2A7FA

On the routine use of soft x-rays in macromolecular crystallography, part iii- the optimal data collection wavelength
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part III. The optimal data-collection wavelength.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2a7fA00
1UUZC 1OUAA 2MEAA 1QTKA 4A7DA 4H91A 2IHLA 1W08A 1SLYA 5LVGA 1GBSA 5LYMA 1QTEA 5KY1A 1XGRC 4XJHA 3G3AB 1CJ7A 5B59A 4NSGA 4G9SA 2DKVA 4GCFA 4NY5A 4IJ4A 1GB0A 1UIHA 1JTPL 4UWNA 1AT6A 4OOOA 1H6MA 5HMVA 3LN2A 5I4XA 1IP7A 1OUHA 4NGJA 1C43A 5I53A 2DQAA 1GF8A 4WL7A 3EBAB 3WPJA 2ZIKA 1GB6A 1JSFA 1RE2A 1J1PY 2DQFC 1H87A 1GF7A 4H9AA 2A7DA 4LYBA 2W1YA 1LSZA 4H9FA 4IATA 1GFJA 4NGWA 1BGIA 2CWIA 1JEFA 2RSCA 1Z55A 208LA 1CJ8A 2DQGY 1B5VA 5APCA 1LJGA 2ZYPA 4WM4A 193LA 1YIKA 1HENA 4HTKA 2N5ZA 4M6DA 3W6EA 1DXJA 1LZ9A 4I8SA 4WO9A 3TMUA 1B7MA 4B4IA 4ET8A 3WW5A 2HU1A 1IY3A 1WTNA 1JITA 2Z19A 4PRQA 2ZWBA 5B07A 4B4JA 4YF2A 3P65A 1ZVHL 4LYTA 3P66A 4H92A 1LTMA 1CJ6A 2DQCY 4H9IA 3WU8A 1V7TA 3WULA 4AXTA 1LZ1A 2EKSC 4ETAA 1LHMA 2HEAA 2ZQ4A 4HJZA 1GE1A 1LZGA 2EPEA 5B06A 5C6LA 4NGYA 1HEQA 2BQBA 2Z2EA 1GE4A 1VDTA 4GLVA 3W3EA 1I1ZA 4UWVA 1FLWA 1CKHA 3LZTA 4KPMA 4DDAA 1YILA 2BQDA 3AJNA 2YBIA 5C6IA 4DD9A 1RCMA 1B9OA 2ZIJA 4P2EA 5L3HA 2MEIA 5IHGA 5LXWA 1LZ6A 1UC0A 4WLXA 1ZMYL 3AW6A 4GN3A 4H94A 4PHIA 5K7OA 2HEEA 4OOTA 3W6AA 1FKQA 4LT1A 4ZFPA 1GFHA 1LMQA 5JENB 1GFUA 1RI8B 1IVMA 4L41A 2BQMA 1JKBA 1REMA 4XJGA 5D5CA 1YAOA 2YBJA 1GHLA 5APFA 4DD2A 3LYZA 1IO5A 2CDSA 1NBYC 1GF3A 1OUGA 1UIGA 4YEOA 2Z39A 3LYMA 1LYOA 1UIEA 4FDYA 4GCCA 2BAAA 4GCDA 4WM3A 2VB1A 1P2CC 1GF9A 1GFAA 5LVJA 5J7CA 1LSBA 1HELA 3WVXA 1IX0A 2BQLA 4ETBA 1YANA 4WLDA 4BAPA 1OUCA 1IY4A 1ZV5L 4NHPA 1OUFA 4D9ZA 1HFXA 1XGTC 4NG8A 1D0LA 3M18B 5L3IA 1LZNA 5KXOA 4HTNA 1GEVA 5LYTA 5KXTA 1DQJC 2CJLA 5HNLA 1QUSA 4DD3A 2D4JA 2DQEY 4W94A 4WLYA 4XJIA 1SQ2L 1IWYA 4XENA 1GBOA 2F4AA 5KXSA 2BQIA 3GXRA 3N9AA 4W96A 2EQLA 4LGKA 5I4YA 3K3TA 2YBHA 1YAMA 2D4IA 1LZSA 3WVYA 5A3ZA 4GLAA 4RDSA 1WTMA 4B4EA 8LYZA 1GBYA 194LA 1HSXA 4PRUA 1GPQC 1AT5A 1LSNA 3AZ4A 1J1XY 1YAPA 3AW7A 1YQVY 1B0DA 4ETCA 2D4KA 4NHTA 3KAMA 3P64A 4XN6A 3EO5A 3TXKA 5F81A 3P4ZA 4HV1A 3D3DA 1GE2A 4XJDA 5LA8A 1JIYA 1LZCA 1TDYA 1D6QA 4PGJB 1B5UA 1MELL 2FYCA 4WM1A 3WUNA 4NWEA 3WXUA 1BWHA 1UACY 1IORA 2X0AA 2HEBA 5KKJA 4RLNA 4N8ZA 1GB8A 1FDLY 3B0OA 3AGGG 4DD7A 4CFPA 3ULRA 4TX7A 3TXHA 4NGIA 1GXXA 4Z3MA 1FN5A 1GBZA 4ET9A 4G4HA 4BS7A 4HTQA 1IEEA 3HFMY 1F6SA 4GCBA 4DC4A 3WW6A 1IWWA 2MEFA 3E3DA 2MECA 3EXDA 3HBHA 154LA 4II8A 4H9EA 4AGAA 4NGKA 4X3BA 3T6UA 2YDGA 4HJYA 1G7LC 2F2NA 3WXTA 1LZYA 4CHXA 3IJVA 1OQMA 1VATA 3OK0A 1YKYX 1WQPA 1OUDA 1HEWA 2W1LA 1AZFA 1GEZA 3RNXA 3RT5X 1UBZA 1UIBA 1CNSA 4CGEA 3AYQA 2G4NA 4LYMA 1B7SA 3A94A 2HUBA 4WO6A 1LMNA 4LZTA 4ETEA 4LT3A 2BQJA 1WQOA 3CSZA 135LA 1LJ3A 1C10A 4YOPA 5KXNA 1HNLA 1JKDA 2LYZA 3GXKA 4MSTA 1XEKA 3CQLA 1ZVYB 2DQDY 4J7VA 5LVKA 4NHSA 4WM5A 4DT3A 3LHMA 3A3QA 5DLAA 3TMVA 3N9CA 4N0JA 2F30A 1GFTA 1XGPC 5LA5A 1IP4A 2BQAA 1IP5A 1TEWA 1D0MA 1MLCE 207LA 2BLXA 4OW1A 5KKIA 1C7PA 3A8ZA 4E3UA 1LPIA 3WPLA 1YROA 4XJBA 4NGZA 1LSAA 2HU3A 2Z18A 1LZTA 4H8YA 1GAYA 2BQGA 5M1YA 4LFXA 4N9RA 1DPWA 1HMLA 1QDRA 5AMYA 3RW8A 3TXBA 4PPOA 4YEMA 1GWDA 4Z41A 1REZA 5F16A 2MEEA 3W6FA 1LMOA 3AGHA 1YL0X 4RLMA 2D91A 1CJ9A 1OUEA 1O23A 1LSFA 133LA 5FSTA 5FEKA 3WL2A 5ILCA 5LAGA 2B5ZA 1YAQA 3TMWA 4B49A 4H8ZA 1IC5Y 1JKCA 4NGVA 4C5FA 3ZEKA 1GBWA 1XGQC 4WMGA 1HF4A 4YENA 5EBHA 4B1AA 3J6KA 3A90A 2CGIA 2AUBA 1BB7A 4WL6A 5F9XA 3CT5A 1GAZA 3EMSA 4G49A 3IWRA 2H5ZA 1NQIA 1QUTA 1GBXA 2DBTA 3WUAA 2YBMA 3HBDA 4HP0A 5B1FA 2Z38A 4NG1A 1LSEA 1LCNA 1GD6A 4CJ2A 1JSEA 1LSPA 1IIZA 1HEOA 1WQQA 1LJKA 1LKSA 4KXIA 1DI4A 1JTTL 1NDMC 1YKXX 2YBNA 4HJVA 1IOQA 5FDJA 1F6RA 1B7QA 1LSCA 3WPKA 3MGWA 1FLUA 2MEBA 1REYA 4LYCA 4ZEEA 5KXLA 153LA 3A67Y 5LINA 4M4OA 1LZ8A 4ML7A 4J0LA 1VFBC 3A34A 1INUA 2H9JA 1KXXA 1TAYA 3A6BY 1NHEA 4Z98A 4TTDA 1B7NA 1XEIA 3G3BB 1V7SA 1VDSA 4NWHA 3QNGA 2BPUA 2C8PA 4H93A 4KL7A 1LZ5A 1PZYA 4NHQA 5B05A 2Z12A 1W6ZA 4MCKA 3BKHA 1UA6Y 1LJJA 1IR9A 5KXKA 1A4VA 3WUMA 4BADA 2I6ZA 4J1AA 5LVIA 2DQJY 5LAFA 1HC0A 2ZILA 5E9RA 5APEA 3AZ5A 3CT1A 1B5ZA 2W1XA 1GFKA 3WH1A 2YVBA 5II3A 1JJ3A 4RW1A 4NSIA 1C45A 2GV0A 2LZ2A 2HTXA 4DDBA 1B7LA 4WOAA 3SP3A 4XJFA 3TXDA 1B5WA 1EL1A 1GFEA 5HLLA 5IDDA 1IP1A 1LYYA 3TXIA 2ZNWY 4WG7A 4H90A 3M3UA 3A91A 4GN5C 1GB5A 3TMXA 1AKIA 1VAUA 3T36A 1NWGA 1FLYA 1E8LA 5HQ1A 1LZDA 3A6CY 1BB4A 1B7PA 4LT2A 3LYOA 4OWBA 1IR7A 4TUNA 1BHZA 1LZEA 3B0IA 134LA 1DI3A 1QSAA 4NEBA 1LHLA 5DN4A 5E4PA 1XFPL 4XYYA 1NMMA 3VWOA 2DQIY 1IC4Y 1F10A 2WARA 1RJCB 3LZ2A 1VEDA 4N5RA 1QQYA 1B7RA 1LSGA 2BLYA 9LYZA 1FKVA 2YSSC 5APDA 1EQ4A 2Y8PA 2ZQ3A 2MEGA 1UIFA 2XJWA 2FYDA 3ATNA 3ATOA 2D6BA 1DKKA 6LYTA 1G7IC 1LMAA 1LZ4A 3D9AC 5KXPA 3P68A 4DWXA 2W1MA 2FBDA 5KJ9A 1GXV2 2NWDX 1CKFA 5FELA 3B6LA 1WQNA 4HPIA 4ZIXA 1WVVA 1QDTA 1LMPA 3ZVQA 5DL9A 5I54A 1BWJA 4LT0A 2HEFA 2IFFY 3WU9A 3W6DA 2LZTA 3F6ZA 1YL1X 1GB7A 1REXA 1KIQC 5KXRA 4G4CA 2FBBA 3QE8A 1TBYA 3AZ7A 1QSWA 1GFGA 5T3FA 1HHLA 1EQEA 1HFYA 1LJHA 3FE0A 1IWUA 3CSRA 1LOZA 4H9CA 1T6VL 1GE3A 3TXEA 4BAFA 3B0KA 5I5QA 1ALCA 4QY9A 3WU7A 1GF5A 1LYSA 5DN5A 5I4WA 1LJ4A 4TSCA 1LSDA 1VDQA 4DDCA 1LZBA 1OUJA 1AM7A 1WVUA 1IWTA 7LYZA 1LSMA 5IELA 4N1CC 4NHIA 4HV2A 3A92A 4NFVA 5KXYA 1JJ1A 2BQEA 4XADA 3CB7A 1WQRA 4FJRA 1D6PA 3N9EA 2Q0MX 1BB6A 1WQMA 1C46A 2BQKA 1YKZX 1CKGA 2I26L 4DD1A 1HMKA 4DYGA 132LA 1UIAA 4LFPA 2BQCA 4H9BA 2A7FA 1JHLA 4LYZA 4QEQA 1DPXA 4Z46A 1GF0A 1B7OA 4GN4A 1HEMA 1KXWA 1LKRA 2BQHA 1IOSA 1JISA 1NKHA 2LYOA 2F4GA 1GF4A 1NDGC 3OJPA 4ANRA 1LJEA 1LHHA 1T3PA 1UIDA 2H9KA 3FI7A 1BQLY 3HBEX 3IJUA 1D9UA 5HNCA 1BWIA 3A93A 4N1EI 5FCPA 4G4BA 4NSJA 2G4PA 1EQ5A 1OUIA 1J1OY 4WG1A 3WMKA 1IC7Y 4LYOA 1HERA 1B2KA 1KXYA 2MEDA 4H9HA 1IWZA 1JKAA 1XGUC 4O34A 3ZVQB 5FHWA 6LYZA 1JPOA 1QIOA 4I0CA 1GB9A 5KXZA 1GF6A 3QY4A 5HMJA 3WYHA 1HSWA 2YBLA 1BVXA 4CFOA 2BQOA 4WM2A 1GDWA 1GDXA 1NF5A 1HFZA 5LYZA 2Z37A 4YM8A 3CSQA 1LJNA 1DZBX 4KT3A 3TXJA 3W6CA 2BQNA 5B1GA 2PC2A 5LIOA 4NSHA 4HSFA 4H8XA 1LHIA 1GE0A 2HECA 1LJFA 4J1BA 1BVKC 2I25L 1IWVA 1HEPA 1LHJA 2ZYCA 4TWSA 5KXMA 4HPEA 1JTOL 1D0KA 1NBZC 1LJIA 2LHMA 1LMTA 1JWRA 3J4GA 5LVHA 1F0WA 4R0FA 2XBRA 1LHKA 1FBIX 2G4QA 3LYTA 2BQFA 1BB3A 1GFVA 3AGIA 2XBSA 4H1PA 5L9JA 4OWEA 1OUBA 1B5YA 1GB3A 1XSFA 4WM6A 3TXFA 1B5XA 3W6BA 4C3WA 5F9UA 1I56A 3B72A 1IOCA 1IP2A 2HEDA 5D5FA 5F14A 4NGOA 3CT0A 1XEJA 1UCOA 2MEHA 3A96A 4EOFA 5KXXA 2C8OA 1OP9B 4OWCA 1IP3A 1LYZA 1I20A 1UICA 5ILFA 1TCYA 1LMCA 4PJ2C 4OWHA 1CKCA 4QGZA 1LZRA 1IR8A 1G7MC 5C6JA 1DKJA 1LAAA 1GB2A 1LZAA 1RFPA 2EIZC 4DD0A 1BB5A 1A2YC 1IOTA 3AZ6A 1PS5A 1JJ0A 4B0DA 4EMNA 5KXWA 4UWUA 4GCEA 5A3EA 3RZ4A 1N4FA 1CKDA 3RU5A 1IWXA 1VDPA 4RW2A 3A3RX 5DM9A 1KIPC 3TXGA 1LSYA 4WLTA 1GFRA 1FLQA 4MR1A 4NIJA 4NGLA 1C08C 4QDNA 1G7JC 4R6CA 4TSBA 2LYMA 1DI5A 2XTHA 1KIRC 3BKVA 1JUGA 4OWAA 4U3XB 1G7HC 3AB6A 4IASA 1IP6A 2DQHY 2Z2FA 3A95A 4ETDA 2ZNXY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
219LA 2MEAA 1L81A 217LA 4H91A 5LVGA 2IGCA 1GBSA 4NSGA 4GCFA 1D3FA 1T6HA 1OV7A 1L34A 1RE2A 1J1PY 1GF7A 4H9AA 4H9FA 4NGWA 1JEFA 1Z55A 208LA 1QSBA 1HENA 4HTKA 1L40A 1LZ9A 1KY0A 3CDTA 1C61A 5B07A 4PRQA 4B4JA 4YF2A 3WULA 1LTMA 1C63A 3WU8A 3HT8A 4HJZA 1LYJA 4EPIA 1OWZA 4UWVA 3LZTA 1CKHA 1L60A 1L93A 3AJNA 2OE4X 1KNIA 1L44A 2ZIJA 5L3HA 5IHGA 5LXWA 1LZ6A 151LA 1ZMYL 3AW6A 1CUQA 1QT7A 1GFHA 5JENB 1RI8B 1IVMA 1JKBA 1L33A 5APFA 182LA 1OUGA 4YEOA 1LYOA 4FDYA 2VB1A 1GFAA 2HUKA 1LSBA 3FADA 3HT9A 2BQLA 1L23A 1XGTC 1L76A 1C6PA 5KXOA 1L47A 1DQJC 2CJLA 107LA 2D4JA 4WLYA 1L39A 5KXSA 3GXRA 3N9AA 1P36A 2OU8A 260LA 2YBHA 1YAMA 194LA 1LWGA 1L84A 1J1XY 1YAPA 3AW7A 3DNAA 3HH5A 126LA 1L56A 3G3XA 4XJDA 5LA8A 4WM1A 1MELL 1UACY 2X0AA 5KKJA 1QT3A 4ARMB 1FDLY 4DD7A 4CFPA 3TXHA 155LA 1DYEA 3HDFA 3HFMY 2MEFA 2MECA 3EXDA 3HBHA 4H9EA 3T6UA 1K28A 2YDGA 1G7LC 1L27A 1LZYA 4E97A 1WQPA 1CU3A 3RNXA 4LYMA 3A94A 2HUBA 4LZTA 261LA 5KXNA 1P56A 144LA 223LA 4MSTA 1ZURA 3CQLA 3G3VA 181LA 2DQDY 4J7VA 1CX7A 4NHSA 4WM5A 3LHMA 3A3QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UUZ C;  1OUA A;  2MEA A;  1QTK A;  4A7D A;  4H91 A;  2IHL A;  1W08 A;  1SLY A;  5LVG A;  1GBS A;  5LYM A;  1QTE A;  5KY1 A;  1XGR C;  4XJH A;  3G3A B;  1CJ7 A;  5B59 A;  4NSG A;  4G9S A;  2DKV A;  4GCF A;  4NY5 A;  4IJ4 A;  1GB0 A;  1UIH A;  1JTP L;  4UWN A;  1AT6 A;  4OOO A;  1H6M A;  5HMV A;  3LN2 A;  5I4X A;  1IP7 A;  1OUH A;  4NGJ A;  1C43 A;  5I53 A;  2DQA A;  1GF8 A;  4WL7 A;  3EBA B;  3WPJ A;  2ZIK A;  1GB6 A;  1JSF A;  1RE2 A;  1J1P Y;  2DQF C;  1H87 A;  1GF7 A;  4H9A A;  2A7D A;  4LYB A;  2W1Y A;  1LSZ A;  4H9F A;  4IAT A;  1GFJ A;  4NGW A;  1BGI A;  2CWI A;  1JEF A;  2RSC A;  1Z55 A;  208L A;  1CJ8 A;  2DQG Y;  1B5V A;  5APC A;  1LJG A;  2ZYP A;  4WM4 A;  193L A;  1YIK A;  1HEN A;  4HTK A;  2N5Z A;  4M6D A;  3W6E A;  1DXJ A;  1LZ9 A;  4I8S A;  4WO9 A;  3TMU A;  1B7M A;  4B4I A;  4ET8 A;  3WW5 A;  2HU1 A;  1IY3 A;  1WTN A;  1JIT A;  2Z19 A;  4PRQ A;  2ZWB A;  5B07 A;  4B4J A;  4YF2 A;  3P65 A;  1ZVH L;  4LYT A;  3P66 A;  4H92 A;  1LTM A;  1CJ6 A;  2DQC Y;  4H9I A;  3WU8 A;  1V7T A; 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 3W6C A;  2BQN A;  5B1G A;  2PC2 A;  5LIO A;  4NSH A;  4HSF A;  4H8X A;  1LHI A;  1GE0 A;  2HEC A;  1LJF A;  4J1B A;  1BVK C;  2I25 L;  1IWV A;  1HEP A;  1LHJ A;  2ZYC A;  4TWS A;  5KXM A;  4HPE A;  1JTO L;  1D0K A;  1NBZ C;  1LJI A;  2LHM A;  1LMT A;  1JWR A;  3J4G A;  5LVH A;  1F0W A;  4R0F A;  2XBR A;  1LHK A;  1FBI X;  2G4Q A;  3LYT A;  2BQF A;  1BB3 A;  1GFV A;  3AGI A;  2XBS A;  4H1P A;  5L9J A;  4OWE A;  1OUB A;  1B5Y A;  1GB3 A;  1XSF A;  4WM6 A;  3TXF A;  1B5X A;  3W6B A;  4C3W A;  5F9U A;  1I56 A;  3B72 A;  1IOC A;  1IP2 A;  2HED A;  5D5F A;  5F14 A;  4NGO A;  3CT0 A;  1XEJ A;  1UCO A;  2MEH A;  3A96 A;  4EOF A;  5KXX A;  2C8O A;  1OP9 B;  4OWC A;  1IP3 A;  1LYZ A;  1I20 A;  1UIC A;  5ILF A;  1TCY A;  1LMC A;  4PJ2 C;  4OWH A;  1CKC A;  4QGZ A;  1LZR A;  1IR8 A;  1G7M C;  5C6J A;  1DKJ A;  1LAA A;  1GB2 A;  1LZA A;  1RFP A;  2EIZ C;  4DD0 A;  1BB5 A;  1A2Y C;  1IOT A;  3AZ6 A;  1PS5 A;  1JJ0 A;  4B0D A;  4EMN A;  5KXW A;  4UWU A;  4GCE A;  5A3E A;  3RZ4 A;  1N4F A;  1CKD A;  3RU5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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