2B74A

T4 lysozyme mutant l99a at 100 mpa
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cooperative water filling of a nonpolar protein cavity observed by high-pressure crystallography and simulation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2b74A00
130LA 1ZWNA 1DYFA 214LA 104LA 145LA 1B6IA 1LI2A 109LA 4EJ4A 162LA 231LA 4ARMA 1SX7A 4ARJA 3C8RA 1QSBA 1C61A 1C64A 4YXCA 199LA 2RB2X 210LA 4W58A 236LA 4YX7C 1LGXA 234LA 2OU0X 3DMZA 3RUNA 1P46A 227LA 161LA 1ZURA 3DN4A 176LA 255LA 2B6ZA 2O4WA 1P2RA 216LA 1L90A 1DYBA 2RAYX 1L22A 4K5YA 1C6TA 3HH4A 1G0KA 4ZPUA 4LDOA 4ARQB 115LA 138LA 1QTVA 164LA 3DN6A 1L34A 247LA 166LA 1L41A 1L44A 3HUKA 230LA 3JR6A 1L52A 102LA 189LA 1D3FA 4I7LA 1L10A 1L20A 1L81A 3SB8A 1QSQA 1G06A 2NTHA 1L45A 1C68A 1LLHA 1CU0A 2RBSA 123LA 1G0JA 3DN8A 1C65A 1PQKA 1KS3A 1L08A 1L85A 119LA 3C80A 3CDQA 3HU8A 198LA 1L63A 1D3NA 1CUQA 1QTDA 1SX2A 1L46A 1T8AA 3SB5A 1L23A 3GULA 4I7OA 1QT6A 1P3NA 221LA 1C6GA 1I6SA 131LA 1L37A 1L89A 215LA 1L53A 180LA 129LA 2RBOA 2HUMA 1P36A 2B70A 1C6HA 192LA 1L91A 1OYUA 1TLAA 1L33A 1QUOA 3GUMA 1QTCA 1XJUA 1LYIA 1G0MA 177LA 1QT7A 232LA 1P5CA 128LA 4I7SA 1OV7A 1CUPA 2CUUA 1C6IA 4I7NA 1L88A 3ODUA 3DNAA 218LA 1L18A 1L95A 2B74A 4I7TA 1KY1A 223LA 3SBBC 4GRVA 1L04A 188LA 1L38A 1G0QA 217LA 1L93A 2OU8A 1L47A 1LYDA 2RB0X 244LA 4W59A 160LA 103LA 1C67A 1DYAA 2RBRA 4EKQA 148LE 142LA 4EPFA 1LI6A 1QTZA 3VW7A 1NHBA 1L48A 1L60A 1L64A 250LA 186LA 209LA 156LA 3OE6A 1OVKA 241LA 6LZMA 4DJHA 196LA 1LGWA 239LA 112LA 211LA 195LA 1G0LA 259LA 235LA 1L19A 3G3WA 1QT4A 2HUKA 224LA 3SN6R 1T8GA 122LA 1CV1A 3HT8A 4E97A 228LA 1L28A 1C6JA 2F47A 1PQDA 2Q9DA 4ARLA 187LA 4EXMA 4LDEA 168LA 3V2YA 3C83A 2HULA 1L03A 225LA 126LA 4W57A 222LA 1QT3A 2OTZX 4W55A 110LA 1QTHA 108LA 212LA 1C63A 2B6YA 3HWLA 2B6TA 3GUNA 2Z6BA 260LA 4EKRA 107LA 237LA 157LA 1L39A 1T8FA 1CV0A 1L51A 1QTBA 3C7YA 2A4TA 258LA 149LA 120LA 261LA 1L06A 2LCBA 2QB0B 3G3VA 3HDEA 1OWYA 1P7SA 229LA 175LA 172LA 4S0WA 1L0JA 3CDTA 3FADA 1L26A 1G1VA 3F8VA 2IGCA 1L54A 246LA 178LA 3NYAA 1L11A 4W53A 169LA 1L24A 1L99A 4I7MA 158LA 1L27A 1CU5A 1JTMA 4LZMA 167LA 1CVKA 3NY8A 1C6MA 1G1WA 151LA 1D3JA 206LA 3HTFA 1L50A 3CDRA 1L73A 3EMLA 3HTDA 159LA 3C7WA 2LZMA 1L57A 1L07A 3OE0A 165LA 1L82A 1QT8A 3LZMA 3SBAA 1LGUA 1L83A 1ZYTA 1LI3A 238LA 3HH3A 4PK0A 3DN3A 1D9WA 146LA 2ANXA 1P56A 144LA 1C6CA 174LA 1L76A 2OU9A 1L05A 1L98A 1L94A 1DYCA 4DKLA 1L68A 3C8SA 201LA 233LA 3UONA 213LA 2RBNA 3C82A 253LA 4PJZA 4DAJA 140LA 3DMVA 143LA 3GUPA 219LA 1SSWA 1C6FA 1CU2A 2OE7X 3DMXA 5I14A 1C60A 1PQMA 1L67A 1DYEA 1L25A 181LA 3FA0A 1CV5A 3FI5A 3C7ZA 183LA 2B6XA 3HT9A 3HTGA 2RBQA 1L72A 1T6HA 111LA 150LA 3K2RA 1C69A 5LZMA 1P2LA 1C6EA 3CDOA 4I7QA 127LA 1QS5A 3HUQA 1L61A 1L02A 1C6BA 1OVJA 1LYHA 242LA 2B75A 1L43A 3DN0A 1L59A 1L70A 1C62A 252LA 3OE9A 3HT6A 3QAKA 1L84A 1L17A 1L96A 1KY0A 3NY9A 254LA 3HTBA 3GUJA 4I7JA 1L00A 200LA 1L42A 125LA 3DN1A 3HU9A 1P6YA 3PBLA 3SB6A 1CV4A 1C6DA 2RB1X 171LA 1D2YA 1L65A 1QUDA 1C6NA 1L80A 2B73A 2OEAX 114LA 1LWGA 2L78A 1P64A 1G0GA 205LA 3F9LA 1L14A 1L69A 1OVHA 3OE8A 1XJTA 1XEPA 1L66A 1L77A 1DYGA 2O79A 3V2WA 257LA 1QUHA 1LYFA 1L79A 1L32A 256LA 1KW5A 1CU3A 4IAPA 2QARC 1SWYA 3DN2A 1L12A 2RBPA 163LA 1L30A 4LDLA 137LA 1L16A 1L58A 2LC9A 2OE9X 155LA 3GUOA 2NTGA 1L55A 141LA 1C6PA 4ARPA 1C6QA 1L71A 2OTYX 3PDSA 3SB7A 4EPIA 4ARQA 197LA 1L74A 3DKEX 3HH5A 1P37A 1K28A 170LA 1G07A 173LA 1PQJA 4OO9A 2OE4X 1DYDA 3CDVA 1L31A 1L62A 3HH6A 1LYEA 249LA 1L15A 2B6WA 152LA 185LA 4W56A 1T97A 1LYJA 1L86A 3L64A 243LA 1SWZA 4AQNA 191LA 1PQIA 1JTNA 3L2XA 1L92A 1CX7A 2ANVA 1CX6A 1OV5A 4W54A 1L09A 1C6AA 1CV3A 1QUGA 1L13A 1LPYA 262LA 3HT7A 3GUIA 226LA 1L49A 251LA 3RZEA 1OWZA 1D3MA 7LZMA 1L36A 1L0KA 248LA 1QT5A 1CU6A 1LYGA 2F32A 4I7KA 4EKSA 3SB9A 2F2QA 1KW7A 1L35A 4EKPA 1C6KA 184LA 147LA 240LA 2RH1A 1QS9A 2B7XA 1PQOA 2Q9EA 139LA 4I7RA 4GBRB 1SSYA 1CV6A 4W51A 1G0PA 3HDFA 3GUKA 4W52A 1D2WA 1L56A 1WTHA 3D4SA 1L87A 182LA 3HUAA 4YXAC 3G3XA 4I7PA 3C8QA 1L75A 1EPYA 3C81A 1LW9A 1C66A 1JQUA 245LA 113LA 118LA 1KNIA 2O7AA 1L40A 2RAZX 190LA 1C6LA 1L97A 1L01A 1L29A 1LWKA 1L21A 220LA 2B72A 4ARMB 1CTWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYFA 214LA 145LA 1GBWA 4EJ4A 1IP4A 4CHXA 4E3UA 3AZ6A 2MEBA 3G3BB 4H9HA 2LZ2A 1HFZA 1C64A 2EPEA 2ZIJA 1WQOA 1SQ2L 2W1YA 1VFBC 1BGIA 2OU0X 4YM8A 1LZNA 1HF4A 1GXXA 2MEGA 161LA 3DN4A 2O4WA 4N1EI 216LA 1L90A 2RAYX 3TXFA 3HH4A 3P65A 4LYCA 4ARQB 2HECA 4H9AA 1B5WA 1L44A 3HUKA 3T36A 4PRUA 2MEIA 1L81A 2HU1A 1QSQA 1L45A 4B1AA 5B59A 1JJ1A 3AGIA 1REXA 1L08A 1LZAA 119LA 1ZVYB 4H91A 4NEBA 3TMXA 4LYBA 1D3NA 1CUQA 1FDLY 1QTKA 3SB5A 3GULA 4J1AA 1BB3A 1C6GA 1I6SA 1L89A 1GF3A 4M4OA 2RBOA 1LJKA 1HC0A 1C43A 1J1XY 2B70A 192LA 1HFYA 3TXJA 1L33A 4YF2A 1H87A 3QE8A 1G0MA 4C3WA 1FLYA 177LA 232LA 1P5CA 128LA 3AZ4A 4I7SA 5I4XA 1YILA 4I7NA 1OUDA 4DYGA 3ODUA 4I7TA 1L18A 1EQ4A 223LA 4L41A 1CJ6A 3TXKA 1YL1X 1LYDA 4XJDA 3T6UA 4W59A 4B0DA 1IORA 1BB7A 103LA 1DZBX 4EKQA 4EPFA 4MR1A 3GXKA 1DKKA 1L64A 1JSEA 3AYQA 1DKJA 2BQMA 1AT6A 1B7LA 4WM4A 156LA 3WPJA 1OVKA 1GF7A 3LYOA 1D0MA 196LA 1G7IC 4H90A 211LA 259LA 235LA 1IOTA 3ATNA 1UUZC 5LYMA 1B7SA 1GF4A 1WQQA 1TAYA 3LYMA 3A93A 3WH1A 2ZQ4A 1OUFA 1C6JA 4RW1A 3TMWA 4ARLA 4G4HA 4LDEA 168LA 3A34A 3C83A 4BAPA 2HULA 126LA 1VDPA 4W55A 1UBZA 4MCKA 1FKQA 1UIDA 2YBMA 1OQMA 237LA 157LA 1L51A 4ETBA 2BLYA 2A4TA 3CT0A 120LA 2LCBA 3LN2A 4OWAA 3HDEA 1OWYA 1IP7A 1LJGA 1WVUA 1LJHA 3CDTA 1L26A 1G1VA 1QDTA 1LZDA 5FEKA 5DN4A 1GBYA 1GFKA 2ZIKA 1JTMA 4LZMA 206LA 3HTFA 3CDRA 1L73A 2CWIA 1VEDA 159LA 3G3AB 1L07A 1RFPA 1QSWA 4YENA 165LA 1L82A 5LYZA 1GWDA 1L83A 1GE2A 1DI4A 238LA 1LI3A 4WM5A 5ILCA 174LA 2OU9A 3CSQA 4NWEA 1L05A 2N5ZA 1GE3A 1L94A 1LZ4A 233LA 3UONA 5B05A 4XJHA 4W94A 1GE0A 140LA 1SSWA 2DQEY 2OE7X 4RLMA 4Z46A 2CJLA 1C60A 1HENA 1L25A 193LA 3W6EA 2CDSA 5ILFA 1C69A 1CJ8A 3TXHA 4H8ZA 1YAMA 1DPWA 1LJJA 3P68A 1OVJA 1CKCA 2B75A 3QNGA 3CT1A 3DN0A 1B2KA 4DD9A 252LA 1D6PA 1L84A 1L96A 3BKVA 3NY9A 1A2YC 1J1OY 1O23A 3GUJA 4I7JA 200LA 2MEFA 4HTKA 3DN1A 2I25L 3HBHA 5I4YA 5M1YA 5L3IA 3BKHA 2RB1X 2HEBA 1C6NA 1LZCA 2X0AA 1P64A 1B0DA 1IWVA 4N1CC 1DYGA 2ZNXY 2O79A 256LA 4IAPA 1GB5A 4ET9A 4TUNA 4ZIXA 3DN2A 2RBPA 4WG1A 4NGVA 1AKIA 1GXV2 1UA6Y 2LC9A 2OE9X 3GUOA 141LA 4NIJA 2HEAA 3F6ZA 4R0FA 5F14A 3DKEX 1B7OA 1P37A 1LZ6A 3AZ5A 173LA 4R6CA 1JKBA 1L31A 1LYEA 3WW5A 2B6WA 1GFVA 1IOSA 185LA 5LVKA 5KXTA 5FELA 2D4KA 2C8OA 1NDGC 1JTNA 4IJ4A 1F6SA 1KXYA 1L09A 1CV3A 1QUGA 3EO5A 1HNLA 2PC2A 226LA 1L49A 1GB7A 4CGEA 1LSZA 134LA 1L36A 1GB2A 1G7LC 5A3ZA 1CU6A 1LYGA 1BWJA 4I7KA 1L35A 1JEFA 184LA 1QS9A 2B7XA 4NGIA 5JENB 5I54A 5II3A 1SSYA 1L56A 4KT3A 3TXGA 1GHLA 1LSBA 1ZMYL 2BQGA 1IR7A 1IEEA 1LJ3A 1GB8A 113LA 135LA 1AT5A 5KXRA 4ARMB 4HJVA 1ZWNA 1CJ7A 1LMTA 1FLQA 4GCCA 2BQAA 4BS7A 1IY4A 3WPKA 231LA 5LAFA 1QSBA 4YXCA 3EBAB 1IWUA 199LA 1DPXA 4NGLA 3RUNA 1EQEA 2HUBA 3ATOA 176LA 255LA 1P2RA 1IVMA 4WG7A 4H8XA 1WQNA 4NG8A 1L34A 5KXNA 1GFTA 1L41A 1P2CC 102LA 189LA 4I7LA 4EMNA 2Z12A 1LLHA 4OOOA 2G4NA 1RCMA 1HFXA 4XJFA 3A6CY 4WM3A 1PQKA 3B0IA 1L85A 1OP9B 1GFUA 1GPQC 1ZV5L 2MEHA 3CDQA 1IWTA 1KXXA 5FCPA 1QTDA 1LJNA 2LHMA 1QT6A 1LOZA 1P3NA 221LA 4WO6A 131LA 2HUMA 2G4QA 4I8SA 2Z18A 1L91A 2C8PA 1TLAA 1QTCA 4UWNA 5EBHA 1QT7A 1ZVHL 1OV7A 2CUUA 4G4CA 1C6IA 2BAAA 1YKYX 1L88A 3A95A 4YOPA 4BAFA 4N0JA 2Z19A 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1GF0A 4QGZA 3W3EA 3A96A 4LFPA 1L59A 1L70A 1L17A 4QDNA 254LA 1FLWA 125LA 3ZVQB 3HU9A 1IOQA 3A90A 1D9UA 1P6YA 2EQLA 1JUGA 2LYOA 1OUJA 4OWBA 1YAPA 1C6DA 3HBEX 4XADA 1D2YA 1L65A 1QUDA 1IOCA 3B0OA 2OEAX 3TMUA 1LSDA 1L14A 4N9RA 1IP1A 1TEWA 5KXKA 1T6VL 2A7FA 1L77A 3V2WA 257LA 1QUHA 1L79A 1KW5A 1CU3A 5DM9A 2QARC 1SWYA 1RJCB 5B1GA 1L30A 4NGOA 3TXIA 4FDYA 1L16A 1GB6A 1EL1A 1LSMA 2DQHY 4OWEA 1C6PA 4ARPA 2OTYX 4ETAA 1F0WA 4J0LA 1NHEA 1B5VA 4P2EA 1K28A 1G07A 1GB9A 2IFFY 2OE4X 1DYDA 3WPLA 1L62A 3HH6A 1GEZA 1L15A 2I6ZA 4W56A 1T97A 1LYJA 1L86A 243LA 2HEFA 5KJ9A 2WARA 1PQIA 1KIRC 4XYYA 1L92A 133LA 4II8A 1VAUA 2ANVA 4W54A 1C6AA 1QDRA 3B0KA 1L13A 3RZEA 5AMYA 2ZWBA 4H9BA 1L0KA 248LA 132LA 4EKSA 1KW7A 4C5FA 4EKPA 1C6KA 5KXSA 4HTQA 3CSRA 2BQBA 4GBRB 4LFXA 2F4AA 1CV6A 5HMJA 5LVGA 1G0PA 3AZ7A 3HDFA 2HU3A 1JJ3A 5LIOA 4NGJA 5I4WA 3RT5X 1WTHA 1L87A 182LA 3HUAA 1BVKC 2MEDA 4FJRA 1W6ZA 5FDJA 3K3TA 4GN4A 1EPYA 1NF5A 1KNIA 1L40A 2RAZX 190LA 1INUA 4KL7A 1L29A 4IATA 2IHLA 5LA8A 130LA 4LGKA 4NG1A 1B6IA 1LI2A 2MEAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DYF A;  214L A;  145L A;  1GBW A;  4EJ4 A;  1IP4 A;  4CHX A;  4E3U A;  3AZ6 A;  2MEB A;  3G3B B;  4H9H A;  2LZ2 A;  1HFZ A;  1C64 A;  2EPE A;  2ZIJ A;  1WQO A;  1SQ2 L;  2W1Y A;  1VFB C;  1BGI A;  2OU0 X;  4YM8 A;  1LZN A;  1HF4 A;  1GXX A;  2MEG A;  161L A;  3DN4 A;  2O4W A;  4N1E I;  216L A;  1L90 A;  2RAY X;  3TXF A;  3HH4 A;  3P65 A;  4LYC A;  4ARQ B;  2HEC A;  4H9A A;  1B5W A;  1L44 A;  3HUK A;  3T36 A;  4PRU A;  2MEI A;  1L81 A;  2HU1 A;  1QSQ A;  1L45 A;  4B1A A;  5B59 A;  1JJ1 A;  3AGI A;  1REX A;  1L08 A;  1LZA A;  119L A;  1ZVY B;  4H91 A;  4NEB A;  3TMX A;  4LYB A;  1D3N A;  1CUQ A;  1FDL Y;  1QTK A;  3SB5 A;  3GUL A;  4J1A A;  1BB3 A;  1C6G A;  1I6S A;  1L89 A;  1GF3 A;  4M4O A;  2RBO A;  1LJK A;  1HC0 A;  1C43 A;  1J1X Y;  2B70 A;  192L A;  1HFY A;  3TXJ A;  1L33 A;  4YF2 A;  1H87 A;  3QE8 A;  1G0M A;  4C3W A;  1FLY A;  177L A;  232L A;  1P5C A;  128L A;  3AZ4 A;  4I7S A;  5I4X A;  1YIL A;  4I7N A;  1OUD A;  4DYG A;  3ODU A;  4I7T A;  1L18 A;  1EQ4 A;  223L A;  4L41 A;  1CJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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