2B70A

T4 lysozyme mutant l99a at ambient pressure
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cooperative water filling of a nonpolar protein cavity observed by high-pressure crystallography and simulation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2b70A00
1DYFA 1DYCA 4EKPA 1L32A 1EPYA 244LA 253LA 4I7PA 1D3MA 2OE4X 4W57A 220LA 3C7WA 1QSQA 155LA 4K5YA 218LA 1C66A 2O7AA 1PQDA 2Q9DA 3RUNA 159LA 1L00A 1L17A 1L72A 4E97A 2Q9EA 222LA 1L97A 4I7KA 1C68A 236LA 1L69A 1L95A 1SX7A 1L70A 137LA 2LZMA 1P46A 3SB8A 3DMXA 217LA 1L09A 1KW7A 1P64A 4I7TA 1QT5A 1L40A 112LA 258LA 4PJZA 182LA 1D3JA 4EXMA 1C6AA 3SB6A 130LA 1L06A 1L74A 1L75A 163LA 2B6XA 1L83A 1TLAA 4LDLA 1L68A 1L30A 2LCBA 2RB1X 4W58A 1QUHA 3GUJA 3C80A 2ANXA 2F47A 2HUMA 1L21A 1LWGA 2OEAX 4W59A 200LA 3UONA 1L08A 2B72A 4OO9A 181LA 247LA 3C7ZA 4DAJA 1CV3A 3NY9A 190LA 1CUPA 1DYAA 1T8FA 231LA 1L28A 206LA 131LA 3LZMA 1QUGA 1L54A 1CV0A 1G0KA 3FADA 3ODUA 3JR6A 4W55A 1LWKA 4ARMA 3HT9A 1L18A 157LA 1L77A 1P5CA 1QS5A 197LA 139LA 1L86A 4LZMA 237LA 254LA 1C64A 4PK0A 1L96A 198LA 1L58A 1KW5A 2OTYX 4ARPA 1SWYA 2B74A 3F9LA 2OU8A 1LYJA 205LA 1CTWA 3V2YA 177LA 3C8RA 1OYUA 1T97A 243LA 1P37A 146LA 1CV6A 1QTDA 1L38A 226LA 3C83A 3K2RA 150LA 1B6IA 184LA 1L16A 1QT7A 1L20A 4LDEA 6LZMA 2OE7X 1C6EA 3C81A 2RBRA 1SX2A 1L89A 201LA 2A4TA 1L46A 1L93A 1QT3A 2B70A 1L39A 156LA 3CDQA 1LW9A 3FA0A 1L67A 1L44A 1G0JA 1L71A 2IGCA 113LA 2NTHA 109LA 4I7OA 2B75A 1DYDA 1PQIA 1L07A 176LA 1L76A 1OWZA 1L02A 2RBOA 1SSYA 3FI5A 4EPIA 1G0PA 1OWYA 1L56A 1KY0A 1P3NA 4I7JA 228LA 1L35A 3HUQA 4I7MA 168LA 1L61A 2Z6BA 3DMVA 2OU0X 3DN3A 4ARQA 1KNIA 1LYIA 232LA 2QARC 119LA 170LA 1SSWA 3OE6A 1G1VA 1L63A 2B73A 4S0WA 7LZMA 1L80A 1CV5A 1QT4A 3OE0A 5I14A 1CV1A 3HDEA 4I7LA 3HU9A 1L22A 4EPFA 158LA 3HTBA 1L41A 3DNAA 1QT6A 225LA 183LA 1QS9A 1L50A 3GUKA 1L19A 1C6LA 3HUAA 1L51A 3DN6A 4ZPUA 5LZMA 1JTMA 152LA 4I7NA 4YXAC 3DN4A 1LPYA 2B6ZA 1LI3A 1PQOA 3QAKA 4I7SA 4W53A 1C60A 1L84A 1C6IA 1L26A 239LA 1PQMA 3GUOA 260LA 213LA 102LA 2HULA 252LA 175LA 1L81A 3HT8A 108LA 2RB2X 1LYHA 238LA 164LA 1C6JA 4EKQA 2B6WA 250LA 114LA 3RZEA 161LA 3C8QA 4W51A 3EMLA 1C6HA 1L60A 2NTGA 210LA 120LA 1L73A 2O79A 1L57A 3HH3A 3SN6R 1P36A 1L11A 1G07A 261LA 2RAYX 1CV4A 1L42A 2CUUA 1LI2A 4W54A 2L78A 3CDRA 3GULA 1L29A 165LA 188LA 1LGXA 1C6QA 4AQNA 2LC9A 195LA 1L23A 1L0KA 151LA 3SBBC 178LA 4ARJA 1C6GA 262LA 4I7QA 1L92A 4I7RA 241LA 233LA 3HTDA 3OE8A 1C6MA 1L12A 1P7SA 3HT7A 1C69A 1L0JA 1L90A 4YXCA 172LA 1L85A 1CU6A 140LA 1C6CA 3G3WA 192LA 1C65A 1L53A 174LA 240LA 4EKSA 4GRVA 1L47A 1L91A 127LA 1PQKA 162LA 1L01A 2RBSA 1CUQA 111LA 1QUOA 256LA 3HT6A 3HH5A 3GUPA 3GUNA 219LA 173LA 3SB9A 2B7XA 242LA 1L62A 189LA 1QSBA 212LA 1C6NA 171LA 259LA 3G3VA 1P2LA 4EJ4A 3HDFA 1C6KA 1OV7A 1P2RA 3DN1A 230LA 2RH1A 148LE 1L33A 110LA 3D4SA 1L31A 1L64A 169LA 2RBPA 149LA 2O4WA 143LA 1QUDA 3CDOA 1DYBA 3GUIA 3GUMA 1QTHA 1P56A 4DKLA 123LA 4W56A 1OV5A 2RAZX 2B6YA 1C6DA 1L48A 234LA 3C8SA 4GBRB 187LA 1L65A 1L13A 199LA 1L55A 1L04A 1L15A 1DYEA 1QTCA 1L24A 221LA 103LA 1D2YA 1CU5A 1D3NA 1L59A 1JTNA 1JQUA 186LA 1XJUA 2ANVA 145LA 1I6SA 1ZURA 1L37A 224LA 4ARLA 3CDVA 1G1WA 255LA 4ARMB 185LA 3L64A 1D2WA 216LA 1L25A 1QTZA 4YX7C 3C82A 3PBLA 1L45A 1NHBA 1QTVA 1L03A 1QTBA 229LA 2QB0B 1CVKA 1OVJA 2B6TA 3HUKA 1C63A 4EKRA 3CDTA 1P6YA 1CU2A 128LA 1G0LA 1LGUA 1OVKA 3DN2A 257LA 3C7YA 3HWLA 1L10A 1D9WA 1L87A 1LYFA 1G0MA 246LA 1K28A 1T8GA 2RB0X 3HTFA 3DKEX 1PQJA 3SB5A 1XJTA 4DJHA 1CU3A 1XEPA 4IAPA 1T8AA 1L34A 214LA 167LA 248LA 1L49A 1ZYTA 1C67A 191LA 115LA 1C6BA 3VW7A 2RBNA 1D3FA 3OE9A 196LA 3DMZA 1QT8A 1C6FA 107LA 3G3XA 2F32A 3NYAA 1CU0A 3DN8A 1LYEA 1C6PA 104LA 1L88A 209LA 2HUKA 211LA 245LA 3PDSA 235LA 1C62A 166LA 1CX7A 1LYDA 4LDOA 138LA 1DYGA 3F8VA 3SB7A 1L98A 142LA 251LA 3NY8A 1C6TA 223LA 122LA 4W52A 1T6HA 144LA 1L27A 1CX6A 3HU8A 1SWZA 1LGWA 141LA 3L2XA 1LLHA 4ARQB 3HH4A 2F2QA 160LA 180LA 1ZWNA 1L52A 126LA 1G0QA 1KY1A 1L14A 1G06A 3DN0A 2OTZX 1L79A 1L82A 1OVHA 1L99A 1C61A 1KS3A 3HH6A 1LYGA 118LA 2RBQA 3HTGA 1L05A 215LA 3V2WA 125LA 2OE9X 129LA 1L43A 249LA 3SBAA 147LA 1L66A 227LA 2OU9A 1L36A 1WTHA 1G0GA 1LI6A 1L94A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GPQC 4NGLA 1HSWA 1EPYA 244LA 2LHMA 4N5RA 4H9EA 2OE4X 220LA 155LA 1C66A 2O7AA 1H6MA 3WVYA 2H5ZA 2Q9DA 3RUNA 2DBTA 1L00A 2MEAA 1L17A 1L72A 3WW6A 2B5ZA 4YM8A 1OUJA 3D3DA 4I7KA 1C68A 1GF4A 236LA 3A6BY 1L95A 5KXOA 1L70A 137LA 1P46A 217LA 1L09A 3A93A 1KW7A 1P64A 4I7TA 4PHIA 1WTMA 1L40A 1EQ4A 1B2KA 1HEOA 182LA 1IP3A 1C6AA 1L74A 1IEEA 1QQYA 1EL1A 2F2NA 1L68A 1LHLA 1JKCA 2LCBA 2RB1X 1IP1A 2F47A 2HUMA 4BS7A 4H9IA 2OEAX 4W59A 200LA 3M18B 1G7JC 181LA 2LZTA 1CV3A 3IWRA 1GE2A 2F4AA 4CFPA 4LYTA 1FKVA 1LWKA 1L18A 157LA 4H8YA 1GBOA 1AM7A 1G7MC 5KXPA 1KW5A 4ARPA 1BWJA 1JWRA 4XADA 1XEJA 4XJHA 1CKFA 1VDSA 243LA 2DQDY 1QTDA 1LMTA 3GXRA 2DQJY 1CJ9A 184LA 1L16A 1L20A 1YROA 1IIZA 1XGUC 1GXXA 1BWHA 1YQVY 1INUA 5KKIA 3A8ZA 1L71A 5IELA 2NTHA 1DYDA 1SQ2L 2FYDA 4NSGA 1LSDA 4X3BA 3AJNA 2IFFY 1NBYC 1OWZA 2RBOA 4LYMA 3FI5A 1HELA 1VDPA 1OWYA 4WL7A 4DD3A 2YSSC 1OUFA 4DD0A 3DMVA 2OU0X 3DN3A 2HEEA 1LYIA 4NSHA 170LA 2ZQ3A 5C6JA 2B73A 1CJ7A 4S0WA 3TMUA 1I1ZA 1L80A 1IR8A 3LYTA 4CHXA 1BHZA 4LZTA 1LJ4A 1REZA 2ZNXY 1L19A 4OWAA 5B59A 1IWVA 3B72A 5APEA 1LI3A 4LYCA 1L26A 1PQMA 1DKJA 1B7LA 102LA 2MEGA 1L81A 2RB2X 1LYYA 3A95A 4LT3A 238LA 4HJVA 4TX7A 4WLDA 1AKIA 3A92A 1N4FA 4NEBA 4IJ4A 1IC4Y 161LA 4W51A 1L60A 210LA 120LA 1GHLA 3LHMA 1WVUA 3SN6R 3WMKA 5F9UA 4GCEA 261LA 135LA 1JTPL 1CV4A 1LI2A 1LZYA 1AZFA 4OWEA 4AQNA 2LC9A 1LSBA 1LZDA 1LZ1A 5DLAA 1OUDA 3A96A 3GXKA 4XENA 4ARJA 262LA 5LYTA 1B7PA 233LA 3ATNA 2CGIA 3A3QA 4BAPA 2HEDA 2XJWA 2FBBA 5KXYA 4YXCA 2Z39A 172LA 4I8SA 4DT3A 192LA 3HFMY 127LA 1PQKA 4HTKA 2MEHA 2DQIY 1GF3A 3SB9A 1YAPA 4WL6A 3HBHA 242LA 1L62A 5IDDA 212LA 1C6NA 171LA 1P2LA 3HDFA 2RH1A 5HMJA 2BAAA 1IC5Y 1RJCB 1L33A 4XJIA 1GFRA 4J1AA 1L64A 2O4WA 4HTNA 1QUDA 4YEOA 1DPWA 1GB5A 4NGYA 1LJIA 3GUMA 4O34A 4H94A 1FBIX 3WUAA 1AT5A 3AGGG 123LA 4W56A 1OV5A 2RAZX 2B6YA 234LA 4GBRB 3W6BA 3TXHA 1L04A 1DYEA 221LA 3BKHA 3FE0A 1D2YA 2Z37A 1D3NA 1L59A 2H9KA 4WMGA 2HEAA 145LA 1L37A 2BQBA 4ARMB 3L64A 1D2WA 1ZVYB 1QDRA 2MEFA 5I53A 1GBYA 3G3BB 2QB0B 3BKVA 1CVKA 1KXWA 1C63A 2MEBA 4EKRA 3CDTA 1P6YA 1CU2A 4H8XA 1VFBC 3ZVQB 3AGHA 1LYFA 5KXKA 2EIZC 1UIHA 1XGRC 2D4JA 3DKEX 3EXDA 2ZQ4A 1L34A 1YIKA 1BB4A 2BQCA 1L49A 1C67A 4IASA 4P2EA 191LA 1LMCA 1D3FA 4NG1A 1CJ8A 3OE9A 4LYBA 3DMZA 1XEKA 1QTKA 1YAQA 2DKVA 3TXGA 1CU0A 1LYEA 4GN3A 4U3XB 1LZAA 5B07A 245LA 1NMMA 1LPIA 1LYDA 4LDOA 3N9EA 3F8VA 9LYZA 142LA 2MEIA 251LA 1IWUA 1JISA 3HU8A 1LGWA 1B5VA 2BQGA 4M4OA 1HENA 3HH4A 1LSEA 4NHPA 180LA 1UIBA 1ZWNA 1FN5A 1ZMYL 5APCA 4NHIA 1JKAA 1L79A 1C45A 1OVHA 2BQIA 1TBYA 3AZ4A 1KS3A 3HH6A 2RBQA 3HTGA 4N8ZA 3V2WA 3F6ZA 5DM9A 2Z19A 1GB7A 3AZ6A 4DWXA 1L36A 1G0GA 1LI6A 4XYYA 1WTNA 1DYFA 4NGOA 1HSXA 4DDCA 4EKPA 1L32A 1CKDA 3ATOA 253LA 4I7PA 4W57A 1GAYA 4D9ZA 4K5YA 218LA 4I0CA 1PQDA 1GAZA 3WXUA 1HEWA 4NGKA 2Q9EA 222LA 1EQEA 3N9CA 132LA 1SX7A 2LZMA 3SB8A 5DL9A 3WPKA 3DMXA 1GFKA 4DDAA 2Z2FA 1OQMA 3TMXA 1QT5A 2MEEA 4YOPA 4EXMA 2Z18A 3SB6A 2B6XA 1D9UA 4LDLA 2XBRA 2I6ZA 1L30A 4UWVA 1UBZA 5LVIA 2DQEY 1QUHA 5LVGA 1OUBA 1BB5A 1IWYA 1L21A 1YKZX 4NSJA 5F81A 1WVVA 247LA 1PS5A 231LA 4G4CA 1L28A 1JSEA 3A94A 1EQ5A 1CV0A 1GF8A 3ODUA 4W55A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GPQ C;  4NGL A;  1HSW A;  1EPY A;  244L A;  2LHM A;  4N5R A;  4H9E A;  2OE4 X;  220L A;  155L A;  1C66 A;  2O7A A;  1H6M A;  3WVY A;  2H5Z A;  2Q9D A;  3RUN A;  2DBT A;  1L00 A;  2MEA A;  1L17 A;  1L72 A;  3WW6 A;  2B5Z A;  4YM8 A;  1OUJ A;  3D3D A;  4I7K A;  1C68 A;  1GF4 A;  236L A;  3A6B Y;  1L95 A;  5KXO A;  1L70 A;  137L A;  1P46 A;  217L A;  1L09 A;  3A93 A;  1KW7 A;  1P64 A;  4I7T A;  4PHI A;  1WTM A;  1L40 A;  1EQ4 A;  1B2K A;  1HEO A;  182L A;  1IP3 A;  1C6A A;  1L74 A;  1IEE A;  1QQY A;  1EL1 A;  2F2N A;  1L68 A;  1LHL A;  1JKC A;  2LCB A;  2RB1 X;  1IP1 A;  2F47 A;  2HUM A;  4BS7 A;  4H9I A;  2OEA X;  4W59 A;  200L A;  3M18 B;  1G7J C;  181L A;  2LZT A;  1CV3 A;  3IWR A;  1GE2 A;  2F4A A;  4CFP A;  4LYT A;  1FKV A;  1LWK A;  1L18 A;  157L A;  4H8Y A;  1GBO A;  1AM7 A;  1G7M C;  5KXP A;  1KW5 A;  4ARP A;  1BWJ A;  1JWR A;  4XAD A;  1XEJ A;  4XJH A;  1CKF A;  1VDS A;  243L A;  2DQD Y;  1QTD A;  1LMT A;  3GXR A;  2DQJ Y;  1CJ9 A;  184L A;  1L16 A;  1L20 A;  1YRO A;  1IIZ A;  1XGU C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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