2B6XA

T4 lysozyme mutant l99a at 200 mpa
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cooperative water filling of a nonpolar protein cavity observed by high-pressure crystallography and simulation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2b6xA00
1PQJA 169LA 2IGCA 3UONA 255LA 1XJUA 1P36A 166LA 1CU2A 3DMXA 1L0KA 1L64A 1L60A 1L03A 1CX6A 1SSWA 122LA 1CV3A 1L95A 254LA 3PDSA 195LA 3JR6A 1L56A 3C83A 1C6KA 4I7OA 1CV6A 1JTNA 4EXMA 3F9LA 3C7ZA 1CU0A 1L59A 1QSQA 5LZMA 4LDOA 1C6JA 108LA 3HT6A 3L64A 201LA 2ANXA 2OE7X 3CDRA 1PQDA 1L30A 1LYFA 1ZYTA 1L50A 2RBSA 1DYFA 3NY9A 1C61A 205LA 1CX7A 1L74A 233LA 3VW7A 1C62A 250LA 138LA 1P46A 198LA 1LGXA 3C7YA 1G1VA 219LA 230LA 2O79A 1QUGA 1I6SA 1QT8A 1L53A 2B72A 162LA 1G0MA 3LZMA 2LCBA 1DYCA 1JTMA 119LA 1LWGA 200LA 3GUIA 183LA 4W52A 126LA 3DN8A 3GUKA 3HWLA 197LA 3CDTA 3CDQA 1L28A 160LA 1C6DA 1L13A 1C6EA 1XEPA 1L69A 2B74A 2B6TA 1L71A 4EKSA 1L99A 3C8SA 2RBQA 1L66A 3DMVA 1L05A 231LA 4PJZA 158LA 3D4SA 125LA 1KS3A 1QTVA 1QTZA 2OU8A 4I7JA 4ZPUA 4PK0A 1L77A 1LI6A 1L14A 4ARPA 4ARQB 1C60A 1CV4A 1OV7A 2Q9DA 1KW5A 1P2RA 232LA 1CUQA 1L42A 1L88A 171LA 1QSBA 189LA 212LA 1L18A 1C6PA 165LA 237LA 1L76A 161LA 215LA 243LA 1L22A 3GUMA 220LA 152LA 1L02A 3OE0A 1L67A 1DYGA 3C81A 3G3VA 2RB1X 2OTZX 1L29A 3NYAA 206LA 259LA 2QARC 3FA0A 1L19A 2OTYX 3HTBA 1ZURA 2L78A 1L57A 173LA 1L24A 3DN1A 225LA 1C63A 113LA 1ZWNA 3G3XA 260LA 234LA 4W54A 1DYBA 3HT8A 1C69A 3DN3A 3DMZA 3DN6A 1QT5A 1C68A 1L36A 242LA 3CDOA 4K5YA 3FADA 1T8GA 211LA 1C6IA 104LA 1L45A 140LA 1L46A 3SB9A 4YXCA 170LA 1L97A 131LA 1G0KA 1QTBA 1L72A 209LA 248LA 257LA 261LA 4W53A 1L80A 1L96A 2RH1A 1LYGA 120LA 1L70A 3HTFA 1L35A 3L2XA 4W56A 118LA 2B75A 4EJ4A 240LA 1CTWA 187LA 1LYHA 150LA 1OWYA 245LA 1QT7A 4AQNA 1L09A 1C6NA 128LA 1L12A 137LA 223LA 2RBNA 182LA 2RAYX 2B6WA 1L89A 151LA 2NTGA 1D3NA 1L33A 1L0JA 4W58A 3DN4A 1CV5A 3HDFA 172LA 256LA 4OO9A 1DYAA 1P56A 1PQKA 1T8AA 123LA 3HTDA 3DKEX 238LA 1C6BA 216LA 180LA 1L10A 1L00A 196LA 1L90A 1LPYA 1L52A 1LWKA 3HDEA 3SBAA 181LA 217LA 1L38A 4EKPA 1LYIA 4YXAC 4DKLA 1G0LA 4LZMA 1L06A 149LA 4I7MA 7LZMA 3C82A 130LA 3PBLA 1L34A 1P64A 1T6HA 168LA 218LA 3GULA 4E97A 163LA 175LA 2B6ZA 1P2LA 1L37A 4ARJA 1JQUA 228LA 1L94A 3EMLA 2F2QA 2Q9EA 2OE4X 186LA 115LA 1L63A 1CV0A 1L23A 1L98A 1OV5A 3SB7A 1OVJA 192LA 1L15A 2RAZX 1G0QA 1QTCA 3DN0A 1L20A 191LA 1L85A 1D9WA 3HUQA 103LA 3HT9A 1P5CA 1D3FA 159LA 1CU6A 1C6TA 1C6QA 1LLHA 109LA 1QUOA 1QTDA 1L62A 1L26A 4I7KA 1P6YA 1C64A 1L07A 4W57A 1SX7A 221LA 1C6MA 1L31A 2B6YA 1L51A 1OVKA 145LA 146LA 1L48A 110LA 252LA 155LA 4I7SA 1P3NA 213LA 4ARMA 129LA 4IAPA 3G3WA 3HH6A 1NHBA 4I7RA 1K28A 1LW9A 2RB2X 143LA 4I7LA 1KY0A 1LGUA 190LA 1KNIA 2RBOA 1C6GA 1C6AA 2B73A 1C66A 1L43A 1LYEA 3FI5A 3SBBC 1L44A 2ANVA 3SB6A 4W51A 262LA 112LA 2OEAX 1TLAA 1D2WA 1L75A 1L01A 1L21A 1QS5A 1QT4A 3C7WA 1G06A 3OE8A 3HH3A 1L54A 3V2YA 1WTHA 174LA 1G07A 3GUPA 3F8VA 4EPFA 244LA 1G0GA 1PQOA 1C6CA 1C67A 1L39A 4DJHA 6LZMA 2RB0X 2QB0B 1KY1A 1L16A 1L11A 251LA 1OWZA 2OU0X 3C8QA 239LA 5I14A 4S0WA 1G0PA 3C8RA 156LA 1T97A 1B6IA 3HUAA 1LYDA 224LA 1L61A 258LA 1L87A 1L58A 2B70A 4W59A 2F47A 1L41A 1P7SA 4LDEA 241LA 1XJTA 3HH5A 1LGWA 184LA 4I7PA 1L93A 1C6FA 3GUNA 199LA 4I7QA 4EKQA 1T8FA 4W55A 4I7TA 1CUPA 1L79A 4EKRA 1LYJA 3ODUA 1QTHA 2RBRA 4ARLA 3QAKA 1L17A 247LA 3HU9A 1KW7A 1L49A 3OE6A 167LA 3GUJA 1QUHA 1SSYA 1D3JA 3K2RA 139LA 1OVHA 2B6XA 3HU8A 1L32A 1L40A 3OE9A 222LA 1L68A 3HH4A 3CDVA 2HUKA 1SWZA 4I7NA 1CU5A 2F32A 2RBPA 1SWYA 235LA 141LA 2O7AA 1L65A 3DN2A 3HTGA 164LA 1C65A 148LE 1PQIA 246LA 127LA 3HUKA 3SN6R 157LA 2HUMA 229LA 236LA 4YX7C 1L27A 4GRVA 2OE9X 3DNAA 1CVKA 1L04A 1LI3A 1SX2A 2Z6BA 1D2YA 4GBRB 1L82A 3GUOA 1C6HA 1QUDA 4EPIA 2B7XA 1CV1A 2HULA 3RZEA 1L81A 2NTHA 1D3MA 185LA 1L83A 1P37A 1G0JA 1L86A 4DAJA 1CU3A 3RUNA 1DYDA 142LA 1L84A 1QT3A 4LDLA 1DYEA 249LA 3HT7A 3NY8A 3V2WA 177LA 1G1WA 178LA 227LA 1L08A 1QT6A 214LA 2LC9A 4ARMB 4ARQA 2LZMA 1LI2A 114LA 107LA 226LA 2OU9A 1QS9A 1C6LA 253LA 1L25A 1OYUA 2A4TA 1L55A 1L91A 2CUUA 2O4WA 1L47A 147LA 3SB8A 1EPYA 111LA 1PQMA 176LA 1L92A 102LA 3C80A 210LA 1L73A 144LA 3SB5A 188LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PQJA 169LA 2IGCA 2ZYCA 2BPUA 4LT3A 3LYTA 4NHPA 1P36A 5APFA 1L64A 3WVYA 1B2KA 1BWHA 3QNGA 2MEAA 1L95A 5T3FA 1CJ8A 3TXBA 195LA 3JR6A 4WMGA 4I7OA 2DKVA 3C7ZA 1CU0A 1QSQA 5B06A 5LZMA 5KXKA 2DQGY 1LSFA 4LDOA 2YDGA 1GDWA 4WM2A 108LA 3L64A 1GE2A 5KKIA 2OE7X 3CDRA 4G9SA 1YAMA 1LYFA 2HUBA 3W6DA 3WW6A 1C61A 1YKYX 4RLNA 4XJFA 5LYZA 1LHMA 1QUSA 1CX7A 1L74A 1HEWA 1LYZA 1YIKA 1LSZA 1TDYA 1G1VA 1DPWA 4H9EA 1LMCA 1L53A 2LCBA 200LA 1T6VL 1FLUA 126LA 4TSCA 197LA 4X3BA 6LYZA 1LCNA 1C6DA 4KXIA 1GF7A 1LHKA 3A34A 1GB2A 5HMJA 1L66A 1JHLA 1AZFA 2BQFA 4UWNA 125LA 1Z55A 3WUMA 1UC0A 4YEOA 5L9JA 2LYZA 4B4JA 1BB5A 1GFAA 2Q9DA 1H6MA 1CUQA 189LA 4I8SA 237LA 4IJ4A 2CJLA 4B49A 3BKHA 4N8ZA 4XN6A 161LA 243LA 3A67Y 3GUMA 1F10A 220LA 1HSXA 5LVHA 4ZEEA 2HU1A 1P2CC 1LZ1A 3NYAA 1OUHA 5I4YA 3FA0A 1NBYC 1D9UA 4OW1A 1IR7A 1REYA 225LA 1ZWNA 3AW7A 5AMYA 260LA 4WO9A 5FHWA 1JJ3A 2LYOA 5B1FA 2PC2A 2Z39A 2HEFA 1L36A 3CDOA 4PJ2C 3WVXA 1T8GA 211LA 4GN5C 3CQLA 1D6QA 1WTMA 5LVIA 1HF4A 5APEA 170LA 209LA 248LA 1L96A 1LYGA 1L70A 3HTFA 1L35A 3T6UA 1GB0A 118LA 1IY3A 2A7FA 1VFBC 1OUAA 4HTNA 1NDMC 128LA 1ZVHL 1ZV5L 2NTGA 1L33A 4TTDA 3WXUA 2G4QA 4NGZA 3DN4A 1CV5A 1DYAA 4NIJA 3HTDA 1VDTA 5FEKA 5LVJA 1UIHA 1TAYA 2MEHA 1LPYA 1LJFA 2Z2FA 2D4IA 1UIEA 1LJ4A 4H92A 2G4PA 1L34A 168LA 218LA 5KXPA 3F6ZA 175LA 228LA 1GBOA 186LA 115LA 3A91A 1BHZA 1L23A 5FELA 3G3BB 1IP3A 3SB7A 2DQJY 4PHIA 1YKXX 4H9HA 1HFYA 4O34A 4NFVA 1IP1A 103LA 1VDPA 1CU6A 3QE8A 109LA 1CKGA 1QTDA 1L26A 4W57A 221LA 1L31A 1OVKA 145LA 5DN4A 1RJCB 4I7SA 4DT3A 4IAPA 4YM8A 3LN2A 2RB2X 4I7LA 1LJGA 2RBOA 1C6GA 1C6AA 2VB1A 3WU9A 4Z41A 2IHLA 3SBBC 4R0FA 2Z18A 5LAFA 262LA 1WVUA 2Z19A 1L21A 3C7WA 4G49A 1G06A 3OE8A 4HP0A 1W6ZA 1L54A 3KAMA 1GFGA 3B6LA 1DPXA 1DI4A 6LZMA 4GCCA 2RB0X 3TXJA 1KY1A 3WL2A 3WYHA 1VEDA 4S0WA 1XSFA 156LA 1B6IA 3HUAA 1LYDA 1LZBA 1NKHA 2HEBA 258LA 1CJ6A 4XJIA 2ZQ3A 2YBHA 3TMWA 1XGTC 1XJTA 184LA 4I7PA 3TXDA 4EKQA 1LZNA 4W55A 4I7TA 3TXIA 4NGVA 2RBRA 4WM3A 1UA6Y 1L49A 4ET9A 1GFHA 1CJ7A 2I25L 5FCPA 1OVHA 1KXWA 2B6XA 1QTEA 1LZSA 222LA 1J1OY 1NHEA 4DD7A 235LA 2BLYA 2O7AA 4OWAA 3ULRA 4XJGA 1C65A 3HUKA 1UCOA 4RW2A 236LA 1LZ8A 1L27A 2BQHA 4H9FA 2F30A 4C3WA 1L82A 1IR8A 134LA 1B7MA 1B5YA 1GDXA 1DXJA 1OUEA 1CV1A 4NEBA 1IP2A 2MEDA 1IP4A 1QT3A 2Q0MX 3NY8A 1WQOA 1JKCA 1GB6A 2DBTA 4ARMB 4ARQA 5IDDA 1LZ6A 3TXFA 107LA 2OU9A 1IP5A 4WM1A 1LPIA 1OYUA 1JUGA 1OUBA 1L91A 4IASA 3CT0A 1LZ5A 1IVMA 4M6DA 3B0KA 1BB3A 1FKVA 1EPYA 111LA 1LZEA 2Z37A 1L92A 2AUBA 1LJNA 1IOCA 3C80A 4NGKA 188LA 3UONA 1XEIA 3WMKA 1XJUA 4TX7A 1CU2A 3DMXA 2N5ZA 1CX6A 1GXXA 4PPOA 1LZDA 1LZRA 1LSGA 4H94A 1BQLY 254LA 5APDA 5C6JA 5KJ9A 3C83A 1C6KA 1JTPL 1CV6A 1JTNA 1GF8A 4EXMA 1OUJA 1HHLA 4PRQA 4ZIXA 4LYTA 1HEQA 1LYSA 3HT6A 4CHXA 2HEAA 4NSGA 1L30A 205LA 3A92A 4DDBA 2B5ZA 4ML7A 3VW7A 4HJVA 1QSAA 2O79A 4J7VA 1QUGA 1QT8A 1LMQA 3A3QA 162LA 1G0MA 2F2NA 1JTMA 4GCFA 1LSNA 1FLQA 4W52A 1GF5A 1L28A 3N9EA 1L13A 1UIBA 1L69A 2B74A 1L99A 135LA 1J1XY 2BQNA 3TXKA 1HMKA 4H1PA 4PJZA 3EBAB 5HMVA 2HEDA 4GN3A 2H9JA 1QTZA 1H87A 2OU8A 4NY5A 4ZPUA 4PK0A 4XJBA 1JKAA 4TUNA 1L77A 1LI6A 4DDCA 5B05A 1O23A 4ETEA 1UBZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PQJ A;  169L A;  2IGC A;  2ZYC A;  2BPU A;  4LT3 A;  3LYT A;  4NHP A;  1P36 A;  5APF A;  1L64 A;  3WVY A;  1B2K A;  1BWH A;  3QNG A;  2MEA A;  1L95 A;  5T3F A;  1CJ8 A;  3TXB A;  195L A;  3JR6 A;  4WMG A;  4I7O A;  2DKV A;  3C7Z A;  1CU0 A;  1QSQ A;  5B06 A;  5LZM A;  5KXK A;  2DQG Y;  1LSF A;  4LDO A;  2YDG A;  1GDW A;  4WM2 A;  108L A;  3L64 A;  1GE2 A;  5KKI A;  2OE7 X;  3CDR A;  4G9S A;  1YAM A;  1LYF A;  2HUB A;  3W6D A;  3WW6 A;  1C61 A;  1YKY X;  4RLN A;  4XJF A;  5LYZ A;  1LHM A;  1QUS A;  1CX7 A;  1L74 A;  1HEW A;  1LYZ A;  1YIK A;  1LSZ A;  1TDY A;  1G1V A;  1DPW A;  4H9E A;  1LMC A;  1L53 A;  2LCB A;  200L A;  1T6V L;  1FLU A;  126L A;  4TSC A;  197L A;  4X3B A;  6LYZ A;  1LCN A;  1C6D A;  4KXI A;  1GF7 A;  1LHK A;  3A34 A;  1GB2 A;  5HMJ A;  1L66 A;  1JHL A;  1AZF A;  2BQF A;  4UWN A;  125L A;  1Z55 A;  3WUM A;  1UC0 A;  4YEO A;  5L9J A;  2LYZ A;  4B4J A;  1BB5 A;  1GFA A;  2Q9D A;  1H6M A;  1CUQ A;  189L A;  4I8S A;  237L A;  4IJ4 A;  2CJL A;  4B49 A;  3BKH A;  4N8Z A;  4XN6 A; 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