A 2BQGA 1W6ZA 1GB9A 5KXSA 5KXRA 2Z19A 2MEAA 1LSNA 4UWUA 1LAAA 5B07A 4DWXA 2CGIA 1B7LA 1DZBX 2D6BA 1VDPA 3WL2A 1I56A 4H9HA 1GB0A 4KXIA 1LHJA 4LYMA 3A6CY 4NGLA 2MEBA 4YM8A 1YAQA 2D4IA 1RJCB 2ZQ3A 1VDQA 3EXDA 3CT1A 4XJHA 3HBEX 4WO9A 4B4IA 5APFA 3TXKA 2MEDA 1GFKA 1ZMYL 4MCKA 9LYZA 1OUBA 3AZ7A 4GCCA 4M6DA 1LSYA 5A3EA 4RW2A 3TXDA 1RE2A 1T6VL 4PJ2C 1VAUA 1JSEA 4X3BA 4GN5C 1GHLA 4MR1A 1B5VA 1NKHA 1HEWA 1BVXA 4OOOA 5DL9A 2HEDA 4ETCA 3RU5A 3AGIA 4DD0A 4G9SA 4NGWA 5FDJA 4YF2A 1D0LA 1GFGA 1QTKA 2LYOA 1LPIA 1IP7A 4MSTA 1LYYA 2ZIKA 1LJIA 4HTQA 4XJDA 5K7OA 4NHTA 1XGTC 4WM4A 2LZ2A 3GXRA 3AW6A 5L3IA 1LMOA 1XSFA 4DDCA 2BQDA 1GEZA 3TMWA 1IWZA 4WM1A 5IDDA 1GFRA 1LSAA 4XJFA 1BWJA 1F6RA 5FSTA 4Z46A 1LMPA 2BQAA 1SLYA 4H92A 3LYOA 1DPXA 1JUGA 1GXV2 4N1EI 3K3TA 3B6LA 4WOAA 4XJIA 4KL7A 4HP0A 7LYZA 4HPEA 1H87A 1XEIA 1KIQC 1GBSA 1GF7A 3J6KA 4CFPA 4LFXA 1DI3A 1QIOA 3LZTA 1CKGA 1UC0A 1LHIA 1VFBC 1LSEA 4NGKA 1GFEA 1UIHA 1REYA 3A96A 3AGHA 2D4KA 1GPQC 1LZGA 3GXKA 4J7VA 4PHIA 1IX0A 1LZ8A 3E3DA 4HSFA 1GAZA 1E8LA 2W1MA 1INUA 3P66A 1LSZA 1VATA 1B5WA 1HELA 2B5ZA 5HMJA 4WM2A 5LA5A 1W08A 2YDGA 4H9CA 5C6IA 3ZVQB 4ZIXA 5C6LA 4OWCA 1LZNA 2ZYPA 4YENA 4B4EA 4E3UA 1WQQA 3LN2A 1IWYA 2Y8PA 4NSHA 5LYZA 2D4JA 1LMTA 4HJVA 3WMKA 1LSDA 3EBAB 1LJFA 4BAPA 1YKXX 4WM3A 4GLAA 1G7HC 5KXOA 2F30A 1UIBA 134LA 3IJVA 5KKJA 2MEHA 1BWHA 4D9ZA 1YAMA 1REXA 4NY5A 4B1AA 5LIOA 1P2CC 5KXTA 1BB5A 1WQMA 4NHPA 1DKKA 1JJ3A 3A3QA 1GBOA 1N4FA 154LA 4LZTA 1A2YC 1TDYA 3WULA 1C10A 1G7IC 5APCA 5HNLA 1A4VA 3TXJA 1LHHA 1GD6A 1LJ3A 1GDWA 1YQVY 4L41A 2DQAA 4XN6A 5KJ9A 1DKJA 1F10A 1IR9A 3A91A 4KT3A 2EKSC 4EMNA 4NGVA 1LJKA 3LZ2A 4NWEA 4G4CA 1GF5A 3CB7A 3M18B 4NG1A 5LYMA 1JISA 2DQDY 4LYOA 2YBHA 3WVYA 2FYDA 1G7MC 5B06A 1CJ6A 4WG1A 4WM5A 3WYHA 2HTXA 1GFUA 5LAFA 3P4ZA 4LYBA 3VWOA 4QEQA 4DD3A 1LMNA 5LVGA 1D0MA 2FBBA 5APDA 3N9AA 1HHLA 4IJ4A 1LCNA 2C8OA 1NQIA 2HUBA 2XJWA 1LJEA 1OUDA 1LTMA 1KIPC 2BQIA 1C46A 1GE3A 1HSWA 207LA 4HV1A 5DN5A 1D9UA 1LKRA 3B0IA 2W1XA 2BQNA 4IATA 1LSBA 4WL7A 1UICA 2HEFA 3WUMA 1D0KA 1IORA 1IWVA 3D9AC 2BQOA 1YILA 4LT1A 3BKVA 2XTHA 4LYZA 1OUGA 1YANA 1GFJA 1IC5Y 3A8ZA 3ZEKA 4NGOA 3AZ5A 4OWHA 1IP1A 1UA6Y 3W3EA 5T3FA 1IP2A 1QTEA 2ZILA 2ZWBA 5LAGA 4BAFA 1GE2A 4Z41A 5M1YA 4TUNA 2G4NA 3WUAA 3CT5A 4NFVA 1B9OA 1TBYA 1LJGA 1QDTA 5HNCA 4NGYA 1AZFA 5F16A 5LINA 1REZA 3HFMY 4WO6A 3WU8A 4TX7A 1B5XA 4J1BA 1IEEA 4LYCA 1GFAA 1AT6A 1B7PA 1NBYC 4TWSA 1GB7A 1LZAA 1RFPA 1WQNA 4HPIA 3LYTA 3QY4A 3TXEA 2Z12A 3CSRA 4ETBA 2BQMA 6LYTA 1IP4A 4YEMA 1FKVA 1DI4A 1D6PA 1AKIA 2H9KA 2IFFY 1KXXA 1GB6A 5E9RA 4DDBA 5C6JA 3W6CA 5KXKA 1BB4A 2G4PA 2HU3A 1JTTL 2A7FA 5LYTA 1JJ0A 5D5FA 1B7RA 2Z37A 4DYGA 1O23A 2BLYA 3P65A 2MEFA 2ZNWY 5APEA 1DPWA 4DD7A 5LVKA 1CJ8A 5A3ZA 4NGZA 1IVMA 2DKVA 4GCEA 3WPLA 3M3UA 1GF9A 3A93A 1LZSA 4N5RA 2BQEA 1IOCA 1LZ6A 3A34A 5D5CA 1IWTA 1NHEA 1FBIX 4AGAA 1IY4A 2A7DA 4B4JA 1LHKA 1J1XY 3AZ6A 4HV2A 1B7SA 5J7CA 1EQEA 1HC0A 3HBHA 1XGRC 1FKQA 1OUCA 1LKSA 1VDSA 3TXFA 4OWBA 1IY3A 2XBRA 3W6FA 3WU9A 2I25L 5KXPA 4OWEA 1RCMA 2MEGA 1CKDA 1GBYA 1LMCA 3N9EA 1IC7Y 4PRQA 1WVVA 3B0OA 1FLYA 4IASA 5HMVA 1ALCA 1KXWA 1QDRA 5L9JA 1HFXA 1PZYA 3EO5A 4NGIA 4WM6A 3WXUA 5KXMA 2BQCA 1JHLA 1OUEA 1IOTA 3B72A 4B49A 1NBZC 4DD2A 1LZDA 1BB3A 1IOSA 1XGQC 2DQHY 4DDAA 1LZ5A 1LZYA 1GFTA 5F14A 2YBLA 1BHZA 3MGWA 2F2NA 1JKAA 1PS5A 1GWDA 2HEAA 3A90A 1VDTA 2H9JA 2DQJY 3HBDA 1HMKA 3ZVQA 1F0WA 3RW8A 3WH1A 3P68A 4WLDA 1NMMA 3AB6A 4RW1A 5F9XA 5I5QA 5FCPA 1LYZA 2BPUA 4H9AA 1MELL 5I4XA 1XEJA 1LYOA 4YEOA 1UBZA 5KKIA 1CJ9A 4DD1A 5LXWA 4YOPA 133LA 2XBSA 4WLXA 1LHLA 2YBNA 5F81A 1IP5A 4ZFPA 5JENB 4U3XB 1BVKC 1EQ4A 1REMA 1IR8A 1YL1X 4GCDA 4BS7A 4M4OA 4QGZA 3A6BY 4H9BA 2Z2EA 4XJGA 135LA 1B5ZA 3F6ZA 4N9RA 1C43A 3W6AA 4N8ZA 5FELA 4BADA 4H94A 2LYMA 1GFVA 3A67Y 1DI5A 4RDSA 5B59A 4OWAA 2YBIA 5I54A 1HFYA 1WTMA 1JTOL 1IIZA 1GBXA 1UCOA 1GE1A 1J1OY 1BB6A 1B7OA 5KXNA 2LYZA 1HEQA 4FDYA 4HTKA 1WTNA 3OK0A 1AT5A 3T36A 3TXBA 1GBZA 1OUFA 3WUNA 5FHWA 2C8PA 4H1PA 2HEEA 4NSGA 4TSBA 4ZEEA 3A95A 3RT5X 4GCBA 1LJ4A 5KY1A 1GF0A 1VEDA 1WQRA 1JKDA 3AJNA 5B1FA 4H90A 2EPEA 4LT3A 3T6UA 1YKYX 3W6EA 1IWUA 4WG7A 193LA 4WLTA 1IOQA 2BQKA 3OJPA 4G49A 2BQLA 5KXZA 4ET9A 4CJ2A 5LVJA 2HU1A 3AYQA 2LZTA 5EBHA 3TMXA 3WVXA 3WPKA 1HERA 1OUIA 1HENA 1T3PA 4TSCA 1LYSA 5I4WA 1IO5A 4LT0A 3RZ4A 3FI7A 1HNLA 1I20A 4R0FA 1QQYA 5ILCA 1HMLA 4WMGA 4HJYA 4PGJB 4N1CC 5HQ1A 3LYZA 1HEMA 4H8ZA 1LJJA 4J1AA 2Z39A 2I26L 1HSXA 1IR7A 1H6MA 4RLMA 5LA8A 5LVIA 1B0DA 3TMVA 1HF4A 1TEWA 5L3HA 1CKCA 3SP3A 2DQCY 1B5UA 2CJLA 4A7DA 3QE8A 1B2KA 1LZ9A 3P64A 3QNGA 5LVHA 3AW7A 1GB2A 4HTNA 3IWRA 5KXLA 1YL0X 1C7PA 3AGGG 1GE4A 4NSIA 4C5FA 1XGPC 5DM9A 3TXIA 1LSCA 1B7MA 4LT2A 4KPMA 1UUZC 1LHMA 1TCYA 2YBJA 1YAOA 4WL6A 3CQLA 5IHGA 1GB5A 4GLVA 2MECA 4ETAA 1FLWA 1GF3A 3TXHA 1BGIA 2EIZC 4OOTA 5FEKA 1UIGA 1QSWA 1D6QA 1YKZX 2FYCA 1BWIA 1B7NA 4Z3MA 4TTDA 2CWIA 1GEVA 4R6CA 2GV0A 1GF6A 3A94A 1GF8A 3CSZA 1BQLY 1JEFA 1ZVYB 3CT0A 1UIFA 1UIDA 2MEIA 5DN4A 1B7QA 2ZYCA 4LFPA 208LA 2W1LA 1YIKA 2MEEA 2ZNXY 2NWDX 4ET8A 1LZBA 2RSCA 6LYZA 1NDMC 2Q0MX 1CKHA 3ATOA 5HLLA 3G3AB 5KXXA 1LZ4A 2IHLA 3WXTA 4NSJA 3W6BA 4P2EA 4FJRA 2WARA 3AZ4A 8LYZA 4ETEA 1KIRC 2W1YA 1G7LC 4QDNA 1IWWA 3WPJA 1GB3A 2Z18A 1GDXA 1G7JC 2DQFC 2Z38A 2YVBA 1FLQA 1IC4Y 1C45A 4XADA 4H9FA 1LSFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NWHA 3HH5A 1FN5A 250LA 1HFZA 1GE0A 4EOFA 4W54A 3J4GA 5ILFA 2AUBA 1QS9A 2X0AA 5E4PA 4LYTA 4DD9A 1C08C 1XGUC 2Z2FA 7LZMA 1C6CA 4LGKA 2ZQ4A 1L47A 4ETDA 1F6SA 3HDEA 1JKBA 4NHQA 4H9IA 4XYYA 2YBMA 1EL1A 1L12A 1XEPA 3B0KA 1L84A 114LA 4NG8A 2FBDA 3DN3A 1XEKA 1G0KA 1J1PY 156LA 2BQFA 1QTZA 3TXGA 2ANVA 4XENA 2EQLA 1CKFA 4DC4A 1QUTA 1JSFA 1LMAA 1L13A 4ML7A 1NWGA 1SX7A 2HECA 4WLYA 1LSGA 1YAPA 3D4SA 1JITA 1L25A 3D3DA 1ZVHL 4H9EA 3VW7A 2Z19A 2MEAA 1LAAA 4I7OA 2D6BA 3DMXA 3WL2A 1C6TA 1QT4A 4LYMA 4YM8A 1L62A 2MEBA 3EXDA 3HBEX 3DN8A 162LA 1GFKA 1ZMYL 4MCKA 1OV7A 196LA 1LSYA 1RE2A 3K2RA 1VAUA 1JSEA 150LA 4MR1A 1B5VA 5DL9A 3RU5A 4NGWA 2LYOA 4DJHA 4XJDA 1LJIA 1PQJA 1L53A 2LZ2A 5L3IA 3FADA 1XSFA 4XJFA 1BWJA 1DPXA 1GXV2 3K3TA 4XJIA 3SB8A 1XEIA 1QIOA 1L06A 1CUPA 1REYA 1G1VA 3AGHA 3OE8A 3GXKA 1E8LA 1L42A 1GAZA 2W1MA 1INUA 3P66A 113LA 1LSZA 1HELA 1LGXA 4GRVA 115LA 1EPYA 4WM2A 1L86A 5C6LA 4E3UA 3LN2A 1IWYA 4IAPA 1LJFA 1YKXX 4WM3A 1G7HC 169LA 134LA 3IJVA 148LE 3ODUA 1BWHA 1YAMA 5LIOA 3RUNA 1BB5A 6LZMA 4NHPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQB A;  3CSQ A;  4NWH A;  2LHM A;  4CGE A;  1LJN A;  3LYM A;  4G4B A;  1FN5 A;  1HFZ A;  1BB7 A;  2BQJ A;  1GE0 A;  4EOF A;  5B1G A;  3WW6 A;  1ZV5 L;  3BKH A;  4II8 A;  4H8X A;  3J4G A;  2F4A A;  1HEP A;  3TMU A;  4DT3 A;  1GF4 A;  4H93 A;  5ILF A;  1GFH A;  4QY9 A;  1Z55 A;  4NGJ A;  5I4Y A;  2AUB A;  3KAM A;  1JIY A;  3LHM A;  3RNX A;  1V7S A;  2X0A A;  5E4P A;  4LYT A;  2G4Q A;  4W96 A;  2CDS A;  4DD9 A;  1C08 C;  1JWR A;  1XGU C;  2Z2F A;  1LMQ A;  1GAY A;  1WQO A;  4LGK A;  4GN4 A;  1XFP L;  2ZQ4 A;  1LZE A;  2ZIJ A;  2BQH A;  5KXY A;  4I0C A;  4AXT A;  3A92 A;  2PC2 A;  4H91 A;  4ETD A;  1LZ1 A;  1IP6 A;  4NIJ A;  2BAA A;  1F6S A;  1DQJ C;  2VB1 A;  1NF5 A;  1JKB A;  1LZR A;  4HJZ A;  4NHQ A;  1I1Z A;  4H9I A;  1JPO A;  5AMY A;  3IJU A;  1V7T A;  4XYY A;  1OUA A;  2YBM A;  4B0D A;  1OUH A;  1WVU A;  3EMS A;  1EL1 A;  3B0K A;  153L A;  2F4G A;  1OP9 B;  5I53 A;  5II3 A;  1MLC E;  1OUJ A;  1LSP A;  2DQI Y;  1QUS A;  2FBD A;  1SQ2 L;  4NG8 A;  4NHI A;  1LOZ A;  3G3B B;  1XEK A;  3WU7 A; 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 1HML A;  4WMG A;  4HJY A;  4PGJ B;  4N1C C;  5HQ1 A;  3LYZ A;  1HEM A;  4H8Z A;  1LJJ A;  4J1A A;  2Z39 A;  2I26 L;  1HSX A;  1IR7 A;  1H6M A;  4RLM A;  5LA8 A;  5LVI A;  1B0D A;  3TMV A;  1HF4 A;  1TEW A;  5L3H A;  1CKC A;  3SP3 A;  2DQC Y;  1B5U A;  2CJL A;  4A7D A;  3QE8 A;  1B2K A;  1LZ9 A;  3P64 A;  3QNG A;  5LVH A;  3AW7 A;  1GB2 A;  4HTN A;  3IWR A;  5KXL A;  1YL0 X;  1C7P A;  3AGG G;  1GE4 A;  4NSI A;  4C5F A;  1XGP C;  5DM9 A;  3TXI A;  1LSC A;  1B7M A;  4LT2 A;  4KPM A;  1UUZ C;  1LHM A;  1TCY A;  2YBJ A;  1YAO A;  4WL6 A;  3CQL A;  5IHG A;  1GB5 A;  4GLV A;  2MEC A;  4ETA A;  1FLW A;  1GF3 A;  3TXH A;  1BGI A;  2EIZ C;  4OOT A;  5FEK A;  1UIG A;  1QSW A;  1D6Q A;  1YKZ X;  2FYC A;  1BWI A;  1B7N A;  4Z3M A;  4TTD A;  2CWI A;  1GEV A;  4R6C A;  2GV0 A;  1GF6 A;  3A94 A;  1GF8 A;  3CSZ A;  1BQL Y;  1JEF A;  1ZVY B;  3CT0 A;  1UIF A;  1UID A;  2MEI A;  5DN4 A;  1B7Q A;  2ZYC A;  4LFP A;  208L A;  2W1L A;  1YIK A;  2MEE A;  2ZNX Y;  2NWD X;  4ET8 A;  1LZB A;  2RSC A;  6LYZ A;  1NDM C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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